src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.schemes.*;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 import java.awt.event.*;\r
  27 \r
  28 import javax.swing.*;\r
  29 \r
  30 import java.util.Vector;\r
  31 \r
  32 \r
  33 /**\r
  34  * DOCUMENT ME!\r
  35  *\r
  36  * @author $author$\r
  37  * @version $Revision$\r
  38  */\r
  39 public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,\r
  40     MouseMotionListener, MouseWheelListener\r
  41 \r
  42 {\r
  43     /** DOCUMENT ME!! */\r
  44     public SeqCanvas seqCanvas;\r
  45 \r
  46     /** DOCUMENT ME!! */\r
  47     public AlignmentPanel ap;\r
  48     protected int lastres;\r
  49     protected int startseq;\r
  50     protected AlignViewport av;\r
  51 \r
  52     // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  53     boolean seqEditOccurred = false;\r
  54     ScrollThread scrollThread = null;\r
  55     boolean mouseDragging = false;\r
  56     boolean editingSeqs = false;\r
  57     boolean groupEditing = false;\r
  58 \r
  59     //////////////////////////////////////////\r
  60     /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
  61     //////////////////////////////////////////\r
  62     int oldSeq = -1;\r
  63     boolean changeEndSeq = false;\r
  64     boolean changeStartSeq = false;\r
  65     boolean changeEndRes = false;\r
  66     boolean changeStartRes = false;\r
  67     SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  68     boolean remove = false;\r
  69 \r
  70     Point lastMousePress;\r
  71     boolean mouseWheelPressed = false;\r
  72     StringBuffer keyboardNo1;\r
  73     StringBuffer keyboardNo2;\r
  74 \r
  75     java.net.URL linkImageURL;\r
  76 \r
  77     /**\r
  78      * Creates a new SeqPanel object.\r
  79      *\r
  80      * @param avp DOCUMENT ME!\r
  81      * @param p DOCUMENT ME!\r
  82      */\r
  83     public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  84     {\r
  85         linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif");\r
  86         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  87         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
  88         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
  89         this.av = avp;\r
  90         setBackground(Color.white);\r
  91 \r
  92         seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  93         setLayout(new BorderLayout());\r
  94         add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  95 \r
  96         ap = p;\r
  97 \r
  98         if(!av.isDataset())\r
  99         {\r
 100           addMouseMotionListener(this);\r
 101           addMouseListener(this);\r
 102           addMouseWheelListener(this);\r
 103         }\r
 104     }\r
 105 \r
 106     int startWrapBlock=-1;\r
 107     int wrappedBlock=-1;\r
 108     int findRes(MouseEvent evt)\r
 109    {\r
 110      int res = 0;\r
 111      int x = evt.getX();\r
 112 \r
 113     if (av.wrapAlignment)\r
 114     {\r
 115 \r
 116       int hgap = av.charHeight;\r
 117       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 118         hgap += av.charHeight;\r
 119 \r
 120       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 121           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 122 \r
 123         int y = evt.getY();\r
 124         y -= hgap;\r
 125         x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 126 \r
 127 \r
 128         int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());\r
 129         if(cwidth<1)\r
 130           return 0;\r
 131 \r
 132         wrappedBlock = y / cHeight;\r
 133         wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 134 \r
 135         res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 136 \r
 137     }\r
 138     else\r
 139     {\r
 140         res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 141     }\r
 142 \r
 143     if(av.hasHiddenColumns)\r
 144           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 145 \r
 146     return res;\r
 147 \r
 148    }\r
 149 \r
 150    int findSeq(MouseEvent evt)\r
 151    {\r
 152      int seq = 0;\r
 153      int y = evt.getY();\r
 154 \r
 155      if (av.wrapAlignment)\r
 156      {\r
 157        int hgap = av.charHeight;\r
 158        if (av.scaleAboveWrapped)\r
 159          hgap += av.charHeight;\r
 160 \r
 161        int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 162            + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 163 \r
 164          y -= hgap;\r
 165 \r
 166        seq = Math.min( (y % cHeight) / av.getCharHeight(),\r
 167                        av.alignment.getHeight() -1);\r
 168      }\r
 169      else\r
 170      {\r
 171        seq = Math.min( (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(),\r
 172                        av.alignment.getHeight() -1);\r
 173      }\r
 174 \r
 175      return seq;\r
 176    }\r
 177 \r
 178    Vector getAllFeaturesAtRes(SequenceI seq, int res)\r
 179    {\r
 180      Vector allFeatures = new Vector();\r
 181      int index = 0;\r
 182      if(seq.getSequenceFeatures()!=null && av.featuresDisplayed!=null)\r
 183      {\r
 184        while (index < seq.getSequenceFeatures().length)\r
 185        {\r
 186          SequenceFeature sf = seq.getSequenceFeatures()[index];\r
 187          if (sf.getBegin() <= res &&\r
 188              sf.getEnd() >= res)\r
 189          {\r
 190            if (av.featuresDisplayed.containsKey(sf.getType()))\r
 191            {\r
 192              allFeatures.addElement(sf);\r
 193            }\r
 194          }\r
 195          index++;\r
 196        }\r
 197      }\r
 198      return allFeatures;\r
 199   }\r
 200 \r
 201    void endEditing()\r
 202    {\r
 203      startseq = -1;\r
 204      lastres = -1;\r
 205      seqEditOccurred = false;\r
 206      editingSeqs = false;\r
 207      groupEditing = false;\r
 208      keyboardNo1 = null;\r
 209      keyboardNo2 = null;\r
 210     }\r
 211 \r
 212     void setCursorRow()\r
 213     {\r
 214       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
 215       scrollToVisible();\r
 216     }\r
 217 \r
 218     void setCursorColumn()\r
 219     {\r
 220       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
 221       scrollToVisible();\r
 222     }\r
 223 \r
 224     void setCursorRowAndColumn()\r
 225     {\r
 226       if(keyboardNo2==null)\r
 227       {\r
 228         keyboardNo2 = new StringBuffer();\r
 229       }\r
 230       else\r
 231       {\r
 232         seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1) - 1;\r
 233         seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo2) - 1;\r
 234         scrollToVisible();\r
 235       }\r
 236     }\r
 237 \r
 238     void setCursorPosition()\r
 239     {\r
 240       SequenceI sequence =\r
 241           (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 242 \r
 243       seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(\r
 244           getKeyboardNo(keyboardNo1)-1\r
 245           );\r
 246       scrollToVisible();\r
 247     }\r
 248 \r
 249     void moveCursor(int dx, int dy)\r
 250     {\r
 251       seqCanvas.cursorX += dx;\r
 252       seqCanvas.cursorY += dy;\r
 253       scrollToVisible();\r
 254     }\r
 255 \r
 256     void scrollToVisible()\r
 257     {\r
 258       if (seqCanvas.cursorX < 0)\r
 259         seqCanvas.cursorX = 0;\r
 260       else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)\r
 261         seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 262 \r
 263       if (seqCanvas.cursorY < 0)\r
 264         seqCanvas.cursorY = 0;\r
 265       else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)\r
 266         seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;\r
 267 \r
 268 \r
 269       endEditing();\r
 270       if(av.wrapAlignment)\r
 271       {\r
 272         ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);\r
 273       }\r
 274       else\r
 275       {\r
 276         while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)\r
 277         {\r
 278           ap.scrollUp(true);\r
 279         }\r
 280         while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)\r
 281         {\r
 282           ap.scrollUp(false);\r
 283         }\r
 284         if (!av.wrapAlignment)\r
 285         {\r
 286           while (seqCanvas.cursorX < av.startRes)\r
 287           {\r
 288             if (!ap.scrollRight(false))\r
 289               break;\r
 290           }\r
 291           while (seqCanvas.cursorX > av.endRes)\r
 292           {\r
 293             if (!ap.scrollRight(true))\r
 294               break;\r
 295           }\r
 296         }\r
 297       }\r
 298       setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
 299                        seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
 300 \r
 301       seqCanvas.repaint();\r
 302     }\r
 303 \r
 304     void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
 305     {\r
 306       SequenceI sequence =\r
 307           (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 308 \r
 309       if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
 310       {\r
 311         SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
 312         //Find the top and bottom of this group\r
 313         int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
 314         for(int i=0; i<sg.getSize(false); i++)\r
 315         {\r
 316           int index = av.alignment.findIndex( sg.getSequenceAt(i) );\r
 317           if(index > max)\r
 318             max = index;\r
 319           if(index < min)\r
 320             min = index;\r
 321         }\r
 322 \r
 323         max ++;\r
 324 \r
 325         if(topLeft)\r
 326         {\r
 327           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 328           if(sg.getEndRes()<seqCanvas.cursorX)\r
 329             sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 330 \r
 331           min = seqCanvas.cursorY;\r
 332         }\r
 333         else\r
 334         {\r
 335           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 336           if(sg.getStartRes()>seqCanvas.cursorX)\r
 337             sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 338 \r
 339           max = seqCanvas.cursorY+1;\r
 340         }\r
 341 \r
 342         if(min>max)\r
 343         {\r
 344           // Only the user can do this\r
 345           av.setSelectionGroup(null);\r
 346         }\r
 347         else\r
 348         {\r
 349           // Now add any sequences between min and max\r
 350           sg.getSequences(false).clear();\r
 351           for (int i = min; i < max; i++)\r
 352           {\r
 353             sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 354           }\r
 355         }\r
 356       }\r
 357 \r
 358       if (av.getSelectionGroup() == null)\r
 359       {\r
 360         SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 361         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 362         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 363         sg.addSequence(sequence, false);\r
 364         av.setSelectionGroup(sg);\r
 365       }\r
 366 \r
 367 \r
 368       ap.repaint();\r
 369     }\r
 370 \r
 371     void insertGapAtCursor(boolean group)\r
 372     {\r
 373       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 374                                                    av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 375       groupEditing = group;\r
 376       startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 377       lastres = seqCanvas.cursorX;\r
 378       editSequence(true, seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1));\r
 379       editOccurred();\r
 380     }\r
 381 \r
 382     void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
 383     {\r
 384       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 385                                                    av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 386       groupEditing = group;\r
 387       startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 388       lastres = seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1);\r
 389       editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
 390       editOccurred();\r
 391     }\r
 392 \r
 393     void numberPressed(char value)\r
 394     {\r
 395       if(keyboardNo1==null)\r
 396         keyboardNo1 = new StringBuffer();\r
 397 \r
 398       if(keyboardNo2!=null)\r
 399         keyboardNo2.append(value);\r
 400       else\r
 401         keyboardNo1.append(value);\r
 402     }\r
 403 \r
 404     int getKeyboardNo(StringBuffer kb)\r
 405     {\r
 406       if(kb==null)\r
 407         return 1;\r
 408       else\r
 409         return Integer.parseInt(kb.toString());\r
 410     }\r
 411 \r
 412 \r
 413     /**\r
 414      * DOCUMENT ME!\r
 415      *\r
 416      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 417      */\r
 418     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 419     {\r
 420       mouseDragging = false;\r
 421       mouseWheelPressed = false;\r
 422 \r
 423       if (!editingSeqs)\r
 424       {\r
 425          doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 426          return;\r
 427       }\r
 428 \r
 429        editOccurred();\r
 430 \r
 431        ap.repaint();\r
 432     }\r
 433 \r
 434 \r
 435 \r
 436     /**\r
 437      * DOCUMENT ME!\r
 438      *\r
 439      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 440      */\r
 441     public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 442     {\r
 443       lastMousePress = evt.getPoint();\r
 444 \r
 445       if (javax.swing.SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))\r
 446       {\r
 447         mouseWheelPressed = true;\r
 448         return;\r
 449       }\r
 450 \r
 451       if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
 452           evt.isControlDown())\r
 453       {\r
 454         if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 455         {\r
 456           groupEditing = true;\r
 457         }\r
 458         editingSeqs = true;\r
 459       }\r
 460       else\r
 461       {\r
 462         doMousePressedDefineMode(evt);\r
 463         return;\r
 464       }\r
 465 \r
 466 \r
 467 \r
 468       int seq = findSeq(evt);\r
 469       int res = findRes(evt);\r
 470 \r
 471       if(seq<0 || res<0)\r
 472         return;\r
 473 \r
 474       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 475                                                          av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 476 \r
 477         if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 478                 (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 479         {\r
 480             startseq = seq;\r
 481             lastres = res;\r
 482         }\r
 483         else\r
 484         {\r
 485             startseq = -1;\r
 486             lastres = -1;\r
 487         }\r
 488 \r
 489         return;\r
 490     }\r
 491 \r
 492     /**\r
 493      * DOCUMENT ME!\r
 494      *\r
 495      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 496      */\r
 497     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 498     {\r
 499       if (editingSeqs)\r
 500       {\r
 501        // This is because MacOSX creates a mouseMoved\r
 502        // If control is down, other platforms will not.\r
 503        mouseDragged(evt);\r
 504       }\r
 505 \r
 506       int res = findRes(evt);\r
 507       int seq = findSeq(evt);\r
 508 \r
 509 \r
 510       if(res<0 || seq<0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())\r
 511             return;\r
 512 \r
 513       SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 514 \r
 515       if (res > sequence.getLength())\r
 516       {\r
 517         return;\r
 518       }\r
 519 \r
 520       if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
 521       {\r
 522         seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
 523       }\r
 524 \r
 525       setStatusMessage(sequence, res, seq);\r
 526 \r
 527         // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 528         if (av.showSequenceFeatures)\r
 529         {\r
 530             SequenceFeature [] features = sequence.getDatasetSequence().getSequenceFeatures();\r
 531             if(features!=null)\r
 532             {\r
 533               StringBuffer sbuffer = new StringBuffer("<html>");\r
 534               StringBuffer seqSpecific =  new StringBuffer();\r
 535 \r
 536               for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
 537               {\r
 538 \r
 539                 if ( (features[i].getBegin() <= sequence.findPosition(res)) &&\r
 540                     (features[i].getEnd() >= sequence.findPosition(res)))\r
 541                 {\r
 542                   if(av.featuresDisplayed==null\r
 543                     || !av.featuresDisplayed.containsKey(features[i].getType()))\r
 544                   continue;\r
 545 \r
 546 \r
 547                   if (features[i].getType().equals("disulfide bond"))\r
 548                   {\r
 549                     if (features[i].getBegin() == sequence.findPosition(res)\r
 550                         || features[i].getEnd() == sequence.findPosition(res))\r
 551                     {\r
 552                       if (sbuffer.length() > 6)\r
 553                         sbuffer.append("<br>");\r
 554                       sbuffer.append("disulfide bond " + features[i].getBegin() + ":" +\r
 555                                      features[i].getEnd());\r
 556                       if (features[i].links != null)\r
 557                       sbuffer.append(" <img src=\"" + linkImageURL + "\">");\r
 558                     }\r
 559                   }\r
 560                   else\r
 561                   {\r
 562                     if (sbuffer.length() > 6)\r
 563                       sbuffer.append("<br>");\r
 564 \r
 565                     sbuffer.append(features[i].getType() + " " +\r
 566                                    features[i].begin);\r
 567                     if (features[i].begin != features[i].end)\r
 568                       sbuffer.append(" " + features[i].end);\r
 569 \r
 570                     if (features[i].getDescription() != null\r
 571                         && !features[i].description.equals(features[i].getType()))\r
 572                       sbuffer.append("; " + features[i].getDescription());\r
 573 \r
 574                     if (features[i].getValue("status") != null)\r
 575                     {\r
 576                       sbuffer.append("; (" + features[i].getValue("status") + ")");\r
 577                     }\r
 578                     if (features[i].links != null)\r
 579                       sbuffer.append(" <img src=\"" + linkImageURL + "\">");\r
 580 \r
 581                   }\r
 582                 }\r
 583                 else if(features[i].begin==0 && features[i].end==0)\r
 584                 {\r
 585                   // seqSpecific.append(features[i].featureGroup+": "\r
 586                   //                   + features[i].getType()+" "\r
 587                    //                   +features[i].getDescription()+"<br>");\r
 588 \r
 589                 }\r
 590               }\r
 591 \r
 592               if(seqSpecific.length()>0)\r
 593                 seqSpecific.setLength(seqSpecific.length()-4);\r
 594 \r
 595               sbuffer.append(seqSpecific);\r
 596               sbuffer.append("</html>");\r
 597               if(sbuffer.length()==13) // <html></html>\r
 598                 setToolTipText("");\r
 599               else\r
 600                setToolTipText(sbuffer.toString());\r
 601             }\r
 602             else\r
 603               setToolTipText("");\r
 604         }\r
 605     }\r
 606 \r
 607     void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
 608     {\r
 609       StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 610                                            sequence.getName());\r
 611 \r
 612       Object obj = null;\r
 613       if (av.alignment.isNucleotide())\r
 614       {\r
 615         obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 616                                                    "");\r
 617         if (obj != null)\r
 618           text.append(" Nucleotide: ");\r
 619       }\r
 620       else\r
 621       {\r
 622         obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 623         if (obj != null)\r
 624           text.append("  Residue: ");\r
 625       }\r
 626 \r
 627       if (obj != null)\r
 628       {\r
 629 \r
 630         if (obj != "")\r
 631         {\r
 632           text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
 633                       ")");\r
 634         }\r
 635       }\r
 636       ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 637 \r
 638     }\r
 639 \r
 640     /**\r
 641      * DOCUMENT ME!\r
 642      *\r
 643      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 644      */\r
 645     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 646     {\r
 647       if (mouseWheelPressed)\r
 648       {\r
 649         int oldWidth = av.charWidth;\r
 650 \r
 651         //Which is bigger, left-right or up-down?\r
 652         if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.getY())\r
 653             > Math.abs(evt.getX() - lastMousePress.getX()))\r
 654         {\r
 655           int fontSize = av.font.getSize();\r
 656 \r
 657           if (evt.getY() < lastMousePress.getY())\r
 658           {\r
 659             fontSize--;\r
 660           }\r
 661           else if (evt.getY() > lastMousePress.getY())\r
 662           {\r
 663             fontSize++;\r
 664           }\r
 665 \r
 666           if(fontSize<1)\r
 667             fontSize = 1;\r
 668 \r
 669           av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));\r
 670           av.charWidth = oldWidth;\r
 671           ap.fontChanged();\r
 672         }\r
 673         else\r
 674         {\r
 675           if (evt.getX() < lastMousePress.getX() && av.charWidth > 1)\r
 676           {\r
 677             av.charWidth--;\r
 678           }\r
 679           else if (evt.getX() > lastMousePress.getX())\r
 680           {\r
 681             av.charWidth++;\r
 682           }\r
 683 \r
 684           ap.repaint();\r
 685         }\r
 686 \r
 687         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 688         av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;\r
 689 \r
 690         lastMousePress = evt.getPoint();\r
 691 \r
 692         return;\r
 693       }\r
 694 \r
 695       if (!editingSeqs)\r
 696       {\r
 697         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 698         return;\r
 699       }\r
 700 \r
 701         int res = findRes(evt);\r
 702 \r
 703         if (res < 0)\r
 704         {\r
 705             res = 0;\r
 706         }\r
 707 \r
 708         if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
 709         {\r
 710             return;\r
 711         }\r
 712 \r
 713         if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 714         {\r
 715           // dragLeft, delete gap\r
 716           editSequence(false, res);\r
 717         }\r
 718         else\r
 719           editSequence(true, res);\r
 720 \r
 721         mouseDragging = true;\r
 722         if(scrollThread!=null)\r
 723           scrollThread.setEvent(evt);\r
 724 \r
 725     }\r
 726 \r
 727     synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
 728     {\r
 729       int fixedLeft = -1;\r
 730       int fixedRight = -1;\r
 731       boolean fixedColumns = false;\r
 732       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 733 \r
 734 \r
 735         if (!groupEditing && av.hasHiddenRows)\r
 736         {\r
 737           if (av.alignment.getSequenceAt(startseq).getHiddenSequences() != null)\r
 738           {\r
 739             groupEditing = true;\r
 740           }\r
 741         }\r
 742 \r
 743         //No group, but the sequence may represent a group\r
 744         if (groupEditing\r
 745             && sg == null\r
 746             && av.alignment.getSequenceAt(startseq).getHiddenSequences() == null)\r
 747         {\r
 748           groupEditing = false;\r
 749         }\r
 750 \r
 751         SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 752         StringBuffer message = new StringBuffer();\r
 753         if (groupEditing)\r
 754            message.append("Edit group:");\r
 755         else\r
 756            message.append("Edit sequence: "+seq.getName());\r
 757 \r
 758        if(insertGap)\r
 759          message.append(" insert ");\r
 760        else\r
 761          message.append(" delete ");\r
 762 \r
 763        message.append(Math.abs(startres-lastres)+" gaps.");\r
 764        ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
 765 \r
 766 \r
 767         //Are we editing within a selection group?\r
 768         if (groupEditing\r
 769             || (sg != null && sg.getSequences(true).contains(seq)))\r
 770         {\r
 771           fixedColumns = true;\r
 772 \r
 773           //sg might be null as the user may only see 1 sequence,\r
 774           //but the sequence represents a group\r
 775           if (sg == null)\r
 776           {\r
 777             sg = new SequenceGroup(null, null, false, false, false, 0,\r
 778                                    av.alignment.getWidth()-1);\r
 779             sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(startseq), false);\r
 780           }\r
 781 \r
 782           fixedLeft = sg.getStartRes();\r
 783           fixedRight = sg.getEndRes();\r
 784 \r
 785           if (   (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
 786               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
 787               || (startres > fixedRight && lastres <=fixedRight)\r
 788               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
 789           {\r
 790             endEditing();\r
 791             return;\r
 792           }\r
 793 \r
 794           if (fixedLeft > startres)\r
 795           {\r
 796             fixedRight = fixedLeft - 1;\r
 797             fixedLeft = 0;\r
 798           }\r
 799           else if (fixedRight < startres)\r
 800           {\r
 801             fixedLeft = fixedRight;\r
 802             fixedRight = -1;\r
 803           }\r
 804         }\r
 805 \r
 806 \r
 807         if(av.hasHiddenColumns )\r
 808         {\r
 809             fixedColumns = true;\r
 810             int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);\r
 811             int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);\r
 812 \r
 813             if ( (insertGap && startres > y1 && lastres < y1)\r
 814                 || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))\r
 815             {\r
 816               endEditing();\r
 817               return;\r
 818             }\r
 819 \r
 820             //System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");\r
 821             //Selection spans a hidden region\r
 822             if(fixedLeft<y1 && (fixedRight>y2 || fixedRight==-1))\r
 823             {\r
 824               if(startres>=y2)\r
 825               {\r
 826                 fixedLeft = y2;\r
 827               }\r
 828               else\r
 829               {\r
 830                fixedRight = y2 - 1;\r
 831              }\r
 832             }\r
 833         }\r
 834 \r
 835 \r
 836         if (groupEditing)\r
 837         {\r
 838           // drag to right\r
 839           if (insertGap)\r
 840           {\r
 841               //If the user has selected the whole sequence, and is dragging to\r
 842               // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup\r
 843               if(   sg.getStartRes() == 0\r
 844                     && sg.getEndRes() == fixedRight\r
 845                     && sg.getEndRes() == av.alignment.getWidth()-1\r
 846                  )\r
 847               {\r
 848                 sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);\r
 849                 fixedRight = sg.getEndRes();\r
 850               }\r
 851 \r
 852             // Is it valid with fixed columns??\r
 853             // Find the next gap before the end\r
 854             // of the visible region boundary\r
 855             boolean blank = false;\r
 856             for (fixedRight = fixedRight;\r
 857                  fixedRight > lastres;\r
 858                  fixedRight--)\r
 859             {\r
 860               blank = true;\r
 861               for (int s = 0; s < sg.getSize(true); s++)\r
 862               {\r
 863                 seq = (SequenceI)sg.getSequences(true).elementAt(s);\r
 864                 for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)\r
 865                 {\r
 866                   if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 867                       seq.getCharAt(fixedRight - j)))\r
 868                   {\r
 869                     blank = false;\r
 870                     break;\r
 871                   }\r
 872                 }\r
 873               }\r
 874               if (blank)\r
 875                 break;\r
 876             }\r
 877 \r
 878             if (!blank)\r
 879             {\r
 880               if(sg.getSize(false) == av.alignment.getHeight()  )\r
 881               {\r
 882                 if((av.hasHiddenColumns\r
 883                     && startres<av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))\r
 884                 {\r
 885                   endEditing();\r
 886                   return;\r
 887                 }\r
 888 \r
 889                 int alWidth = av.alignment.getWidth();\r
 890                 if(av.hasHiddenRows)\r
 891                 {\r
 892                   int hwidth = av.alignment.getHiddenSequences().getWidth();\r
 893                   if(hwidth>alWidth)\r
 894                     alWidth = hwidth;\r
 895                 }\r
 896                 //We can still insert gaps if the selectionGroup\r
 897                 //contains all the sequences\r
 898                 sg.setEndRes(sg.getEndRes()+startres-lastres);\r
 899                 fixedRight = alWidth+startres-lastres;\r
 900               }\r
 901               else\r
 902               {\r
 903                 endEditing();\r
 904                 return;\r
 905               }\r
 906             }\r
 907           }\r
 908 \r
 909 \r
 910           // drag to left\r
 911           else if(!insertGap)\r
 912           {\r
 913             /// Are we able to delete?\r
 914             // ie are all columns blank?\r
 915 \r
 916             for (int s = 0; s < sg.getSize(true); s++)\r
 917             {\r
 918               seq = (SequenceI)sg.getSequences(true).elementAt(s);\r
 919 \r
 920               for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
 921               {\r
 922                 if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 923                 {\r
 924                   continue;\r
 925                 }\r
 926 \r
 927                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 928                     seq.getSequence().charAt(j)))\r
 929                 {\r
 930                   // Not a gap, block edit not valid\r
 931                   endEditing();\r
 932                   return;\r
 933                 }\r
 934               }\r
 935             }\r
 936           }\r
 937 \r
 938 \r
 939           for (int i = 0; i < sg.getSize(true); i++)\r
 940           {\r
 941             seq = (SequenceI) sg.getSequences(true).elementAt(i);\r
 942 \r
 943             if (insertGap)\r
 944             {\r
 945               // dragging to the right\r
 946               for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 947               {\r
 948                 if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 949                 {\r
 950                   insertChar(j, seq, fixedRight);\r
 951                 }\r
 952                 else\r
 953                   insertChar(j, seq);\r
 954               }\r
 955             }\r
 956             else\r
 957             {\r
 958               // dragging to the left\r
 959               for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 960               {\r
 961                 if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 962                 {\r
 963                   deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
 964                 }\r
 965                 else\r
 966                 {\r
 967                   deleteChar(startres, seq);\r
 968                 }\r
 969               }\r
 970             }\r
 971           }\r
 972         }\r
 973         else /////Editing a single sequence///////////\r
 974         {\r
 975           if (insertGap)\r
 976           {\r
 977             // dragging to the right\r
 978             for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 979             {\r
 980               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 981               {\r
 982                   insertChar(j, seq, fixedRight);\r
 983               }\r
 984               else\r
 985                 insertChar(j, seq);\r
 986             }\r
 987           }\r
 988           else\r
 989           {\r
 990             // dragging to the left\r
 991             for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 992             {\r
 993               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 994               {\r
 995                 deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
 996               }\r
 997               else\r
 998               {\r
 999                 deleteChar(startres, seq);\r
1000               }\r
1001             }\r
1002           }\r
1003         }\r
1004 \r
1005         lastres = startres;\r
1006         seqCanvas.repaint();\r
1007     }\r
1008 \r
1009 \r
1010     /**\r
1011      * DOCUMENT ME!\r
1012      *\r
1013      * @param j DOCUMENT ME!\r
1014      * @param seq DOCUMENT ME!\r
1015      */\r
1016     void insertChar(int j, SequenceI seq)\r
1017     {\r
1018         seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
1019         seqEditOccurred = true;\r
1020     }\r
1021 \r
1022     void insertChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
1023     {\r
1024       //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
1025       //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
1026       int blankColumn = fixedColumn;\r
1027       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
1028       {\r
1029         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
1030         {\r
1031           //Theres a space, so break and insert the gap\r
1032           break;\r
1033         }\r
1034       }\r
1035 \r
1036       if (blankColumn <= j)\r
1037       {\r
1038         blankColumn = fixedColumn;\r
1039         endEditing();\r
1040         return;\r
1041       }\r
1042 \r
1043       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
1044       {\r
1045         //Just Checking\r
1046         System.out.println("Tried removing residue (INSERT)"+seq.getCharAt(fixedColumn));\r
1047         return;\r
1048       }\r
1049 \r
1050       seq.deleteCharAt(blankColumn);\r
1051       seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
1052       seqEditOccurred = true;\r
1053     }\r
1054 \r
1055     void deleteChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
1056     {\r
1057       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
1058       {\r
1059         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
1060             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
1061         return;\r
1062       }\r
1063 \r
1064       seq.deleteCharAt(j);\r
1065       seq.insertCharAt(fixedColumn, av.getGapCharacter());\r
1066       seqEditOccurred = true;\r
1067     }\r
1068 \r
1069     /**\r
1070      * DOCUMENT ME!\r
1071      *\r
1072      * @param j DOCUMENT ME!\r
1073      * @param seq DOCUMENT ME!\r
1074      */\r
1075     void deleteChar(int j, SequenceI seq)\r
1076     {\r
1077       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
1078       {\r
1079         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
1080             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
1081         return;\r
1082       }\r
1083 \r
1084         seq.deleteCharAt(j);\r
1085         seqEditOccurred = true;\r
1086         seqCanvas.repaint();\r
1087     }\r
1088     /**\r
1089      * DOCUMENT ME!\r
1090      *\r
1091      * @param e DOCUMENT ME!\r
1092      */\r
1093     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
1094     {\r
1095         if(oldSeq < 0)\r
1096           oldSeq = 0;\r
1097 \r
1098         if (scrollThread != null)\r
1099         {\r
1100             scrollThread.running = false;\r
1101             scrollThread = null;\r
1102         }\r
1103     }\r
1104 \r
1105     /**\r
1106      * DOCUMENT ME!\r
1107      *\r
1108      * @param e DOCUMENT ME!\r
1109      */\r
1110     public void mouseExited(MouseEvent e)\r
1111     {\r
1112         if (av.getWrapAlignment())\r
1113         {\r
1114             return;\r
1115         }\r
1116 \r
1117         if (mouseDragging)\r
1118         {\r
1119             scrollThread = new ScrollThread();\r
1120         }\r
1121     }\r
1122 \r
1123     public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
1124     {}\r
1125 \r
1126     public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
1127     {\r
1128       e.consume();\r
1129      /* if (mouseWheelPressed)\r
1130       {\r
1131         Font font = av.getFont();\r
1132         int fontSize = font.getSize();\r
1133         if (e.getWheelRotation() > 0 && fontSize < 51)\r
1134           fontSize++;\r
1135         else if (fontSize > 1)\r
1136           fontSize--;\r
1137 \r
1138 \r
1139 \r
1140         av.setFont(new Font(font.getName(), font.getStyle(), fontSize));\r
1141 \r
1142         ap.fontChanged();\r
1143       }\r
1144       else*/\r
1145       {\r
1146         if (e.getWheelRotation() > 0)\r
1147           ap.scrollUp(false);\r
1148         else\r
1149           ap.scrollUp(true);\r
1150       }\r
1151 \r
1152     }\r
1153 \r
1154 \r
1155 \r
1156     /**\r
1157      * DOCUMENT ME!\r
1158      *\r
1159      * @param i DOCUMENT ME!\r
1160      */\r
1161     void editOccurred()\r
1162     {\r
1163       if (!seqEditOccurred)\r
1164       {\r
1165         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
1166         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
1167       }\r
1168 \r
1169       endEditing();\r
1170 \r
1171       av.firePropertyChange("alignment", null,av.getAlignment().getSequences());\r
1172 \r
1173     }\r
1174 \r
1175     /**\r
1176      * DOCUMENT ME!\r
1177      *\r
1178      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1179      */\r
1180     public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1181     {\r
1182       int res = findRes(evt);\r
1183       int seq = findSeq(evt);\r
1184       oldSeq = seq;\r
1185 \r
1186       startWrapBlock=wrappedBlock;\r
1187 \r
1188       if(av.wrapAlignment && seq>av.alignment.getHeight())\r
1189       {\r
1190           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1191               "Cannot edit annotations in wrapped view.",\r
1192               "Wrapped view - no edit",\r
1193               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1194           return;\r
1195       }\r
1196 \r
1197       if(seq<0 || res<0)\r
1198             return;\r
1199 \r
1200         SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
1201 \r
1202         if ((sequence == null) || (res > sequence.getLength()))\r
1203         {\r
1204             return;\r
1205         }\r
1206 \r
1207         stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
1208 \r
1209         if (stretchGroup == null)\r
1210         {\r
1211             stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
1212 \r
1213             if ((stretchGroup != null) && (res > stretchGroup.getStartRes()) &&\r
1214                     (res < stretchGroup.getEndRes()))\r
1215             {\r
1216                 av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1217             }\r
1218             else\r
1219             {\r
1220                 stretchGroup = null;\r
1221             }\r
1222         }\r
1223         else if (!stretchGroup.getSequences(false).contains(sequence) ||\r
1224                 (stretchGroup.getStartRes() > res) ||\r
1225                 (stretchGroup.getEndRes() < res))\r
1226         {\r
1227             stretchGroup = null;\r
1228 \r
1229             SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
1230 \r
1231             if (allGroups != null)\r
1232             {\r
1233                 for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
1234                 {\r
1235                     if ((allGroups[i].getStartRes() <= res) &&\r
1236                             (allGroups[i].getEndRes() >= res))\r
1237                     {\r
1238                         stretchGroup = allGroups[i];\r
1239                         break;\r
1240                     }\r
1241                 }\r
1242             }\r
1243 \r
1244             av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1245 \r
1246         }\r
1247 \r
1248 \r
1249         if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
1250         {\r
1251           Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence.getDatasetSequence(),\r
1252                                                   sequence.findPosition(res));\r
1253           Vector links = new Vector();\r
1254             for (int i = 0; i < allFeatures.size(); i++)\r
1255             {\r
1256               SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(i);\r
1257               if (sf.links != null)\r
1258               {\r
1259                 for (int j = 0; j < sf.links.size(); j++)\r
1260                 {\r
1261                   links.addElement(sf.links.elementAt(j));\r
1262                 }\r
1263               }\r
1264             }\r
1265 \r
1266             jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(ap, null, links);\r
1267             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1268             return;\r
1269         }\r
1270 \r
1271         if (av.cursorMode)\r
1272         {\r
1273           seqCanvas.cursorX = findRes(evt);\r
1274           seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);\r
1275           seqCanvas.repaint();\r
1276           return;\r
1277         }\r
1278 \r
1279         if (stretchGroup == null)\r
1280         {\r
1281           //Only if left mouse button do we want to change group sizes\r
1282 \r
1283           // define a new group here\r
1284           SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1285           sg.setStartRes(res);\r
1286           sg.setEndRes(res);\r
1287           sg.addSequence(sequence, false);\r
1288           av.setSelectionGroup(sg);\r
1289           stretchGroup = sg;\r
1290 \r
1291           if (av.getConservationSelected())\r
1292           {\r
1293             SliderPanel.setConservationSlider(ap,\r
1294                                               av.getGlobalColourScheme(),\r
1295                                               "Background");\r
1296           }\r
1297 \r
1298           if (av.getAbovePIDThreshold())\r
1299           {\r
1300             SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1301                                            "Background");\r
1302           }\r
1303           if ( (stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))\r
1304           {\r
1305             // Edit end res position of selected group\r
1306             changeEndRes = true;\r
1307           }\r
1308           else if ( (stretchGroup != null) &&\r
1309                    (stretchGroup.getStartRes() == res))\r
1310           {\r
1311             // Edit end res position of selected group\r
1312             changeStartRes = true;\r
1313           }\r
1314           stretchGroup.getWidth();\r
1315         }\r
1316 \r
1317         seqCanvas.repaint();\r
1318     }\r
1319 \r
1320     /**\r
1321      * DOCUMENT ME!\r
1322      *\r
1323      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1324      */\r
1325     public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1326     {\r
1327         if (stretchGroup == null)\r
1328         {\r
1329             return;\r
1330         }\r
1331 \r
1332 \r
1333         if(stretchGroup.cs!=null)\r
1334         {\r
1335           if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1336           {\r
1337             ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(\r
1338                 stretchGroup.getSequences(true),\r
1339                 stretchGroup.getWidth());\r
1340           }\r
1341 \r
1342           if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1343           {\r
1344             SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1345                                               stretchGroup.getName());\r
1346             stretchGroup.recalcConservation();\r
1347           }\r
1348           else\r
1349           {\r
1350             SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1351                                            stretchGroup.getName());\r
1352           }\r
1353         }\r
1354         changeEndRes = false;\r
1355         changeStartRes = false;\r
1356         stretchGroup = null;\r
1357 \r
1358         PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());\r
1359     }\r
1360 \r
1361     /**\r
1362      * DOCUMENT ME!\r
1363      *\r
1364      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1365      */\r
1366     public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1367     {\r
1368       int res = findRes(evt);\r
1369       int y = findSeq(evt);\r
1370 \r
1371       if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
1372         return;\r
1373 \r
1374        if (stretchGroup == null)\r
1375        {\r
1376             return;\r
1377        }\r
1378 \r
1379         if(res> av.alignment.getWidth())\r
1380         {\r
1381           res = av.alignment.getWidth()-1;\r
1382         }\r
1383 \r
1384         if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1385         {\r
1386             // Edit end res position of selected group\r
1387             changeEndRes = true;\r
1388         }\r
1389         else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1390         {\r
1391             // Edit start res position of selected group\r
1392             changeStartRes = true;\r
1393         }\r
1394 \r
1395         if (res < av.getStartRes())\r
1396         {\r
1397             res = av.getStartRes();\r
1398         }\r
1399 \r
1400         if (changeEndRes)\r
1401         {\r
1402             if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1403             {\r
1404                 stretchGroup.setEndRes(res);\r
1405             }\r
1406         }\r
1407         else if (changeStartRes)\r
1408         {\r
1409             if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1410             {\r
1411                 stretchGroup.setStartRes(res);\r
1412             }\r
1413         }\r
1414 \r
1415         int dragDirection = 0;\r
1416 \r
1417         if (y > oldSeq)\r
1418         {\r
1419             dragDirection = 1;\r
1420         }\r
1421         else if (y < oldSeq)\r
1422         {\r
1423             dragDirection = -1;\r
1424         }\r
1425 \r
1426 \r
1427         while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1428         {\r
1429             // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1430             // selection is quite slow.\r
1431             Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1432 \r
1433             oldSeq += dragDirection;\r
1434 \r
1435             if(oldSeq<0)\r
1436               break;\r
1437 \r
1438             Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1439 \r
1440             if (stretchGroup.getSequences(false).contains(nextSeq))\r
1441             {\r
1442                 stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1443             }\r
1444             else\r
1445             {\r
1446                 if (seq != null)\r
1447                 {\r
1448                     stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1449                 }\r
1450 \r
1451                 stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1452             }\r
1453         }\r
1454 \r
1455         if(oldSeq < 0)\r
1456           oldSeq = -1;\r
1457 \r
1458         mouseDragging = true;\r
1459 \r
1460         if (scrollThread != null)\r
1461         {\r
1462             scrollThread.setEvent(evt);\r
1463         }\r
1464 \r
1465         seqCanvas.repaint();\r
1466     }\r
1467 \r
1468     void scrollCanvas(MouseEvent evt)\r
1469     {\r
1470       if(evt==null)\r
1471       {\r
1472         if(scrollThread!=null)\r
1473         {\r
1474           scrollThread.running = false;\r
1475           scrollThread = null;\r
1476         }\r
1477         mouseDragging = false;\r
1478       }\r
1479       else\r
1480       {\r
1481         if (scrollThread == null)\r
1482           scrollThread = new ScrollThread();\r
1483 \r
1484         mouseDragging = true;\r
1485         scrollThread.setEvent(evt);\r
1486       }\r
1487 \r
1488     }\r
1489 \r
1490 \r
1491     // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1492     class ScrollThread extends Thread\r
1493     {\r
1494         MouseEvent evt;\r
1495         boolean running = false;\r
1496 \r
1497         public ScrollThread()\r
1498         {\r
1499             start();\r
1500         }\r
1501 \r
1502         public void setEvent(MouseEvent e)\r
1503         {\r
1504             evt = e;\r
1505         }\r
1506 \r
1507         public void stopScrolling()\r
1508         {\r
1509             running = false;\r
1510         }\r
1511 \r
1512         public void run()\r
1513         {\r
1514             running = true;\r
1515 \r
1516             while (running)\r
1517             {\r
1518                 if (evt != null)\r
1519                 {\r
1520                     if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) &&\r
1521                             (av.getStartSeq() > 0))\r
1522                     {\r
1523                         running = ap.scrollUp(true);\r
1524                     }\r
1525 \r
1526                     if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight()) &&\r
1527                             (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
1528                     {\r
1529                         running = ap.scrollUp(false);\r
1530                     }\r
1531 \r
1532                     if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))\r
1533                     {\r
1534                         running = ap.scrollRight(false);\r
1535                     }\r
1536                     else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))\r
1537                     {\r
1538                         running = ap.scrollRight(true);\r
1539                     }\r
1540                 }\r
1541 \r
1542                 try\r
1543                 {\r
1544                     Thread.sleep(20);\r
1545                 }\r
1546                 catch (Exception ex)\r
1547                 {\r
1548                 }\r
1549             }\r
1550         }\r
1551     }\r
1552 }\r