src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import java.awt.event.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import javax.swing.*;\r
   7 import java.util.*;\r
   8 import jalview.schemes.*;\r
   9 import jalview.analysis.*;\r
  10 \r
  11 \r
  12 public class SeqPanel extends JPanel\r
  13 {\r
  14 \r
  15   public    SeqCanvas         seqCanvas;\r
  16   public    AlignmentPanel    ap;\r
  17 \r
  18   protected int startres;\r
  19   protected int lastres;\r
  20   protected int endres;\r
  21 \r
  22   protected int startseq;\r
  23   protected int padseq;\r
  24 \r
  25   protected AlignViewport av;\r
  26 \r
  27   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  28   int seqEditOccurred = -1;\r
  29 \r
  30   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p) {\r
  31     this.av         = avp;\r
  32 \r
  33     seqCanvas  = new SeqCanvas(avp);\r
  34     setLayout(new BorderLayout());\r
  35     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  36 \r
  37     ap = p;\r
  38 \r
  39     addMouseMotionListener( new MouseMotionAdapter()\r
  40     {\r
  41       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  42       {\r
  43        if(av.getWrapAlignment())\r
  44          return;\r
  45         doMouseMoved(evt);    }\r
  46 \r
  47       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  48       {\r
  49         if(av.getWrapAlignment())\r
  50          return;\r
  51         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  52           doMouseDragged(evt);\r
  53         else\r
  54           doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
  55       }\r
  56     });\r
  57 \r
  58     addMouseListener( new MouseAdapter()\r
  59     {\r
  60       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  61       {\r
  62         if(av.getWrapAlignment())\r
  63          return;\r
  64         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  65           doMouseReleased(evt);\r
  66         else\r
  67           doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
  68       }\r
  69       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  70       {\r
  71         if(av.getWrapAlignment())\r
  72          return;\r
  73         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  74           doMousePressed(evt);\r
  75         else\r
  76           doMousePressedDefineMode(evt);\r
  77       }\r
  78 \r
  79     });\r
  80     repaint();\r
  81   }\r
  82 \r
  83 \r
  84   public void doMouseReleased(MouseEvent evt) {\r
  85 \r
  86     int x = evt.getX();\r
  87     int res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
  88 \r
  89     endres = res;\r
  90 \r
  91     startseq = -1;\r
  92     startres = -1;\r
  93     lastres  = -1;\r
  94     if(seqEditOccurred>-1)\r
  95       updateConservation(seqEditOccurred);\r
  96 \r
  97     seqEditOccurred = -1;\r
  98 \r
  99     ap.RefreshPanels();\r
 100     repaint();\r
 101 \r
 102   }\r
 103 \r
 104   public void doMousePressed(MouseEvent evt) {\r
 105     ap.alignFrame.addHistoryItem("sequence edit");\r
 106     int seq;\r
 107     int res;\r
 108 \r
 109     int x = evt.getX();\r
 110     int y = evt.getY();\r
 111 \r
 112     res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 113     seq = y/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 114 \r
 115     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 116         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 117     {\r
 118       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 119       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 120       // in the alignment\r
 121 \r
 122       startseq = seq;\r
 123 \r
 124       if (startseq == (av.getAlignment().getHeight() - 1))\r
 125         padseq = 1;\r
 126       else\r
 127         padseq = 1;\r
 128 \r
 129       startres = res;\r
 130       lastres = res;\r
 131 \r
 132     }\r
 133     else\r
 134     {\r
 135       startseq = -1;\r
 136       startres = -1;\r
 137       lastres = -1;\r
 138     }\r
 139 \r
 140     return;\r
 141   }\r
 142 \r
 143   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 144   {\r
 145     int res=0, seq=0;\r
 146     int x = evt.getX();\r
 147     int y = evt.getY();\r
 148     if(av.wrapAlignment)\r
 149     {\r
 150       y -= 2*av.charHeight;\r
 151       int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight()+2)*av.charHeight;\r
 152 \r
 153 \r
 154       res =   (int)((y/chunkHeight)*(getWidth()/av.charWidth)) +  x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 155 \r
 156       y %= chunkHeight;\r
 157       seq =     y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 158 \r
 159       //   chunkHeight =  (da.getHeight() + 2)*charHeight;\r
 160       //  startx += chunkWidth;\r
 161     }\r
 162     else\r
 163     {\r
 164       res = x / av.getCharWidth()  + av.getStartRes();\r
 165       seq = y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 166     }\r
 167 \r
 168 \r
 169     if(seq>=av.getAlignment().getHeight())\r
 170       return;\r
 171 \r
 172     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 173     if(res>sequence.getLength())\r
 174       return;\r
 175 \r
 176     Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get( sequence.getCharAt(res)+"" ) ;\r
 177     String aa = "";\r
 178     if(obj!=null)\r
 179          aa = obj.toString();\r
 180 \r
 181     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " +(seq+1)+" ID: "+sequence.getName());\r
 182     if(aa!="")\r
 183       text.append("  Residue: "+aa+" ("+  av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res)+")");\r
 184 \r
 185     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 186 \r
 187     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 188     if(  av.showSequenceFeatures)\r
 189     {\r
 190       Vector features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 191       Enumeration e = features.elements();\r
 192       StringBuffer sbuffer = new StringBuffer();\r
 193 \r
 194 \r
 195       while (e.hasMoreElements())\r
 196       {\r
 197         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
 198         if (sf.getStart() <= sequence.findPosition(res) &&\r
 199             sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res))\r
 200         {\r
 201           if(sbuffer.length()>0)\r
 202             sbuffer.append("; ");\r
 203           sbuffer.append(sf.getType() + " " + sf.getDescription());\r
 204           if(sf.getStatus().length()>0)\r
 205             sbuffer.append(" ("+sf.getStatus()+")");\r
 206         }\r
 207 \r
 208       }\r
 209 \r
 210       ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 211       this.setToolTipText(sbuffer.toString());\r
 212     }\r
 213 \r
 214 \r
 215   }\r
 216 \r
 217   public void doMouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 218     // If we're dragging we're editing\r
 219 \r
 220     if(lastres==-1)\r
 221       return;\r
 222 \r
 223     int x = evt.getX();\r
 224 \r
 225     int res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 226     if (res < 0)\r
 227       res = 0;\r
 228 \r
 229     if (res != lastres)\r
 230     {\r
 231         // Group editing\r
 232         if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 233         {\r
 234           SequenceGroup sg = av.getAlignment().findGroup(startseq);\r
 235           if (sg != null)\r
 236           {\r
 237             boolean deleteAllowed = false;\r
 238             if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 239             {\r
 240               /// Are we able to delete?\r
 241               boolean allGaps = true;\r
 242               for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 243               {\r
 244                 SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 245                 for (int j = lastres-1; j >= res && allGaps; j--)\r
 246                 {\r
 247                     if (!jalview.util.Comparison.isGap(s.getSequence().charAt(j)))\r
 248                     {\r
 249                       res = j + 1;\r
 250                       allGaps = false;\r
 251                     }\r
 252                 }\r
 253 \r
 254                 if(!deleteAllowed && allGaps)\r
 255                   deleteAllowed = true;\r
 256               }\r
 257             }\r
 258 \r
 259             // drag to right\r
 260             if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 261                 sg.setEndRes(sg.getEndRes() + 1);\r
 262 \r
 263             // drag to left\r
 264             else if (deleteAllowed && res < av.getAlignment().getWidth() &&\r
 265                      res < lastres)\r
 266                 sg.setEndRes(sg.getEndRes() - 1);\r
 267 \r
 268 \r
 269 \r
 270 \r
 271             for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 272             {\r
 273               SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 274               int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 275 \r
 276               // drag to right\r
 277               if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 278                 for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 279                   insertChar(j, k);\r
 280 \r
 281               // drag to left\r
 282               else if (deleteAllowed && res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 283               {\r
 284                 for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 285                 {\r
 286                   deleteChar(j, k);\r
 287                   startres = res;\r
 288                 }\r
 289               }\r
 290             }\r
 291           }\r
 292         }\r
 293         else /////Editing a single sequence///////////\r
 294         {\r
 295           if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 296           {\r
 297             // dragging to the right\r
 298             for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 299               insertChar(j, startseq);\r
 300           }\r
 301           else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 302           {\r
 303             // dragging to the left\r
 304             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 305             {\r
 306               deleteChar(j, startseq);\r
 307               startres = res;\r
 308             }\r
 309           }\r
 310 \r
 311         }\r
 312 \r
 313     }\r
 314 \r
 315     lastres = res;\r
 316     repaint();\r
 317   }\r
 318 \r
 319   public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start) {\r
 320     seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start,av.getEndRes(),seqstart,seqend,av.getStartRes(),av.getStartSeq(),0);\r
 321     repaint();\r
 322   }\r
 323 \r
 324   public void insertChar(int j, int seq)\r
 325   {\r
 326     av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 327     seqEditOccurred=seq;\r
 328   }\r
 329 \r
 330   public void deleteChar(int j, int seq)\r
 331   {\r
 332 \r
 333     if ( jalview.util.Comparison.isGap( av.alignment.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(j)))\r
 334         av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 335 \r
 336     av.alignment.getWidth();\r
 337     repaint();\r
 338     seqEditOccurred=seq;\r
 339   }\r
 340 \r
 341 \r
 342   void updateConservation(int i)\r
 343   {\r
 344   /*  Alignment al = (Alignment) av.getAlignment();\r
 345     SequenceGroup sg = av.alignment.findGroup( al.getSequenceAt(i));\r
 346     if(sg==null || !(sg.cs instanceof ConservationColourScheme))\r
 347       return;\r
 348 \r
 349     Conservation c = sg.getConservation();\r
 350 \r
 351     c = new Conservation("All", al.cons,\r
 352                          ResidueProperties.propHash, 3, sg.sequences, 0,\r
 353                          al.getWidth());\r
 354     c.calculate();\r
 355     c.verdict(false, 100);\r
 356     sg.setConservation(c);\r
 357     ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme)sg.cs;\r
 358     ccs.conserve = c;*/\r
 359   }\r
 360 \r
 361 //////////////////////////////////////////\r
 362 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
 363 //////////////////////////////////////////\r
 364   int oldSeq = -1;\r
 365   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 366   {\r
 367     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 368     int seq = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 369     oldSeq = seq;\r
 370 \r
 371     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 372     if(res>sequence.getLength())\r
 373       return;\r
 374 \r
 375     stretchGroup = av.getRubberbandGroup();\r
 376 \r
 377     if(stretchGroup == null)\r
 378      {\r
 379        stretchGroup = av.alignment.findGroup( sequence );\r
 380        av.setRubberbandGroup( stretchGroup );\r
 381      }\r
 382 \r
 383     else if(!stretchGroup.sequences.contains(sequence)\r
 384             || stretchGroup.getStartRes()>res\r
 385             || stretchGroup.getEndRes()<res)\r
 386      {\r
 387        stretchGroup = null;\r
 388 \r
 389        SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups( sequence );\r
 390 \r
 391        if (allGroups != null)\r
 392          for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 393            if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
 394                allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 395            {\r
 396              stretchGroup = allGroups[i];\r
 397              av.setRubberbandGroup(stretchGroup);\r
 398              break;\r
 399            }\r
 400      }\r
 401 \r
 402     if(stretchGroup==null)\r
 403     {\r
 404       // define a new group here\r
 405       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 406       sg.setStartRes(res);\r
 407       sg.setEndRes(res);\r
 408       sg.addSequence( sequence );\r
 409       av.setRubberbandGroup( sg );\r
 410       stretchGroup = sg;\r
 411 \r
 412       if(av.getConservationSelected())\r
 413         Desktop.setConservationSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 414       else if(av.getGlobalColourScheme()!=null && av.getGlobalColourScheme().canThreshold())\r
 415       {\r
 416         ResidueColourScheme rcs = (ResidueColourScheme) av.getGlobalColourScheme();\r
 417         int threshold = rcs.getThreshold();\r
 418         if (threshold > 0)\r
 419           Desktop.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 420       }\r
 421 \r
 422     }\r
 423     else if( javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 424     {\r
 425         jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu( ap , null);\r
 426         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 427 \r
 428     // edit the properties of existing group\r
 429     }\r
 430 \r
 431     if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 432       // Edit end res position of selected group\r
 433       changeEndRes = true;\r
 434 \r
 435    else if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 436       // Edit end res position of selected group\r
 437       changeStartRes = true;\r
 438 \r
 439 \r
 440     seqCanvas.paintFlag = true;\r
 441     repaint();\r
 442 \r
 443   }\r
 444 \r
 445   boolean changeEndSeq = false;\r
 446   boolean changeStartSeq = false;\r
 447   boolean changeEndRes = false;\r
 448   boolean changeStartRes = false;\r
 449   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
 450 \r
 451   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 452   {\r
 453     if(stretchGroup==null)\r
 454       return;\r
 455 \r
 456     if(stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 457     {\r
 458       stretchGroup.cs = new ClustalxColourScheme(stretchGroup.sequences, av.alignment.getWidth());\r
 459       seqCanvas.paintFlag = true;\r
 460       repaint();\r
 461     }\r
 462 \r
 463     else if(stretchGroup.cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 464     {\r
 465       ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme)stretchGroup.cs;\r
 466 \r
 467       Conservation c = new Conservation("Group",\r
 468                                         ResidueProperties.propHash, 3, stretchGroup.sequences, 0,\r
 469                                         av.alignment.getWidth() );\r
 470 \r
 471        c.calculate();\r
 472        c.verdict(false, 100);\r
 473        ccs = new ConservationColourScheme(c, ccs.cs);\r
 474 \r
 475        stretchGroup.cs = ccs;\r
 476 \r
 477 \r
 478        Desktop.setConservationSliderSource(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup.getName()) ;\r
 479 \r
 480        seqCanvas.paintFlag = true;\r
 481        repaint();\r
 482     }\r
 483     else\r
 484     {\r
 485       if(stretchGroup.cs !=null && stretchGroup.cs.canThreshold())\r
 486       {\r
 487         ResidueColourScheme rcs =  (ResidueColourScheme) stretchGroup.cs;\r
 488         int threshold = rcs.getThreshold();\r
 489         if(threshold>0)\r
 490           Desktop.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup.getName());\r
 491       }\r
 492 \r
 493     }\r
 494 \r
 495 \r
 496     changeEndRes = false;\r
 497     changeStartRes = false;\r
 498     stretchGroup = null;\r
 499   }\r
 500 \r
 501 \r
 502   boolean remove = false;\r
 503   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 504   {\r
 505     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 506     int y = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 507 \r
 508     if(stretchGroup==null)\r
 509       return;\r
 510 \r
 511     if(stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 512       // Edit end res position of selected group\r
 513       changeEndRes = true;\r
 514 \r
 515     else if(stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 516       // Edit start res position of selected group\r
 517       changeStartRes = true;\r
 518 \r
 519 \r
 520     if(res<av.getStartRes())\r
 521       res = av.getStartRes();\r
 522     else if(res>av.getEndRes())\r
 523       res = av.getEndRes();\r
 524 \r
 525     if(changeEndRes)\r
 526     {\r
 527       if(res>stretchGroup.getStartRes()-1)\r
 528         stretchGroup.setEndRes( res );\r
 529     }\r
 530     else if(changeStartRes)\r
 531     {\r
 532       if(res<stretchGroup.getEndRes()+1)\r
 533         stretchGroup.setStartRes( res );\r
 534     }\r
 535 \r
 536 \r
 537     int dragDirection = 0;\r
 538     if (y > oldSeq)\r
 539       dragDirection = 1;\r
 540     else if (y < oldSeq)\r
 541       dragDirection = -1;\r
 542 \r
 543     while (y != oldSeq)\r
 544     {\r
 545       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 546       // selection is quite slow.\r
 547       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 548 \r
 549       oldSeq += dragDirection;\r
 550       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 551 \r
 552       if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 553       {\r
 554         stretchGroup.deleteSequence(seq);\r
 555         stretchGroup.deleteSequence(nextSeq);\r
 556       }\r
 557       else\r
 558       {\r
 559         stretchGroup.addSequence(seq);\r
 560         stretchGroup.addSequence(nextSeq);\r
 561       }\r
 562     }\r
 563     oldSeq = y;\r
 564 \r
 565     seqCanvas.paintFlag = true;\r
 566     repaint();\r
 567   }\r
 568 \r
 569 \r
 570 }\r
 571 \r
 572 \r
 573 \r
 574 \r