src/jalview/gui/SequenceFetcher.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
  24 import jalview.bin.Cache;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.fts.core.GFTSPanel;
  29 import jalview.fts.service.pdb.PDBFTSPanel;
  30 import jalview.fts.service.uniprot.UniprotFTSPanel;
  31 import jalview.io.FileFormatI;
  32 import jalview.io.gff.SequenceOntologyI;
  33 import jalview.util.DBRefUtils;
  34 import jalview.util.MessageManager;
  35 import jalview.util.Platform;
  36 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  37
  38 import java.awt.BorderLayout;
  39 import java.awt.Font;
  40 import java.awt.event.ActionEvent;
  41 import java.awt.event.ActionListener;
  42 import java.awt.event.KeyAdapter;
  43 import java.awt.event.KeyEvent;
  44 import java.util.ArrayList;
  45 import java.util.Arrays;
  46 import java.util.HashSet;
  47 import java.util.Iterator;
  48 import java.util.List;
  49
  50 import javax.swing.JButton;
  51 import javax.swing.JCheckBox;
  52 import javax.swing.JComboBox;
  53 import javax.swing.JInternalFrame;
  54 import javax.swing.JLabel;
  55 import javax.swing.JPanel;
  56 import javax.swing.JScrollPane;
  57 import javax.swing.JTextArea;
  58 import javax.swing.SwingConstants;
  59
  60 /**
  61  * A panel where the use may choose a database source, and enter one or more
  62  * accessions, to retrieve entries from the database.
  63  * <p>
  64  * If the selected source is Uniprot or PDB, a free text search panel is opened
  65  * instead to perform the search and selection.
  66  */
  67 public class SequenceFetcher extends JPanel implements Runnable
  68 {
  69   private static jalview.ws.SequenceFetcher sfetch = null;
  70
  71   JLabel exampleAccession;
  72
  73   JComboBox<String> database;
  74
  75   JCheckBox replacePunctuation;
  76
  77   JButton okBtn;
  78
  79   JButton exampleBtn;
  80
  81   JButton closeBtn;
  82
  83   JButton backBtn;
  84
  85   JTextArea textArea;
  86
  87   JInternalFrame frame;
  88
  89   IProgressIndicator guiWindow;
  90
  91   AlignFrame alignFrame;
  92
  93   GFTSPanel parentSearchPanel;
  94
  95   IProgressIndicator progressIndicator;
  96
  97   volatile boolean _isConstructing = false;
  98
  99   /**
 100    * Returns the shared instance of the SequenceFetcher client
 101    *
 102    * @return
 103    */
 104   public static jalview.ws.SequenceFetcher getSequenceFetcherSingleton()
 105   {
 106     if (sfetch == null)
 107     {
 108       sfetch = new jalview.ws.SequenceFetcher();
 109     }
 110     return sfetch;
 111   }
 112
 113   /**
 114    * Constructor given a client to receive any status or progress messages
 115    * (currently either the Desktop, or an AlignFrame panel)
 116    *
 117    * @param guiIndic
 118    */
 119   public SequenceFetcher(IProgressIndicator guiIndic)
 120   {
 121     this(guiIndic, null, null);
 122   }
 123
 124   /**
 125    * Constructor with specified database and accession(s) to retrieve
 126    *
 127    * @param guiIndic
 128    * @param selectedDb
 129    * @param queryString
 130    */
 131   public SequenceFetcher(IProgressIndicator guiIndic,
 132           final String selectedDb, final String queryString)
 133   {
 134     this.progressIndicator = guiIndic;
 135     getSequenceFetcherSingleton();
 136     this.guiWindow = progressIndicator;
 137
 138     if (progressIndicator instanceof AlignFrame)
 139     {
 140       alignFrame = (AlignFrame) progressIndicator;
 141     }
 142
 143     jbInit(selectedDb);
 144     textArea.setText(queryString);
 145
 146     frame = new JInternalFrame();
 147     frame.setContentPane(this);
 148     int height = Platform.isAMac() ? 240 : 180;
 149     Desktop.addInternalFrame(frame, getFrameTitle(), true, 400, height);
 150   }
 151
 152   private String getFrameTitle()
 153   {
 154     return ((alignFrame == null)
 155             ? MessageManager.getString("label.new_sequence_fetcher")
 156             : MessageManager
 157                     .getString("label.additional_sequence_fetcher"));
 158   }
 159
 160   private void jbInit(String selectedDb)
 161   {
 162     this.setLayout(new BorderLayout());
 163
 164     database = new JComboBox<>();
 165     database.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 166     database.setPrototypeDisplayValue("ENSEMBLGENOMES   ");
 167     String[] sources = new jalview.ws.SequenceFetcher().getSupportedDb();
 168     Arrays.sort(sources, String.CASE_INSENSITIVE_ORDER);
 169     database.addItem(MessageManager.getString("action.select_ddbb"));
 170     for (String source : sources)
 171     {
 172       database.addItem(source);
 173     }
 174     database.setSelectedItem(selectedDb);
 175     if (database.getSelectedIndex() == -1)
 176     {
 177       database.setSelectedIndex(0);
 178     }
 179     database.setMaximumRowCount(database.getItemCount());
 180     database.addActionListener(new ActionListener()
 181     {
 182       @Override
 183       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 184       {
 185         String currentSelection = (String) database.getSelectedItem();
 186         updateExampleQuery(currentSelection);
 187
 188         if ("pdb".equalsIgnoreCase(currentSelection))
 189         {
 190           new PDBFTSPanel(SequenceFetcher.this);
 191           frame.dispose();
 192         }
 193         else if ("uniprot".equalsIgnoreCase(currentSelection))
 194         {
 195           new UniprotFTSPanel(SequenceFetcher.this);
 196           frame.dispose();
 197         }
 198         else
 199         {
 200           otherSourceAction();
 201         }
 202       }
 203     });
 204
 205     exampleAccession = new JLabel("");
 206     exampleAccession.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 11));
 207     JLabel jLabel1 = new JLabel(MessageManager
 208             .getString("label.separate_multiple_accession_ids"));
 209     jLabel1.setFont(new Font("Verdana", Font.ITALIC, 11));
 210     jLabel1.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
 211
 212     replacePunctuation = new JCheckBox(
 213             MessageManager.getString("label.replace_commas_semicolons"));
 214     replacePunctuation.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
 215     replacePunctuation.setFont(new Font("Verdana", Font.ITALIC, 11));
 216     okBtn = new JButton(MessageManager.getString("action.ok"));
 217     okBtn.addActionListener(new ActionListener()
 218     {
 219       @Override
 220       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 221       {
 222         ok_actionPerformed();
 223       }
 224     });
 225     JButton clear = new JButton(MessageManager.getString("action.clear"));
 226     clear.addActionListener(new ActionListener()
 227     {
 228       @Override
 229       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 230       {
 231         clear_actionPerformed();
 232       }
 233     });
 234
 235     exampleBtn = new JButton(MessageManager.getString("label.example"));
 236     exampleBtn.addActionListener(new ActionListener()
 237     {
 238       @Override
 239       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 240       {
 241         example_actionPerformed();
 242       }
 243     });
 244     closeBtn = new JButton(MessageManager.getString("action.cancel"));
 245     closeBtn.addActionListener(new ActionListener()
 246     {
 247       @Override
 248       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 249       {
 250         close_actionPerformed(e);
 251       }
 252     });
 253     backBtn = new JButton(MessageManager.getString("action.back"));
 254     backBtn.addActionListener(new ActionListener()
 255     {
 256       @Override
 257       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 258       {
 259         parentSearchPanel.btn_back_ActionPerformed();
 260       }
 261     });
 262     // back not visible unless embedded
 263     backBtn.setVisible(false);
 264
 265     textArea = new JTextArea();
 266     textArea.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 267     textArea.setLineWrap(true);
 268     textArea.addKeyListener(new KeyAdapter()
 269     {
 270       @Override
 271       public void keyPressed(KeyEvent e)
 272       {
 273         if (e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 274         {
 275           ok_actionPerformed();
 276         }
 277       }
 278     });
 279
 280     JPanel actionPanel = new JPanel();
 281     actionPanel.add(backBtn);
 282     actionPanel.add(exampleBtn);
 283     actionPanel.add(clear);
 284     actionPanel.add(okBtn);
 285     actionPanel.add(closeBtn);
 286
 287     JPanel databasePanel = new JPanel();
 288     databasePanel.setLayout(new BorderLayout());
 289     databasePanel.add(database, BorderLayout.NORTH);
 290     databasePanel.add(exampleAccession, BorderLayout.CENTER);
 291     JPanel jPanel2a = new JPanel(new BorderLayout());
 292     jPanel2a.add(jLabel1, BorderLayout.NORTH);
 293     jPanel2a.add(replacePunctuation, BorderLayout.SOUTH);
 294     databasePanel.add(jPanel2a, BorderLayout.SOUTH);
 295
 296     JPanel idsPanel = new JPanel();
 297     idsPanel.setLayout(new BorderLayout(0, 5));
 298     JScrollPane jScrollPane1 = new JScrollPane();
 299     jScrollPane1.getViewport().add(textArea);
 300     idsPanel.add(jScrollPane1, BorderLayout.CENTER);
 301
 302     this.add(actionPanel, BorderLayout.SOUTH);
 303     this.add(idsPanel, BorderLayout.CENTER);
 304     this.add(databasePanel, BorderLayout.NORTH);
 305   }
 306
 307   /**
 308    * Answers a semi-colon-delimited string with the example query or queries for
 309    * the selected database
 310    *
 311    * @param db
 312    * @return
 313    */
 314   protected String getExampleQueries(String db)
 315   {
 316     StringBuilder sb = new StringBuilder();
 317     HashSet<String> hs = new HashSet<>();
 318     for (DbSourceProxy dbs : sfetch.getSourceProxy(db))
 319     {
 320       String tq = dbs.getTestQuery();
 321       if (hs.add(tq)) // not a duplicate source
 322       {
 323         if (sb.length() > 0)
 324         {
 325           sb.append(";");
 326         }
 327         sb.append(tq);
 328       }
 329     }
 330     return sb.toString();
 331   }
 332
 333   /**
 334    * Action on selected a database other than Uniprot or PDB is to enable or
 335    * disable 'Replace commas', and await input in the query field
 336    */
 337   protected void otherSourceAction()
 338   {
 339     try
 340     {
 341       String eq = exampleAccession.getText();
 342       // TODO this should be a property of the SequenceFetcher whether commas
 343       // are and
 344       // colons are allowed in the IDs...
 345
 346       boolean enablePunct = !(eq != null && eq.indexOf(",") > -1);
 347       replacePunctuation.setEnabled(enablePunct);
 348
 349     } catch (Exception ex)
 350     {
 351       exampleAccession.setText("");
 352       replacePunctuation.setEnabled(true);
 353     }
 354     repaint();
 355   }
 356
 357   /**
 358    * Sets the text of the example query to incorporate the example accession
 359    * provided by the selected database source
 360    *
 361    * @param selectedDatabase
 362    * @return
 363    */
 364   protected String updateExampleQuery(String selectedDatabase)
 365   {
 366     String eq = getExampleQueries(selectedDatabase);
 367     exampleAccession.setText(MessageManager
 368             .formatMessage("label.example_query_param", new String[]
 369             { eq }));
 370     return eq;
 371   }
 372
 373   /**
 374    * Action on clicking the 'Example' button is to write the example accession
 375    * as the query text field value
 376    */
 377   protected void example_actionPerformed()
 378   {
 379     String eq = getExampleQueries((String) database.getSelectedItem());
 380     textArea.setText(eq);
 381     repaint();
 382   }
 383
 384   /**
 385    * Clears the query input field
 386    */
 387   protected void clear_actionPerformed()
 388   {
 389     textArea.setText("");
 390     repaint();
 391   }
 392
 393   /**
 394    * Action on Close button is to close this frame, and also (if it is embedded
 395    * in a search panel) to close the search panel
 396    *
 397    * @param e
 398    */
 399   protected void close_actionPerformed(ActionEvent e)
 400   {
 401     try
 402     {
 403       frame.setClosed(true);
 404       if (parentSearchPanel != null)
 405       {
 406         parentSearchPanel.btn_cancel_ActionPerformed();
 407       }
 408     } catch (Exception ex)
 409     {
 410     }
 411   }
 412
 413   /**
 414    * Action on OK is to start the fetch for entered accession(s)
 415    */
 416   public void ok_actionPerformed()
 417   {
 418     /*
 419      * tidy inputs and check there is something to search for
 420      */
 421     String text = textArea.getText();
 422     if (replacePunctuation.isEnabled() && replacePunctuation.isSelected())
 423     {
 424       text = text.replace(",", ";");
 425     }
 426     text = text.replaceAll("(\\s|[,; ])+", ";");
 427     textArea.setText(text);
 428     if (text.isEmpty())
 429     {
 430       // todo i18n
 431       showErrorMessage(
 432               "Please enter a (semi-colon separated list of) database id(s)");
 433       resetDialog();
 434       return;
 435     }
 436     exampleBtn.setEnabled(false);
 437     textArea.setEnabled(false);
 438     okBtn.setEnabled(false);
 439     closeBtn.setEnabled(false);
 440     backBtn.setEnabled(false);
 441
 442     Thread worker = new Thread(this);
 443     worker.start();
 444   }
 445
 446   private void resetDialog()
 447   {
 448     exampleBtn.setEnabled(true);
 449     textArea.setEnabled(true);
 450     okBtn.setEnabled(true);
 451     closeBtn.setEnabled(true);
 452     backBtn.setEnabled(parentSearchPanel != null);
 453   }
 454
 455   @Override
 456   public void run()
 457   {
 458     boolean addToLast = false;
 459     List<String> aresultq = new ArrayList<>();
 460     List<String> presultTitle = new ArrayList<>();
 461     List<AlignmentI> presult = new ArrayList<>();
 462     List<AlignmentI> aresult = new ArrayList<>();
 463     List<DbSourceProxy> sources = sfetch
 464             .getSourceProxy((String) database.getSelectedItem());
 465     Iterator<DbSourceProxy> proxies = sources.iterator();
 466     String[] qries;
 467     List<String> nextFetch = Arrays
 468             .asList(qries = textArea.getText().split(";"));
 469     Iterator<String> en = Arrays.asList(new String[0]).iterator();
 470     int nqueries = qries.length;
 471
 472     FeatureSettingsModelI preferredFeatureColours = null;
 473     while (proxies.hasNext() && (en.hasNext() || nextFetch.size() > 0))
 474     {
 475       if (!en.hasNext() && nextFetch.size() > 0)
 476       {
 477         en = nextFetch.iterator();
 478         nqueries = nextFetch.size();
 479         // save the remaining queries in the original array
 480         qries = nextFetch.toArray(new String[nqueries]);
 481         nextFetch = new ArrayList<>();
 482       }
 483
 484       DbSourceProxy proxy = proxies.next();
 485       try
 486       {
 487         // update status
 488         guiWindow.setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
 489                 "status.fetching_sequence_queries_from", new String[]
 490                 { Integer.valueOf(nqueries).toString(),
 491                     proxy.getDbName() }),
 492                 Thread.currentThread().hashCode());
 493         if (proxy.getMaximumQueryCount() == 1)
 494         {
 495           /*
 496            * proxy only handles one accession id at a time
 497            */
 498           while (en.hasNext())
 499           {
 500             String acc = en.next();
 501             if (!fetchSingleAccession(proxy, acc, aresultq, aresult))
 502             {
 503               nextFetch.add(acc);
 504             }
 505           }
 506         }
 507         else
 508         {
 509           /*
 510            * proxy can fetch multiple accessions at one time
 511            */
 512           fetchMultipleAccessions(proxy, en, aresultq, aresult, nextFetch);
 513         }
 514       } catch (Exception e)
 515       {
 516         showErrorMessage("Error retrieving " + textArea.getText() + " from "
 517                 + database.getSelectedItem());
 518         // error
 519         // +="Couldn't retrieve sequences from "+database.getSelectedItem();
 520         System.err.println("Retrieval failed for source ='"
 521                 + database.getSelectedItem() + "' and query\n'"
 522                 + textArea.getText() + "'\n");
 523         e.printStackTrace();
 524       } catch (OutOfMemoryError e)
 525       {
 526         showErrorMessage("Out of Memory when retrieving "
 527                 + textArea.getText() + " from " + database.getSelectedItem()
 528                 + "\nPlease see the Jalview FAQ for instructions for increasing the memory available to Jalview.\n");
 529         e.printStackTrace();
 530       } catch (Error e)
 531       {
 532         showErrorMessage("Serious Error retrieving " + textArea.getText()
 533                 + " from " + database.getSelectedItem());
 534         e.printStackTrace();
 535       }
 536
 537       // Stack results ready for opening in alignment windows
 538       if (aresult != null && aresult.size() > 0)
 539       {
 540         FeatureSettingsModelI proxyColourScheme = proxy
 541                 .getFeatureColourScheme();
 542         if (proxyColourScheme != null)
 543         {
 544           preferredFeatureColours = proxyColourScheme;
 545         }
 546
 547         AlignmentI ar = null;
 548         if (proxy.isAlignmentSource())
 549         {
 550           addToLast = false;
 551           // new window for each result
 552           while (aresult.size() > 0)
 553           {
 554             presult.add(aresult.remove(0));
 555             presultTitle.add(
 556                     aresultq.remove(0) + " " + getDefaultRetrievalTitle());
 557           }
 558         }
 559         else
 560         {
 561           String titl = null;
 562           if (addToLast && presult.size() > 0)
 563           {
 564             ar = presult.remove(presult.size() - 1);
 565             titl = presultTitle.remove(presultTitle.size() - 1);
 566           }
 567           // concatenate all results in one window
 568           while (aresult.size() > 0)
 569           {
 570             if (ar == null)
 571             {
 572               ar = aresult.remove(0);
 573             }
 574             else
 575             {
 576               ar.append(aresult.remove(0));
 577             }
 578           }
 579           addToLast = true;
 580           presult.add(ar);
 581           presultTitle.add(titl);
 582         }
 583       }
 584       guiWindow.setProgressBar(
 585               MessageManager.getString("status.finshed_querying"),
 586               Thread.currentThread().hashCode());
 587     }
 588     guiWindow
 589             .setProgressBar(
 590                     (presult.size() > 0)
 591                             ? MessageManager
 592                                     .getString("status.parsing_results")
 593                             : MessageManager.getString("status.processing"),
 594                     Thread.currentThread().hashCode());
 595     // process results
 596     while (presult.size() > 0)
 597     {
 598       parseResult(presult.remove(0), presultTitle.remove(0), null,
 599               preferredFeatureColours);
 600     }
 601     // only remove visual delay after we finished parsing.
 602     guiWindow.setProgressBar(null, Thread.currentThread().hashCode());
 603     if (nextFetch.size() > 0)
 604     {
 605       StringBuffer sb = new StringBuffer();
 606       sb.append("Didn't retrieve the following "
 607               + (nextFetch.size() == 1 ? "query"
 608                       : nextFetch.size() + " queries")
 609               + ": \n");
 610       int l = sb.length(), lr = 0;
 611       for (String s : nextFetch)
 612       {
 613         if (l != sb.length())
 614         {
 615           sb.append("; ");
 616         }
 617         if (lr - sb.length() > 40)
 618         {
 619           sb.append("\n");
 620         }
 621         sb.append(s);
 622       }
 623       showErrorMessage(sb.toString());
 624     }
 625     resetDialog();
 626   }
 627
 628   /**
 629    * Tries to fetch one or more accession ids from the database proxy
 630    *
 631    * @param proxy
 632    * @param accessions
 633    *          the queries to fetch
 634    * @param aresultq
 635    *          a successful queries list to add to
 636    * @param aresult
 637    *          a list of retrieved alignments to add to
 638    * @param nextFetch
 639    *          failed queries are added to this list
 640    * @throws Exception
 641    */
 642   void fetchMultipleAccessions(DbSourceProxy proxy,
 643           Iterator<String> accessions, List<String> aresultq,
 644           List<AlignmentI> aresult, List<String> nextFetch) throws Exception
 645   {
 646     StringBuilder multiacc = new StringBuilder();
 647     List<String> tosend = new ArrayList<>();
 648     while (accessions.hasNext())
 649     {
 650       String nel = accessions.next();
 651       tosend.add(nel);
 652       multiacc.append(nel);
 653       if (accessions.hasNext())
 654       {
 655         multiacc.append(proxy.getAccessionSeparator());
 656       }
 657     }
 658
 659     try
 660     {
 661       String query = multiacc.toString();
 662       AlignmentI rslt = proxy.getSequenceRecords(query);
 663       if (rslt == null || rslt.getHeight() == 0)
 664       {
 665         // no results - pass on all queries to next source
 666         nextFetch.addAll(tosend);
 667       }
 668       else
 669       {
 670         aresultq.add(query);
 671         aresult.add(rslt);
 672         if (tosend.size() > 1)
 673         {
 674           checkResultForQueries(rslt, tosend, nextFetch, proxy);
 675         }
 676       }
 677     } catch (OutOfMemoryError oome)
 678     {
 679       new OOMWarning("fetching " + multiacc + " from "
 680               + database.getSelectedItem(), oome, this);
 681     }
 682   }
 683
 684   /**
 685    * Query for a single accession id via the database proxy
 686    *
 687    * @param proxy
 688    * @param accession
 689    * @param aresultq
 690    *          a list of successful queries to add to
 691    * @param aresult
 692    *          a list of retrieved alignments to add to
 693    * @return true if the fetch was successful, else false
 694    */
 695   boolean fetchSingleAccession(DbSourceProxy proxy, String accession,
 696           List<String> aresultq, List<AlignmentI> aresult)
 697   {
 698     boolean success = false;
 699     try
 700     {
 701       if (aresult != null)
 702       {
 703         try
 704         {
 705           // give the server a chance to breathe
 706           Thread.sleep(5);
 707         } catch (Exception e)
 708         {
 709           //
 710         }
 711       }
 712
 713       AlignmentI indres = null;
 714       try
 715       {
 716         indres = proxy.getSequenceRecords(accession);
 717       } catch (OutOfMemoryError oome)
 718       {
 719         new OOMWarning(
 720                 "fetching " + accession + " from " + proxy.getDbName(),
 721                 oome, this);
 722       }
 723       if (indres != null)
 724       {
 725         aresultq.add(accession);
 726         aresult.add(indres);
 727         success = true;
 728       }
 729     } catch (Exception e)
 730     {
 731       Cache.log.info("Error retrieving " + accession + " from "
 732               + proxy.getDbName(), e);
 733     }
 734     return success;
 735   }
 736
 737   /**
 738    * Checks which of the queries were successfully retrieved by searching the
 739    * DBRefs of the retrieved sequences for a match. Any not found are added to
 740    * the 'nextFetch' list.
 741    *
 742    * @param rslt
 743    * @param queries
 744    * @param nextFetch
 745    * @param proxy
 746    */
 747   void checkResultForQueries(AlignmentI rslt, List<String> queries,
 748           List<String> nextFetch, DbSourceProxy proxy)
 749   {
 750     SequenceI[] rs = rslt.getSequencesArray();
 751
 752     for (String q : queries)
 753     {
 754       DBRefEntry dbr = new DBRefEntry();
 755       dbr.setSource(proxy.getDbSource());
 756       dbr.setVersion(null);
 757       String accId = proxy.getAccessionIdFromQuery(q);
 758       dbr.setAccessionId(accId);
 759       boolean rfound = false;
 760       for (int r = 0; r < rs.length; r++)
 761       {
 762         if (rs[r] != null)
 763         {
 764           List<DBRefEntry> found = DBRefUtils.searchRefs(rs[r].getDBRefs(),
 765                   accId);
 766           if (!found.isEmpty())
 767           {
 768             rfound = true;
 769             break;
 770           }
 771         }
 772       }
 773       if (!rfound)
 774       {
 775         nextFetch.add(q);
 776       }
 777     }
 778   }
 779
 780   /**
 781    *
 782    * @return a standard title for any results retrieved using the currently
 783    *         selected source and settings
 784    */
 785   public String getDefaultRetrievalTitle()
 786   {
 787     return "Retrieved from " + database.getSelectedItem();
 788   }
 789
 790   AlignmentI parseResult(AlignmentI al, String title,
 791           FileFormatI currentFileFormat,
 792           FeatureSettingsModelI preferredFeatureColours)
 793   {
 794
 795     if (al != null && al.getHeight() > 0)
 796     {
 797       if (title == null)
 798       {
 799         title = getDefaultRetrievalTitle();
 800       }
 801       if (alignFrame == null)
 802       {
 803         AlignFrame af = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 804                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 805         if (currentFileFormat != null)
 806         {
 807           af.currentFileFormat = currentFileFormat;
 808         }
 809
 810         List<SequenceI> alsqs = al.getSequences();
 811         synchronized (alsqs)
 812         {
 813           for (SequenceI sq : alsqs)
 814           {
 815             if (sq.getFeatures().hasFeatures())
 816             {
 817               af.setShowSeqFeatures(true);
 818               break;
 819             }
 820           }
 821         }
 822
 823         if (preferredFeatureColours != null)
 824         {
 825           af.getViewport().applyFeaturesStyle(preferredFeatureColours);
 826         }
 827         if (Cache.getDefault("HIDE_INTRONS", true))
 828         {
 829           af.hideFeatureColumns(SequenceOntologyI.EXON, false);
 830         }
 831         Desktop.addInternalFrame(af, title, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 832                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 833
 834         af.setStatus(MessageManager
 835                 .getString("label.successfully_pasted_alignment_file"));
 836
 837         try
 838         {
 839           af.setMaximum(Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN", false));
 840         } catch (Exception ex)
 841         {
 842         }
 843       }
 844       else
 845       {
 846         alignFrame.viewport.addAlignment(al, title);
 847       }
 848     }
 849     return al;
 850   }
 851
 852   void showErrorMessage(final String error)
 853   {
 854     resetDialog();
 855     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 856     {
 857       @Override
 858       public void run()
 859       {
 860         JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, error,
 861                 MessageManager.getString("label.error_retrieving_data"),
 862                 JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 863       }
 864     });
 865   }
 866
 867   public IProgressIndicator getProgressIndicator()
 868   {
 869     return progressIndicator;
 870   }
 871
 872   public void setProgressIndicator(IProgressIndicator progressIndicator)
 873   {
 874     this.progressIndicator = progressIndicator;
 875   }
 876
 877   /**
 878    * Hide this panel (on clicking the database button to open the database
 879    * chooser)
 880    */
 881   void hidePanel()
 882   {
 883     frame.setVisible(false);
 884   }
 885
 886   public void setQuery(String ids)
 887   {
 888     textArea.setText(ids);
 889   }
 890
 891   /**
 892    * Called to modify the search panel for embedding as an alternative tab of a
 893    * free text search panel. The database choice list is hidden (since the
 894    * choice has been made), and a Back button is made visible (which reopens the
 895    * Sequence Fetcher panel).
 896    *
 897    * @param parentPanel
 898    */
 899   public void embedIn(GFTSPanel parentPanel)
 900   {
 901     database.setVisible(false);
 902     backBtn.setVisible(true);
 903     parentSearchPanel = parentPanel;
 904   }
 905 }