src/jalview/gui/SequenceFetcher.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.event.*;
  24
  25 import javax.swing.*;
  26
  27 import jalview.datamodel.*;
  28 import jalview.io.*;
  29 import jalview.ws.dbsources.das.api.DasSourceRegistryI;
  30 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  31
  32 import java.awt.BorderLayout;
  33
  34 public class SequenceFetcher extends JPanel implements Runnable
  35 {
  36   // ASequenceFetcher sfetch;
  37   JInternalFrame frame;
  38
  39   IProgressIndicator guiWindow;
  40
  41   AlignFrame alignFrame;
  42
  43   StringBuffer result;
  44
  45   final String noDbSelected = "-- Select Database --";
  46
  47   Hashtable sources = new Hashtable();
  48
  49   private static jalview.ws.SequenceFetcher sfetch = null;
  50
  51   private static DasSourceRegistryI dasRegistry = null;
  52
  53   private static boolean _initingFetcher = false;
  54
  55   private static Thread initingThread = null;
  56
  57   /**
  58    * Blocking method that initialises and returns the shared instance of the
  59    * SequenceFetcher client
  60    *
  61    * @param guiWindow
  62    *          - where the initialisation delay message should be shown
  63    * @return the singleton instance of the sequence fetcher client
  64    */
  65   public static jalview.ws.SequenceFetcher getSequenceFetcherSingleton(
  66           final IProgressIndicator guiWindow)
  67   {
  68     if (_initingFetcher && initingThread != null && initingThread.isAlive())
  69     {
  70       if (guiWindow != null)
  71       {
  72         guiWindow.setProgressBar(
  73                 "Waiting for Sequence Database Fetchers to initialise",
  74                 Thread.currentThread().hashCode());
  75       }
  76       // initting happening on another thread - so wait around to see if it
  77       // finishes.
  78       while (_initingFetcher && initingThread != null
  79               && initingThread.isAlive())
  80       {
  81         try
  82         {
  83           Thread.sleep(10);
  84         } catch (Exception e)
  85         {
  86         }
  87         ;
  88       }
  89       if (guiWindow != null)
  90       {
  91         guiWindow.setProgressBar(
  92                 "Waiting for Sequence Database Fetchers to initialise",
  93                 Thread.currentThread().hashCode());
  94       }
  95     }
  96     if (sfetch == null
  97             || dasRegistry != jalview.bin.Cache.getDasSourceRegistry())
  98     {
  99       _initingFetcher = true;
 100       initingThread = Thread.currentThread();
 101       /**
 102        * give a visual indication that sequence fetcher construction is occuring
 103        */
 104       if (guiWindow != null)
 105       {
 106         guiWindow.setProgressBar("Initialising Sequence Database Fetchers",
 107                 Thread.currentThread().hashCode());
 108       }
 109       dasRegistry = jalview.bin.Cache.getDasSourceRegistry();
 110       dasRegistry.refreshSources();
 111
 112       jalview.ws.SequenceFetcher sf = new jalview.ws.SequenceFetcher();
 113       if (guiWindow != null)
 114       {
 115         guiWindow.setProgressBar("Initialising Sequence Database Fetchers",
 116                 Thread.currentThread().hashCode());
 117       }
 118       sfetch = sf;
 119       _initingFetcher = false;
 120       initingThread = null;
 121     }
 122     return sfetch;
 123   }
 124
 125   public SequenceFetcher(IProgressIndicator guiIndic)
 126   {
 127     final IProgressIndicator guiWindow = guiIndic;
 128     final SequenceFetcher us = this;
 129     // launch initialiser thread
 130     Thread sf = new Thread(new Runnable()
 131     {
 132
 133       public void run()
 134       {
 135         if (getSequenceFetcherSingleton(guiWindow) != null)
 136         {
 137           us.initGui(guiWindow);
 138         }
 139         else
 140         {
 141           javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 142           {
 143             public void run()
 144             {
 145               JOptionPane
 146                       .showInternalMessageDialog(
 147                               Desktop.desktop,
 148                               "Could not create the sequence fetcher client. Check error logs for details.",
 149                               "Couldn't create SequenceFetcher",
 150                               JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 151             }
 152           });
 153
 154           // raise warning dialog
 155         }
 156       }
 157     });
 158     sf.start();
 159   }
 160
 161   /**
 162    * called by thread spawned by constructor
 163    *
 164    * @param guiWindow
 165    */
 166   private void initGui(IProgressIndicator guiWindow)
 167   {
 168     this.guiWindow = guiWindow;
 169     if (guiWindow instanceof AlignFrame)
 170     {
 171       alignFrame = (AlignFrame) guiWindow;
 172     }
 173
 174     database.addItem(noDbSelected);
 175     /*
 176      * Dynamically generated database list will need a translation function from
 177      * internal source to externally distinct names. UNIPROT and UP_NAME are
 178      * identical DB sources, and should be collapsed.
 179      */
 180
 181     String dbs[] = sfetch.getOrderedSupportedSources();
 182     for (int i = 0; i < dbs.length; i++)
 183     {
 184       if (!sources.containsValue(dbs[i]))
 185       {
 186         String name = sfetch.getSourceProxy(dbs[i]).getDbName();
 187         // duplicate source names are thrown away, here.
 188         if (!sources.containsKey(name))
 189         {
 190           database.addItem(name);
 191         }
 192         // overwrite with latest version of the retriever for this source
 193         sources.put(name, dbs[i]);
 194       }
 195     }
 196     try
 197     {
 198       jbInit();
 199     } catch (Exception ex)
 200     {
 201       ex.printStackTrace();
 202     }
 203
 204     frame = new JInternalFrame();
 205     frame.setContentPane(this);
 206     if (new jalview.util.Platform().isAMac())
 207     {
 208       Desktop.addInternalFrame(frame, getFrameTitle(), 400, 240);
 209     }
 210     else
 211     {
 212       Desktop.addInternalFrame(frame, getFrameTitle(), 400, 180);
 213     }
 214   }
 215
 216   private String getFrameTitle()
 217   {
 218     return ((alignFrame == null) ? "New " : "Additional ")
 219             + "Sequence Fetcher";
 220   }
 221
 222   private void jbInit() throws Exception
 223   {
 224     this.setLayout(borderLayout2);
 225
 226     database.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 227     dbeg.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.BOLD, 11));
 228     jLabel1.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.ITALIC, 11));
 229     jLabel1.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
 230     jLabel1.setText("Separate multiple accession ids with semi colon \";\"");
 231
 232     replacePunctuation.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
 233     replacePunctuation
 234             .setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.ITALIC, 11));
 235     replacePunctuation.setText("Replace commas with semi-colons");
 236     ok.setText("OK");
 237     ok.addActionListener(new ActionListener()
 238     {
 239       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 240       {
 241         ok_actionPerformed();
 242       }
 243     });
 244     clear.setText("Clear");
 245     clear.addActionListener(new ActionListener()
 246     {
 247       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 248       {
 249         clear_actionPerformed();
 250       }
 251     });
 252
 253     example.setText("Example");
 254     example.addActionListener(new ActionListener()
 255     {
 256       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 257       {
 258         example_actionPerformed();
 259       }
 260     });
 261     close.setText("Close");
 262     close.addActionListener(new ActionListener()
 263     {
 264       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 265       {
 266         close_actionPerformed(e);
 267       }
 268     });
 269     textArea.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 270     textArea.setLineWrap(true);
 271     textArea.addKeyListener(new KeyAdapter()
 272     {
 273       public void keyPressed(KeyEvent e)
 274       {
 275         if (e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 276           ok_actionPerformed();
 277       }
 278     });
 279     jPanel3.setLayout(borderLayout1);
 280     borderLayout1.setVgap(5);
 281     jPanel1.add(ok);
 282     jPanel1.add(example);
 283     jPanel1.add(clear);
 284     jPanel1.add(close);
 285     jPanel3.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 286     jPanel2.setLayout(borderLayout3);
 287
 288     database.addActionListener(new ActionListener()
 289     {
 290
 291       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 292       {
 293         DbSourceProxy db = null;
 294         try
 295         {
 296           db = sfetch.getSourceProxy((String) sources.get(database
 297                   .getSelectedItem()));
 298           String eq = db.getTestQuery();
 299           dbeg.setText("Example query: " + eq);
 300           replacePunctuation.setEnabled(!(eq != null && eq.indexOf(",") > -1));
 301         } catch (Exception ex)
 302         {
 303           dbeg.setText("");
 304           replacePunctuation.setEnabled(true);
 305         }
 306         jPanel2.repaint();
 307       }
 308     });
 309     dbeg.setText("");
 310     jPanel2.add(database, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 311     jPanel2.add(dbeg, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 312     JPanel jPanel2a = new JPanel(new BorderLayout());
 313     jPanel2a.add(jLabel1, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 314     jPanel2a.add(replacePunctuation, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 315     jPanel2.add(jPanel2a, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 316     // jPanel2.setPreferredSize(new Dimension())
 317     jPanel3.add(jScrollPane1, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 318     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 319     this.add(jPanel3, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 320     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 321     jScrollPane1.getViewport().add(textArea);
 322
 323   }
 324
 325   protected void example_actionPerformed()
 326   {
 327     DbSourceProxy db = null;
 328     try
 329     {
 330       db = sfetch.getSourceProxy((String) sources.get(database
 331               .getSelectedItem()));
 332       textArea.setText(db.getTestQuery());
 333     } catch (Exception ex)
 334     {
 335     }
 336     jPanel3.repaint();
 337   }
 338
 339   protected void clear_actionPerformed()
 340   {
 341     textArea.setText("");
 342     jPanel3.repaint();
 343   }
 344
 345   JLabel dbeg = new JLabel();
 346
 347   JComboBox database = new JComboBox();
 348
 349   JLabel jLabel1 = new JLabel();
 350
 351   JCheckBox replacePunctuation = new JCheckBox();
 352
 353   JButton ok = new JButton();
 354
 355   JButton clear = new JButton();
 356
 357   JButton example = new JButton();
 358
 359   JButton close = new JButton();
 360
 361   JPanel jPanel1 = new JPanel();
 362
 363   JTextArea textArea = new JTextArea();
 364
 365   JScrollPane jScrollPane1 = new JScrollPane();
 366
 367   JPanel jPanel2 = new JPanel();
 368
 369   JPanel jPanel3 = new JPanel();
 370
 371   JPanel jPanel4 = new JPanel();
 372
 373   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 374
 375   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();
 376
 377   BorderLayout borderLayout3 = new BorderLayout();
 378
 379   public void close_actionPerformed(ActionEvent e)
 380   {
 381     try
 382     {
 383       frame.setClosed(true);
 384     } catch (Exception ex)
 385     {
 386     }
 387   }
 388
 389   public void ok_actionPerformed()
 390   {
 391     database.setEnabled(false);
 392     textArea.setEnabled(false);
 393     ok.setEnabled(false);
 394     close.setEnabled(false);
 395
 396     Thread worker = new Thread(this);
 397     worker.start();
 398   }
 399
 400   private void resetDialog()
 401   {
 402     database.setEnabled(true);
 403     textArea.setEnabled(true);
 404     ok.setEnabled(true);
 405     close.setEnabled(true);
 406   }
 407
 408   public void run()
 409   {
 410     String error = "";
 411     if (database.getSelectedItem().equals(noDbSelected))
 412     {
 413       error += "Please select the source database\n";
 414     }
 415     // TODO: make this transformation more configurable
 416     com.stevesoft.pat.Regex empty;
 417     if (replacePunctuation.isEnabled() && replacePunctuation.isSelected())
 418     {
 419       empty = new com.stevesoft.pat.Regex(
 420       // replace commas and spaces with a semicolon
 421               "(\\s|[,; ])+", ";");
 422     }
 423     else
 424     {
 425       // just turn spaces and semicolons into single semicolons
 426       empty = new com.stevesoft.pat.Regex("(\\s|[; ])+", ";");
 427     }
 428     textArea.setText(empty.replaceAll(textArea.getText()));
 429     // see if there's anthing to search with
 430     if (!new com.stevesoft.pat.Regex("[A-Za-z0-9_.]").search(textArea
 431             .getText()))
 432     {
 433       error += "Please enter a (semi-colon separated list of) database id(s)";
 434     }
 435     if (error.length() > 0)
 436     {
 437       showErrorMessage(error);
 438       resetDialog();
 439       return;
 440     }
 441     ArrayList<String> aresultq=new ArrayList<String>();
 442     ArrayList<AlignmentI> aresult = new ArrayList<AlignmentI>();
 443     Object source = database.getSelectedItem();
 444     Enumeration en = new StringTokenizer(textArea.getText(), ";");
 445     boolean isAliSource=false;
 446     try
 447     {
 448       guiWindow.setProgressBar(
 449               "Fetching Sequences from " + database.getSelectedItem(),
 450               Thread.currentThread().hashCode());
 451       DbSourceProxy proxy = sfetch.getSourceProxy((String) sources
 452               .get(source));
 453       isAliSource = proxy.isA(DBRefSource.ALIGNMENTDB);
 454       if (proxy.getAccessionSeparator() == null)
 455       {
 456         while (en.hasMoreElements())
 457         {
 458           String item = (String) en.nextElement();
 459           try
 460           {
 461             if (aresult != null)
 462             {
 463               try
 464               {
 465                 // give the server a chance to breathe
 466                 Thread.sleep(5);
 467               } catch (Exception e)
 468               {
 469                 //
 470               }
 471
 472             }
 473
 474             AlignmentI indres = null;
 475             try
 476             {
 477               indres = proxy.getSequenceRecords(item);
 478             } catch (OutOfMemoryError oome)
 479             {
 480               new OOMWarning("fetching " + item + " from "
 481                       + database.getSelectedItem(), oome, this);
 482             }
 483             if (indres != null)
 484             {
 485               aresultq.add(item);
 486               aresult.add(indres);
 487             }
 488           } catch (Exception e)
 489           {
 490             jalview.bin.Cache.log.info("Error retrieving " + item
 491                     + " from " + source, e);
 492           }
 493         }
 494       }
 495       else
 496       {
 497         StringBuffer multiacc = new StringBuffer();
 498         while (en.hasMoreElements())
 499         {
 500           multiacc.append(en.nextElement());
 501           if (en.hasMoreElements())
 502           {
 503             multiacc.append(proxy.getAccessionSeparator());
 504           }
 505         }
 506         try
 507         {
 508           aresultq.add(multiacc.toString());
 509           aresult.add(proxy.getSequenceRecords(multiacc.toString()));
 510         } catch (OutOfMemoryError oome)
 511         {
 512           new OOMWarning("fetching " + multiacc + " from "
 513                   + database.getSelectedItem(), oome, this);
 514         }
 515
 516       }
 517
 518     } catch (Exception e)
 519     {
 520       showErrorMessage("Error retrieving " + textArea.getText() + " from "
 521               + database.getSelectedItem());
 522       // error +="Couldn't retrieve sequences from "+database.getSelectedItem();
 523       System.err.println("Retrieval failed for source ='"
 524               + database.getSelectedItem() + "' and query\n'"
 525               + textArea.getText() + "'\n");
 526       e.printStackTrace();
 527     } catch (OutOfMemoryError e)
 528     {
 529       // resets dialog box - so we don't use OOMwarning here.
 530       showErrorMessage("Out of Memory when retrieving "
 531               + textArea.getText()
 532               + " from "
 533               + database.getSelectedItem()
 534               + "\nPlease see the Jalview FAQ for instructions for increasing the memory available to Jalview.\n");
 535       e.printStackTrace();
 536     } catch (Error e)
 537     {
 538       showErrorMessage("Serious Error retrieving " + textArea.getText()
 539               + " from " + database.getSelectedItem());
 540       e.printStackTrace();
 541     }
 542     if (aresult != null && aresult.size()>0)
 543     {
 544       AlignmentI ar=null;
 545       if (isAliSource) {
 546         // new window for each result
 547         while (aresult.size()>0)
 548         {
 549           parseResult(aresult.remove(0), aresultq.remove(0)+" "+getDefaultRetrievalTitle(), null);
 550         }
 551       } else {
 552         // concatenate all results in one window
 553         while (aresult.size()>0)
 554         {
 555           if (ar==null) { ar = aresult.remove(0);}
 556           else { ar.append(aresult.remove(0)); };
 557         }
 558         parseResult(ar, null, null);
 559       }
 560     }
 561     // only remove visual delay after we finished parsing.
 562     guiWindow.setProgressBar(null, Thread.currentThread().hashCode());
 563     resetDialog();
 564   }
 565
 566   /*
 567    * result = new StringBuffer(); if
 568    * (database.getSelectedItem().equals("Uniprot")) {
 569    * getUniprotFile(textArea.getText()); } else if
 570    * (database.getSelectedItem().equals("EMBL") ||
 571    * database.getSelectedItem().equals("EMBLCDS")) { String DBRefSource =
 572    * database.getSelectedItem().equals("EMBLCDS") ?
 573    * jalview.datamodel.DBRefSource.EMBLCDS : jalview.datamodel.DBRefSource.EMBL;
 574    *
 575    * StringTokenizer st = new StringTokenizer(textArea.getText(), ";");
 576    * SequenceI[] seqs = null; while(st.hasMoreTokens()) { EBIFetchClient dbFetch
 577    * = new EBIFetchClient(); String qry =
 578    * database.getSelectedItem().toString().toLowerCase( ) + ":" +
 579    * st.nextToken(); File reply = dbFetch.fetchDataAsFile( qry, "emblxml",null);
 580    *
 581    * jalview.datamodel.xdb.embl.EmblFile efile=null; if (reply != null &&
 582    * reply.exists()) { efile =
 583    * jalview.datamodel.xdb.embl.EmblFile.getEmblFile(reply); } if (efile!=null)
 584    * { for (Iterator i=efile.getEntries().iterator(); i.hasNext(); ) { EmblEntry
 585    * entry = (EmblEntry) i.next(); SequenceI[] seqparts =
 586    * entry.getSequences(false,true, DBRefSource); if (seqparts!=null) {
 587    * SequenceI[] newseqs = null; int si=0; if (seqs==null) { newseqs = new
 588    * SequenceI[seqparts.length]; } else { newseqs = new
 589    * SequenceI[seqs.length+seqparts.length];
 590    *
 591    * for (;si<seqs.length; si++) { newseqs[si] = seqs[si]; seqs[si] = null; } }
 592    * for (int j=0;j<seqparts.length; si++, j++) { newseqs[si] =
 593    * seqparts[j].deriveSequence(); // place DBReferences on dataset and refer }
 594    * seqs=newseqs; } } } else { result.append("# no response for "+qry); } } if
 595    * (seqs!=null && seqs.length>0) { if (parseResult(new Alignment(seqs), null,
 596    * null)!=null) { result.append("# Successfully parsed the
 597    * "+database.getSelectedItem()+" Queries into an Alignment"); } } } else if
 598    * (database.getSelectedItem().equals("PDB")) { StringTokenizer qset = new
 599    * StringTokenizer(textArea.getText(), ";"); String query; SequenceI[] seqs =
 600    * null; while (qset.hasMoreTokens() && ((query = qset.nextToken())!=null)) {
 601    * SequenceI[] seqparts = getPDBFile(query.toUpperCase()); if (seqparts !=
 602    * null) { if (seqs == null) { seqs = seqparts; } else { SequenceI[] newseqs =
 603    * new SequenceI[seqs.length+seqparts.length]; int i=0; for (; i <
 604    * seqs.length; i++) { newseqs[i] = seqs[i]; seqs[i] = null; } for (int
 605    * j=0;j<seqparts.length; i++, j++) { newseqs[i] = seqparts[j]; }
 606    * seqs=newseqs; } result.append("# Success for "+query.toUpperCase()+"\n"); }
 607    * } if (seqs != null && seqs.length > 0) { if (parseResult(new
 608    * Alignment(seqs), null, null)!=null) { result.append( "# Successfully parsed
 609    * the PDB File Queries into an
 610    * Alignment"); } } } else if( database.getSelectedItem().equals("PFAM")) {
 611    * try { result.append(new FastaFile(
 612    * "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getalignment.pl?format=fal&acc=" +
 613    * textArea.getText().toUpperCase(), "URL").print() );
 614    *
 615    * if(result.length()>0) { parseResult( result.toString(),
 616    * textArea.getText().toUpperCase() ); } } catch (java.io.IOException ex) {
 617    * result = null; } }
 618    *
 619    * if (result == null || result.length() == 0) { showErrorMessage("Error
 620    * retrieving " + textArea.getText() + " from " + database.getSelectedItem());
 621    * }
 622    *
 623    * resetDialog(); return; }
 624    *
 625    * void getUniprotFile(String id) { EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient();
 626    * File file = ebi.fetchDataAsFile("uniprot:" + id, "xml", null);
 627    *
 628    * DBRefFetcher dbref = new DBRefFetcher(); Vector entries =
 629    * dbref.getUniprotEntries(file);
 630    *
 631    * if (entries != null) { //First, make the new sequences Enumeration en =
 632    * entries.elements(); while (en.hasMoreElements()) { UniprotEntry entry =
 633    * (UniprotEntry) en.nextElement();
 634    *
 635    * StringBuffer name = new StringBuffer(">UniProt/Swiss-Prot"); Enumeration
 636    * en2 = entry.getAccession().elements(); while (en2.hasMoreElements()) {
 637    * name.append("|"); name.append(en2.nextElement()); } en2 =
 638    * entry.getName().elements(); while (en2.hasMoreElements()) {
 639    * name.append("|"); name.append(en2.nextElement()); }
 640    *
 641    * if (entry.getProtein() != null) { name.append(" " +
 642    * entry.getProtein().getName().elementAt(0)); }
 643    *
 644    * result.append(name + "\n" + entry.getUniprotSequence().getContent() +
 645    * "\n"); }
 646    *
 647    * //Then read in the features and apply them to the dataset Alignment al =
 648    * parseResult(result.toString(), null); for (int i = 0; i < entries.size();
 649    * i++) { UniprotEntry entry = (UniprotEntry) entries.elementAt(i);
 650    * Enumeration e = entry.getDbReference().elements(); Vector onlyPdbEntries =
 651    * new Vector(); while (e.hasMoreElements()) { PDBEntry pdb = (PDBEntry)
 652    * e.nextElement(); if (!pdb.getType().equals("PDB")) { continue; }
 653    *
 654    * onlyPdbEntries.addElement(pdb); }
 655    *
 656    * Enumeration en2 = entry.getAccession().elements(); while
 657    * (en2.hasMoreElements()) {
 658    * al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence().addDBRef(new DBRefEntry(
 659    * DBRefSource.UNIPROT, "0", en2.nextElement().toString())); }
 660    *
 661    *
 662    *
 663    *
 664    * al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence().setPDBId(onlyPdbEntries); if
 665    * (entry.getFeature() != null) { e = entry.getFeature().elements(); while
 666    * (e.hasMoreElements()) { SequenceFeature sf = (SequenceFeature)
 667    * e.nextElement(); sf.setFeatureGroup("Uniprot");
 668    * al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence().addSequenceFeature( sf ); } } } }
 669    * }
 670    *
 671    * SequenceI[] getPDBFile(String id) { Vector result = new Vector(); String
 672    * chain = null; if (id.indexOf(":") > -1) { chain =
 673    * id.substring(id.indexOf(":") + 1); id = id.substring(0, id.indexOf(":")); }
 674    *
 675    * EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient(); String file =
 676    * ebi.fetchDataAsFile("pdb:" + id, "pdb", "raw"). getAbsolutePath(); if (file
 677    * == null) { return null; } try { PDBfile pdbfile = new PDBfile(file,
 678    * jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE); for (int i = 0; i <
 679    * pdbfile.chains.size(); i++) { if (chain == null || ( (PDBChain)
 680    * pdbfile.chains.elementAt(i)).id. toUpperCase().equals(chain)) { PDBChain
 681    * pdbchain = (PDBChain) pdbfile.chains.elementAt(i); // Get the Chain's
 682    * Sequence - who's dataset includes any special features added from the PDB
 683    * file SequenceI sq = pdbchain.sequence; // Specially formatted name for the
 684    * PDB chain sequences retrieved from the PDB
 685    * sq.setName("PDB|"+id+"|"+sq.getName()); // Might need to add more metadata
 686    * to the PDBEntry object // like below /* PDBEntry entry = new PDBEntry(); //
 687    * Construct the PDBEntry entry.setId(id); if (entry.getProperty() == null)
 688    * entry.setProperty(new Hashtable()); entry.getProperty().put("chains",
 689    * pdbchain.id + "=" + sq.getStart() + "-" + sq.getEnd());
 690    * sq.getDatasetSequence().addPDBId(entry); // Add PDB DB Refs // We make a
 691    * DBRefEtntry because we have obtained the PDB file from a verifiable source
 692    * // JBPNote - PDB DBRefEntry should also carry the chain and mapping
 693    * information DBRefEntry dbentry = new
 694    * DBRefEntry(jalview.datamodel.DBRefSource.PDB, "0", id + pdbchain.id);
 695    * sq.addDBRef(dbentry); // and add seuqence to the retrieved set
 696    * result.addElement(sq.deriveSequence()); } }
 697    *
 698    * if (result.size() < 1) { throw new Exception("WsDBFetch for PDB id resulted
 699    * in zero result size"); } } catch (Exception ex) // Problem parsing PDB file
 700    * { jalview.bin.Cache.log.warn("Exception when retrieving " +
 701    * textArea.getText() + " from " + database.getSelectedItem(), ex); return
 702    * null; }
 703    *
 704    *
 705    * SequenceI[] results = new SequenceI[result.size()]; for (int i = 0, j =
 706    * result.size(); i < j; i++) { results[i] = (SequenceI) result.elementAt(i);
 707    * result.setElementAt(null,i); } return results; }
 708    */
 709   AlignmentI parseResult(String result, String title)
 710   {
 711     String format = new IdentifyFile().Identify(result, "Paste");
 712     Alignment sequences = null;
 713     if (FormatAdapter.isValidFormat(format))
 714     {
 715       sequences = null;
 716       try
 717       {
 718         sequences = new FormatAdapter().readFile(result.toString(),
 719                 "Paste", format);
 720       } catch (Exception ex)
 721       {
 722       }
 723
 724       if (sequences != null)
 725       {
 726         return parseResult(sequences, title, format);
 727       }
 728     }
 729     else
 730     {
 731       showErrorMessage("Error retrieving " + textArea.getText() + " from "
 732               + database.getSelectedItem());
 733     }
 734
 735     return null;
 736   }
 737
 738   /**
 739    *
 740    * @return a standard title for any results retrieved using the currently selected source and settings
 741    */
 742   public String getDefaultRetrievalTitle() {
 743     return "Retrieved from " + database.getSelectedItem();
 744   }
 745   AlignmentI parseResult(AlignmentI al, String title,
 746           String currentFileFormat)
 747   {
 748
 749     if (al != null && al.getHeight() > 0)
 750     {
 751       if (alignFrame == null)
 752       {
 753         AlignFrame af = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 754                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 755         if (currentFileFormat != null)
 756         {
 757           af.currentFileFormat = currentFileFormat; // WHAT IS THE DEFAULT
 758           // FORMAT FOR
 759           // NON-FormatAdapter Sourced
 760           // Alignments?
 761         }
 762
 763         if (title == null)
 764         {
 765           title = getDefaultRetrievalTitle();
 766         }
 767         SequenceFeature[] sfs = null;
 768         for (Enumeration sq = al.getSequences().elements(); sq
 769                 .hasMoreElements();)
 770         {
 771           if ((sfs = ((SequenceI) sq.nextElement()).getDatasetSequence()
 772                   .getSequenceFeatures()) != null)
 773           {
 774             if (sfs.length > 0)
 775             {
 776               af.setShowSeqFeatures(true);
 777               break;
 778             }
 779           }
 780
 781         }
 782         Desktop.addInternalFrame(af, title, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 783                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 784
 785         af.statusBar.setText("Successfully pasted alignment file");
 786
 787         try
 788         {
 789           af.setMaximum(jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN",
 790                   false));
 791         } catch (Exception ex)
 792         {
 793         }
 794       }
 795       else
 796       {
 797         for (int i = 0; i < al.getHeight(); i++)
 798         {
 799           alignFrame.viewport.alignment.addSequence(al.getSequenceAt(i)); // this
 800           // also
 801           // creates
 802           // dataset
 803           // sequence
 804           // entries
 805         }
 806         alignFrame.viewport.setEndSeq(alignFrame.viewport.alignment
 807                 .getHeight());
 808         alignFrame.viewport.alignment.getWidth();
 809         alignFrame.viewport.firePropertyChange("alignment", null,
 810                 alignFrame.viewport.getAlignment().getSequences());
 811       }
 812     }
 813     return al;
 814   }
 815
 816   void showErrorMessage(final String error)
 817   {
 818     resetDialog();
 819     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 820     {
 821       public void run()
 822       {
 823         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, error,
 824                 "Error Retrieving Data", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 825       }
 826     });
 827   }
 828 }