src/jalview/gui/SequenceRenderer.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import java.awt.*;\r
   6 import java.util.*;\r
   7 \r
   8 public class SequenceRenderer\r
   9 {\r
  10   AlignViewport av;\r
  11   FontMetrics fm;\r
  12   boolean renderGaps = true;\r
  13   SequenceGroup currentSequenceGroup = null;\r
  14   SequenceGroup [] allGroups = null;\r
  15   Color resBoxColour;\r
  16   Graphics graphics;\r
  17 \r
  18   public SequenceRenderer(AlignViewport av)\r
  19   {\r
  20     this.av = av;\r
  21   }\r
  22 \r
  23 \r
  24   public void renderGaps(boolean b)\r
  25   {\r
  26     renderGaps = b;\r
  27   }\r
  28 \r
  29   public Color getResidueBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i)\r
  30   {\r
  31     getBoxColour(cs, seq, i);\r
  32     return resBoxColour;\r
  33   }\r
  34 \r
  35   void getBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i)\r
  36   {\r
  37    if (cs != null)\r
  38        resBoxColour = cs.findColour(seq.getSequence(i, i + 1), i);\r
  39    else\r
  40        resBoxColour = Color.white;\r
  41   }\r
  42 \r
  43   public void drawSequence(Graphics g,SequenceI seq,SequenceGroup [] sg, int start, int end, int x1, int y1, int width, int height)\r
  44   {\r
  45     allGroups = sg;\r
  46 \r
  47     graphics = g;\r
  48 \r
  49     drawBoxes(seq, start, end, x1, y1, (int) width, height);\r
  50 \r
  51     fm = g.getFontMetrics();\r
  52     drawText(seq,start,end,x1,y1,(int)width,height);\r
  53 \r
  54   }\r
  55 \r
  56   public void drawBoxes(SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height) {\r
  57     int i      = start;\r
  58     int length = seq.getLength();\r
  59 \r
  60     int curStart = -1;\r
  61     int curWidth = width;\r
  62 \r
  63     Color tempColour = null;\r
  64     while (i <= end && i < length)\r
  65     {\r
  66       if(inCurrentSequenceGroup(i))\r
  67       {\r
  68         if( currentSequenceGroup.getDisplayBoxes())\r
  69              getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
  70         else\r
  71              resBoxColour = Color.white;\r
  72       }\r
  73       else if(av.getShowBoxes())\r
  74             getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);\r
  75       else\r
  76         resBoxColour = Color.white;\r
  77 \r
  78 \r
  79       if (resBoxColour != tempColour)\r
  80       {\r
  81         if(tempColour!=null)\r
  82           graphics.fillRect(x1+width*(curStart-start),y1,curWidth,height);\r
  83         graphics.setColor(resBoxColour);\r
  84 \r
  85         curStart = i;\r
  86         curWidth = width;\r
  87         tempColour = resBoxColour;\r
  88 \r
  89       }\r
  90       else\r
  91         curWidth += width;\r
  92 \r
  93       i++;\r
  94     }\r
  95 \r
  96 \r
  97      graphics.fillRect(x1+width*(curStart-start),y1,curWidth,height);\r
  98   }\r
  99 \r
 100   public void drawText(SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height)\r
 101   {\r
 102     int pady = height/5;\r
 103     int charOffset=0;\r
 104     char s;\r
 105     // Need to find the sequence position here.\r
 106 \r
 107     String sequence  = seq.getSequence();\r
 108     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 109     {\r
 110         if(i<sequence.length())\r
 111           s = sequence.charAt(i);\r
 112         else\r
 113           s = ' ';\r
 114 \r
 115         if(!renderGaps && jalview.util.Comparison.isGap(s))\r
 116           continue;\r
 117 \r
 118 \r
 119         if (inCurrentSequenceGroup(i))\r
 120         {\r
 121           if(!currentSequenceGroup.getDisplayText())\r
 122             continue;\r
 123 \r
 124             if (currentSequenceGroup.getColourText())\r
 125             {\r
 126               getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
 127               graphics.setColor(resBoxColour.darker());\r
 128             }\r
 129         }\r
 130         else\r
 131         {\r
 132           if(!av.getShowText())\r
 133             continue;\r
 134 \r
 135           if(av.getColourText())\r
 136            {\r
 137              getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);\r
 138              if(av.getShowBoxes())\r
 139               graphics.setColor(resBoxColour.darker());\r
 140             else\r
 141               graphics.setColor(resBoxColour);\r
 142            }\r
 143            else\r
 144              graphics.setColor(Color.black);\r
 145         }\r
 146 \r
 147           charOffset =  (width - fm.charWidth(s))/2;\r
 148           graphics.drawString(String.valueOf(s),\r
 149                               charOffset + x1 + width * (i - start),\r
 150                               y1 + height - pady);\r
 151         }\r
 152 \r
 153 \r
 154   }\r
 155 \r
 156   boolean inCurrentSequenceGroup(int res)\r
 157   {\r
 158     if(allGroups ==null)\r
 159       return false;\r
 160 \r
 161     for(int i=0; i<allGroups.length; i++)\r
 162       if(allGroups[i].getStartRes()<=res && allGroups[i].getEndRes()>=res)\r
 163       {\r
 164          currentSequenceGroup = allGroups[i];\r
 165          return true;\r
 166       }\r
 167 \r
 168     return false;\r
 169   }\r
 170 \r
 171   public void drawHighlightedText(SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height)\r
 172   {\r
 173     int pady = height/5;\r
 174     int charOffset=0;\r
 175     graphics.setColor(Color.BLACK);\r
 176     graphics.fillRect(x1,y1,width*(end-start+1),height);\r
 177     graphics.setColor(Color.white);\r
 178 \r
 179     char s='~';\r
 180     // Need to find the sequence position here.\r
 181     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 182     {\r
 183        if(i<seq.getLength())\r
 184           s = seq.getSequence().charAt(i);\r
 185 \r
 186      charOffset =  (width - fm.charWidth(s))/2;\r
 187       graphics.drawString(String.valueOf(s), charOffset + x1 + width * (i - start), y1 + height - pady);\r
 188     }\r
 189   }\r
 190 \r
 191 \r
 192 }\r