src/jalview/gui/SequenceFetcher.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.event.*;
  24
  25 import javax.swing.*;
  26 import javax.swing.tree.DefaultMutableTreeNode;
  27 import javax.swing.tree.MutableTreeNode;
  28 import javax.swing.tree.TreeModel;
  29
  30 import jalview.datamodel.*;
  31 import jalview.io.*;
  32 import jalview.ws.dbsources.das.api.DasSourceRegistryI;
  33 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  34
  35 import java.awt.BorderLayout;
  36
  37 public class SequenceFetcher extends JPanel implements Runnable
  38 {
  39   // ASequenceFetcher sfetch;
  40   JInternalFrame frame;
  41
  42   IProgressIndicator guiWindow;
  43
  44   AlignFrame alignFrame;
  45
  46   StringBuffer result;
  47
  48   final String noDbSelected = "-- Select Database --";
  49
  50   private static jalview.ws.SequenceFetcher sfetch = null;
  51
  52   private static long lastDasSourceRegistry = -3;
  53
  54   private static DasSourceRegistryI dasRegistry = null;
  55
  56   private static boolean _initingFetcher = false;
  57
  58   private static Thread initingThread = null;
  59
  60   /**
  61    * Blocking method that initialises and returns the shared instance of the
  62    * SequenceFetcher client
  63    *
  64    * @param guiWindow
  65    *          - where the initialisation delay message should be shown
  66    * @return the singleton instance of the sequence fetcher client
  67    */
  68   public static jalview.ws.SequenceFetcher getSequenceFetcherSingleton(
  69           final IProgressIndicator guiWindow)
  70   {
  71     if (_initingFetcher && initingThread != null && initingThread.isAlive())
  72     {
  73       if (guiWindow != null)
  74       {
  75         guiWindow.setProgressBar(
  76                 "Waiting for Sequence Database Fetchers to initialise",
  77                 Thread.currentThread().hashCode());
  78       }
  79       // initting happening on another thread - so wait around to see if it
  80       // finishes.
  81       while (_initingFetcher && initingThread != null
  82               && initingThread.isAlive())
  83       {
  84         try
  85         {
  86           Thread.sleep(10);
  87         } catch (Exception e)
  88         {
  89         }
  90         ;
  91       }
  92       if (guiWindow != null)
  93       {
  94         guiWindow.setProgressBar(
  95                 "Waiting for Sequence Database Fetchers to initialise",
  96                 Thread.currentThread().hashCode());
  97       }
  98     }
  99     if (sfetch == null
 100             || dasRegistry != jalview.bin.Cache.getDasSourceRegistry()
 101             || lastDasSourceRegistry != (jalview.bin.Cache
 102                     .getDasSourceRegistry().getDasRegistryURL() + jalview.bin.Cache
 103                     .getDasSourceRegistry().getLocalSourceString())
 104                     .hashCode())
 105     {
 106       _initingFetcher = true;
 107       initingThread = Thread.currentThread();
 108       /**
 109        * give a visual indication that sequence fetcher construction is occuring
 110        */
 111       if (guiWindow != null)
 112       {
 113         guiWindow.setProgressBar("Initialising Sequence Database Fetchers",
 114                 Thread.currentThread().hashCode());
 115       }
 116       dasRegistry = jalview.bin.Cache.getDasSourceRegistry();
 117       dasRegistry.refreshSources();
 118
 119       jalview.ws.SequenceFetcher sf = new jalview.ws.SequenceFetcher();
 120       if (guiWindow != null)
 121       {
 122         guiWindow.setProgressBar("Initialising Sequence Database Fetchers",
 123                 Thread.currentThread().hashCode());
 124       }
 125       lastDasSourceRegistry = (dasRegistry.getDasRegistryURL() + dasRegistry
 126               .getLocalSourceString()).hashCode();
 127       sfetch = sf;
 128       _initingFetcher = false;
 129       initingThread = null;
 130     }
 131     return sfetch;
 132   }
 133
 134   public SequenceFetcher(IProgressIndicator guiIndic)
 135   {
 136     final IProgressIndicator guiWindow = guiIndic;
 137     final SequenceFetcher us = this;
 138     // launch initialiser thread
 139     Thread sf = new Thread(new Runnable()
 140     {
 141
 142       public void run()
 143       {
 144         if (getSequenceFetcherSingleton(guiWindow) != null)
 145         {
 146           us.initGui(guiWindow);
 147         }
 148         else
 149         {
 150           javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 151           {
 152             public void run()
 153             {
 154               JOptionPane
 155                       .showInternalMessageDialog(
 156                               Desktop.desktop,
 157                               "Could not create the sequence fetcher client. Check error logs for details.",
 158                               "Couldn't create SequenceFetcher",
 159                               JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 160             }
 161           });
 162
 163           // raise warning dialog
 164         }
 165       }
 166     });
 167     sf.start();
 168   }
 169
 170   private class DatabaseAuthority extends DefaultMutableTreeNode
 171   {
 172
 173   };
 174
 175   private class DatabaseSource extends DefaultMutableTreeNode
 176   {
 177
 178   };
 179
 180   /**
 181    * called by thread spawned by constructor
 182    *
 183    * @param guiWindow
 184    */
 185   private void initGui(IProgressIndicator guiWindow)
 186   {
 187     this.guiWindow = guiWindow;
 188     if (guiWindow instanceof AlignFrame)
 189     {
 190       alignFrame = (AlignFrame) guiWindow;
 191     }
 192     database = new JDatabaseTree(sfetch);
 193     try
 194     {
 195       jbInit();
 196     } catch (Exception ex)
 197     {
 198       ex.printStackTrace();
 199     }
 200
 201     frame = new JInternalFrame();
 202     frame.setContentPane(this);
 203     if (new jalview.util.Platform().isAMac())
 204     {
 205       Desktop.addInternalFrame(frame, getFrameTitle(), 400, 240);
 206     }
 207     else
 208     {
 209       Desktop.addInternalFrame(frame, getFrameTitle(), 400, 180);
 210     }
 211   }
 212
 213   private String getFrameTitle()
 214   {
 215     return ((alignFrame == null) ? "New " : "Additional ")
 216             + "Sequence Fetcher";
 217   }
 218
 219   private void jbInit() throws Exception
 220   {
 221     this.setLayout(borderLayout2);
 222
 223     database.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 224     dbeg.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.BOLD, 11));
 225     jLabel1.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.ITALIC, 11));
 226     jLabel1.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
 227     jLabel1.setText("Separate multiple accession ids with semi colon \";\"");
 228
 229     replacePunctuation.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
 230     replacePunctuation
 231             .setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.ITALIC, 11));
 232     replacePunctuation.setText("Replace commas with semi-colons");
 233     ok.setText("OK");
 234     ok.addActionListener(new ActionListener()
 235     {
 236       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 237       {
 238         ok_actionPerformed();
 239       }
 240     });
 241     clear.setText("Clear");
 242     clear.addActionListener(new ActionListener()
 243     {
 244       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 245       {
 246         clear_actionPerformed();
 247       }
 248     });
 249
 250     example.setText("Example");
 251     example.addActionListener(new ActionListener()
 252     {
 253       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 254       {
 255         example_actionPerformed();
 256       }
 257     });
 258     close.setText("Close");
 259     close.addActionListener(new ActionListener()
 260     {
 261       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 262       {
 263         close_actionPerformed(e);
 264       }
 265     });
 266     textArea.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 267     textArea.setLineWrap(true);
 268     textArea.addKeyListener(new KeyAdapter()
 269     {
 270       public void keyPressed(KeyEvent e)
 271       {
 272         if (e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 273           ok_actionPerformed();
 274       }
 275     });
 276     jPanel3.setLayout(borderLayout1);
 277     borderLayout1.setVgap(5);
 278     jPanel1.add(ok);
 279     jPanel1.add(example);
 280     jPanel1.add(clear);
 281     jPanel1.add(close);
 282     jPanel3.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 283     jPanel2.setLayout(borderLayout3);
 284     databaseButt = database.getDatabaseSelectorButton();
 285     databaseButt.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 286     database.addActionListener(new ActionListener()
 287     {
 288
 289       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 290       {
 291         DbSourceProxy db = null;
 292         try
 293         {
 294           databaseButt.setText(database.getSelectedItem()
 295                   + (database.getSelectedSources().size() > 1 ? " (and "
 296                           + database.getSelectedSources().size()
 297                           + " others)" : ""));
 298           String eq = database.getExampleQueries();
 299           dbeg.setText("Example query: " + eq);
 300           replacePunctuation.setEnabled(!(eq != null && eq.indexOf(",") > -1));
 301         } catch (Exception ex)
 302         {
 303           dbeg.setText("");
 304           replacePunctuation.setEnabled(true);
 305         }
 306         jPanel2.repaint();
 307       }
 308     });
 309     dbeg.setText("");
 310     jPanel2.add(databaseButt, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 311     jPanel2.add(dbeg, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 312     JPanel jPanel2a = new JPanel(new BorderLayout());
 313     jPanel2a.add(jLabel1, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 314     jPanel2a.add(replacePunctuation, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 315     jPanel2.add(jPanel2a, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 316     // jPanel2.setPreferredSize(new Dimension())
 317     jPanel3.add(jScrollPane1, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 318     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 319     this.add(jPanel3, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 320     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 321     jScrollPane1.getViewport().add(textArea);
 322
 323   }
 324
 325   protected void example_actionPerformed()
 326   {
 327     DbSourceProxy db = null;
 328     try
 329     {
 330       textArea.setText(database.getExampleQueries());
 331     } catch (Exception ex)
 332     {
 333     }
 334     jPanel3.repaint();
 335   }
 336
 337   protected void clear_actionPerformed()
 338   {
 339     textArea.setText("");
 340     jPanel3.repaint();
 341   }
 342
 343   JLabel dbeg = new JLabel();
 344
 345   JDatabaseTree database;
 346
 347   JButton databaseButt;
 348
 349   JLabel jLabel1 = new JLabel();
 350
 351   JCheckBox replacePunctuation = new JCheckBox();
 352
 353   JButton ok = new JButton();
 354
 355   JButton clear = new JButton();
 356
 357   JButton example = new JButton();
 358
 359   JButton close = new JButton();
 360
 361   JPanel jPanel1 = new JPanel();
 362
 363   JTextArea textArea = new JTextArea();
 364
 365   JScrollPane jScrollPane1 = new JScrollPane();
 366
 367   JPanel jPanel2 = new JPanel();
 368
 369   JPanel jPanel3 = new JPanel();
 370
 371   JPanel jPanel4 = new JPanel();
 372
 373   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 374
 375   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();
 376
 377   BorderLayout borderLayout3 = new BorderLayout();
 378
 379   public void close_actionPerformed(ActionEvent e)
 380   {
 381     try
 382     {
 383       frame.setClosed(true);
 384     } catch (Exception ex)
 385     {
 386     }
 387   }
 388
 389   public void ok_actionPerformed()
 390   {
 391     database.setEnabled(false);
 392     textArea.setEnabled(false);
 393     ok.setEnabled(false);
 394     close.setEnabled(false);
 395
 396     Thread worker = new Thread(this);
 397     worker.start();
 398   }
 399
 400   private void resetDialog()
 401   {
 402     database.setEnabled(true);
 403     textArea.setEnabled(true);
 404     ok.setEnabled(true);
 405     close.setEnabled(true);
 406   }
 407
 408   public void run()
 409   {
 410     String error = "";
 411     if (!database.hasSelection())
 412     {
 413       error += "Please select the source database\n";
 414     }
 415     // TODO: make this transformation more configurable
 416     com.stevesoft.pat.Regex empty;
 417     if (replacePunctuation.isEnabled() && replacePunctuation.isSelected())
 418     {
 419       empty = new com.stevesoft.pat.Regex(
 420       // replace commas and spaces with a semicolon
 421               "(\\s|[,; ])+", ";");
 422     }
 423     else
 424     {
 425       // just turn spaces and semicolons into single semicolons
 426       empty = new com.stevesoft.pat.Regex("(\\s|[; ])+", ";");
 427     }
 428     textArea.setText(empty.replaceAll(textArea.getText()));
 429     // see if there's anthing to search with
 430     if (!new com.stevesoft.pat.Regex("[A-Za-z0-9_.]").search(textArea
 431             .getText()))
 432     {
 433       error += "Please enter a (semi-colon separated list of) database id(s)";
 434     }
 435     if (error.length() > 0)
 436     {
 437       showErrorMessage(error);
 438       resetDialog();
 439       return;
 440     }
 441     ArrayList<String> aresultq = new ArrayList<String>();
 442     ArrayList<AlignmentI> aresult = new ArrayList<AlignmentI>();
 443     DbSourceProxy proxy = database.getSelectedSources().get(0);
 444     Enumeration en = new StringTokenizer(textArea.getText(), ";");
 445     boolean isAliSource = false;
 446     try
 447     {
 448       guiWindow.setProgressBar(
 449               "Fetching Sequences from " + proxy.getDbName(), Thread
 450                       .currentThread().hashCode());
 451       isAliSource = proxy.isA(DBRefSource.ALIGNMENTDB);
 452       if (proxy.getAccessionSeparator() == null)
 453       {
 454         while (en.hasMoreElements())
 455         {
 456           String item = (String) en.nextElement();
 457           try
 458           {
 459             if (aresult != null)
 460             {
 461               try
 462               {
 463                 // give the server a chance to breathe
 464                 Thread.sleep(5);
 465               } catch (Exception e)
 466               {
 467                 //
 468               }
 469
 470             }
 471
 472             AlignmentI indres = null;
 473             try
 474             {
 475               indres = proxy.getSequenceRecords(item);
 476             } catch (OutOfMemoryError oome)
 477             {
 478               new OOMWarning("fetching " + item + " from "
 479                       + proxy.getDbName(), oome, this);
 480             }
 481             if (indres != null)
 482             {
 483               aresultq.add(item);
 484               aresult.add(indres);
 485             }
 486           } catch (Exception e)
 487           {
 488             jalview.bin.Cache.log.info("Error retrieving " + item
 489                     + " from " + proxy.getDbName(), e);
 490           }
 491         }
 492       }
 493       else
 494       {
 495         StringBuffer multiacc = new StringBuffer();
 496         while (en.hasMoreElements())
 497         {
 498           multiacc.append(en.nextElement());
 499           if (en.hasMoreElements())
 500           {
 501             multiacc.append(proxy.getAccessionSeparator());
 502           }
 503         }
 504         try
 505         {
 506           aresultq.add(multiacc.toString());
 507           aresult.add(proxy.getSequenceRecords(multiacc.toString()));
 508         } catch (OutOfMemoryError oome)
 509         {
 510           new OOMWarning("fetching " + multiacc + " from "
 511                   + database.getSelectedItem(), oome, this);
 512         }
 513
 514       }
 515
 516     } catch (Exception e)
 517     {
 518       showErrorMessage("Error retrieving " + textArea.getText() + " from "
 519               + database.getSelectedItem());
 520       // error +="Couldn't retrieve sequences from "+database.getSelectedItem();
 521       System.err.println("Retrieval failed for source ='"
 522               + database.getSelectedItem() + "' and query\n'"
 523               + textArea.getText() + "'\n");
 524       e.printStackTrace();
 525     } catch (OutOfMemoryError e)
 526     {
 527       // resets dialog box - so we don't use OOMwarning here.
 528       showErrorMessage("Out of Memory when retrieving "
 529               + textArea.getText()
 530               + " from "
 531               + database.getSelectedItem()
 532               + "\nPlease see the Jalview FAQ for instructions for increasing the memory available to Jalview.\n");
 533       e.printStackTrace();
 534     } catch (Error e)
 535     {
 536       showErrorMessage("Serious Error retrieving " + textArea.getText()
 537               + " from " + database.getSelectedItem());
 538       e.printStackTrace();
 539     }
 540     if (aresult != null && aresult.size() > 0)
 541     {
 542       AlignmentI ar = null;
 543       if (isAliSource)
 544       {
 545         // new window for each result
 546         while (aresult.size() > 0)
 547         {
 548           parseResult(aresult.remove(0), aresultq.remove(0) + " "
 549                   + getDefaultRetrievalTitle(), null);
 550         }
 551       }
 552       else
 553       {
 554         // concatenate all results in one window
 555         while (aresult.size() > 0)
 556         {
 557           if (ar == null)
 558           {
 559             ar = aresult.remove(0);
 560           }
 561           else
 562           {
 563             ar.append(aresult.remove(0));
 564           }
 565           ;
 566         }
 567         parseResult(ar, null, null);
 568       }
 569     }
 570     // only remove visual delay after we finished parsing.
 571     guiWindow.setProgressBar(null, Thread.currentThread().hashCode());
 572     resetDialog();
 573   }
 574
 575   /*
 576    * result = new StringBuffer(); if
 577    * (database.getSelectedItem().equals("Uniprot")) {
 578    * getUniprotFile(textArea.getText()); } else if
 579    * (database.getSelectedItem().equals("EMBL") ||
 580    * database.getSelectedItem().equals("EMBLCDS")) { String DBRefSource =
 581    * database.getSelectedItem().equals("EMBLCDS") ?
 582    * jalview.datamodel.DBRefSource.EMBLCDS : jalview.datamodel.DBRefSource.EMBL;
 583    *
 584    * StringTokenizer st = new StringTokenizer(textArea.getText(), ";");
 585    * SequenceI[] seqs = null; while(st.hasMoreTokens()) { EBIFetchClient dbFetch
 586    * = new EBIFetchClient(); String qry =
 587    * database.getSelectedItem().toString().toLowerCase( ) + ":" +
 588    * st.nextToken(); File reply = dbFetch.fetchDataAsFile( qry, "emblxml",null);
 589    *
 590    * jalview.datamodel.xdb.embl.EmblFile efile=null; if (reply != null &&
 591    * reply.exists()) { efile =
 592    * jalview.datamodel.xdb.embl.EmblFile.getEmblFile(reply); } if (efile!=null)
 593    * { for (Iterator i=efile.getEntries().iterator(); i.hasNext(); ) { EmblEntry
 594    * entry = (EmblEntry) i.next(); SequenceI[] seqparts =
 595    * entry.getSequences(false,true, DBRefSource); if (seqparts!=null) {
 596    * SequenceI[] newseqs = null; int si=0; if (seqs==null) { newseqs = new
 597    * SequenceI[seqparts.length]; } else { newseqs = new
 598    * SequenceI[seqs.length+seqparts.length];
 599    *
 600    * for (;si<seqs.length; si++) { newseqs[si] = seqs[si]; seqs[si] = null; } }
 601    * for (int j=0;j<seqparts.length; si++, j++) { newseqs[si] =
 602    * seqparts[j].deriveSequence(); // place DBReferences on dataset and refer }
 603    * seqs=newseqs; } } } else { result.append("# no response for "+qry); } } if
 604    * (seqs!=null && seqs.length>0) { if (parseResult(new Alignment(seqs), null,
 605    * null)!=null) { result.append("# Successfully parsed the
 606    * "+database.getSelectedItem()+" Queries into an Alignment"); } } } else if
 607    * (database.getSelectedItem().equals("PDB")) { StringTokenizer qset = new
 608    * StringTokenizer(textArea.getText(), ";"); String query; SequenceI[] seqs =
 609    * null; while (qset.hasMoreTokens() && ((query = qset.nextToken())!=null)) {
 610    * SequenceI[] seqparts = getPDBFile(query.toUpperCase()); if (seqparts !=
 611    * null) { if (seqs == null) { seqs = seqparts; } else { SequenceI[] newseqs =
 612    * new SequenceI[seqs.length+seqparts.length]; int i=0; for (; i <
 613    * seqs.length; i++) { newseqs[i] = seqs[i]; seqs[i] = null; } for (int
 614    * j=0;j<seqparts.length; i++, j++) { newseqs[i] = seqparts[j]; }
 615    * seqs=newseqs; } result.append("# Success for "+query.toUpperCase()+"\n"); }
 616    * } if (seqs != null && seqs.length > 0) { if (parseResult(new
 617    * Alignment(seqs), null, null)!=null) { result.append( "# Successfully parsed
 618    * the PDB File Queries into an
 619    * Alignment"); } } } else if( database.getSelectedItem().equals("PFAM")) {
 620    * try { result.append(new FastaFile(
 621    * "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getalignment.pl?format=fal&acc=" +
 622    * textArea.getText().toUpperCase(), "URL").print() );
 623    *
 624    * if(result.length()>0) { parseResult( result.toString(),
 625    * textArea.getText().toUpperCase() ); } } catch (java.io.IOException ex) {
 626    * result = null; } }
 627    *
 628    * if (result == null || result.length() == 0) { showErrorMessage("Error
 629    * retrieving " + textArea.getText() + " from " + database.getSelectedItem());
 630    * }
 631    *
 632    * resetDialog(); return; }
 633    *
 634    * void getUniprotFile(String id) { EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient();
 635    * File file = ebi.fetchDataAsFile("uniprot:" + id, "xml", null);
 636    *
 637    * DBRefFetcher dbref = new DBRefFetcher(); Vector entries =
 638    * dbref.getUniprotEntries(file);
 639    *
 640    * if (entries != null) { //First, make the new sequences Enumeration en =
 641    * entries.elements(); while (en.hasMoreElements()) { UniprotEntry entry =
 642    * (UniprotEntry) en.nextElement();
 643    *
 644    * StringBuffer name = new StringBuffer(">UniProt/Swiss-Prot"); Enumeration
 645    * en2 = entry.getAccession().elements(); while (en2.hasMoreElements()) {
 646    * name.append("|"); name.append(en2.nextElement()); } en2 =
 647    * entry.getName().elements(); while (en2.hasMoreElements()) {
 648    * name.append("|"); name.append(en2.nextElement()); }
 649    *
 650    * if (entry.getProtein() != null) { name.append(" " +
 651    * entry.getProtein().getName().elementAt(0)); }
 652    *
 653    * result.append(name + "\n" + entry.getUniprotSequence().getContent() +
 654    * "\n"); }
 655    *
 656    * //Then read in the features and apply them to the dataset Alignment al =
 657    * parseResult(result.toString(), null); for (int i = 0; i < entries.size();
 658    * i++) { UniprotEntry entry = (UniprotEntry) entries.elementAt(i);
 659    * Enumeration e = entry.getDbReference().elements(); Vector onlyPdbEntries =
 660    * new Vector(); while (e.hasMoreElements()) { PDBEntry pdb = (PDBEntry)
 661    * e.nextElement(); if (!pdb.getType().equals("PDB")) { continue; }
 662    *
 663    * onlyPdbEntries.addElement(pdb); }
 664    *
 665    * Enumeration en2 = entry.getAccession().elements(); while
 666    * (en2.hasMoreElements()) {
 667    * al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence().addDBRef(new DBRefEntry(
 668    * DBRefSource.UNIPROT, "0", en2.nextElement().toString())); }
 669    *
 670    *
 671    *
 672    *
 673    * al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence().setPDBId(onlyPdbEntries); if
 674    * (entry.getFeature() != null) { e = entry.getFeature().elements(); while
 675    * (e.hasMoreElements()) { SequenceFeature sf = (SequenceFeature)
 676    * e.nextElement(); sf.setFeatureGroup("Uniprot");
 677    * al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence().addSequenceFeature( sf ); } } } }
 678    * }
 679    *
 680    * SequenceI[] getPDBFile(String id) { Vector result = new Vector(); String
 681    * chain = null; if (id.indexOf(":") > -1) { chain =
 682    * id.substring(id.indexOf(":") + 1); id = id.substring(0, id.indexOf(":")); }
 683    *
 684    * EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient(); String file =
 685    * ebi.fetchDataAsFile("pdb:" + id, "pdb", "raw"). getAbsolutePath(); if (file
 686    * == null) { return null; } try { PDBfile pdbfile = new PDBfile(file,
 687    * jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE); for (int i = 0; i <
 688    * pdbfile.chains.size(); i++) { if (chain == null || ( (PDBChain)
 689    * pdbfile.chains.elementAt(i)).id. toUpperCase().equals(chain)) { PDBChain
 690    * pdbchain = (PDBChain) pdbfile.chains.elementAt(i); // Get the Chain's
 691    * Sequence - who's dataset includes any special features added from the PDB
 692    * file SequenceI sq = pdbchain.sequence; // Specially formatted name for the
 693    * PDB chain sequences retrieved from the PDB
 694    * sq.setName("PDB|"+id+"|"+sq.getName()); // Might need to add more metadata
 695    * to the PDBEntry object // like below /* PDBEntry entry = new PDBEntry(); //
 696    * Construct the PDBEntry entry.setId(id); if (entry.getProperty() == null)
 697    * entry.setProperty(new Hashtable()); entry.getProperty().put("chains",
 698    * pdbchain.id + "=" + sq.getStart() + "-" + sq.getEnd());
 699    * sq.getDatasetSequence().addPDBId(entry); // Add PDB DB Refs // We make a
 700    * DBRefEtntry because we have obtained the PDB file from a verifiable source
 701    * // JBPNote - PDB DBRefEntry should also carry the chain and mapping
 702    * information DBRefEntry dbentry = new
 703    * DBRefEntry(jalview.datamodel.DBRefSource.PDB, "0", id + pdbchain.id);
 704    * sq.addDBRef(dbentry); // and add seuqence to the retrieved set
 705    * result.addElement(sq.deriveSequence()); } }
 706    *
 707    * if (result.size() < 1) { throw new Exception("WsDBFetch for PDB id resulted
 708    * in zero result size"); } } catch (Exception ex) // Problem parsing PDB file
 709    * { jalview.bin.Cache.log.warn("Exception when retrieving " +
 710    * textArea.getText() + " from " + database.getSelectedItem(), ex); return
 711    * null; }
 712    *
 713    *
 714    * SequenceI[] results = new SequenceI[result.size()]; for (int i = 0, j =
 715    * result.size(); i < j; i++) { results[i] = (SequenceI) result.elementAt(i);
 716    * result.setElementAt(null,i); } return results; }
 717    */
 718   AlignmentI parseResult(String result, String title)
 719   {
 720     String format = new IdentifyFile().Identify(result, "Paste");
 721     Alignment sequences = null;
 722     if (FormatAdapter.isValidFormat(format))
 723     {
 724       sequences = null;
 725       try
 726       {
 727         sequences = new FormatAdapter().readFile(result.toString(),
 728                 "Paste", format);
 729       } catch (Exception ex)
 730       {
 731       }
 732
 733       if (sequences != null)
 734       {
 735         return parseResult(sequences, title, format);
 736       }
 737     }
 738     else
 739     {
 740       showErrorMessage("Error retrieving " + textArea.getText() + " from "
 741               + database.getSelectedItem());
 742     }
 743
 744     return null;
 745   }
 746
 747   /**
 748    *
 749    * @return a standard title for any results retrieved using the currently
 750    *         selected source and settings
 751    */
 752   public String getDefaultRetrievalTitle()
 753   {
 754     return "Retrieved from " + database.getSelectedItem();
 755   }
 756
 757   AlignmentI parseResult(AlignmentI al, String title,
 758           String currentFileFormat)
 759   {
 760
 761     if (al != null && al.getHeight() > 0)
 762     {
 763       if (alignFrame == null)
 764       {
 765         AlignFrame af = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 766                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 767         if (currentFileFormat != null)
 768         {
 769           af.currentFileFormat = currentFileFormat; // WHAT IS THE DEFAULT
 770           // FORMAT FOR
 771           // NON-FormatAdapter Sourced
 772           // Alignments?
 773         }
 774
 775         if (title == null)
 776         {
 777           title = getDefaultRetrievalTitle();
 778         }
 779         SequenceFeature[] sfs = null;
 780         for (Enumeration sq = al.getSequences().elements(); sq
 781                 .hasMoreElements();)
 782         {
 783           if ((sfs = ((SequenceI) sq.nextElement()).getDatasetSequence()
 784                   .getSequenceFeatures()) != null)
 785           {
 786             if (sfs.length > 0)
 787             {
 788               af.setShowSeqFeatures(true);
 789               break;
 790             }
 791           }
 792
 793         }
 794         Desktop.addInternalFrame(af, title, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 795                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 796
 797         af.statusBar.setText("Successfully pasted alignment file");
 798
 799         try
 800         {
 801           af.setMaximum(jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN",
 802                   false));
 803         } catch (Exception ex)
 804         {
 805         }
 806       }
 807       else
 808       {
 809         for (int i = 0; i < al.getHeight(); i++)
 810         {
 811           alignFrame.viewport.getAlignment().addSequence(
 812                   al.getSequenceAt(i)); // this
 813           // also
 814           // creates
 815           // dataset
 816           // sequence
 817           // entries
 818         }
 819         alignFrame.viewport.setEndSeq(alignFrame.viewport.getAlignment()
 820                 .getHeight());
 821         alignFrame.viewport.getAlignment().getWidth();
 822         alignFrame.viewport.firePropertyChange("alignment", null,
 823                 alignFrame.viewport.getAlignment().getSequences());
 824       }
 825     }
 826     return al;
 827   }
 828
 829   void showErrorMessage(final String error)
 830   {
 831     resetDialog();
 832     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 833     {
 834       public void run()
 835       {
 836         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, error,
 837                 "Error Retrieving Data", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 838       }
 839     });
 840   }
 841 }