src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import java.awt.event.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import javax.swing.*;\r
   7 import jalview.schemes.*;\r
   8 import jalview.analysis.*;\r
   9 \r
  10 \r
  11 public class SeqPanel extends JPanel\r
  12 {\r
  13 \r
  14   public    SeqCanvas         seqCanvas;\r
  15   public    AlignmentPanel    parent;\r
  16 \r
  17   protected int startres;\r
  18   protected int lastres;\r
  19   protected int endres;\r
  20 \r
  21   protected int startseq;\r
  22   protected int padseq;\r
  23 \r
  24   public    boolean editFlag;\r
  25   protected AlignViewport av;\r
  26 \r
  27   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  28   int seqEditOccurred = -1;\r
  29 \r
  30   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p) {\r
  31     this.av         = avp;\r
  32 \r
  33     seqCanvas  = new SeqCanvas(avp);\r
  34     setLayout(new BorderLayout());\r
  35     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  36 \r
  37     parent = p;\r
  38 \r
  39     addMouseMotionListener( new MouseMotionAdapter()\r
  40     {\r
  41       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  42       {  doMouseMoved(evt);   }\r
  43       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  44       {\r
  45         if(av.groupDefiningMode)\r
  46           doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
  47         else\r
  48           doMouseDragged(evt);\r
  49       }\r
  50     });\r
  51 \r
  52     addMouseListener( new MouseAdapter()\r
  53     {\r
  54       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  55       {\r
  56         if(av.groupDefiningMode)\r
  57           doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
  58         else\r
  59           doMouseReleased(evt);\r
  60       }\r
  61       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  62       {\r
  63         if(av.groupDefiningMode)\r
  64           doMousePressedDefineMode(evt);\r
  65         else\r
  66           doMousePressed(evt);\r
  67       }\r
  68 \r
  69     });\r
  70     repaint();\r
  71   }\r
  72 \r
  73 \r
  74   public void doMouseReleased(MouseEvent evt) {\r
  75 \r
  76     int x = evt.getX();\r
  77     int res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
  78 \r
  79     endres = res;\r
  80 \r
  81       // This is to detect edits - we're at the end of an edit if mouse is up\r
  82     editFlag = false;\r
  83     startseq = -1;\r
  84     startres = -1;\r
  85     lastres  = -1;\r
  86     if(seqEditOccurred>-1)\r
  87       updateConservation(seqEditOccurred);\r
  88 \r
  89     seqEditOccurred = -1;\r
  90 \r
  91     parent.RefreshPanels();\r
  92     repaint();\r
  93 \r
  94   }\r
  95 \r
  96   public void doMousePressed(MouseEvent evt) {\r
  97     parent.alignFrame.addHistoryItem("sequence edit");\r
  98     int seq;\r
  99     int res;\r
 100 \r
 101     int x = evt.getX();\r
 102     int y = evt.getY();\r
 103 \r
 104     res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 105     seq = y/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 106 \r
 107     if (seq < av.getAlignment().getHeight() && res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 108     {\r
 109       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 110       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 111       // in the alignment\r
 112 \r
 113       startseq = seq;\r
 114 \r
 115       if (startseq == (av.getAlignment().getHeight()-1)) {\r
 116         padseq = 1;\r
 117       } else {\r
 118         padseq = 1;\r
 119       }\r
 120 \r
 121       startres = res;\r
 122       lastres = res;\r
 123 \r
 124       } else {\r
 125       startseq = -1;\r
 126       startres = -1;\r
 127       lastres = -1;\r
 128     }\r
 129 \r
 130     return;\r
 131   }\r
 132 \r
 133   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 134   {\r
 135     int res=0, seq=0;\r
 136     int x = evt.getX();\r
 137     int y = evt.getY();\r
 138     if(av.wrapAlignment)\r
 139     {\r
 140       y -= 2*av.charHeight;\r
 141       int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight()+2)*av.charHeight;\r
 142 \r
 143 \r
 144       res =   (int)((y/chunkHeight)*(getWidth()/av.charWidth)) +  x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 145 \r
 146       System.out.println( ((y/chunkHeight)*(getWidth()/av.charWidth)) +" "+((x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes()) );\r
 147       y %= chunkHeight;\r
 148       seq =     y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 149 \r
 150       //   chunkHeight =  (da.getHeight() + 2)*charHeight;\r
 151       //  startx += chunkWidth;\r
 152     }\r
 153     else\r
 154     {\r
 155       res = x / av.getCharWidth()  + av.getStartRes();\r
 156       seq = y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 157     }\r
 158 \r
 159 \r
 160     if(seq>=av.getAlignment().getHeight())\r
 161       return;\r
 162 \r
 163     Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get( av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getCharAt(res)+"" ) ;\r
 164     String aa = "";\r
 165     if(obj!=null)\r
 166          aa = obj.toString();\r
 167 \r
 168     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " +(seq+1)+" ID: "+av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName());\r
 169     if(aa!="")\r
 170       text.append("  Residue: "+aa+" ("+  av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res)+")");\r
 171 \r
 172     parent.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 173 \r
 174   }\r
 175 \r
 176   public void doMouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 177     // If we're dragging we're editing\r
 178     editFlag = true;\r
 179     int x = evt.getX();\r
 180 \r
 181     int res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 182     if (res < 0) {res = 0;}\r
 183 \r
 184     if (res  != lastres) {\r
 185       if (startseq != -1) {\r
 186 \r
 187         // Group editing\r
 188         if (av.getGroupEdit()) {\r
 189           SequenceGroup sg = av.getAlignment().findGroup(startseq);\r
 190 \r
 191           if(sg!=null)\r
 192           if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 193           {\r
 194             boolean flag = false;\r
 195             for (int i= 0 ; i < sg.getSize(); i++)\r
 196             {\r
 197               SequenceI s = (SequenceI)sg.getSequenceAt(i);\r
 198               for (int j=lastres-1; j >= res; j--)\r
 199               {\r
 200                 if (!flag)\r
 201                 {\r
 202                   if (s.getSequence().charAt(j)!=av.getAlignment().getGapCharacter() &&\r
 203                       s.getSequence().charAt(j)==' ')\r
 204                   {\r
 205                     res = j+1;\r
 206                     flag = true;\r
 207                   }\r
 208                 }\r
 209               }\r
 210             }\r
 211           }\r
 212 \r
 213           if(sg!=null)\r
 214           for (int i= 0 ; i < sg.getSize(); i++)\r
 215           {\r
 216             SequenceI s = (SequenceI)sg.getSequenceAt(i);\r
 217             boolean found = false;\r
 218             int sno = -1;\r
 219             for (int k = 0; k < av.getAlignment().getHeight(); k++)\r
 220             {\r
 221               if (av.getAlignment().getSequenceAt(k) == s)\r
 222               {\r
 223                 found = true;\r
 224                 sno = k;\r
 225                 break;\r
 226               }\r
 227             }\r
 228             if (found && sno != -1) {\r
 229               if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 230               {\r
 231                 for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 232                   insertChar(j,sno);\r
 233 \r
 234                 int index = av.getAlignment().findIndex(s);\r
 235                 if (index != -1)\r
 236                   drawChars(index,index+1,lastres);\r
 237 \r
 238 \r
 239               } else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 240               {\r
 241                 for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 242                 {\r
 243                   deleteChar(j,res,sno);\r
 244                   startres = res;\r
 245                 }\r
 246                 int index = av.getAlignment().findIndex(s);\r
 247                 if (index != -1)\r
 248                   drawChars(index,index+1,res);\r
 249 \r
 250               }\r
 251             }\r
 252 \r
 253           }\r
 254           lastres = res;\r
 255         } else {\r
 256 \r
 257 \r
 258           if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres) {\r
 259             // dragging to the right\r
 260             for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 261               insertChar(j,startseq);\r
 262 \r
 263             drawChars(startseq,startseq+1,lastres);\r
 264 \r
 265           } else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 266           {\r
 267 \r
 268             // dragging to the left\r
 269             for (int j = res; j < lastres; j++) {\r
 270               deleteChar(j,res,startseq);\r
 271               startres = res;\r
 272             }\r
 273             drawChars(startseq,startseq+1,res);\r
 274           }\r
 275         }\r
 276       }\r
 277       lastres = res;\r
 278     }\r
 279 \r
 280     repaint();\r
 281     return;\r
 282   }\r
 283 \r
 284   public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start) {\r
 285     seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start,av.getEndRes(),seqstart,seqend,av.getStartRes(),av.getStartSeq(),0);\r
 286     repaint();\r
 287   }\r
 288 \r
 289   public void insertChar(int j, int seq)\r
 290   {\r
 291     av.getAlignment().getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 292     seqEditOccurred=seq;\r
 293   }\r
 294 \r
 295   public void deleteChar(int j, int res, int seq)\r
 296   {\r
 297 \r
 298     if (av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(j)=='.' ||\r
 299         av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(j)=='-' ||\r
 300         av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(j)==' ' )\r
 301     {\r
 302         av.getAlignment().getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 303     }\r
 304 \r
 305     av.getAlignment().getWidth();\r
 306     repaint();\r
 307     seqEditOccurred=seq;\r
 308   }\r
 309 \r
 310 \r
 311   void updateConservation(int i)\r
 312   {\r
 313     Alignment al = (Alignment) av.getAlignment();\r
 314     SequenceGroup sg = av.alignment.findGroup( al.getSequenceAt(i));\r
 315     if(sg==null || !(sg.cs instanceof ConservationColourScheme))\r
 316       return;\r
 317 \r
 318     Conservation c = sg.getConservation();\r
 319 \r
 320     c = new Conservation("All", al.cons,\r
 321                          ResidueProperties.propHash, 3, sg.sequences, 0,\r
 322                          al.getWidth());\r
 323     c.calculate();\r
 324     c.verdict(false, 100);\r
 325     sg.setConservation(c);\r
 326     ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme)sg.cs;\r
 327     ccs.conserve = c;\r
 328   }\r
 329 \r
 330 \r
 331   public void setColourScheme(ColourSchemeI cs, boolean showConservation)\r
 332   {\r
 333     seqCanvas.paintFlag = true;\r
 334     if (av.getSelection().size() == 0)\r
 335     {\r
 336       seqCanvas.globalColorScheme = cs;\r
 337       for (int i = 0; i < av.alignment.getGroups().size();i++)\r
 338       {\r
 339         SequenceGroup sg = (SequenceGroup)av.alignment.getGroups().elementAt(i);\r
 340         sg.cs = cs;\r
 341         if(!showConservation\r
 342             && !(sg.cs instanceof Blosum62ColourScheme)\r
 343             && sg.cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 344          {\r
 345            // remove ConservationColouring from existing Conservation group\r
 346            ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme)sg.cs;\r
 347            sg.cs = ccs.cs;\r
 348          }\r
 349          else if(showConservation && !(sg.cs instanceof ConservationColourScheme))\r
 350          {\r
 351            // add ConservationColouring to new group\r
 352            Conservation c = sg.getConservation();\r
 353            Alignment al = (Alignment) av.getAlignment();\r
 354            c = new Conservation("All", al.cons,\r
 355                                 ResidueProperties.propHash, 3, sg.sequences, 0,\r
 356                                 al.getWidth() );\r
 357            c.calculate();\r
 358            c.verdict(false, 100);\r
 359            sg.setConservation(c);\r
 360            sg.cs = new ConservationColourScheme(sg);\r
 361          }\r
 362       }\r
 363     }\r
 364     else\r
 365     {\r
 366       SequenceGroup sg = av.alignment.findGroup((Sequence)av.sel.sequenceAt(0));\r
 367 \r
 368       if( isNewSelection(sg) )\r
 369       {\r
 370         sg = av.getAlignment().addGroup();\r
 371         for (int i=0; i < av.getSelection().size(); i++)\r
 372         {\r
 373           av.alignment.removeFromGroup(av.alignment.findGroup( (Sequence) av.\r
 374               sel.sequenceAt(i)),\r
 375                                        (Sequence) av.sel.sequenceAt(i));\r
 376           av.alignment.addToGroup(sg, (Sequence) av.sel.sequenceAt(i));\r
 377         }\r
 378       }\r
 379 \r
 380 \r
 381       sg.cs = cs;\r
 382 \r
 383       // Selection is made, we only want to change the conservationColour for selected group\r
 384       if(  showConservation\r
 385            && !(sg.cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 386            && !(sg.cs instanceof Blosum62ColourScheme))\r
 387       {\r
 388         Conservation c = sg.getConservation();\r
 389         Alignment al = (Alignment) av.getAlignment();\r
 390 \r
 391         c = new Conservation("All", al.cons,\r
 392                              ResidueProperties.propHash, 3, sg.sequences, 0,\r
 393                              al.getWidth() );\r
 394         c.calculate();\r
 395         c.verdict(false, 100);\r
 396         sg.setConservation(c);\r
 397         sg.cs = new ConservationColourScheme(sg);\r
 398     }\r
 399     else  if( !showConservation && sg.cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 400     {\r
 401       ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme)sg.cs;\r
 402       sg.cs = ccs.cs;\r
 403     }\r
 404    }\r
 405    repaint();\r
 406   }\r
 407 \r
 408   boolean isNewSelection(SequenceGroup sg)\r
 409   {\r
 410     if(sg==null)\r
 411       return true;\r
 412 \r
 413     if(sg.getSize()!=av.getSelection().size())\r
 414       return true;\r
 415 \r
 416     for(int i=0; i<sg.getSize(); i++)\r
 417      if( !av.getSelection().contains( sg.getSequenceAt(i) ))\r
 418        return true;\r
 419 \r
 420     return false;\r
 421   }\r
 422 \r
 423 \r
 424   public ColourSchemeI getColourScheme()\r
 425   {\r
 426     if(av.getSelection().size()>0)\r
 427        return av.alignment.findGroup((Sequence)av.sel.sequenceAt(0)).cs;\r
 428     else\r
 429       return seqCanvas.globalColorScheme;\r
 430   }\r
 431 \r
 432   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 433   {\r
 434     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 435     int seq = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 436 \r
 437     stretchGroup = av.alignment.findGroup((Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(seq));\r
 438 \r
 439     if(stretchGroup!=null  && stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 440     {\r
 441       // Edit end res position of selected group\r
 442       changeEndRes = true;\r
 443     }\r
 444     else if(stretchGroup!=null  && stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 445     {\r
 446       // Edit end res position of selected group\r
 447       changeStartRes = true;\r
 448     }\r
 449 \r
 450 \r
 451   }\r
 452 \r
 453   boolean changeEndRes = false;\r
 454   boolean changeStartRes = false;\r
 455   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
 456 \r
 457   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 458   {\r
 459     changeEndRes = false;\r
 460     changeStartRes = false;\r
 461   }\r
 462 \r
 463   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 464   {\r
 465     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 466     int seq = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 467 \r
 468     if(res<av.getStartRes())\r
 469       res = av.getStartRes();\r
 470     else if(res>av.getEndRes())\r
 471       res = av.getEndRes();\r
 472 \r
 473     if(changeEndRes)\r
 474     {\r
 475       if(res>stretchGroup.getStartRes()-1)\r
 476         stretchGroup.setEndRes( res );\r
 477     }\r
 478     else if(changeStartRes)\r
 479     {\r
 480       if(res<stretchGroup.getEndRes()+1)\r
 481         stretchGroup.setStartRes( res );\r
 482     }\r
 483     seqCanvas.paintFlag = true;\r
 484     repaint();\r
 485 \r
 486   }\r
 487 \r
 488 }\r
 489 \r
 490 \r
 491 \r
 492 \r