src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.bin.Cache;
  25 import jalview.commands.EditCommand;
  26 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  27 import jalview.commands.EditCommand.Edit;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  30 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  31 import jalview.datamodel.SearchResultMatchI;
  32 import jalview.datamodel.SearchResults;
  33 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  34 import jalview.datamodel.Sequence;
  35 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  36 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  37 import jalview.datamodel.SequenceI;
  38 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  39 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  40 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  41 import jalview.structure.SelectionListener;
  42 import jalview.structure.SelectionSource;
  43 import jalview.structure.SequenceListener;
  44 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  45 import jalview.structure.VamsasSource;
  46 import jalview.util.Comparison;
  47 import jalview.util.MappingUtils;
  48 import jalview.util.MessageManager;
  49 import jalview.util.Platform;
  50 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  51
  52 import java.awt.BorderLayout;
  53 import java.awt.Color;
  54 import java.awt.Font;
  55 import java.awt.FontMetrics;
  56 import java.awt.Point;
  57 import java.awt.event.MouseEvent;
  58 import java.awt.event.MouseListener;
  59 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  60 import java.awt.event.MouseWheelEvent;
  61 import java.awt.event.MouseWheelListener;
  62 import java.util.ArrayList;
  63 import java.util.Collections;
  64 import java.util.List;
  65
  66 import javax.swing.JPanel;
  67 import javax.swing.SwingUtilities;
  68 import javax.swing.ToolTipManager;
  69
  70 /**
  71  * DOCUMENT ME!
  72  *
  73  * @author $author$
  74  * @version $Revision: 1.130 $
  75  */
  76 public class SeqPanel extends JPanel
  77         implements MouseListener, MouseMotionListener, MouseWheelListener,
  78         SequenceListener, SelectionListener
  79
  80 {
  81   /** DOCUMENT ME!! */
  82   public SeqCanvas seqCanvas;
  83
  84   /** DOCUMENT ME!! */
  85   public AlignmentPanel ap;
  86
  87   /*
  88    * last column position for mouseMoved event
  89    */
  90   private int lastMouseColumn;
  91
  92   /*
  93    * last sequence offset for mouseMoved event
  94    */
  95   private int lastMouseSeq;
  96
  97   protected int lastres;
  98
  99   protected int startseq;
 100
 101   protected AlignViewport av;
 102
 103   ScrollThread scrollThread = null;
 104
 105   boolean mouseDragging = false;
 106
 107   boolean editingSeqs = false;
 108
 109   boolean groupEditing = false;
 110
 111   // ////////////////////////////////////////
 112   // ///Everything below this is for defining the boundary of the rubberband
 113   // ////////////////////////////////////////
 114   int oldSeq = -1;
 115
 116   boolean changeEndSeq = false;
 117
 118   boolean changeStartSeq = false;
 119
 120   boolean changeEndRes = false;
 121
 122   boolean changeStartRes = false;
 123
 124   SequenceGroup stretchGroup = null;
 125
 126   boolean remove = false;
 127
 128   Point lastMousePress;
 129
 130   boolean mouseWheelPressed = false;
 131
 132   StringBuffer keyboardNo1;
 133
 134   StringBuffer keyboardNo2;
 135
 136   java.net.URL linkImageURL;
 137
 138   private final SequenceAnnotationReport seqARep;
 139
 140   StringBuilder tooltipText = new StringBuilder();
 141
 142   String tmpString;
 143
 144   EditCommand editCommand;
 145
 146   StructureSelectionManager ssm;
 147
 148   SearchResultsI lastSearchResults;
 149
 150   /**
 151    * Creates a new SeqPanel object.
 152    *
 153    * @param avp
 154    *          DOCUMENT ME!
 155    * @param p
 156    *          DOCUMENT ME!
 157    */
 158   public SeqPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)
 159   {
 160     linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif");
 161     seqARep = new SequenceAnnotationReport(linkImageURL.toString());
 162     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 163     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);
 164     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);
 165     this.av = av;
 166     setBackground(Color.white);
 167
 168     seqCanvas = new SeqCanvas(ap);
 169     setLayout(new BorderLayout());
 170     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);
 171
 172     this.ap = ap;
 173
 174     if (!av.isDataset())
 175     {
 176       addMouseMotionListener(this);
 177       addMouseListener(this);
 178       addMouseWheelListener(this);
 179       ssm = av.getStructureSelectionManager();
 180       ssm.addStructureViewerListener(this);
 181       ssm.addSelectionListener(this);
 182     }
 183
 184     lastMouseColumn = -1;
 185     lastMouseSeq = -1;
 186   }
 187
 188   int startWrapBlock = -1;
 189
 190   int wrappedBlock = -1;
 191
 192   /**
 193    * Returns the aligned sequence position (base 0) at the mouse position, or
 194    * the closest visible one
 195    *
 196    * @param evt
 197    * @return
 198    */
 199   int findColumn(MouseEvent evt)
 200   {
 201     int res = 0;
 202     int x = evt.getX();
 203
 204     int startRes = av.getRanges().getStartRes();
 205     if (av.getWrapAlignment())
 206     {
 207
 208       int hgap = av.getCharHeight();
 209       if (av.getScaleAboveWrapped())
 210       {
 211         hgap += av.getCharHeight();
 212       }
 213
 214       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 215               + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 216
 217       int y = evt.getY();
 218       y = Math.max(0, y - hgap);
 219       x = Math.max(0, x - seqCanvas.getLabelWidthWest());
 220
 221       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());
 222       if (cwidth < 1)
 223       {
 224         return 0;
 225       }
 226
 227       wrappedBlock = y / cHeight;
 228       wrappedBlock += startRes / cwidth;
 229       // allow for wrapped view scrolled right (possible from Overview)
 230       int startOffset = startRes % cwidth;
 231       res = wrappedBlock * cwidth + startOffset
 232               + +Math.min(cwidth - 1, x / av.getCharWidth());
 233     }
 234     else
 235     {
 236       if (x > seqCanvas.getX() + seqCanvas.getWidth())
 237       {
 238         // make sure we calculate relative to visible alignment, rather than
 239         // right-hand gutter
 240         x = seqCanvas.getX() + seqCanvas.getWidth();
 241       }
 242       res = (x / av.getCharWidth()) + startRes;
 243       if (res > av.getRanges().getEndRes())
 244       {
 245         // moused off right
 246         res = av.getRanges().getEndRes();
 247       }
 248     }
 249
 250     if (av.hasHiddenColumns())
 251     {
 252       res = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 253               .adjustForHiddenColumns(res);
 254     }
 255
 256     return res;
 257
 258   }
 259
 260   int findSeq(MouseEvent evt)
 261   {
 262     int seq = 0;
 263     int y = evt.getY();
 264
 265     if (av.getWrapAlignment())
 266     {
 267       int hgap = av.getCharHeight();
 268       if (av.getScaleAboveWrapped())
 269       {
 270         hgap += av.getCharHeight();
 271       }
 272
 273       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 274               + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 275
 276       y -= hgap;
 277
 278       seq = Math.min((y % cHeight) / av.getCharHeight(),
 279               av.getAlignment().getHeight() - 1);
 280     }
 281     else
 282     {
 283       seq = Math.min(
 284               (y / av.getCharHeight()) + av.getRanges().getStartSeq(),
 285               av.getAlignment().getHeight() - 1);
 286     }
 287
 288     return seq;
 289   }
 290
 291   /**
 292    * When all of a sequence of edits are complete, put the resulting edit list
 293    * on the history stack (undo list), and reset flags for editing in progress.
 294    */
 295   void endEditing()
 296   {
 297     try
 298     {
 299       if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)
 300       {
 301         ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 302         av.firePropertyChange("alignment", null,
 303                 av.getAlignment().getSequences());
 304       }
 305     } finally
 306     {
 307       /*
 308        * Tidy up come what may...
 309        */
 310       startseq = -1;
 311       lastres = -1;
 312       editingSeqs = false;
 313       groupEditing = false;
 314       keyboardNo1 = null;
 315       keyboardNo2 = null;
 316       editCommand = null;
 317     }
 318   }
 319
 320   void setCursorRow()
 321   {
 322     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;
 323     scrollToVisible(true);
 324   }
 325
 326   void setCursorColumn()
 327   {
 328     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 329     scrollToVisible(true);
 330   }
 331
 332   void setCursorRowAndColumn()
 333   {
 334     if (keyboardNo2 == null)
 335     {
 336       keyboardNo2 = new StringBuffer();
 337     }
 338     else
 339     {
 340       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 341       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;
 342       scrollToVisible(true);
 343     }
 344   }
 345
 346   void setCursorPosition()
 347   {
 348     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 349
 350     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(getKeyboardNo1()) - 1;
 351     scrollToVisible(true);
 352   }
 353
 354   void moveCursor(int dx, int dy)
 355   {
 356     seqCanvas.cursorX += dx;
 357     seqCanvas.cursorY += dy;
 358
 359     HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 360
 361     if (av.hasHiddenColumns() && !hidden.isVisible(seqCanvas.cursorX))
 362     {
 363       int original = seqCanvas.cursorX - dx;
 364       int maxWidth = av.getAlignment().getWidth();
 365
 366       if (!hidden.isVisible(seqCanvas.cursorX))
 367       {
 368         int visx = hidden.findColumnPosition(seqCanvas.cursorX - dx);
 369         int[] region = hidden.getRegionWithEdgeAtRes(visx);
 370
 371         if (region != null) // just in case
 372         {
 373           if (dx == 1)
 374           {
 375             // moving right
 376             seqCanvas.cursorX = region[1] + 1;
 377           }
 378           else if (dx == -1)
 379           {
 380             // moving left
 381             seqCanvas.cursorX = region[0] - 1;
 382           }
 383         }
 384         seqCanvas.cursorX = (seqCanvas.cursorX < 0) ? 0 : seqCanvas.cursorX;
 385       }
 386
 387       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth
 388               || !hidden.isVisible(seqCanvas.cursorX))
 389       {
 390         seqCanvas.cursorX = original;
 391       }
 392     }
 393
 394     scrollToVisible(false);
 395   }
 396
 397   /**
 398    * Scroll to make the cursor visible in the viewport.
 399    *
 400    * @param jump
 401    *          just jump to the location rather than scrolling
 402    */
 403   void scrollToVisible(boolean jump)
 404   {
 405     if (seqCanvas.cursorX < 0)
 406     {
 407       seqCanvas.cursorX = 0;
 408     }
 409     else if (seqCanvas.cursorX > av.getAlignment().getWidth() - 1)
 410     {
 411       seqCanvas.cursorX = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 412     }
 413
 414     if (seqCanvas.cursorY < 0)
 415     {
 416       seqCanvas.cursorY = 0;
 417     }
 418     else if (seqCanvas.cursorY > av.getAlignment().getHeight() - 1)
 419     {
 420       seqCanvas.cursorY = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 421     }
 422
 423     endEditing();
 424
 425     boolean repaintNeeded = true;
 426     if (jump)
 427     {
 428       // only need to repaint if the viewport did not move, as otherwise it will
 429       // get a repaint
 430       repaintNeeded = !av.getRanges().setViewportLocation(seqCanvas.cursorX,
 431               seqCanvas.cursorY);
 432     }
 433     else
 434     {
 435       if (av.getWrapAlignment())
 436       {
 437         av.getRanges().scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);
 438       }
 439       else
 440       {
 441         av.getRanges().scrollToVisible(seqCanvas.cursorX,
 442                 seqCanvas.cursorY);
 443       }
 444     }
 445
 446     if (av.getAlignment().getHiddenColumns().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 447     {
 448       setStatusMessage(av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),
 449             seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);
 450     }
 451
 452     if (repaintNeeded)
 453     {
 454       seqCanvas.repaint();
 455     }
 456   }
 457
 458
 459   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)
 460   {
 461     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 462
 463     if (av.getSelectionGroup() != null)
 464     {
 465       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 466       // Find the top and bottom of this group
 467       int min = av.getAlignment().getHeight(), max = 0;
 468       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)
 469       {
 470         int index = av.getAlignment().findIndex(sg.getSequenceAt(i));
 471         if (index > max)
 472         {
 473           max = index;
 474         }
 475         if (index < min)
 476         {
 477           min = index;
 478         }
 479       }
 480
 481       max++;
 482
 483       if (topLeft)
 484       {
 485         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 486         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)
 487         {
 488           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 489         }
 490
 491         min = seqCanvas.cursorY;
 492       }
 493       else
 494       {
 495         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 496         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)
 497         {
 498           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 499         }
 500
 501         max = seqCanvas.cursorY + 1;
 502       }
 503
 504       if (min > max)
 505       {
 506         // Only the user can do this
 507         av.setSelectionGroup(null);
 508       }
 509       else
 510       {
 511         // Now add any sequences between min and max
 512         sg.getSequences(null).clear();
 513         for (int i = min; i < max; i++)
 514         {
 515           sg.addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 516         }
 517       }
 518     }
 519
 520     if (av.getSelectionGroup() == null)
 521     {
 522       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 523       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 524       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 525       sg.addSequence(sequence, false);
 526       av.setSelectionGroup(sg);
 527     }
 528
 529     ap.paintAlignment(false, false);
 530     av.sendSelection();
 531   }
 532
 533   void insertGapAtCursor(boolean group)
 534   {
 535     groupEditing = group;
 536     startseq = seqCanvas.cursorY;
 537     lastres = seqCanvas.cursorX;
 538     editSequence(true, false, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 539     endEditing();
 540   }
 541
 542   void deleteGapAtCursor(boolean group)
 543   {
 544     groupEditing = group;
 545     startseq = seqCanvas.cursorY;
 546     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();
 547     editSequence(false, false, seqCanvas.cursorX);
 548     endEditing();
 549   }
 550
 551   void insertNucAtCursor(boolean group, String nuc)
 552   {
 553     // TODO not called - delete?
 554     groupEditing = group;
 555     startseq = seqCanvas.cursorY;
 556     lastres = seqCanvas.cursorX;
 557     editSequence(false, true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 558     endEditing();
 559   }
 560
 561   void numberPressed(char value)
 562   {
 563     if (keyboardNo1 == null)
 564     {
 565       keyboardNo1 = new StringBuffer();
 566     }
 567
 568     if (keyboardNo2 != null)
 569     {
 570       keyboardNo2.append(value);
 571     }
 572     else
 573     {
 574       keyboardNo1.append(value);
 575     }
 576   }
 577
 578   int getKeyboardNo1()
 579   {
 580     try
 581     {
 582       if (keyboardNo1 != null)
 583       {
 584         int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());
 585         keyboardNo1 = null;
 586         return value;
 587       }
 588     } catch (Exception x)
 589     {
 590     }
 591     keyboardNo1 = null;
 592     return 1;
 593   }
 594
 595   int getKeyboardNo2()
 596   {
 597     try
 598     {
 599       if (keyboardNo2 != null)
 600       {
 601         int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());
 602         keyboardNo2 = null;
 603         return value;
 604       }
 605     } catch (Exception x)
 606     {
 607     }
 608     keyboardNo2 = null;
 609     return 1;
 610   }
 611
 612   /**
 613    * DOCUMENT ME!
 614    *
 615    * @param evt
 616    *          DOCUMENT ME!
 617    */
 618   @Override
 619   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 620   {
 621     boolean didDrag = mouseDragging; // did we come here after a drag
 622     mouseDragging = false;
 623     mouseWheelPressed = false;
 624
 625     if (evt.isPopupTrigger()) // Windows: mouseReleased
 626     {
 627       showPopupMenu(evt);
 628       evt.consume();
 629       return;
 630     }
 631
 632     if (!editingSeqs)
 633     {
 634       doMouseReleasedDefineMode(evt, didDrag);
 635       return;
 636     }
 637
 638     endEditing();
 639   }
 640
 641   /**
 642    * DOCUMENT ME!
 643    *
 644    * @param evt
 645    *          DOCUMENT ME!
 646    */
 647   @Override
 648   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 649   {
 650     lastMousePress = evt.getPoint();
 651
 652     if (SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))
 653     {
 654       mouseWheelPressed = true;
 655       return;
 656     }
 657
 658     boolean isControlDown = Platform.isControlDown(evt);
 659     if (evt.isShiftDown() || isControlDown)
 660     {
 661       editingSeqs = true;
 662       if (isControlDown)
 663       {
 664         groupEditing = true;
 665       }
 666     }
 667     else
 668     {
 669       doMousePressedDefineMode(evt);
 670       return;
 671     }
 672
 673     int seq = findSeq(evt);
 674     int res = findColumn(evt);
 675
 676     if (seq < 0 || res < 0)
 677     {
 678       return;
 679     }
 680
 681     if ((seq < av.getAlignment().getHeight())
 682             && (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))
 683     {
 684       startseq = seq;
 685       lastres = res;
 686     }
 687     else
 688     {
 689       startseq = -1;
 690       lastres = -1;
 691     }
 692
 693     return;
 694   }
 695
 696   String lastMessage;
 697
 698   @Override
 699   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index, int pos)
 700   {
 701     String tmp = sequence.hashCode() + " " + index + " " + pos;
 702
 703     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))
 704     {
 705       // System.err.println("mouseOver Sequence: "+tmp);
 706       ssm.mouseOverSequence(sequence, index, pos, av);
 707     }
 708     lastMessage = tmp;
 709   }
 710
 711   /**
 712    * Highlight the mapped region described by the search results object (unless
 713    * unchanged). This supports highlight of protein while mousing over linked
 714    * cDNA and vice versa. The status bar is also updated to show the location of
 715    * the start of the highlighted region.
 716    */
 717   @Override
 718   public void highlightSequence(SearchResultsI results)
 719   {
 720     if (results == null || results.equals(lastSearchResults))
 721     {
 722       return;
 723     }
 724     lastSearchResults = results;
 725
 726     boolean wasScrolled = false;
 727
 728     if (av.isFollowHighlight())
 729     {
 730       // don't allow highlight of protein/cDNA to also scroll a complementary
 731       // panel,as this sets up a feedback loop (scrolling panel 1 causes moused
 732       // over residue to change abruptly, causing highlighted residue in panel 2
 733       // to change, causing a scroll in panel 1 etc)
 734       ap.setToScrollComplementPanel(false);
 735       wasScrolled = ap.scrollToPosition(results, false);
 736       if (wasScrolled)
 737       {
 738         seqCanvas.revalidate();
 739       }
 740       ap.setToScrollComplementPanel(true);
 741     }
 742
 743     boolean noFastPaint = wasScrolled && av.getWrapAlignment();
 744     if (seqCanvas.highlightSearchResults(results, noFastPaint))
 745     {
 746       setStatusMessage(results);
 747     }
 748   }
 749
 750   @Override
 751   public VamsasSource getVamsasSource()
 752   {
 753     return this.ap == null ? null : this.ap.av;
 754   }
 755
 756   @Override
 757   public void updateColours(SequenceI seq, int index)
 758   {
 759     System.out.println("update the seqPanel colours");
 760     // repaint();
 761   }
 762
 763   /**
 764    * Action on mouse movement is to update the status bar to show the current
 765    * sequence position, and (if features are shown) to show any features at the
 766    * position in a tooltip. Does nothing if the mouse move does not change
 767    * residue position.
 768    *
 769    * @param evt
 770    */
 771   @Override
 772   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 773   {
 774     if (editingSeqs)
 775     {
 776       // This is because MacOSX creates a mouseMoved
 777       // If control is down, other platforms will not.
 778       mouseDragged(evt);
 779     }
 780
 781     final int column = findColumn(evt);
 782     final int seq = findSeq(evt);
 783
 784     if (column < 0 || seq < 0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())
 785     {
 786       lastMouseSeq = -1;
 787       return;
 788     }
 789     if (column == lastMouseColumn && seq == lastMouseSeq)
 790     {
 791       /*
 792        * just a pixel move without change of residue
 793        */
 794       return;
 795     }
 796     lastMouseColumn = column;
 797     lastMouseSeq = seq;
 798
 799     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 800
 801     if (column >= sequence.getLength())
 802     {
 803       return;
 804     }
 805
 806     /*
 807      * set status bar message, returning residue position in sequence
 808      */
 809     boolean isGapped = Comparison.isGap(sequence.getCharAt(column));
 810     final int pos = setStatusMessage(sequence, column, seq);
 811     if (ssm != null && !isGapped)
 812     {
 813       mouseOverSequence(sequence, column, pos);
 814     }
 815
 816     tooltipText.setLength(6); // Cuts the buffer back to <html>
 817
 818     SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
 819     if (groups != null)
 820     {
 821       for (int g = 0; g < groups.length; g++)
 822       {
 823         if (groups[g].getStartRes() <= column
 824                 && groups[g].getEndRes() >= column)
 825         {
 826           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup")
 827                   && !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))
 828           {
 829             tooltipText.append(groups[g].getName());
 830           }
 831
 832           if (groups[g].getDescription() != null)
 833           {
 834             tooltipText.append(": " + groups[g].getDescription());
 835           }
 836         }
 837       }
 838     }
 839
 840     /*
 841      * add any features at the position to the tooltip; if over a gap, only
 842      * add features that straddle the gap (pos may be the residue before or
 843      * after the gap)
 844      */
 845     if (av.isShowSequenceFeatures())
 846     {
 847       List<SequenceFeature> features = ap.getFeatureRenderer()
 848               .findFeaturesAtColumn(sequence, column + 1);
 849       seqARep.appendFeatures(tooltipText, pos, features,
 850               this.ap.getSeqPanel().seqCanvas.fr.getMinMax());
 851     }
 852     if (tooltipText.length() == 6) // <html>
 853     {
 854       setToolTipText(null);
 855       lastTooltip = null;
 856     }
 857     else
 858     {
 859       String textString = tooltipText.toString();
 860       if (lastTooltip == null || !lastTooltip.equals(textString))
 861       {
 862         String formattedTooltipText = JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 863                 textString);
 864         setToolTipText(formattedTooltipText);
 865         lastTooltip = textString;
 866       }
 867     }
 868   }
 869
 870   private Point lastp = null;
 871
 872   /*
 873    * (non-Javadoc)
 874    *
 875    * @see javax.swing.JComponent#getToolTipLocation(java.awt.event.MouseEvent)
 876    */
 877   @Override
 878   public Point getToolTipLocation(MouseEvent event)
 879   {
 880     int x = event.getX(), w = getWidth();
 881     int wdth = (w - x < 200) ? -(w / 2) : 5; // switch sides when tooltip is too
 882     // close to edge
 883     Point p = lastp;
 884     if (!event.isShiftDown() || p == null)
 885     {
 886       p = (tooltipText != null && tooltipText.length() > 6)
 887               ? new Point(event.getX() + wdth, event.getY() - 20)
 888               : null;
 889     }
 890     /*
 891      * TODO: try to modify position region is not obcured by tooltip
 892      */
 893     return lastp = p;
 894   }
 895
 896   String lastTooltip;
 897
 898   /**
 899    * set when the current UI interaction has resulted in a change that requires
 900    * shading in overviews and structures to be recalculated. this could be
 901    * changed to a something more expressive that indicates what actually has
 902    * changed, so selective redraws can be applied (ie. only structures, only
 903    * overview, etc)
 904    */
 905   private boolean updateOverviewAndStructs = false; // TODO: refactor to avcontroller
 906
 907   /**
 908    * set if av.getSelectionGroup() refers to a group that is defined on the
 909    * alignment view, rather than a transient selection
 910    */
 911   // private boolean editingDefinedGroup = false; // TODO: refactor to
 912   // avcontroller or viewModel
 913
 914   /**
 915    * Sets the status message in alignment panel, showing the sequence number
 916    * (index) and id, and residue and residue position if not at a gap, for the
 917    * given sequence and column position. Returns the residue position returned
 918    * by Sequence.findPosition. Note this may be for the nearest adjacent residue
 919    * if at a gapped position.
 920    *
 921    * @param sequence
 922    *          aligned sequence object
 923    * @param column
 924    *          alignment column
 925    * @param seqIndex
 926    *          index of sequence in alignment
 927    * @return sequence position of residue at column, or adjacent residue if at a
 928    *         gap
 929    */
 930   int setStatusMessage(SequenceI sequence, final int column, int seqIndex)
 931   {
 932     char sequenceChar = sequence.getCharAt(column);
 933     int pos = sequence.findPosition(column);
 934     setStatusMessage(sequence, seqIndex, sequenceChar, pos);
 935
 936     return pos;
 937   }
 938
 939   /**
 940    * Builds the status message for the current cursor location and writes it to
 941    * the status bar, for example
 942    *
 943    * <pre>
 944    * Sequence 3 ID: FER1_SOLLC
 945    * Sequence 5 ID: FER1_PEA Residue: THR (4)
 946    * Sequence 5 ID: FER1_PEA Residue: B (3)
 947    * Sequence 6 ID: O.niloticus.3 Nucleotide: Uracil (2)
 948    * </pre>
 949    *
 950    * @param sequence
 951    * @param seqIndex
 952    *          sequence position in the alignment (1..)
 953    * @param sequenceChar
 954    *          the character under the cursor
 955    * @param residuePos
 956    *          the sequence residue position (if not over a gap)
 957    */
 958   protected void setStatusMessage(SequenceI sequence, int seqIndex,
 959           char sequenceChar, int residuePos)
 960   {
 961     StringBuilder text = new StringBuilder(32);
 962
 963     /*
 964      * Sequence number (if known), and sequence name.
 965      */
 966     String seqno = seqIndex == -1 ? "" : " " + (seqIndex + 1);
 967     text.append("Sequence").append(seqno).append(" ID: ")
 968             .append(sequence.getName());
 969
 970     String residue = null;
 971
 972     /*
 973      * Try to translate the display character to residue name (null for gap).
 974      */
 975     boolean isGapped = Comparison.isGap(sequenceChar);
 976
 977     if (!isGapped)
 978     {
 979       boolean nucleotide = av.getAlignment().isNucleotide();
 980       String displayChar = String.valueOf(sequenceChar);
 981       if (nucleotide)
 982       {
 983         residue = ResidueProperties.nucleotideName.get(displayChar);
 984       }
 985       else
 986       {
 987         residue = "X".equalsIgnoreCase(displayChar) ? "X"
 988                 : ("*".equals(displayChar) ? "STOP"
 989                         : ResidueProperties.aa2Triplet.get(displayChar));
 990       }
 991       text.append(" ").append(nucleotide ? "Nucleotide" : "Residue")
 992               .append(": ").append(residue == null ? displayChar : residue);
 993
 994       text.append(" (").append(Integer.toString(residuePos)).append(")");
 995     }
 996     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 997   }
 998
 999   /**
1000    * Set the status bar message to highlight the first matched position in
1001    * search results.
1002    *
1003    * @param results
1004    */
1005   private void setStatusMessage(SearchResultsI results)
1006   {
1007     AlignmentI al = this.av.getAlignment();
1008     int sequenceIndex = al.findIndex(results);
1009     if (sequenceIndex == -1)
1010     {
1011       return;
1012     }
1013     SequenceI ds = al.getSequenceAt(sequenceIndex).getDatasetSequence();
1014     for (SearchResultMatchI m : results.getResults())
1015     {
1016       SequenceI seq = m.getSequence();
1017       if (seq.getDatasetSequence() != null)
1018       {
1019         seq = seq.getDatasetSequence();
1020       }
1021
1022       if (seq == ds)
1023       {
1024         int start = m.getStart();
1025         setStatusMessage(seq, sequenceIndex, seq.getCharAt(start - 1),
1026                 start);
1027         return;
1028       }
1029     }
1030   }
1031
1032   /**
1033    * {@inheritDoc}
1034    */
1035   @Override
1036   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
1037   {
1038     if (mouseWheelPressed)
1039     {
1040       boolean inSplitFrame = ap.av.getCodingComplement() != null;
1041       boolean copyChanges = inSplitFrame && av.isProteinFontAsCdna();
1042
1043       int oldWidth = av.getCharWidth();
1044
1045       // Which is bigger, left-right or up-down?
1046       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.getY()) > Math
1047               .abs(evt.getX() - lastMousePress.getX()))
1048       {
1049         /*
1050          * on drag up or down, decrement or increment font size
1051          */
1052         int fontSize = av.font.getSize();
1053         boolean fontChanged = false;
1054
1055         if (evt.getY() < lastMousePress.getY())
1056         {
1057           fontChanged = true;
1058           fontSize--;
1059         }
1060         else if (evt.getY() > lastMousePress.getY())
1061         {
1062           fontChanged = true;
1063           fontSize++;
1064         }
1065
1066         if (fontSize < 1)
1067         {
1068           fontSize = 1;
1069         }
1070
1071         if (fontChanged)
1072         {
1073           Font newFont = new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(),
1074                   fontSize);
1075           av.setFont(newFont, true);
1076           av.setCharWidth(oldWidth);
1077           ap.fontChanged();
1078           if (copyChanges)
1079           {
1080             ap.av.getCodingComplement().setFont(newFont, true);
1081             SplitFrame splitFrame = (SplitFrame) ap.alignFrame
1082                     .getSplitViewContainer();
1083             splitFrame.adjustLayout();
1084             splitFrame.repaint();
1085           }
1086         }
1087       }
1088       else
1089       {
1090         /*
1091          * on drag left or right, decrement or increment character width
1092          */
1093         int newWidth = 0;
1094         if (evt.getX() < lastMousePress.getX() && av.getCharWidth() > 1)
1095         {
1096           newWidth = av.getCharWidth() - 1;
1097           av.setCharWidth(newWidth);
1098         }
1099         else if (evt.getX() > lastMousePress.getX())
1100         {
1101           newWidth = av.getCharWidth() + 1;
1102           av.setCharWidth(newWidth);
1103         }
1104         if (newWidth > 0)
1105         {
1106           ap.paintAlignment(false, false);
1107           if (copyChanges)
1108           {
1109             /*
1110              * need to ensure newWidth is set on cdna, regardless of which
1111              * panel the mouse drag happened in; protein will compute its
1112              * character width as 1:1 or 3:1
1113              */
1114             av.getCodingComplement().setCharWidth(newWidth);
1115             SplitFrame splitFrame = (SplitFrame) ap.alignFrame
1116                     .getSplitViewContainer();
1117             splitFrame.adjustLayout();
1118             splitFrame.repaint();
1119           }
1120         }
1121       }
1122
1123       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
1124       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.getCharWidth();
1125
1126       lastMousePress = evt.getPoint();
1127
1128       return;
1129     }
1130
1131     if (!editingSeqs)
1132     {
1133       doMouseDraggedDefineMode(evt);
1134       return;
1135     }
1136
1137     int res = findColumn(evt);
1138
1139     if (res < 0)
1140     {
1141       res = 0;
1142     }
1143
1144     if ((lastres == -1) || (lastres == res))
1145     {
1146       return;
1147     }
1148
1149     if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))
1150     {
1151       // dragLeft, delete gap
1152       editSequence(false, false, res);
1153     }
1154     else
1155     {
1156       editSequence(true, false, res);
1157     }
1158
1159     mouseDragging = true;
1160     if ((scrollThread != null) && (scrollThread.isRunning()))
1161     {
1162       scrollThread.setEvent(evt);
1163     }
1164   }
1165
1166   // TODO: Make it more clever than many booleans
1167   synchronized void editSequence(boolean insertGap, boolean editSeq,
1168           int startres)
1169   {
1170     int fixedLeft = -1;
1171     int fixedRight = -1;
1172     boolean fixedColumns = false;
1173     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
1174
1175     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(startseq);
1176
1177     // No group, but the sequence may represent a group
1178     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows())
1179     {
1180       if (av.isHiddenRepSequence(seq))
1181       {
1182         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1183         groupEditing = true;
1184       }
1185     }
1186
1187     StringBuilder message = new StringBuilder(64);
1188     if (groupEditing)
1189     {
1190       message.append("Edit group:");
1191       if (editCommand == null)
1192       {
1193         editCommand = new EditCommand(
1194                 MessageManager.getString("action.edit_group"));
1195       }
1196     }
1197     else
1198     {
1199       message.append("Edit sequence: " + seq.getName());
1200       String label = seq.getName();
1201       if (label.length() > 10)
1202       {
1203         label = label.substring(0, 10);
1204       }
1205       if (editCommand == null)
1206       {
1207         editCommand = new EditCommand(MessageManager
1208                 .formatMessage("label.edit_params", new String[]
1209                 { label }));
1210       }
1211     }
1212
1213     if (insertGap)
1214     {
1215       message.append(" insert ");
1216     }
1217     else
1218     {
1219       message.append(" delete ");
1220     }
1221
1222     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");
1223     ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());
1224
1225     // Are we editing within a selection group?
1226     if (groupEditing || (sg != null
1227             && sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences()).contains(seq)))
1228     {
1229       fixedColumns = true;
1230
1231       // sg might be null as the user may only see 1 sequence,
1232       // but the sequence represents a group
1233       if (sg == null)
1234       {
1235         if (!av.isHiddenRepSequence(seq))
1236         {
1237           endEditing();
1238           return;
1239         }
1240         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1241       }
1242
1243       fixedLeft = sg.getStartRes();
1244       fixedRight = sg.getEndRes();
1245
1246       if ((startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)
1247               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)
1248               || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)
1249               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))
1250       {
1251         endEditing();
1252         return;
1253       }
1254
1255       if (fixedLeft > startres)
1256       {
1257         fixedRight = fixedLeft - 1;
1258         fixedLeft = 0;
1259       }
1260       else if (fixedRight < startres)
1261       {
1262         fixedLeft = fixedRight;
1263         fixedRight = -1;
1264       }
1265     }
1266
1267     if (av.hasHiddenColumns())
1268     {
1269       fixedColumns = true;
1270       int y1 = av.getAlignment().getHiddenColumns()
1271               .getHiddenBoundaryLeft(startres);
1272       int y2 = av.getAlignment().getHiddenColumns()
1273               .getHiddenBoundaryRight(startres);
1274
1275       if ((insertGap && startres > y1 && lastres < y1)
1276               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))
1277       {
1278         endEditing();
1279         return;
1280       }
1281
1282       // System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");
1283       // Selection spans a hidden region
1284       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))
1285       {
1286         if (startres >= y2)
1287         {
1288           fixedLeft = y2;
1289         }
1290         else
1291         {
1292           fixedRight = y2 - 1;
1293         }
1294       }
1295     }
1296
1297     if (groupEditing)
1298     {
1299       List<SequenceI> vseqs = sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences());
1300       int g, groupSize = vseqs.size();
1301       SequenceI[] groupSeqs = new SequenceI[groupSize];
1302       for (g = 0; g < groupSeqs.length; g++)
1303       {
1304         groupSeqs[g] = vseqs.get(g);
1305       }
1306
1307       // drag to right
1308       if (insertGap)
1309       {
1310         // If the user has selected the whole sequence, and is dragging to
1311         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup
1312         if (sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() == fixedRight
1313                 && sg.getEndRes() == av.getAlignment().getWidth() - 1)
1314         {
1315           sg.setEndRes(av.getAlignment().getWidth() + startres - lastres);
1316           fixedRight = sg.getEndRes();
1317         }
1318
1319         // Is it valid with fixed columns??
1320         // Find the next gap before the end
1321         // of the visible region boundary
1322         boolean blank = false;
1323         for (; fixedRight > lastres; fixedRight--)
1324         {
1325           blank = true;
1326
1327           for (g = 0; g < groupSize; g++)
1328           {
1329             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)
1330             {
1331               if (!Comparison.isGap(groupSeqs[g].getCharAt(fixedRight - j)))
1332               {
1333                 blank = false;
1334                 break;
1335               }
1336             }
1337           }
1338           if (blank)
1339           {
1340             break;
1341           }
1342         }
1343
1344         if (!blank)
1345         {
1346           if (sg.getSize() == av.getAlignment().getHeight())
1347           {
1348             if ((av.hasHiddenColumns() && startres < av.getAlignment()
1349                     .getHiddenColumns().getHiddenBoundaryRight(startres)))
1350             {
1351               endEditing();
1352               return;
1353             }
1354
1355             int alWidth = av.getAlignment().getWidth();
1356             if (av.hasHiddenRows())
1357             {
1358               int hwidth = av.getAlignment().getHiddenSequences()
1359                       .getWidth();
1360               if (hwidth > alWidth)
1361               {
1362                 alWidth = hwidth;
1363               }
1364             }
1365             // We can still insert gaps if the selectionGroup
1366             // contains all the sequences
1367             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);
1368             fixedRight = alWidth + startres - lastres;
1369           }
1370           else
1371           {
1372             endEditing();
1373             return;
1374           }
1375         }
1376       }
1377
1378       // drag to left
1379       else if (!insertGap)
1380       {
1381         // / Are we able to delete?
1382         // ie are all columns blank?
1383
1384         for (g = 0; g < groupSize; g++)
1385         {
1386           for (int j = startres; j < lastres; j++)
1387           {
1388             if (groupSeqs[g].getLength() <= j)
1389             {
1390               continue;
1391             }
1392
1393             if (!Comparison.isGap(groupSeqs[g].getCharAt(j)))
1394             {
1395               // Not a gap, block edit not valid
1396               endEditing();
1397               return;
1398             }
1399           }
1400         }
1401       }
1402
1403       if (insertGap)
1404       {
1405         // dragging to the right
1406         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1407         {
1408           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1409           {
1410             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);
1411           }
1412         }
1413         else
1414         {
1415           appendEdit(Action.INSERT_GAP, groupSeqs, startres,
1416                   startres - lastres);
1417         }
1418       }
1419       else
1420       {
1421         // dragging to the left
1422         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1423         {
1424           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1425           {
1426             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);
1427           }
1428         }
1429         else
1430         {
1431           appendEdit(Action.DELETE_GAP, groupSeqs, startres,
1432                   lastres - startres);
1433         }
1434
1435       }
1436     }
1437     else
1438     // ///Editing a single sequence///////////
1439     {
1440       if (insertGap)
1441       {
1442         // dragging to the right
1443         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1444         {
1445           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1446           {
1447             insertChar(j, new SequenceI[] { seq }, fixedRight);
1448           }
1449         }
1450         else
1451         {
1452           appendEdit(Action.INSERT_GAP, new SequenceI[] { seq }, lastres,
1453                   startres - lastres);
1454         }
1455       }
1456       else
1457       {
1458         if (!editSeq)
1459         {
1460           // dragging to the left
1461           if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1462           {
1463             for (int j = lastres; j > startres; j--)
1464             {
1465               if (!Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))
1466               {
1467                 endEditing();
1468                 break;
1469               }
1470               deleteChar(startres, new SequenceI[] { seq }, fixedRight);
1471             }
1472           }
1473           else
1474           {
1475             // could be a keyboard edit trying to delete none gaps
1476             int max = 0;
1477             for (int m = startres; m < lastres; m++)
1478             {
1479               if (!Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))
1480               {
1481                 break;
1482               }
1483               max++;
1484             }
1485
1486             if (max > 0)
1487             {
1488               appendEdit(Action.DELETE_GAP, new SequenceI[] { seq },
1489                       startres, max);
1490             }
1491           }
1492         }
1493         else
1494         {// insertGap==false AND editSeq==TRUE;
1495           if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1496           {
1497             for (int j = lastres; j < startres; j++)
1498             {
1499               insertChar(j, new SequenceI[] { seq }, fixedRight);
1500             }
1501           }
1502           else
1503           {
1504             appendEdit(Action.INSERT_NUC, new SequenceI[] { seq }, lastres,
1505                     startres - lastres);
1506           }
1507         }
1508       }
1509     }
1510
1511     lastres = startres;
1512     seqCanvas.repaint();
1513   }
1514
1515   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1516   {
1517     int blankColumn = fixedColumn;
1518     for (int s = 0; s < seq.length; s++)
1519     {
1520       // Find the next gap before the end of the visible region boundary
1521       // If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion
1522
1523       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)
1524       {
1525         if (Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))
1526         {
1527           // Theres a space, so break and insert the gap
1528           break;
1529         }
1530       }
1531
1532       if (blankColumn <= j)
1533       {
1534         blankColumn = fixedColumn;
1535         endEditing();
1536         return;
1537       }
1538     }
1539
1540     appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, blankColumn, 1);
1541
1542     appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, j, 1);
1543
1544   }
1545
1546   /**
1547    * Helper method to add and perform one edit action.
1548    *
1549    * @param action
1550    * @param seq
1551    * @param pos
1552    * @param count
1553    */
1554   protected void appendEdit(Action action, SequenceI[] seq, int pos,
1555           int count)
1556   {
1557
1558     final Edit edit = new EditCommand().new Edit(action, seq, pos, count,
1559             av.getAlignment().getGapCharacter());
1560
1561     editCommand.appendEdit(edit, av.getAlignment(), true, null);
1562   }
1563
1564   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1565   {
1566
1567     appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, j, 1);
1568
1569     appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, fixedColumn, 1);
1570   }
1571
1572   /**
1573    * DOCUMENT ME!
1574    *
1575    * @param e
1576    *          DOCUMENT ME!
1577    */
1578   @Override
1579   public void mouseEntered(MouseEvent e)
1580   {
1581     if (oldSeq < 0)
1582     {
1583       oldSeq = 0;
1584     }
1585
1586     if ((scrollThread != null) && (scrollThread.isRunning()))
1587     {
1588       scrollThread.stopScrolling();
1589       scrollThread = null;
1590     }
1591   }
1592
1593   /**
1594    * DOCUMENT ME!
1595    *
1596    * @param e
1597    *          DOCUMENT ME!
1598    */
1599   @Override
1600   public void mouseExited(MouseEvent e)
1601   {
1602     if (av.getWrapAlignment())
1603     {
1604       return;
1605     }
1606
1607     if (mouseDragging && scrollThread == null)
1608     {
1609       scrollThread = new ScrollThread();
1610     }
1611   }
1612
1613   /**
1614    * Handler for double-click on a position with one or more sequence features.
1615    * Opens the Amend Features dialog to allow feature details to be amended, or
1616    * the feature deleted.
1617    */
1618   @Override
1619   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
1620   {
1621     SequenceGroup sg = null;
1622     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(findSeq(evt));
1623     if (evt.getClickCount() > 1)
1624     {
1625       sg = av.getSelectionGroup();
1626       if (sg != null && sg.getSize() == 1
1627               && sg.getEndRes() - sg.getStartRes() < 2)
1628       {
1629         av.setSelectionGroup(null);
1630       }
1631
1632       int column = findColumn(evt);
1633
1634       /*
1635        * find features at the position (if not gapped), or straddling
1636        * the position (if at a gap)
1637        */
1638       List<SequenceFeature> features = seqCanvas.getFeatureRenderer()
1639               .findFeaturesAtColumn(sequence, column + 1);
1640
1641       if (!features.isEmpty())
1642       {
1643         /*
1644          * highlight the first feature at the position on the alignment
1645          */
1646         SearchResultsI highlight = new SearchResults();
1647         highlight.addResult(sequence, features.get(0).getBegin(), features
1648                 .get(0).getEnd());
1649         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight, false);
1650
1651         /*
1652          * open the Amend Features dialog; clear highlighting afterwards,
1653          * whether changes were made or not
1654          */
1655         List<SequenceI> seqs = Collections.singletonList(sequence);
1656         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs, features, false,
1657                 ap);
1658         av.setSearchResults(null); // clear highlighting
1659         seqCanvas.repaint(); // draw new/amended features
1660       }
1661     }
1662   }
1663
1664   @Override
1665   public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)
1666   {
1667     e.consume();
1668     if (e.getWheelRotation() > 0)
1669     {
1670       if (e.isShiftDown())
1671       {
1672         av.getRanges().scrollRight(true);
1673
1674       }
1675       else
1676       {
1677         av.getRanges().scrollUp(false);
1678       }
1679     }
1680     else
1681     {
1682       if (e.isShiftDown())
1683       {
1684         av.getRanges().scrollRight(false);
1685       }
1686       else
1687       {
1688         av.getRanges().scrollUp(true);
1689       }
1690     }
1691
1692     /*
1693      * update status bar and tooltip for new position
1694      * (need to synthesize a mouse movement to refresh tooltip)
1695      */
1696     mouseMoved(e);
1697     ToolTipManager.sharedInstance().mouseMoved(e);
1698   }
1699
1700   /**
1701    * DOCUMENT ME!
1702    *
1703    * @param evt
1704    *          DOCUMENT ME!
1705    */
1706   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)
1707   {
1708     final int res = findColumn(evt);
1709     final int seq = findSeq(evt);
1710     oldSeq = seq;
1711     updateOverviewAndStructs = false;
1712
1713     startWrapBlock = wrappedBlock;
1714
1715     if (av.getWrapAlignment() && seq > av.getAlignment().getHeight())
1716     {
1717       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1718               MessageManager.getString(
1719                       "label.cannot_edit_annotations_in_wrapped_view"),
1720               MessageManager.getString("label.wrapped_view_no_edit"),
1721               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1722       return;
1723     }
1724
1725     if (seq < 0 || res < 0)
1726     {
1727       return;
1728     }
1729
1730     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
1731
1732     if ((sequence == null) || (res > sequence.getLength()))
1733     {
1734       return;
1735     }
1736
1737     stretchGroup = av.getSelectionGroup();
1738
1739     if (stretchGroup == null || !stretchGroup.contains(sequence, res))
1740     {
1741       stretchGroup = av.getAlignment().findGroup(sequence, res);
1742       if (stretchGroup != null)
1743       {
1744         // only update the current selection if the popup menu has a group to
1745         // focus on
1746         av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1747       }
1748     }
1749
1750     if (evt.isPopupTrigger()) // Mac: mousePressed
1751     {
1752       showPopupMenu(evt);
1753       return;
1754     }
1755
1756     /*
1757      * defer right-mouse click handling to mouseReleased on Windows
1758      * (where isPopupTrigger() will answer true)
1759      * NB isRightMouseButton is also true for Cmd-click on Mac
1760      */
1761     if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt) && !Platform.isAMac())
1762     {
1763       return;
1764     }
1765
1766     if (av.cursorMode)
1767     {
1768       seqCanvas.cursorX = findColumn(evt);
1769       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);
1770       seqCanvas.repaint();
1771       return;
1772     }
1773
1774     if (stretchGroup == null)
1775     {
1776       createStretchGroup(res, sequence);
1777     }
1778
1779     if (stretchGroup != null)
1780     {
1781       stretchGroup.addPropertyChangeListener(seqCanvas);
1782     }
1783
1784     seqCanvas.repaint();
1785   }
1786
1787   private void createStretchGroup(int res, SequenceI sequence)
1788   {
1789     // Only if left mouse button do we want to change group sizes
1790     // define a new group here
1791     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
1792     sg.setStartRes(res);
1793     sg.setEndRes(res);
1794     sg.addSequence(sequence, false);
1795     av.setSelectionGroup(sg);
1796     stretchGroup = sg;
1797
1798     if (av.getConservationSelected())
1799     {
1800       SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getResidueShading(),
1801               ap.getViewName());
1802     }
1803
1804     if (av.getAbovePIDThreshold())
1805     {
1806       SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getResidueShading(),
1807               ap.getViewName());
1808     }
1809     // TODO: stretchGroup will always be not null. Is this a merge error ?
1810     // or is there a threading issue here?
1811     if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))
1812     {
1813       // Edit end res position of selected group
1814       changeEndRes = true;
1815     }
1816     else if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getStartRes() == res))
1817     {
1818       // Edit end res position of selected group
1819       changeStartRes = true;
1820     }
1821     stretchGroup.getWidth();
1822
1823   }
1824
1825   /**
1826    * Build and show a pop-up menu at the right-click mouse position
1827    *
1828    * @param evt
1829    * @param res
1830    * @param sequences
1831    */
1832   void showPopupMenu(MouseEvent evt)
1833   {
1834     final int column = findColumn(evt);
1835     final int seq = findSeq(evt);
1836     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
1837     List<SequenceFeature> allFeatures = ap.getFeatureRenderer()
1838             .findFeaturesAtColumn(sequence, column + 1);
1839     List<String> links = new ArrayList<>();
1840     for (SequenceFeature sf : allFeatures)
1841     {
1842       if (sf.links != null)
1843       {
1844         for (String link : sf.links)
1845         {
1846           links.add(link);
1847         }
1848       }
1849     }
1850
1851     PopupMenu pop = new PopupMenu(ap, null, links);
1852     pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
1853   }
1854
1855   /**
1856    * Update the display after mouse up on a selection or group
1857    *
1858    * @param evt
1859    *          mouse released event details
1860    * @param afterDrag
1861    *          true if this event is happening after a mouse drag (rather than a
1862    *          mouse down)
1863    */
1864   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt, boolean afterDrag)
1865   {
1866     if (stretchGroup == null)
1867     {
1868       return;
1869     }
1870
1871     stretchGroup.removePropertyChangeListener(seqCanvas);
1872
1873     // always do this - annotation has own state
1874     // but defer colourscheme update until hidden sequences are passed in
1875     boolean vischange = stretchGroup.recalcConservation(true);
1876     updateOverviewAndStructs |= vischange && av.isSelectionDefinedGroup()
1877             && afterDrag;
1878     if (stretchGroup.cs != null)
1879     {
1880       stretchGroup.cs.alignmentChanged(stretchGroup,
1881               av.getHiddenRepSequences());
1882
1883       ResidueShaderI groupColourScheme = stretchGroup
1884               .getGroupColourScheme();
1885       String name = stretchGroup.getName();
1886       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())
1887       {
1888         SliderPanel.setConservationSlider(ap, groupColourScheme, name);
1889       }
1890       if (stretchGroup.cs.getThreshold() > 0)
1891       {
1892         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, groupColourScheme, name);
1893       }
1894     }
1895     PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
1896     // TODO: structure colours only need updating if stretchGroup used to or now
1897     // does contain sequences with structure views
1898     ap.paintAlignment(updateOverviewAndStructs, updateOverviewAndStructs);
1899     updateOverviewAndStructs = false;
1900     changeEndRes = false;
1901     changeStartRes = false;
1902     stretchGroup = null;
1903     av.sendSelection();
1904   }
1905
1906   /**
1907    * DOCUMENT ME!
1908    *
1909    * @param evt
1910    *          DOCUMENT ME!
1911    */
1912   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)
1913   {
1914     int res = findColumn(evt);
1915     int y = findSeq(evt);
1916
1917     if (wrappedBlock != startWrapBlock)
1918     {
1919       return;
1920     }
1921
1922     if (stretchGroup == null)
1923     {
1924       return;
1925     }
1926
1927     if (res >= av.getAlignment().getWidth())
1928     {
1929       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
1930     }
1931
1932     if (stretchGroup.getEndRes() == res)
1933     {
1934       // Edit end res position of selected group
1935       changeEndRes = true;
1936     }
1937     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)
1938     {
1939       // Edit start res position of selected group
1940       changeStartRes = true;
1941     }
1942
1943     if (res < av.getRanges().getStartRes())
1944     {
1945       res = av.getRanges().getStartRes();
1946     }
1947
1948     if (changeEndRes)
1949     {
1950       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))
1951       {
1952         stretchGroup.setEndRes(res);
1953         updateOverviewAndStructs |= av.isSelectionDefinedGroup();
1954       }
1955     }
1956     else if (changeStartRes)
1957     {
1958       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))
1959       {
1960         stretchGroup.setStartRes(res);
1961         updateOverviewAndStructs |= av.isSelectionDefinedGroup();
1962       }
1963     }
1964
1965     int dragDirection = 0;
1966
1967     if (y > oldSeq)
1968     {
1969       dragDirection = 1;
1970     }
1971     else if (y < oldSeq)
1972     {
1973       dragDirection = -1;
1974     }
1975
1976     while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1)
1977             && (y < av.getAlignment().getHeight()))
1978     {
1979       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the
1980       // selection is quite slow.
1981       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1982
1983       oldSeq += dragDirection;
1984
1985       if (oldSeq < 0)
1986       {
1987         break;
1988       }
1989
1990       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1991
1992       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))
1993       {
1994         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);
1995         updateOverviewAndStructs |= av.isSelectionDefinedGroup();
1996       }
1997       else
1998       {
1999         if (seq != null)
2000         {
2001           stretchGroup.addSequence(seq, false);
2002         }
2003
2004         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);
2005         updateOverviewAndStructs |= av.isSelectionDefinedGroup();
2006       }
2007     }
2008
2009     if (oldSeq < 0)
2010     {
2011       oldSeq = -1;
2012     }
2013
2014     mouseDragging = true;
2015
2016     if ((scrollThread != null) && (scrollThread.isRunning()))
2017     {
2018       scrollThread.setEvent(evt);
2019     }
2020   }
2021
2022   void scrollCanvas(MouseEvent evt)
2023   {
2024     if (evt == null)
2025     {
2026       if ((scrollThread != null) && (scrollThread.isRunning()))
2027       {
2028         scrollThread.stopScrolling();
2029         scrollThread = null;
2030       }
2031       mouseDragging = false;
2032     }
2033     else
2034     {
2035       if (scrollThread == null)
2036       {
2037         scrollThread = new ScrollThread();
2038       }
2039
2040       mouseDragging = true;
2041       scrollThread.setEvent(evt);
2042     }
2043
2044   }
2045
2046   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
2047   class ScrollThread extends Thread
2048   {
2049     MouseEvent evt;
2050
2051     private volatile boolean threadRunning = true;
2052
2053     public ScrollThread()
2054     {
2055       start();
2056     }
2057
2058     public void setEvent(MouseEvent e)
2059     {
2060       evt = e;
2061     }
2062
2063     public void stopScrolling()
2064     {
2065       threadRunning = false;
2066     }
2067
2068     public boolean isRunning()
2069     {
2070       return threadRunning;
2071     }
2072
2073     @Override
2074     public void run()
2075     {
2076       while (threadRunning)
2077       {
2078         if (evt != null)
2079         {
2080           if (mouseDragging && (evt.getY() < 0)
2081                   && (av.getRanges().getStartSeq() > 0))
2082           {
2083             av.getRanges().scrollUp(true);
2084           }
2085
2086           if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight()) && (av
2087                   .getAlignment().getHeight() > av.getRanges().getEndSeq()))
2088           {
2089             av.getRanges().scrollUp(false);
2090           }
2091
2092           if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))
2093           {
2094             av.getRanges().scrollRight(false);
2095           }
2096           else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))
2097           {
2098             av.getRanges().scrollRight(true);
2099           }
2100         }
2101
2102         try
2103         {
2104           Thread.sleep(20);
2105         } catch (Exception ex)
2106         {
2107         }
2108       }
2109     }
2110   }
2111
2112   /**
2113    * modify current selection according to a received message.
2114    */
2115   @Override
2116   public void selection(SequenceGroup seqsel, ColumnSelection colsel,
2117           HiddenColumns hidden, SelectionSource source)
2118   {
2119     // TODO: fix this hack - source of messages is align viewport, but SeqPanel
2120     // handles selection messages...
2121     // TODO: extend config options to allow user to control if selections may be
2122     // shared between viewports.
2123     boolean iSentTheSelection = (av == source
2124             || (source instanceof AlignViewport
2125                     && ((AlignmentViewport) source).getSequenceSetId()
2126                             .equals(av.getSequenceSetId())));
2127
2128     if (iSentTheSelection)
2129     {
2130       // respond to our own event by updating dependent dialogs
2131       if (ap.getCalculationDialog() != null)
2132       {
2133         ap.getCalculationDialog().validateCalcTypes();
2134       }
2135
2136       return;
2137     }
2138
2139     // process further ?
2140     if (!av.followSelection)
2141     {
2142       return;
2143     }
2144
2145     /*
2146      * Ignore the selection if there is one of our own pending.
2147      */
2148     if (av.isSelectionGroupChanged(false) || av.isColSelChanged(false))
2149     {
2150       return;
2151     }
2152
2153     /*
2154      * Check for selection in a view of which this one is a dna/protein
2155      * complement.
2156      */
2157     if (selectionFromTranslation(seqsel, colsel, hidden, source))
2158     {
2159       return;
2160     }
2161
2162     // do we want to thread this ? (contention with seqsel and colsel locks, I
2163     // suspect)
2164     /*
2165      * only copy colsel if there is a real intersection between
2166      * sequence selection and this panel's alignment
2167      */
2168     boolean repaint = false;
2169     boolean copycolsel = false;
2170
2171     SequenceGroup sgroup = null;
2172     if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
2173     {
2174       if (av.getAlignment() == null)
2175       {
2176         Cache.log.warn("alignviewport av SeqSetId=" + av.getSequenceSetId()
2177                 + " ViewId=" + av.getViewId()
2178                 + " 's alignment is NULL! returning immediately.");
2179         return;
2180       }
2181       sgroup = seqsel.intersect(av.getAlignment(),
2182               (av.hasHiddenRows()) ? av.getHiddenRepSequences() : null);
2183       if ((sgroup != null && sgroup.getSize() > 0))
2184       {
2185         copycolsel = true;
2186       }
2187     }
2188     if (sgroup != null && sgroup.getSize() > 0)
2189     {
2190       av.setSelectionGroup(sgroup);
2191     }
2192     else
2193     {
2194       av.setSelectionGroup(null);
2195     }
2196     av.isSelectionGroupChanged(true);
2197     repaint = true;
2198
2199     if (copycolsel)
2200     {
2201       // the current selection is unset or from a previous message
2202       // so import the new colsel.
2203       if (colsel == null || colsel.isEmpty())
2204       {
2205         if (av.getColumnSelection() != null)
2206         {
2207           av.getColumnSelection().clear();
2208           repaint = true;
2209         }
2210       }
2211       else
2212       {
2213         // TODO: shift colSel according to the intersecting sequences
2214         if (av.getColumnSelection() == null)
2215         {
2216           av.setColumnSelection(new ColumnSelection(colsel));
2217         }
2218         else
2219         {
2220           av.getColumnSelection().setElementsFrom(colsel,
2221                   av.getAlignment().getHiddenColumns());
2222         }
2223       }
2224       av.isColSelChanged(true);
2225       repaint = true;
2226     }
2227
2228     if (copycolsel && av.hasHiddenColumns()
2229             && (av.getAlignment().getHiddenColumns() == null))
2230     {
2231       System.err.println("Bad things");
2232     }
2233     if (repaint) // always true!
2234     {
2235       // probably finessing with multiple redraws here
2236       PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
2237       // ap.paintAlignment(false);
2238     }
2239
2240     // lastly, update dependent dialogs
2241     if (ap.getCalculationDialog() != null)
2242     {
2243       ap.getCalculationDialog().validateCalcTypes();
2244     }
2245
2246   }
2247
2248   /**
2249    * If this panel is a cdna/protein translation view of the selection source,
2250    * tries to map the source selection to a local one, and returns true. Else
2251    * returns false.
2252    *
2253    * @param seqsel
2254    * @param colsel
2255    * @param source
2256    */
2257   protected boolean selectionFromTranslation(SequenceGroup seqsel,
2258           ColumnSelection colsel, HiddenColumns hidden,
2259           SelectionSource source)
2260   {
2261     if (!(source instanceof AlignViewportI))
2262     {
2263       return false;
2264     }
2265     final AlignViewportI sourceAv = (AlignViewportI) source;
2266     if (sourceAv.getCodingComplement() != av
2267             && av.getCodingComplement() != sourceAv)
2268     {
2269       return false;
2270     }
2271
2272     /*
2273      * Map sequence selection
2274      */
2275     SequenceGroup sg = MappingUtils.mapSequenceGroup(seqsel, sourceAv, av);
2276     av.setSelectionGroup(sg);
2277     av.isSelectionGroupChanged(true);
2278
2279     /*
2280      * Map column selection
2281      */
2282     // ColumnSelection cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, sourceAv,
2283     // av);
2284     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
2285     HiddenColumns hs = new HiddenColumns();
2286     MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, hidden, sourceAv, av, cs, hs);
2287     av.setColumnSelection(cs);
2288     av.getAlignment().setHiddenColumns(hs);
2289
2290     // lastly, update any dependent dialogs
2291     if (ap.getCalculationDialog() != null)
2292     {
2293       ap.getCalculationDialog().validateCalcTypes();
2294     }
2295
2296     PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
2297
2298     return true;
2299   }
2300 }