src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import javax.swing.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import jalview.analysis.*;\r
   7 \r
   8 \r
   9 public class SeqCanvas extends JPanel\r
  10 {\r
  11      FeatureRenderer fr;\r
  12     Image             img;\r
  13     Graphics2D          gg;\r
  14     int               imgWidth;\r
  15     int               imgHeight;\r
  16 \r
  17     AlignViewport     av;\r
  18 \r
  19     boolean showScores = false;\r
  20     boolean displaySearch = false;\r
  21     int [] searchResults = null;\r
  22 \r
  23     int chunkHeight;\r
  24     int chunkWidth;\r
  25 \r
  26     boolean fastPaint = false;\r
  27 \r
  28 \r
  29     public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  30     {\r
  31         this.av         = av;\r
  32        fr = new FeatureRenderer(av);\r
  33        setLayout(new BorderLayout());\r
  34        PaintRefresher.Register(this);\r
  35 \r
  36     }\r
  37 \r
  38   void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx,int ypos) {\r
  39     int scalestartx = startx - startx % 10 + 10;\r
  40 \r
  41     g.setColor(Color.black);\r
  42 \r
  43     // NORTH SCALE\r
  44     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)\r
  45     {\r
  46       String string = String.valueOf(i);\r
  47       g.drawString(string, (i - startx - 1) * av.charWidth,\r
  48                    ypos - av.charHeight / 2);\r
  49 \r
  50       g.drawLine( (i - startx - 1) * av.charWidth + av.charWidth / 2,\r
  51                  ypos + 2 - av.charHeight / 2,\r
  52                  (i - startx - 1) * av.charWidth + av.charWidth / 2, ypos - 2);\r
  53 \r
  54     }\r
  55   }\r
  56 \r
  57   void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
  58   {\r
  59     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
  60     ypos+= av.charHeight;\r
  61       // EAST SCALE\r
  62     for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
  63     {\r
  64       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
  65       int index = startx;\r
  66       int value = -1;\r
  67       while (index < endx)\r
  68       {\r
  69         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
  70         {\r
  71           index++;\r
  72           continue;\r
  73         }\r
  74 \r
  75         value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
  76         break;\r
  77       }\r
  78       if(value!=-1)\r
  79       {\r
  80         int x = fm.stringWidth("000") - fm.stringWidth(value+"");\r
  81         g.drawString(value + "", x,  ypos +  i*av.charHeight - av.charHeight/5);\r
  82       }\r
  83     }\r
  84   }\r
  85 \r
  86   void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
  87 {\r
  88     ypos+= av.charHeight;\r
  89     // EAST SCALE\r
  90   for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
  91   {\r
  92     SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
  93     int index = endx;\r
  94     int value = -1;\r
  95     while (index > startx)\r
  96     {\r
  97       if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
  98       {\r
  99         index--;\r
 100         continue;\r
 101       }\r
 102 \r
 103       value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
 104       break;\r
 105     }\r
 106     if(value!=-1)\r
 107        g.drawString(value + "", 0,  ypos +  i*av.charHeight - av.charHeight/5);\r
 108   }\r
 109 \r
 110 }\r
 111 \r
 112 \r
 113 \r
 114 \r
 115 \r
 116 public void fastPaint(int horizontal, int vertical)\r
 117 {\r
 118     if (horizontal == 0 && vertical == 0)\r
 119       return;\r
 120 \r
 121     gg.copyArea(0, 0, imgWidth, imgHeight, -horizontal * av.charWidth,\r
 122                 -vertical * av.charHeight);\r
 123 \r
 124     int sr = av.startRes, er = av.endRes + 1, ss = av.startSeq, es = av.endSeq,\r
 125         transX = 0, transY = 0;\r
 126     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 127     {\r
 128       transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 129       sr = er - horizontal;\r
 130     }\r
 131     else if (horizontal < 0)\r
 132       er = sr - horizontal;\r
 133 \r
 134     else if (vertical > 0) // scroll down\r
 135     {\r
 136       transY = imgHeight - vertical * av.charHeight;\r
 137       ss = es - vertical;\r
 138     }\r
 139     else if (vertical < 0)\r
 140       es = ss - vertical;\r
 141 \r
 142     gg.translate(transX, transY);\r
 143 \r
 144     gg.setColor(Color.white);\r
 145     gg.fillRect(0,0, (er-sr)*av.charWidth, (es-ss)*av.charHeight);\r
 146     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, sr, ss, 0);\r
 147     gg.translate( -transX, -transY);\r
 148 \r
 149     fastPaint = true;\r
 150     repaint();\r
 151 \r
 152 }\r
 153 \r
 154 /**\r
 155  * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
 156  * SMJS This is what I'm working towards!\r
 157  *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
 158  *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
 159  *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
 160  *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
 161  * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
 162  * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
 163  */\r
 164 \r
 165   public void paintComponent(Graphics g)\r
 166   {\r
 167     g.setColor(Color.white);\r
 168     g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 169 \r
 170     if (fastPaint)\r
 171     {\r
 172       g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 173       fastPaint = false;\r
 174       return;\r
 175     }\r
 176 \r
 177     // this draws the whole of the alignment\r
 178       imgWidth  = getWidth();\r
 179       imgHeight = getHeight();\r
 180 \r
 181       imgWidth -= imgWidth%av.charWidth;\r
 182       imgHeight-= imgHeight%av.charHeight;\r
 183 \r
 184       img = createImage(imgWidth,imgHeight);\r
 185       gg  = (Graphics2D)img.getGraphics();\r
 186       gg.setFont(av.getFont());\r
 187       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 188 \r
 189       gg.setColor(Color.white);\r
 190       gg.fillRect(0,0,imgWidth,imgHeight);\r
 191 \r
 192     chunkWidth  =   getWrappedCanvasWidth( getWidth() );\r
 193     chunkHeight =  (av.getAlignment().getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 194 \r
 195     av.setChunkHeight(chunkHeight);\r
 196     av.setChunkWidth(chunkWidth);\r
 197 \r
 198 \r
 199     if (av.getWrapAlignment())\r
 200       drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);\r
 201     else\r
 202       drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, av.startRes, av.startSeq, 0);\r
 203 \r
 204     g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 205 \r
 206   }\r
 207 \r
 208   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)\r
 209   {\r
 210     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 211 \r
 212     int LABEL_EAST = 0;\r
 213     if(av.scaleRightWrapped)\r
 214       LABEL_EAST = fm.stringWidth( av.alignment.getWidth()+"000" );\r
 215     int LABEL_WEST = 0;\r
 216     if(av.scaleLeftWrapped)\r
 217       LABEL_WEST = fm.stringWidth( av.alignment.getWidth()+"0" );\r
 218 \r
 219     return  (cwidth - LABEL_EAST -LABEL_WEST)/av.charWidth;\r
 220   }\r
 221 \r
 222   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth, int canvasHeight, int startRes)\r
 223   {\r
 224       AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 225 \r
 226       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 227 \r
 228       int LABEL_EAST = 0;\r
 229       if(av.scaleRightWrapped)\r
 230         LABEL_EAST = fm.stringWidth( al.getWidth()+"000" );\r
 231       int LABEL_WEST = 0;\r
 232       if(av.scaleLeftWrapped)\r
 233         LABEL_WEST = fm.stringWidth( al.getWidth()+"0" );\r
 234 \r
 235       int cWidth  =   (canvasWidth - LABEL_EAST -LABEL_WEST)/av.charWidth;\r
 236       int cHeight =  (av.getAlignment().getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 237 \r
 238       int  endx   = startRes+cWidth-1;\r
 239       int  ypos  = 2*av.charHeight;\r
 240 \r
 241 \r
 242       while (ypos <= canvasHeight && endx <al.getWidth())\r
 243       {\r
 244         g.setColor(Color.black);\r
 245 \r
 246         if(av.scaleLeftWrapped)\r
 247           drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 248 \r
 249         if(av.scaleRightWrapped)\r
 250         {\r
 251           g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST +av.charWidth, 0);\r
 252           drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 253           g.translate( - (canvasWidth - LABEL_EAST+av.charWidth), 0);\r
 254         }\r
 255 \r
 256 \r
 257         g.translate(LABEL_WEST,0);\r
 258         if(av.scaleAboveWrapped)\r
 259           drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 260 \r
 261         drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), startRes, 0, ypos);\r
 262         g.translate(-LABEL_WEST,0);\r
 263 \r
 264         ypos += cHeight;\r
 265         startRes += cWidth;\r
 266         endx = startRes + cWidth - 1;\r
 267 \r
 268         if (endx > al.getWidth())\r
 269           endx = al.getWidth();\r
 270       }\r
 271 \r
 272   }\r
 273 \r
 274 \r
 275   public void drawPanel(Graphics g1,int x1,int x2, int y1, int y2,int startx, int starty,int offset) {\r
 276 \r
 277     Graphics2D g = (Graphics2D)g1;\r
 278     g.setFont(av.getFont());\r
 279     RendererI sr = av.getRenderer();\r
 280 \r
 281     /*Vector    pid    = av.getConsensus(false);\r
 282     Vector tmpseq = new Vector();\r
 283     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)\r
 284         if (!av.getSelection().contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 285             tmpseq.addElement(av.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
 286 \r
 287     if (sr instanceof SequenceRenderer)\r
 288         pid    = AAFrequency.calculate(tmpseq,x1,x2);\r
 289 \r
 290     else if (sr instanceof GraphRenderer)\r
 291         pid = AAFrequency.calculatePID(av.getAlignment().getSequenceAt(0),\r
 292                                        av.getAlignment().getSequences(),\r
 293                                        av.getPIDWindow(),x1,x2);\r
 294 \r
 295 */\r
 296 \r
 297    /* if (y2 > starty && y1 < av.getEndSeq())\r
 298     {\r
 299        fillBackground(g,\r
 300                    Color.red,\r
 301                    (x1-startx)*charWidth,\r
 302                    offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,y1,av.getCharHeight()),\r
 303                    (x2-x1+1)*charWidth,\r
 304                    offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(y1,y2,av.getCharHeight()));\r
 305     }*/\r
 306 \r
 307     SequenceI nextSeq;\r
 308 \r
 309     /// First draw the sequences\r
 310     /////////////////////////////\r
 311     for (int i = y1 ; i < y2 ;i++)\r
 312     {\r
 313      nextSeq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 314 \r
 315      sr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups( nextSeq ),x1,x2,\r
 316                  (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 317                  offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight),\r
 318                  av.charWidth,av.charHeight,null, i);\r
 319 \r
 320      if(av.showSequenceFeatures)\r
 321      {\r
 322        fr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups( nextSeq ), x1, x2,\r
 323                        (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 324                        offset +\r
 325                        AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight),\r
 326                        av.charWidth, av.charHeight, null, i);\r
 327      }\r
 328     }\r
 329     //\r
 330     /////////////////////////////////////\r
 331 \r
 332     // Now outline any areas if necessary\r
 333     /////////////////////////////////////\r
 334     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();\r
 335     java.util.Vector groups = av.alignment.getGroups();\r
 336 \r
 337     int sx = -1, sy = -1, ex = -1;\r
 338     int groupIndex = -1;\r
 339     if (group == null && groups.size() > 0)\r
 340     {\r
 341       group = (SequenceGroup) groups.elementAt(0);\r
 342       groupIndex = 0;\r
 343     }\r
 344 \r
 345     if (group != null)\r
 346       do\r
 347       {\r
 348         int oldY = -1;\r
 349         int i = 0;\r
 350         boolean inGroup = false;\r
 351         int top=-1, bottom =-1;\r
 352         for (i = y1; i < y2; i++)\r
 353         {\r
 354           sx = (group.getStartRes() - startx) * av.charWidth;\r
 355           sy = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight);\r
 356           ex = (group.getEndRes() + 1 - group.getStartRes()) * av.charWidth;\r
 357 \r
 358           if (av.getWrapAlignment())\r
 359           {\r
 360             if (sx < 0)\r
 361               sx = 0;\r
 362 \r
 363             if (ex > getWidth())\r
 364             {\r
 365               if (av.getWrapAlignment())\r
 366                 ex = getWrappedCanvasWidth(getWidth()) * av.charWidth;\r
 367 \r
 368             }\r
 369           }\r
 370           else if(ex>getWidth())\r
 371             ex -= av.charWidth;\r
 372 \r
 373 \r
 374           if (sx < getWidth()\r
 375               && ex > 0\r
 376               && group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 377           {\r
 378             if (bottom == -1 &&\r
 379                 !group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i + 1)))\r
 380               bottom = sy + av.charHeight ;\r
 381 \r
 382             if (!inGroup)\r
 383             {\r
 384               if (top == -1 && i==0 ||\r
 385                   !group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i - 1)))\r
 386                 top = sy;\r
 387 \r
 388 \r
 389               oldY = sy;\r
 390               inGroup = true;\r
 391               if (group == av.getSelectionGroup())\r
 392               {\r
 393                 g.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_BUTT, BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]{5f,3f}, 0f ));\r
 394                 g.setColor(Color.RED);\r
 395               }\r
 396               else\r
 397               {\r
 398                 g.setStroke(new BasicStroke());\r
 399                 g.setColor(group.getOutlineColour());\r
 400               }\r
 401             }\r
 402           }\r
 403           else\r
 404           {\r
 405             if (inGroup)\r
 406             {\r
 407               g.drawLine(sx, oldY, sx, sy );\r
 408               g.drawLine(sx+ex, oldY, sx+ex, sy );\r
 409 \r
 410               if (top != -1)\r
 411               {\r
 412                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 413                 top =-1;\r
 414               }\r
 415               if (bottom != -1)\r
 416               {\r
 417                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);\r
 418                 bottom = -1;\r
 419               }\r
 420 \r
 421 \r
 422               inGroup = false;\r
 423             }\r
 424           }\r
 425         }\r
 426 \r
 427         if (inGroup)\r
 428         {\r
 429 \r
 430           if(top!=-1)\r
 431           {\r
 432             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 433             top =-1;\r
 434           }\r
 435           if(bottom!=-1)\r
 436            {\r
 437              g.drawLine(sx, bottom-1, sx + ex, bottom-1);\r
 438              bottom = -1;\r
 439 \r
 440            }\r
 441           sy = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight);\r
 442           g.drawLine(sx, oldY, sx, sy );\r
 443           g.drawLine(sx+ex, oldY, sx+ex, sy );\r
 444           inGroup = false;\r
 445         }\r
 446         groupIndex++;\r
 447         if (groupIndex >= groups.size())\r
 448           break;\r
 449 \r
 450         group = (SequenceGroup) groups.elementAt(groupIndex);\r
 451 \r
 452       }\r
 453       while (groupIndex < groups.size());\r
 454 \r
 455 \r
 456     /// Highlight search Results once all sequences have been drawn\r
 457     //////////////////////////////////////////////////////////\r
 458     if(displaySearch)\r
 459     {\r
 460       for(int r=0; r<searchResults.length; r+=3)\r
 461       {\r
 462         int searchSeq = searchResults[r];\r
 463         int searchStart = searchResults[r+1];\r
 464         int searchEnd = searchResults[r+2];\r
 465 \r
 466         if (searchSeq >= y1 && searchSeq < y2)\r
 467         {\r
 468           SequenceRenderer ssr = (SequenceRenderer) sr;\r
 469           if(searchStart<x1)\r
 470             searchStart = x1;\r
 471           if(searchEnd > x2)\r
 472             searchEnd = x2;\r
 473           ssr.drawHighlightedText(av.getAlignment().getSequenceAt(searchSeq),\r
 474                                   searchStart,\r
 475                                   searchEnd,\r
 476                                   (searchStart - startx) * av.charWidth,\r
 477                                   offset +\r
 478                                   AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, searchSeq,\r
 479               av.charHeight),\r
 480                                   av.charWidth,\r
 481                                   av.charHeight);\r
 482         }\r
 483       }\r
 484     }\r
 485 \r
 486   }\r
 487 \r
 488 \r
 489 \r
 490   public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 491   {\r
 492     // results are in the order sequence, startRes, endRes\r
 493     if(results==null)\r
 494       displaySearch = false;\r
 495     else\r
 496       displaySearch = true;\r
 497 \r
 498     searchResults = results;\r
 499 \r
 500     repaint();\r
 501   }\r
 502 \r
 503 \r
 504 }\r