src/jalview/gui/SequenceFetcher.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 import java.awt.*;
  25 import java.awt.event.*;
  26
  27 import javax.swing.*;
  28
  29 import MCview.*;
  30 import jalview.datamodel.*;
  31 import jalview.datamodel.xdb.embl.*;
  32 import java.io.File;
  33 import jalview.io.*;
  34 import jalview.ws.DBRefFetcher;
  35 import jalview.ws.ebi.EBIFetchClient;
  36 import jalview.ws.seqfetcher.ASequenceFetcher;
  37 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  38
  39 import java.awt.Rectangle;
  40 import java.awt.BorderLayout;
  41 import java.awt.Dimension;
  42
  43 public class SequenceFetcher
  44 extends JPanel implements Runnable
  45 {
  46   // ASequenceFetcher sfetch;
  47   JInternalFrame frame;
  48   IProgressIndicator guiWindow;
  49   AlignFrame alignFrame;
  50   StringBuffer result;
  51   final String noDbSelected = "-- Select Database --";
  52   Hashtable sources = new Hashtable();
  53   private static jalview.ws.SequenceFetcher sfetch=null;
  54   public SequenceFetcher(IProgressIndicator guiIndic)
  55   {
  56       final IProgressIndicator guiWindow = guiIndic;
  57       final SequenceFetcher us = this;
  58       // launch initialiser thread
  59       Thread sf = new Thread(new Runnable() {
  60
  61         public void run()
  62         {
  63           if (sfetch==null)
  64           {
  65             /**
  66            * give a visual indication that sequence fetcher construction is occuring
  67            */
  68           if ( guiWindow!=null )
  69             {
  70               guiWindow.setProgressBar("Initialising Sequence Database Fetchers", this.hashCode());
  71             }
  72             jalview.ws.SequenceFetcher sf = new jalview.ws.SequenceFetcher();
  73             if ( guiWindow!=null )
  74             {
  75               guiWindow.setProgressBar("Initialising Sequence Database Fetchers", this.hashCode());
  76             }
  77             sfetch = sf;
  78
  79           }
  80           us.initGui(guiWindow);
  81         }
  82       });
  83       sf.start();
  84   }
  85   /**
  86    * called by thread spawned by constructor
  87    * @param guiWindow
  88    */
  89   private void initGui(IProgressIndicator guiWindow) {
  90     this.guiWindow = guiWindow;
  91     if (guiWindow instanceof AlignFrame)
  92     {
  93       alignFrame = (AlignFrame) guiWindow;
  94     }
  95
  96     database.addItem(noDbSelected);
  97     /*
  98      * Dynamically generated database list
  99      * will need a translation function from
 100      * internal source to externally distinct names.
 101      * UNIPROT and UP_NAME are identical DB sources,
 102      * and should be collapsed.
 103      */
 104
 105     String dbs[] = sfetch.getOrderedSupportedSources();
 106     for (int i=0; i<dbs.length;i++)
 107     {
 108       if (!sources.containsValue(dbs[i]))
 109       {
 110         String name = sfetch.getSourceProxy(dbs[i]).getDbName();
 111         // duplicate source names are thrown away, here.
 112         if (!sources.containsKey(name))
 113         {
 114           database.addItem(name);
 115         }
 116         // overwrite with latest version of the retriever for this source
 117         sources.put(name, dbs[i]);
 118       }
 119     }
 120     try
 121     {
 122       jbInit();
 123     }
 124     catch (Exception ex)
 125     {
 126       ex.printStackTrace();
 127     }
 128
 129     frame = new JInternalFrame();
 130     frame.setContentPane(this);
 131     if (new jalview.util.Platform().isAMac())
 132     {
 133       Desktop.addInternalFrame(frame, getFrameTitle(), 400, 140);
 134     }
 135     else
 136     {
 137       Desktop.addInternalFrame(frame, getFrameTitle(), 400, 125);
 138     }
 139   }
 140
 141   private String getFrameTitle()
 142   {
 143     return ( (alignFrame == null) ? "New " : "Additional ") +
 144     "Sequence Fetcher";
 145   }
 146
 147   private void jbInit()
 148   throws Exception
 149   {
 150     this.setLayout(borderLayout2);
 151
 152     database.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 153     dbeg.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.BOLD, 11));
 154     jLabel1.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.ITALIC, 11));
 155     jLabel1.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
 156     jLabel1.setText(
 157     "Separate multiple accession ids with semi colon \";\"");
 158     ok.setText("OK");
 159     ok.addActionListener(new ActionListener()
 160     {
 161       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 162       {
 163         ok_actionPerformed();
 164       }
 165     });
 166     clear.setText("Clear");
 167     clear.addActionListener(new ActionListener()
 168     {
 169       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 170       {
 171         clear_actionPerformed();
 172       }
 173     });
 174
 175     example.setText("Example");
 176     example.addActionListener(new ActionListener()
 177     {
 178       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 179       {
 180         example_actionPerformed();
 181       }
 182     });
 183     close.setText("Close");
 184     close.addActionListener(new ActionListener()
 185     {
 186       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 187       {
 188         close_actionPerformed(e);
 189       }
 190     });
 191     textArea.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 192     textArea.setLineWrap(true);
 193     textArea.addKeyListener(new KeyAdapter()
 194     {
 195       public void keyPressed(KeyEvent e)
 196       {
 197         if(e.getKeyCode()==KeyEvent.VK_ENTER)
 198           ok_actionPerformed();
 199       }
 200     });
 201     jPanel3.setLayout(borderLayout1);
 202     borderLayout1.setVgap(5);
 203     jPanel1.add(ok);
 204     jPanel1.add(example);
 205     jPanel1.add(clear);
 206     jPanel1.add(close);
 207     jPanel3.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 208     jPanel2.setLayout(borderLayout3);
 209
 210     database.addActionListener(new ActionListener() {
 211
 212       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 213       {
 214         DbSourceProxy db=null;
 215         try {
 216           db = sfetch.getSourceProxy((String)sources.get(database.getSelectedItem()));
 217           dbeg.setText("Example query: "+db.getTestQuery());
 218         } catch (Exception ex)
 219         {
 220           dbeg.setText("");
 221         }
 222         jPanel2.repaint();
 223       }
 224     });
 225     dbeg.setText("");
 226     jPanel2.add(database, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 227     jPanel2.add(dbeg, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 228     jPanel2.add(jLabel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 229     // jPanel2.setPreferredSize(new Dimension())
 230     jPanel3.add(jScrollPane1, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 231     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 232     this.add(jPanel3, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 233     this.add(jPanel2,java.awt.BorderLayout.NORTH);
 234     jScrollPane1.getViewport().add(textArea);
 235
 236
 237   }
 238   protected void example_actionPerformed()
 239   {
 240     DbSourceProxy db=null;
 241     try {
 242       db = sfetch.getSourceProxy((String)sources.get(database.getSelectedItem()));
 243       textArea.setText(db.getTestQuery());
 244     } catch (Exception ex)
 245     {
 246     }
 247     jPanel3.repaint();
 248   }
 249
 250   protected void clear_actionPerformed()
 251   {
 252     textArea.setText("");
 253     jPanel3.repaint();
 254   }
 255   JLabel dbeg = new JLabel();
 256   JComboBox database = new JComboBox();
 257   JLabel jLabel1 = new JLabel();
 258   JButton ok = new JButton();
 259   JButton clear = new JButton();
 260   JButton example = new JButton();
 261   JButton close = new JButton();
 262   JPanel jPanel1 = new JPanel();
 263   JTextArea textArea = new JTextArea();
 264   JScrollPane jScrollPane1 = new JScrollPane();
 265   JPanel jPanel2 = new JPanel();
 266   JPanel jPanel3 = new JPanel();
 267   JPanel jPanel4 = new JPanel();
 268
 269   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 270   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();
 271   BorderLayout borderLayout3 = new BorderLayout();
 272   public void close_actionPerformed(ActionEvent e)
 273   {
 274     try
 275     {
 276       frame.setClosed(true);
 277     }
 278     catch (Exception ex)
 279     {}
 280   }
 281
 282   public void ok_actionPerformed()
 283   {
 284     database.setEnabled(false);
 285     textArea.setEnabled(false);
 286     ok.setEnabled(false);
 287     close.setEnabled(false);
 288
 289     Thread worker = new Thread(this);
 290     worker.start();
 291   }
 292
 293   private void resetDialog()
 294   {
 295     database.setEnabled(true);
 296     textArea.setEnabled(true);
 297     ok.setEnabled(true);
 298     close.setEnabled(true);
 299   }
 300
 301   public void run()
 302   {
 303     String error = "";
 304     if (database.getSelectedItem().equals(noDbSelected))
 305     {
 306       error += "Please select the source database\n";
 307     }
 308     com.stevesoft.pat.Regex empty = new com.stevesoft.pat.Regex("\\s+", "");
 309     textArea.setText(empty.replaceAll(textArea.getText()));
 310     if (textArea.getText().length() == 0)
 311     {
 312       error += "Please enter a (semi-colon separated list of) database id(s)";
 313     }
 314     if (error.length() > 0)
 315     {
 316       showErrorMessage(error);
 317       resetDialog();
 318       return;
 319     }
 320     AlignmentI aresult=null;
 321     try {
 322       guiWindow.setProgressBar("Fetching Sequences from "+database.getSelectedItem(), Thread.currentThread().hashCode());
 323       aresult = sfetch.getSourceProxy((String)sources.get(database.getSelectedItem()))
 324       .getSequenceRecords(textArea.getText());
 325
 326     }
 327     catch (Exception e)
 328     {
 329       showErrorMessage("Error retrieving " + textArea.getText()
 330               + " from " + database.getSelectedItem());
 331       //error +="Couldn't retrieve sequences from "+database.getSelectedItem();
 332       System.err.println("Retrieval failed for source ='"+database.getSelectedItem()+"' and query\n'"+textArea.getText()+"'\n");
 333       e.printStackTrace();
 334     }
 335     catch (OutOfMemoryError e)
 336     {
 337       showErrorMessage("Out of Memory when retrieving " + textArea.getText()
 338               + " from " + database.getSelectedItem()+"\nPlease see the Jalview FAQ for instructions for increasing the memory available to Jalview.\n");
 339       e.printStackTrace();
 340     }
 341     catch (Error e)
 342     {
 343       showErrorMessage("Serious Error retrieving " + textArea.getText()
 344               + " from " + database.getSelectedItem());
 345       e.printStackTrace();
 346     }
 347     guiWindow.setProgressBar(null, Thread.currentThread().hashCode());
 348     if (aresult!=null)
 349     {
 350       parseResult(aresult, null, null);
 351     }
 352     resetDialog();
 353   }
 354     /*
 355     result = new StringBuffer();
 356     if (database.getSelectedItem().equals("Uniprot"))
 357     {
 358       getUniprotFile(textArea.getText());
 359     }
 360     else if (database.getSelectedItem().equals("EMBL")
 361         || database.getSelectedItem().equals("EMBLCDS"))
 362     {
 363       String DBRefSource = database.getSelectedItem().equals("EMBLCDS")
 364       ? jalview.datamodel.DBRefSource.EMBLCDS
 365           : jalview.datamodel.DBRefSource.EMBL;
 366
 367       StringTokenizer st = new StringTokenizer(textArea.getText(), ";");
 368       SequenceI[] seqs = null;
 369       while(st.hasMoreTokens())
 370       {
 371         EBIFetchClient dbFetch = new EBIFetchClient();
 372         String qry = database.getSelectedItem().toString().toLowerCase(
 373         ) + ":" + st.nextToken();
 374         File reply = dbFetch.fetchDataAsFile(
 375             qry,
 376             "emblxml",null);
 377
 378         jalview.datamodel.xdb.embl.EmblFile efile=null;
 379         if (reply != null && reply.exists())
 380         {
 381           efile = jalview.datamodel.xdb.embl.EmblFile.getEmblFile(reply);
 382         }
 383         if (efile!=null) {
 384           for (Iterator i=efile.getEntries().iterator(); i.hasNext(); ) {
 385             EmblEntry entry = (EmblEntry) i.next();
 386             SequenceI[] seqparts = entry.getSequences(false,true, DBRefSource);
 387             if (seqparts!=null) {
 388               SequenceI[] newseqs = null;
 389               int si=0;
 390               if (seqs==null) {
 391                 newseqs = new SequenceI[seqparts.length];
 392               } else {
 393                 newseqs  = new SequenceI[seqs.length+seqparts.length];
 394
 395                 for (;si<seqs.length; si++) {
 396                   newseqs[si] = seqs[si];
 397                   seqs[si] = null;
 398                 }
 399               }
 400               for (int j=0;j<seqparts.length; si++, j++) {
 401                 newseqs[si] = seqparts[j].deriveSequence(); // place DBReferences on dataset and refer
 402               }
 403               seqs=newseqs;
 404
 405             }
 406           }
 407         } else {
 408           result.append("# no response for "+qry);
 409         }
 410       }
 411       if (seqs!=null && seqs.length>0) {
 412         if (parseResult(new Alignment(seqs), null, null)!=null)
 413         {
 414             result.append("# Successfully parsed the "+database.getSelectedItem()+" Queries into an Alignment");
 415         }
 416       }
 417     }
 418     else if (database.getSelectedItem().equals("PDB"))
 419     {
 420       StringTokenizer qset = new StringTokenizer(textArea.getText(), ";");
 421       String query;
 422       SequenceI[] seqs = null;
 423       while (qset.hasMoreTokens() && ((query = qset.nextToken())!=null))
 424       {
 425         SequenceI[] seqparts = getPDBFile(query.toUpperCase());
 426         if (seqparts != null)
 427         {
 428           if (seqs == null)
 429           {
 430             seqs = seqparts;
 431           }
 432           else
 433           {
 434             SequenceI[] newseqs = new SequenceI[seqs.length+seqparts.length];
 435             int i=0;
 436             for (; i < seqs.length; i++)
 437             {
 438               newseqs[i] = seqs[i];
 439               seqs[i] = null;
 440             }
 441             for (int j=0;j<seqparts.length; i++, j++)
 442             {
 443               newseqs[i] = seqparts[j];
 444             }
 445             seqs=newseqs;
 446           }
 447           result.append("# Success for "+query.toUpperCase()+"\n");
 448         }
 449       }
 450       if (seqs != null && seqs.length > 0)
 451       {
 452         if (parseResult(new Alignment(seqs), null, null)!=null)
 453         {
 454           result.append(
 455           "# Successfully parsed the PDB File Queries into an Alignment");
 456         }
 457       }
 458     }
 459     else if( database.getSelectedItem().equals("PFAM"))
 460     {
 461       try
 462       {
 463         result.append(new FastaFile(
 464             "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getalignment.pl?format=fal&acc="
 465             +  textArea.getText().toUpperCase(), "URL").print()
 466         );
 467
 468         if(result.length()>0)
 469         {
 470           parseResult( result.toString(), textArea.getText().toUpperCase() );
 471         }
 472
 473       }
 474       catch (java.io.IOException ex)
 475       {
 476         result = null;
 477       }
 478     }
 479
 480     if (result == null || result.length() == 0)
 481     {
 482       showErrorMessage("Error retrieving " + textArea.getText()
 483           + " from " + database.getSelectedItem());
 484     }
 485
 486     resetDialog();
 487     return;
 488   }
 489
 490   void getUniprotFile(String id)
 491   {
 492     EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient();
 493     File file = ebi.fetchDataAsFile("uniprot:" + id, "xml", null);
 494
 495     DBRefFetcher dbref = new DBRefFetcher();
 496     Vector entries = dbref.getUniprotEntries(file);
 497
 498     if (entries != null)
 499     {
 500       //First, make the new sequences
 501       Enumeration en = entries.elements();
 502       while (en.hasMoreElements())
 503       {
 504         UniprotEntry entry = (UniprotEntry) en.nextElement();
 505
 506         StringBuffer name = new StringBuffer(">UniProt/Swiss-Prot");
 507         Enumeration en2 = entry.getAccession().elements();
 508         while (en2.hasMoreElements())
 509         {
 510           name.append("|");
 511           name.append(en2.nextElement());
 512         }
 513         en2 = entry.getName().elements();
 514         while (en2.hasMoreElements())
 515         {
 516           name.append("|");
 517           name.append(en2.nextElement());
 518         }
 519
 520         if (entry.getProtein() != null)
 521         {
 522           name.append(" " + entry.getProtein().getName().elementAt(0));
 523         }
 524
 525         result.append(name + "\n" + entry.getUniprotSequence().getContent() +
 526         "\n");
 527
 528       }
 529
 530       //Then read in the features and apply them to the dataset
 531       Alignment al = parseResult(result.toString(), null);
 532       for (int i = 0; i < entries.size(); i++)
 533       {
 534         UniprotEntry entry = (UniprotEntry) entries.elementAt(i);
 535         Enumeration e = entry.getDbReference().elements();
 536         Vector onlyPdbEntries = new Vector();
 537         while (e.hasMoreElements())
 538         {
 539           PDBEntry pdb = (PDBEntry) e.nextElement();
 540           if (!pdb.getType().equals("PDB"))
 541           {
 542             continue;
 543           }
 544
 545           onlyPdbEntries.addElement(pdb);
 546         }
 547
 548         Enumeration en2 = entry.getAccession().elements();
 549         while (en2.hasMoreElements())
 550         {
 551           al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence().addDBRef(new DBRefEntry(
 552               DBRefSource.UNIPROT,
 553               "0",
 554               en2.nextElement().toString()));
 555         }
 556
 557
 558
 559
 560         al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence().setPDBId(onlyPdbEntries);
 561         if (entry.getFeature() != null)
 562         {
 563           e = entry.getFeature().elements();
 564           while (e.hasMoreElements())
 565           {
 566             SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();
 567             sf.setFeatureGroup("Uniprot");
 568             al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence().addSequenceFeature( sf );
 569           }
 570         }
 571       }
 572     }
 573   }
 574
 575   SequenceI[] getPDBFile(String id)
 576   {
 577     Vector result = new Vector();
 578     String chain = null;
 579     if (id.indexOf(":") > -1)
 580     {
 581       chain = id.substring(id.indexOf(":") + 1);
 582       id = id.substring(0, id.indexOf(":"));
 583     }
 584
 585     EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient();
 586     String file = ebi.fetchDataAsFile("pdb:" + id, "pdb", "raw").
 587     getAbsolutePath();
 588     if (file == null)
 589     {
 590       return null;
 591     }
 592     try
 593     {
 594       PDBfile pdbfile = new PDBfile(file, jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE);
 595       for (int i = 0; i < pdbfile.chains.size(); i++)
 596       {
 597         if (chain == null ||
 598             ( (PDBChain) pdbfile.chains.elementAt(i)).id.
 599             toUpperCase().equals(chain))
 600         {
 601           PDBChain pdbchain = (PDBChain) pdbfile.chains.elementAt(i);
 602           // Get the Chain's Sequence - who's dataset includes any special features added from the PDB file
 603           SequenceI sq = pdbchain.sequence;
 604           // Specially formatted name for the PDB chain sequences retrieved from the PDB
 605           sq.setName("PDB|"+id+"|"+sq.getName());
 606           // Might need to add more metadata to the PDBEntry object
 607           // like below
 608           /*
 609            * PDBEntry entry = new PDBEntry();
 610             // Construct the PDBEntry
 611             entry.setId(id);
 612             if (entry.getProperty() == null)
 613                 entry.setProperty(new Hashtable());
 614             entry.getProperty().put("chains",
 615                         pdbchain.id
 616                         + "=" + sq.getStart()
 617                         + "-" + sq.getEnd());
 618             sq.getDatasetSequence().addPDBId(entry);
 619            *
 620           // Add PDB DB Refs
 621           // We make a DBRefEtntry because we have obtained the PDB file from a verifiable source
 622           // JBPNote - PDB DBRefEntry should also carry the chain and mapping information
 623           DBRefEntry dbentry = new DBRefEntry(jalview.datamodel.DBRefSource.PDB,
 624               "0", id + pdbchain.id);
 625           sq.addDBRef(dbentry);
 626           // and add seuqence to the retrieved set
 627           result.addElement(sq.deriveSequence());
 628         }
 629       }
 630
 631       if (result.size() < 1)
 632       {
 633         throw new Exception("WsDBFetch for PDB id resulted in zero result size");
 634       }
 635     }
 636     catch (Exception ex) // Problem parsing PDB file
 637     {
 638       jalview.bin.Cache.log.warn("Exception when retrieving " +
 639           textArea.getText() + " from " +
 640           database.getSelectedItem(), ex);
 641       return null;
 642     }
 643
 644
 645     SequenceI[] results = new SequenceI[result.size()];
 646     for (int i = 0, j = result.size(); i < j; i++)
 647     {
 648       results[i] = (SequenceI) result.elementAt(i);
 649       result.setElementAt(null,i);
 650     }
 651     return results;
 652   }*/
 653   AlignmentI parseResult(String result, String title)
 654   {
 655     String format = new IdentifyFile().Identify(result, "Paste");
 656     Alignment sequences = null;
 657     if (FormatAdapter.isValidFormat(format))
 658     {
 659       sequences = null;
 660       try
 661       {
 662         sequences = new FormatAdapter().readFile(result.toString(), "Paste",
 663             format);
 664       }
 665       catch (Exception ex)
 666       {}
 667
 668       if (sequences!=null)
 669       {
 670         return parseResult(sequences, title, format);
 671       }
 672     }
 673     else
 674     {
 675       showErrorMessage("Error retrieving " + textArea.getText()
 676           + " from " + database.getSelectedItem());
 677     }
 678
 679     return null;
 680   }
 681
 682   AlignmentI parseResult(AlignmentI al, String title, String currentFileFormat)
 683   {
 684
 685     if (al != null && al.getHeight() > 0)
 686     {
 687       if (alignFrame == null)
 688       {
 689         AlignFrame af = new AlignFrame(al,
 690             AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 691             AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 692         if (currentFileFormat!=null)
 693         {
 694           af.currentFileFormat = currentFileFormat; // WHAT IS THE DEFAULT FORMAT FOR NON-FormatAdapter Sourced Alignments?
 695         }
 696
 697         if(title==null)
 698         {
 699           title = "Retrieved from " + database.getSelectedItem();
 700         }
 701
 702         Desktop.addInternalFrame(af,
 703             title,
 704             AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 705             AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 706
 707         af.statusBar.setText("Successfully pasted alignment file");
 708
 709         try
 710         {
 711           af.setMaximum(jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN", false));
 712         }
 713         catch (Exception ex)
 714         {}
 715       }
 716       else
 717       {
 718         for (int i = 0; i < al.getHeight(); i++)
 719         {
 720           alignFrame.viewport.alignment.addSequence(al.getSequenceAt(i)); // this also creates dataset sequence entries
 721         }
 722         alignFrame.viewport.setEndSeq(alignFrame.viewport.alignment.
 723             getHeight());
 724         alignFrame.viewport.alignment.getWidth();
 725         alignFrame.viewport.firePropertyChange("alignment", null,
 726             alignFrame.viewport.
 727             getAlignment().getSequences());
 728       }
 729     }
 730     return al;
 731   }
 732
 733   void showErrorMessage(final String error)
 734   {
 735     resetDialog();
 736     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 737     {
 738       public void run()
 739       {
 740         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 741             error, "Error Retrieving Data",
 742             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 743       }
 744     });
 745   }
 746 }
 747