src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.awt.BorderLayout;
  24 import java.awt.Color;
  25 import java.awt.Font;
  26 import java.awt.FontMetrics;
  27 import java.awt.Point;
  28 import java.awt.event.MouseEvent;
  29 import java.awt.event.MouseListener;
  30 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  31 import java.awt.event.MouseWheelEvent;
  32 import java.awt.event.MouseWheelListener;
  33 import java.util.List;
  34 import java.util.Vector;
  35
  36 import javax.swing.JOptionPane;
  37 import javax.swing.JPanel;
  38 import javax.swing.ToolTipManager;
  39
  40 import jalview.api.AlignViewportI;
  41 import jalview.commands.EditCommand;
  42 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  43 import jalview.commands.EditCommand.Edit;
  44 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  45 import jalview.datamodel.SearchResults;
  46 import jalview.datamodel.SearchResults.Match;
  47 import jalview.datamodel.Sequence;
  48 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  49 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  50 import jalview.datamodel.SequenceI;
  51 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  52 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  53 import jalview.structure.SelectionListener;
  54 import jalview.structure.SelectionSource;
  55 import jalview.structure.SequenceListener;
  56 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  57 import jalview.structure.VamsasSource;
  58 import jalview.util.Comparison;
  59 import jalview.util.MappingUtils;
  60 import jalview.util.MessageManager;
  61 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  62
  63 /**
  64  * DOCUMENT ME!
  65  *
  66  * @author $author$
  67  * @version $Revision: 1.130 $
  68  */
  69 public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
  70         MouseMotionListener, MouseWheelListener, SequenceListener,
  71         SelectionListener
  72
  73 {
  74   /** DOCUMENT ME!! */
  75   public SeqCanvas seqCanvas;
  76
  77   /** DOCUMENT ME!! */
  78   public AlignmentPanel ap;
  79
  80   protected int lastres;
  81
  82   protected int startseq;
  83
  84   protected AlignViewport av;
  85
  86   ScrollThread scrollThread = null;
  87
  88   boolean mouseDragging = false;
  89
  90   boolean editingSeqs = false;
  91
  92   boolean groupEditing = false;
  93
  94   // ////////////////////////////////////////
  95   // ///Everything below this is for defining the boundary of the rubberband
  96   // ////////////////////////////////////////
  97   int oldSeq = -1;
  98
  99   boolean changeEndSeq = false;
 100
 101   boolean changeStartSeq = false;
 102
 103   boolean changeEndRes = false;
 104
 105   boolean changeStartRes = false;
 106
 107   SequenceGroup stretchGroup = null;
 108
 109   boolean remove = false;
 110
 111   Point lastMousePress;
 112
 113   boolean mouseWheelPressed = false;
 114
 115   StringBuffer keyboardNo1;
 116
 117   StringBuffer keyboardNo2;
 118
 119   java.net.URL linkImageURL;
 120
 121   private final SequenceAnnotationReport seqARep;
 122
 123   StringBuffer tooltipText = new StringBuffer();
 124
 125   String tmpString;
 126
 127   EditCommand editCommand;
 128
 129   StructureSelectionManager ssm;
 130
 131   /**
 132    * Creates a new SeqPanel object.
 133    *
 134    * @param avp
 135    *          DOCUMENT ME!
 136    * @param p
 137    *          DOCUMENT ME!
 138    */
 139   public SeqPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)
 140   {
 141     linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif");
 142     seqARep = new SequenceAnnotationReport(linkImageURL.toString());
 143     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 144     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);
 145     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);
 146     this.av = av;
 147     setBackground(Color.white);
 148
 149     seqCanvas = new SeqCanvas(ap);
 150     setLayout(new BorderLayout());
 151     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);
 152
 153     this.ap = ap;
 154
 155     if (!av.isDataset())
 156     {
 157       addMouseMotionListener(this);
 158       addMouseListener(this);
 159       addMouseWheelListener(this);
 160       ssm = av.getStructureSelectionManager();
 161       ssm.addStructureViewerListener(this);
 162       ssm.addSelectionListener(this);
 163     }
 164   }
 165
 166   int startWrapBlock = -1;
 167
 168   int wrappedBlock = -1;
 169
 170   int findRes(MouseEvent evt)
 171   {
 172     int res = 0;
 173     int x = evt.getX();
 174
 175     if (av.getWrapAlignment())
 176     {
 177
 178       int hgap = av.getCharHeight();
 179       if (av.getScaleAboveWrapped())
 180       {
 181         hgap += av.getCharHeight();
 182       }
 183
 184       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 185               + hgap
 186               + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 187
 188       int y = evt.getY();
 189       y -= hgap;
 190       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;
 191
 192       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());
 193       if (cwidth < 1)
 194       {
 195         return 0;
 196       }
 197
 198       wrappedBlock = y / cHeight;
 199       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;
 200
 201       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();
 202
 203     }
 204     else
 205     {
 206       if (x > seqCanvas.getWidth() + seqCanvas.getWidth())
 207       {
 208         // make sure we calculate relative to visible alignment, rather than
 209         // right-hand gutter
 210         x = seqCanvas.getX() + seqCanvas.getWidth();
 211       }
 212       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 213     }
 214
 215     if (av.hasHiddenColumns())
 216     {
 217       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 218     }
 219
 220     return res;
 221
 222   }
 223
 224   int findSeq(MouseEvent evt)
 225   {
 226     int seq = 0;
 227     int y = evt.getY();
 228
 229     if (av.getWrapAlignment())
 230     {
 231       int hgap = av.getCharHeight();
 232       if (av.getScaleAboveWrapped())
 233       {
 234         hgap += av.getCharHeight();
 235       }
 236
 237       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 238               + hgap
 239               + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 240
 241       y -= hgap;
 242
 243       seq = Math.min((y % cHeight) / av.getCharHeight(), av.getAlignment()
 244               .getHeight() - 1);
 245     }
 246     else
 247     {
 248       seq = Math.min((y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(), av
 249               .getAlignment().getHeight() - 1);
 250     }
 251
 252     return seq;
 253   }
 254
 255   /**
 256    * When all of a sequence of edits are complete, put the resulting edit list
 257    * on the history stack (undo list), and reset flags for editing in progress.
 258    */
 259   void endEditing()
 260   {
 261     try
 262     {
 263       if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)
 264       {
 265         ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 266         av.firePropertyChange("alignment", null, av.getAlignment()
 267                 .getSequences());
 268       }
 269     } finally
 270     {
 271       /*
 272        * Tidy up come what may...
 273        */
 274       startseq = -1;
 275       lastres = -1;
 276       editingSeqs = false;
 277       groupEditing = false;
 278       keyboardNo1 = null;
 279       keyboardNo2 = null;
 280       editCommand = null;
 281     }
 282   }
 283
 284   void setCursorRow()
 285   {
 286     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;
 287     scrollToVisible();
 288   }
 289
 290   void setCursorColumn()
 291   {
 292     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 293     scrollToVisible();
 294   }
 295
 296   void setCursorRowAndColumn()
 297   {
 298     if (keyboardNo2 == null)
 299     {
 300       keyboardNo2 = new StringBuffer();
 301     }
 302     else
 303     {
 304       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 305       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;
 306       scrollToVisible();
 307     }
 308   }
 309
 310   void setCursorPosition()
 311   {
 312     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 313
 314     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(getKeyboardNo1()) - 1;
 315     scrollToVisible();
 316   }
 317
 318   void moveCursor(int dx, int dy)
 319   {
 320     seqCanvas.cursorX += dx;
 321     seqCanvas.cursorY += dy;
 322     if (av.hasHiddenColumns()
 323             && !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 324     {
 325       int original = seqCanvas.cursorX - dx;
 326       int maxWidth = av.getAlignment().getWidth();
 327
 328       while (!av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX)
 329               && seqCanvas.cursorX < maxWidth && seqCanvas.cursorX > 0)
 330       {
 331         seqCanvas.cursorX += dx;
 332       }
 333
 334       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth
 335               || !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 336       {
 337         seqCanvas.cursorX = original;
 338       }
 339     }
 340
 341     scrollToVisible();
 342   }
 343
 344   void scrollToVisible()
 345   {
 346     if (seqCanvas.cursorX < 0)
 347     {
 348       seqCanvas.cursorX = 0;
 349     }
 350     else if (seqCanvas.cursorX > av.getAlignment().getWidth() - 1)
 351     {
 352       seqCanvas.cursorX = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 353     }
 354
 355     if (seqCanvas.cursorY < 0)
 356     {
 357       seqCanvas.cursorY = 0;
 358     }
 359     else if (seqCanvas.cursorY > av.getAlignment().getHeight() - 1)
 360     {
 361       seqCanvas.cursorY = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 362     }
 363
 364     endEditing();
 365     if (av.getWrapAlignment())
 366     {
 367       ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);
 368     }
 369     else
 370     {
 371       while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)
 372       {
 373         ap.scrollUp(true);
 374       }
 375       while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)
 376       {
 377         ap.scrollUp(false);
 378       }
 379       if (!av.getWrapAlignment())
 380       {
 381         while (seqCanvas.cursorX < av.getColumnSelection()
 382                 .adjustForHiddenColumns(av.startRes))
 383         {
 384           if (!ap.scrollRight(false))
 385           {
 386             break;
 387           }
 388         }
 389         while (seqCanvas.cursorX > av.getColumnSelection()
 390                 .adjustForHiddenColumns(av.endRes))
 391         {
 392           if (!ap.scrollRight(true))
 393           {
 394             break;
 395           }
 396         }
 397       }
 398     }
 399     setStatusMessage(av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),
 400             seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);
 401
 402     seqCanvas.repaint();
 403   }
 404
 405   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)
 406   {
 407     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 408
 409     if (av.getSelectionGroup() != null)
 410     {
 411       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 412       // Find the top and bottom of this group
 413       int min = av.getAlignment().getHeight(), max = 0;
 414       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)
 415       {
 416         int index = av.getAlignment().findIndex(sg.getSequenceAt(i));
 417         if (index > max)
 418         {
 419           max = index;
 420         }
 421         if (index < min)
 422         {
 423           min = index;
 424         }
 425       }
 426
 427       max++;
 428
 429       if (topLeft)
 430       {
 431         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 432         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)
 433         {
 434           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 435         }
 436
 437         min = seqCanvas.cursorY;
 438       }
 439       else
 440       {
 441         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 442         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)
 443         {
 444           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 445         }
 446
 447         max = seqCanvas.cursorY + 1;
 448       }
 449
 450       if (min > max)
 451       {
 452         // Only the user can do this
 453         av.setSelectionGroup(null);
 454       }
 455       else
 456       {
 457         // Now add any sequences between min and max
 458         sg.getSequences(null).clear();
 459         for (int i = min; i < max; i++)
 460         {
 461           sg.addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 462         }
 463       }
 464     }
 465
 466     if (av.getSelectionGroup() == null)
 467     {
 468       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 469       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 470       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 471       sg.addSequence(sequence, false);
 472       av.setSelectionGroup(sg);
 473     }
 474
 475     ap.paintAlignment(false);
 476     av.sendSelection();
 477   }
 478
 479   void insertGapAtCursor(boolean group)
 480   {
 481     groupEditing = group;
 482     startseq = seqCanvas.cursorY;
 483     lastres = seqCanvas.cursorX;
 484     editSequence(true, false, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 485     endEditing();
 486   }
 487
 488   void deleteGapAtCursor(boolean group)
 489   {
 490     groupEditing = group;
 491     startseq = seqCanvas.cursorY;
 492     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();
 493     editSequence(false, false, seqCanvas.cursorX);
 494     endEditing();
 495   }
 496
 497   void insertNucAtCursor(boolean group, String nuc)
 498   {
 499     groupEditing = group;
 500     startseq = seqCanvas.cursorY;
 501     lastres = seqCanvas.cursorX;
 502     editSequence(false, true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 503     endEditing();
 504   }
 505
 506   void numberPressed(char value)
 507   {
 508     if (keyboardNo1 == null)
 509     {
 510       keyboardNo1 = new StringBuffer();
 511     }
 512
 513     if (keyboardNo2 != null)
 514     {
 515       keyboardNo2.append(value);
 516     }
 517     else
 518     {
 519       keyboardNo1.append(value);
 520     }
 521   }
 522
 523   int getKeyboardNo1()
 524   {
 525     try
 526     {
 527       if (keyboardNo1 != null)
 528       {
 529         int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());
 530         keyboardNo1 = null;
 531         return value;
 532       }
 533     } catch (Exception x)
 534     {
 535     }
 536     keyboardNo1 = null;
 537     return 1;
 538   }
 539
 540   int getKeyboardNo2()
 541   {
 542     try
 543     {
 544       if (keyboardNo2 != null)
 545       {
 546         int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());
 547         keyboardNo2 = null;
 548         return value;
 549       }
 550     } catch (Exception x)
 551     {
 552     }
 553     keyboardNo2 = null;
 554     return 1;
 555   }
 556
 557   /**
 558    * DOCUMENT ME!
 559    *
 560    * @param evt
 561    *          DOCUMENT ME!
 562    */
 563   @Override
 564   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 565   {
 566     mouseDragging = false;
 567     mouseWheelPressed = false;
 568
 569     if (!editingSeqs)
 570     {
 571       doMouseReleasedDefineMode(evt);
 572       return;
 573     }
 574
 575     endEditing();
 576   }
 577
 578   /**
 579    * DOCUMENT ME!
 580    *
 581    * @param evt
 582    *          DOCUMENT ME!
 583    */
 584   @Override
 585   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 586   {
 587     lastMousePress = evt.getPoint();
 588
 589     if (javax.swing.SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))
 590     {
 591       mouseWheelPressed = true;
 592       return;
 593     }
 594
 595     if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())
 596     {
 597       if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())
 598       {
 599         groupEditing = true;
 600       }
 601       editingSeqs = true;
 602     }
 603     else
 604     {
 605       doMousePressedDefineMode(evt);
 606       return;
 607     }
 608
 609     int seq = findSeq(evt);
 610     int res = findRes(evt);
 611
 612     if (seq < 0 || res < 0)
 613     {
 614       return;
 615     }
 616
 617     if ((seq < av.getAlignment().getHeight())
 618             && (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))
 619     {
 620       startseq = seq;
 621       lastres = res;
 622     }
 623     else
 624     {
 625       startseq = -1;
 626       lastres = -1;
 627     }
 628
 629     return;
 630   }
 631
 632   String lastMessage;
 633
 634   @Override
 635   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index, int pos)
 636   {
 637     String tmp = sequence.hashCode() + " " + index + " " + pos;
 638
 639     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))
 640     {
 641       // System.err.println("mouseOver Sequence: "+tmp);
 642       ssm.mouseOverSequence(sequence, index, pos, av);
 643     }
 644     lastMessage = tmp;
 645   }
 646
 647   @Override
 648   public void highlightSequence(SearchResults results)
 649   {
 650     if (av.isFollowHighlight())
 651     {
 652       /*
 653        * if scrollToPosition requires scroll adjustment, this flag prevents
 654        * another scroll event being propagated back to the originator
 655        *
 656        * @see AlignmentPanel#adjustmentValueChanged
 657        */
 658       ap.setFollowingComplementScroll(true);
 659       if (ap.scrollToPosition(results, false))
 660       {
 661         seqCanvas.revalidate();
 662       }
 663     }
 664     setStatusMessage(results);
 665     seqCanvas.highlightSearchResults(results);
 666   }
 667
 668   @Override
 669   public VamsasSource getVamsasSource()
 670   {
 671     return this.ap == null ? null : this.ap.av;
 672   }
 673   @Override
 674   public void updateColours(SequenceI seq, int index)
 675   {
 676     System.out.println("update the seqPanel colours");
 677     // repaint();
 678   }
 679
 680   /**
 681    * DOCUMENT ME!
 682    *
 683    * @param evt
 684    *          DOCUMENT ME!
 685    */
 686   @Override
 687   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 688   {
 689     if (editingSeqs)
 690     {
 691       // This is because MacOSX creates a mouseMoved
 692       // If control is down, other platforms will not.
 693       mouseDragged(evt);
 694     }
 695
 696     int res = findRes(evt);
 697     int seq = findSeq(evt);
 698     int pos;
 699     if (res < 0 || seq < 0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())
 700     {
 701       return;
 702     }
 703
 704     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 705
 706     if (res >= sequence.getLength())
 707     {
 708       return;
 709     }
 710
 711     pos = setStatusMessage(sequence, res, seq);
 712     if (ssm != null && pos > -1)
 713     {
 714       mouseOverSequence(sequence, res, pos);
 715     }
 716
 717     tooltipText.setLength(6); // Cuts the buffer back to <html>
 718
 719     SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
 720     if (groups != null)
 721     {
 722       for (int g = 0; g < groups.length; g++)
 723       {
 724         if (groups[g].getStartRes() <= res && groups[g].getEndRes() >= res)
 725         {
 726           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup")
 727                   && !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))
 728           {
 729             tooltipText.append(groups[g].getName());
 730           }
 731
 732           if (groups[g].getDescription() != null)
 733           {
 734             tooltipText.append(": " + groups[g].getDescription());
 735           }
 736         }
 737       }
 738     }
 739
 740     // use aa to see if the mouse pointer is on a
 741     if (av.isShowSequenceFeatures())
 742     {
 743       int rpos;
 744       List<SequenceFeature> features = ap.getFeatureRenderer().findFeaturesAtRes(
 745               sequence.getDatasetSequence(),
 746               rpos = sequence.findPosition(res));
 747       seqARep.appendFeatures(tooltipText, rpos, features,
 748               this.ap.getSeqPanel().seqCanvas.fr.getMinMax());
 749     }
 750     if (tooltipText.length() == 6) // <html></html>
 751     {
 752       setToolTipText(null);
 753       lastTooltip = null;
 754     }
 755     else
 756     {
 757       if (lastTooltip == null
 758               || !lastTooltip.equals(tooltipText.toString()))
 759       {
 760         String formatedTooltipText = JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 761                 tooltipText.toString());
 762         // String formatedTooltipText = tooltipText.toString();
 763         setToolTipText(formatedTooltipText);
 764         lastTooltip = tooltipText.toString();
 765       }
 766
 767     }
 768
 769   }
 770
 771   private Point lastp = null;
 772
 773   /*
 774    * (non-Javadoc)
 775    *
 776    * @see javax.swing.JComponent#getToolTipLocation(java.awt.event.MouseEvent)
 777    */
 778   public Point getToolTipLocation(MouseEvent event)
 779   {
 780     int x = event.getX(), w = getWidth();
 781     int wdth = (w - x < 200) ? -(w / 2) : 5; // switch sides when tooltip is too
 782     // close to edge
 783     Point p = lastp;
 784     if (!event.isShiftDown() || p == null)
 785     {
 786       p = (tooltipText != null && tooltipText.length() > 6) ? new Point(
 787               event.getX() + wdth, event.getY() - 20) : null;
 788     }
 789     /*
 790      * TODO: try to modify position region is not obcured by tooltip
 791      */
 792     return lastp = p;
 793   }
 794
 795   String lastTooltip;
 796
 797   /**
 798    * Set status message in alignment panel
 799    *
 800    * @param sequence
 801    *          aligned sequence object
 802    * @param res
 803    *          alignment column
 804    * @param seq
 805    *          index of sequence in alignment
 806    * @return position of res in sequence
 807    */
 808   int setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)
 809   {
 810     StringBuilder text = new StringBuilder(32);
 811
 812     /*
 813      * Sequence number (if known), and sequence name.
 814      */
 815     String seqno = seq == -1 ? "" : " " + (seq + 1);
 816     text.append("Sequence" + seqno + " ID: " + sequence.getName());
 817
 818     String residue = null;
 819     /*
 820      * Try to translate the display character to residue name (null for gap).
 821      */
 822     final String displayChar = String.valueOf(sequence.getCharAt(res));
 823     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 824     {
 825       residue = ResidueProperties.nucleotideName.get(displayChar);
 826       if (residue != null)
 827       {
 828         text.append(" Nucleotide: ").append(residue);
 829       }
 830     }
 831     else
 832     {
 833       residue = "X".equalsIgnoreCase(displayChar) ? "X"
 834               : ResidueProperties.aa2Triplet.get(displayChar);
 835       if (residue != null)
 836       {
 837         text.append(" Residue: ").append(residue);
 838       }
 839     }
 840
 841     int pos = -1;
 842     if (residue != null)
 843     {
 844       pos = sequence.findPosition(res);
 845       text.append(" (").append(Integer.toString(pos)).append(")");
 846     }
 847     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 848     return pos;
 849   }
 850
 851   /**
 852    * Set the status bar message to highlight the first matched position in
 853    * search results.
 854    *
 855    * @param results
 856    */
 857   private void setStatusMessage(SearchResults results)
 858   {
 859     List<Match> matches = results.getResults();
 860     if (!matches.isEmpty())
 861     {
 862       Match m = matches.get(0);
 863       SequenceI seq = m.getSequence();
 864       int sequenceIndex = this.av.getAlignment().findIndex(seq);
 865
 866       /*
 867        * Convert position in sequence (base 1) to sequence character array index
 868        * (base 0)
 869        */
 870       int start = m.getStart() - 1;
 871       setStatusMessage(seq, start, sequenceIndex);
 872     }
 873   }
 874
 875   /**
 876    * DOCUMENT ME!
 877    *
 878    * @param evt
 879    *          DOCUMENT ME!
 880    */
 881   @Override
 882   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 883   {
 884     if (mouseWheelPressed)
 885     {
 886       int oldWidth = av.getCharWidth();
 887
 888       // Which is bigger, left-right or up-down?
 889       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.getY()) > Math.abs(evt
 890               .getX() - lastMousePress.getX()))
 891       {
 892         int fontSize = av.font.getSize();
 893
 894         if (evt.getY() < lastMousePress.getY())
 895         {
 896           fontSize--;
 897         }
 898         else if (evt.getY() > lastMousePress.getY())
 899         {
 900           fontSize++;
 901         }
 902
 903         if (fontSize < 1)
 904         {
 905           fontSize = 1;
 906         }
 907
 908         av.setFont(
 909                 new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize),
 910                 true);
 911         av.setCharWidth(oldWidth);
 912         ap.fontChanged();
 913       }
 914       else
 915       {
 916         if (evt.getX() < lastMousePress.getX() && av.getCharWidth() > 1)
 917         {
 918           av.setCharWidth(av.getCharWidth() - 1);
 919         }
 920         else if (evt.getX() > lastMousePress.getX())
 921         {
 922           av.setCharWidth(av.getCharWidth() + 1);
 923         }
 924
 925         ap.paintAlignment(false);
 926       }
 927
 928       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 929       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.getCharWidth();
 930
 931       lastMousePress = evt.getPoint();
 932
 933       return;
 934     }
 935
 936     if (!editingSeqs)
 937     {
 938       doMouseDraggedDefineMode(evt);
 939       return;
 940     }
 941
 942     int res = findRes(evt);
 943
 944     if (res < 0)
 945     {
 946       res = 0;
 947     }
 948
 949     if ((lastres == -1) || (lastres == res))
 950     {
 951       return;
 952     }
 953
 954     if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))
 955     {
 956       // dragLeft, delete gap
 957       editSequence(false, false, res);
 958     }
 959     else
 960     {
 961       editSequence(true, false, res);
 962     }
 963
 964     mouseDragging = true;
 965     if (scrollThread != null)
 966     {
 967       scrollThread.setEvent(evt);
 968     }
 969   }
 970
 971   // TODO: Make it more clever than many booleans
 972   synchronized void editSequence(boolean insertGap, boolean editSeq,
 973           int startres)
 974   {
 975     int fixedLeft = -1;
 976     int fixedRight = -1;
 977     boolean fixedColumns = false;
 978     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 979
 980     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(startseq);
 981
 982     // No group, but the sequence may represent a group
 983     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows())
 984     {
 985       if (av.isHiddenRepSequence(seq))
 986       {
 987         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
 988         groupEditing = true;
 989       }
 990     }
 991
 992     StringBuilder message = new StringBuilder(64);
 993     if (groupEditing)
 994     {
 995       message.append("Edit group:");
 996       if (editCommand == null)
 997       {
 998         editCommand = new EditCommand(MessageManager.getString("action.edit_group"));
 999       }
1000     }
1001     else
1002     {
1003       message.append("Edit sequence: " + seq.getName());
1004       String label = seq.getName();
1005       if (label.length() > 10)
1006       {
1007         label = label.substring(0, 10);
1008       }
1009       if (editCommand == null)
1010       {
1011         editCommand = new EditCommand(MessageManager.formatMessage("label.edit_params", new String[]{label}));
1012       }
1013     }
1014
1015     if (insertGap)
1016     {
1017       message.append(" insert ");
1018     }
1019     else
1020     {
1021       message.append(" delete ");
1022     }
1023
1024     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");
1025     ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());
1026
1027     // Are we editing within a selection group?
1028     if (groupEditing
1029             || (sg != null && sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1030                     .contains(seq)))
1031     {
1032       fixedColumns = true;
1033
1034       // sg might be null as the user may only see 1 sequence,
1035       // but the sequence represents a group
1036       if (sg == null)
1037       {
1038         if (!av.isHiddenRepSequence(seq))
1039         {
1040           endEditing();
1041           return;
1042         }
1043         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1044       }
1045
1046       fixedLeft = sg.getStartRes();
1047       fixedRight = sg.getEndRes();
1048
1049       if ((startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)
1050               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)
1051               || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)
1052               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))
1053       {
1054         endEditing();
1055         return;
1056       }
1057
1058       if (fixedLeft > startres)
1059       {
1060         fixedRight = fixedLeft - 1;
1061         fixedLeft = 0;
1062       }
1063       else if (fixedRight < startres)
1064       {
1065         fixedLeft = fixedRight;
1066         fixedRight = -1;
1067       }
1068     }
1069
1070     if (av.hasHiddenColumns())
1071     {
1072       fixedColumns = true;
1073       int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);
1074       int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);
1075
1076       if ((insertGap && startres > y1 && lastres < y1)
1077               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))
1078       {
1079         endEditing();
1080         return;
1081       }
1082
1083       // System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");
1084       // Selection spans a hidden region
1085       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))
1086       {
1087         if (startres >= y2)
1088         {
1089           fixedLeft = y2;
1090         }
1091         else
1092         {
1093           fixedRight = y2 - 1;
1094         }
1095       }
1096     }
1097
1098     if (groupEditing)
1099     {
1100       List<SequenceI> vseqs = sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences());
1101       int g, groupSize = vseqs.size();
1102       SequenceI[] groupSeqs = new SequenceI[groupSize];
1103       for (g = 0; g < groupSeqs.length; g++)
1104       {
1105         groupSeqs[g] = vseqs.get(g);
1106       }
1107
1108       // drag to right
1109       if (insertGap)
1110       {
1111         // If the user has selected the whole sequence, and is dragging to
1112         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup
1113         if (sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() == fixedRight
1114                 && sg.getEndRes() == av.getAlignment().getWidth() - 1)
1115         {
1116           sg.setEndRes(av.getAlignment().getWidth() + startres - lastres);
1117           fixedRight = sg.getEndRes();
1118         }
1119
1120         // Is it valid with fixed columns??
1121         // Find the next gap before the end
1122         // of the visible region boundary
1123         boolean blank = false;
1124         for (fixedRight = fixedRight; fixedRight > lastres; fixedRight--)
1125         {
1126           blank = true;
1127
1128           for (g = 0; g < groupSize; g++)
1129           {
1130             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)
1131             {
1132               if (!jalview.util.Comparison.isGap(groupSeqs[g]
1133                       .getCharAt(fixedRight - j)))
1134               {
1135                 blank = false;
1136                 break;
1137               }
1138             }
1139           }
1140           if (blank)
1141           {
1142             break;
1143           }
1144         }
1145
1146         if (!blank)
1147         {
1148           if (sg.getSize() == av.getAlignment().getHeight())
1149           {
1150             if ((av.hasHiddenColumns() && startres < av
1151                     .getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))
1152             {
1153               endEditing();
1154               return;
1155             }
1156
1157             int alWidth = av.getAlignment().getWidth();
1158             if (av.hasHiddenRows())
1159             {
1160               int hwidth = av.getAlignment().getHiddenSequences()
1161                       .getWidth();
1162               if (hwidth > alWidth)
1163               {
1164                 alWidth = hwidth;
1165               }
1166             }
1167             // We can still insert gaps if the selectionGroup
1168             // contains all the sequences
1169             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);
1170             fixedRight = alWidth + startres - lastres;
1171           }
1172           else
1173           {
1174             endEditing();
1175             return;
1176           }
1177         }
1178       }
1179
1180       // drag to left
1181       else if (!insertGap)
1182       {
1183         // / Are we able to delete?
1184         // ie are all columns blank?
1185
1186         for (g = 0; g < groupSize; g++)
1187         {
1188           for (int j = startres; j < lastres; j++)
1189           {
1190             if (groupSeqs[g].getLength() <= j)
1191             {
1192               continue;
1193             }
1194
1195             if (!jalview.util.Comparison.isGap(groupSeqs[g].getCharAt(j)))
1196             {
1197               // Not a gap, block edit not valid
1198               endEditing();
1199               return;
1200             }
1201           }
1202         }
1203       }
1204
1205       if (insertGap)
1206       {
1207         // dragging to the right
1208         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1209         {
1210           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1211           {
1212             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);
1213           }
1214         }
1215         else
1216         {
1217           appendEdit(Action.INSERT_GAP, groupSeqs, startres, startres
1218                   - lastres);
1219         }
1220       }
1221       else
1222       {
1223         // dragging to the left
1224         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1225         {
1226           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1227           {
1228             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);
1229           }
1230         }
1231         else
1232         {
1233           appendEdit(Action.DELETE_GAP, groupSeqs, startres, lastres
1234                   - startres);
1235         }
1236
1237       }
1238     }
1239     else
1240     // ///Editing a single sequence///////////
1241     {
1242       if (insertGap)
1243       {
1244         // dragging to the right
1245         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1246         {
1247           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1248           {
1249             insertChar(j, new SequenceI[]
1250             { seq }, fixedRight);
1251           }
1252         }
1253         else
1254         {
1255           appendEdit(Action.INSERT_GAP, new SequenceI[]
1256           { seq }, lastres, startres - lastres);
1257         }
1258       }
1259       else
1260       {
1261         if (!editSeq)
1262         {
1263           // dragging to the left
1264           if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1265           {
1266             for (int j = lastres; j > startres; j--)
1267             {
1268               if (!Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))
1269               {
1270                 endEditing();
1271                 break;
1272               }
1273               deleteChar(startres, new SequenceI[]
1274               { seq }, fixedRight);
1275             }
1276           }
1277           else
1278           {
1279             // could be a keyboard edit trying to delete none gaps
1280             int max = 0;
1281             for (int m = startres; m < lastres; m++)
1282             {
1283               if (!Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))
1284               {
1285                 break;
1286               }
1287               max++;
1288             }
1289
1290             if (max > 0)
1291             {
1292               appendEdit(Action.DELETE_GAP, new SequenceI[]
1293               { seq }, startres, max);
1294             }
1295           }
1296         }
1297         else
1298         {// insertGap==false AND editSeq==TRUE;
1299           if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1300           {
1301             for (int j = lastres; j < startres; j++)
1302             {
1303               insertChar(j, new SequenceI[]
1304               { seq }, fixedRight);
1305             }
1306           }
1307           else
1308           {
1309             appendEdit(Action.INSERT_NUC, new SequenceI[]
1310             { seq }, lastres, startres - lastres);
1311           }
1312         }
1313       }
1314     }
1315
1316     lastres = startres;
1317     seqCanvas.repaint();
1318   }
1319
1320   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1321   {
1322     int blankColumn = fixedColumn;
1323     for (int s = 0; s < seq.length; s++)
1324     {
1325       // Find the next gap before the end of the visible region boundary
1326       // If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion
1327
1328       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)
1329       {
1330         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))
1331         {
1332           // Theres a space, so break and insert the gap
1333           break;
1334         }
1335       }
1336
1337       if (blankColumn <= j)
1338       {
1339         blankColumn = fixedColumn;
1340         endEditing();
1341         return;
1342       }
1343     }
1344
1345     appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, blankColumn, 1);
1346
1347     appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, j, 1);
1348
1349   }
1350
1351   /**
1352    * Helper method to add and perform one edit action.
1353    *
1354    * @param action
1355    * @param seq
1356    * @param pos
1357    * @param count
1358    */
1359   protected void appendEdit(Action action, SequenceI[] seq, int pos,
1360           int count)
1361   {
1362
1363     final Edit edit = new EditCommand().new Edit(action, seq, pos, count,
1364             av.getAlignment().getGapCharacter());
1365
1366     editCommand.appendEdit(edit, av.getAlignment(),
1367             true, null);
1368   }
1369
1370   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1371   {
1372
1373     appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, j, 1);
1374
1375     appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, fixedColumn, 1);
1376   }
1377
1378   /**
1379    * DOCUMENT ME!
1380    *
1381    * @param e
1382    *          DOCUMENT ME!
1383    */
1384   @Override
1385   public void mouseEntered(MouseEvent e)
1386   {
1387     if (oldSeq < 0)
1388     {
1389       oldSeq = 0;
1390     }
1391
1392     if (scrollThread != null)
1393     {
1394       scrollThread.running = false;
1395       scrollThread = null;
1396     }
1397   }
1398
1399   /**
1400    * DOCUMENT ME!
1401    *
1402    * @param e
1403    *          DOCUMENT ME!
1404    */
1405   @Override
1406   public void mouseExited(MouseEvent e)
1407   {
1408     if (av.getWrapAlignment())
1409     {
1410       return;
1411     }
1412
1413     if (mouseDragging)
1414     {
1415       scrollThread = new ScrollThread();
1416     }
1417   }
1418
1419   @Override
1420   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
1421   {
1422     SequenceGroup sg = null;
1423     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(findSeq(evt));
1424     if (evt.getClickCount() > 1)
1425     {
1426       sg = av.getSelectionGroup();
1427       if (sg != null && sg.getSize() == 1
1428               && sg.getEndRes() - sg.getStartRes() < 2)
1429       {
1430         av.setSelectionGroup(null);
1431       }
1432
1433       List<SequenceFeature> features = seqCanvas.getFeatureRenderer().findFeaturesAtRes(
1434               sequence.getDatasetSequence(),
1435               sequence.findPosition(findRes(evt)));
1436
1437       if (features != null && features.size()> 0)
1438       {
1439         SearchResults highlight = new SearchResults();
1440         highlight.addResult(sequence, features.get(0).getBegin(),
1441                 features.get(0).getEnd());
1442         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);
1443       }
1444       if (features != null && features.size()> 0)
1445       {
1446         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(new SequenceI[]
1447         { sequence }, features.toArray(new SequenceFeature[features.size()]), false, ap);
1448
1449         seqCanvas.highlightSearchResults(null);
1450       }
1451     }
1452   }
1453
1454   @Override
1455   public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)
1456   {
1457     e.consume();
1458     if (e.getWheelRotation() > 0)
1459     {
1460       if (e.isShiftDown())
1461       {
1462         ap.scrollRight(true);
1463
1464       }
1465       else
1466       {
1467         ap.scrollUp(false);
1468       }
1469     }
1470     else
1471     {
1472       if (e.isShiftDown())
1473       {
1474         ap.scrollRight(false);
1475       }
1476       else
1477       {
1478         ap.scrollUp(true);
1479       }
1480     }
1481     // TODO Update tooltip for new position.
1482   }
1483
1484   /**
1485    * DOCUMENT ME!
1486    *
1487    * @param evt
1488    *          DOCUMENT ME!
1489    */
1490   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)
1491   {
1492     int res = findRes(evt);
1493     int seq = findSeq(evt);
1494     oldSeq = seq;
1495
1496     startWrapBlock = wrappedBlock;
1497
1498     if (av.getWrapAlignment() && seq > av.getAlignment().getHeight())
1499     {
1500       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, MessageManager
1501               .getString("label.cannot_edit_annotations_in_wrapped_view"),
1502               MessageManager.getString("label.wrapped_view_no_edit"),
1503               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1504       return;
1505     }
1506
1507     if (seq < 0 || res < 0)
1508     {
1509       return;
1510     }
1511
1512     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
1513
1514     if ((sequence == null) || (res > sequence.getLength()))
1515     {
1516       return;
1517     }
1518
1519     stretchGroup = av.getSelectionGroup();
1520
1521     if (stretchGroup == null)
1522     {
1523       stretchGroup = av.getAlignment().findGroup(sequence);
1524
1525       if ((stretchGroup != null) && (res > stretchGroup.getStartRes())
1526               && (res < stretchGroup.getEndRes()))
1527       {
1528         av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1529       }
1530       else
1531       {
1532         stretchGroup = null;
1533       }
1534     }
1535     else if (!stretchGroup.getSequences(null).contains(sequence)
1536             || (stretchGroup.getStartRes() > res)
1537             || (stretchGroup.getEndRes() < res))
1538     {
1539       stretchGroup = null;
1540
1541       SequenceGroup[] allGroups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
1542
1543       if (allGroups != null)
1544       {
1545         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)
1546         {
1547           if ((allGroups[i].getStartRes() <= res)
1548                   && (allGroups[i].getEndRes() >= res))
1549           {
1550             stretchGroup = allGroups[i];
1551             break;
1552           }
1553         }
1554       }
1555
1556       av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1557
1558     }
1559
1560     if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
1561     {
1562       List<SequenceFeature> allFeatures = ap.getFeatureRenderer().findFeaturesAtRes(
1563               sequence.getDatasetSequence(), sequence.findPosition(res));
1564       Vector links = new Vector();
1565       for (SequenceFeature sf:allFeatures)
1566       {
1567         if (sf.links != null)
1568         {
1569           for (int j = 0; j < sf.links.size(); j++)
1570           {
1571             links.addElement(sf.links.elementAt(j));
1572           }
1573         }
1574       }
1575
1576       jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(ap, null, links);
1577       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
1578       return;
1579     }
1580
1581     if (av.cursorMode)
1582     {
1583       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);
1584       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);
1585       seqCanvas.repaint();
1586       return;
1587     }
1588
1589     if (stretchGroup == null)
1590     {
1591       // Only if left mouse button do we want to change group sizes
1592
1593       // define a new group here
1594       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
1595       sg.setStartRes(res);
1596       sg.setEndRes(res);
1597       sg.addSequence(sequence, false);
1598       av.setSelectionGroup(sg);
1599
1600       stretchGroup = sg;
1601
1602       if (av.getConservationSelected())
1603       {
1604         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1605                 "Background");
1606       }
1607
1608       if (av.getAbovePIDThreshold())
1609       {
1610         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1611                 "Background");
1612       }
1613       if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))
1614       {
1615         // Edit end res position of selected group
1616         changeEndRes = true;
1617       }
1618       else if ((stretchGroup != null)
1619               && (stretchGroup.getStartRes() == res))
1620       {
1621         // Edit end res position of selected group
1622         changeStartRes = true;
1623       }
1624       stretchGroup.getWidth();
1625     }
1626
1627     seqCanvas.repaint();
1628   }
1629
1630   /**
1631    * DOCUMENT ME!
1632    *
1633    * @param evt
1634    *          DOCUMENT ME!
1635    */
1636   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)
1637   {
1638     if (stretchGroup == null)
1639     {
1640       return;
1641     }
1642
1643     stretchGroup.recalcConservation(); // always do this - annotation has own
1644                                        // state
1645     if (stretchGroup.cs != null)
1646     {
1647       stretchGroup.cs.alignmentChanged(stretchGroup,
1648               av.getHiddenRepSequences());
1649
1650       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())
1651       {
1652         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,
1653                 stretchGroup.getName());
1654       }
1655       else
1656       {
1657         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,
1658                 stretchGroup.getName());
1659       }
1660     }
1661     PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
1662     ap.paintAlignment(true);
1663
1664     changeEndRes = false;
1665     changeStartRes = false;
1666     stretchGroup = null;
1667     av.sendSelection();
1668   }
1669
1670   /**
1671    * DOCUMENT ME!
1672    *
1673    * @param evt
1674    *          DOCUMENT ME!
1675    */
1676   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)
1677   {
1678     int res = findRes(evt);
1679     int y = findSeq(evt);
1680
1681     if (wrappedBlock != startWrapBlock)
1682     {
1683       return;
1684     }
1685
1686     if (stretchGroup == null)
1687     {
1688       return;
1689     }
1690
1691     if (res >= av.getAlignment().getWidth())
1692     {
1693       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
1694     }
1695
1696     if (stretchGroup.getEndRes() == res)
1697     {
1698       // Edit end res position of selected group
1699       changeEndRes = true;
1700     }
1701     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)
1702     {
1703       // Edit start res position of selected group
1704       changeStartRes = true;
1705     }
1706
1707     if (res < av.getStartRes())
1708     {
1709       res = av.getStartRes();
1710     }
1711
1712     if (changeEndRes)
1713     {
1714       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))
1715       {
1716         stretchGroup.setEndRes(res);
1717       }
1718     }
1719     else if (changeStartRes)
1720     {
1721       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))
1722       {
1723         stretchGroup.setStartRes(res);
1724       }
1725     }
1726
1727     int dragDirection = 0;
1728
1729     if (y > oldSeq)
1730     {
1731       dragDirection = 1;
1732     }
1733     else if (y < oldSeq)
1734     {
1735       dragDirection = -1;
1736     }
1737
1738     while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1)
1739             && (y < av.getAlignment().getHeight()))
1740     {
1741       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the
1742       // selection is quite slow.
1743       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1744
1745       oldSeq += dragDirection;
1746
1747       if (oldSeq < 0)
1748       {
1749         break;
1750       }
1751
1752       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1753
1754       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))
1755       {
1756         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);
1757       }
1758       else
1759       {
1760         if (seq != null)
1761         {
1762           stretchGroup.addSequence(seq, false);
1763         }
1764
1765         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);
1766       }
1767     }
1768
1769     if (oldSeq < 0)
1770     {
1771       oldSeq = -1;
1772     }
1773
1774     mouseDragging = true;
1775
1776     if (scrollThread != null)
1777     {
1778       scrollThread.setEvent(evt);
1779     }
1780
1781     seqCanvas.repaint();
1782   }
1783
1784   void scrollCanvas(MouseEvent evt)
1785   {
1786     if (evt == null)
1787     {
1788       if (scrollThread != null)
1789       {
1790         scrollThread.running = false;
1791         scrollThread = null;
1792       }
1793       mouseDragging = false;
1794     }
1795     else
1796     {
1797       if (scrollThread == null)
1798       {
1799         scrollThread = new ScrollThread();
1800       }
1801
1802       mouseDragging = true;
1803       scrollThread.setEvent(evt);
1804     }
1805
1806   }
1807
1808   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
1809   class ScrollThread extends Thread
1810   {
1811     MouseEvent evt;
1812
1813     boolean running = false;
1814
1815     public ScrollThread()
1816     {
1817       start();
1818     }
1819
1820     public void setEvent(MouseEvent e)
1821     {
1822       evt = e;
1823     }
1824
1825     public void stopScrolling()
1826     {
1827       running = false;
1828     }
1829
1830     @Override
1831     public void run()
1832     {
1833       running = true;
1834
1835       while (running)
1836       {
1837         if (evt != null)
1838         {
1839           if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) && (av.getStartSeq() > 0))
1840           {
1841             running = ap.scrollUp(true);
1842           }
1843
1844           if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight())
1845                   && (av.getAlignment().getHeight() > av.getEndSeq()))
1846           {
1847             running = ap.scrollUp(false);
1848           }
1849
1850           if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))
1851           {
1852             running = ap.scrollRight(false);
1853           }
1854           else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))
1855           {
1856             running = ap.scrollRight(true);
1857           }
1858         }
1859
1860         try
1861         {
1862           Thread.sleep(20);
1863         } catch (Exception ex)
1864         {
1865         }
1866       }
1867     }
1868   }
1869
1870   /**
1871    * modify current selection according to a received message.
1872    */
1873   @Override
1874   public void selection(SequenceGroup seqsel, ColumnSelection colsel,
1875           SelectionSource source)
1876   {
1877     // TODO: fix this hack - source of messages is align viewport, but SeqPanel
1878     // handles selection messages...
1879     // TODO: extend config options to allow user to control if selections may be
1880     // shared between viewports.
1881     boolean iSentTheSelection = (av == source
1882             || (source instanceof AlignViewport && ((AlignmentViewport) source)
1883             .getSequenceSetId().equals(av.getSequenceSetId())));
1884     if (iSentTheSelection || !av.followSelection)
1885     {
1886       return;
1887     }
1888
1889     /*
1890      * Ignore the selection if there is one of our own pending.
1891      */
1892     if (av.isSelectionGroupChanged(false) || av.isColSelChanged(false))
1893     {
1894       return;
1895     }
1896
1897     /*
1898      * Check for selection in a view of which this one is a dna/protein
1899      * complement.
1900      */
1901     if (selectionFromTranslation(seqsel, colsel, source))
1902     {
1903       return;
1904     }
1905
1906     // do we want to thread this ? (contention with seqsel and colsel locks, I
1907     // suspect)
1908     // rules are: colsel is copied if there is a real intersection between
1909     // sequence selection
1910     boolean repaint = false;
1911     boolean copycolsel = true;
1912
1913     SequenceGroup sgroup = null;
1914     if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
1915     {
1916       if (av.getAlignment() == null)
1917       {
1918         jalview.bin.Cache.log.warn("alignviewport av SeqSetId="
1919                 + av.getSequenceSetId() + " ViewId=" + av.getViewId()
1920                 + " 's alignment is NULL! returning immediately.");
1921         return;
1922       }
1923       sgroup = seqsel.intersect(av.getAlignment(),
1924               (av.hasHiddenRows()) ? av.getHiddenRepSequences() : null);
1925       if ((sgroup == null || sgroup.getSize() == 0)
1926               || (colsel == null || colsel.size() == 0))
1927       {
1928         // don't copy columns if the region didn't intersect.
1929         copycolsel = false;
1930       }
1931     }
1932     if (sgroup != null && sgroup.getSize() > 0)
1933     {
1934       av.setSelectionGroup(sgroup);
1935     }
1936     else
1937     {
1938       av.setSelectionGroup(null);
1939     }
1940     av.isSelectionGroupChanged(true);
1941     repaint = true;
1942
1943     if (copycolsel)
1944     {
1945       // the current selection is unset or from a previous message
1946       // so import the new colsel.
1947       if (colsel == null || colsel.size() == 0)
1948       {
1949         if (av.getColumnSelection() != null)
1950         {
1951           av.getColumnSelection().clear();
1952           repaint = true;
1953         }
1954       }
1955       else
1956       {
1957         // TODO: shift colSel according to the intersecting sequences
1958         if (av.getColumnSelection() == null)
1959         {
1960           av.setColumnSelection(new ColumnSelection(colsel));
1961         }
1962         else
1963         {
1964           av.getColumnSelection().setElementsFrom(colsel);
1965         }
1966       }
1967       av.isColSelChanged(true);
1968       repaint = true;
1969     }
1970
1971     if (copycolsel
1972             && av.hasHiddenColumns()
1973             && (av.getColumnSelection() == null || av.getColumnSelection()
1974                     .getHiddenColumns() == null))
1975     {
1976       System.err.println("Bad things");
1977     }
1978     if (repaint) // always true!
1979     {
1980       // probably finessing with multiple redraws here
1981       PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
1982       // ap.paintAlignment(false);
1983     }
1984   }
1985
1986   /**
1987    * If this panel is a cdna/protein translation view of the selection source,
1988    * tries to map the source selection to a local one, and returns true. Else
1989    * returns false.
1990    *
1991    * @param seqsel
1992    * @param colsel
1993    * @param source
1994    */
1995   protected boolean selectionFromTranslation(SequenceGroup seqsel,
1996           ColumnSelection colsel, SelectionSource source)
1997   {
1998     if (!(source instanceof AlignViewportI)) {
1999       return false;
2000     }
2001     final AlignViewportI sourceAv = (AlignViewportI) source;
2002     if (sourceAv.getCodingComplement() != av && av.getCodingComplement() != sourceAv)
2003     {
2004       return false;
2005     }
2006
2007     /*
2008      * Map sequence selection
2009      */
2010     SequenceGroup sg = MappingUtils.mapSequenceGroup(seqsel, sourceAv, av);
2011     av.setSelectionGroup(sg);
2012     av.isSelectionGroupChanged(true);
2013
2014     /*
2015      * Map column selection
2016      */
2017     ColumnSelection cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, sourceAv,
2018             av);
2019     av.setColumnSelection(cs);
2020     av.isColSelChanged(true);
2021
2022     PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
2023
2024     return true;
2025   }
2026 }