src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import java.awt.event.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import javax.swing.*;\r
   7 import java.util.*;\r
   8 import jalview.schemes.*;\r
   9 import jalview.analysis.*;\r
  10 \r
  11 \r
  12 public class SeqPanel extends JPanel\r
  13 {\r
  14 \r
  15   public    SeqCanvas         seqCanvas;\r
  16   public    AlignmentPanel    ap;\r
  17 \r
  18   protected int startres;\r
  19   protected int lastres;\r
  20   protected int endres;\r
  21 \r
  22   protected int startseq;\r
  23   protected int padseq;\r
  24 \r
  25   protected AlignViewport av;\r
  26 \r
  27   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  28   int seqEditOccurred = -1;\r
  29 \r
  30   ScrollThread scrollThread = null;\r
  31   boolean mouseDragging = false;\r
  32 \r
  33 \r
  34   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p) {\r
  35     this.av         = avp;\r
  36 \r
  37     seqCanvas  = new SeqCanvas(avp);\r
  38     setLayout(new BorderLayout());\r
  39     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  40 \r
  41     ap = p;\r
  42 \r
  43     addMouseMotionListener( new MouseMotionAdapter()\r
  44     {\r
  45       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  46       {\r
  47        if(av.getWrapAlignment())\r
  48          return;\r
  49         doMouseMoved(evt);    }\r
  50 \r
  51       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  52       {\r
  53         if(av.getWrapAlignment())\r
  54          return;\r
  55         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  56           doMouseDragged(evt);\r
  57         else\r
  58           doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
  59       }\r
  60     });\r
  61 \r
  62     addMouseListener( new MouseAdapter()\r
  63     {\r
  64       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  65       {\r
  66         if(av.getWrapAlignment())\r
  67          return;\r
  68         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  69           doMouseReleased(evt);\r
  70         else\r
  71           doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
  72       }\r
  73       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  74       {\r
  75         if(av.getWrapAlignment())\r
  76          return;\r
  77         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  78           doMousePressed(evt);\r
  79         else\r
  80           doMousePressedDefineMode(evt);\r
  81       }\r
  82       public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
  83       {\r
  84         if (av.getWrapAlignment() || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
  85                   evt.isControlDown())\r
  86                 return;\r
  87               doMouseExitedDefineMode(evt);\r
  88 \r
  89       }\r
  90       public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
  91       {\r
  92         if (av.getWrapAlignment() || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
  93             evt.isControlDown())\r
  94           return;\r
  95         doMouseEnteredDefineMode(evt);\r
  96       }\r
  97 \r
  98     });\r
  99     repaint();\r
 100   }\r
 101 \r
 102 \r
 103   public void doMouseReleased(MouseEvent evt) {\r
 104 \r
 105     int x = evt.getX();\r
 106     int res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 107 \r
 108     endres = res;\r
 109 \r
 110     startseq = -1;\r
 111     startres = -1;\r
 112     lastres  = -1;\r
 113     if(seqEditOccurred>-1)\r
 114       updateConservation(seqEditOccurred);\r
 115 \r
 116     seqEditOccurred = -1;\r
 117 \r
 118     ap.RefreshPanels();\r
 119     repaint();\r
 120 \r
 121   }\r
 122 \r
 123   public void doMousePressed(MouseEvent evt) {\r
 124     ap.alignFrame.addHistoryItem("sequence edit");\r
 125     int seq;\r
 126     int res;\r
 127 \r
 128     int x = evt.getX();\r
 129     int y = evt.getY();\r
 130 \r
 131     res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 132     seq = y/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 133 \r
 134     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 135         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 136     {\r
 137       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 138       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 139       // in the alignment\r
 140 \r
 141       startseq = seq;\r
 142 \r
 143       if (startseq == (av.getAlignment().getHeight() - 1))\r
 144         padseq = 1;\r
 145       else\r
 146         padseq = 1;\r
 147 \r
 148       startres = res;\r
 149       lastres = res;\r
 150 \r
 151     }\r
 152     else\r
 153     {\r
 154       startseq = -1;\r
 155       startres = -1;\r
 156       lastres = -1;\r
 157     }\r
 158 \r
 159     return;\r
 160   }\r
 161 \r
 162   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 163   {\r
 164     int res=0, seq=0;\r
 165     int x = evt.getX();\r
 166     int y = evt.getY();\r
 167     if(av.wrapAlignment)\r
 168     {\r
 169       y -= 2*av.charHeight;\r
 170       int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight()+2)*av.charHeight;\r
 171 \r
 172 \r
 173       res =   (int)((y/chunkHeight)*(getWidth()/av.charWidth)) +  x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 174 \r
 175       y %= chunkHeight;\r
 176       seq =     y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 177 \r
 178       //   chunkHeight =  (da.getHeight() + 2)*charHeight;\r
 179       //  startx += chunkWidth;\r
 180     }\r
 181     else\r
 182     {\r
 183       res = x / av.getCharWidth()  + av.getStartRes();\r
 184       seq = y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 185     }\r
 186 \r
 187 \r
 188     if(seq>=av.getAlignment().getHeight())\r
 189       return;\r
 190 \r
 191     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 192     if(res>sequence.getLength())\r
 193       return;\r
 194 \r
 195     Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get( sequence.getCharAt(res)+"" ) ;\r
 196     String aa = "";\r
 197     if(obj!=null)\r
 198          aa = obj.toString();\r
 199 \r
 200     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " +(seq+1)+" ID: "+sequence.getName());\r
 201     if(aa!="")\r
 202       text.append("  Residue: "+aa+" ("+  av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res)+")");\r
 203 \r
 204     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 205 \r
 206     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 207     if(  av.showSequenceFeatures)\r
 208     {\r
 209       Vector features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 210       Enumeration e = features.elements();\r
 211       StringBuffer sbuffer = new StringBuffer();\r
 212 \r
 213 \r
 214       while (e.hasMoreElements())\r
 215       {\r
 216         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
 217         if (sf.getStart() <= sequence.findPosition(res) &&\r
 218             sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res))\r
 219         {\r
 220           if(sbuffer.length()>0)\r
 221             sbuffer.append("; ");\r
 222           sbuffer.append(sf.getType() + " " + sf.getDescription());\r
 223           if(sf.getStatus().length()>0)\r
 224             sbuffer.append(" ("+sf.getStatus()+")");\r
 225         }\r
 226 \r
 227       }\r
 228 \r
 229       ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 230       this.setToolTipText(sbuffer.toString());\r
 231     }\r
 232 \r
 233 \r
 234   }\r
 235 \r
 236   public void doMouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 237     // If we're dragging we're editing\r
 238 \r
 239     if(lastres==-1)\r
 240       return;\r
 241 \r
 242     int x = evt.getX();\r
 243 \r
 244     int res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 245     if (res < 0)\r
 246       res = 0;\r
 247 \r
 248     if (res != lastres)\r
 249     {\r
 250         // Group editing\r
 251         if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 252         {\r
 253           SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 254           if(sg==null)\r
 255             av.getAlignment().findGroup(startseq);\r
 256           if (sg != null)\r
 257           {\r
 258             boolean deleteAllowed = false;\r
 259             if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 260             {\r
 261               /// Are we able to delete?\r
 262               boolean allGaps = true;\r
 263               for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 264               {\r
 265                 SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 266                 for (int j = lastres-1; j >= res && allGaps; j--)\r
 267                 {\r
 268                     if (!jalview.util.Comparison.isGap(s.getSequence().charAt(j)))\r
 269                     {\r
 270                       res = j + 1;\r
 271                       allGaps = false;\r
 272                     }\r
 273                 }\r
 274 \r
 275                 if(!deleteAllowed && allGaps)\r
 276                   deleteAllowed = true;\r
 277               }\r
 278             }\r
 279 \r
 280             // drag to right\r
 281             if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 282                 sg.setEndRes(sg.getEndRes() + 1);\r
 283 \r
 284             // drag to left\r
 285             else if (deleteAllowed && res < av.getAlignment().getWidth() &&\r
 286                      res < lastres)\r
 287                 sg.setEndRes(sg.getEndRes() - 1);\r
 288 \r
 289 \r
 290 \r
 291 \r
 292             for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 293             {\r
 294               SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 295               int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 296 \r
 297               // drag to right\r
 298               if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 299                 for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 300                   insertChar(j, k);\r
 301 \r
 302               // drag to left\r
 303               else if (deleteAllowed && res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 304               {\r
 305                 for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 306                 {\r
 307                   deleteChar(j, k);\r
 308                   startres = res;\r
 309                 }\r
 310               }\r
 311             }\r
 312           }\r
 313         }\r
 314         else /////Editing a single sequence///////////\r
 315         {\r
 316           if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 317           {\r
 318             // dragging to the right\r
 319             for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 320               insertChar(j, startseq);\r
 321           }\r
 322           else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 323           {\r
 324             // dragging to the left\r
 325             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 326             {\r
 327               deleteChar(j, startseq);\r
 328               startres = res;\r
 329             }\r
 330           }\r
 331 \r
 332         }\r
 333 \r
 334     }\r
 335 \r
 336     lastres = res;\r
 337     repaint();\r
 338   }\r
 339 \r
 340   public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start) {\r
 341     seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start,av.getEndRes(),seqstart,seqend,av.getStartRes(),av.getStartSeq(),0);\r
 342     repaint();\r
 343   }\r
 344 \r
 345   public void insertChar(int j, int seq)\r
 346   {\r
 347     av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 348     seqEditOccurred=seq;\r
 349   }\r
 350 \r
 351   public void deleteChar(int j, int seq)\r
 352   {\r
 353 \r
 354     if ( jalview.util.Comparison.isGap( av.alignment.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(j)))\r
 355         av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 356 \r
 357     av.alignment.getWidth();\r
 358     repaint();\r
 359     seqEditOccurred=seq;\r
 360   }\r
 361 \r
 362 \r
 363   void updateConservation(int i)\r
 364   {\r
 365     av.updateConservation();\r
 366     av.updateConsensus();\r
 367   }\r
 368 \r
 369 //////////////////////////////////////////\r
 370 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
 371 //////////////////////////////////////////\r
 372   int oldSeq = -1;\r
 373   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 374   {\r
 375     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 376     int seq = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 377     oldSeq = seq;\r
 378 \r
 379     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 380 \r
 381     if(sequence==null || res>sequence.getLength())\r
 382       return;\r
 383 \r
 384     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
 385 \r
 386     if(stretchGroup == null)\r
 387      {\r
 388        stretchGroup = av.alignment.findGroup( sequence );\r
 389        if(stretchGroup!=null && res>stretchGroup.getStartRes() && res<stretchGroup.getEndRes())\r
 390          av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 391        else\r
 392          stretchGroup = null;\r
 393      }\r
 394 \r
 395     else if(!stretchGroup.sequences.contains(sequence)\r
 396             || stretchGroup.getStartRes()>res\r
 397             || stretchGroup.getEndRes()<res)\r
 398      {\r
 399        stretchGroup = null;\r
 400 \r
 401        SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups( sequence );\r
 402 \r
 403        if (allGroups != null)\r
 404          for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 405            if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
 406                allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 407            {\r
 408              stretchGroup = allGroups[i];\r
 409              av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 410              break;\r
 411            }\r
 412      }\r
 413 \r
 414     if(stretchGroup==null)\r
 415     {\r
 416       // define a new group here\r
 417       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 418       sg.setStartRes(res);\r
 419       sg.setEndRes(res);\r
 420       sg.addSequence( sequence );\r
 421       av.setSelectionGroup( sg );\r
 422       stretchGroup = sg;\r
 423 \r
 424       if(av.getConservationSelected())\r
 425         Desktop.setConservationSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 426       else if(av.getGlobalColourScheme()!=null && av.getGlobalColourScheme().canThreshold())\r
 427       {\r
 428         ResidueColourScheme rcs = (ResidueColourScheme) av.getGlobalColourScheme();\r
 429         int threshold = rcs.getThreshold();\r
 430         if (threshold > 0)\r
 431           Desktop.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 432       }\r
 433 \r
 434     }\r
 435     else if( javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 436     {\r
 437         jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu( ap , null);\r
 438         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 439 \r
 440     // edit the properties of existing group\r
 441     }\r
 442 \r
 443     if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 444       // Edit end res position of selected group\r
 445       changeEndRes = true;\r
 446 \r
 447    else if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 448       // Edit end res position of selected group\r
 449       changeStartRes = true;\r
 450 \r
 451 \r
 452     repaint();\r
 453 \r
 454   }\r
 455 \r
 456   boolean changeEndSeq = false;\r
 457   boolean changeStartSeq = false;\r
 458   boolean changeEndRes = false;\r
 459   boolean changeStartRes = false;\r
 460   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
 461 \r
 462   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 463   {\r
 464     mouseDragging = false;\r
 465 \r
 466     if(stretchGroup==null)\r
 467       return;\r
 468 \r
 469     if(stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 470     {\r
 471       stretchGroup.cs = new ClustalxColourScheme(stretchGroup.sequences, av.alignment.getWidth());\r
 472       repaint();\r
 473     }\r
 474 \r
 475     else if(stretchGroup.cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 476     {\r
 477       ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme)stretchGroup.cs;\r
 478 \r
 479 \r
 480        stretchGroup.cs = ccs;\r
 481 \r
 482 \r
 483        Desktop.setConservationSliderSource(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup.getName()) ;\r
 484 \r
 485        repaint();\r
 486     }\r
 487     else\r
 488     {\r
 489       if(stretchGroup.cs !=null && stretchGroup.cs.canThreshold())\r
 490       {\r
 491         ResidueColourScheme rcs =  (ResidueColourScheme) stretchGroup.cs;\r
 492         int threshold = rcs.getThreshold();\r
 493         if(threshold>0)\r
 494           Desktop.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup.getName());\r
 495       }\r
 496 \r
 497     }\r
 498 \r
 499 \r
 500     changeEndRes = false;\r
 501     changeStartRes = false;\r
 502     stretchGroup = null;\r
 503     ap.idPanel.repaint();\r
 504   }\r
 505 \r
 506 \r
 507   boolean remove = false;\r
 508   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 509   {\r
 510     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 511     int y = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 512 \r
 513     if(stretchGroup==null)\r
 514       return;\r
 515 \r
 516     if(stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 517       // Edit end res position of selected group\r
 518       changeEndRes = true;\r
 519 \r
 520     else if(stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 521       // Edit start res position of selected group\r
 522       changeStartRes = true;\r
 523 \r
 524 \r
 525     if(res<av.getStartRes())\r
 526       res = av.getStartRes();\r
 527     else if(res>av.getEndRes())\r
 528       res = av.getEndRes();\r
 529 \r
 530     if(changeEndRes)\r
 531     {\r
 532       if(res>stretchGroup.getStartRes()-1)\r
 533         stretchGroup.setEndRes( res );\r
 534     }\r
 535     else if(changeStartRes)\r
 536     {\r
 537       if(res<stretchGroup.getEndRes()+1)\r
 538         stretchGroup.setStartRes( res );\r
 539     }\r
 540 \r
 541     int dragDirection = 0;\r
 542     if (y > oldSeq)\r
 543       dragDirection = 1;\r
 544     else if (y < oldSeq)\r
 545       dragDirection = -1;\r
 546 \r
 547     while (y != oldSeq && oldSeq>0 && y<av.alignment.getHeight())\r
 548     {\r
 549       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 550       // selection is quite slow.\r
 551       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 552 \r
 553       oldSeq += dragDirection;\r
 554       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 555 \r
 556       if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 557       {\r
 558         stretchGroup.deleteSequence(seq);\r
 559         stretchGroup.deleteSequence(nextSeq);\r
 560       }\r
 561       else\r
 562       {\r
 563         stretchGroup.addSequence(seq);\r
 564         stretchGroup.addSequence(nextSeq);\r
 565       }\r
 566     }\r
 567     oldSeq = y;\r
 568     mouseDragging = true;\r
 569     if(scrollThread!=null)\r
 570       scrollThread.setEvent(evt);\r
 571 \r
 572     repaint();\r
 573   }\r
 574 \r
 575   public void doMouseEnteredDefineMode(MouseEvent e)\r
 576   {\r
 577     if (scrollThread != null)\r
 578       scrollThread.running = false;\r
 579   }\r
 580 \r
 581   public void doMouseExitedDefineMode(MouseEvent e)\r
 582   {\r
 583     if (av.getWrapAlignment())\r
 584       return;\r
 585 \r
 586     if(mouseDragging)\r
 587       scrollThread = new ScrollThread();\r
 588 \r
 589   }\r
 590   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 591   class ScrollThread extends Thread\r
 592   {\r
 593     MouseEvent evt;\r
 594     boolean running = false;\r
 595     public ScrollThread()\r
 596     {\r
 597       start();\r
 598     }\r
 599 \r
 600     public void setEvent(MouseEvent e)\r
 601     {\r
 602       evt = e;\r
 603     }\r
 604 \r
 605     public void stopScrolling()\r
 606     {\r
 607       running = false;\r
 608     }\r
 609 \r
 610     public void run()\r
 611     {\r
 612       running = true;\r
 613       while (running)\r
 614       {\r
 615         if(evt!=null)\r
 616         {\r
 617 \r
 618           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
 619             running = ap.scrollUp(true);\r
 620 \r
 621           if (mouseDragging && evt.getY() >= getHeight() &&\r
 622               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
 623             running = ap.scrollUp(false);\r
 624 \r
 625           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
 626             running = ap.scrollRight(true);\r
 627 \r
 628           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getWidth())\r
 629             running = ap.scrollRight(false);\r
 630         }\r
 631 \r
 632         try\r
 633         {\r
 634           Thread.sleep(75);\r
 635         }\r
 636         catch (Exception ex)\r
 637         {}\r
 638       }\r
 639     }\r
 640 }\r
 641 \r
 642 \r
 643 \r
 644 }\r
 645 \r
 646 \r
 647 \r
 648 \r