src/jalview/gui/SliderPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.util.*;
  24
  25 import java.awt.event.*;
  26 import javax.swing.*;
  27 import javax.swing.event.*;
  28
  29 import jalview.datamodel.*;
  30 import jalview.jbgui.*;
  31 import jalview.schemes.*;
  32 import jalview.util.MessageManager;
  33
  34 /**
  35  * DOCUMENT ME!
  36  *
  37  * @author $author$
  38  * @version $Revision$
  39  */
  40 public class SliderPanel extends GSliderPanel
  41 {
  42   static JInternalFrame conservationSlider;
  43
  44   static JInternalFrame PIDSlider;
  45
  46   AlignmentPanel ap;
  47
  48   boolean forConservation = true;
  49
  50   ColourSchemeI cs;
  51
  52   /**
  53    * Creates a new SliderPanel object.
  54    *
  55    * @param ap
  56    *          DOCUMENT ME!
  57    * @param value
  58    *          DOCUMENT ME!
  59    * @param forConserve
  60    *          DOCUMENT ME!
  61    * @param cs
  62    *          DOCUMENT ME!
  63    */
  64   public SliderPanel(final AlignmentPanel ap, int value,
  65           boolean forConserve, ColourSchemeI cs)
  66   {
  67     this.ap = ap;
  68     this.cs = cs;
  69     forConservation = forConserve;
  70     undoButton.setVisible(false);
  71     applyButton.setVisible(false);
  72
  73     if (forConservation)
  74     {
  75       label.setText(MessageManager
  76               .getString("label.enter_value_increase_conservation_visibility"));
  77       slider.setMinimum(0);
  78       slider.setMaximum(100);
  79     }
  80     else
  81     {
  82       label.setText(MessageManager
  83               .getString("label.enter_percentage_identity_above_which_colour_residues"));
  84       slider.setMinimum(0);
  85       slider.setMaximum(100);
  86     }
  87
  88     slider.addChangeListener(new ChangeListener()
  89     {
  90       public void stateChanged(ChangeEvent evt)
  91       {
  92         valueField.setText(slider.getValue() + "");
  93         valueChanged(slider.getValue());
  94       }
  95     });
  96
  97     slider.addMouseListener(new MouseAdapter()
  98     {
  99       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 100       {
 101         ap.paintAlignment(true);
 102       }
 103     });
 104
 105     slider.setValue(value);
 106     valueField.setText(value + "");
 107   }
 108
 109   /**
 110    * DOCUMENT ME!
 111    *
 112    * @param ap
 113    *          DOCUMENT ME!
 114    * @param cs
 115    *          DOCUMENT ME!
 116    * @param source
 117    *          DOCUMENT ME!
 118    *
 119    * @return DOCUMENT ME!
 120    */
 121   public static int setConservationSlider(AlignmentPanel ap,
 122           ColourSchemeI cs, String source)
 123   {
 124     SliderPanel sp = null;
 125
 126     if (conservationSlider == null)
 127     {
 128       sp = new SliderPanel(ap, cs.getConservationInc(), true, cs);
 129       conservationSlider = new JInternalFrame();
 130       conservationSlider.setContentPane(sp);
 131       conservationSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 132     }
 133     else
 134     {
 135       sp = (SliderPanel) conservationSlider.getContentPane();
 136       sp.cs = cs;
 137     }
 138
 139     conservationSlider.setTitle("Conservation Colour Increment  (" + source
 140             + ")");
 141
 142     if (ap.av.getAlignment().getGroups() != null)
 143     {
 144       sp.setAllGroupsCheckEnabled(true);
 145     }
 146     else
 147     {
 148       sp.setAllGroupsCheckEnabled(false);
 149     }
 150
 151     return sp.getValue();
 152   }
 153
 154   /**
 155    * DOCUMENT ME!
 156    */
 157   public static void showConservationSlider()
 158   {
 159     try
 160     {
 161       PIDSlider.setClosed(true);
 162       PIDSlider = null;
 163     } catch (Exception ex)
 164     {
 165     }
 166
 167     if (!conservationSlider.isVisible())
 168     {
 169       Desktop.addInternalFrame(conservationSlider,
 170               conservationSlider.getTitle(), 420, 90, false);
 171       conservationSlider
 172               .addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 173               {
 174                 public void internalFrameClosed(
 175                         javax.swing.event.InternalFrameEvent e)
 176                 {
 177                   conservationSlider = null;
 178                 }
 179               });
 180       conservationSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 181     }
 182   }
 183
 184   /**
 185    * DOCUMENT ME!
 186    *
 187    * @param ap
 188    *          DOCUMENT ME!
 189    * @param cs
 190    *          DOCUMENT ME!
 191    * @param source
 192    *          DOCUMENT ME!
 193    *
 194    * @return DOCUMENT ME!
 195    */
 196   public static int setPIDSliderSource(AlignmentPanel ap, ColourSchemeI cs,
 197           String source)
 198   {
 199     SliderPanel pid = null;
 200
 201     int threshold = cs.getThreshold();
 202
 203     if (PIDSlider == null)
 204     {
 205       pid = new SliderPanel(ap, threshold, false, cs);
 206       PIDSlider = new JInternalFrame();
 207       PIDSlider.setContentPane(pid);
 208       PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 209     }
 210     else
 211     {
 212       pid = (SliderPanel) PIDSlider.getContentPane();
 213       pid.cs = cs;
 214     }
 215
 216     PIDSlider.setTitle("Percentage Identity Threshold (" + source + ")");
 217
 218     if (ap.av.getAlignment().getGroups() != null)
 219     {
 220       pid.setAllGroupsCheckEnabled(true);
 221     }
 222     else
 223     {
 224       pid.setAllGroupsCheckEnabled(false);
 225     }
 226
 227     return pid.getValue();
 228   }
 229
 230   /**
 231    * DOCUMENT ME!
 232    */
 233   public static void showPIDSlider()
 234   {
 235     try
 236     {
 237       conservationSlider.setClosed(true);
 238       conservationSlider = null;
 239     } catch (Exception ex)
 240     {
 241     }
 242
 243     if (!PIDSlider.isVisible())
 244     {
 245       Desktop.addInternalFrame(PIDSlider, PIDSlider.getTitle(), 420, 90,
 246               false);
 247       PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 248       PIDSlider
 249               .addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 250               {
 251                 public void internalFrameClosed(
 252                         javax.swing.event.InternalFrameEvent e)
 253                 {
 254                   PIDSlider = null;
 255                 }
 256               });
 257       PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 258     }
 259   }
 260
 261   /**
 262    * DOCUMENT ME!
 263    *
 264    * @param i
 265    *          DOCUMENT ME!
 266    */
 267   public void valueChanged(int i)
 268   {
 269     if (cs == null)
 270     {
 271       return;
 272     }
 273
 274     ColourSchemeI toChange = cs;
 275     Iterator<SequenceGroup> allGroups = null;
 276
 277     if (allGroupsCheck.isSelected())
 278     {
 279       allGroups = ap.av.getAlignment().getGroups().listIterator();
 280     }
 281
 282     while (toChange != null)
 283     {
 284       if (forConservation)
 285       {
 286         toChange.setConservationInc(i);
 287       }
 288       else
 289       {
 290         toChange.setThreshold(i, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 291       }
 292       if (allGroups != null && allGroups.hasNext())
 293       {
 294         while ((toChange = allGroups.next().cs) == null
 295                 && allGroups.hasNext())
 296           ;
 297       }
 298       else
 299       {
 300         toChange = null;
 301       }
 302     }
 303
 304     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();
 305   }
 306
 307   /**
 308    * DOCUMENT ME!
 309    *
 310    * @param b
 311    *          DOCUMENT ME!
 312    */
 313   public void setAllGroupsCheckEnabled(boolean b)
 314   {
 315     allGroupsCheck.setEnabled(b);
 316   }
 317
 318   /**
 319    * DOCUMENT ME!
 320    *
 321    * @param e
 322    *          DOCUMENT ME!
 323    */
 324   public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)
 325   {
 326     try
 327     {
 328       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());
 329       slider.setValue(i);
 330     } catch (NumberFormatException ex)
 331     {
 332       valueField.setText(slider.getValue() + "");
 333     }
 334   }
 335
 336   /**
 337    * DOCUMENT ME!
 338    *
 339    * @param value
 340    *          DOCUMENT ME!
 341    */
 342   public void setValue(int value)
 343   {
 344     slider.setValue(value);
 345   }
 346
 347   /**
 348    * DOCUMENT ME!
 349    *
 350    * @return DOCUMENT ME!
 351    */
 352   public int getValue()
 353   {
 354     return Integer.parseInt(valueField.getText());
 355   }
 356
 357   public void slider_mouseReleased(MouseEvent e)
 358   {
 359     if (ap.overviewPanel != null)
 360     {
 361       ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 362     }
 363   }
 364
 365 }