src/jalview/gui/TreeCanvas.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 \r
   4 import jalview.analysis.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import jalview.util.*;\r
   7 import jalview.schemes.*;\r
   8 import javax.swing.*;\r
   9 import java.awt.*;\r
  10 import java.awt.event.*;\r
  11 import java.util.*;\r
  12 \r
  13 public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener\r
  14 {\r
  15   NJTree tree;\r
  16   JScrollPane scrollPane;\r
  17   AlignViewport av;\r
  18 \r
  19   Font font;\r
  20   int  fontSize = 12;\r
  21 \r
  22   boolean showDistances = false;\r
  23   boolean showBootstrap = false;\r
  24 \r
  25   int offx = 20;\r
  26   int offy = 20;\r
  27 \r
  28   int threshold;\r
  29 \r
  30   String longestName;\r
  31   int labelLength=-1;\r
  32 \r
  33   //RubberbandRectangle rubberband;\r
  34 \r
  35   Selection selected;\r
  36   Vector    listeners;\r
  37 \r
  38   Hashtable nameHash = new Hashtable();\r
  39   Hashtable nodeHash = new Hashtable();\r
  40 \r
  41   public TreeCanvas(AlignViewport av, NJTree tree, JScrollPane scroller, String label)\r
  42   {\r
  43     this.av = av;\r
  44     this.tree     = tree;\r
  45     selected = av.getSelection();\r
  46     scrollPane = scroller;\r
  47     addMouseListener(this);\r
  48     tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
  49     longestName = label;\r
  50 \r
  51     PaintRefresher.Register(this);\r
  52   }\r
  53   public void TreeSelectionChanged(Sequence sequence)\r
  54  {\r
  55     selected = av.getSelection();\r
  56 \r
  57     if (selected.contains(sequence))\r
  58         selected.removeElement(sequence);\r
  59     else\r
  60         selected.addElement(sequence);\r
  61 \r
  62     setSelected(selected);\r
  63     PaintRefresher.Refresh(this);\r
  64     repaint();\r
  65  }\r
  66 \r
  67 \r
  68   public void setSelected(Selection selected)\r
  69   {\r
  70         this.selected = selected;\r
  71   }\r
  72 \r
  73   public void setTree(NJTree tree) {\r
  74     this.tree = tree;\r
  75     tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
  76   }\r
  77 \r
  78     public void drawNode(Graphics g,SequenceNode node, float chunk, float scale, int width,int offx, int offy) {\r
  79     if (node == null) {\r
  80       return;\r
  81     }\r
  82 \r
  83     if (node.left() == null && node.right() == null) {\r
  84       // Drawing leaf node\r
  85 \r
  86       float height = node.height;\r
  87       float dist   = node.dist;\r
  88 \r
  89       int xstart = (int)((height-dist)*scale) + offx;\r
  90       int xend =   (int)(height*scale)        + offx;\r
  91 \r
  92       int ypos = (int)(node.ycount * chunk) + offy;\r
  93 \r
  94       if (node.element() instanceof SequenceI)\r
  95       {\r
  96        if ( ( (SequenceI) ( (SequenceNode) node).element()).getColor() == Color.white)\r
  97        {\r
  98          g.setColor(Color.black);\r
  99        }\r
 100        else\r
 101         g.setColor( ( (SequenceI) ( (SequenceNode) node).element()).getColor().\r
 102                    darker());\r
 103 \r
 104       }\r
 105       else\r
 106           g.setColor(Color.black);\r
 107 \r
 108 \r
 109       // Draw horizontal line\r
 110       g.drawLine(xstart,ypos,xend,ypos);\r
 111 \r
 112       String nodeLabel = "";\r
 113       if (showDistances && node.dist > 0) {\r
 114         nodeLabel = new Format("%5.2f").form(node.dist);\r
 115       }\r
 116       if (showBootstrap) {\r
 117         if (showDistances) {\r
 118           nodeLabel = nodeLabel + " : ";\r
 119         }\r
 120         nodeLabel = nodeLabel + String.valueOf(node.getBootstrap());\r
 121       }\r
 122       if (! nodeLabel.equals("")) {\r
 123       g.drawString(nodeLabel,xstart,ypos - 10);\r
 124       }\r
 125 \r
 126       // Colour selected leaves differently\r
 127       String name    = node.getName();\r
 128       FontMetrics fm = g.getFontMetrics(font);\r
 129       int charWidth  = fm.stringWidth(node.getName()) + 3;\r
 130       int charHeight = fm.getHeight();\r
 131 \r
 132       Rectangle rect = new Rectangle(xend+20,ypos-charHeight,\r
 133                                      charWidth,charHeight);\r
 134 \r
 135       nameHash.put((SequenceI)node.element(),rect);\r
 136 \r
 137       if (selected.contains((SequenceI)node.element())) {\r
 138         g.setColor(Color.gray);\r
 139 \r
 140         g.fillRect(xend + 10, ypos - charHeight + 3,charWidth,charHeight);\r
 141         g.setColor(Color.white);\r
 142       }\r
 143       g.drawString(node.getName(),xend+10,ypos);\r
 144       g.setColor(Color.black);\r
 145     } else {\r
 146       drawNode(g,(SequenceNode)node.left(), chunk,scale,width,offx,offy);\r
 147       drawNode(g,(SequenceNode)node.right(),chunk,scale,width,offx,offy);\r
 148 \r
 149       float height = node.height;\r
 150       float dist   = node.dist;\r
 151 \r
 152       int xstart = (int)((height-dist)*scale) + offx;\r
 153       int xend   = (int)(height       *scale) + offx;\r
 154       int ypos   = (int)(node.ycount  *chunk) + offy;\r
 155 \r
 156       g.setColor(((SequenceNode)node).color.darker());\r
 157 \r
 158       // Draw horizontal line\r
 159       g.drawLine(xstart,ypos,xend,ypos);\r
 160       g.fillRect(xend-2, ypos-2, 4,4);\r
 161 \r
 162       int ystart = (int)(((SequenceNode)node.left()) .ycount * chunk) + offy;\r
 163       int yend   = (int)(((SequenceNode)node.right()).ycount * chunk) + offy;\r
 164 \r
 165       Rectangle pos = new Rectangle(xend-2,ypos-2,5,5);\r
 166       nodeHash.put(node,pos);\r
 167 \r
 168       g.drawLine((int)(height*scale) + offx, ystart,\r
 169                  (int)(height*scale) + offx, yend);\r
 170 \r
 171       if (showDistances && node.dist > 0) {\r
 172         g.drawString(new Format("%5.2f").form(node.dist),xstart,ypos - 5);\r
 173       }\r
 174 \r
 175     }\r
 176   }\r
 177   public Object findElement(int x, int y) {\r
 178        Enumeration keys = nameHash.keys();\r
 179 \r
 180     while (keys.hasMoreElements()) {\r
 181             Object ob = keys.nextElement();\r
 182             Rectangle rect = (Rectangle)nameHash.get(ob);\r
 183 \r
 184             if (x >= rect.x && x <= (rect.x + rect.width) &&\r
 185               y >= rect.y && y <= (rect.y + rect.height)) {\r
 186               return ob;\r
 187             }\r
 188   }\r
 189   keys = nodeHash.keys();\r
 190 \r
 191     while (keys.hasMoreElements()) {\r
 192             Object ob = keys.nextElement();\r
 193             Rectangle rect = (Rectangle)nodeHash.get(ob);\r
 194 \r
 195             if (x >= rect.x && x <= (rect.x + rect.width) &&\r
 196               y >= rect.y && y <= (rect.y + rect.height)) {\r
 197               return ob;\r
 198             }\r
 199     }\r
 200       return null;\r
 201 \r
 202   }\r
 203 \r
 204   public void pickNodes(Rectangle pickBox, Selection sel) {\r
 205     int width  = getWidth();\r
 206     int height = getHeight();\r
 207 \r
 208     SequenceNode top = tree.getTopNode();\r
 209 \r
 210     float wscale = (float)(width*.8-offx*2)/tree.getMaxHeight()\r
 211 ;\r
 212     if (top.count == 0) {\r
 213       top.count = ((SequenceNode)top.left()).count + ((SequenceNode)top.right()).count ;\r
 214     }\r
 215     float chunk = (float)(height-offy*2)/top.count;\r
 216 \r
 217     pickNode(pickBox,sel,top,chunk,wscale,width,offx,offy);\r
 218   }\r
 219 \r
 220   public void pickNode(Rectangle pickBox, Selection sel, SequenceNode node, float chunk, float scale, int width,int offx, int offy) {\r
 221     if (node == null) {\r
 222       return;\r
 223     }\r
 224 \r
 225     if (node.left() == null && node.right() == null) {\r
 226       float height = node.height;\r
 227       float dist   = node.dist;\r
 228 \r
 229       int xstart = (int)((height-dist)*scale) + offx;\r
 230       int xend   = (int)(height*scale) + offx;\r
 231 \r
 232       int ypos = (int)(node.ycount * chunk) + offy;\r
 233 \r
 234       if (pickBox.contains(new Point(xend,ypos))) {\r
 235         if (node.element() instanceof SequenceI) {\r
 236           SequenceI seq = (SequenceI)node.element();\r
 237           if (sel.contains(seq)) {\r
 238             sel.removeElement(seq);\r
 239           } else {\r
 240             sel.addElement(seq);\r
 241           }\r
 242         }\r
 243       }\r
 244     } else {\r
 245       pickNode(pickBox,sel,(SequenceNode)node.left(), chunk,scale,width,offx,offy);\r
 246       pickNode(pickBox,sel,(SequenceNode)node.right(),chunk,scale,width,offx,offy);\r
 247     }\r
 248   }\r
 249 \r
 250   public void setColor(SequenceNode node, Color c)\r
 251   {\r
 252     if (node == null)\r
 253       return;\r
 254 \r
 255     if (node.left() == null && node.right() == null)\r
 256     {\r
 257       node.color = c;\r
 258 \r
 259       if (node.element() instanceof SequenceI)\r
 260           ((SequenceI)node.element()).setColor(c);\r
 261     } else\r
 262     {\r
 263       node.color = c;\r
 264       setColor((SequenceNode)node.left(),c);\r
 265       setColor((SequenceNode)node.right(),c);\r
 266     }\r
 267   }\r
 268 \r
 269 \r
 270   public void paintComponent(Graphics g) {\r
 271 \r
 272 \r
 273     font = new Font("Verdana",Font.PLAIN,fontSize);\r
 274     g.setFont(font);\r
 275 \r
 276     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(font);\r
 277 \r
 278     if(nameHash.size()==0)\r
 279       repaint();\r
 280 \r
 281 \r
 282     if( scrollPane.getHeight() > fm.getHeight() * nameHash.size()+offy)\r
 283      {\r
 284          draw(g,scrollPane.getWidth(),scrollPane.getHeight());\r
 285          setPreferredSize(new Dimension(scrollPane.getWidth(), scrollPane.getHeight()));\r
 286      }\r
 287     else\r
 288      {\r
 289          setPreferredSize(new Dimension(getWidth(), fm.getHeight() * nameHash.size()));\r
 290          draw( g,getWidth(), fm.getHeight() * nameHash.size());\r
 291      }\r
 292 \r
 293 \r
 294     if (threshold != 0)\r
 295     {\r
 296         g.setColor(Color.red);\r
 297         g.drawLine(threshold,0,threshold,getHeight());\r
 298     }\r
 299 \r
 300     scrollPane.revalidate();\r
 301   }\r
 302     public int getFontSize() {\r
 303         return fontSize;\r
 304     }\r
 305     public void setFontSize(int fontSize) {\r
 306         this.fontSize = fontSize;\r
 307         repaint();\r
 308     }\r
 309   public void draw(Graphics g, int width, int height) {\r
 310       g.setColor(Color.white);\r
 311       g.fillRect(0,0,width,height);\r
 312 \r
 313 \r
 314       labelLength = g.getFontMetrics(font).stringWidth(longestName)+ 20;//20 allows for scrollbar\r
 315 \r
 316       float wscale =(float)(width - labelLength -offx*2)/tree.getMaxHeight();\r
 317 \r
 318       SequenceNode top = tree.getTopNode();\r
 319 \r
 320       if (top.count == 0) {\r
 321           top.count = ((SequenceNode)top.left()).count + ((SequenceNode)top.right()).count ;\r
 322       }\r
 323       float chunk = (float)(height-offy*2)/top.count ;\r
 324 \r
 325       drawNode(g,tree.getTopNode(),chunk,wscale,width,offx,offy);\r
 326   }\r
 327 \r
 328   public void mouseReleased(MouseEvent e) { }\r
 329   public void mouseEntered(MouseEvent e) { }\r
 330   public void mouseExited(MouseEvent e) { }\r
 331   public void mouseClicked(MouseEvent e) {\r
 332   }\r
 333 \r
 334   public void mousePressed(MouseEvent e) {\r
 335       int x = e.getX();\r
 336       int y = e.getY();\r
 337 \r
 338       Object ob = findElement(x,y);\r
 339 \r
 340       if (ob instanceof SequenceI)\r
 341       {\r
 342           TreeSelectionChanged((Sequence)ob);\r
 343           repaint();\r
 344           return;\r
 345 \r
 346       } else if (ob instanceof SequenceNode) {\r
 347           SequenceNode tmpnode = (SequenceNode)ob;\r
 348           tree.swapNodes(tmpnode);\r
 349           tree.reCount(tree.getTopNode());\r
 350           tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
 351       } else {\r
 352           // Find threshold\r
 353 \r
 354           if (tree.getMaxHeight() != 0) {\r
 355               float fthreshold = (float)(x - offx)/(float)(getWidth()-labelLength - 2*offx);\r
 356               this.threshold = x;\r
 357               tree.getGroups().removeAllElements();\r
 358               tree.groupNodes(tree.getTopNode(),fthreshold);\r
 359               setColor(tree.getTopNode(),Color.black);\r
 360 \r
 361               av.sel.clear();\r
 362               av.alignment.deleteAllGroups();\r
 363 \r
 364               for (int i=0; i < tree.getGroups().size(); i++)\r
 365               {\r
 366 \r
 367                   Color col = new Color((int)(Math.random()*255),\r
 368                                         (int)(Math.random()*255),\r
 369                                         (int)(Math.random()*255));\r
 370                   setColor((SequenceNode)tree.getGroups().elementAt(i),col.brighter());\r
 371 \r
 372                   Vector l = tree.findLeaves((SequenceNode)tree.getGroups().elementAt(i),new Vector());\r
 373                   SequenceGroup sg = null;\r
 374                   for (int j = 0; j < l.size(); j++)\r
 375                   {\r
 376                     SequenceNode sn = (SequenceNode) l.elementAt(j);\r
 377                     if(sg==null)\r
 378                        sg  = new SequenceGroup("TreeGroup", av.getGlobalColourScheme(), true, true,false,0,av.alignment.getWidth());\r
 379 \r
 380                     sg.addSequence( (Sequence) sn.element());\r
 381                   }\r
 382 \r
 383                   if (av.getGlobalColourScheme() instanceof ConservationColourScheme)\r
 384                   {\r
 385                     ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme) av.getGlobalColourScheme();\r
 386                     Conservation c = new Conservation("Group",\r
 387                                                       ResidueProperties.propHash, 3,\r
 388                                                       sg.sequences, sg.getStartRes(),\r
 389                                                       sg.getEndRes());\r
 390 \r
 391                     c.calculate();\r
 392                     c.verdict(false, 100);\r
 393                     ccs = new ConservationColourScheme(c, ccs.cs);\r
 394 \r
 395                     sg.cs = ccs;\r
 396 \r
 397                   }\r
 398 \r
 399 \r
 400 \r
 401                   av.alignment.addGroup(sg);\r
 402 \r
 403               }\r
 404           }\r
 405       }\r
 406 \r
 407       PaintRefresher.Refresh(this);\r
 408       repaint();\r
 409 \r
 410   }\r
 411 \r
 412     public void setShowDistances(boolean state) {\r
 413         this.showDistances = state;\r
 414         repaint();\r
 415     }\r
 416 \r
 417     public void setShowBootstrap(boolean state) {\r
 418       this.showBootstrap = state;\r
 419       repaint();\r
 420     }\r
 421 \r
 422 }\r
 423 \r