src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import java.awt.event.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import javax.swing.*;\r
   7 import jalview.schemes.*;\r
   8 import jalview.analysis.*;\r
   9 \r
  10 \r
  11 public class SeqPanel extends JPanel\r
  12 {\r
  13 \r
  14   public    SeqCanvas         seqCanvas;\r
  15   public    AlignmentPanel    ap;\r
  16 \r
  17   protected int startres;\r
  18   protected int lastres;\r
  19   protected int endres;\r
  20 \r
  21   protected int startseq;\r
  22   protected int padseq;\r
  23 \r
  24   protected AlignViewport av;\r
  25 \r
  26   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  27   int seqEditOccurred = -1;\r
  28 \r
  29   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p) {\r
  30     this.av         = avp;\r
  31 \r
  32     seqCanvas  = new SeqCanvas(avp);\r
  33     setLayout(new BorderLayout());\r
  34     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  35 \r
  36     ap = p;\r
  37 \r
  38     addMouseMotionListener( new MouseMotionAdapter()\r
  39     {\r
  40       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  41       {   doMouseMoved(evt);    }\r
  42 \r
  43       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  44       {\r
  45         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  46           doMouseDragged(evt);\r
  47         else\r
  48           doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
  49       }\r
  50     });\r
  51 \r
  52     addMouseListener( new MouseAdapter()\r
  53     {\r
  54       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  55       {\r
  56         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  57           doMouseReleased(evt);\r
  58         else\r
  59           doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
  60       }\r
  61       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  62       {\r
  63         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  64           doMousePressed(evt);\r
  65         else\r
  66           doMousePressedDefineMode(evt);\r
  67       }\r
  68 \r
  69     });\r
  70     repaint();\r
  71   }\r
  72 \r
  73 \r
  74   public void doMouseReleased(MouseEvent evt) {\r
  75 \r
  76     int x = evt.getX();\r
  77     int res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
  78 \r
  79     endres = res;\r
  80 \r
  81     startseq = -1;\r
  82     startres = -1;\r
  83     lastres  = -1;\r
  84     if(seqEditOccurred>-1)\r
  85       updateConservation(seqEditOccurred);\r
  86 \r
  87     seqEditOccurred = -1;\r
  88 \r
  89     ap.RefreshPanels();\r
  90     repaint();\r
  91 \r
  92   }\r
  93 \r
  94   public void doMousePressed(MouseEvent evt) {\r
  95     ap.alignFrame.addHistoryItem("sequence edit");\r
  96     int seq;\r
  97     int res;\r
  98 \r
  99     int x = evt.getX();\r
 100     int y = evt.getY();\r
 101 \r
 102     res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 103     seq = y/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 104 \r
 105     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 106         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 107     {\r
 108       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 109       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 110       // in the alignment\r
 111 \r
 112       startseq = seq;\r
 113 \r
 114       if (startseq == (av.getAlignment().getHeight() - 1))\r
 115         padseq = 1;\r
 116       else\r
 117         padseq = 1;\r
 118 \r
 119       startres = res;\r
 120       lastres = res;\r
 121 \r
 122     }\r
 123     else\r
 124     {\r
 125       startseq = -1;\r
 126       startres = -1;\r
 127       lastres = -1;\r
 128     }\r
 129 \r
 130     return;\r
 131   }\r
 132 \r
 133   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 134   {\r
 135     int res=0, seq=0;\r
 136     int x = evt.getX();\r
 137     int y = evt.getY();\r
 138     if(av.wrapAlignment)\r
 139     {\r
 140       y -= 2*av.charHeight;\r
 141       int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight()+2)*av.charHeight;\r
 142 \r
 143 \r
 144       res =   (int)((y/chunkHeight)*(getWidth()/av.charWidth)) +  x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 145 \r
 146       y %= chunkHeight;\r
 147       seq =     y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 148 \r
 149       //   chunkHeight =  (da.getHeight() + 2)*charHeight;\r
 150       //  startx += chunkWidth;\r
 151     }\r
 152     else\r
 153     {\r
 154       res = x / av.getCharWidth()  + av.getStartRes();\r
 155       seq = y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 156     }\r
 157 \r
 158 \r
 159     if(seq>=av.getAlignment().getHeight())\r
 160       return;\r
 161 \r
 162     Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get( av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getCharAt(res)+"" ) ;\r
 163     String aa = "";\r
 164     if(obj!=null)\r
 165          aa = obj.toString();\r
 166 \r
 167     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " +(seq+1)+" ID: "+av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName());\r
 168     if(aa!="")\r
 169       text.append("  Residue: "+aa+" ("+  av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res)+")");\r
 170 \r
 171     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 172 \r
 173   }\r
 174 \r
 175   public void doMouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 176     // If we're dragging we're editing\r
 177 \r
 178     int x = evt.getX();\r
 179 \r
 180     int res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 181     if (res < 0)\r
 182       res = 0;\r
 183 \r
 184     if (res != lastres)\r
 185     {\r
 186         // Group editing\r
 187         if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 188         {\r
 189           SequenceGroup sg = av.getAlignment().findGroup(startseq);\r
 190           if (sg != null)\r
 191           {\r
 192             boolean deleteAllowed = false;\r
 193             if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 194             {\r
 195               /// Are we able to delete?\r
 196               boolean allGaps = true;\r
 197               for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 198               {\r
 199                 SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 200                 for (int j = lastres-1; j >= res && allGaps; j--)\r
 201                 {\r
 202                     if (!jalview.util.Comparison.isGap(s.getSequence().charAt(j)))\r
 203                     {\r
 204                       res = j + 1;\r
 205                       allGaps = false;\r
 206                     }\r
 207                 }\r
 208 \r
 209                 if(!deleteAllowed && allGaps)\r
 210                   deleteAllowed = true;\r
 211               }\r
 212             }\r
 213 \r
 214             // drag to right\r
 215             if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 216                 sg.setEndRes(sg.getEndRes() + 1);\r
 217 \r
 218             // drag to left\r
 219             else if (deleteAllowed && res < av.getAlignment().getWidth() &&\r
 220                      res < lastres)\r
 221                 sg.setEndRes(sg.getEndRes() - 1);\r
 222 \r
 223 \r
 224 \r
 225 \r
 226             for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 227             {\r
 228               SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 229               int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 230 \r
 231               // drag to right\r
 232               if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 233                 for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 234                   insertChar(j, k);\r
 235 \r
 236               // drag to left\r
 237               else if (deleteAllowed && res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 238               {\r
 239                 for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 240                 {\r
 241                   deleteChar(j, k);\r
 242                   startres = res;\r
 243                 }\r
 244               }\r
 245             }\r
 246           }\r
 247         }\r
 248         else /////Editing a single sequence///////////\r
 249         {\r
 250           if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 251           {\r
 252             // dragging to the right\r
 253             for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 254               insertChar(j, startseq);\r
 255           }\r
 256           else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 257           {\r
 258             // dragging to the left\r
 259             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 260             {\r
 261               deleteChar(j, startseq);\r
 262               startres = res;\r
 263             }\r
 264           }\r
 265 \r
 266         }\r
 267 \r
 268     }\r
 269 \r
 270     lastres = res;\r
 271     repaint();\r
 272   }\r
 273 \r
 274   public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start) {\r
 275     seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start,av.getEndRes(),seqstart,seqend,av.getStartRes(),av.getStartSeq(),0);\r
 276     repaint();\r
 277   }\r
 278 \r
 279   public void insertChar(int j, int seq)\r
 280   {\r
 281     av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 282     seqEditOccurred=seq;\r
 283   }\r
 284 \r
 285   public void deleteChar(int j, int seq)\r
 286   {\r
 287 \r
 288     if ( jalview.util.Comparison.isGap( av.alignment.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(j)))\r
 289         av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 290 \r
 291     av.alignment.getWidth();\r
 292     repaint();\r
 293     seqEditOccurred=seq;\r
 294   }\r
 295 \r
 296 \r
 297   void updateConservation(int i)\r
 298   {\r
 299   /*  Alignment al = (Alignment) av.getAlignment();\r
 300     SequenceGroup sg = av.alignment.findGroup( al.getSequenceAt(i));\r
 301     if(sg==null || !(sg.cs instanceof ConservationColourScheme))\r
 302       return;\r
 303 \r
 304     Conservation c = sg.getConservation();\r
 305 \r
 306     c = new Conservation("All", al.cons,\r
 307                          ResidueProperties.propHash, 3, sg.sequences, 0,\r
 308                          al.getWidth());\r
 309     c.calculate();\r
 310     c.verdict(false, 100);\r
 311     sg.setConservation(c);\r
 312     ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme)sg.cs;\r
 313     ccs.conserve = c;*/\r
 314   }\r
 315 \r
 316 //////////////////////////////////////////\r
 317 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
 318 //////////////////////////////////////////\r
 319   int oldSeq = -1;\r
 320   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 321   {\r
 322     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 323     int seq = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 324     oldSeq = seq;\r
 325 \r
 326     stretchGroup = av.getRubberbandGroup();\r
 327 \r
 328     if(stretchGroup == null)\r
 329      {\r
 330        stretchGroup = av.alignment.findGroup( (Sequence) av.getAlignment().\r
 331                                              getSequenceAt(seq));\r
 332        av.setRubberbandGroup( stretchGroup );\r
 333      }\r
 334 \r
 335     else if(!stretchGroup.sequences.contains((Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(seq))\r
 336             || stretchGroup.getStartRes()>res\r
 337             || stretchGroup.getEndRes()<res)\r
 338      {\r
 339        stretchGroup = null;\r
 340 \r
 341        SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups( (Sequence) av.\r
 342            getAlignment().\r
 343            getSequenceAt(seq));\r
 344 \r
 345        if (allGroups != null)\r
 346          for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 347            if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
 348                allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 349            {\r
 350              stretchGroup = allGroups[i];\r
 351              av.setRubberbandGroup(stretchGroup);\r
 352              break;\r
 353            }\r
 354      }\r
 355 \r
 356     if(stretchGroup==null)\r
 357     {\r
 358       // define a new group here\r
 359       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 360       sg.setStartRes(res);\r
 361       sg.setEndRes(res);\r
 362       sg.addSequence( (Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(seq) );\r
 363       av.setRubberbandGroup( sg );\r
 364       stretchGroup = sg;\r
 365 \r
 366       if(av.getConservationSelected())\r
 367         Desktop.setConservationSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 368       else if(av.getGlobalColourScheme()!=null && av.getGlobalColourScheme().canThreshold())\r
 369       {\r
 370         ResidueColourScheme rcs = (ResidueColourScheme) av.getGlobalColourScheme();\r
 371         int threshold = rcs.getThreshold();\r
 372         if (threshold > 0)\r
 373           Desktop.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 374       }\r
 375 \r
 376     }\r
 377     else if( javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 378     {\r
 379         jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu( ap , null);\r
 380         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 381 \r
 382     // edit the properties of existing group\r
 383     }\r
 384 \r
 385     if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 386       // Edit end res position of selected group\r
 387       changeEndRes = true;\r
 388 \r
 389    else if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 390       // Edit end res position of selected group\r
 391       changeStartRes = true;\r
 392 \r
 393 \r
 394     seqCanvas.paintFlag = true;\r
 395     repaint();\r
 396 \r
 397   }\r
 398 \r
 399   boolean changeEndSeq = false;\r
 400   boolean changeStartSeq = false;\r
 401   boolean changeEndRes = false;\r
 402   boolean changeStartRes = false;\r
 403   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
 404 \r
 405   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 406   {\r
 407 \r
 408     if(stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 409     {\r
 410       stretchGroup.cs = new ClustalxColourScheme(stretchGroup.sequences, av.alignment.getWidth());\r
 411       seqCanvas.paintFlag = true;\r
 412       repaint();\r
 413     }\r
 414 \r
 415     else if(stretchGroup.cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 416     {\r
 417       ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme)stretchGroup.cs;\r
 418 \r
 419       Conservation c = new Conservation("Group",\r
 420                                         ResidueProperties.propHash, 3, stretchGroup.sequences, 0,\r
 421                                         av.alignment.getWidth() );\r
 422 \r
 423        c.calculate();\r
 424        c.verdict(false, 100);\r
 425        ccs = new ConservationColourScheme(c, ccs.cs);\r
 426 \r
 427        stretchGroup.cs = ccs;\r
 428 \r
 429 \r
 430        Desktop.setConservationSliderSource(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup.getName()) ;\r
 431 \r
 432        seqCanvas.paintFlag = true;\r
 433        repaint();\r
 434     }\r
 435     else\r
 436     {\r
 437       if(stretchGroup.cs !=null && stretchGroup.cs.canThreshold())\r
 438       {\r
 439         ResidueColourScheme rcs =  (ResidueColourScheme) stretchGroup.cs;\r
 440         int threshold = rcs.getThreshold();\r
 441         if(threshold>0)\r
 442           Desktop.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup.getName());\r
 443       }\r
 444 \r
 445     }\r
 446 \r
 447 \r
 448     changeEndRes = false;\r
 449     changeStartRes = false;\r
 450     stretchGroup = null;\r
 451   }\r
 452 \r
 453 \r
 454   boolean remove = false;\r
 455   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 456   {\r
 457     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 458     int y = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 459 \r
 460 \r
 461     if(stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 462       // Edit end res position of selected group\r
 463       changeEndRes = true;\r
 464 \r
 465     else if(stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 466       // Edit start res position of selected group\r
 467       changeStartRes = true;\r
 468 \r
 469 \r
 470     if(res<av.getStartRes())\r
 471       res = av.getStartRes();\r
 472     else if(res>av.getEndRes())\r
 473       res = av.getEndRes();\r
 474 \r
 475     if(changeEndRes)\r
 476     {\r
 477       if(res>stretchGroup.getStartRes()-1)\r
 478         stretchGroup.setEndRes( res );\r
 479     }\r
 480     else if(changeStartRes)\r
 481     {\r
 482       if(res<stretchGroup.getEndRes()+1)\r
 483         stretchGroup.setStartRes( res );\r
 484     }\r
 485 \r
 486 \r
 487     int dragDirection = 0;\r
 488     if (y > oldSeq)\r
 489       dragDirection = 1;\r
 490     else if (y < oldSeq)\r
 491       dragDirection = -1;\r
 492 \r
 493     while (y != oldSeq)\r
 494     {\r
 495       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 496       // selection is quite slow.\r
 497       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 498 \r
 499       oldSeq += dragDirection;\r
 500       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 501 \r
 502       if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 503       {\r
 504         stretchGroup.deleteSequence(seq);\r
 505         stretchGroup.deleteSequence(nextSeq);\r
 506       }\r
 507       else\r
 508       {\r
 509         stretchGroup.addSequence(seq);\r
 510         stretchGroup.addSequence(nextSeq);\r
 511       }\r
 512     }\r
 513     oldSeq = y;\r
 514 \r
 515     seqCanvas.paintFlag = true;\r
 516     repaint();\r
 517   }\r
 518 \r
 519 \r
 520 }\r
 521 \r
 522 \r
 523 \r
 524 \r