src/jalview/gui/SequenceFetcher.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 import java.awt.*;
  25 import java.awt.event.*;
  26
  27 import javax.swing.*;
  28
  29 import MCview.*;
  30 import jalview.datamodel.*;
  31 import jalview.datamodel.xdb.embl.*;
  32 import java.io.File;
  33 import jalview.io.*;
  34 import jalview.ws.DBRefFetcher;
  35 import jalview.ws.ebi.EBIFetchClient;
  36 import jalview.ws.seqfetcher.ASequenceFetcher;
  37 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  38
  39 import java.awt.Rectangle;
  40 import java.awt.BorderLayout;
  41 import java.awt.Dimension;
  42
  43 public class SequenceFetcher extends JPanel implements Runnable
  44 {
  45   // ASequenceFetcher sfetch;
  46   JInternalFrame frame;
  47
  48   IProgressIndicator guiWindow;
  49
  50   AlignFrame alignFrame;
  51
  52   StringBuffer result;
  53
  54   final String noDbSelected = "-- Select Database --";
  55
  56   Hashtable sources = new Hashtable();
  57
  58   private static jalview.ws.SequenceFetcher sfetch = null;
  59
  60   private static String dasRegistry = null;
  61
  62   /**
  63    * Blocking method that initialises and returns the shared instance of the
  64    * SequenceFetcher client
  65    *
  66    * @param guiWindow -
  67    *                where the initialisation delay message should be shown
  68    * @return the singleton instance of the sequence fetcher client
  69    */
  70   public static jalview.ws.SequenceFetcher getSequenceFetcherSingleton(
  71           final IProgressIndicator guiWindow)
  72   {
  73     if (sfetch == null
  74             || dasRegistry != DasSourceBrowser.getDasRegistryURL())
  75     {
  76       /**
  77        * give a visual indication that sequence fetcher construction is occuring
  78        */
  79       if (guiWindow != null)
  80       {
  81         guiWindow.setProgressBar("Initialising Sequence Database Fetchers",
  82                 Thread.currentThread().hashCode());
  83       }
  84       dasRegistry = DasSourceBrowser.getDasRegistryURL();
  85       jalview.ws.SequenceFetcher sf = new jalview.ws.SequenceFetcher();
  86       if (guiWindow != null)
  87       {
  88         guiWindow.setProgressBar("Initialising Sequence Database Fetchers",
  89                 Thread.currentThread().hashCode());
  90       }
  91       sfetch = sf;
  92
  93     }
  94     return sfetch;
  95   }
  96
  97   public SequenceFetcher(IProgressIndicator guiIndic)
  98   {
  99     final IProgressIndicator guiWindow = guiIndic;
 100     final SequenceFetcher us = this;
 101     // launch initialiser thread
 102     Thread sf = new Thread(new Runnable()
 103     {
 104
 105       public void run()
 106       {
 107         if (getSequenceFetcherSingleton(guiWindow) != null)
 108         {
 109           us.initGui(guiWindow);
 110         }
 111         else
 112         {
 113           javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 114           {
 115             public void run()
 116             {
 117               JOptionPane
 118                       .showInternalMessageDialog(
 119                               Desktop.desktop,
 120                               "Could not create the sequence fetcher client. Check error logs for details.",
 121                               "Couldn't create SequenceFetcher",
 122                               JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 123             }
 124           });
 125
 126           // raise warning dialog
 127         }
 128       }
 129     });
 130     sf.start();
 131   }
 132
 133   /**
 134    * called by thread spawned by constructor
 135    *
 136    * @param guiWindow
 137    */
 138   private void initGui(IProgressIndicator guiWindow)
 139   {
 140     this.guiWindow = guiWindow;
 141     if (guiWindow instanceof AlignFrame)
 142     {
 143       alignFrame = (AlignFrame) guiWindow;
 144     }
 145
 146     database.addItem(noDbSelected);
 147     /*
 148      * Dynamically generated database list will need a translation function from
 149      * internal source to externally distinct names. UNIPROT and UP_NAME are
 150      * identical DB sources, and should be collapsed.
 151      */
 152
 153     String dbs[] = sfetch.getOrderedSupportedSources();
 154     for (int i = 0; i < dbs.length; i++)
 155     {
 156       if (!sources.containsValue(dbs[i]))
 157       {
 158         String name = sfetch.getSourceProxy(dbs[i]).getDbName();
 159         // duplicate source names are thrown away, here.
 160         if (!sources.containsKey(name))
 161         {
 162           database.addItem(name);
 163         }
 164         // overwrite with latest version of the retriever for this source
 165         sources.put(name, dbs[i]);
 166       }
 167     }
 168     try
 169     {
 170       jbInit();
 171     } catch (Exception ex)
 172     {
 173       ex.printStackTrace();
 174     }
 175
 176     frame = new JInternalFrame();
 177     frame.setContentPane(this);
 178     if (new jalview.util.Platform().isAMac())
 179     {
 180       Desktop.addInternalFrame(frame, getFrameTitle(), 400, 180);
 181     }
 182     else
 183     {
 184       Desktop.addInternalFrame(frame, getFrameTitle(), 400, 140);
 185     }
 186   }
 187
 188   private String getFrameTitle()
 189   {
 190     return ((alignFrame == null) ? "New " : "Additional ")
 191             + "Sequence Fetcher";
 192   }
 193
 194   private void jbInit() throws Exception
 195   {
 196     this.setLayout(borderLayout2);
 197
 198     database.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 199     dbeg.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.BOLD, 11));
 200     jLabel1.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.ITALIC, 11));
 201     jLabel1.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
 202     jLabel1
 203             .setText("Separate multiple accession ids with semi colon \";\"");
 204     ok.setText("OK");
 205     ok.addActionListener(new ActionListener()
 206     {
 207       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 208       {
 209         ok_actionPerformed();
 210       }
 211     });
 212     clear.setText("Clear");
 213     clear.addActionListener(new ActionListener()
 214     {
 215       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 216       {
 217         clear_actionPerformed();
 218       }
 219     });
 220
 221     example.setText("Example");
 222     example.addActionListener(new ActionListener()
 223     {
 224       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 225       {
 226         example_actionPerformed();
 227       }
 228     });
 229     close.setText("Close");
 230     close.addActionListener(new ActionListener()
 231     {
 232       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 233       {
 234         close_actionPerformed(e);
 235       }
 236     });
 237     textArea.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 238     textArea.setLineWrap(true);
 239     textArea.addKeyListener(new KeyAdapter()
 240     {
 241       public void keyPressed(KeyEvent e)
 242       {
 243         if (e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 244           ok_actionPerformed();
 245       }
 246     });
 247     jPanel3.setLayout(borderLayout1);
 248     borderLayout1.setVgap(5);
 249     jPanel1.add(ok);
 250     jPanel1.add(example);
 251     jPanel1.add(clear);
 252     jPanel1.add(close);
 253     jPanel3.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 254     jPanel2.setLayout(borderLayout3);
 255
 256     database.addActionListener(new ActionListener()
 257     {
 258
 259       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 260       {
 261         DbSourceProxy db = null;
 262         try
 263         {
 264           db = sfetch.getSourceProxy((String) sources.get(database
 265                   .getSelectedItem()));
 266           dbeg.setText("Example query: " + db.getTestQuery());
 267         } catch (Exception ex)
 268         {
 269           dbeg.setText("");
 270         }
 271         jPanel2.repaint();
 272       }
 273     });
 274     dbeg.setText("");
 275     jPanel2.add(database, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 276     jPanel2.add(dbeg, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 277     jPanel2.add(jLabel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 278     // jPanel2.setPreferredSize(new Dimension())
 279     jPanel3.add(jScrollPane1, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 280     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 281     this.add(jPanel3, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 282     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 283     jScrollPane1.getViewport().add(textArea);
 284
 285   }
 286
 287   protected void example_actionPerformed()
 288   {
 289     DbSourceProxy db = null;
 290     try
 291     {
 292       db = sfetch.getSourceProxy((String) sources.get(database
 293               .getSelectedItem()));
 294       textArea.setText(db.getTestQuery());
 295     } catch (Exception ex)
 296     {
 297     }
 298     jPanel3.repaint();
 299   }
 300
 301   protected void clear_actionPerformed()
 302   {
 303     textArea.setText("");
 304     jPanel3.repaint();
 305   }
 306
 307   JLabel dbeg = new JLabel();
 308
 309   JComboBox database = new JComboBox();
 310
 311   JLabel jLabel1 = new JLabel();
 312
 313   JButton ok = new JButton();
 314
 315   JButton clear = new JButton();
 316
 317   JButton example = new JButton();
 318
 319   JButton close = new JButton();
 320
 321   JPanel jPanel1 = new JPanel();
 322
 323   JTextArea textArea = new JTextArea();
 324
 325   JScrollPane jScrollPane1 = new JScrollPane();
 326
 327   JPanel jPanel2 = new JPanel();
 328
 329   JPanel jPanel3 = new JPanel();
 330
 331   JPanel jPanel4 = new JPanel();
 332
 333   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 334
 335   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();
 336
 337   BorderLayout borderLayout3 = new BorderLayout();
 338
 339   public void close_actionPerformed(ActionEvent e)
 340   {
 341     try
 342     {
 343       frame.setClosed(true);
 344     } catch (Exception ex)
 345     {
 346     }
 347   }
 348
 349   public void ok_actionPerformed()
 350   {
 351     database.setEnabled(false);
 352     textArea.setEnabled(false);
 353     ok.setEnabled(false);
 354     close.setEnabled(false);
 355
 356     Thread worker = new Thread(this);
 357     worker.start();
 358   }
 359
 360   private void resetDialog()
 361   {
 362     database.setEnabled(true);
 363     textArea.setEnabled(true);
 364     ok.setEnabled(true);
 365     close.setEnabled(true);
 366   }
 367
 368   public void run()
 369   {
 370     String error = "";
 371     if (database.getSelectedItem().equals(noDbSelected))
 372     {
 373       error += "Please select the source database\n";
 374     }
 375     com.stevesoft.pat.Regex empty = new com.stevesoft.pat.Regex("\\s+", "");
 376     textArea.setText(empty.replaceAll(textArea.getText()));
 377     if (textArea.getText().length() == 0)
 378     {
 379       error += "Please enter a (semi-colon separated list of) database id(s)";
 380     }
 381     if (error.length() > 0)
 382     {
 383       showErrorMessage(error);
 384       resetDialog();
 385       return;
 386     }
 387     AlignmentI aresult = null;
 388     try
 389     {
 390       guiWindow.setProgressBar("Fetching Sequences from "
 391               + database.getSelectedItem(), Thread.currentThread()
 392               .hashCode());
 393       aresult = sfetch.getSourceProxy(
 394               (String) sources.get(database.getSelectedItem()))
 395               .getSequenceRecords(textArea.getText());
 396
 397     } catch (Exception e)
 398     {
 399       showErrorMessage("Error retrieving " + textArea.getText() + " from "
 400               + database.getSelectedItem());
 401       // error +="Couldn't retrieve sequences from "+database.getSelectedItem();
 402       System.err.println("Retrieval failed for source ='"
 403               + database.getSelectedItem() + "' and query\n'"
 404               + textArea.getText() + "'\n");
 405       e.printStackTrace();
 406     } catch (OutOfMemoryError e)
 407     {
 408       // resets dialog box - so we don't use OOMwarning here.
 409       showErrorMessage("Out of Memory when retrieving "
 410               + textArea.getText()
 411               + " from "
 412               + database.getSelectedItem()
 413               + "\nPlease see the Jalview FAQ for instructions for increasing the memory available to Jalview.\n");
 414       e.printStackTrace();
 415     } catch (Error e)
 416     {
 417       showErrorMessage("Serious Error retrieving " + textArea.getText()
 418               + " from " + database.getSelectedItem());
 419       e.printStackTrace();
 420     }
 421     if (aresult != null)
 422     {
 423       parseResult(aresult, null, null);
 424     }
 425     // only remove visual delay after we finished parsing.
 426     guiWindow.setProgressBar(null, Thread.currentThread().hashCode());
 427     resetDialog();
 428   }
 429
 430   /*
 431    * result = new StringBuffer(); if
 432    * (database.getSelectedItem().equals("Uniprot")) {
 433    * getUniprotFile(textArea.getText()); } else if
 434    * (database.getSelectedItem().equals("EMBL") ||
 435    * database.getSelectedItem().equals("EMBLCDS")) { String DBRefSource =
 436    * database.getSelectedItem().equals("EMBLCDS") ?
 437    * jalview.datamodel.DBRefSource.EMBLCDS : jalview.datamodel.DBRefSource.EMBL;
 438    *
 439    * StringTokenizer st = new StringTokenizer(textArea.getText(), ";");
 440    * SequenceI[] seqs = null; while(st.hasMoreTokens()) { EBIFetchClient dbFetch =
 441    * new EBIFetchClient(); String qry =
 442    * database.getSelectedItem().toString().toLowerCase( ) + ":" +
 443    * st.nextToken(); File reply = dbFetch.fetchDataAsFile( qry, "emblxml",null);
 444    *
 445    * jalview.datamodel.xdb.embl.EmblFile efile=null; if (reply != null &&
 446    * reply.exists()) { efile =
 447    * jalview.datamodel.xdb.embl.EmblFile.getEmblFile(reply); } if (efile!=null) {
 448    * for (Iterator i=efile.getEntries().iterator(); i.hasNext(); ) { EmblEntry
 449    * entry = (EmblEntry) i.next(); SequenceI[] seqparts =
 450    * entry.getSequences(false,true, DBRefSource); if (seqparts!=null) {
 451    * SequenceI[] newseqs = null; int si=0; if (seqs==null) { newseqs = new
 452    * SequenceI[seqparts.length]; } else { newseqs = new
 453    * SequenceI[seqs.length+seqparts.length];
 454    *
 455    * for (;si<seqs.length; si++) { newseqs[si] = seqs[si]; seqs[si] = null; } }
 456    * for (int j=0;j<seqparts.length; si++, j++) { newseqs[si] =
 457    * seqparts[j].deriveSequence(); // place DBReferences on dataset and refer }
 458    * seqs=newseqs; } } } else { result.append("# no response for "+qry); } } if
 459    * (seqs!=null && seqs.length>0) { if (parseResult(new Alignment(seqs), null,
 460    * null)!=null) { result.append("# Successfully parsed the
 461    * "+database.getSelectedItem()+" Queries into an Alignment"); } } } else if
 462    * (database.getSelectedItem().equals("PDB")) { StringTokenizer qset = new
 463    * StringTokenizer(textArea.getText(), ";"); String query; SequenceI[] seqs =
 464    * null; while (qset.hasMoreTokens() && ((query = qset.nextToken())!=null)) {
 465    * SequenceI[] seqparts = getPDBFile(query.toUpperCase()); if (seqparts !=
 466    * null) { if (seqs == null) { seqs = seqparts; } else { SequenceI[] newseqs =
 467    * new SequenceI[seqs.length+seqparts.length]; int i=0; for (; i <
 468    * seqs.length; i++) { newseqs[i] = seqs[i]; seqs[i] = null; } for (int j=0;j<seqparts.length;
 469    * i++, j++) { newseqs[i] = seqparts[j]; } seqs=newseqs; } result.append("#
 470    * Success for "+query.toUpperCase()+"\n"); } } if (seqs != null &&
 471    * seqs.length > 0) { if (parseResult(new Alignment(seqs), null, null)!=null) {
 472    * result.append( "# Successfully parsed the PDB File Queries into an
 473    * Alignment"); } } } else if( database.getSelectedItem().equals("PFAM")) {
 474    * try { result.append(new FastaFile(
 475    * "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getalignment.pl?format=fal&acc=" +
 476    * textArea.getText().toUpperCase(), "URL").print() );
 477    *
 478    * if(result.length()>0) { parseResult( result.toString(),
 479    * textArea.getText().toUpperCase() ); } } catch (java.io.IOException ex) {
 480    * result = null; } }
 481    *
 482    * if (result == null || result.length() == 0) { showErrorMessage("Error
 483    * retrieving " + textArea.getText() + " from " + database.getSelectedItem()); }
 484    *
 485    * resetDialog(); return; }
 486    *
 487    * void getUniprotFile(String id) { EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient();
 488    * File file = ebi.fetchDataAsFile("uniprot:" + id, "xml", null);
 489    *
 490    * DBRefFetcher dbref = new DBRefFetcher(); Vector entries =
 491    * dbref.getUniprotEntries(file);
 492    *
 493    * if (entries != null) { //First, make the new sequences Enumeration en =
 494    * entries.elements(); while (en.hasMoreElements()) { UniprotEntry entry =
 495    * (UniprotEntry) en.nextElement();
 496    *
 497    * StringBuffer name = new StringBuffer(">UniProt/Swiss-Prot"); Enumeration
 498    * en2 = entry.getAccession().elements(); while (en2.hasMoreElements()) {
 499    * name.append("|"); name.append(en2.nextElement()); } en2 =
 500    * entry.getName().elements(); while (en2.hasMoreElements()) {
 501    * name.append("|"); name.append(en2.nextElement()); }
 502    *
 503    * if (entry.getProtein() != null) { name.append(" " +
 504    * entry.getProtein().getName().elementAt(0)); }
 505    *
 506    * result.append(name + "\n" + entry.getUniprotSequence().getContent() +
 507    * "\n"); }
 508    *
 509    * //Then read in the features and apply them to the dataset Alignment al =
 510    * parseResult(result.toString(), null); for (int i = 0; i < entries.size();
 511    * i++) { UniprotEntry entry = (UniprotEntry) entries.elementAt(i);
 512    * Enumeration e = entry.getDbReference().elements(); Vector onlyPdbEntries =
 513    * new Vector(); while (e.hasMoreElements()) { PDBEntry pdb = (PDBEntry)
 514    * e.nextElement(); if (!pdb.getType().equals("PDB")) { continue; }
 515    *
 516    * onlyPdbEntries.addElement(pdb); }
 517    *
 518    * Enumeration en2 = entry.getAccession().elements(); while
 519    * (en2.hasMoreElements()) {
 520    * al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence().addDBRef(new DBRefEntry(
 521    * DBRefSource.UNIPROT, "0", en2.nextElement().toString())); }
 522    *
 523    *
 524    *
 525    *
 526    * al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence().setPDBId(onlyPdbEntries); if
 527    * (entry.getFeature() != null) { e = entry.getFeature().elements(); while
 528    * (e.hasMoreElements()) { SequenceFeature sf = (SequenceFeature)
 529    * e.nextElement(); sf.setFeatureGroup("Uniprot");
 530    * al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence().addSequenceFeature( sf ); } } } } }
 531    *
 532    * SequenceI[] getPDBFile(String id) { Vector result = new Vector(); String
 533    * chain = null; if (id.indexOf(":") > -1) { chain =
 534    * id.substring(id.indexOf(":") + 1); id = id.substring(0, id.indexOf(":")); }
 535    *
 536    * EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient(); String file =
 537    * ebi.fetchDataAsFile("pdb:" + id, "pdb", "raw"). getAbsolutePath(); if (file ==
 538    * null) { return null; } try { PDBfile pdbfile = new PDBfile(file,
 539    * jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE); for (int i = 0; i <
 540    * pdbfile.chains.size(); i++) { if (chain == null || ( (PDBChain)
 541    * pdbfile.chains.elementAt(i)).id. toUpperCase().equals(chain)) { PDBChain
 542    * pdbchain = (PDBChain) pdbfile.chains.elementAt(i); // Get the Chain's
 543    * Sequence - who's dataset includes any special features added from the PDB
 544    * file SequenceI sq = pdbchain.sequence; // Specially formatted name for the
 545    * PDB chain sequences retrieved from the PDB
 546    * sq.setName("PDB|"+id+"|"+sq.getName()); // Might need to add more metadata
 547    * to the PDBEntry object // like below /* PDBEntry entry = new PDBEntry(); //
 548    * Construct the PDBEntry entry.setId(id); if (entry.getProperty() == null)
 549    * entry.setProperty(new Hashtable()); entry.getProperty().put("chains",
 550    * pdbchain.id + "=" + sq.getStart() + "-" + sq.getEnd());
 551    * sq.getDatasetSequence().addPDBId(entry); // Add PDB DB Refs // We make a
 552    * DBRefEtntry because we have obtained the PDB file from a verifiable source //
 553    * JBPNote - PDB DBRefEntry should also carry the chain and mapping
 554    * information DBRefEntry dbentry = new
 555    * DBRefEntry(jalview.datamodel.DBRefSource.PDB, "0", id + pdbchain.id);
 556    * sq.addDBRef(dbentry); // and add seuqence to the retrieved set
 557    * result.addElement(sq.deriveSequence()); } }
 558    *
 559    * if (result.size() < 1) { throw new Exception("WsDBFetch for PDB id resulted
 560    * in zero result size"); } } catch (Exception ex) // Problem parsing PDB file {
 561    * jalview.bin.Cache.log.warn("Exception when retrieving " +
 562    * textArea.getText() + " from " + database.getSelectedItem(), ex); return
 563    * null; }
 564    *
 565    *
 566    * SequenceI[] results = new SequenceI[result.size()]; for (int i = 0, j =
 567    * result.size(); i < j; i++) { results[i] = (SequenceI) result.elementAt(i);
 568    * result.setElementAt(null,i); } return results; }
 569    */
 570   AlignmentI parseResult(String result, String title)
 571   {
 572     String format = new IdentifyFile().Identify(result, "Paste");
 573     Alignment sequences = null;
 574     if (FormatAdapter.isValidFormat(format))
 575     {
 576       sequences = null;
 577       try
 578       {
 579         sequences = new FormatAdapter().readFile(result.toString(),
 580                 "Paste", format);
 581       } catch (Exception ex)
 582       {
 583       }
 584
 585       if (sequences != null)
 586       {
 587         return parseResult(sequences, title, format);
 588       }
 589     }
 590     else
 591     {
 592       showErrorMessage("Error retrieving " + textArea.getText() + " from "
 593               + database.getSelectedItem());
 594     }
 595
 596     return null;
 597   }
 598
 599   AlignmentI parseResult(AlignmentI al, String title,
 600           String currentFileFormat)
 601   {
 602
 603     if (al != null && al.getHeight() > 0)
 604     {
 605       if (alignFrame == null)
 606       {
 607         AlignFrame af = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 608                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 609         if (currentFileFormat != null)
 610         {
 611           af.currentFileFormat = currentFileFormat; // WHAT IS THE DEFAULT
 612           // FORMAT FOR
 613           // NON-FormatAdapter Sourced
 614           // Alignments?
 615         }
 616
 617         if (title == null)
 618         {
 619           title = "Retrieved from " + database.getSelectedItem();
 620         }
 621
 622         Desktop.addInternalFrame(af, title, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 623                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 624
 625         af.statusBar.setText("Successfully pasted alignment file");
 626
 627         try
 628         {
 629           af.setMaximum(jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN",
 630                   false));
 631         } catch (Exception ex)
 632         {
 633         }
 634       }
 635       else
 636       {
 637         for (int i = 0; i < al.getHeight(); i++)
 638         {
 639           alignFrame.viewport.alignment.addSequence(al.getSequenceAt(i)); // this
 640           // also
 641           // creates
 642           // dataset
 643           // sequence
 644           // entries
 645         }
 646         alignFrame.viewport.setEndSeq(alignFrame.viewport.alignment
 647                 .getHeight());
 648         alignFrame.viewport.alignment.getWidth();
 649         alignFrame.viewport.firePropertyChange("alignment", null,
 650                 alignFrame.viewport.getAlignment().getSequences());
 651       }
 652     }
 653     return al;
 654   }
 655
 656   void showErrorMessage(final String error)
 657   {
 658     resetDialog();
 659     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 660     {
 661       public void run()
 662       {
 663         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, error,
 664                 "Error Retrieving Data", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 665       }
 666     });
 667   }
 668 }