src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.schemes.*;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 import java.awt.event.*;\r
  27 \r
  28 import javax.swing.*;\r
  29 \r
  30 import java.util.Vector;\r
  31 \r
  32 \r
  33 /**\r
  34  * DOCUMENT ME!\r
  35  *\r
  36  * @author $author$\r
  37  * @version $Revision$\r
  38  */\r
  39 public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,\r
  40     MouseMotionListener, MouseWheelListener\r
  41 \r
  42 {\r
  43     /** DOCUMENT ME!! */\r
  44     public SeqCanvas seqCanvas;\r
  45 \r
  46     /** DOCUMENT ME!! */\r
  47     public AlignmentPanel ap;\r
  48     protected int lastres;\r
  49     protected int startseq;\r
  50     protected AlignViewport av;\r
  51 \r
  52     // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  53     boolean seqEditOccurred = false;\r
  54     ScrollThread scrollThread = null;\r
  55     boolean mouseDragging = false;\r
  56     boolean editingSeqs = false;\r
  57     boolean groupEditing = false;\r
  58 \r
  59     //////////////////////////////////////////\r
  60     /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
  61     //////////////////////////////////////////\r
  62     int oldSeq = -1;\r
  63     boolean changeEndSeq = false;\r
  64     boolean changeStartSeq = false;\r
  65     boolean changeEndRes = false;\r
  66     boolean changeStartRes = false;\r
  67     SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  68     boolean remove = false;\r
  69 \r
  70     Point lastMousePress;\r
  71     boolean mouseWheelPressed = false;\r
  72     StringBuffer keyboardNo1;\r
  73     StringBuffer keyboardNo2;\r
  74 \r
  75     java.net.URL linkImageURL;\r
  76 \r
  77     /**\r
  78      * Creates a new SeqPanel object.\r
  79      *\r
  80      * @param avp DOCUMENT ME!\r
  81      * @param p DOCUMENT ME!\r
  82      */\r
  83     public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  84     {\r
  85         linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif");\r
  86         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  87         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
  88         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
  89         this.av = avp;\r
  90         setBackground(Color.white);\r
  91 \r
  92         seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  93         setLayout(new BorderLayout());\r
  94         add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  95 \r
  96         ap = p;\r
  97 \r
  98         if(!av.isDataset())\r
  99         {\r
 100           addMouseMotionListener(this);\r
 101           addMouseListener(this);\r
 102           addMouseWheelListener(this);\r
 103         }\r
 104     }\r
 105 \r
 106     int startWrapBlock=-1;\r
 107     int wrappedBlock=-1;\r
 108     int findRes(MouseEvent evt)\r
 109    {\r
 110      int res = 0;\r
 111      int x = evt.getX();\r
 112 \r
 113     if (av.wrapAlignment)\r
 114     {\r
 115 \r
 116       int hgap = av.charHeight;\r
 117       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 118         hgap += av.charHeight;\r
 119 \r
 120       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 121           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 122 \r
 123         int y = evt.getY();\r
 124         y -= hgap;\r
 125         x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 126 \r
 127 \r
 128         int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());\r
 129 \r
 130         wrappedBlock = y / cHeight;\r
 131         wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 132 \r
 133         res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 134 \r
 135     }\r
 136     else\r
 137     {\r
 138         res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 139     }\r
 140 \r
 141     if(av.hasHiddenColumns)\r
 142           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 143 \r
 144     return res;\r
 145 \r
 146    }\r
 147 \r
 148    int findSeq(MouseEvent evt)\r
 149    {\r
 150 \r
 151      int seq = 0;\r
 152      int y = evt.getY();\r
 153 \r
 154      if (av.wrapAlignment)\r
 155      {\r
 156        int hgap = av.charHeight;\r
 157        if (av.scaleAboveWrapped)\r
 158          hgap += av.charHeight;\r
 159 \r
 160        int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 161            + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 162 \r
 163          y -= hgap;\r
 164 \r
 165        seq = ( (y % cHeight) / av.getCharHeight());\r
 166      }\r
 167      else\r
 168      {\r
 169        seq = (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 170      }\r
 171 \r
 172      return seq;\r
 173    }\r
 174 \r
 175    Vector getAllFeaturesAtRes(SequenceI seq, int res)\r
 176    {\r
 177      Vector allFeatures = new Vector();\r
 178      int index = 0;\r
 179      if(seq.getSequenceFeatures()!=null)\r
 180      {\r
 181        while (index < seq.getSequenceFeatures().length)\r
 182        {\r
 183          SequenceFeature sf = seq.getSequenceFeatures()[index];\r
 184          if (sf.getBegin() <= res &&\r
 185              sf.getEnd() >= res)\r
 186          {\r
 187            if (av.featuresDisplayed.containsKey(sf.getType()))\r
 188            {\r
 189              allFeatures.addElement(sf);\r
 190            }\r
 191          }\r
 192          index++;\r
 193        }\r
 194      }\r
 195      return allFeatures;\r
 196   }\r
 197 \r
 198    void endEditing()\r
 199    {\r
 200      startseq = -1;\r
 201      lastres = -1;\r
 202      seqEditOccurred = false;\r
 203      editingSeqs = false;\r
 204      groupEditing = false;\r
 205      keyboardNo1 = null;\r
 206      keyboardNo2 = null;\r
 207     }\r
 208 \r
 209     void setCursorRow()\r
 210     {\r
 211       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
 212       scrollToVisible();\r
 213     }\r
 214 \r
 215     void setCursorColumn()\r
 216     {\r
 217       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
 218       scrollToVisible();\r
 219     }\r
 220 \r
 221     void setCursorRowAndColumn()\r
 222     {\r
 223       if(keyboardNo2==null)\r
 224       {\r
 225         keyboardNo2 = new StringBuffer();\r
 226       }\r
 227       else\r
 228       {\r
 229         seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1) - 1;\r
 230         seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo2) - 1;\r
 231         scrollToVisible();\r
 232       }\r
 233     }\r
 234 \r
 235     void setCursorPosition()\r
 236     {\r
 237       SequenceI sequence =\r
 238           (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 239 \r
 240       seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(\r
 241           getKeyboardNo(keyboardNo1)-1\r
 242           );\r
 243       scrollToVisible();\r
 244     }\r
 245 \r
 246     void moveCursor(int dx, int dy)\r
 247     {\r
 248       seqCanvas.cursorX += dx;\r
 249       seqCanvas.cursorY += dy;\r
 250       scrollToVisible();\r
 251     }\r
 252 \r
 253     void scrollToVisible()\r
 254     {\r
 255       if (seqCanvas.cursorX < 0)\r
 256         seqCanvas.cursorX = 0;\r
 257       else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)\r
 258         seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 259 \r
 260       if (seqCanvas.cursorY < 0)\r
 261         seqCanvas.cursorY = 0;\r
 262       else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)\r
 263         seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;\r
 264 \r
 265 \r
 266       endEditing();\r
 267       if(av.wrapAlignment)\r
 268       {\r
 269         ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);\r
 270       }\r
 271       else\r
 272       {\r
 273         while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)\r
 274         {\r
 275           ap.scrollUp(true);\r
 276         }\r
 277         while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)\r
 278         {\r
 279           ap.scrollUp(false);\r
 280         }\r
 281         if (!av.wrapAlignment)\r
 282         {\r
 283           while (seqCanvas.cursorX < av.startRes)\r
 284           {\r
 285             if (!ap.scrollRight(false))\r
 286               break;\r
 287           }\r
 288           while (seqCanvas.cursorX > av.endRes)\r
 289           {\r
 290             if (!ap.scrollRight(true))\r
 291               break;\r
 292           }\r
 293         }\r
 294       }\r
 295       setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
 296                        seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
 297 \r
 298       seqCanvas.repaint();\r
 299     }\r
 300 \r
 301     void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
 302     {\r
 303       SequenceI sequence =\r
 304           (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 305 \r
 306       if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
 307       {\r
 308         SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
 309         //Find the top and bottom of this group\r
 310         int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
 311         for(int i=0; i<sg.getSize(); i++)\r
 312         {\r
 313           int index = av.alignment.findIndex( sg.getSequenceAt(i) );\r
 314           if(index > max)\r
 315             max = index;\r
 316           if(index < min)\r
 317             min = index;\r
 318         }\r
 319 \r
 320         max ++;\r
 321 \r
 322         if(topLeft)\r
 323         {\r
 324           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 325           if(sg.getEndRes()<seqCanvas.cursorX)\r
 326             sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 327 \r
 328           min = seqCanvas.cursorY;\r
 329         }\r
 330         else\r
 331         {\r
 332           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 333           if(sg.getStartRes()>seqCanvas.cursorX)\r
 334             sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 335 \r
 336           max = seqCanvas.cursorY+1;\r
 337         }\r
 338 \r
 339         if(min>max)\r
 340         {\r
 341           // Only the user can do this\r
 342           av.setSelectionGroup(null);\r
 343         }\r
 344         else\r
 345         {\r
 346           // Now add any sequences between min and max\r
 347           sg.sequences.clear();\r
 348           for (int i = min; i < max; i++)\r
 349           {\r
 350             sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 351           }\r
 352         }\r
 353       }\r
 354 \r
 355       if (av.getSelectionGroup() == null)\r
 356       {\r
 357         SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 358         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 359         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 360         sg.addSequence(sequence, false);\r
 361         av.setSelectionGroup(sg);\r
 362       }\r
 363 \r
 364 \r
 365       ap.repaint();\r
 366     }\r
 367 \r
 368     void insertGapAtCursor(boolean group)\r
 369     {\r
 370       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 371                                                    av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 372       groupEditing = group;\r
 373       startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 374       lastres = seqCanvas.cursorX;\r
 375       editSequence(true, seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1));\r
 376       editOccurred();\r
 377     }\r
 378 \r
 379     void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
 380     {\r
 381       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 382                                                    av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 383       groupEditing = group;\r
 384       startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 385       lastres = seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1);\r
 386       editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
 387       editOccurred();\r
 388     }\r
 389 \r
 390     void numberPressed(char value)\r
 391     {\r
 392       if(keyboardNo1==null)\r
 393         keyboardNo1 = new StringBuffer();\r
 394 \r
 395       if(keyboardNo2!=null)\r
 396         keyboardNo2.append(value);\r
 397       else\r
 398         keyboardNo1.append(value);\r
 399     }\r
 400 \r
 401     int getKeyboardNo(StringBuffer kb)\r
 402     {\r
 403       if(kb==null)\r
 404         return 1;\r
 405       else\r
 406         return Integer.parseInt(kb.toString());\r
 407     }\r
 408 \r
 409 \r
 410     /**\r
 411      * DOCUMENT ME!\r
 412      *\r
 413      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 414      */\r
 415     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 416     {\r
 417       mouseDragging = false;\r
 418       mouseWheelPressed = false;\r
 419 \r
 420       if (!editingSeqs)\r
 421       {\r
 422          doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 423          return;\r
 424       }\r
 425 \r
 426        editOccurred();\r
 427 \r
 428        endEditing();\r
 429        ap.repaint();\r
 430     }\r
 431 \r
 432 \r
 433 \r
 434     /**\r
 435      * DOCUMENT ME!\r
 436      *\r
 437      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 438      */\r
 439     public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 440     {\r
 441       lastMousePress = evt.getPoint();\r
 442 \r
 443       if (javax.swing.SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))\r
 444       {\r
 445         mouseWheelPressed = true;\r
 446         return;\r
 447       }\r
 448 \r
 449       if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
 450           evt.isControlDown())\r
 451       {\r
 452         if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 453         {\r
 454           groupEditing = true;\r
 455         }\r
 456         editingSeqs = true;\r
 457       }\r
 458       else\r
 459       {\r
 460         doMousePressedDefineMode(evt);\r
 461         return;\r
 462       }\r
 463 \r
 464 \r
 465 \r
 466       int seq = findSeq(evt);\r
 467       int res = findRes(evt);\r
 468 \r
 469       if(seq<0 || res<0)\r
 470         return;\r
 471 \r
 472       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 473                                                          av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 474 \r
 475         if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 476                 (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 477         {\r
 478             startseq = seq;\r
 479             lastres = res;\r
 480         }\r
 481         else\r
 482         {\r
 483             startseq = -1;\r
 484             lastres = -1;\r
 485         }\r
 486 \r
 487         return;\r
 488     }\r
 489 \r
 490     /**\r
 491      * DOCUMENT ME!\r
 492      *\r
 493      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 494      */\r
 495     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 496     {\r
 497       if (editingSeqs)\r
 498       {\r
 499        // This is because MacOSX creates a mouseMoved\r
 500        // If control is down, other platforms will not.\r
 501        mouseDragged(evt);\r
 502       }\r
 503 \r
 504       int res = findRes(evt);\r
 505       int seq = findSeq(evt);\r
 506 \r
 507 \r
 508       if(res<0 || seq<0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())\r
 509             return;\r
 510 \r
 511       SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 512 \r
 513       if (res > sequence.getLength())\r
 514       {\r
 515         return;\r
 516       }\r
 517 \r
 518       if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
 519       {\r
 520         seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
 521       }\r
 522 \r
 523       setStatusMessage(sequence, res, seq);\r
 524 \r
 525         // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 526         if (av.showSequenceFeatures)\r
 527         {\r
 528             SequenceFeature [] features = sequence.getDatasetSequence().getSequenceFeatures();\r
 529             if(features!=null)\r
 530             {\r
 531               StringBuffer sbuffer = new StringBuffer("<html>");\r
 532               StringBuffer seqSpecific =  new StringBuffer();\r
 533 \r
 534               for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
 535               {\r
 536 \r
 537                 if ( (features[i].getBegin() <= sequence.findPosition(res)) &&\r
 538                     (features[i].getEnd() >= sequence.findPosition(res)))\r
 539                 {\r
 540                   if(av.featuresDisplayed==null\r
 541                     || !av.featuresDisplayed.containsKey(features[i].getType()))\r
 542                   continue;\r
 543 \r
 544 \r
 545                   if (features[i].getType().equals("disulfide bond"))\r
 546                   {\r
 547                     if (features[i].getBegin() == sequence.findPosition(res)\r
 548                         || features[i].getEnd() == sequence.findPosition(res))\r
 549                     {\r
 550                       if (sbuffer.length() > 6)\r
 551                         sbuffer.append("<br>");\r
 552                       sbuffer.append("disulfide bond " + features[i].getBegin() + ":" +\r
 553                                      features[i].getEnd());\r
 554                       if (features[i].links != null)\r
 555                       sbuffer.append("<img src=\"" + linkImageURL + "\">");\r
 556                     }\r
 557                   }\r
 558                   else\r
 559                   {\r
 560                     if (sbuffer.length() > 6)\r
 561                       sbuffer.append("<br>");\r
 562 \r
 563                     sbuffer.append(features[i].getType() + " " +\r
 564                                    features[i].begin);\r
 565                     if (features[i].begin != features[i].end)\r
 566                       sbuffer.append(" " + features[i].end);\r
 567 \r
 568                     if (features[i].getDescription() != null\r
 569                         && !features[i].description.equals(features[i].getType()))\r
 570                       sbuffer.append("; " + features[i].getDescription());\r
 571 \r
 572                     if (features[i].getStatus() != null && features[i].getStatus().length()>0)\r
 573                     {\r
 574                       sbuffer.append("; (" + features[i].getStatus() + ")");\r
 575                     }\r
 576                     if (features[i].links != null)\r
 577                       sbuffer.append("<img src=\"" + linkImageURL + "\">");\r
 578 \r
 579                   }\r
 580                 }\r
 581                 else if(features[i].begin==0 && features[i].end==0)\r
 582                 {\r
 583                   // seqSpecific.append(features[i].featureGroup+": "\r
 584                   //                   + features[i].getType()+" "\r
 585                    //                   +features[i].getDescription()+"<br>");\r
 586 \r
 587                 }\r
 588               }\r
 589 \r
 590               if(seqSpecific.length()>0)\r
 591                 seqSpecific.setLength(seqSpecific.length()-4);\r
 592 \r
 593               sbuffer.append(seqSpecific);\r
 594               sbuffer.append("</html>");\r
 595               if(sbuffer.length()==13) // <html></html>\r
 596                 setToolTipText("");\r
 597               else\r
 598                setToolTipText(sbuffer.toString());\r
 599             }\r
 600             else\r
 601               setToolTipText("");\r
 602         }\r
 603     }\r
 604 \r
 605     void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
 606     {\r
 607       StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 608                                            sequence.getName());\r
 609 \r
 610       Object obj = null;\r
 611       if (av.alignment.isNucleotide())\r
 612       {\r
 613         obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 614                                                    "");\r
 615         if (obj != null)\r
 616           text.append(" Nucleotide: ");\r
 617       }\r
 618       else\r
 619       {\r
 620         obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 621         if (obj != null)\r
 622           text.append("  Residue: ");\r
 623       }\r
 624 \r
 625       if (obj != null)\r
 626       {\r
 627 \r
 628         if (obj != "")\r
 629         {\r
 630           text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
 631                       ")");\r
 632         }\r
 633       }\r
 634       ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 635 \r
 636     }\r
 637 \r
 638     /**\r
 639      * DOCUMENT ME!\r
 640      *\r
 641      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 642      */\r
 643     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 644     {\r
 645       if (mouseWheelPressed)\r
 646       {\r
 647         int oldWidth = av.charWidth;\r
 648 \r
 649         //Which is bigger, left-right or up-down?\r
 650         if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.getY())\r
 651             > Math.abs(evt.getX() - lastMousePress.getX()))\r
 652         {\r
 653           int fontSize = av.font.getSize();\r
 654 \r
 655           if (evt.getY() < lastMousePress.getY())\r
 656           {\r
 657             fontSize--;\r
 658           }\r
 659           else if (evt.getY() > lastMousePress.getY())\r
 660           {\r
 661             fontSize++;\r
 662           }\r
 663 \r
 664           if(fontSize<1)\r
 665             fontSize = 1;\r
 666 \r
 667           av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));\r
 668           av.charWidth = oldWidth;\r
 669           ap.fontChanged();\r
 670         }\r
 671         else\r
 672         {\r
 673           if (evt.getX() < lastMousePress.getX() && av.charWidth > 1)\r
 674           {\r
 675             av.charWidth--;\r
 676           }\r
 677           else if (evt.getX() > lastMousePress.getX())\r
 678           {\r
 679             av.charWidth++;\r
 680           }\r
 681 \r
 682           ap.repaint();\r
 683         }\r
 684 \r
 685         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 686         av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;\r
 687 \r
 688         lastMousePress = evt.getPoint();\r
 689 \r
 690         return;\r
 691       }\r
 692 \r
 693       if (!editingSeqs)\r
 694       {\r
 695         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 696         return;\r
 697       }\r
 698 \r
 699         int res = findRes(evt);\r
 700 \r
 701         if (res < 0)\r
 702         {\r
 703             res = 0;\r
 704         }\r
 705 \r
 706         if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
 707         {\r
 708             return;\r
 709         }\r
 710 \r
 711         if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 712         {\r
 713           // dragLeft, delete gap\r
 714           editSequence(false, res);\r
 715         }\r
 716         else\r
 717           editSequence(true, res);\r
 718 \r
 719         mouseDragging = true;\r
 720         if(scrollThread!=null)\r
 721           scrollThread.setEvent(evt);\r
 722 \r
 723     }\r
 724 \r
 725     synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
 726     {\r
 727       int fixedLeft = -1;\r
 728       int fixedRight = -1;\r
 729       boolean fixedColumns = false;\r
 730       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 731 \r
 732       if(groupEditing && sg==null)\r
 733         return;\r
 734 \r
 735         if (!groupEditing && av.hasHiddenRows)\r
 736         {\r
 737           //This needs to check all the sequences in a group edit,m\r
 738           // not just the startseq\r
 739           if (av.alignment.getSequenceAt(startseq).getHiddenSequences() != null)\r
 740           {\r
 741             groupEditing = true;\r
 742           }\r
 743         }\r
 744 \r
 745         SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 746         StringBuffer message = new StringBuffer();\r
 747         if (groupEditing)\r
 748            message.append("Edit group:");\r
 749         else\r
 750             message.append("Edit sequence: "+seq.getName());\r
 751 \r
 752        if(insertGap)\r
 753          message.append(" insert ");\r
 754        else\r
 755          message.append(" delete ");\r
 756 \r
 757        message.append(Math.abs(startres-lastres)+" gaps.");\r
 758        ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
 759 \r
 760 \r
 761         //Are we editing within a selection group?\r
 762         if (groupEditing\r
 763             || (sg != null && sg.sequences.contains(seq)))\r
 764         {\r
 765           fixedColumns = true;\r
 766 \r
 767           fixedLeft = sg.getStartRes();\r
 768           fixedRight = sg.getEndRes();\r
 769 \r
 770           if (   (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
 771               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
 772               || (startres > fixedRight && lastres <=fixedRight)\r
 773               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
 774           {\r
 775             endEditing();\r
 776             return;\r
 777           }\r
 778 \r
 779           if (fixedLeft > startres)\r
 780           {\r
 781             fixedRight = fixedLeft - 1;\r
 782             fixedLeft = 0;\r
 783           }\r
 784           else if (fixedRight < startres)\r
 785           {\r
 786             fixedLeft = fixedRight;\r
 787             fixedRight = -1;\r
 788           }\r
 789         }\r
 790 \r
 791 \r
 792 \r
 793         if(av.hasHiddenColumns)\r
 794         {\r
 795           fixedColumns = true;\r
 796           int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);\r
 797           int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);\r
 798 \r
 799           if(    ( insertGap && startres>y1 && lastres<y1)\r
 800               || (!insertGap && startres<y2 && lastres>y2) )\r
 801           {\r
 802             endEditing();\r
 803             return;\r
 804           }\r
 805 \r
 806           if(fixedRight<y2 && fixedRight==-1 && y2!=startres)\r
 807             fixedRight = y2 -1;\r
 808           if(y1>fixedLeft && fixedLeft==-1)\r
 809             fixedLeft = y1;\r
 810         }\r
 811 \r
 812         if (groupEditing)\r
 813         {\r
 814 \r
 815           /*if (av.hasHiddenRows)\r
 816           {\r
 817             //sg might be null as the user may only see 1 sequence\r
 818             if (sg == null)\r
 819             {\r
 820               sg = new SequenceGroup();\r
 821               sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(startseq), false);\r
 822             }\r
 823 \r
 824             SequenceGroup tmp = new SequenceGroup();\r
 825 \r
 826             //Do any of the sequences have hidden associates?\r
 827             for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 828             {\r
 829               seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 830               tmp.addSequence(seq, false);\r
 831               if (seq.getHiddenSequences() != null)\r
 832               {\r
 833                 for (int h = 0; h < seq.getHiddenSequences().getSize(); h++)\r
 834                   tmp.addSequence(seq.getHiddenSequences().getSequenceAt(h),\r
 835                                   false);\r
 836               }\r
 837             }\r
 838 \r
 839             sg = tmp;\r
 840           }*/\r
 841           // int blankColumn = -1;\r
 842 \r
 843 \r
 844           // drag to right\r
 845           if (insertGap)\r
 846           {\r
 847               //If the user has selected the whole sequence, and is dragging to\r
 848               // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup\r
 849               if(sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() + 1 == av.alignment.getWidth())\r
 850               {\r
 851                 sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);\r
 852                 fixedRight = sg.getEndRes();\r
 853               }\r
 854 \r
 855             // Is it valid with fixed columns??\r
 856             // Find the next gap before the end\r
 857             // of the visible region boundary\r
 858             boolean blank = false;\r
 859             for (fixedRight = fixedRight;\r
 860                  fixedRight > lastres;\r
 861                  fixedRight--)\r
 862             {\r
 863               blank = true;\r
 864               for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 865               {\r
 866                 seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 867                 for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)\r
 868                 {\r
 869                   if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 870                       seq.getCharAt(fixedRight - j)))\r
 871                   {\r
 872                     blank = false;\r
 873                     break;\r
 874                   }\r
 875                 }\r
 876               }\r
 877               if (blank)\r
 878                 break;\r
 879             }\r
 880 \r
 881             if (!blank)\r
 882             {\r
 883               if(sg.getSize() == av.alignment.getHeight())\r
 884               {\r
 885                 //We can still insert gaps if the selectionGroup\r
 886                 //contains all the sequences\r
 887                 sg.setEndRes(sg.getEndRes()+startres-lastres);\r
 888                 fixedRight = av.alignment.getWidth()+startres-lastres;\r
 889               }\r
 890               else\r
 891               {\r
 892                 endEditing();\r
 893                 return;\r
 894               }\r
 895             }\r
 896           }\r
 897 \r
 898 \r
 899           // drag to left\r
 900           else if(!insertGap)\r
 901           {\r
 902             /// Are we able to delete?\r
 903             // ie are all columns blank?\r
 904 \r
 905             for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 906             {\r
 907               seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 908 \r
 909               for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
 910               {\r
 911                 if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 912                 {\r
 913                   continue;\r
 914                 }\r
 915 \r
 916                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 917                     seq.getSequence().charAt(j)))\r
 918                 {\r
 919                   // Not a gap, block edit not valid\r
 920                   endEditing();\r
 921                   return;\r
 922                 }\r
 923               }\r
 924             }\r
 925           }\r
 926 \r
 927 \r
 928           for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 929           {\r
 930             seq = sg.getSequenceAt(i);\r
 931 \r
 932             if (insertGap)\r
 933             {\r
 934               // dragging to the right\r
 935               for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 936               {\r
 937                 if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 938                 {\r
 939                   insertChar(j, seq, fixedRight);\r
 940                 }\r
 941                 else\r
 942                   insertChar(j, seq);\r
 943               }\r
 944             }\r
 945             else\r
 946             {\r
 947               // dragging to the left\r
 948               for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 949               {\r
 950                 if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 951                 {\r
 952                   deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
 953                 }\r
 954                 else\r
 955                 {\r
 956                   deleteChar(startres, seq);\r
 957                 }\r
 958               }\r
 959             }\r
 960           }\r
 961         }\r
 962         else /////Editing a single sequence///////////\r
 963         {\r
 964           if (insertGap)\r
 965           {\r
 966             // dragging to the right\r
 967             for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 968             {\r
 969               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 970               {\r
 971                 if (sg.getStartRes() == 0\r
 972                     && sg.getEndRes() + 1 == av.alignment.getWidth()\r
 973                     && !jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(fixedRight)))\r
 974                 {\r
 975                   //Single sequence edit, whole sequence selected,\r
 976                   //extend the selection group\r
 977                   sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() -1 + startres - lastres);\r
 978                   fixedColumns = false;\r
 979                   insertChar(j, seq);\r
 980                 }\r
 981                 else\r
 982                   insertChar(j, seq, fixedRight);\r
 983               }\r
 984               else\r
 985                 insertChar(j, seq);\r
 986             }\r
 987           }\r
 988           else\r
 989           {\r
 990             // dragging to the left\r
 991             for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 992             {\r
 993               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 994               {\r
 995                 deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
 996               }\r
 997               else\r
 998               {\r
 999                 deleteChar(startres, seq);\r
1000               }\r
1001             }\r
1002           }\r
1003         }\r
1004 \r
1005         lastres = startres;\r
1006         seqCanvas.repaint();\r
1007     }\r
1008 \r
1009 \r
1010     /**\r
1011      * DOCUMENT ME!\r
1012      *\r
1013      * @param j DOCUMENT ME!\r
1014      * @param seq DOCUMENT ME!\r
1015      */\r
1016     void insertChar(int j, SequenceI seq)\r
1017     {\r
1018         seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
1019         seqEditOccurred = true;\r
1020     }\r
1021 \r
1022     void insertChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
1023     {\r
1024       //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
1025       //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
1026       int blankColumn = fixedColumn;\r
1027       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
1028       {\r
1029         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
1030         {\r
1031           //Theres a space, so break and insert the gap\r
1032           break;\r
1033         }\r
1034       }\r
1035 \r
1036       if (blankColumn <= j)\r
1037       {\r
1038         endEditing();\r
1039         return;\r
1040       }\r
1041 \r
1042       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
1043       {\r
1044         //Just Checking\r
1045         System.out.println("Tried removing residue (INSERT)"+seq.getCharAt(fixedColumn));\r
1046         return;\r
1047       }\r
1048 \r
1049       seq.deleteCharAt(blankColumn);\r
1050       seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
1051       seqEditOccurred = true;\r
1052     }\r
1053 \r
1054     void deleteChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
1055     {\r
1056       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
1057       {\r
1058         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
1059             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
1060         return;\r
1061       }\r
1062 \r
1063       seq.deleteCharAt(j);\r
1064       seq.insertCharAt(fixedColumn, av.getGapCharacter());\r
1065       seqEditOccurred = true;\r
1066     }\r
1067 \r
1068     /**\r
1069      * DOCUMENT ME!\r
1070      *\r
1071      * @param j DOCUMENT ME!\r
1072      * @param seq DOCUMENT ME!\r
1073      */\r
1074     void deleteChar(int j, SequenceI seq)\r
1075     {\r
1076       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
1077       {\r
1078         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
1079             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
1080         return;\r
1081       }\r
1082 \r
1083         seq.deleteCharAt(j);\r
1084         seqEditOccurred = true;\r
1085         seqCanvas.repaint();\r
1086     }\r
1087     /**\r
1088      * DOCUMENT ME!\r
1089      *\r
1090      * @param e DOCUMENT ME!\r
1091      */\r
1092     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
1093     {\r
1094         if(oldSeq < 0)\r
1095           oldSeq = 0;\r
1096 \r
1097         if (scrollThread != null)\r
1098         {\r
1099             scrollThread.running = false;\r
1100             scrollThread = null;\r
1101         }\r
1102     }\r
1103 \r
1104     /**\r
1105      * DOCUMENT ME!\r
1106      *\r
1107      * @param e DOCUMENT ME!\r
1108      */\r
1109     public void mouseExited(MouseEvent e)\r
1110     {\r
1111         if (av.getWrapAlignment())\r
1112         {\r
1113             return;\r
1114         }\r
1115 \r
1116         if (mouseDragging)\r
1117         {\r
1118             scrollThread = new ScrollThread();\r
1119         }\r
1120     }\r
1121 \r
1122     public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
1123     {}\r
1124 \r
1125     public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
1126     {\r
1127       e.consume();\r
1128      /* if (mouseWheelPressed)\r
1129       {\r
1130         Font font = av.getFont();\r
1131         int fontSize = font.getSize();\r
1132         if (e.getWheelRotation() > 0 && fontSize < 51)\r
1133           fontSize++;\r
1134         else if (fontSize > 1)\r
1135           fontSize--;\r
1136 \r
1137 \r
1138 \r
1139         av.setFont(new Font(font.getName(), font.getStyle(), fontSize));\r
1140 \r
1141         ap.fontChanged();\r
1142       }\r
1143       else*/\r
1144       {\r
1145         if (e.getWheelRotation() > 0)\r
1146           ap.scrollUp(false);\r
1147         else\r
1148           ap.scrollUp(true);\r
1149       }\r
1150 \r
1151     }\r
1152 \r
1153 \r
1154 \r
1155     /**\r
1156      * DOCUMENT ME!\r
1157      *\r
1158      * @param i DOCUMENT ME!\r
1159      */\r
1160     void editOccurred()\r
1161     {\r
1162       if (!seqEditOccurred)\r
1163       {\r
1164         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
1165         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
1166       }\r
1167 \r
1168       endEditing();\r
1169 \r
1170       av.firePropertyChange("alignment", null,av.getAlignment().getSequences());\r
1171 \r
1172     }\r
1173 \r
1174     /**\r
1175      * DOCUMENT ME!\r
1176      *\r
1177      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1178      */\r
1179     public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1180     {\r
1181       int res = findRes(evt);\r
1182       int seq = findSeq(evt);\r
1183       oldSeq = seq;\r
1184 \r
1185       startWrapBlock=wrappedBlock;\r
1186 \r
1187       if(av.wrapAlignment && seq>av.alignment.getHeight())\r
1188       {\r
1189           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1190               "Cannot edit annotations in wrapped view.",\r
1191               "Wrapped view - no edit",\r
1192               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1193           return;\r
1194       }\r
1195 \r
1196       if(seq<0 || res<0)\r
1197             return;\r
1198 \r
1199         SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
1200 \r
1201         if ((sequence == null) || (res > sequence.getLength()))\r
1202         {\r
1203             return;\r
1204         }\r
1205 \r
1206         stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
1207 \r
1208         if (stretchGroup == null)\r
1209         {\r
1210             stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
1211 \r
1212             if ((stretchGroup != null) && (res > stretchGroup.getStartRes()) &&\r
1213                     (res < stretchGroup.getEndRes()))\r
1214             {\r
1215                 av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1216             }\r
1217             else\r
1218             {\r
1219                 stretchGroup = null;\r
1220             }\r
1221         }\r
1222         else if (!stretchGroup.sequences.contains(sequence) ||\r
1223                 (stretchGroup.getStartRes() > res) ||\r
1224                 (stretchGroup.getEndRes() < res))\r
1225         {\r
1226             stretchGroup = null;\r
1227 \r
1228             SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
1229 \r
1230             if (allGroups != null)\r
1231             {\r
1232                 for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
1233                 {\r
1234                     if ((allGroups[i].getStartRes() <= res) &&\r
1235                             (allGroups[i].getEndRes() >= res))\r
1236                     {\r
1237                         stretchGroup = allGroups[i];\r
1238                         break;\r
1239                     }\r
1240                 }\r
1241             }\r
1242 \r
1243             av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1244 \r
1245         }\r
1246 \r
1247         if (av.cursorMode)\r
1248         {\r
1249           seqCanvas.cursorX = findRes(evt);\r
1250           seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);\r
1251           seqCanvas.repaint();\r
1252           return;\r
1253         }\r
1254 \r
1255 \r
1256         if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
1257         {\r
1258           Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence.getDatasetSequence(),\r
1259                                                   sequence.findPosition(res));\r
1260           Vector links = new Vector();;\r
1261             for (int i = 0; i < allFeatures.size(); i++)\r
1262             {\r
1263               SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(i);\r
1264               if (sf.links != null)\r
1265               {\r
1266                 for (int j = 0; j < sf.links.size(); j++)\r
1267                 {\r
1268                   links.addElement(sf.links.elementAt(j));\r
1269                 }\r
1270               }\r
1271             }\r
1272 \r
1273 \r
1274           jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(ap, null, links);\r
1275           pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1276         }\r
1277         else if (stretchGroup == null)\r
1278         {\r
1279           //Only if left mouse button do we want to change group sizes\r
1280 \r
1281           // define a new group here\r
1282           SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1283           sg.setStartRes(res);\r
1284           sg.setEndRes(res);\r
1285           sg.addSequence(sequence, false);\r
1286           av.setSelectionGroup(sg);\r
1287           stretchGroup = sg;\r
1288 \r
1289           if (av.getConservationSelected())\r
1290           {\r
1291             SliderPanel.setConservationSlider(ap,\r
1292                                               av.getGlobalColourScheme(),\r
1293                                               "Background");\r
1294           }\r
1295 \r
1296           if (av.getAbovePIDThreshold())\r
1297           {\r
1298             SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1299                                            "Background");\r
1300           }\r
1301           if ( (stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))\r
1302           {\r
1303             // Edit end res position of selected group\r
1304             changeEndRes = true;\r
1305           }\r
1306           else if ( (stretchGroup != null) &&\r
1307                    (stretchGroup.getStartRes() == res))\r
1308           {\r
1309             // Edit end res position of selected group\r
1310             changeStartRes = true;\r
1311           }\r
1312           stretchGroup.getWidth();\r
1313         }\r
1314 \r
1315         seqCanvas.repaint();\r
1316     }\r
1317 \r
1318     /**\r
1319      * DOCUMENT ME!\r
1320      *\r
1321      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1322      */\r
1323     public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1324     {\r
1325         if (stretchGroup == null)\r
1326         {\r
1327             return;\r
1328         }\r
1329 \r
1330 \r
1331         if(stretchGroup.cs!=null)\r
1332         {\r
1333           if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1334           {\r
1335             ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(stretchGroup.\r
1336                 sequences,\r
1337                 stretchGroup.getWidth());\r
1338           }\r
1339 \r
1340           if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1341           {\r
1342             SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1343                                               stretchGroup.getName());\r
1344             stretchGroup.recalcConservation();\r
1345           }\r
1346           else\r
1347           {\r
1348             SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1349                                            stretchGroup.getName());\r
1350           }\r
1351         }\r
1352         changeEndRes = false;\r
1353         changeStartRes = false;\r
1354         stretchGroup = null;\r
1355         PaintRefresher.Refresh(av.alignment);\r
1356     }\r
1357 \r
1358     /**\r
1359      * DOCUMENT ME!\r
1360      *\r
1361      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1362      */\r
1363     public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1364     {\r
1365       int res = findRes(evt);\r
1366       int y = findSeq(evt);\r
1367 \r
1368       if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
1369         return;\r
1370 \r
1371        if (stretchGroup == null)\r
1372        {\r
1373             return;\r
1374        }\r
1375 \r
1376 \r
1377         if(y > av.alignment.getHeight())\r
1378         {\r
1379           y = av.alignment.getHeight() -1;\r
1380         }\r
1381         if(res> av.alignment.getWidth())\r
1382         {\r
1383           res = av.alignment.getWidth()-1;\r
1384         }\r
1385 \r
1386         if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1387         {\r
1388             // Edit end res position of selected group\r
1389             changeEndRes = true;\r
1390         }\r
1391         else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1392         {\r
1393             // Edit start res position of selected group\r
1394             changeStartRes = true;\r
1395         }\r
1396 \r
1397         if (res < av.getStartRes())\r
1398         {\r
1399             res = av.getStartRes();\r
1400         }\r
1401 \r
1402         if (changeEndRes)\r
1403         {\r
1404             if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1405             {\r
1406                 stretchGroup.setEndRes(res);\r
1407             }\r
1408         }\r
1409         else if (changeStartRes)\r
1410         {\r
1411             if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1412             {\r
1413                 stretchGroup.setStartRes(res);\r
1414             }\r
1415         }\r
1416 \r
1417         int dragDirection = 0;\r
1418 \r
1419         if (y > oldSeq)\r
1420         {\r
1421             dragDirection = 1;\r
1422         }\r
1423         else if (y < oldSeq)\r
1424         {\r
1425             dragDirection = -1;\r
1426         }\r
1427 \r
1428 \r
1429         while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1430         {\r
1431             // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1432             // selection is quite slow.\r
1433             Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1434 \r
1435             oldSeq += dragDirection;\r
1436 \r
1437             if(oldSeq<0)\r
1438               break;\r
1439 \r
1440             Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1441 \r
1442             if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
1443             {\r
1444                 stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1445             }\r
1446             else\r
1447             {\r
1448                 if (seq != null)\r
1449                 {\r
1450                     stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1451                 }\r
1452 \r
1453                 stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1454             }\r
1455         }\r
1456 \r
1457         if(oldSeq < 0)\r
1458           oldSeq = -1;\r
1459 \r
1460         mouseDragging = true;\r
1461 \r
1462         if (scrollThread != null)\r
1463         {\r
1464             scrollThread.setEvent(evt);\r
1465         }\r
1466 \r
1467         seqCanvas.repaint();\r
1468     }\r
1469 \r
1470     void scrollCanvas(MouseEvent evt)\r
1471     {\r
1472       if(evt==null)\r
1473       {\r
1474         if(scrollThread!=null)\r
1475         {\r
1476           scrollThread.running = false;\r
1477           scrollThread = null;\r
1478         }\r
1479         mouseDragging = false;\r
1480       }\r
1481       else\r
1482       {\r
1483         if (scrollThread == null)\r
1484           scrollThread = new ScrollThread();\r
1485 \r
1486         mouseDragging = true;\r
1487         scrollThread.setEvent(evt);\r
1488       }\r
1489 \r
1490     }\r
1491 \r
1492 \r
1493     // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1494     class ScrollThread extends Thread\r
1495     {\r
1496         MouseEvent evt;\r
1497         boolean running = false;\r
1498 \r
1499         public ScrollThread()\r
1500         {\r
1501             start();\r
1502         }\r
1503 \r
1504         public void setEvent(MouseEvent e)\r
1505         {\r
1506             evt = e;\r
1507         }\r
1508 \r
1509         public void stopScrolling()\r
1510         {\r
1511             running = false;\r
1512         }\r
1513 \r
1514         public void run()\r
1515         {\r
1516             running = true;\r
1517 \r
1518             while (running)\r
1519             {\r
1520                 if (evt != null)\r
1521                 {\r
1522                     if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) &&\r
1523                             (av.getStartSeq() > 0))\r
1524                     {\r
1525                         running = ap.scrollUp(true);\r
1526                     }\r
1527 \r
1528                     if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight()) &&\r
1529                             (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
1530                     {\r
1531                         running = ap.scrollUp(false);\r
1532                     }\r
1533 \r
1534                     if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))\r
1535                     {\r
1536                         running = ap.scrollRight(false);\r
1537                     }\r
1538                     else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))\r
1539                     {\r
1540                         running = ap.scrollRight(true);\r
1541                     }\r
1542                 }\r
1543 \r
1544                 try\r
1545                 {\r
1546                     Thread.sleep(20);\r
1547                 }\r
1548                 catch (Exception ex)\r
1549                 {\r
1550                 }\r
1551             }\r
1552         }\r
1553     }\r
1554 }\r