src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import java.awt.event.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import javax.swing.*;\r
   7 import java.util.*;\r
   8 import jalview.schemes.*;\r
   9 import jalview.analysis.*;\r
  10 \r
  11 \r
  12 public class SeqPanel extends JPanel\r
  13 {\r
  14 \r
  15   public    SeqCanvas         seqCanvas;\r
  16   public    AlignmentPanel    ap;\r
  17 \r
  18   protected int startres;\r
  19   protected int lastres;\r
  20   protected int endres;\r
  21 \r
  22   protected int startseq;\r
  23   protected int padseq;\r
  24 \r
  25   protected AlignViewport av;\r
  26 \r
  27   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  28   int seqEditOccurred = -1;\r
  29 \r
  30   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p) {\r
  31     this.av         = avp;\r
  32 \r
  33     seqCanvas  = new SeqCanvas(avp);\r
  34     setLayout(new BorderLayout());\r
  35     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  36 \r
  37     ap = p;\r
  38 \r
  39     addMouseMotionListener( new MouseMotionAdapter()\r
  40     {\r
  41       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  42       {\r
  43        if(av.getWrapAlignment())\r
  44          return;\r
  45         doMouseMoved(evt);    }\r
  46 \r
  47       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  48       {\r
  49         if(av.getWrapAlignment())\r
  50          return;\r
  51         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  52           doMouseDragged(evt);\r
  53         else\r
  54           doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
  55       }\r
  56     });\r
  57 \r
  58     addMouseListener( new MouseAdapter()\r
  59     {\r
  60       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  61       {\r
  62         if(av.getWrapAlignment())\r
  63          return;\r
  64         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  65           doMouseReleased(evt);\r
  66         else\r
  67           doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
  68       }\r
  69       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  70       {\r
  71         if(av.getWrapAlignment())\r
  72          return;\r
  73         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  74           doMousePressed(evt);\r
  75         else\r
  76           doMousePressedDefineMode(evt);\r
  77       }\r
  78 \r
  79     });\r
  80     repaint();\r
  81   }\r
  82 \r
  83 \r
  84   public void doMouseReleased(MouseEvent evt) {\r
  85 \r
  86     int x = evt.getX();\r
  87     int res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
  88 \r
  89     endres = res;\r
  90 \r
  91     startseq = -1;\r
  92     startres = -1;\r
  93     lastres  = -1;\r
  94     if(seqEditOccurred>-1)\r
  95       updateConservation(seqEditOccurred);\r
  96 \r
  97     seqEditOccurred = -1;\r
  98 \r
  99     ap.RefreshPanels();\r
 100     repaint();\r
 101 \r
 102   }\r
 103 \r
 104   public void doMousePressed(MouseEvent evt) {\r
 105     ap.alignFrame.addHistoryItem("sequence edit");\r
 106     int seq;\r
 107     int res;\r
 108 \r
 109     int x = evt.getX();\r
 110     int y = evt.getY();\r
 111 \r
 112     res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 113     seq = y/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 114 \r
 115     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 116         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 117     {\r
 118       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 119       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 120       // in the alignment\r
 121 \r
 122       startseq = seq;\r
 123 \r
 124       if (startseq == (av.getAlignment().getHeight() - 1))\r
 125         padseq = 1;\r
 126       else\r
 127         padseq = 1;\r
 128 \r
 129       startres = res;\r
 130       lastres = res;\r
 131 \r
 132     }\r
 133     else\r
 134     {\r
 135       startseq = -1;\r
 136       startres = -1;\r
 137       lastres = -1;\r
 138     }\r
 139 \r
 140     return;\r
 141   }\r
 142 \r
 143   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 144   {\r
 145     int res=0, seq=0;\r
 146     int x = evt.getX();\r
 147     int y = evt.getY();\r
 148     if(av.wrapAlignment)\r
 149     {\r
 150       y -= 2*av.charHeight;\r
 151       int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight()+2)*av.charHeight;\r
 152 \r
 153 \r
 154       res =   (int)((y/chunkHeight)*(getWidth()/av.charWidth)) +  x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 155 \r
 156       y %= chunkHeight;\r
 157       seq =     y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 158 \r
 159       //   chunkHeight =  (da.getHeight() + 2)*charHeight;\r
 160       //  startx += chunkWidth;\r
 161     }\r
 162     else\r
 163     {\r
 164       res = x / av.getCharWidth()  + av.getStartRes();\r
 165       seq = y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 166     }\r
 167 \r
 168 \r
 169     if(seq>=av.getAlignment().getHeight())\r
 170       return;\r
 171 \r
 172     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 173     Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get( sequence.getCharAt(res)+"" ) ;\r
 174     String aa = "";\r
 175     if(obj!=null)\r
 176          aa = obj.toString();\r
 177 \r
 178     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " +(seq+1)+" ID: "+sequence.getName());\r
 179     if(aa!="")\r
 180       text.append("  Residue: "+aa+" ("+  av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res)+")");\r
 181 \r
 182     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 183 \r
 184     if(av.showSequenceFeatures)\r
 185     {\r
 186       Vector features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 187       Enumeration e = features.elements();\r
 188       StringBuffer sbuffer = new StringBuffer();\r
 189 \r
 190       this.setToolTipText(null);\r
 191       while (e.hasMoreElements())\r
 192       {\r
 193         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
 194         if (sf.getStart() <= sequence.findPosition(res) &&\r
 195             sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res))\r
 196         {\r
 197           sbuffer.append(sf.getType() + " " + sf.getDescription());\r
 198           ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 199           this.setToolTipText(sbuffer.toString());\r
 200         }\r
 201 \r
 202       }\r
 203     }\r
 204 \r
 205 \r
 206   }\r
 207 \r
 208   public void doMouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 209     // If we're dragging we're editing\r
 210 \r
 211     int x = evt.getX();\r
 212 \r
 213     int res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 214     if (res < 0)\r
 215       res = 0;\r
 216 \r
 217     if (res != lastres)\r
 218     {\r
 219         // Group editing\r
 220         if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 221         {\r
 222           SequenceGroup sg = av.getAlignment().findGroup(startseq);\r
 223           if (sg != null)\r
 224           {\r
 225             boolean deleteAllowed = false;\r
 226             if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 227             {\r
 228               /// Are we able to delete?\r
 229               boolean allGaps = true;\r
 230               for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 231               {\r
 232                 SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 233                 for (int j = lastres-1; j >= res && allGaps; j--)\r
 234                 {\r
 235                     if (!jalview.util.Comparison.isGap(s.getSequence().charAt(j)))\r
 236                     {\r
 237                       res = j + 1;\r
 238                       allGaps = false;\r
 239                     }\r
 240                 }\r
 241 \r
 242                 if(!deleteAllowed && allGaps)\r
 243                   deleteAllowed = true;\r
 244               }\r
 245             }\r
 246 \r
 247             // drag to right\r
 248             if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 249                 sg.setEndRes(sg.getEndRes() + 1);\r
 250 \r
 251             // drag to left\r
 252             else if (deleteAllowed && res < av.getAlignment().getWidth() &&\r
 253                      res < lastres)\r
 254                 sg.setEndRes(sg.getEndRes() - 1);\r
 255 \r
 256 \r
 257 \r
 258 \r
 259             for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 260             {\r
 261               SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 262               int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 263 \r
 264               // drag to right\r
 265               if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 266                 for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 267                   insertChar(j, k);\r
 268 \r
 269               // drag to left\r
 270               else if (deleteAllowed && res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 271               {\r
 272                 for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 273                 {\r
 274                   deleteChar(j, k);\r
 275                   startres = res;\r
 276                 }\r
 277               }\r
 278             }\r
 279           }\r
 280         }\r
 281         else /////Editing a single sequence///////////\r
 282         {\r
 283           if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 284           {\r
 285             // dragging to the right\r
 286             for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 287               insertChar(j, startseq);\r
 288           }\r
 289           else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 290           {\r
 291             // dragging to the left\r
 292             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 293             {\r
 294               deleteChar(j, startseq);\r
 295               startres = res;\r
 296             }\r
 297           }\r
 298 \r
 299         }\r
 300 \r
 301     }\r
 302 \r
 303     lastres = res;\r
 304     repaint();\r
 305   }\r
 306 \r
 307   public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start) {\r
 308     seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start,av.getEndRes(),seqstart,seqend,av.getStartRes(),av.getStartSeq(),0);\r
 309     repaint();\r
 310   }\r
 311 \r
 312   public void insertChar(int j, int seq)\r
 313   {\r
 314     av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 315     seqEditOccurred=seq;\r
 316   }\r
 317 \r
 318   public void deleteChar(int j, int seq)\r
 319   {\r
 320 \r
 321     if ( jalview.util.Comparison.isGap( av.alignment.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(j)))\r
 322         av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 323 \r
 324     av.alignment.getWidth();\r
 325     repaint();\r
 326     seqEditOccurred=seq;\r
 327   }\r
 328 \r
 329 \r
 330   void updateConservation(int i)\r
 331   {\r
 332   /*  Alignment al = (Alignment) av.getAlignment();\r
 333     SequenceGroup sg = av.alignment.findGroup( al.getSequenceAt(i));\r
 334     if(sg==null || !(sg.cs instanceof ConservationColourScheme))\r
 335       return;\r
 336 \r
 337     Conservation c = sg.getConservation();\r
 338 \r
 339     c = new Conservation("All", al.cons,\r
 340                          ResidueProperties.propHash, 3, sg.sequences, 0,\r
 341                          al.getWidth());\r
 342     c.calculate();\r
 343     c.verdict(false, 100);\r
 344     sg.setConservation(c);\r
 345     ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme)sg.cs;\r
 346     ccs.conserve = c;*/\r
 347   }\r
 348 \r
 349 //////////////////////////////////////////\r
 350 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
 351 //////////////////////////////////////////\r
 352   int oldSeq = -1;\r
 353   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 354   {\r
 355     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 356     int seq = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 357     oldSeq = seq;\r
 358 \r
 359     stretchGroup = av.getRubberbandGroup();\r
 360 \r
 361     if(stretchGroup == null)\r
 362      {\r
 363        stretchGroup = av.alignment.findGroup( (Sequence) av.getAlignment().\r
 364                                              getSequenceAt(seq));\r
 365        av.setRubberbandGroup( stretchGroup );\r
 366      }\r
 367 \r
 368     else if(!stretchGroup.sequences.contains((Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(seq))\r
 369             || stretchGroup.getStartRes()>res\r
 370             || stretchGroup.getEndRes()<res)\r
 371      {\r
 372        stretchGroup = null;\r
 373 \r
 374        SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups( (Sequence) av.\r
 375            getAlignment().\r
 376            getSequenceAt(seq));\r
 377 \r
 378        if (allGroups != null)\r
 379          for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 380            if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
 381                allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 382            {\r
 383              stretchGroup = allGroups[i];\r
 384              av.setRubberbandGroup(stretchGroup);\r
 385              break;\r
 386            }\r
 387      }\r
 388 \r
 389     if(stretchGroup==null)\r
 390     {\r
 391       // define a new group here\r
 392       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 393       sg.setStartRes(res);\r
 394       sg.setEndRes(res);\r
 395       sg.addSequence( (Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(seq) );\r
 396       av.setRubberbandGroup( sg );\r
 397       stretchGroup = sg;\r
 398 \r
 399       if(av.getConservationSelected())\r
 400         Desktop.setConservationSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 401       else if(av.getGlobalColourScheme()!=null && av.getGlobalColourScheme().canThreshold())\r
 402       {\r
 403         ResidueColourScheme rcs = (ResidueColourScheme) av.getGlobalColourScheme();\r
 404         int threshold = rcs.getThreshold();\r
 405         if (threshold > 0)\r
 406           Desktop.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 407       }\r
 408 \r
 409     }\r
 410     else if( javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 411     {\r
 412         jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu( ap , null);\r
 413         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 414 \r
 415     // edit the properties of existing group\r
 416     }\r
 417 \r
 418     if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 419       // Edit end res position of selected group\r
 420       changeEndRes = true;\r
 421 \r
 422    else if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 423       // Edit end res position of selected group\r
 424       changeStartRes = true;\r
 425 \r
 426 \r
 427     seqCanvas.paintFlag = true;\r
 428     repaint();\r
 429 \r
 430   }\r
 431 \r
 432   boolean changeEndSeq = false;\r
 433   boolean changeStartSeq = false;\r
 434   boolean changeEndRes = false;\r
 435   boolean changeStartRes = false;\r
 436   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
 437 \r
 438   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 439   {\r
 440 \r
 441     if(stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 442     {\r
 443       stretchGroup.cs = new ClustalxColourScheme(stretchGroup.sequences, av.alignment.getWidth());\r
 444       seqCanvas.paintFlag = true;\r
 445       repaint();\r
 446     }\r
 447 \r
 448     else if(stretchGroup.cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 449     {\r
 450       ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme)stretchGroup.cs;\r
 451 \r
 452       Conservation c = new Conservation("Group",\r
 453                                         ResidueProperties.propHash, 3, stretchGroup.sequences, 0,\r
 454                                         av.alignment.getWidth() );\r
 455 \r
 456        c.calculate();\r
 457        c.verdict(false, 100);\r
 458        ccs = new ConservationColourScheme(c, ccs.cs);\r
 459 \r
 460        stretchGroup.cs = ccs;\r
 461 \r
 462 \r
 463        Desktop.setConservationSliderSource(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup.getName()) ;\r
 464 \r
 465        seqCanvas.paintFlag = true;\r
 466        repaint();\r
 467     }\r
 468     else\r
 469     {\r
 470       if(stretchGroup.cs !=null && stretchGroup.cs.canThreshold())\r
 471       {\r
 472         ResidueColourScheme rcs =  (ResidueColourScheme) stretchGroup.cs;\r
 473         int threshold = rcs.getThreshold();\r
 474         if(threshold>0)\r
 475           Desktop.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup.getName());\r
 476       }\r
 477 \r
 478     }\r
 479 \r
 480 \r
 481     changeEndRes = false;\r
 482     changeStartRes = false;\r
 483     stretchGroup = null;\r
 484   }\r
 485 \r
 486 \r
 487   boolean remove = false;\r
 488   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 489   {\r
 490     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 491     int y = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 492 \r
 493 \r
 494     if(stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 495       // Edit end res position of selected group\r
 496       changeEndRes = true;\r
 497 \r
 498     else if(stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 499       // Edit start res position of selected group\r
 500       changeStartRes = true;\r
 501 \r
 502 \r
 503     if(res<av.getStartRes())\r
 504       res = av.getStartRes();\r
 505     else if(res>av.getEndRes())\r
 506       res = av.getEndRes();\r
 507 \r
 508     if(changeEndRes)\r
 509     {\r
 510       if(res>stretchGroup.getStartRes()-1)\r
 511         stretchGroup.setEndRes( res );\r
 512     }\r
 513     else if(changeStartRes)\r
 514     {\r
 515       if(res<stretchGroup.getEndRes()+1)\r
 516         stretchGroup.setStartRes( res );\r
 517     }\r
 518 \r
 519 \r
 520     int dragDirection = 0;\r
 521     if (y > oldSeq)\r
 522       dragDirection = 1;\r
 523     else if (y < oldSeq)\r
 524       dragDirection = -1;\r
 525 \r
 526     while (y != oldSeq)\r
 527     {\r
 528       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 529       // selection is quite slow.\r
 530       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 531 \r
 532       oldSeq += dragDirection;\r
 533       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 534 \r
 535       if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 536       {\r
 537         stretchGroup.deleteSequence(seq);\r
 538         stretchGroup.deleteSequence(nextSeq);\r
 539       }\r
 540       else\r
 541       {\r
 542         stretchGroup.addSequence(seq);\r
 543         stretchGroup.addSequence(nextSeq);\r
 544       }\r
 545     }\r
 546     oldSeq = y;\r
 547 \r
 548     seqCanvas.paintFlag = true;\r
 549     repaint();\r
 550   }\r
 551 \r
 552 \r
 553 }\r
 554 \r
 555 \r
 556 \r
 557 \r