src/jalview/gui/SplitFrame.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.SplitContainerI;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.jbgui.GAlignFrame;
  26 import jalview.jbgui.GSplitFrame;
  27 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  28 import jalview.util.Platform;
  29 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  30
  31 import java.awt.Component;
  32 import java.awt.Toolkit;
  33 import java.awt.event.ActionEvent;
  34 import java.awt.event.ActionListener;
  35 import java.awt.event.KeyAdapter;
  36 import java.awt.event.KeyEvent;
  37 import java.awt.event.KeyListener;
  38 import java.beans.PropertyVetoException;
  39 import java.util.Arrays;
  40 import java.util.List;
  41 import java.util.Map.Entry;
  42
  43 import javax.swing.AbstractAction;
  44 import javax.swing.InputMap;
  45 import javax.swing.JComponent;
  46 import javax.swing.JMenuItem;
  47 import javax.swing.KeyStroke;
  48 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  49 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  50
  51 /**
  52  * An internal frame on the desktop that hosts a horizontally split view of
  53  * linked DNA and Protein alignments. Additional views can be created in linked
  54  * pairs, expanded to separate split frames, or regathered into a single frame.
  55  * <p>
  56  * (Some) operations on each alignment are automatically mirrored on the other.
  57  * These include mouseover (highlighting), sequence and column selection,
  58  * sequence ordering and sorting, and grouping, colouring and sorting by tree.
  59  *
  60  * @author gmcarstairs
  61  *
  62  */
  63 public class SplitFrame extends GSplitFrame implements SplitContainerI
  64 {
  65   private static final int WINDOWS_INSETS_WIDTH = 28; // tbc
  66
  67   private static final int MAC_INSETS_WIDTH = 28;
  68
  69   private static final int WINDOWS_INSETS_HEIGHT = 50; // tbc
  70
  71   private static final int MAC_INSETS_HEIGHT = 50;
  72
  73   private static final int DESKTOP_DECORATORS_HEIGHT = 65;
  74
  75   private static final long serialVersionUID = 1L;
  76
  77   public SplitFrame(GAlignFrame top, GAlignFrame bottom)
  78   {
  79     super(top, bottom);
  80     init();
  81   }
  82
  83   /**
  84    * Initialise this frame.
  85    */
  86   protected void init()
  87   {
  88     getTopFrame().setSplitFrame(this);
  89     getBottomFrame().setSplitFrame(this);
  90     getTopFrame().setVisible(true);
  91     getBottomFrame().setVisible(true);
  92
  93     ((AlignFrame) getTopFrame()).getViewport().setCodingComplement(
  94             ((AlignFrame) getBottomFrame()).getViewport());
  95
  96     /*
  97      * estimate width and height of SplitFrame; this.getInsets() doesn't seem to
  98      * give the full additional size (a few pixels short)
  99      */
 100     int widthFudge = Platform.isAMac() ? MAC_INSETS_WIDTH
 101             : WINDOWS_INSETS_WIDTH;
 102     int heightFudge = Platform.isAMac() ? MAC_INSETS_HEIGHT
 103             : WINDOWS_INSETS_HEIGHT;
 104     int width = ((AlignFrame) getTopFrame()).getWidth() + widthFudge;
 105     int height = ((AlignFrame) getTopFrame()).getHeight()
 106             + ((AlignFrame) getBottomFrame()).getHeight() + DIVIDER_SIZE
 107             + heightFudge;
 108     height = fitHeightToDesktop(height);
 109     setSize(width, height);
 110
 111     adjustLayout();
 112
 113     addCloseFrameListener();
 114
 115     addKeyListener();
 116
 117     addKeyBindings();
 118
 119     addCommandListeners();
 120   }
 121
 122   /**
 123    * Reduce the height if too large to fit in the Desktop. Also adjust the
 124    * divider location in proportion.
 125    *
 126    * @param height
 127    *          in pixels
 128    * @return original or reduced height
 129    */
 130   public int fitHeightToDesktop(int height)
 131   {
 132     // allow about 65 pixels for Desktop decorators on Windows
 133
 134     int newHeight = Math.min(height, Desktop.instance.getHeight()
 135             - DESKTOP_DECORATORS_HEIGHT);
 136     if (newHeight != height)
 137     {
 138       int oldDividerLocation = getDividerLocation();
 139       setDividerLocation(oldDividerLocation * newHeight / height);
 140     }
 141     return newHeight;
 142   }
 143
 144   /**
 145    * Set the top and bottom frames to listen to each others Commands (e.g. Edit,
 146    * Order).
 147    */
 148   protected void addCommandListeners()
 149   {
 150     // TODO if CommandListener is only ever 1:1 for complementary views,
 151     // may change broadcast pattern to direct messaging (more efficient)
 152     final StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 153             .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 154     ssm.addCommandListener(((AlignFrame) getTopFrame()).getViewport());
 155     ssm.addCommandListener(((AlignFrame) getBottomFrame()).getViewport());
 156   }
 157
 158   /**
 159    * Do any tweaking and twerking of the layout wanted.
 160    */
 161   public void adjustLayout()
 162   {
 163     /*
 164      * Ensure sequence ids are the same width so sequences line up
 165      */
 166     int w1 = ((AlignFrame) getTopFrame()).getViewport().getIdWidth();
 167     int w2 = ((AlignFrame) getBottomFrame()).getViewport().getIdWidth();
 168     int w3 = Math.max(w1, w2);
 169     if (w1 != w3)
 170     {
 171       ((AlignFrame) getTopFrame()).getViewport().setIdWidth(w3);
 172     }
 173     if (w2 != w3)
 174     {
 175       ((AlignFrame) getBottomFrame()).getViewport().setIdWidth(w3);
 176     }
 177
 178     /*
 179      * Scale protein to either 1 or 3 times character width of dna
 180      */
 181     final AlignViewport topViewport = ((AlignFrame) getTopFrame()).viewport;
 182     final AlignViewport bottomViewport = ((AlignFrame) getBottomFrame()).viewport;
 183     final AlignmentI topAlignment = topViewport.getAlignment();
 184     final AlignmentI bottomAlignment = bottomViewport.getAlignment();
 185     AlignmentViewport cdna = topAlignment.isNucleotide() ? topViewport
 186             : (bottomAlignment.isNucleotide() ? bottomViewport : null);
 187     AlignmentViewport protein = !topAlignment.isNucleotide() ? topViewport
 188             : (!bottomAlignment.isNucleotide() ? bottomViewport : null);
 189     if (protein != null && cdna != null)
 190     {
 191       // if (protein.isProteinFontAsCdna())
 192       // {
 193         // TODO handle different fonts
 194         int scale = protein.isScaleProteinAsCdna() ? 3 : 1;
 195         protein.setCharWidth(scale * cdna.getViewStyle().getCharWidth());
 196       // }
 197     }
 198   }
 199
 200   /**
 201    * Adjust the divider for a sensible split of the real estate (for example,
 202    * when many transcripts are shown with a single protein). This should only be
 203    * called after the split pane has been laid out (made visible) so it has a
 204    * height.
 205    */
 206   protected void adjustDivider()
 207   {
 208     final AlignViewport topViewport = ((AlignFrame) getTopFrame()).viewport;
 209     final AlignViewport bottomViewport = ((AlignFrame) getBottomFrame()).viewport;
 210     final AlignmentI topAlignment = topViewport.getAlignment();
 211     final AlignmentI bottomAlignment = bottomViewport.getAlignment();
 212     boolean topAnnotations = topViewport.isShowAnnotation();
 213     boolean bottomAnnotations = bottomViewport.isShowAnnotation();
 214     // TODO need number of visible sequences here, not #sequences - how?
 215     int topCount = topAlignment.getHeight();
 216     int bottomCount = bottomAlignment.getHeight();
 217     int topCharHeight = topViewport.getViewStyle().getCharHeight();
 218     int bottomCharHeight = bottomViewport.getViewStyle().getCharHeight();
 219
 220     /*
 221      * estimate ratio of (topFrameContent / bottomFrameContent)
 222      */
 223     int insets = Platform.isAMac() ? MAC_INSETS_HEIGHT
 224             : WINDOWS_INSETS_HEIGHT;
 225     // allow 3 'rows' for scale, scrollbar, status bar
 226     int topHeight = insets + (3 + topCount) * topCharHeight
 227             + (topAnnotations ? topViewport.calcPanelHeight() : 0);
 228     int bottomHeight = insets + (3 + bottomCount) * bottomCharHeight
 229             + (bottomAnnotations ? bottomViewport.calcPanelHeight() : 0);
 230     double ratio = ((double) topHeight) / (topHeight + bottomHeight);
 231
 232     /*
 233      * limit to 0.2 <= ratio <= 0.8 to avoid concealing all sequences
 234      */
 235     ratio = Math.min(ratio, 0.8d);
 236     ratio = Math.max(ratio, 0.2d);
 237     setRelativeDividerLocation(ratio);
 238   }
 239
 240   /**
 241    * Add a listener to tidy up when the frame is closed.
 242    */
 243   protected void addCloseFrameListener()
 244   {
 245     addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 246     {
 247       @Override
 248       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent evt)
 249       {
 250         close();
 251       };
 252     });
 253   }
 254
 255   /**
 256    * Add a key listener that delegates to whichever split component the mouse is
 257    * in (or does nothing if neither).
 258    */
 259   protected void addKeyListener()
 260   {
 261     addKeyListener(new KeyAdapter()
 262     {
 263
 264       @Override
 265       public void keyPressed(KeyEvent e)
 266       {
 267         AlignFrame af = (AlignFrame) getFrameAtMouse();
 268
 269         /*
 270          * Intercept and override any keys here if wanted.
 271          */
 272         if (!overrideKey(e, af))
 273         {
 274           if (af != null)
 275           {
 276             for (KeyListener kl : af.getKeyListeners())
 277             {
 278               kl.keyPressed(e);
 279             }
 280           }
 281         }
 282       }
 283
 284       @Override
 285       public void keyReleased(KeyEvent e)
 286       {
 287         Component c = getFrameAtMouse();
 288         if (c != null)
 289         {
 290           for (KeyListener kl : c.getKeyListeners())
 291           {
 292             kl.keyReleased(e);
 293           }
 294         }
 295       }
 296
 297     });
 298   }
 299
 300   /**
 301    * Returns true if the key event is overriden and actioned (or ignored) here,
 302    * else returns false, indicating it should be delegated to the AlignFrame's
 303    * usual handler.
 304    * <p>
 305    * We can't handle Cmd-Key combinations here, instead this is done by
 306    * overriding key bindings.
 307    *
 308    * @see addKeyOverrides
 309    * @param e
 310    * @param af
 311    * @return
 312    */
 313   protected boolean overrideKey(KeyEvent e, AlignFrame af)
 314   {
 315     boolean actioned = false;
 316     int keyCode = e.getKeyCode();
 317     switch (keyCode)
 318     {
 319     case KeyEvent.VK_DOWN:
 320       if (e.isAltDown() || !af.viewport.cursorMode)
 321       {
 322         /*
 323          * Key down (or Alt-key-down in cursor mode) - move selected sequences
 324          */
 325         ((AlignFrame) getTopFrame()).moveSelectedSequences(false);
 326         ((AlignFrame) getBottomFrame()).moveSelectedSequences(false);
 327         actioned = true;
 328         e.consume();
 329       }
 330       break;
 331     case KeyEvent.VK_UP:
 332       if (e.isAltDown() || !af.viewport.cursorMode)
 333       {
 334         /*
 335          * Key up (or Alt-key-up in cursor mode) - move selected sequences
 336          */
 337         ((AlignFrame) getTopFrame()).moveSelectedSequences(true);
 338         ((AlignFrame) getBottomFrame()).moveSelectedSequences(true);
 339         actioned = true;
 340         e.consume();
 341       }
 342       break;
 343     default:
 344     }
 345     return actioned;
 346   }
 347
 348   /**
 349    * Set key bindings (recommended for Swing over key accelerators).
 350    */
 351   private void addKeyBindings()
 352   {
 353     overrideDelegatedKeyBindings();
 354
 355     overrideImplementedKeyBindings();
 356   }
 357
 358   /**
 359    * Override key bindings with alternative action methods implemented in this
 360    * class.
 361    */
 362   protected void overrideImplementedKeyBindings()
 363   {
 364     overrideFind();
 365     overrideNewView();
 366     overrideCloseView();
 367     overrideExpandViews();
 368     overrideGatherViews();
 369   }
 370
 371   /**
 372    * Replace Cmd-W close view action with our version.
 373    */
 374   protected void overrideCloseView()
 375   {
 376     AbstractAction action;
 377     /*
 378      * Ctrl-W / Cmd-W - close view or window
 379      */
 380     KeyStroke key_cmdW = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_W, Toolkit
 381             .getDefaultToolkit().getMenuShortcutKeyMask(), false);
 382     action = new AbstractAction()
 383     {
 384       @Override
 385       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 386       {
 387         closeView_actionPerformed();
 388       }
 389     };
 390     overrideKeyBinding(key_cmdW, action);
 391   }
 392
 393   /**
 394    * Replace Cmd-T new view action with our version.
 395    */
 396   protected void overrideNewView()
 397   {
 398     /*
 399      * Ctrl-T / Cmd-T open new view
 400      */
 401     KeyStroke key_cmdT = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_T, Toolkit
 402             .getDefaultToolkit().getMenuShortcutKeyMask(), false);
 403     AbstractAction action = new AbstractAction()
 404     {
 405       @Override
 406       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 407       {
 408         newView_actionPerformed();
 409       }
 410     };
 411     overrideKeyBinding(key_cmdT, action);
 412   }
 413
 414   /**
 415    * For now, delegates key events to the corresponding key accelerator for the
 416    * AlignFrame that the mouse is in. Hopefully can be simplified in future if
 417    * AlignFrame is changed to use key bindings rather than accelerators.
 418    */
 419   protected void overrideDelegatedKeyBindings()
 420   {
 421     if (getTopFrame() instanceof AlignFrame)
 422     {
 423       /*
 424        * Get all accelerator keys in the top frame (the bottom should be
 425        * identical) and override each one.
 426        */
 427       for (Entry<KeyStroke, JMenuItem> acc : ((AlignFrame) getTopFrame())
 428               .getAccelerators().entrySet())
 429       {
 430         overrideKeyBinding(acc);
 431       }
 432     }
 433   }
 434
 435   /**
 436    * Overrides an AlignFrame key accelerator with our version which delegates to
 437    * the action listener in whichever frame has the mouse (and does nothing if
 438    * neither has).
 439    *
 440    * @param acc
 441    */
 442   private void overrideKeyBinding(Entry<KeyStroke, JMenuItem> acc)
 443   {
 444     final KeyStroke ks = acc.getKey();
 445     InputMap inputMap = this.getInputMap(JComponent.WHEN_FOCUSED);
 446     inputMap.put(ks, ks);
 447     this.getActionMap().put(ks, new AbstractAction()
 448     {
 449       @Override
 450       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 451       {
 452         Component c = getFrameAtMouse();
 453         if (c != null && c instanceof AlignFrame)
 454         {
 455           for (ActionListener a : ((AlignFrame) c).getAccelerators()
 456                   .get(ks).getActionListeners())
 457           {
 458             a.actionPerformed(null);
 459           }
 460         }
 461       }
 462     });
 463   }
 464
 465   /**
 466    * Replace an accelerator key's action with the specified action.
 467    *
 468    * @param ks
 469    */
 470   protected void overrideKeyBinding(KeyStroke ks, AbstractAction action)
 471   {
 472     this.getActionMap().put(ks, action);
 473     overrideMenuItem(ks, action);
 474   }
 475
 476   /**
 477    * Create and link new views (with matching names) in both panes.
 478    * <p>
 479    * Note this is _not_ multiple tabs, each hosting a split pane view, rather it
 480    * is a single split pane with each split holding multiple tabs which are
 481    * linked in pairs.
 482    * <p>
 483    * TODO implement instead with a tabbed holder in the SplitView, each tab
 484    * holding a single JSplitPane. Would avoid a duplicated tab, at the cost of
 485    * some additional coding.
 486    */
 487   protected void newView_actionPerformed()
 488   {
 489     AlignFrame topFrame = (AlignFrame) getTopFrame();
 490     AlignFrame bottomFrame = (AlignFrame) getBottomFrame();
 491     final boolean scaleProteinAsCdna = topFrame.viewport
 492             .isScaleProteinAsCdna();
 493
 494     AlignmentPanel newTopPanel = topFrame.newView(null, true);
 495     AlignmentPanel newBottomPanel = bottomFrame.newView(null, true);
 496
 497     /*
 498      * This currently (for the first new view only) leaves the top pane on tab 0
 499      * but the bottom on tab 1. This results from 'setInitialTabVisible' echoing
 500      * from the bottom back to the first frame. Next line is a fudge to work
 501      * around this. TODO find a better way.
 502      */
 503     if (topFrame.getTabIndex() != bottomFrame.getTabIndex())
 504     {
 505       topFrame.setDisplayedView(newTopPanel);
 506     }
 507
 508     newBottomPanel.av.viewName = newTopPanel.av.viewName;
 509     newTopPanel.av.setCodingComplement(newBottomPanel.av);
 510
 511     /*
 512      * These lines can be removed once scaleProteinAsCdna is added to element
 513      * Viewport in jalview.xsd, as Jalview2XML.copyAlignPanel will then take
 514      * care of it
 515      */
 516     newTopPanel.av.setScaleProteinAsCdna(scaleProteinAsCdna);
 517     newBottomPanel.av.setScaleProteinAsCdna(scaleProteinAsCdna);
 518
 519     /*
 520      * Line up id labels etc
 521      */
 522     adjustLayout();
 523
 524     final StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 525             .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 526     ssm.addCommandListener(newTopPanel.av);
 527     ssm.addCommandListener(newBottomPanel.av);
 528   }
 529
 530   /**
 531    * Close the currently selected view in both panes. If there is only one view,
 532    * close this split frame.
 533    */
 534   protected void closeView_actionPerformed()
 535   {
 536     int viewCount = ((AlignFrame) getTopFrame()).getAlignPanels().size();
 537     if (viewCount < 2)
 538     {
 539       close();
 540       return;
 541     }
 542
 543     AlignmentPanel topPanel = ((AlignFrame) getTopFrame()).alignPanel;
 544     AlignmentPanel bottomPanel = ((AlignFrame) getBottomFrame()).alignPanel;
 545
 546     ((AlignFrame) getTopFrame()).closeView(topPanel);
 547     ((AlignFrame) getBottomFrame()).closeView(bottomPanel);
 548
 549   }
 550
 551   /**
 552    * Close child frames and this split frame.
 553    */
 554   public void close()
 555   {
 556     ((AlignFrame) getTopFrame()).closeMenuItem_actionPerformed(true);
 557     ((AlignFrame) getBottomFrame()).closeMenuItem_actionPerformed(true);
 558     try
 559     {
 560       this.setClosed(true);
 561     } catch (PropertyVetoException e)
 562     {
 563       // ignore
 564     }
 565   }
 566
 567   /**
 568    * Replace AlignFrame 'expand views' action with SplitFrame version.
 569    */
 570   protected void overrideExpandViews()
 571   {
 572     KeyStroke key_X = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_X, 0, false);
 573     AbstractAction action = new AbstractAction()
 574     {
 575       @Override
 576       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 577       {
 578         expandViews_actionPerformed();
 579       }
 580     };
 581     overrideMenuItem(key_X, action);
 582   }
 583
 584   /**
 585    * Replace AlignFrame 'gather views' action with SplitFrame version.
 586    */
 587   protected void overrideGatherViews()
 588   {
 589     KeyStroke key_G = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_G, 0, false);
 590     AbstractAction action = new AbstractAction()
 591     {
 592       @Override
 593       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 594       {
 595         gatherViews_actionPerformed();
 596       }
 597     };
 598     overrideMenuItem(key_G, action);
 599   }
 600
 601   /**
 602    * Override the menu action associated with the keystroke in the child frames,
 603    * replacing it with the given action.
 604    *
 605    * @param ks
 606    * @param action
 607    */
 608   private void overrideMenuItem(KeyStroke ks, AbstractAction action)
 609   {
 610     overrideMenuItem(ks, action, getTopFrame());
 611     overrideMenuItem(ks, action, getBottomFrame());
 612   }
 613
 614   /**
 615    * Override the menu action associated with the keystroke in one child frame,
 616    * replacing it with the given action. Mwahahahaha.
 617    *
 618    * @param key
 619    * @param action
 620    * @param comp
 621    */
 622   private void overrideMenuItem(KeyStroke key, final AbstractAction action,
 623           JComponent comp)
 624   {
 625     if (comp instanceof AlignFrame)
 626     {
 627       JMenuItem mi = ((AlignFrame) comp).getAccelerators().get(key);
 628       if (mi != null)
 629       {
 630         for (ActionListener al : mi.getActionListeners())
 631         {
 632           mi.removeActionListener(al);
 633         }
 634         mi.addActionListener(new ActionListener()
 635         {
 636           @Override
 637           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 638           {
 639             action.actionPerformed(e);
 640           }
 641         });
 642       }
 643     }
 644   }
 645
 646   /**
 647    * Expand any multiple views (which are always in pairs) into separate split
 648    * frames.
 649    */
 650   protected void expandViews_actionPerformed()
 651   {
 652     Desktop.instance.explodeViews(this);
 653   }
 654
 655   /**
 656    * Gather any other SplitFrame views of this alignment back in as multiple
 657    * (pairs of) views in this SplitFrame.
 658    */
 659   protected void gatherViews_actionPerformed()
 660   {
 661     Desktop.instance.gatherViews(this);
 662   }
 663
 664   /**
 665    * Returns the alignment in the complementary frame to the one given.
 666    */
 667   @Override
 668   public AlignmentI getComplement(Object alignFrame)
 669   {
 670     if (alignFrame == this.getTopFrame())
 671     {
 672       return ((AlignFrame) getBottomFrame()).viewport.getAlignment();
 673     }
 674     else if (alignFrame == this.getBottomFrame())
 675     {
 676       return ((AlignFrame) getTopFrame()).viewport.getAlignment();
 677     }
 678     return null;
 679   }
 680
 681   /**
 682    * Returns the title of the complementary frame to the one given.
 683    */
 684   @Override
 685   public String getComplementTitle(Object alignFrame)
 686   {
 687     if (alignFrame == this.getTopFrame())
 688     {
 689       return ((AlignFrame) getBottomFrame()).getTitle();
 690     }
 691     else if (alignFrame == this.getBottomFrame())
 692     {
 693       return ((AlignFrame) getTopFrame()).getTitle();
 694     }
 695     return null;
 696   }
 697
 698   /**
 699    * Set the 'other half' to hidden / revealed.
 700    */
 701   @Override
 702   public void setComplementVisible(Object alignFrame, boolean show)
 703   {
 704     /*
 705      * Hiding the AlignPanel suppresses unnecessary repaints
 706      */
 707     if (alignFrame == getTopFrame())
 708     {
 709       ((AlignFrame) getBottomFrame()).alignPanel.setVisible(show);
 710     }
 711     else if (alignFrame == getBottomFrame())
 712     {
 713       ((AlignFrame) getTopFrame()).alignPanel.setVisible(show);
 714     }
 715     super.setComplementVisible(alignFrame, show);
 716   }
 717
 718   /**
 719    * return the AlignFrames held by this container
 720    *
 721    * @return { Top alignFrame (Usually CDS), Bottom AlignFrame (Usually
 722    *         Protein)}
 723    */
 724   public List<AlignFrame> getAlignFrames()
 725   {
 726     return Arrays.asList(new AlignFrame[] { (AlignFrame) getTopFrame(),
 727         (AlignFrame) getBottomFrame() });
 728   }
 729
 730   /**
 731    * Replace Cmd-F Find action with our version. This is necessary because the
 732    * 'default' Finder searches in the first AlignFrame it finds. We need it to
 733    * search in the half of the SplitFrame that has the mouse.
 734    */
 735   protected void overrideFind()
 736   {
 737     /*
 738      * Ctrl-F / Cmd-F open Finder dialog, 'focused' on the right alignment
 739      */
 740     KeyStroke key_cmdF = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_F, Toolkit
 741             .getDefaultToolkit().getMenuShortcutKeyMask(), false);
 742     AbstractAction action = new AbstractAction()
 743     {
 744       @Override
 745       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 746       {
 747         Component c = getFrameAtMouse();
 748         if (c != null && c instanceof AlignFrame)
 749         {
 750           AlignFrame af = (AlignFrame) c;
 751           new Finder(af.viewport, af.alignPanel);
 752         }
 753       }
 754     };
 755     overrideKeyBinding(key_cmdF, action);
 756   }
 757 }