src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.schemes.*;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 import java.awt.event.*;\r
  27 \r
  28 import javax.swing.*;\r
  29 \r
  30 \r
  31 /**\r
  32  * DOCUMENT ME!\r
  33  *\r
  34  * @author $author$\r
  35  * @version $Revision$\r
  36  */\r
  37 public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,\r
  38     MouseMotionListener, MouseWheelListener\r
  39 \r
  40 {\r
  41     /** DOCUMENT ME!! */\r
  42     public SeqCanvas seqCanvas;\r
  43 \r
  44     /** DOCUMENT ME!! */\r
  45     public AlignmentPanel ap;\r
  46     protected int lastres;\r
  47     protected int startseq;\r
  48     protected AlignViewport av;\r
  49 \r
  50     // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  51     boolean seqEditOccurred = false;\r
  52     ScrollThread scrollThread = null;\r
  53     boolean mouseDragging = false;\r
  54     boolean editingSeqs = false;\r
  55     boolean groupEditing = false;\r
  56 \r
  57     //////////////////////////////////////////\r
  58     /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
  59     //////////////////////////////////////////\r
  60     int oldSeq = -1;\r
  61     boolean changeEndSeq = false;\r
  62     boolean changeStartSeq = false;\r
  63     boolean changeEndRes = false;\r
  64     boolean changeStartRes = false;\r
  65     SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  66     boolean remove = false;\r
  67 \r
  68     Point lastMousePress;\r
  69     boolean mouseWheelPressed = false;\r
  70     StringBuffer keyboardNo1;\r
  71     StringBuffer keyboardNo2;\r
  72 \r
  73     /**\r
  74      * Creates a new SeqPanel object.\r
  75      *\r
  76      * @param avp DOCUMENT ME!\r
  77      * @param p DOCUMENT ME!\r
  78      */\r
  79     public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  80     {\r
  81         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  82         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
  83         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
  84         this.av = avp;\r
  85         setBackground(Color.white);\r
  86 \r
  87         seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  88         setLayout(new BorderLayout());\r
  89         add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  90 \r
  91         ap = p;\r
  92 \r
  93         if(!av.isDataset())\r
  94         {\r
  95           addMouseMotionListener(this);\r
  96           addMouseListener(this);\r
  97           addMouseWheelListener(this);\r
  98         }\r
  99     }\r
 100 \r
 101     int startWrapBlock=-1;\r
 102     int wrappedBlock=-1;\r
 103     int findRes(MouseEvent evt)\r
 104    {\r
 105      int res = 0;\r
 106      int x = evt.getX();\r
 107 \r
 108     if (av.wrapAlignment)\r
 109     {\r
 110 \r
 111       int hgap = av.charHeight;\r
 112       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 113         hgap += av.charHeight;\r
 114 \r
 115       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 116           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 117 \r
 118         int y = evt.getY();\r
 119         y -= hgap;\r
 120         x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 121 \r
 122 \r
 123         int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());\r
 124 \r
 125         wrappedBlock = y / cHeight;\r
 126         wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 127 \r
 128         res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 129 \r
 130     }\r
 131     else\r
 132     {\r
 133         res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 134     }\r
 135 \r
 136     if(av.hasHiddenColumns)\r
 137           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 138 \r
 139     return res;\r
 140 \r
 141    }\r
 142 \r
 143    int findSeq(MouseEvent evt)\r
 144    {\r
 145 \r
 146      int seq = 0;\r
 147      int y = evt.getY();\r
 148 \r
 149      if (av.wrapAlignment)\r
 150      {\r
 151        int hgap = av.charHeight;\r
 152        if (av.scaleAboveWrapped)\r
 153          hgap += av.charHeight;\r
 154 \r
 155        int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 156            + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 157 \r
 158          y -= hgap;\r
 159 \r
 160        seq = ( (y % cHeight) / av.getCharHeight());\r
 161      }\r
 162      else\r
 163      {\r
 164        seq = (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 165      }\r
 166 \r
 167      return seq;\r
 168    }\r
 169 \r
 170    void endEditing()\r
 171    {\r
 172      startseq = -1;\r
 173      lastres = -1;\r
 174      seqEditOccurred = false;\r
 175      editingSeqs = false;\r
 176      groupEditing = false;\r
 177      keyboardNo1 = null;\r
 178      keyboardNo2 = null;\r
 179     }\r
 180 \r
 181     void setCursorRow()\r
 182     {\r
 183       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
 184       scrollToVisible();\r
 185     }\r
 186 \r
 187     void setCursorColumn()\r
 188     {\r
 189       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
 190       scrollToVisible();\r
 191     }\r
 192 \r
 193     void setCursorRowAndColumn()\r
 194     {\r
 195       if(keyboardNo2==null)\r
 196       {\r
 197         keyboardNo2 = new StringBuffer();\r
 198       }\r
 199       else\r
 200       {\r
 201         seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1) - 1;\r
 202         seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo2) - 1;\r
 203         scrollToVisible();\r
 204       }\r
 205     }\r
 206 \r
 207     void setCursorPosition()\r
 208     {\r
 209       SequenceI sequence =\r
 210           (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 211 \r
 212       seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(\r
 213           getKeyboardNo(keyboardNo1)-1\r
 214           );\r
 215       scrollToVisible();\r
 216     }\r
 217 \r
 218     void moveCursor(int dx, int dy)\r
 219     {\r
 220       seqCanvas.cursorX += dx;\r
 221       seqCanvas.cursorY += dy;\r
 222       scrollToVisible();\r
 223     }\r
 224 \r
 225     void scrollToVisible()\r
 226     {\r
 227       if (seqCanvas.cursorX < 0)\r
 228         seqCanvas.cursorX = 0;\r
 229       else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)\r
 230         seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 231 \r
 232       if (seqCanvas.cursorY < 0)\r
 233         seqCanvas.cursorY = 0;\r
 234       else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)\r
 235         seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;\r
 236 \r
 237 \r
 238       endEditing();\r
 239       if(av.wrapAlignment)\r
 240       {\r
 241         ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);\r
 242       }\r
 243       else\r
 244       {\r
 245         while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)\r
 246         {\r
 247           ap.scrollUp(true);\r
 248         }\r
 249         while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)\r
 250         {\r
 251           ap.scrollUp(false);\r
 252         }\r
 253         if (!av.wrapAlignment)\r
 254         {\r
 255           while (seqCanvas.cursorX < av.startRes)\r
 256           {\r
 257             if (!ap.scrollRight(false))\r
 258               break;\r
 259           }\r
 260           while (seqCanvas.cursorX > av.endRes)\r
 261           {\r
 262             if (!ap.scrollRight(true))\r
 263               break;\r
 264           }\r
 265         }\r
 266       }\r
 267       setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
 268                        seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
 269 \r
 270       seqCanvas.repaint();\r
 271     }\r
 272 \r
 273     void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
 274     {\r
 275       SequenceI sequence =\r
 276           (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 277 \r
 278       if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
 279       {\r
 280         SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
 281         //Find the top and bottom of this group\r
 282         int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
 283         for(int i=0; i<sg.getSize(); i++)\r
 284         {\r
 285           int index = av.alignment.findIndex( sg.getSequenceAt(i) );\r
 286           if(index > max)\r
 287             max = index;\r
 288           if(index < min)\r
 289             min = index;\r
 290         }\r
 291 \r
 292         max ++;\r
 293 \r
 294         if(topLeft)\r
 295         {\r
 296           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 297           if(sg.getEndRes()<seqCanvas.cursorX)\r
 298             sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 299 \r
 300           min = seqCanvas.cursorY;\r
 301         }\r
 302         else\r
 303         {\r
 304           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 305           if(sg.getStartRes()>seqCanvas.cursorX)\r
 306             sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 307 \r
 308           max = seqCanvas.cursorY+1;\r
 309         }\r
 310 \r
 311         if(min>max)\r
 312         {\r
 313           // Only the user can do this\r
 314           av.setSelectionGroup(null);\r
 315         }\r
 316         else\r
 317         {\r
 318           // Now add any sequences between min and max\r
 319           sg.sequences.clear();\r
 320           for (int i = min; i < max; i++)\r
 321           {\r
 322             sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 323           }\r
 324         }\r
 325       }\r
 326 \r
 327       if (av.getSelectionGroup() == null)\r
 328       {\r
 329         SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 330         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 331         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 332         sg.addSequence(sequence, false);\r
 333         av.setSelectionGroup(sg);\r
 334       }\r
 335 \r
 336 \r
 337       ap.repaint();\r
 338     }\r
 339 \r
 340     void insertGapAtCursor(boolean group)\r
 341     {\r
 342       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 343                                                    av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 344       groupEditing = group;\r
 345       startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 346       lastres = seqCanvas.cursorX;\r
 347       editSequence(true, seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1));\r
 348       editOccurred();\r
 349     }\r
 350 \r
 351     void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
 352     {\r
 353       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 354                                                    av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 355       groupEditing = group;\r
 356       startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 357       lastres = seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1);\r
 358       editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
 359       editOccurred();\r
 360     }\r
 361 \r
 362     void numberPressed(char value)\r
 363     {\r
 364       if(keyboardNo1==null)\r
 365         keyboardNo1 = new StringBuffer();\r
 366 \r
 367       if(keyboardNo2!=null)\r
 368         keyboardNo2.append(value);\r
 369       else\r
 370         keyboardNo1.append(value);\r
 371     }\r
 372 \r
 373     int getKeyboardNo(StringBuffer kb)\r
 374     {\r
 375       if(kb==null)\r
 376         return 1;\r
 377       else\r
 378         return Integer.parseInt(kb.toString());\r
 379     }\r
 380 \r
 381 \r
 382     /**\r
 383      * DOCUMENT ME!\r
 384      *\r
 385      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 386      */\r
 387     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 388     {\r
 389       mouseDragging = false;\r
 390       mouseWheelPressed = false;\r
 391 \r
 392       if (!editingSeqs)\r
 393       {\r
 394          doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 395          return;\r
 396       }\r
 397 \r
 398        editOccurred();\r
 399 \r
 400        endEditing();\r
 401        ap.repaint();\r
 402     }\r
 403 \r
 404 \r
 405 \r
 406     /**\r
 407      * DOCUMENT ME!\r
 408      *\r
 409      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 410      */\r
 411     public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 412     {\r
 413       lastMousePress = evt.getPoint();\r
 414 \r
 415       if (javax.swing.SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))\r
 416       {\r
 417         mouseWheelPressed = true;\r
 418         return;\r
 419       }\r
 420 \r
 421       if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
 422           evt.isControlDown())\r
 423       {\r
 424         if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 425         {\r
 426           groupEditing = true;\r
 427         }\r
 428         editingSeqs = true;\r
 429       }\r
 430       else\r
 431       {\r
 432         doMousePressedDefineMode(evt);\r
 433         return;\r
 434       }\r
 435 \r
 436 \r
 437 \r
 438       int seq = findSeq(evt);\r
 439       int res = findRes(evt);\r
 440 \r
 441       if(seq<0 || res<0)\r
 442         return;\r
 443 \r
 444       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 445                                                          av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 446 \r
 447         if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 448                 (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 449         {\r
 450             startseq = seq;\r
 451             lastres = res;\r
 452         }\r
 453         else\r
 454         {\r
 455             startseq = -1;\r
 456             lastres = -1;\r
 457         }\r
 458 \r
 459         return;\r
 460     }\r
 461 \r
 462     /**\r
 463      * DOCUMENT ME!\r
 464      *\r
 465      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 466      */\r
 467     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 468     {\r
 469       if (editingSeqs)\r
 470       {\r
 471        // This is because MacOSX creates a mouseMoved\r
 472        // If control is down, other platforms will not.\r
 473        mouseDragged(evt);\r
 474       }\r
 475 \r
 476       int res = findRes(evt);\r
 477       int seq = findSeq(evt);\r
 478 \r
 479 \r
 480       if(res<0 || seq<0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())\r
 481             return;\r
 482 \r
 483       SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 484 \r
 485       if (res > sequence.getLength())\r
 486       {\r
 487         return;\r
 488       }\r
 489 \r
 490       if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
 491       {\r
 492         seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
 493       }\r
 494 \r
 495       setStatusMessage(sequence, res, seq);\r
 496 \r
 497         // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 498         if (av.showSequenceFeatures)\r
 499         {\r
 500             SequenceFeature [] features = sequence.getDatasetSequence().getSequenceFeatures();\r
 501             if(features!=null)\r
 502             {\r
 503               StringBuffer sbuffer = new StringBuffer("<html>");\r
 504 \r
 505               for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
 506               {\r
 507 \r
 508                 if ( (features[i].getBegin() <= sequence.findPosition(res)) &&\r
 509                     (features[i].getEnd() >= sequence.findPosition(res)))\r
 510                 {\r
 511                   if(av.featuresDisplayed==null\r
 512                     || !av.featuresDisplayed.containsKey(features[i].getType()))\r
 513                   continue;\r
 514 \r
 515 \r
 516                   if (features[i].getType().equals("disulfide bond"))\r
 517                   {\r
 518                     if (features[i].getBegin() == sequence.findPosition(res)\r
 519                         || features[i].getEnd() == sequence.findPosition(res))\r
 520                     {\r
 521                       if (sbuffer.length() > 6)\r
 522                         sbuffer.append("<br>");\r
 523                       sbuffer.append("disulfide bond " + features[i].getBegin() + ":" +\r
 524                                      features[i].getEnd());\r
 525                     }\r
 526                   }\r
 527                   else\r
 528                   {\r
 529                     if (sbuffer.length() > 6)\r
 530                       sbuffer.append("<br>");\r
 531                     if(features[i].featureGroup!=null)\r
 532                       sbuffer.append(features[i].featureGroup+";");\r
 533 \r
 534                     sbuffer.append(features[i].getType());\r
 535 \r
 536                     if (features[i].getDescription() != null\r
 537                         && !features[i].description.equals(features[i].getType()))\r
 538                       sbuffer.append("; " + features[i].getDescription());\r
 539 \r
 540                     if (features[i].getStatus() != null && features[i].getStatus().length()>0)\r
 541                     {\r
 542                       sbuffer.append("; (" + features[i].getStatus() + ")");\r
 543                     }\r
 544                   }\r
 545                 }\r
 546 \r
 547               }\r
 548 \r
 549               sbuffer.append("</html>");\r
 550               if(sbuffer.length()==13) // <html></html>\r
 551                 setToolTipText("");\r
 552               else\r
 553                setToolTipText(sbuffer.toString());\r
 554             }\r
 555             else\r
 556               setToolTipText("");\r
 557         }\r
 558     }\r
 559 \r
 560     void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
 561     {\r
 562       StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 563                                            sequence.getName());\r
 564 \r
 565       Object obj = null;\r
 566       if (av.alignment.isNucleotide())\r
 567       {\r
 568         obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 569                                                    "");\r
 570         if (obj != null)\r
 571           text.append(" Nucleotide: ");\r
 572       }\r
 573       else\r
 574       {\r
 575         obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 576         if (obj != null)\r
 577           text.append("  Residue: ");\r
 578       }\r
 579 \r
 580       if (obj != null)\r
 581       {\r
 582 \r
 583         if (obj != "")\r
 584         {\r
 585           text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
 586                       ")");\r
 587         }\r
 588       }\r
 589       ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 590 \r
 591     }\r
 592 \r
 593     /**\r
 594      * DOCUMENT ME!\r
 595      *\r
 596      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 597      */\r
 598     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 599     {\r
 600       if (mouseWheelPressed)\r
 601       {\r
 602         int oldWidth = av.charWidth;\r
 603 \r
 604         //Which is bigger, left-right or up-down?\r
 605         if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.getY())\r
 606             > Math.abs(evt.getX() - lastMousePress.getX()))\r
 607         {\r
 608           int fontSize = av.font.getSize();\r
 609 \r
 610           if (evt.getY() < lastMousePress.getY())\r
 611           {\r
 612             fontSize--;\r
 613           }\r
 614           else if (evt.getY() > lastMousePress.getY())\r
 615           {\r
 616             fontSize++;\r
 617           }\r
 618 \r
 619           if(fontSize<1)\r
 620             fontSize = 1;\r
 621 \r
 622           av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));\r
 623           av.charWidth = oldWidth;\r
 624           ap.fontChanged();\r
 625         }\r
 626         else\r
 627         {\r
 628           if (evt.getX() < lastMousePress.getX() && av.charWidth > 1)\r
 629           {\r
 630             av.charWidth--;\r
 631           }\r
 632           else if (evt.getX() > lastMousePress.getX())\r
 633           {\r
 634             av.charWidth++;\r
 635           }\r
 636 \r
 637           ap.repaint();\r
 638         }\r
 639 \r
 640         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 641         av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;\r
 642 \r
 643         lastMousePress = evt.getPoint();\r
 644 \r
 645         return;\r
 646       }\r
 647 \r
 648       if (!editingSeqs)\r
 649       {\r
 650         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 651         return;\r
 652       }\r
 653 \r
 654         int res = findRes(evt);\r
 655 \r
 656         if (res < 0)\r
 657         {\r
 658             res = 0;\r
 659         }\r
 660 \r
 661         if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
 662         {\r
 663             return;\r
 664         }\r
 665 \r
 666         if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 667         {\r
 668           // dragLeft, delete gap\r
 669           editSequence(false, res);\r
 670         }\r
 671         else\r
 672           editSequence(true, res);\r
 673 \r
 674         mouseDragging = true;\r
 675         if(scrollThread!=null)\r
 676           scrollThread.setEvent(evt);\r
 677 \r
 678     }\r
 679 \r
 680     synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
 681     {\r
 682       int fixedLeft = -1;\r
 683       int fixedRight = -1;\r
 684       boolean fixedColumns = false;\r
 685       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 686 \r
 687       if(groupEditing && sg==null)\r
 688         return;\r
 689 \r
 690         if (!groupEditing && av.hasHiddenRows)\r
 691         {\r
 692           //This needs to check all the sequences in a group edit,m\r
 693           // not just the startseq\r
 694           if (av.alignment.getSequenceAt(startseq).getHiddenSequences() != null)\r
 695           {\r
 696             groupEditing = true;\r
 697           }\r
 698         }\r
 699 \r
 700         SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 701         StringBuffer message = new StringBuffer();\r
 702         if (groupEditing)\r
 703            message.append("Edit group:");\r
 704         else\r
 705             message.append("Edit sequence: "+seq.getName());\r
 706 \r
 707        if(insertGap)\r
 708          message.append(" insert ");\r
 709        else\r
 710          message.append(" delete ");\r
 711 \r
 712        message.append(Math.abs(startres-lastres)+" gaps.");\r
 713        ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
 714 \r
 715 \r
 716         //Are we editing within a selection group?\r
 717         if (groupEditing\r
 718             || (sg != null && sg.sequences.contains(seq)))\r
 719         {\r
 720           fixedColumns = true;\r
 721 \r
 722           fixedLeft = sg.getStartRes();\r
 723           fixedRight = sg.getEndRes();\r
 724 \r
 725           if (   (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
 726               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
 727               || (startres > fixedRight && lastres <=fixedRight)\r
 728               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
 729           {\r
 730             endEditing();\r
 731             return;\r
 732           }\r
 733 \r
 734           if (fixedLeft > startres)\r
 735           {\r
 736             fixedRight = fixedLeft - 1;\r
 737             fixedLeft = 0;\r
 738           }\r
 739           else if (fixedRight < startres)\r
 740           {\r
 741             fixedLeft = fixedRight;\r
 742             fixedRight = -1;\r
 743           }\r
 744         }\r
 745 \r
 746 \r
 747 \r
 748         if(av.hasHiddenColumns)\r
 749         {\r
 750           fixedColumns = true;\r
 751           int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);\r
 752           int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);\r
 753 \r
 754           if(    ( insertGap && startres>y1 && lastres<y1)\r
 755               || (!insertGap && startres<y2 && lastres>y2) )\r
 756           {\r
 757             endEditing();\r
 758             return;\r
 759           }\r
 760 \r
 761           if(fixedRight<y2 && fixedRight==-1 && y2!=startres)\r
 762             fixedRight = y2 -1;\r
 763           if(y1>fixedLeft && fixedLeft==-1)\r
 764             fixedLeft = y1;\r
 765         }\r
 766 \r
 767         if (groupEditing)\r
 768         {\r
 769 \r
 770           /*if (av.hasHiddenRows)\r
 771           {\r
 772             //sg might be null as the user may only see 1 sequence\r
 773             if (sg == null)\r
 774             {\r
 775               sg = new SequenceGroup();\r
 776               sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(startseq), false);\r
 777             }\r
 778 \r
 779             SequenceGroup tmp = new SequenceGroup();\r
 780 \r
 781             //Do any of the sequences have hidden associates?\r
 782             for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 783             {\r
 784               seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 785               tmp.addSequence(seq, false);\r
 786               if (seq.getHiddenSequences() != null)\r
 787               {\r
 788                 for (int h = 0; h < seq.getHiddenSequences().getSize(); h++)\r
 789                   tmp.addSequence(seq.getHiddenSequences().getSequenceAt(h),\r
 790                                   false);\r
 791               }\r
 792             }\r
 793 \r
 794             sg = tmp;\r
 795           }*/\r
 796           // int blankColumn = -1;\r
 797 \r
 798 \r
 799           // drag to right\r
 800           if (insertGap)\r
 801           {\r
 802               //If the user has selected the whole sequence, and is dragging to\r
 803               // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup\r
 804               if(sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() + 1 == av.alignment.getWidth())\r
 805               {\r
 806                 sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);\r
 807                 fixedRight = sg.getEndRes();\r
 808               }\r
 809 \r
 810             // Is it valid with fixed columns??\r
 811             // Find the next gap before the end\r
 812             // of the visible region boundary\r
 813             boolean blank = false;\r
 814             for (fixedRight = fixedRight;\r
 815                  fixedRight > lastres;\r
 816                  fixedRight--)\r
 817             {\r
 818               blank = true;\r
 819               for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 820               {\r
 821                 seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 822                 for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)\r
 823                 {\r
 824                   if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 825                       seq.getCharAt(fixedRight - j)))\r
 826                   {\r
 827                     blank = false;\r
 828                     break;\r
 829                   }\r
 830                 }\r
 831               }\r
 832               if (blank)\r
 833                 break;\r
 834             }\r
 835 \r
 836             if (!blank)\r
 837             {\r
 838               if(sg.getSize() == av.alignment.getHeight())\r
 839               {\r
 840                 //We can still insert gaps if the selectionGroup\r
 841                 //contains all the sequences\r
 842                 sg.setEndRes(sg.getEndRes()+startres-lastres);\r
 843                 fixedRight = av.alignment.getWidth()+startres-lastres;\r
 844               }\r
 845               else\r
 846               {\r
 847                 endEditing();\r
 848                 return;\r
 849               }\r
 850             }\r
 851           }\r
 852 \r
 853 \r
 854           // drag to left\r
 855           else if(!insertGap)\r
 856           {\r
 857             /// Are we able to delete?\r
 858             // ie are all columns blank?\r
 859 \r
 860             for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 861             {\r
 862               seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 863 \r
 864               for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
 865               {\r
 866                 if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 867                 {\r
 868                   continue;\r
 869                 }\r
 870 \r
 871                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 872                     seq.getSequence().charAt(j)))\r
 873                 {\r
 874                   // Not a gap, block edit not valid\r
 875                   endEditing();\r
 876                   return;\r
 877                 }\r
 878               }\r
 879             }\r
 880           }\r
 881 \r
 882 \r
 883           for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 884           {\r
 885             seq = sg.getSequenceAt(i);\r
 886 \r
 887             if (insertGap)\r
 888             {\r
 889               // dragging to the right\r
 890               for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 891               {\r
 892                 if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 893                 {\r
 894                   insertChar(j, seq, fixedRight);\r
 895                 }\r
 896                 else\r
 897                   insertChar(j, seq);\r
 898               }\r
 899             }\r
 900             else\r
 901             {\r
 902               // dragging to the left\r
 903               for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 904               {\r
 905                 if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 906                 {\r
 907                   deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
 908                 }\r
 909                 else\r
 910                 {\r
 911                   deleteChar(startres, seq);\r
 912                 }\r
 913               }\r
 914             }\r
 915           }\r
 916         }\r
 917         else /////Editing a single sequence///////////\r
 918         {\r
 919           if (insertGap)\r
 920           {\r
 921             // dragging to the right\r
 922             for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 923             {\r
 924               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 925               {\r
 926                 if (sg.getStartRes() == 0\r
 927                     && sg.getEndRes() + 1 == av.alignment.getWidth()\r
 928                     && !jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(fixedRight)))\r
 929                 {\r
 930                   //Single sequence edit, whole sequence selected,\r
 931                   //extend the selection group\r
 932                   sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() -1 + startres - lastres);\r
 933                   fixedColumns = false;\r
 934                   insertChar(j, seq);\r
 935                 }\r
 936                 else\r
 937                   insertChar(j, seq, fixedRight);\r
 938               }\r
 939               else\r
 940                 insertChar(j, seq);\r
 941             }\r
 942           }\r
 943           else\r
 944           {\r
 945             // dragging to the left\r
 946             for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 947             {\r
 948               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 949               {\r
 950                 deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
 951               }\r
 952               else\r
 953               {\r
 954                 deleteChar(startres, seq);\r
 955               }\r
 956             }\r
 957           }\r
 958         }\r
 959 \r
 960         lastres = startres;\r
 961         seqCanvas.repaint();\r
 962     }\r
 963 \r
 964 \r
 965     /**\r
 966      * DOCUMENT ME!\r
 967      *\r
 968      * @param j DOCUMENT ME!\r
 969      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 970      */\r
 971     void insertChar(int j, SequenceI seq)\r
 972     {\r
 973         seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 974         seqEditOccurred = true;\r
 975     }\r
 976 \r
 977     void insertChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
 978     {\r
 979       //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
 980       //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
 981       int blankColumn = fixedColumn;\r
 982       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
 983       {\r
 984         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
 985         {\r
 986           //Theres a space, so break and insert the gap\r
 987           break;\r
 988         }\r
 989       }\r
 990 \r
 991       if (blankColumn <= j)\r
 992       {\r
 993         endEditing();\r
 994         return;\r
 995       }\r
 996 \r
 997       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
 998       {\r
 999         //Just Checking\r
1000         System.out.println("Tried removing residue (INSERT)"+seq.getCharAt(fixedColumn));\r
1001         return;\r
1002       }\r
1003 \r
1004       seq.deleteCharAt(blankColumn);\r
1005       seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
1006       seqEditOccurred = true;\r
1007     }\r
1008 \r
1009     void deleteChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
1010     {\r
1011       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
1012       {\r
1013         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
1014             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
1015         return;\r
1016       }\r
1017 \r
1018       seq.deleteCharAt(j);\r
1019       seq.insertCharAt(fixedColumn, av.getGapCharacter());\r
1020       seqEditOccurred = true;\r
1021     }\r
1022 \r
1023     /**\r
1024      * DOCUMENT ME!\r
1025      *\r
1026      * @param j DOCUMENT ME!\r
1027      * @param seq DOCUMENT ME!\r
1028      */\r
1029     void deleteChar(int j, SequenceI seq)\r
1030     {\r
1031       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
1032       {\r
1033         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
1034             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
1035         return;\r
1036       }\r
1037 \r
1038         seq.deleteCharAt(j);\r
1039         seqEditOccurred = true;\r
1040         seqCanvas.repaint();\r
1041     }\r
1042     /**\r
1043      * DOCUMENT ME!\r
1044      *\r
1045      * @param e DOCUMENT ME!\r
1046      */\r
1047     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
1048     {\r
1049         if(oldSeq < 0)\r
1050           oldSeq = 0;\r
1051 \r
1052         if (scrollThread != null)\r
1053         {\r
1054             scrollThread.running = false;\r
1055             scrollThread = null;\r
1056         }\r
1057     }\r
1058 \r
1059     /**\r
1060      * DOCUMENT ME!\r
1061      *\r
1062      * @param e DOCUMENT ME!\r
1063      */\r
1064     public void mouseExited(MouseEvent e)\r
1065     {\r
1066         if (av.getWrapAlignment())\r
1067         {\r
1068             return;\r
1069         }\r
1070 \r
1071         if (mouseDragging)\r
1072         {\r
1073             scrollThread = new ScrollThread();\r
1074         }\r
1075     }\r
1076 \r
1077     public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
1078     {}\r
1079 \r
1080     public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
1081     {\r
1082       e.consume();\r
1083      /* if (mouseWheelPressed)\r
1084       {\r
1085         Font font = av.getFont();\r
1086         int fontSize = font.getSize();\r
1087         if (e.getWheelRotation() > 0 && fontSize < 51)\r
1088           fontSize++;\r
1089         else if (fontSize > 1)\r
1090           fontSize--;\r
1091 \r
1092 \r
1093 \r
1094         av.setFont(new Font(font.getName(), font.getStyle(), fontSize));\r
1095 \r
1096         ap.fontChanged();\r
1097       }\r
1098       else*/\r
1099       {\r
1100         if (e.getWheelRotation() > 0)\r
1101           ap.scrollUp(false);\r
1102         else\r
1103           ap.scrollUp(true);\r
1104       }\r
1105 \r
1106     }\r
1107 \r
1108 \r
1109 \r
1110     /**\r
1111      * DOCUMENT ME!\r
1112      *\r
1113      * @param i DOCUMENT ME!\r
1114      */\r
1115     void editOccurred()\r
1116     {\r
1117       if (!seqEditOccurred)\r
1118       {\r
1119         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
1120         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
1121       }\r
1122 \r
1123       endEditing();\r
1124 \r
1125       av.firePropertyChange("alignment", null,av.getAlignment().getSequences());\r
1126 \r
1127     }\r
1128 \r
1129     /**\r
1130      * DOCUMENT ME!\r
1131      *\r
1132      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1133      */\r
1134     public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1135     {\r
1136       int res = findRes(evt);\r
1137       int seq = findSeq(evt);\r
1138       oldSeq = seq;\r
1139 \r
1140       startWrapBlock=wrappedBlock;\r
1141 \r
1142       if(av.wrapAlignment && seq>av.alignment.getHeight())\r
1143       {\r
1144           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1145               "Cannot edit annotations in wrapped view.",\r
1146               "Wrapped view - no edit",\r
1147               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1148         return;\r
1149       }\r
1150 \r
1151       if(seq<0 || res<0)\r
1152             return;\r
1153 \r
1154         SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
1155 \r
1156         if ((sequence == null) || (res > sequence.getLength()))\r
1157         {\r
1158             return;\r
1159         }\r
1160 \r
1161         stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
1162 \r
1163         if (stretchGroup == null)\r
1164         {\r
1165             stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
1166 \r
1167             if ((stretchGroup != null) && (res > stretchGroup.getStartRes()) &&\r
1168                     (res < stretchGroup.getEndRes()))\r
1169             {\r
1170                 av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1171             }\r
1172             else\r
1173             {\r
1174                 stretchGroup = null;\r
1175             }\r
1176         }\r
1177         else if (!stretchGroup.sequences.contains(sequence) ||\r
1178                 (stretchGroup.getStartRes() > res) ||\r
1179                 (stretchGroup.getEndRes() < res))\r
1180         {\r
1181             stretchGroup = null;\r
1182 \r
1183             SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
1184 \r
1185             if (allGroups != null)\r
1186             {\r
1187                 for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
1188                 {\r
1189                     if ((allGroups[i].getStartRes() <= res) &&\r
1190                             (allGroups[i].getEndRes() >= res))\r
1191                     {\r
1192                         stretchGroup = allGroups[i];\r
1193                         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1194 \r
1195                         break;\r
1196                     }\r
1197                 }\r
1198             }\r
1199         }\r
1200 \r
1201         if (av.cursorMode)\r
1202         {\r
1203           seqCanvas.cursorX = findRes(evt);\r
1204           seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);\r
1205           seqCanvas.repaint();\r
1206           return;\r
1207         }\r
1208 \r
1209 \r
1210         if (stretchGroup == null)\r
1211         {\r
1212             // define a new group here\r
1213             SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1214             sg.setStartRes(res);\r
1215             sg.setEndRes(res);\r
1216             sg.addSequence(sequence, false);\r
1217             av.setSelectionGroup(sg);\r
1218             stretchGroup = sg;\r
1219 \r
1220             if (av.getConservationSelected())\r
1221             {\r
1222                 SliderPanel.setConservationSlider(ap,\r
1223                     av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
1224             }\r
1225 \r
1226             if (av.getAbovePIDThreshold())\r
1227             {\r
1228                 SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1229                     "Background");\r
1230             }\r
1231         }\r
1232         else if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
1233         {\r
1234             jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(ap, null);\r
1235             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1236 \r
1237             // edit the properties of existing group\r
1238         }\r
1239 \r
1240         if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))\r
1241         {\r
1242             // Edit end res position of selected group\r
1243             changeEndRes = true;\r
1244         }\r
1245         else if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getStartRes() == res))\r
1246         {\r
1247             // Edit end res position of selected group\r
1248             changeStartRes = true;\r
1249         }\r
1250 \r
1251         stretchGroup.getWidth();\r
1252 \r
1253         seqCanvas.repaint();\r
1254     }\r
1255 \r
1256     /**\r
1257      * DOCUMENT ME!\r
1258      *\r
1259      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1260      */\r
1261     public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1262     {\r
1263         if (stretchGroup == null)\r
1264         {\r
1265             return;\r
1266         }\r
1267 \r
1268 \r
1269         if(stretchGroup.cs!=null)\r
1270         {\r
1271           if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1272           {\r
1273             ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(stretchGroup.\r
1274                 sequences,\r
1275                 stretchGroup.getWidth());\r
1276           }\r
1277 \r
1278           if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1279           {\r
1280             SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1281                                               stretchGroup.getName());\r
1282             stretchGroup.recalcConservation();\r
1283           }\r
1284           else\r
1285           {\r
1286             SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1287                                            stretchGroup.getName());\r
1288           }\r
1289         }\r
1290         changeEndRes = false;\r
1291         changeStartRes = false;\r
1292         stretchGroup = null;\r
1293         PaintRefresher.Refresh(av.alignment);\r
1294     }\r
1295 \r
1296     /**\r
1297      * DOCUMENT ME!\r
1298      *\r
1299      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1300      */\r
1301     public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1302     {\r
1303       int res = findRes(evt);\r
1304       int y = findSeq(evt);\r
1305 \r
1306       if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
1307         return;\r
1308 \r
1309        if (stretchGroup == null)\r
1310        {\r
1311             return;\r
1312        }\r
1313 \r
1314 \r
1315         if(y > av.alignment.getHeight())\r
1316         {\r
1317           y = av.alignment.getHeight() -1;\r
1318         }\r
1319         if(res> av.alignment.getWidth())\r
1320         {\r
1321           res = av.alignment.getWidth()-1;\r
1322         }\r
1323 \r
1324         if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1325         {\r
1326             // Edit end res position of selected group\r
1327             changeEndRes = true;\r
1328         }\r
1329         else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1330         {\r
1331             // Edit start res position of selected group\r
1332             changeStartRes = true;\r
1333         }\r
1334 \r
1335         if (res < av.getStartRes())\r
1336         {\r
1337             res = av.getStartRes();\r
1338         }\r
1339 \r
1340         if (changeEndRes)\r
1341         {\r
1342             if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1343             {\r
1344                 stretchGroup.setEndRes(res);\r
1345             }\r
1346         }\r
1347         else if (changeStartRes)\r
1348         {\r
1349             if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1350             {\r
1351                 stretchGroup.setStartRes(res);\r
1352             }\r
1353         }\r
1354 \r
1355         int dragDirection = 0;\r
1356 \r
1357         if (y > oldSeq)\r
1358         {\r
1359             dragDirection = 1;\r
1360         }\r
1361         else if (y < oldSeq)\r
1362         {\r
1363             dragDirection = -1;\r
1364         }\r
1365 \r
1366 \r
1367         while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1368         {\r
1369             // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1370             // selection is quite slow.\r
1371             Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1372 \r
1373             oldSeq += dragDirection;\r
1374 \r
1375             if(oldSeq<0)\r
1376               break;\r
1377 \r
1378             Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1379 \r
1380             if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
1381             {\r
1382                 stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1383             }\r
1384             else\r
1385             {\r
1386                 if (seq != null)\r
1387                 {\r
1388                     stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1389                 }\r
1390 \r
1391                 stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1392             }\r
1393         }\r
1394 \r
1395         if(oldSeq < 0)\r
1396           oldSeq = -1;\r
1397 \r
1398         mouseDragging = true;\r
1399 \r
1400         if (scrollThread != null)\r
1401         {\r
1402             scrollThread.setEvent(evt);\r
1403         }\r
1404 \r
1405         seqCanvas.repaint();\r
1406     }\r
1407 \r
1408     void scrollCanvas(MouseEvent evt)\r
1409     {\r
1410       if(evt==null)\r
1411       {\r
1412         if(scrollThread!=null)\r
1413         {\r
1414           scrollThread.running = false;\r
1415           scrollThread = null;\r
1416         }\r
1417         mouseDragging = false;\r
1418       }\r
1419       else\r
1420       {\r
1421         if (scrollThread == null)\r
1422           scrollThread = new ScrollThread();\r
1423 \r
1424         mouseDragging = true;\r
1425         scrollThread.setEvent(evt);\r
1426       }\r
1427 \r
1428     }\r
1429 \r
1430 \r
1431     // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1432     class ScrollThread extends Thread\r
1433     {\r
1434         MouseEvent evt;\r
1435         boolean running = false;\r
1436 \r
1437         public ScrollThread()\r
1438         {\r
1439             start();\r
1440         }\r
1441 \r
1442         public void setEvent(MouseEvent e)\r
1443         {\r
1444             evt = e;\r
1445         }\r
1446 \r
1447         public void stopScrolling()\r
1448         {\r
1449             running = false;\r
1450         }\r
1451 \r
1452         public void run()\r
1453         {\r
1454             running = true;\r
1455 \r
1456             while (running)\r
1457             {\r
1458                 if (evt != null)\r
1459                 {\r
1460                     if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) &&\r
1461                             (av.getStartSeq() > 0))\r
1462                     {\r
1463                         running = ap.scrollUp(true);\r
1464                     }\r
1465 \r
1466                     if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight()) &&\r
1467                             (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
1468                     {\r
1469                         running = ap.scrollUp(false);\r
1470                     }\r
1471 \r
1472                     if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))\r
1473                     {\r
1474                         running = ap.scrollRight(false);\r
1475                     }\r
1476                     else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))\r
1477                     {\r
1478                         running = ap.scrollRight(true);\r
1479                     }\r
1480                 }\r
1481 \r
1482                 try\r
1483                 {\r
1484                     Thread.sleep(20);\r
1485                 }\r
1486                 catch (Exception ex)\r
1487                 {\r
1488                 }\r
1489             }\r
1490         }\r
1491     }\r
1492 }\r