src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.commands.EditCommand;
  24 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  25 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  26 import jalview.datamodel.SearchResults;
  27 import jalview.datamodel.Sequence;
  28 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  29 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;
  31 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  32 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  33 import jalview.structure.SelectionListener;
  34 import jalview.structure.SelectionSource;
  35 import jalview.structure.SequenceListener;
  36 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  37 import jalview.util.MessageManager;
  38
  39 import java.awt.BorderLayout;
  40 import java.awt.Color;
  41 import java.awt.Font;
  42 import java.awt.FontMetrics;
  43 import java.awt.Point;
  44 import java.awt.event.MouseEvent;
  45 import java.awt.event.MouseListener;
  46 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  47 import java.awt.event.MouseWheelEvent;
  48 import java.awt.event.MouseWheelListener;
  49 import java.util.List;
  50 import java.util.Vector;
  51
  52 import javax.swing.JOptionPane;
  53 import javax.swing.JPanel;
  54 import javax.swing.ToolTipManager;
  55
  56 /**
  57  * DOCUMENT ME!
  58  *
  59  * @author $author$
  60  * @version $Revision: 1.130 $
  61  */
  62 public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
  63         MouseMotionListener, MouseWheelListener, SequenceListener,
  64         SelectionListener
  65
  66 {
  67   /** DOCUMENT ME!! */
  68   public SeqCanvas seqCanvas;
  69
  70   /** DOCUMENT ME!! */
  71   public AlignmentPanel ap;
  72
  73   protected int lastres;
  74
  75   protected int startseq;
  76
  77   protected AlignViewport av;
  78
  79   ScrollThread scrollThread = null;
  80
  81   boolean mouseDragging = false;
  82
  83   boolean editingSeqs = false;
  84
  85   boolean groupEditing = false;
  86
  87   // ////////////////////////////////////////
  88   // ///Everything below this is for defining the boundary of the rubberband
  89   // ////////////////////////////////////////
  90   int oldSeq = -1;
  91
  92   boolean changeEndSeq = false;
  93
  94   boolean changeStartSeq = false;
  95
  96   boolean changeEndRes = false;
  97
  98   boolean changeStartRes = false;
  99
 100   SequenceGroup stretchGroup = null;
 101
 102   boolean remove = false;
 103
 104   Point lastMousePress;
 105
 106   boolean mouseWheelPressed = false;
 107
 108   StringBuffer keyboardNo1;
 109
 110   StringBuffer keyboardNo2;
 111
 112   java.net.URL linkImageURL;
 113
 114   private final SequenceAnnotationReport seqARep;
 115
 116   StringBuffer tooltipText = new StringBuffer("<html>");
 117
 118   String tmpString;
 119
 120   EditCommand editCommand;
 121
 122   StructureSelectionManager ssm;
 123
 124   /**
 125    * Creates a new SeqPanel object.
 126    *
 127    * @param avp
 128    *          DOCUMENT ME!
 129    * @param p
 130    *          DOCUMENT ME!
 131    */
 132   public SeqPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)
 133   {
 134     linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif");
 135     seqARep = new SequenceAnnotationReport(linkImageURL.toString());
 136     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 137     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);
 138     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);
 139     this.av = av;
 140     setBackground(Color.white);
 141
 142     seqCanvas = new SeqCanvas(ap);
 143     setLayout(new BorderLayout());
 144     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);
 145
 146     this.ap = ap;
 147
 148     if (!av.isDataset())
 149     {
 150       addMouseMotionListener(this);
 151       addMouseListener(this);
 152       addMouseWheelListener(this);
 153       ssm = av.getStructureSelectionManager();
 154       ssm.addStructureViewerListener(this);
 155       ssm.addSelectionListener(this);
 156     }
 157   }
 158
 159   int startWrapBlock = -1;
 160
 161   int wrappedBlock = -1;
 162
 163   int findRes(MouseEvent evt)
 164   {
 165     int res = 0;
 166     int x = evt.getX();
 167
 168     if (av.wrapAlignment)
 169     {
 170
 171       int hgap = av.charHeight;
 172       if (av.scaleAboveWrapped)
 173       {
 174         hgap += av.charHeight;
 175       }
 176
 177       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight + hgap
 178               + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 179
 180       int y = evt.getY();
 181       y -= hgap;
 182       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;
 183
 184       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());
 185       if (cwidth < 1)
 186       {
 187         return 0;
 188       }
 189
 190       wrappedBlock = y / cHeight;
 191       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;
 192
 193       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();
 194
 195     }
 196     else
 197     {
 198       if (x > seqCanvas.getWidth() + seqCanvas.getWidth())
 199       {
 200         // make sure we calculate relative to visible alignment, rather than
 201         // right-hand gutter
 202         x = seqCanvas.getX() + seqCanvas.getWidth();
 203       }
 204       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 205     }
 206
 207     if (av.hasHiddenColumns())
 208     {
 209       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 210     }
 211
 212     return res;
 213
 214   }
 215
 216   int findSeq(MouseEvent evt)
 217   {
 218     int seq = 0;
 219     int y = evt.getY();
 220
 221     if (av.wrapAlignment)
 222     {
 223       int hgap = av.charHeight;
 224       if (av.scaleAboveWrapped)
 225       {
 226         hgap += av.charHeight;
 227       }
 228
 229       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight + hgap
 230               + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 231
 232       y -= hgap;
 233
 234       seq = Math.min((y % cHeight) / av.getCharHeight(), av.getAlignment()
 235               .getHeight() - 1);
 236     }
 237     else
 238     {
 239       seq = Math.min((y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(), av
 240               .getAlignment().getHeight() - 1);
 241     }
 242
 243     return seq;
 244   }
 245
 246   SequenceFeature[] findFeaturesAtRes(SequenceI sequence, int res)
 247   {
 248     Vector tmp = new Vector();
 249     SequenceFeature[] features = sequence.getSequenceFeatures();
 250     if (features != null)
 251     {
 252       for (int i = 0; i < features.length; i++)
 253       {
 254         if (av.getFeaturesDisplayed() == null
 255                 || !av.getFeaturesDisplayed().containsKey(
 256                         features[i].getType()))
 257         {
 258           continue;
 259         }
 260
 261         if (features[i].featureGroup != null
 262                 && seqCanvas.fr.featureGroups != null
 263                 && seqCanvas.fr.featureGroups
 264                         .containsKey(features[i].featureGroup)
 265                 && !((Boolean) seqCanvas.fr.featureGroups
 266                         .get(features[i].featureGroup)).booleanValue())
 267         {
 268           continue;
 269         }
 270
 271         if ((features[i].getBegin() <= res)
 272                 && (features[i].getEnd() >= res))
 273         {
 274           tmp.addElement(features[i]);
 275         }
 276       }
 277     }
 278
 279     features = new SequenceFeature[tmp.size()];
 280     tmp.copyInto(features);
 281
 282     return features;
 283   }
 284
 285   void endEditing()
 286   {
 287     if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)
 288     {
 289       ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 290       av.firePropertyChange("alignment", null, av.getAlignment()
 291               .getSequences());
 292     }
 293
 294     startseq = -1;
 295     lastres = -1;
 296     editingSeqs = false;
 297     groupEditing = false;
 298     keyboardNo1 = null;
 299     keyboardNo2 = null;
 300     editCommand = null;
 301   }
 302
 303   void setCursorRow()
 304   {
 305     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;
 306     scrollToVisible();
 307   }
 308
 309   void setCursorColumn()
 310   {
 311     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 312     scrollToVisible();
 313   }
 314
 315   void setCursorRowAndColumn()
 316   {
 317     if (keyboardNo2 == null)
 318     {
 319       keyboardNo2 = new StringBuffer();
 320     }
 321     else
 322     {
 323       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 324       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;
 325       scrollToVisible();
 326     }
 327   }
 328
 329   void setCursorPosition()
 330   {
 331     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 332
 333     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(getKeyboardNo1()) - 1;
 334     scrollToVisible();
 335   }
 336
 337   void moveCursor(int dx, int dy)
 338   {
 339     seqCanvas.cursorX += dx;
 340     seqCanvas.cursorY += dy;
 341     if (av.hasHiddenColumns()
 342             && !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 343     {
 344       int original = seqCanvas.cursorX - dx;
 345       int maxWidth = av.getAlignment().getWidth();
 346
 347       while (!av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX)
 348               && seqCanvas.cursorX < maxWidth && seqCanvas.cursorX > 0)
 349       {
 350         seqCanvas.cursorX += dx;
 351       }
 352
 353       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth
 354               || !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 355       {
 356         seqCanvas.cursorX = original;
 357       }
 358     }
 359
 360     scrollToVisible();
 361   }
 362
 363   void scrollToVisible()
 364   {
 365     if (seqCanvas.cursorX < 0)
 366     {
 367       seqCanvas.cursorX = 0;
 368     }
 369     else if (seqCanvas.cursorX > av.getAlignment().getWidth() - 1)
 370     {
 371       seqCanvas.cursorX = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 372     }
 373
 374     if (seqCanvas.cursorY < 0)
 375     {
 376       seqCanvas.cursorY = 0;
 377     }
 378     else if (seqCanvas.cursorY > av.getAlignment().getHeight() - 1)
 379     {
 380       seqCanvas.cursorY = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 381     }
 382
 383     endEditing();
 384     if (av.wrapAlignment)
 385     {
 386       ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);
 387     }
 388     else
 389     {
 390       while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)
 391       {
 392         ap.scrollUp(true);
 393       }
 394       while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)
 395       {
 396         ap.scrollUp(false);
 397       }
 398       if (!av.wrapAlignment)
 399       {
 400         while (seqCanvas.cursorX < av.getColumnSelection()
 401                 .adjustForHiddenColumns(av.startRes))
 402         {
 403           if (!ap.scrollRight(false))
 404           {
 405             break;
 406           }
 407         }
 408         while (seqCanvas.cursorX > av.getColumnSelection()
 409                 .adjustForHiddenColumns(av.endRes))
 410         {
 411           if (!ap.scrollRight(true))
 412           {
 413             break;
 414           }
 415         }
 416       }
 417     }
 418     setStatusMessage(av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),
 419             seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);
 420
 421     seqCanvas.repaint();
 422   }
 423
 424   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)
 425   {
 426     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 427
 428     if (av.getSelectionGroup() != null)
 429     {
 430       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 431       // Find the top and bottom of this group
 432       int min = av.getAlignment().getHeight(), max = 0;
 433       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)
 434       {
 435         int index = av.getAlignment().findIndex(sg.getSequenceAt(i));
 436         if (index > max)
 437         {
 438           max = index;
 439         }
 440         if (index < min)
 441         {
 442           min = index;
 443         }
 444       }
 445
 446       max++;
 447
 448       if (topLeft)
 449       {
 450         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 451         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)
 452         {
 453           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 454         }
 455
 456         min = seqCanvas.cursorY;
 457       }
 458       else
 459       {
 460         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 461         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)
 462         {
 463           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 464         }
 465
 466         max = seqCanvas.cursorY + 1;
 467       }
 468
 469       if (min > max)
 470       {
 471         // Only the user can do this
 472         av.setSelectionGroup(null);
 473       }
 474       else
 475       {
 476         // Now add any sequences between min and max
 477         sg.getSequences(null).clear();
 478         for (int i = min; i < max; i++)
 479         {
 480           sg.addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 481         }
 482       }
 483     }
 484
 485     if (av.getSelectionGroup() == null)
 486     {
 487       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 488       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 489       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 490       sg.addSequence(sequence, false);
 491       av.setSelectionGroup(sg);
 492     }
 493
 494     ap.paintAlignment(false);
 495     av.sendSelection();
 496   }
 497
 498   void insertGapAtCursor(boolean group)
 499   {
 500     groupEditing = group;
 501     startseq = seqCanvas.cursorY;
 502     lastres = seqCanvas.cursorX;
 503     editSequence(true, false, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 504     endEditing();
 505   }
 506
 507   void deleteGapAtCursor(boolean group)
 508   {
 509     groupEditing = group;
 510     startseq = seqCanvas.cursorY;
 511     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();
 512     editSequence(false, false, seqCanvas.cursorX);
 513     endEditing();
 514   }
 515
 516   void insertNucAtCursor(boolean group, String nuc)
 517   {
 518     groupEditing = group;
 519     startseq = seqCanvas.cursorY;
 520     lastres = seqCanvas.cursorX;
 521     editSequence(false, true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 522     endEditing();
 523   }
 524
 525   void numberPressed(char value)
 526   {
 527     if (keyboardNo1 == null)
 528     {
 529       keyboardNo1 = new StringBuffer();
 530     }
 531
 532     if (keyboardNo2 != null)
 533     {
 534       keyboardNo2.append(value);
 535     }
 536     else
 537     {
 538       keyboardNo1.append(value);
 539     }
 540   }
 541
 542   int getKeyboardNo1()
 543   {
 544     try
 545     {
 546       if (keyboardNo1 != null)
 547       {
 548         int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());
 549         keyboardNo1 = null;
 550         return value;
 551       }
 552     } catch (Exception x)
 553     {
 554     }
 555     keyboardNo1 = null;
 556     return 1;
 557   }
 558
 559   int getKeyboardNo2()
 560   {
 561     try
 562     {
 563       if (keyboardNo2 != null)
 564       {
 565         int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());
 566         keyboardNo2 = null;
 567         return value;
 568       }
 569     } catch (Exception x)
 570     {
 571     }
 572     keyboardNo2 = null;
 573     return 1;
 574   }
 575
 576   /**
 577    * DOCUMENT ME!
 578    *
 579    * @param evt
 580    *          DOCUMENT ME!
 581    */
 582   @Override
 583   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 584   {
 585     mouseDragging = false;
 586     mouseWheelPressed = false;
 587
 588     if (!editingSeqs)
 589     {
 590       doMouseReleasedDefineMode(evt);
 591       return;
 592     }
 593
 594     endEditing();
 595   }
 596
 597   /**
 598    * DOCUMENT ME!
 599    *
 600    * @param evt
 601    *          DOCUMENT ME!
 602    */
 603   @Override
 604   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 605   {
 606     lastMousePress = evt.getPoint();
 607
 608     if (javax.swing.SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))
 609     {
 610       mouseWheelPressed = true;
 611       return;
 612     }
 613
 614     if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())
 615     {
 616       if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())
 617       {
 618         groupEditing = true;
 619       }
 620       editingSeqs = true;
 621     }
 622     else
 623     {
 624       doMousePressedDefineMode(evt);
 625       return;
 626     }
 627
 628     int seq = findSeq(evt);
 629     int res = findRes(evt);
 630
 631     if (seq < 0 || res < 0)
 632     {
 633       return;
 634     }
 635
 636     if ((seq < av.getAlignment().getHeight())
 637             && (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))
 638     {
 639       startseq = seq;
 640       lastres = res;
 641     }
 642     else
 643     {
 644       startseq = -1;
 645       lastres = -1;
 646     }
 647
 648     return;
 649   }
 650
 651   String lastMessage;
 652
 653   @Override
 654   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index, int pos)
 655   {
 656     String tmp = sequence.hashCode() + " " + index + " " + pos;
 657
 658     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))
 659     {
 660       // System.err.println("mouseOver Sequence: "+tmp);
 661       ssm.mouseOverSequence(sequence, index, pos, av);
 662     }
 663     lastMessage = tmp;
 664   }
 665
 666   @Override
 667   public void highlightSequence(SearchResults results)
 668   {
 669     if (av.followHighlight)
 670     {
 671       if (ap.scrollToPosition(results, false))
 672       {
 673         seqCanvas.revalidate();
 674       }
 675     }
 676     seqCanvas.highlightSearchResults(results);
 677   }
 678
 679   @Override
 680   public void updateColours(SequenceI seq, int index)
 681   {
 682     System.out.println("update the seqPanel colours");
 683     // repaint();
 684   }
 685
 686   /**
 687    * DOCUMENT ME!
 688    *
 689    * @param evt
 690    *          DOCUMENT ME!
 691    */
 692   @Override
 693   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 694   {
 695     if (editingSeqs)
 696     {
 697       // This is because MacOSX creates a mouseMoved
 698       // If control is down, other platforms will not.
 699       mouseDragged(evt);
 700     }
 701
 702     int res = findRes(evt);
 703     int seq = findSeq(evt);
 704     int pos;
 705     if (res < 0 || seq < 0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())
 706     {
 707       return;
 708     }
 709
 710     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 711
 712     if (res >= sequence.getLength())
 713     {
 714       return;
 715     }
 716
 717     pos = setStatusMessage(sequence, res, seq);
 718     if (ssm != null && pos > -1)
 719     {
 720       mouseOverSequence(sequence, res, pos);
 721     }
 722
 723     tooltipText.setLength(6); // Cuts the buffer back to <html>
 724
 725     SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
 726     if (groups != null)
 727     {
 728       for (int g = 0; g < groups.length; g++)
 729       {
 730         if (groups[g].getStartRes() <= res && groups[g].getEndRes() >= res)
 731         {
 732           if (tooltipText.length() > 6)
 733           {
 734             tooltipText.append("<br>");
 735           }
 736
 737           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup")
 738                   && !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))
 739           {
 740             tooltipText.append(groups[g].getName());
 741           }
 742
 743           if (groups[g].getDescription() != null)
 744           {
 745             tooltipText.append(": " + groups[g].getDescription());
 746           }
 747         }
 748       }
 749     }
 750
 751     // use aa to see if the mouse pointer is on a
 752     if (av.showSequenceFeatures)
 753     {
 754       int rpos;
 755       SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(
 756               sequence.getDatasetSequence(),
 757               rpos = sequence.findPosition(res));
 758       seqARep.appendFeatures(tooltipText, rpos, features,
 759               this.ap.seqPanel.seqCanvas.fr.minmax);
 760     }
 761     if (tooltipText.length() == 6) // <html></html>
 762     {
 763       setToolTipText(null);
 764       lastTooltip = null;
 765     }
 766     else
 767     {
 768       tooltipText.append("</html>");
 769       if (lastTooltip == null
 770               || !lastTooltip.equals(tooltipText.toString()))
 771       {
 772         setToolTipText(JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 773                 tooltipText.toString()));
 774         lastTooltip = tooltipText.toString();
 775       }
 776
 777     }
 778
 779   }
 780
 781   private Point lastp = null;
 782
 783   /*
 784    * (non-Javadoc)
 785    *
 786    * @see javax.swing.JComponent#getToolTipLocation(java.awt.event.MouseEvent)
 787    */
 788   public Point getToolTipLocation(MouseEvent event)
 789   {
 790     int x = event.getX(), w = getWidth();
 791     int wdth = (w - x < 200) ? -(w / 2) : 5; // switch sides when tooltip is too
 792     // close to edge
 793     Point p = lastp;
 794     if (!event.isShiftDown() || p == null)
 795     {
 796       p = (tooltipText != null && tooltipText.length() > 6) ? new Point(
 797               event.getX() + wdth, event.getY() - 20) : null;
 798     }
 799     /*
 800      * TODO: try to modify position region is not obcured by tooltip
 801      */
 802     return lastp = p;
 803   }
 804
 805   String lastTooltip;
 806
 807   /**
 808    * Set status message in alignment panel
 809    *
 810    * @param sequence
 811    *          aligned sequence object
 812    * @param res
 813    *          alignment column
 814    * @param seq
 815    *          index of sequence in alignment
 816    * @return position of res in sequence
 817    */
 818   int setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)
 819   {
 820     int pos = -1;
 821     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: "
 822             + sequence.getName());
 823
 824     Object obj = null;
 825     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 826     {
 827       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res)
 828               + "");
 829       if (obj != null)
 830       {
 831         text.append(" Nucleotide: ");
 832       }
 833     }
 834     else
 835     {
 836       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");
 837       if (obj != null)
 838       {
 839         text.append("  Residue: ");
 840       }
 841     }
 842
 843     if (obj != null)
 844     {
 845       pos = sequence.findPosition(res);
 846       if (obj != "")
 847       {
 848         text.append(obj + " (" + pos + ")");
 849       }
 850     }
 851     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 852     return pos;
 853   }
 854
 855   /**
 856    * DOCUMENT ME!
 857    *
 858    * @param evt
 859    *          DOCUMENT ME!
 860    */
 861   @Override
 862   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 863   {
 864     if (mouseWheelPressed)
 865     {
 866       int oldWidth = av.charWidth;
 867
 868       // Which is bigger, left-right or up-down?
 869       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.getY()) > Math.abs(evt
 870               .getX() - lastMousePress.getX()))
 871       {
 872         int fontSize = av.font.getSize();
 873
 874         if (evt.getY() < lastMousePress.getY())
 875         {
 876           fontSize--;
 877         }
 878         else if (evt.getY() > lastMousePress.getY())
 879         {
 880           fontSize++;
 881         }
 882
 883         if (fontSize < 1)
 884         {
 885           fontSize = 1;
 886         }
 887
 888         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));
 889         av.charWidth = oldWidth;
 890         ap.fontChanged();
 891       }
 892       else
 893       {
 894         if (evt.getX() < lastMousePress.getX() && av.charWidth > 1)
 895         {
 896           av.charWidth--;
 897         }
 898         else if (evt.getX() > lastMousePress.getX())
 899         {
 900           av.charWidth++;
 901         }
 902
 903         ap.paintAlignment(false);
 904       }
 905
 906       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 907       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;
 908
 909       lastMousePress = evt.getPoint();
 910
 911       return;
 912     }
 913
 914     if (!editingSeqs)
 915     {
 916       doMouseDraggedDefineMode(evt);
 917       return;
 918     }
 919
 920     int res = findRes(evt);
 921
 922     if (res < 0)
 923     {
 924       res = 0;
 925     }
 926
 927     if ((lastres == -1) || (lastres == res))
 928     {
 929       return;
 930     }
 931
 932     if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))
 933     {
 934       // dragLeft, delete gap
 935       editSequence(false, false, res);
 936     }
 937     else
 938     {
 939       editSequence(true, false, res);
 940     }
 941
 942     mouseDragging = true;
 943     if (scrollThread != null)
 944     {
 945       scrollThread.setEvent(evt);
 946     }
 947   }
 948
 949   // TODO: Make it more clever than many booleans
 950   synchronized void editSequence(boolean insertGap, boolean editSeq,
 951           int startres)
 952   {
 953     int fixedLeft = -1;
 954     int fixedRight = -1;
 955     boolean fixedColumns = false;
 956     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 957
 958     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(startseq);
 959
 960     // No group, but the sequence may represent a group
 961     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows())
 962     {
 963       if (av.isHiddenRepSequence(seq))
 964       {
 965         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
 966         groupEditing = true;
 967       }
 968     }
 969
 970     StringBuffer message = new StringBuffer();
 971     if (groupEditing)
 972     {
 973       message.append("Edit group:");
 974       if (editCommand == null)
 975       {
 976         editCommand = new EditCommand(MessageManager.getString("action.edit_group"));
 977       }
 978     }
 979     else
 980     {
 981       message.append("Edit sequence: " + seq.getName());
 982       String label = seq.getName();
 983       if (label.length() > 10)
 984       {
 985         label = label.substring(0, 10);
 986       }
 987       if (editCommand == null)
 988       {
 989         editCommand = new EditCommand(MessageManager.formatMessage("label.edit_params", new String[]{label}));
 990       }
 991     }
 992
 993     if (insertGap)
 994     {
 995       message.append(" insert ");
 996     }
 997     else
 998     {
 999       message.append(" delete ");
1000     }
1001
1002     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");
1003     ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());
1004
1005     // Are we editing within a selection group?
1006     if (groupEditing
1007             || (sg != null && sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1008                     .contains(seq)))
1009     {
1010       fixedColumns = true;
1011
1012       // sg might be null as the user may only see 1 sequence,
1013       // but the sequence represents a group
1014       if (sg == null)
1015       {
1016         if (!av.isHiddenRepSequence(seq))
1017         {
1018           endEditing();
1019           return;
1020         }
1021         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1022       }
1023
1024       fixedLeft = sg.getStartRes();
1025       fixedRight = sg.getEndRes();
1026
1027       if ((startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)
1028               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)
1029               || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)
1030               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))
1031       {
1032         endEditing();
1033         return;
1034       }
1035
1036       if (fixedLeft > startres)
1037       {
1038         fixedRight = fixedLeft - 1;
1039         fixedLeft = 0;
1040       }
1041       else if (fixedRight < startres)
1042       {
1043         fixedLeft = fixedRight;
1044         fixedRight = -1;
1045       }
1046     }
1047
1048     if (av.hasHiddenColumns())
1049     {
1050       fixedColumns = true;
1051       int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);
1052       int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);
1053
1054       if ((insertGap && startres > y1 && lastres < y1)
1055               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))
1056       {
1057         endEditing();
1058         return;
1059       }
1060
1061       // System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");
1062       // Selection spans a hidden region
1063       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))
1064       {
1065         if (startres >= y2)
1066         {
1067           fixedLeft = y2;
1068         }
1069         else
1070         {
1071           fixedRight = y2 - 1;
1072         }
1073       }
1074     }
1075
1076     if (groupEditing)
1077     {
1078       List<SequenceI> vseqs = sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences());
1079       int g, groupSize = vseqs.size();
1080       SequenceI[] groupSeqs = new SequenceI[groupSize];
1081       for (g = 0; g < groupSeqs.length; g++)
1082       {
1083         groupSeqs[g] = vseqs.get(g);
1084       }
1085
1086       // drag to right
1087       if (insertGap)
1088       {
1089         // If the user has selected the whole sequence, and is dragging to
1090         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup
1091         if (sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() == fixedRight
1092                 && sg.getEndRes() == av.getAlignment().getWidth() - 1)
1093         {
1094           sg.setEndRes(av.getAlignment().getWidth() + startres - lastres);
1095           fixedRight = sg.getEndRes();
1096         }
1097
1098         // Is it valid with fixed columns??
1099         // Find the next gap before the end
1100         // of the visible region boundary
1101         boolean blank = false;
1102         for (fixedRight = fixedRight; fixedRight > lastres; fixedRight--)
1103         {
1104           blank = true;
1105
1106           for (g = 0; g < groupSize; g++)
1107           {
1108             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)
1109             {
1110               if (!jalview.util.Comparison.isGap(groupSeqs[g]
1111                       .getCharAt(fixedRight - j)))
1112               {
1113                 blank = false;
1114                 break;
1115               }
1116             }
1117           }
1118           if (blank)
1119           {
1120             break;
1121           }
1122         }
1123
1124         if (!blank)
1125         {
1126           if (sg.getSize() == av.getAlignment().getHeight())
1127           {
1128             if ((av.hasHiddenColumns() && startres < av
1129                     .getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))
1130             {
1131               endEditing();
1132               return;
1133             }
1134
1135             int alWidth = av.getAlignment().getWidth();
1136             if (av.hasHiddenRows())
1137             {
1138               int hwidth = av.getAlignment().getHiddenSequences()
1139                       .getWidth();
1140               if (hwidth > alWidth)
1141               {
1142                 alWidth = hwidth;
1143               }
1144             }
1145             // We can still insert gaps if the selectionGroup
1146             // contains all the sequences
1147             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);
1148             fixedRight = alWidth + startres - lastres;
1149           }
1150           else
1151           {
1152             endEditing();
1153             return;
1154           }
1155         }
1156       }
1157
1158       // drag to left
1159       else if (!insertGap)
1160       {
1161         // / Are we able to delete?
1162         // ie are all columns blank?
1163
1164         for (g = 0; g < groupSize; g++)
1165         {
1166           for (int j = startres; j < lastres; j++)
1167           {
1168             if (groupSeqs[g].getLength() <= j)
1169             {
1170               continue;
1171             }
1172
1173             if (!jalview.util.Comparison.isGap(groupSeqs[g].getCharAt(j)))
1174             {
1175               // Not a gap, block edit not valid
1176               endEditing();
1177               return;
1178             }
1179           }
1180         }
1181       }
1182
1183       if (insertGap)
1184       {
1185         // dragging to the right
1186         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1187         {
1188           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1189           {
1190             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);
1191           }
1192         }
1193         else
1194         {
1195           editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, groupSeqs,
1196                   startres, startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1197         }
1198       }
1199       else
1200       {
1201         // dragging to the left
1202         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1203         {
1204           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1205           {
1206             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);
1207           }
1208         }
1209         else
1210         {
1211           editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, groupSeqs,
1212                   startres, lastres - startres, av.getAlignment(), true);
1213         }
1214
1215       }
1216     }
1217     else
1218     // ///Editing a single sequence///////////
1219     {
1220       if (insertGap)
1221       {
1222         // dragging to the right
1223         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1224         {
1225           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1226           {
1227             insertChar(j, new SequenceI[]
1228             { seq }, fixedRight);
1229           }
1230         }
1231         else
1232         {
1233           editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, new SequenceI[]
1234           { seq }, lastres, startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1235         }
1236       }
1237       else
1238       {
1239         if (!editSeq)
1240         {
1241           // dragging to the left
1242           if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1243           {
1244             for (int j = lastres; j > startres; j--)
1245             {
1246               if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))
1247               {
1248                 endEditing();
1249                 break;
1250               }
1251               deleteChar(startres, new SequenceI[]
1252               { seq }, fixedRight);
1253             }
1254           }
1255           else
1256           {
1257             // could be a keyboard edit trying to delete none gaps
1258             int max = 0;
1259             for (int m = startres; m < lastres; m++)
1260             {
1261               if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))
1262               {
1263                 break;
1264               }
1265               max++;
1266             }
1267
1268             if (max > 0)
1269             {
1270               editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP,
1271                       new SequenceI[]
1272                       { seq }, startres, max, av.getAlignment(), true);
1273             }
1274           }
1275         }
1276         else
1277         {// insertGap==false AND editSeq==TRUE;
1278           if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1279           {
1280             for (int j = lastres; j < startres; j++)
1281             {
1282               insertChar(j, new SequenceI[]
1283               { seq }, fixedRight);
1284             }
1285           }
1286           else
1287           {
1288             editCommand.appendEdit(Action.INSERT_NUC, new SequenceI[]
1289             { seq }, lastres, startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1290           }
1291         }
1292       }
1293     }
1294
1295     lastres = startres;
1296     seqCanvas.repaint();
1297   }
1298
1299   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1300   {
1301     int blankColumn = fixedColumn;
1302     for (int s = 0; s < seq.length; s++)
1303     {
1304       // Find the next gap before the end of the visible region boundary
1305       // If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion
1306
1307       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)
1308       {
1309         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))
1310         {
1311           // Theres a space, so break and insert the gap
1312           break;
1313         }
1314       }
1315
1316       if (blankColumn <= j)
1317       {
1318         blankColumn = fixedColumn;
1319         endEditing();
1320         return;
1321       }
1322     }
1323
1324     editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, blankColumn, 1,
1325             av.getAlignment(), true);
1326
1327     editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, j, 1,
1328             av.getAlignment(), true);
1329
1330   }
1331
1332   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1333   {
1334
1335     editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, j, 1,
1336             av.getAlignment(), true);
1337
1338     editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, fixedColumn, 1,
1339             av.getAlignment(), true);
1340   }
1341
1342   /**
1343    * DOCUMENT ME!
1344    *
1345    * @param e
1346    *          DOCUMENT ME!
1347    */
1348   @Override
1349   public void mouseEntered(MouseEvent e)
1350   {
1351     if (oldSeq < 0)
1352     {
1353       oldSeq = 0;
1354     }
1355
1356     if (scrollThread != null)
1357     {
1358       scrollThread.running = false;
1359       scrollThread = null;
1360     }
1361   }
1362
1363   /**
1364    * DOCUMENT ME!
1365    *
1366    * @param e
1367    *          DOCUMENT ME!
1368    */
1369   @Override
1370   public void mouseExited(MouseEvent e)
1371   {
1372     if (av.getWrapAlignment())
1373     {
1374       return;
1375     }
1376
1377     if (mouseDragging)
1378     {
1379       scrollThread = new ScrollThread();
1380     }
1381   }
1382
1383   @Override
1384   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
1385   {
1386     SequenceGroup sg = null;
1387     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(findSeq(evt));
1388     if (evt.getClickCount() > 1)
1389     {
1390       sg = av.getSelectionGroup();
1391       if (sg != null && sg.getSize() == 1
1392               && sg.getEndRes() - sg.getStartRes() < 2)
1393       {
1394         av.setSelectionGroup(null);
1395       }
1396
1397       SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(
1398               sequence.getDatasetSequence(),
1399               sequence.findPosition(findRes(evt)));
1400
1401       if (features != null && features.length > 0)
1402       {
1403         SearchResults highlight = new SearchResults();
1404         highlight.addResult(sequence, features[0].getBegin(),
1405                 features[0].getEnd());
1406         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);
1407       }
1408       if (features != null && features.length > 0)
1409       {
1410         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(new SequenceI[]
1411         { sequence }, features, false, ap);
1412
1413         seqCanvas.highlightSearchResults(null);
1414       }
1415     }
1416   }
1417
1418   @Override
1419   public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)
1420   {
1421     e.consume();
1422     if (e.getWheelRotation() > 0)
1423     {
1424       if (e.isShiftDown())
1425       {
1426         ap.scrollRight(true);
1427
1428       }
1429       else
1430       {
1431         ap.scrollUp(false);
1432       }
1433     }
1434     else
1435     {
1436       if (e.isShiftDown())
1437       {
1438         ap.scrollRight(false);
1439       }
1440       else
1441       {
1442         ap.scrollUp(true);
1443       }
1444     }
1445     // TODO Update tooltip for new position.
1446   }
1447
1448   /**
1449    * DOCUMENT ME!
1450    *
1451    * @param evt
1452    *          DOCUMENT ME!
1453    */
1454   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)
1455   {
1456     int res = findRes(evt);
1457     int seq = findSeq(evt);
1458     oldSeq = seq;
1459
1460     startWrapBlock = wrappedBlock;
1461
1462     if (av.wrapAlignment && seq > av.getAlignment().getHeight())
1463     {
1464       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, MessageManager
1465               .getString("label.cannot_edit_annotations_in_wrapped_view"),
1466               MessageManager.getString("label.wrapped_view_no_edit"),
1467               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1468       return;
1469     }
1470
1471     if (seq < 0 || res < 0)
1472     {
1473       return;
1474     }
1475
1476     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
1477
1478     if ((sequence == null) || (res > sequence.getLength()))
1479     {
1480       return;
1481     }
1482
1483     stretchGroup = av.getSelectionGroup();
1484
1485     if (stretchGroup == null)
1486     {
1487       stretchGroup = av.getAlignment().findGroup(sequence);
1488
1489       if ((stretchGroup != null) && (res > stretchGroup.getStartRes())
1490               && (res < stretchGroup.getEndRes()))
1491       {
1492         av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1493       }
1494       else
1495       {
1496         stretchGroup = null;
1497       }
1498     }
1499     else if (!stretchGroup.getSequences(null).contains(sequence)
1500             || (stretchGroup.getStartRes() > res)
1501             || (stretchGroup.getEndRes() < res))
1502     {
1503       stretchGroup = null;
1504
1505       SequenceGroup[] allGroups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
1506
1507       if (allGroups != null)
1508       {
1509         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)
1510         {
1511           if ((allGroups[i].getStartRes() <= res)
1512                   && (allGroups[i].getEndRes() >= res))
1513           {
1514             stretchGroup = allGroups[i];
1515             break;
1516           }
1517         }
1518       }
1519
1520       av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1521
1522     }
1523
1524     if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
1525     {
1526       SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(
1527               sequence.getDatasetSequence(), sequence.findPosition(res));
1528       Vector links = new Vector();
1529       for (int i = 0; i < allFeatures.length; i++)
1530       {
1531         if (allFeatures[i].links != null)
1532         {
1533           for (int j = 0; j < allFeatures[i].links.size(); j++)
1534           {
1535             links.addElement(allFeatures[i].links.elementAt(j));
1536           }
1537         }
1538       }
1539
1540       jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(ap, null, links);
1541       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
1542       return;
1543     }
1544
1545     if (av.cursorMode)
1546     {
1547       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);
1548       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);
1549       seqCanvas.repaint();
1550       return;
1551     }
1552
1553     if (stretchGroup == null)
1554     {
1555       // Only if left mouse button do we want to change group sizes
1556
1557       // define a new group here
1558       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
1559       sg.setStartRes(res);
1560       sg.setEndRes(res);
1561       sg.addSequence(sequence, false);
1562       av.setSelectionGroup(sg);
1563
1564       stretchGroup = sg;
1565
1566       if (av.getConservationSelected())
1567       {
1568         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1569                 "Background");
1570       }
1571
1572       if (av.getAbovePIDThreshold())
1573       {
1574         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1575                 "Background");
1576       }
1577       if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))
1578       {
1579         // Edit end res position of selected group
1580         changeEndRes = true;
1581       }
1582       else if ((stretchGroup != null)
1583               && (stretchGroup.getStartRes() == res))
1584       {
1585         // Edit end res position of selected group
1586         changeStartRes = true;
1587       }
1588       stretchGroup.getWidth();
1589     }
1590
1591     seqCanvas.repaint();
1592   }
1593
1594   /**
1595    * DOCUMENT ME!
1596    *
1597    * @param evt
1598    *          DOCUMENT ME!
1599    */
1600   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)
1601   {
1602     if (stretchGroup == null)
1603     {
1604       return;
1605     }
1606
1607     stretchGroup.recalcConservation(); // always do this - annotation has own
1608                                        // state
1609     if (stretchGroup.cs != null)
1610     {
1611       stretchGroup.cs.alignmentChanged(stretchGroup,
1612               av.getHiddenRepSequences());
1613
1614       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())
1615       {
1616         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,
1617                 stretchGroup.getName());
1618       }
1619       else
1620       {
1621         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,
1622                 stretchGroup.getName());
1623       }
1624     }
1625     PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
1626     ap.paintAlignment(true);
1627
1628     changeEndRes = false;
1629     changeStartRes = false;
1630     stretchGroup = null;
1631     av.sendSelection();
1632   }
1633
1634   /**
1635    * DOCUMENT ME!
1636    *
1637    * @param evt
1638    *          DOCUMENT ME!
1639    */
1640   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)
1641   {
1642     int res = findRes(evt);
1643     int y = findSeq(evt);
1644
1645     if (wrappedBlock != startWrapBlock)
1646     {
1647       return;
1648     }
1649
1650     if (stretchGroup == null)
1651     {
1652       return;
1653     }
1654
1655     if (res >= av.getAlignment().getWidth())
1656     {
1657       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
1658     }
1659
1660     if (stretchGroup.getEndRes() == res)
1661     {
1662       // Edit end res position of selected group
1663       changeEndRes = true;
1664     }
1665     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)
1666     {
1667       // Edit start res position of selected group
1668       changeStartRes = true;
1669     }
1670
1671     if (res < av.getStartRes())
1672     {
1673       res = av.getStartRes();
1674     }
1675
1676     if (changeEndRes)
1677     {
1678       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))
1679       {
1680         stretchGroup.setEndRes(res);
1681       }
1682     }
1683     else if (changeStartRes)
1684     {
1685       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))
1686       {
1687         stretchGroup.setStartRes(res);
1688       }
1689     }
1690
1691     int dragDirection = 0;
1692
1693     if (y > oldSeq)
1694     {
1695       dragDirection = 1;
1696     }
1697     else if (y < oldSeq)
1698     {
1699       dragDirection = -1;
1700     }
1701
1702     while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1)
1703             && (y < av.getAlignment().getHeight()))
1704     {
1705       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the
1706       // selection is quite slow.
1707       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1708
1709       oldSeq += dragDirection;
1710
1711       if (oldSeq < 0)
1712       {
1713         break;
1714       }
1715
1716       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1717
1718       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))
1719       {
1720         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);
1721       }
1722       else
1723       {
1724         if (seq != null)
1725         {
1726           stretchGroup.addSequence(seq, false);
1727         }
1728
1729         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);
1730       }
1731     }
1732
1733     if (oldSeq < 0)
1734     {
1735       oldSeq = -1;
1736     }
1737
1738     mouseDragging = true;
1739
1740     if (scrollThread != null)
1741     {
1742       scrollThread.setEvent(evt);
1743     }
1744
1745     seqCanvas.repaint();
1746   }
1747
1748   void scrollCanvas(MouseEvent evt)
1749   {
1750     if (evt == null)
1751     {
1752       if (scrollThread != null)
1753       {
1754         scrollThread.running = false;
1755         scrollThread = null;
1756       }
1757       mouseDragging = false;
1758     }
1759     else
1760     {
1761       if (scrollThread == null)
1762       {
1763         scrollThread = new ScrollThread();
1764       }
1765
1766       mouseDragging = true;
1767       scrollThread.setEvent(evt);
1768     }
1769
1770   }
1771
1772   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
1773   class ScrollThread extends Thread
1774   {
1775     MouseEvent evt;
1776
1777     boolean running = false;
1778
1779     public ScrollThread()
1780     {
1781       start();
1782     }
1783
1784     public void setEvent(MouseEvent e)
1785     {
1786       evt = e;
1787     }
1788
1789     public void stopScrolling()
1790     {
1791       running = false;
1792     }
1793
1794     @Override
1795     public void run()
1796     {
1797       running = true;
1798
1799       while (running)
1800       {
1801         if (evt != null)
1802         {
1803           if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) && (av.getStartSeq() > 0))
1804           {
1805             running = ap.scrollUp(true);
1806           }
1807
1808           if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight())
1809                   && (av.getAlignment().getHeight() > av.getEndSeq()))
1810           {
1811             running = ap.scrollUp(false);
1812           }
1813
1814           if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))
1815           {
1816             running = ap.scrollRight(false);
1817           }
1818           else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))
1819           {
1820             running = ap.scrollRight(true);
1821           }
1822         }
1823
1824         try
1825         {
1826           Thread.sleep(20);
1827         } catch (Exception ex)
1828         {
1829         }
1830       }
1831     }
1832   }
1833
1834   /**
1835    * modify current selection according to a received message.
1836    */
1837   @Override
1838   public void selection(SequenceGroup seqsel, ColumnSelection colsel,
1839           SelectionSource source)
1840   {
1841     // TODO: fix this hack - source of messages is align viewport, but SeqPanel
1842     // handles selection messages...
1843     // TODO: extend config options to allow user to control if selections may be
1844     // shared between viewports.
1845     if (av == source
1846             || !av.followSelection
1847             || (av.isSelectionGroupChanged(false) || av
1848                     .isColSelChanged(false))
1849             || (source instanceof AlignViewport && ((AlignViewport) source)
1850                     .getSequenceSetId().equals(av.getSequenceSetId())))
1851     {
1852       return;
1853     }
1854     // do we want to thread this ? (contention with seqsel and colsel locks, I
1855     // suspect)
1856     // rules are: colsel is copied if there is a real intersection between
1857     // sequence selection
1858     boolean repaint = false, copycolsel = true;
1859     // if (!av.isSelectionGroupChanged(false))
1860     {
1861       SequenceGroup sgroup = null;
1862       if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
1863       {
1864         if (av.getAlignment() == null)
1865         {
1866           jalview.bin.Cache.log.warn("alignviewport av SeqSetId="
1867                   + av.getSequenceSetId() + " ViewId=" + av.getViewId()
1868                   + " 's alignment is NULL! returning immediatly.");
1869           return;
1870         }
1871         sgroup = seqsel.intersect(av.getAlignment(),
1872                 (av.hasHiddenRows()) ? av.getHiddenRepSequences() : null);
1873         if ((sgroup == null || sgroup.getSize() == 0)
1874                 || (colsel == null || colsel.size() == 0))
1875         {
1876           // don't copy columns if the region didn't intersect.
1877           copycolsel = false;
1878         }
1879       }
1880       if (sgroup != null && sgroup.getSize() > 0)
1881       {
1882         av.setSelectionGroup(sgroup);
1883       }
1884       else
1885       {
1886         av.setSelectionGroup(null);
1887       }
1888       av.isSelectionGroupChanged(true);
1889       repaint = true;
1890     }
1891     if (copycolsel)
1892     {
1893       // the current selection is unset or from a previous message
1894       // so import the new colsel.
1895       if (colsel == null || colsel.size() == 0)
1896       {
1897         if (av.getColumnSelection() != null)
1898         {
1899           av.getColumnSelection().clear();
1900           repaint = true;
1901         }
1902       }
1903       else
1904       {
1905         // TODO: shift colSel according to the intersecting sequences
1906         if (av.getColumnSelection() == null)
1907         {
1908           av.setColumnSelection(new ColumnSelection(colsel));
1909         }
1910         else
1911         {
1912           av.getColumnSelection().setElementsFrom(colsel);
1913         }
1914       }
1915       av.isColSelChanged(true);
1916       repaint = true;
1917     }
1918     if (copycolsel
1919             && av.hasHiddenColumns()
1920             && (av.getColumnSelection() == null || av.getColumnSelection()
1921                     .getHiddenColumns() == null))
1922     {
1923       System.err.println("Bad things");
1924     }
1925     if (repaint)
1926     {
1927       // probably finessing with multiple redraws here
1928       PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
1929       // ap.paintAlignment(false);
1930     }
1931   }
1932 }