src/jalview/gui/SequenceFetcher.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 import java.awt.*;
  25 import java.awt.event.*;
  26
  27 import javax.swing.*;
  28
  29 import MCview.*;
  30 import jalview.datamodel.*;
  31 import jalview.datamodel.xdb.embl.*;
  32 import java.io.File;
  33 import jalview.io.*;
  34 import jalview.ws.DBRefFetcher;
  35 import jalview.ws.ebi.EBIFetchClient;
  36 import jalview.ws.seqfetcher.ASequenceFetcher;
  37 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  38
  39 import java.awt.Rectangle;
  40 import java.awt.BorderLayout;
  41 import java.awt.Dimension;
  42
  43 public class SequenceFetcher extends JPanel implements Runnable
  44 {
  45   // ASequenceFetcher sfetch;
  46   JInternalFrame frame;
  47
  48   IProgressIndicator guiWindow;
  49
  50   AlignFrame alignFrame;
  51
  52   StringBuffer result;
  53
  54   final String noDbSelected = "-- Select Database --";
  55
  56   Hashtable sources = new Hashtable();
  57
  58   private static jalview.ws.SequenceFetcher sfetch = null;
  59
  60   private static String dasRegistry = null;
  61
  62   public SequenceFetcher(IProgressIndicator guiIndic)
  63   {
  64     final IProgressIndicator guiWindow = guiIndic;
  65     final SequenceFetcher us = this;
  66     // launch initialiser thread
  67     Thread sf = new Thread(new Runnable()
  68     {
  69
  70       public void run()
  71       {
  72         if (sfetch == null
  73                 || dasRegistry != DasSourceBrowser.getDasRegistryURL())
  74         {
  75           /**
  76            * give a visual indication that sequence fetcher construction is
  77            * occuring
  78            */
  79           if (guiWindow != null)
  80           {
  81             guiWindow.setProgressBar(
  82                     "Initialising Sequence Database Fetchers", this
  83                             .hashCode());
  84           }
  85           dasRegistry = DasSourceBrowser.getDasRegistryURL();
  86           jalview.ws.SequenceFetcher sf = new jalview.ws.SequenceFetcher();
  87           if (guiWindow != null)
  88           {
  89             guiWindow.setProgressBar(
  90                     "Initialising Sequence Database Fetchers", this
  91                             .hashCode());
  92           }
  93           sfetch = sf;
  94
  95         }
  96         us.initGui(guiWindow);
  97       }
  98     });
  99     sf.start();
 100   }
 101
 102   /**
 103    * called by thread spawned by constructor
 104    *
 105    * @param guiWindow
 106    */
 107   private void initGui(IProgressIndicator guiWindow)
 108   {
 109     this.guiWindow = guiWindow;
 110     if (guiWindow instanceof AlignFrame)
 111     {
 112       alignFrame = (AlignFrame) guiWindow;
 113     }
 114
 115     database.addItem(noDbSelected);
 116     /*
 117      * Dynamically generated database list will need a translation function from
 118      * internal source to externally distinct names. UNIPROT and UP_NAME are
 119      * identical DB sources, and should be collapsed.
 120      */
 121
 122     String dbs[] = sfetch.getOrderedSupportedSources();
 123     for (int i = 0; i < dbs.length; i++)
 124     {
 125       if (!sources.containsValue(dbs[i]))
 126       {
 127         String name = sfetch.getSourceProxy(dbs[i]).getDbName();
 128         // duplicate source names are thrown away, here.
 129         if (!sources.containsKey(name))
 130         {
 131           database.addItem(name);
 132         }
 133         // overwrite with latest version of the retriever for this source
 134         sources.put(name, dbs[i]);
 135       }
 136     }
 137     try
 138     {
 139       jbInit();
 140     } catch (Exception ex)
 141     {
 142       ex.printStackTrace();
 143     }
 144
 145     frame = new JInternalFrame();
 146     frame.setContentPane(this);
 147     if (new jalview.util.Platform().isAMac())
 148     {
 149       Desktop.addInternalFrame(frame, getFrameTitle(), 400, 200);
 150     }
 151     else
 152     {
 153       Desktop.addInternalFrame(frame, getFrameTitle(), 400, 180);
 154     }
 155   }
 156
 157   private String getFrameTitle()
 158   {
 159     return ((alignFrame == null) ? "New " : "Additional ")
 160             + "Sequence Fetcher";
 161   }
 162
 163   private void jbInit() throws Exception
 164   {
 165     this.setLayout(borderLayout2);
 166
 167     database.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 168     dbeg.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.BOLD, 11));
 169     jLabel1.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.ITALIC, 11));
 170     jLabel1.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
 171     jLabel1
 172             .setText("Separate multiple accession ids with semi colon \";\"");
 173     ok.setText("OK");
 174     ok.addActionListener(new ActionListener()
 175     {
 176       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 177       {
 178         ok_actionPerformed();
 179       }
 180     });
 181     clear.setText("Clear");
 182     clear.addActionListener(new ActionListener()
 183     {
 184       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 185       {
 186         clear_actionPerformed();
 187       }
 188     });
 189
 190     example.setText("Example");
 191     example.addActionListener(new ActionListener()
 192     {
 193       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 194       {
 195         example_actionPerformed();
 196       }
 197     });
 198     close.setText("Close");
 199     close.addActionListener(new ActionListener()
 200     {
 201       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 202       {
 203         close_actionPerformed(e);
 204       }
 205     });
 206     textArea.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 207     textArea.setLineWrap(true);
 208     textArea.addKeyListener(new KeyAdapter()
 209     {
 210       public void keyPressed(KeyEvent e)
 211       {
 212         if (e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 213           ok_actionPerformed();
 214       }
 215     });
 216     jPanel3.setLayout(borderLayout1);
 217     borderLayout1.setVgap(5);
 218     jPanel1.add(ok);
 219     jPanel1.add(example);
 220     jPanel1.add(clear);
 221     jPanel1.add(close);
 222     jPanel3.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 223     jPanel2.setLayout(borderLayout3);
 224
 225     database.addActionListener(new ActionListener()
 226     {
 227
 228       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 229       {
 230         DbSourceProxy db = null;
 231         try
 232         {
 233           db = sfetch.getSourceProxy((String) sources.get(database
 234                   .getSelectedItem()));
 235           dbeg.setText("Example query: " + db.getTestQuery());
 236         } catch (Exception ex)
 237         {
 238           dbeg.setText("");
 239         }
 240         jPanel2.repaint();
 241       }
 242     });
 243     dbeg.setText("");
 244     jPanel2.add(database, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 245     jPanel2.add(dbeg, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 246     jPanel2.add(jLabel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 247     // jPanel2.setPreferredSize(new Dimension())
 248     jPanel3.add(jScrollPane1, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 249     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 250     this.add(jPanel3, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 251     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 252     jScrollPane1.getViewport().add(textArea);
 253
 254   }
 255
 256   protected void example_actionPerformed()
 257   {
 258     DbSourceProxy db = null;
 259     try
 260     {
 261       db = sfetch.getSourceProxy((String) sources.get(database
 262               .getSelectedItem()));
 263       textArea.setText(db.getTestQuery());
 264     } catch (Exception ex)
 265     {
 266     }
 267     jPanel3.repaint();
 268   }
 269
 270   protected void clear_actionPerformed()
 271   {
 272     textArea.setText("");
 273     jPanel3.repaint();
 274   }
 275
 276   JLabel dbeg = new JLabel();
 277
 278   JComboBox database = new JComboBox();
 279
 280   JLabel jLabel1 = new JLabel();
 281
 282   JButton ok = new JButton();
 283
 284   JButton clear = new JButton();
 285
 286   JButton example = new JButton();
 287
 288   JButton close = new JButton();
 289
 290   JPanel jPanel1 = new JPanel();
 291
 292   JTextArea textArea = new JTextArea();
 293
 294   JScrollPane jScrollPane1 = new JScrollPane();
 295
 296   JPanel jPanel2 = new JPanel();
 297
 298   JPanel jPanel3 = new JPanel();
 299
 300   JPanel jPanel4 = new JPanel();
 301
 302   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 303
 304   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();
 305
 306   BorderLayout borderLayout3 = new BorderLayout();
 307
 308   public void close_actionPerformed(ActionEvent e)
 309   {
 310     try
 311     {
 312       frame.setClosed(true);
 313     } catch (Exception ex)
 314     {
 315     }
 316   }
 317
 318   public void ok_actionPerformed()
 319   {
 320     database.setEnabled(false);
 321     textArea.setEnabled(false);
 322     ok.setEnabled(false);
 323     close.setEnabled(false);
 324
 325     Thread worker = new Thread(this);
 326     worker.start();
 327   }
 328
 329   private void resetDialog()
 330   {
 331     database.setEnabled(true);
 332     textArea.setEnabled(true);
 333     ok.setEnabled(true);
 334     close.setEnabled(true);
 335   }
 336
 337   public void run()
 338   {
 339     String error = "";
 340     if (database.getSelectedItem().equals(noDbSelected))
 341     {
 342       error += "Please select the source database\n";
 343     }
 344     com.stevesoft.pat.Regex empty = new com.stevesoft.pat.Regex("\\s+", "");
 345     textArea.setText(empty.replaceAll(textArea.getText()));
 346     if (textArea.getText().length() == 0)
 347     {
 348       error += "Please enter a (semi-colon separated list of) database id(s)";
 349     }
 350     if (error.length() > 0)
 351     {
 352       showErrorMessage(error);
 353       resetDialog();
 354       return;
 355     }
 356     AlignmentI aresult = null;
 357     try
 358     {
 359       guiWindow.setProgressBar("Fetching Sequences from "
 360               + database.getSelectedItem(), Thread.currentThread()
 361               .hashCode());
 362       aresult = sfetch.getSourceProxy(
 363               (String) sources.get(database.getSelectedItem()))
 364               .getSequenceRecords(textArea.getText());
 365
 366     } catch (Exception e)
 367     {
 368       showErrorMessage("Error retrieving " + textArea.getText() + " from "
 369               + database.getSelectedItem());
 370       // error +="Couldn't retrieve sequences from "+database.getSelectedItem();
 371       System.err.println("Retrieval failed for source ='"
 372               + database.getSelectedItem() + "' and query\n'"
 373               + textArea.getText() + "'\n");
 374       e.printStackTrace();
 375     } catch (OutOfMemoryError e)
 376     {
 377       showErrorMessage("Out of Memory when retrieving "
 378               + textArea.getText()
 379               + " from "
 380               + database.getSelectedItem()
 381               + "\nPlease see the Jalview FAQ for instructions for increasing the memory available to Jalview.\n");
 382       e.printStackTrace();
 383     } catch (Error e)
 384     {
 385       showErrorMessage("Serious Error retrieving " + textArea.getText()
 386               + " from " + database.getSelectedItem());
 387       e.printStackTrace();
 388     }
 389     guiWindow.setProgressBar(null, Thread.currentThread().hashCode());
 390     if (aresult != null)
 391     {
 392       parseResult(aresult, null, null);
 393     }
 394     resetDialog();
 395   }
 396
 397   /*
 398    * result = new StringBuffer(); if
 399    * (database.getSelectedItem().equals("Uniprot")) {
 400    * getUniprotFile(textArea.getText()); } else if
 401    * (database.getSelectedItem().equals("EMBL") ||
 402    * database.getSelectedItem().equals("EMBLCDS")) { String DBRefSource =
 403    * database.getSelectedItem().equals("EMBLCDS") ?
 404    * jalview.datamodel.DBRefSource.EMBLCDS : jalview.datamodel.DBRefSource.EMBL;
 405    *
 406    * StringTokenizer st = new StringTokenizer(textArea.getText(), ";");
 407    * SequenceI[] seqs = null; while(st.hasMoreTokens()) { EBIFetchClient dbFetch =
 408    * new EBIFetchClient(); String qry =
 409    * database.getSelectedItem().toString().toLowerCase( ) + ":" +
 410    * st.nextToken(); File reply = dbFetch.fetchDataAsFile( qry, "emblxml",null);
 411    *
 412    * jalview.datamodel.xdb.embl.EmblFile efile=null; if (reply != null &&
 413    * reply.exists()) { efile =
 414    * jalview.datamodel.xdb.embl.EmblFile.getEmblFile(reply); } if (efile!=null) {
 415    * for (Iterator i=efile.getEntries().iterator(); i.hasNext(); ) { EmblEntry
 416    * entry = (EmblEntry) i.next(); SequenceI[] seqparts =
 417    * entry.getSequences(false,true, DBRefSource); if (seqparts!=null) {
 418    * SequenceI[] newseqs = null; int si=0; if (seqs==null) { newseqs = new
 419    * SequenceI[seqparts.length]; } else { newseqs = new
 420    * SequenceI[seqs.length+seqparts.length];
 421    *
 422    * for (;si<seqs.length; si++) { newseqs[si] = seqs[si]; seqs[si] = null; } }
 423    * for (int j=0;j<seqparts.length; si++, j++) { newseqs[si] =
 424    * seqparts[j].deriveSequence(); // place DBReferences on dataset and refer }
 425    * seqs=newseqs;
 426    *  } } } else { result.append("# no response for "+qry); } } if (seqs!=null &&
 427    * seqs.length>0) { if (parseResult(new Alignment(seqs), null, null)!=null) {
 428    * result.append("# Successfully parsed the "+database.getSelectedItem()+"
 429    * Queries into an Alignment"); } } } else if
 430    * (database.getSelectedItem().equals("PDB")) { StringTokenizer qset = new
 431    * StringTokenizer(textArea.getText(), ";"); String query; SequenceI[] seqs =
 432    * null; while (qset.hasMoreTokens() && ((query = qset.nextToken())!=null)) {
 433    * SequenceI[] seqparts = getPDBFile(query.toUpperCase()); if (seqparts !=
 434    * null) { if (seqs == null) { seqs = seqparts; } else { SequenceI[] newseqs =
 435    * new SequenceI[seqs.length+seqparts.length]; int i=0; for (; i <
 436    * seqs.length; i++) { newseqs[i] = seqs[i]; seqs[i] = null; } for (int j=0;j<seqparts.length;
 437    * i++, j++) { newseqs[i] = seqparts[j]; } seqs=newseqs; } result.append("#
 438    * Success for "+query.toUpperCase()+"\n"); } } if (seqs != null &&
 439    * seqs.length > 0) { if (parseResult(new Alignment(seqs), null, null)!=null) {
 440    * result.append( "# Successfully parsed the PDB File Queries into an
 441    * Alignment"); } } } else if( database.getSelectedItem().equals("PFAM")) {
 442    * try { result.append(new FastaFile(
 443    * "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getalignment.pl?format=fal&acc=" +
 444    * textArea.getText().toUpperCase(), "URL").print() );
 445    *
 446    * if(result.length()>0) { parseResult( result.toString(),
 447    * textArea.getText().toUpperCase() ); }
 448    *  } catch (java.io.IOException ex) { result = null; } }
 449    *
 450    * if (result == null || result.length() == 0) { showErrorMessage("Error
 451    * retrieving " + textArea.getText() + " from " + database.getSelectedItem()); }
 452    *
 453    * resetDialog(); return; }
 454    *
 455    * void getUniprotFile(String id) { EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient();
 456    * File file = ebi.fetchDataAsFile("uniprot:" + id, "xml", null);
 457    *
 458    * DBRefFetcher dbref = new DBRefFetcher(); Vector entries =
 459    * dbref.getUniprotEntries(file);
 460    *
 461    * if (entries != null) { //First, make the new sequences Enumeration en =
 462    * entries.elements(); while (en.hasMoreElements()) { UniprotEntry entry =
 463    * (UniprotEntry) en.nextElement();
 464    *
 465    * StringBuffer name = new StringBuffer(">UniProt/Swiss-Prot"); Enumeration
 466    * en2 = entry.getAccession().elements(); while (en2.hasMoreElements()) {
 467    * name.append("|"); name.append(en2.nextElement()); } en2 =
 468    * entry.getName().elements(); while (en2.hasMoreElements()) {
 469    * name.append("|"); name.append(en2.nextElement()); }
 470    *
 471    * if (entry.getProtein() != null) { name.append(" " +
 472    * entry.getProtein().getName().elementAt(0)); }
 473    *
 474    * result.append(name + "\n" + entry.getUniprotSequence().getContent() +
 475    * "\n");
 476    *  }
 477    *
 478    * //Then read in the features and apply them to the dataset Alignment al =
 479    * parseResult(result.toString(), null); for (int i = 0; i < entries.size();
 480    * i++) { UniprotEntry entry = (UniprotEntry) entries.elementAt(i);
 481    * Enumeration e = entry.getDbReference().elements(); Vector onlyPdbEntries =
 482    * new Vector(); while (e.hasMoreElements()) { PDBEntry pdb = (PDBEntry)
 483    * e.nextElement(); if (!pdb.getType().equals("PDB")) { continue; }
 484    *
 485    * onlyPdbEntries.addElement(pdb); }
 486    *
 487    * Enumeration en2 = entry.getAccession().elements(); while
 488    * (en2.hasMoreElements()) {
 489    * al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence().addDBRef(new DBRefEntry(
 490    * DBRefSource.UNIPROT, "0", en2.nextElement().toString())); }
 491    *
 492    *
 493    *
 494    *
 495    * al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence().setPDBId(onlyPdbEntries); if
 496    * (entry.getFeature() != null) { e = entry.getFeature().elements(); while
 497    * (e.hasMoreElements()) { SequenceFeature sf = (SequenceFeature)
 498    * e.nextElement(); sf.setFeatureGroup("Uniprot");
 499    * al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence().addSequenceFeature( sf ); } } } } }
 500    *
 501    * SequenceI[] getPDBFile(String id) { Vector result = new Vector(); String
 502    * chain = null; if (id.indexOf(":") > -1) { chain =
 503    * id.substring(id.indexOf(":") + 1); id = id.substring(0, id.indexOf(":")); }
 504    *
 505    * EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient(); String file =
 506    * ebi.fetchDataAsFile("pdb:" + id, "pdb", "raw"). getAbsolutePath(); if (file ==
 507    * null) { return null; } try { PDBfile pdbfile = new PDBfile(file,
 508    * jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE); for (int i = 0; i <
 509    * pdbfile.chains.size(); i++) { if (chain == null || ( (PDBChain)
 510    * pdbfile.chains.elementAt(i)).id. toUpperCase().equals(chain)) { PDBChain
 511    * pdbchain = (PDBChain) pdbfile.chains.elementAt(i); // Get the Chain's
 512    * Sequence - who's dataset includes any special features added from the PDB
 513    * file SequenceI sq = pdbchain.sequence; // Specially formatted name for the
 514    * PDB chain sequences retrieved from the PDB
 515    * sq.setName("PDB|"+id+"|"+sq.getName()); // Might need to add more metadata
 516    * to the PDBEntry object // like below /* PDBEntry entry = new PDBEntry(); //
 517    * Construct the PDBEntry entry.setId(id); if (entry.getProperty() == null)
 518    * entry.setProperty(new Hashtable()); entry.getProperty().put("chains",
 519    * pdbchain.id + "=" + sq.getStart() + "-" + sq.getEnd());
 520    * sq.getDatasetSequence().addPDBId(entry);
 521    *  // Add PDB DB Refs // We make a DBRefEtntry because we have obtained the
 522    * PDB file from a verifiable source // JBPNote - PDB DBRefEntry should also
 523    * carry the chain and mapping information DBRefEntry dbentry = new
 524    * DBRefEntry(jalview.datamodel.DBRefSource.PDB, "0", id + pdbchain.id);
 525    * sq.addDBRef(dbentry); // and add seuqence to the retrieved set
 526    * result.addElement(sq.deriveSequence()); } }
 527    *
 528    * if (result.size() < 1) { throw new Exception("WsDBFetch for PDB id resulted
 529    * in zero result size"); } } catch (Exception ex) // Problem parsing PDB file {
 530    * jalview.bin.Cache.log.warn("Exception when retrieving " +
 531    * textArea.getText() + " from " + database.getSelectedItem(), ex); return
 532    * null; }
 533    *
 534    *
 535    * SequenceI[] results = new SequenceI[result.size()]; for (int i = 0, j =
 536    * result.size(); i < j; i++) { results[i] = (SequenceI) result.elementAt(i);
 537    * result.setElementAt(null,i); } return results; }
 538    */
 539   AlignmentI parseResult(String result, String title)
 540   {
 541     String format = new IdentifyFile().Identify(result, "Paste");
 542     Alignment sequences = null;
 543     if (FormatAdapter.isValidFormat(format))
 544     {
 545       sequences = null;
 546       try
 547       {
 548         sequences = new FormatAdapter().readFile(result.toString(),
 549                 "Paste", format);
 550       } catch (Exception ex)
 551       {
 552       }
 553
 554       if (sequences != null)
 555       {
 556         return parseResult(sequences, title, format);
 557       }
 558     }
 559     else
 560     {
 561       showErrorMessage("Error retrieving " + textArea.getText() + " from "
 562               + database.getSelectedItem());
 563     }
 564
 565     return null;
 566   }
 567
 568   AlignmentI parseResult(AlignmentI al, String title,
 569           String currentFileFormat)
 570   {
 571
 572     if (al != null && al.getHeight() > 0)
 573     {
 574       if (alignFrame == null)
 575       {
 576         AlignFrame af = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 577                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 578         if (currentFileFormat != null)
 579         {
 580           af.currentFileFormat = currentFileFormat; // WHAT IS THE DEFAULT
 581                                                     // FORMAT FOR
 582                                                     // NON-FormatAdapter Sourced
 583                                                     // Alignments?
 584         }
 585
 586         if (title == null)
 587         {
 588           title = "Retrieved from " + database.getSelectedItem();
 589         }
 590
 591         Desktop.addInternalFrame(af, title, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 592                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 593
 594         af.statusBar.setText("Successfully pasted alignment file");
 595
 596         try
 597         {
 598           af.setMaximum(jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN",
 599                   false));
 600         } catch (Exception ex)
 601         {
 602         }
 603       }
 604       else
 605       {
 606         for (int i = 0; i < al.getHeight(); i++)
 607         {
 608           alignFrame.viewport.alignment.addSequence(al.getSequenceAt(i)); // this
 609                                                                           // also
 610                                                                           // creates
 611                                                                           // dataset
 612                                                                           // sequence
 613                                                                           // entries
 614         }
 615         alignFrame.viewport.setEndSeq(alignFrame.viewport.alignment
 616                 .getHeight());
 617         alignFrame.viewport.alignment.getWidth();
 618         alignFrame.viewport.firePropertyChange("alignment", null,
 619                 alignFrame.viewport.getAlignment().getSequences());
 620       }
 621     }
 622     return al;
 623   }
 624
 625   void showErrorMessage(final String error)
 626   {
 627     resetDialog();
 628     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 629     {
 630       public void run()
 631       {
 632         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, error,
 633                 "Error Retrieving Data", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 634       }
 635     });
 636   }
 637 }