src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 import java.awt.*;\r
  28 import java.awt.event.*;\r
  29 \r
  30 import java.util.*;\r
  31 \r
  32 import javax.swing.*;\r
  33 \r
  34 \r
  35 /**\r
  36  * DOCUMENT ME!\r
  37  *\r
  38  * @author $author$\r
  39  * @version $Revision$\r
  40  */\r
  41 public class SeqPanel extends JPanel\r
  42 {\r
  43     /** DOCUMENT ME!! */\r
  44     public SeqCanvas seqCanvas;\r
  45 \r
  46     /** DOCUMENT ME!! */\r
  47     public AlignmentPanel ap;\r
  48     protected int lastres;\r
  49     protected int startseq;\r
  50     int startEdit = -1;\r
  51     int endEdit = -1;\r
  52     protected AlignViewport av;\r
  53 \r
  54     // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  55     int seqEditOccurred = -1;\r
  56     ScrollThread scrollThread = null;\r
  57     boolean mouseDragging = false;\r
  58     boolean editingSeqs = false;\r
  59     boolean groupEditing = false;\r
  60 \r
  61     //////////////////////////////////////////\r
  62     /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
  63     //////////////////////////////////////////\r
  64     int oldSeq = -1;\r
  65     boolean changeEndSeq = false;\r
  66     boolean changeStartSeq = false;\r
  67     boolean changeEndRes = false;\r
  68     boolean changeStartRes = false;\r
  69     SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  70     boolean remove = false;\r
  71 \r
  72     boolean mouseWheelPressed = false;\r
  73 \r
  74     /**\r
  75      * Creates a new SeqPanel object.\r
  76      *\r
  77      * @param avp DOCUMENT ME!\r
  78      * @param p DOCUMENT ME!\r
  79      */\r
  80     public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  81     {\r
  82         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  83         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
  84         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
  85         this.av = avp;\r
  86         setBackground(Color.white);\r
  87 \r
  88         seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  89         setLayout(new BorderLayout());\r
  90         add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  91 \r
  92         ap = p;\r
  93 \r
  94         addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
  95             {\r
  96                 public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  97                 {\r
  98                     doMouseMoved(evt);\r
  99                 }\r
 100 \r
 101                 public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 102                 {\r
 103                     if (editingSeqs)\r
 104                     {\r
 105                         doMouseDragged(evt);\r
 106                     }\r
 107                     else\r
 108                     {\r
 109                         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 110                     }\r
 111                 }\r
 112             });\r
 113 \r
 114        addMouseWheelListener(new MouseWheelListener()\r
 115        {\r
 116          public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
 117          {\r
 118 \r
 119            if (mouseWheelPressed)\r
 120            {\r
 121              Font font = av.getFont();\r
 122              int fontSize = font.getSize();\r
 123              if (e.getWheelRotation() > 0 && fontSize < 30)\r
 124                fontSize++;\r
 125              else if (fontSize > 1)\r
 126                fontSize--;\r
 127 \r
 128              av.setFont(new Font(font.getName(), font.getStyle(), fontSize));\r
 129              ap.fontChanged();\r
 130            }\r
 131            else\r
 132            {\r
 133              if (e.getWheelRotation() > 0)\r
 134                ap.scrollUp(false);\r
 135              else\r
 136                ap.scrollUp(true);\r
 137            }\r
 138 \r
 139          }\r
 140        });\r
 141 \r
 142 \r
 143         addMouseListener(new MouseAdapter()\r
 144             {\r
 145                 public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 146                 {\r
 147                     mouseWheelPressed = false;\r
 148 \r
 149                     if (editingSeqs)\r
 150                     {\r
 151                         doMouseReleased(evt);\r
 152                     }\r
 153                     else\r
 154                     {\r
 155                         doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 156                     }\r
 157                 }\r
 158 \r
 159                 public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 160                 {\r
 161                   if( javax.swing.SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))\r
 162                   {\r
 163                     mouseWheelPressed = true;\r
 164                     return;\r
 165                   }\r
 166 \r
 167                     if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
 168                             evt.isControlDown())\r
 169                     {\r
 170                         if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 171                         {\r
 172                             groupEditing = true;\r
 173                         }\r
 174 \r
 175                         editingSeqs = true;\r
 176                         doMousePressed(evt);\r
 177                     }\r
 178                     else\r
 179                     {\r
 180                         doMousePressedDefineMode(evt);\r
 181                     }\r
 182                 }\r
 183 \r
 184                 public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 185                 {\r
 186                   if (editingSeqs)\r
 187                   {\r
 188                     return;\r
 189                   }\r
 190 \r
 191                   doMouseExitedDefineMode(evt);\r
 192                 }\r
 193 \r
 194                 public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 195                 {\r
 196                   if (editingSeqs)\r
 197                   {\r
 198                     return;\r
 199                   }\r
 200 \r
 201                     doMouseEnteredDefineMode(evt);\r
 202                 }\r
 203             });\r
 204     }\r
 205 \r
 206     int startWrapBlock=-1;\r
 207     int wrappedBlock=-1;\r
 208     int findRes(MouseEvent evt)\r
 209    {\r
 210      int res = 0;\r
 211      int x = evt.getX();\r
 212 \r
 213     if (av.wrapAlignment)\r
 214     {\r
 215         int y = evt.getY();\r
 216         y -= (2 * av.charHeight);\r
 217         x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 218 \r
 219         int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight() + 2) * av.charHeight;\r
 220         int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());\r
 221         wrappedBlock = y/chunkHeight;\r
 222         wrappedBlock += av.getStartRes()/cwidth;\r
 223 \r
 224         res = wrappedBlock*cwidth   +   x / av.getCharWidth();\r
 225     }\r
 226     else\r
 227     {\r
 228         res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 229     }\r
 230 \r
 231     return res;\r
 232 \r
 233    }\r
 234 \r
 235    int findSeq(MouseEvent evt)\r
 236    {\r
 237      int seq = 0;\r
 238      int y = evt.getY();\r
 239 \r
 240      if (av.wrapAlignment)\r
 241      {\r
 242        y -= (2 * av.charHeight);\r
 243        int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight() + 2) * av.charHeight;\r
 244        seq = ( (y % chunkHeight) / av.getCharHeight());\r
 245      }\r
 246      else\r
 247      {\r
 248        seq = (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 249      }\r
 250 \r
 251      return seq;\r
 252    }\r
 253 \r
 254 \r
 255     /**\r
 256      * DOCUMENT ME!\r
 257      *\r
 258      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 259      */\r
 260     public void doMouseReleased(MouseEvent evt)\r
 261     {\r
 262         if (seqEditOccurred > -1)\r
 263         {\r
 264             editOccurred(seqEditOccurred);\r
 265         }\r
 266 \r
 267         startseq = -1;\r
 268         lastres = -1;\r
 269         seqEditOccurred = -1;\r
 270         editingSeqs = false;\r
 271         groupEditing = false;\r
 272 \r
 273         ap.repaint();\r
 274     }\r
 275 \r
 276     /**\r
 277      * DOCUMENT ME!\r
 278      *\r
 279      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 280      */\r
 281     public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 282     {\r
 283       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 284                                                    av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 285 \r
 286       int seq = findSeq(evt);\r
 287       int res = findRes(evt);\r
 288 \r
 289       if(seq<0 || res<0)\r
 290         return;\r
 291 \r
 292         if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 293                 (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 294         {\r
 295             startseq = seq;\r
 296             lastres = res;\r
 297         }\r
 298         else\r
 299         {\r
 300             startseq = -1;\r
 301             lastres = -1;\r
 302         }\r
 303 \r
 304         startEdit = lastres;\r
 305         endEdit = lastres;\r
 306 \r
 307         return;\r
 308     }\r
 309 \r
 310     /**\r
 311      * DOCUMENT ME!\r
 312      *\r
 313      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 314      */\r
 315     public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 316     {\r
 317       int res = findRes(evt);\r
 318       int seq = findSeq(evt);\r
 319 \r
 320       if(res<0 || seq<0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())\r
 321             return;\r
 322 \r
 323       SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 324 \r
 325       if (res > sequence.getLength())\r
 326       {\r
 327           return;\r
 328         }\r
 329 \r
 330         Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 331                 "");\r
 332         String aa = "";\r
 333 \r
 334         if (obj != null)\r
 335         {\r
 336             aa = obj.toString();\r
 337         }\r
 338 \r
 339         StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 340                 sequence.getName());\r
 341 \r
 342         if (aa != "")\r
 343         {\r
 344             text.append("  Residue: " + aa + " (" +\r
 345                 av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res) + ")");\r
 346         }\r
 347 \r
 348         ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 349 \r
 350         // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 351         if (av.showSequenceFeatures)\r
 352         {\r
 353             Vector features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 354             Enumeration e = features.elements();\r
 355             StringBuffer sbuffer = new StringBuffer();\r
 356 \r
 357             while (e.hasMoreElements())\r
 358             {\r
 359                 SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
 360 \r
 361                 if ((sf.getStart() <= sequence.findPosition(res)) &&\r
 362                         (sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res)))\r
 363                 {\r
 364                     if (sbuffer.length() > 0)\r
 365                     {\r
 366                         sbuffer.append("; ");\r
 367                     }\r
 368 \r
 369                     sbuffer.append(sf.getType() + " " + sf.getDescription());\r
 370 \r
 371                     if (sf.getStatus().length() > 0)\r
 372                     {\r
 373                         sbuffer.append(" (" + sf.getStatus() + ")");\r
 374                     }\r
 375                 }\r
 376             }\r
 377 \r
 378             this.setToolTipText(sbuffer.toString());\r
 379         }\r
 380     }\r
 381 \r
 382     /**\r
 383      * DOCUMENT ME!\r
 384      *\r
 385      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 386      */\r
 387     public void doMouseDragged(MouseEvent evt)\r
 388     {\r
 389         // If we're dragging we're editing\r
 390         int res = findRes(evt);\r
 391 \r
 392         if (res < 0)\r
 393         {\r
 394             res = 0;\r
 395         }\r
 396 \r
 397         if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
 398         {\r
 399             return;\r
 400         }\r
 401 \r
 402         boolean dragRight = true;\r
 403 \r
 404         if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 405         {\r
 406             dragRight = false;\r
 407         }\r
 408 \r
 409         if (res != lastres)\r
 410         {\r
 411             // Group editing\r
 412             if (groupEditing)\r
 413             {\r
 414                 SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 415 \r
 416                 if (sg == null)\r
 417                 {\r
 418                     lastres = -1;\r
 419 \r
 420                     return;\r
 421                 }\r
 422 \r
 423                 // drag to right\r
 424                 if (dragRight)\r
 425                 {\r
 426                     sg.setEndRes(sg.getEndRes() + (res - lastres));\r
 427                 }\r
 428 \r
 429                 // drag to left\r
 430                 else\r
 431                 {\r
 432                     /// Are we able to delete?\r
 433                     // ie are all columns blank?\r
 434                     boolean deleteAllowed = false;\r
 435 \r
 436                     for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 437                     {\r
 438                         SequenceI seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 439 \r
 440                         for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 441                         {\r
 442                             if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 443                             {\r
 444                                 continue;\r
 445                             }\r
 446 \r
 447                             if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 448                                         seq.getSequence().charAt(j)))\r
 449                             {\r
 450                                 // Not a gap, block edit not valid\r
 451                                 res = j + 1;\r
 452                                 deleteAllowed = false;\r
 453 \r
 454                                 continue;\r
 455                             }\r
 456 \r
 457                             deleteAllowed = true;\r
 458                         }\r
 459                     }\r
 460 \r
 461                     if (!deleteAllowed)\r
 462                     {\r
 463                         lastres = -1;\r
 464 \r
 465                         return;\r
 466                     }\r
 467 \r
 468                     sg.setEndRes(sg.getEndRes() - (lastres - res));\r
 469                 }\r
 470 \r
 471                 for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 472                 {\r
 473                     SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 474                     int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 475 \r
 476                     // drag to right\r
 477                     if (dragRight)\r
 478                     {\r
 479                         for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 480                         {\r
 481                             insertChar(j, k);\r
 482                         }\r
 483                     }\r
 484 \r
 485                     // drag to left\r
 486                     else\r
 487                     {\r
 488                         for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 489                         {\r
 490                             if (s.getLength() > j)\r
 491                             {\r
 492                                 deleteChar(res, k);\r
 493                             }\r
 494                         }\r
 495                     }\r
 496                 }\r
 497             }\r
 498             else /////Editing a single sequence///////////\r
 499             {\r
 500                 if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res > lastres))\r
 501                 {\r
 502                     // dragging to the right\r
 503                     for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 504                     {\r
 505                         insertChar(j, startseq);\r
 506                     }\r
 507                 }\r
 508                 else if ((res < av.getAlignment().getWidth()) &&\r
 509                         (res < lastres))\r
 510                 {\r
 511                     // dragging to the left\r
 512                     for (int j = lastres; j > res; j--)\r
 513                     {\r
 514                         if (jalview.util.Comparison.isGap(\r
 515                                     av.alignment.getSequenceAt(startseq)\r
 516                                                     .getSequence().charAt(res)))\r
 517                         {\r
 518                             deleteChar(res, startseq);\r
 519                         }\r
 520                         else\r
 521                         {\r
 522                             break;\r
 523                         }\r
 524                     }\r
 525                 }\r
 526             }\r
 527         }\r
 528 \r
 529         endEdit = res;\r
 530         lastres = res;\r
 531         seqCanvas.repaint();\r
 532     }\r
 533 \r
 534     /**\r
 535      * DOCUMENT ME!\r
 536      *\r
 537      * @param seqstart DOCUMENT ME!\r
 538      * @param seqend DOCUMENT ME!\r
 539      * @param start DOCUMENT ME!\r
 540      */\r
 541     public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start)\r
 542     {\r
 543         seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start, av.getEndRes(), seqstart,\r
 544             seqend, av.getStartRes(), av.getStartSeq(), 0);\r
 545         seqCanvas.repaint();\r
 546     }\r
 547 \r
 548     /**\r
 549      * DOCUMENT ME!\r
 550      *\r
 551      * @param j DOCUMENT ME!\r
 552      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 553      */\r
 554     public void insertChar(int j, int seq)\r
 555     {\r
 556         av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 557         seqEditOccurred = seq;\r
 558     }\r
 559 \r
 560     /**\r
 561      * DOCUMENT ME!\r
 562      *\r
 563      * @param j DOCUMENT ME!\r
 564      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 565      */\r
 566     public void deleteChar(int j, int seq)\r
 567     {\r
 568         av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 569         seqEditOccurred = seq;\r
 570 \r
 571         av.alignment.getWidth();\r
 572         seqCanvas.repaint();\r
 573     }\r
 574 \r
 575     /**\r
 576      * DOCUMENT ME!\r
 577      *\r
 578      * @param i DOCUMENT ME!\r
 579      */\r
 580     void editOccurred(int i)\r
 581     {\r
 582       if (endEdit == startEdit)\r
 583       {\r
 584         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
 585         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 586       }\r
 587 \r
 588       av.updateConservation();\r
 589       av.updateConsensus();\r
 590 \r
 591       //Does the edit affect any groups?\r
 592       //////////////////////////////\r
 593       Vector groupsToUpdate = new Vector();\r
 594       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 595 \r
 596       int s, g, gSize = av.alignment.getGroups().size();\r
 597       if (sg != null)\r
 598       {\r
 599         groupsToUpdate.addElement(av.getSelectionGroup());\r
 600         int sSize = sg.getSize();\r
 601         for (s = 0; s < sSize; s++)\r
 602         {\r
 603           SequenceI seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 604 \r
 605           for (g = 0; g < gSize; g++)\r
 606           {\r
 607             SequenceGroup sg2 = (SequenceGroup) av.alignment.getGroups().\r
 608                 elementAt(\r
 609                     g);\r
 610             if (sg2.sequences.contains(seq))\r
 611             {\r
 612               if (!groupsToUpdate.contains(sg2))\r
 613                 groupsToUpdate.addElement(sg2);\r
 614               continue;\r
 615             }\r
 616           }\r
 617         }\r
 618       }\r
 619       else\r
 620       {\r
 621         SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 622         for (g = 0; g < gSize; g++)\r
 623         {\r
 624           SequenceGroup sg2 = (SequenceGroup) av.alignment.getGroups().elementAt(\r
 625               g);\r
 626           if (sg2.sequences.contains(seq))\r
 627           {\r
 628             if (!groupsToUpdate.contains(sg2))\r
 629               groupsToUpdate.addElement(sg2);\r
 630             continue;\r
 631           }\r
 632         }\r
 633       }\r
 634 \r
 635       gSize = groupsToUpdate.size();\r
 636       for (g = 0; g < gSize; g++)\r
 637       {\r
 638         ( (SequenceGroup) groupsToUpdate.elementAt(g)).recalcConservation();\r
 639       }\r
 640       ////End of updating groups\r
 641       //////////////////////////////////////////\r
 642 \r
 643         // Y O Y CLUSTALX\r
 644         ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 645         if(cs!=null)\r
 646         {\r
 647           if (cs.conservationApplied())\r
 648           {\r
 649             Conservation c = new Conservation("All",\r
 650                                               ResidueProperties.propHash, 3,\r
 651                                               av.alignment.getSequences(),\r
 652                                               0, av.alignment.getWidth() - 1);\r
 653             c.calculate();\r
 654             c.verdict(false, av.ConsPercGaps);\r
 655 \r
 656             if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 657             {\r
 658               ((ClustalxColourScheme)cs).\r
 659                   resetClustalX(av.alignment.getSequences(),\r
 660                                 av.alignment.getWidth());\r
 661 \r
 662               cs.setConservation(c);\r
 663               av.setGlobalColourScheme(cs);\r
 664             }\r
 665             else\r
 666             {\r
 667               cs.setConservation(c);\r
 668               av.setGlobalColourScheme(cs);\r
 669             }\r
 670 \r
 671           }\r
 672 \r
 673           if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 674           {\r
 675             ( (ClustalxColourScheme) cs).resetClustalX(av.alignment.getSequences(),\r
 676                                                        av.alignment.getWidth());\r
 677             av.setGlobalColourScheme(cs);\r
 678           }\r
 679         }\r
 680     }\r
 681 \r
 682     /**\r
 683      * DOCUMENT ME!\r
 684      *\r
 685      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 686      */\r
 687     public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 688     {\r
 689       int res = findRes(evt);\r
 690       int seq = findSeq(evt);\r
 691       oldSeq = seq;\r
 692 \r
 693       startWrapBlock=wrappedBlock;\r
 694 \r
 695       if(seq<0 || res<0)\r
 696         return;\r
 697 \r
 698         SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 699 \r
 700         if ((sequence == null) || (res > sequence.getLength()))\r
 701         {\r
 702             return;\r
 703         }\r
 704 \r
 705         stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
 706 \r
 707         if (stretchGroup == null)\r
 708         {\r
 709             stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
 710 \r
 711             if ((stretchGroup != null) && (res > stretchGroup.getStartRes()) &&\r
 712                     (res < stretchGroup.getEndRes()))\r
 713             {\r
 714                 av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 715             }\r
 716             else\r
 717             {\r
 718                 stretchGroup = null;\r
 719             }\r
 720         }\r
 721         else if (!stretchGroup.sequences.contains(sequence) ||\r
 722                 (stretchGroup.getStartRes() > res) ||\r
 723                 (stretchGroup.getEndRes() < res))\r
 724         {\r
 725             stretchGroup = null;\r
 726 \r
 727             SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
 728 \r
 729             if (allGroups != null)\r
 730             {\r
 731                 for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 732                 {\r
 733                     if ((allGroups[i].getStartRes() <= res) &&\r
 734                             (allGroups[i].getEndRes() >= res))\r
 735                     {\r
 736                         stretchGroup = allGroups[i];\r
 737                         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 738 \r
 739                         break;\r
 740                     }\r
 741                 }\r
 742             }\r
 743         }\r
 744 \r
 745         if (stretchGroup == null)\r
 746         {\r
 747             // define a new group here\r
 748             SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 749             sg.setStartRes(res);\r
 750             sg.setEndRes(res);\r
 751             sg.addSequence(sequence, false);\r
 752             av.setSelectionGroup(sg);\r
 753             stretchGroup = sg;\r
 754 \r
 755             if (av.getConservationSelected())\r
 756             {\r
 757                 SliderPanel.setConservationSlider(ap,\r
 758                     av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 759             }\r
 760 \r
 761             if (av.getAbovePIDThreshold())\r
 762             {\r
 763                 SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
 764                     "Background");\r
 765             }\r
 766         }\r
 767         else if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 768         {\r
 769             jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(ap, null);\r
 770             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 771 \r
 772             // edit the properties of existing group\r
 773         }\r
 774 \r
 775         if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))\r
 776         {\r
 777             // Edit end res position of selected group\r
 778             changeEndRes = true;\r
 779         }\r
 780         else if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getStartRes() == res))\r
 781         {\r
 782             // Edit end res position of selected group\r
 783             changeStartRes = true;\r
 784         }\r
 785 \r
 786         stretchGroup.getWidth();\r
 787 \r
 788         seqCanvas.repaint();\r
 789     }\r
 790 \r
 791     /**\r
 792      * DOCUMENT ME!\r
 793      *\r
 794      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 795      */\r
 796     public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 797     {\r
 798         if (mouseDragging)\r
 799         {\r
 800             stretchGroup.recalcConservation();\r
 801             mouseDragging = false;\r
 802         }\r
 803 \r
 804         if (stretchGroup == null)\r
 805         {\r
 806             return;\r
 807         }\r
 808 \r
 809         if(stretchGroup.cs!=null)\r
 810         {\r
 811           if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 812           {\r
 813             ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(stretchGroup.\r
 814                 sequences,\r
 815                 stretchGroup.getWidth());\r
 816           }\r
 817 \r
 818           if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
 819           {\r
 820             SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
 821                                               stretchGroup.getName());\r
 822           }\r
 823           else\r
 824           {\r
 825             SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
 826                                            stretchGroup.getName());\r
 827           }\r
 828         }\r
 829         changeEndRes = false;\r
 830         changeStartRes = false;\r
 831         stretchGroup = null;\r
 832         PaintRefresher.Refresh(av.alignment);\r
 833     }\r
 834 \r
 835     /**\r
 836      * DOCUMENT ME!\r
 837      *\r
 838      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 839      */\r
 840     public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 841     {\r
 842       int res = findRes(evt);\r
 843       int y = findSeq(evt);\r
 844 \r
 845       if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
 846         return;\r
 847 \r
 848       if (stretchGroup == null)\r
 849       {\r
 850             return;\r
 851         }\r
 852 \r
 853         if (res > av.alignment.getWidth())\r
 854         {\r
 855             res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 856         }\r
 857 \r
 858         if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
 859         {\r
 860             // Edit end res position of selected group\r
 861             changeEndRes = true;\r
 862         }\r
 863         else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
 864         {\r
 865             // Edit start res position of selected group\r
 866             changeStartRes = true;\r
 867         }\r
 868 \r
 869         if (res < av.getStartRes())\r
 870         {\r
 871             res = av.getStartRes();\r
 872         }\r
 873         else if (res > av.getEndRes() && !av.getWrapAlignment())\r
 874         {\r
 875             res = av.getEndRes();\r
 876         }\r
 877 \r
 878         if (changeEndRes)\r
 879         {\r
 880             if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
 881             {\r
 882                 stretchGroup.setEndRes(res);\r
 883             }\r
 884         }\r
 885         else if (changeStartRes)\r
 886         {\r
 887             if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
 888             {\r
 889                 stretchGroup.setStartRes(res);\r
 890             }\r
 891         }\r
 892 \r
 893         int dragDirection = 0;\r
 894 \r
 895         if (y > oldSeq)\r
 896         {\r
 897             dragDirection = 1;\r
 898         }\r
 899         else if (y < oldSeq)\r
 900         {\r
 901             dragDirection = -1;\r
 902         }\r
 903 \r
 904         while ((y != oldSeq) && (oldSeq > 0) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
 905         {\r
 906             // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 907             // selection is quite slow.\r
 908             Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 909 \r
 910             oldSeq += dragDirection;\r
 911 \r
 912             Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 913 \r
 914             if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 915             {\r
 916                 stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
 917             }\r
 918             else\r
 919             {\r
 920                 if (seq != null)\r
 921                 {\r
 922                     stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
 923                 }\r
 924 \r
 925                 stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
 926             }\r
 927         }\r
 928 \r
 929         oldSeq = y;\r
 930         mouseDragging = true;\r
 931 \r
 932         if (scrollThread != null)\r
 933         {\r
 934             scrollThread.setEvent(evt);\r
 935         }\r
 936 \r
 937         seqCanvas.repaint();\r
 938     }\r
 939 \r
 940     /**\r
 941      * DOCUMENT ME!\r
 942      *\r
 943      * @param e DOCUMENT ME!\r
 944      */\r
 945     public void doMouseEnteredDefineMode(MouseEvent e)\r
 946     {\r
 947         if (scrollThread != null)\r
 948         {\r
 949             scrollThread.running = false;\r
 950         }\r
 951     }\r
 952 \r
 953     /**\r
 954      * DOCUMENT ME!\r
 955      *\r
 956      * @param e DOCUMENT ME!\r
 957      */\r
 958     public void doMouseExitedDefineMode(MouseEvent e)\r
 959     {\r
 960         if (av.getWrapAlignment())\r
 961         {\r
 962             return;\r
 963         }\r
 964 \r
 965         if (mouseDragging)\r
 966         {\r
 967             scrollThread = new ScrollThread();\r
 968         }\r
 969     }\r
 970 \r
 971     // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 972     class ScrollThread extends Thread\r
 973     {\r
 974         MouseEvent evt;\r
 975         boolean running = false;\r
 976 \r
 977         public ScrollThread()\r
 978         {\r
 979             start();\r
 980         }\r
 981 \r
 982         public void setEvent(MouseEvent e)\r
 983         {\r
 984             evt = e;\r
 985         }\r
 986 \r
 987         public void stopScrolling()\r
 988         {\r
 989             running = false;\r
 990         }\r
 991 \r
 992         public void run()\r
 993         {\r
 994             running = true;\r
 995 \r
 996             while (running)\r
 997             {\r
 998                 if (evt != null)\r
 999                 {\r
1000                     if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) &&\r
1001                             (av.getStartSeq() > 0))\r
1002                     {\r
1003                         running = ap.scrollUp(true);\r
1004                     }\r
1005 \r
1006                     if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight()) &&\r
1007                             (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
1008                     {\r
1009                         running = ap.scrollUp(false);\r
1010                     }\r
1011 \r
1012                     if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))\r
1013                     {\r
1014                         running = ap.scrollRight(true);\r
1015                     }\r
1016                     else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))\r
1017                     {\r
1018                         running = ap.scrollRight(false);\r
1019                     }\r
1020                 }\r
1021 \r
1022                 try\r
1023                 {\r
1024                     Thread.sleep(75);\r
1025                 }\r
1026                 catch (Exception ex)\r
1027                 {\r
1028                 }\r
1029             }\r
1030         }\r
1031     }\r
1032 }\r