src/jalview/gui/TreeCanvas.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 \r
   4 import jalview.analysis.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import jalview.util.*;\r
   7 import jalview.schemes.*;\r
   8 import javax.swing.*;\r
   9 import java.awt.*;\r
  10 import java.awt.event.*;\r
  11 import java.util.*;\r
  12 import java.awt.print.*;\r
  13 \r
  14 public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable, Printable\r
  15 {\r
  16   NJTree tree;\r
  17   JScrollPane scrollPane;\r
  18   AlignViewport av;\r
  19 \r
  20   Font font;\r
  21   int  fontSize = 12;\r
  22 \r
  23   boolean fitToWindow = true;\r
  24   boolean showDistances = false;\r
  25   boolean showBootstrap = false;\r
  26 \r
  27   int offx = 20;\r
  28   int offy = 20;\r
  29 \r
  30   int threshold;\r
  31 \r
  32   String longestName;\r
  33   int labelLength=-1;\r
  34 \r
  35   //RubberbandRectangle rubberband;\r
  36 \r
  37   Selection selected;\r
  38   Vector    listeners;\r
  39 \r
  40   Hashtable nameHash = new Hashtable();\r
  41   Hashtable nodeHash = new Hashtable();\r
  42 \r
  43   public TreeCanvas(AlignViewport av, NJTree tree, JScrollPane scroller, String label)\r
  44   {\r
  45     this.av = av;\r
  46     this.tree     = tree;\r
  47     selected = av.getSelection();\r
  48     scrollPane = scroller;\r
  49     addMouseListener(this);\r
  50     tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
  51     longestName = label;\r
  52 \r
  53     PaintRefresher.Register(this);\r
  54   }\r
  55   public void TreeSelectionChanged(Sequence sequence)\r
  56  {\r
  57     selected = av.getSelection();\r
  58 \r
  59     if (selected.contains(sequence))\r
  60         selected.removeElement(sequence);\r
  61     else\r
  62         selected.addElement(sequence);\r
  63 \r
  64     setSelected(selected);\r
  65     PaintRefresher.Refresh(this);\r
  66     repaint();\r
  67  }\r
  68 \r
  69 \r
  70   public void setSelected(Selection selected)\r
  71   {\r
  72         this.selected = selected;\r
  73   }\r
  74 \r
  75   public void setTree(NJTree tree) {\r
  76     this.tree = tree;\r
  77     tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
  78   }\r
  79 \r
  80     public void drawNode(Graphics g,SequenceNode node, float chunk, float scale, int width,int offx, int offy) {\r
  81     if (node == null) {\r
  82       return;\r
  83     }\r
  84 \r
  85     if (node.left() == null && node.right() == null) {\r
  86       // Drawing leaf node\r
  87 \r
  88       float height = node.height;\r
  89       float dist   = node.dist;\r
  90 \r
  91       int xstart = (int)((height-dist)*scale) + offx;\r
  92       int xend =   (int)(height*scale)        + offx;\r
  93 \r
  94       int ypos = (int)(node.ycount * chunk) + offy;\r
  95 \r
  96       if (node.element() instanceof SequenceI)\r
  97       {\r
  98        if ( ( (SequenceI) ( (SequenceNode) node).element()).getColor() == Color.white)\r
  99        {\r
 100          g.setColor(Color.black);\r
 101        }\r
 102        else\r
 103         g.setColor( ( (SequenceI) ( (SequenceNode) node).element()).getColor().\r
 104                    darker());\r
 105 \r
 106       }\r
 107       else\r
 108           g.setColor(Color.black);\r
 109 \r
 110 \r
 111       // Draw horizontal line\r
 112       g.drawLine(xstart,ypos,xend,ypos);\r
 113 \r
 114       String nodeLabel = "";\r
 115       if (showDistances && node.dist > 0) {\r
 116         nodeLabel = new Format("%5.2f").form(node.dist);\r
 117       }\r
 118       if (showBootstrap) {\r
 119         if (showDistances) {\r
 120           nodeLabel = nodeLabel + " : ";\r
 121         }\r
 122         nodeLabel = nodeLabel + String.valueOf(node.getBootstrap());\r
 123       }\r
 124       if (! nodeLabel.equals("")) {\r
 125       g.drawString(nodeLabel,xstart,ypos - 10);\r
 126       }\r
 127 \r
 128       // Colour selected leaves differently\r
 129       String name    = node.getName();\r
 130       FontMetrics fm = g.getFontMetrics(font);\r
 131       int charWidth  = fm.stringWidth(node.getName()) + 3;\r
 132       int charHeight = fm.getHeight();\r
 133 \r
 134       Rectangle rect = new Rectangle(xend+20,ypos-charHeight,\r
 135                                      charWidth,charHeight);\r
 136 \r
 137       nameHash.put((SequenceI)node.element(),rect);\r
 138 \r
 139       if (selected.contains((SequenceI)node.element())) {\r
 140         g.setColor(Color.gray);\r
 141 \r
 142         g.fillRect(xend + 10, ypos - charHeight + 3,charWidth,charHeight);\r
 143         g.setColor(Color.white);\r
 144       }\r
 145       g.drawString(node.getName(),xend+10,ypos);\r
 146       g.setColor(Color.black);\r
 147     } else {\r
 148       drawNode(g,(SequenceNode)node.left(), chunk,scale,width,offx,offy);\r
 149       drawNode(g,(SequenceNode)node.right(),chunk,scale,width,offx,offy);\r
 150 \r
 151       float height = node.height;\r
 152       float dist   = node.dist;\r
 153 \r
 154       int xstart = (int)((height-dist)*scale) + offx;\r
 155       int xend   = (int)(height       *scale) + offx;\r
 156       int ypos   = (int)(node.ycount  *chunk) + offy;\r
 157 \r
 158       g.setColor(((SequenceNode)node).color.darker());\r
 159 \r
 160       // Draw horizontal line\r
 161       g.drawLine(xstart,ypos,xend,ypos);\r
 162       g.fillRect(xend-2, ypos-2, 4,4);\r
 163 \r
 164       int ystart = (int)(((SequenceNode)node.left()) .ycount * chunk) + offy;\r
 165       int yend   = (int)(((SequenceNode)node.right()).ycount * chunk) + offy;\r
 166 \r
 167       Rectangle pos = new Rectangle(xend-2,ypos-2,5,5);\r
 168       nodeHash.put(node,pos);\r
 169 \r
 170       g.drawLine((int)(height*scale) + offx, ystart,\r
 171                  (int)(height*scale) + offx, yend);\r
 172 \r
 173       if (showDistances && node.dist > 0) {\r
 174         g.drawString(new Format("%5.2f").form(node.dist),xstart,ypos - 5);\r
 175       }\r
 176 \r
 177     }\r
 178   }\r
 179   public Object findElement(int x, int y) {\r
 180        Enumeration keys = nameHash.keys();\r
 181 \r
 182     while (keys.hasMoreElements()) {\r
 183             Object ob = keys.nextElement();\r
 184             Rectangle rect = (Rectangle)nameHash.get(ob);\r
 185 \r
 186             if (x >= rect.x && x <= (rect.x + rect.width) &&\r
 187               y >= rect.y && y <= (rect.y + rect.height)) {\r
 188               return ob;\r
 189             }\r
 190   }\r
 191   keys = nodeHash.keys();\r
 192 \r
 193     while (keys.hasMoreElements()) {\r
 194             Object ob = keys.nextElement();\r
 195             Rectangle rect = (Rectangle)nodeHash.get(ob);\r
 196 \r
 197             if (x >= rect.x && x <= (rect.x + rect.width) &&\r
 198               y >= rect.y && y <= (rect.y + rect.height)) {\r
 199               return ob;\r
 200             }\r
 201     }\r
 202       return null;\r
 203 \r
 204   }\r
 205 \r
 206   public void pickNodes(Rectangle pickBox, Selection sel) {\r
 207     int width  = getWidth();\r
 208     int height = getHeight();\r
 209 \r
 210     SequenceNode top = tree.getTopNode();\r
 211 \r
 212     float wscale = (float)(width*.8-offx*2)/tree.getMaxHeight()\r
 213 ;\r
 214     if (top.count == 0) {\r
 215       top.count = ((SequenceNode)top.left()).count + ((SequenceNode)top.right()).count ;\r
 216     }\r
 217     float chunk = (float)(height-offy*2)/top.count;\r
 218 \r
 219     pickNode(pickBox,sel,top,chunk,wscale,width,offx,offy);\r
 220   }\r
 221 \r
 222   public void pickNode(Rectangle pickBox, Selection sel, SequenceNode node, float chunk, float scale, int width,int offx, int offy) {\r
 223     if (node == null) {\r
 224       return;\r
 225     }\r
 226 \r
 227     if (node.left() == null && node.right() == null) {\r
 228       float height = node.height;\r
 229       float dist   = node.dist;\r
 230 \r
 231       int xstart = (int)((height-dist)*scale) + offx;\r
 232       int xend   = (int)(height*scale) + offx;\r
 233 \r
 234       int ypos = (int)(node.ycount * chunk) + offy;\r
 235 \r
 236       if (pickBox.contains(new Point(xend,ypos))) {\r
 237         if (node.element() instanceof SequenceI) {\r
 238           SequenceI seq = (SequenceI)node.element();\r
 239           if (sel.contains(seq)) {\r
 240             sel.removeElement(seq);\r
 241           } else {\r
 242             sel.addElement(seq);\r
 243           }\r
 244         }\r
 245       }\r
 246     } else {\r
 247       pickNode(pickBox,sel,(SequenceNode)node.left(), chunk,scale,width,offx,offy);\r
 248       pickNode(pickBox,sel,(SequenceNode)node.right(),chunk,scale,width,offx,offy);\r
 249     }\r
 250   }\r
 251 \r
 252   public void setColor(SequenceNode node, Color c)\r
 253   {\r
 254     if (node == null)\r
 255       return;\r
 256 \r
 257     if (node.left() == null && node.right() == null)\r
 258     {\r
 259       node.color = c;\r
 260 \r
 261       if (node.element() instanceof SequenceI)\r
 262           ((SequenceI)node.element()).setColor(c);\r
 263     } else\r
 264     {\r
 265       node.color = c;\r
 266       setColor((SequenceNode)node.left(),c);\r
 267       setColor((SequenceNode)node.right(),c);\r
 268     }\r
 269   }\r
 270 \r
 271   void startPrinting()\r
 272   {\r
 273     Thread thread = new Thread(this);\r
 274     thread.start();\r
 275   }\r
 276 \r
 277   // put printing in a thread to avoid painting problems\r
 278   public void run()\r
 279   {\r
 280     PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();\r
 281     PageFormat pf = printJob.pageDialog(printJob.defaultPage());\r
 282     printJob.setPrintable(this, pf);\r
 283     if (printJob.printDialog())\r
 284     {\r
 285       try\r
 286       {\r
 287         printJob.print();\r
 288       }\r
 289       catch (Exception PrintException)\r
 290       {\r
 291         PrintException.printStackTrace();\r
 292       }\r
 293     }\r
 294   }\r
 295 \r
 296 \r
 297   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi) throws PrinterException\r
 298   {\r
 299     font = new Font("Verdana",Font.PLAIN,fontSize);\r
 300     pg.setFont(font);\r
 301     FontMetrics fm = pg.getFontMetrics(font);\r
 302 \r
 303     pg.translate((int)pf.getImageableX(), (int)pf.getImageableY());\r
 304 \r
 305     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 306     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 307 \r
 308     // adjust pheight to row height\r
 309     pheight -= (pheight%fm.getHeight());\r
 310     pg.setClip(0,0, pwidth, pheight);\r
 311 \r
 312     int noPages = (fm.getHeight() * nameHash.size()) / pheight;\r
 313 \r
 314     if(pi>noPages)\r
 315       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 316 \r
 317     pg.translate(0, -pheight*pi );\r
 318     draw(pg, pwidth, fm.getHeight() * nameHash.size());\r
 319 \r
 320     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 321 \r
 322   }\r
 323 \r
 324   public void paintComponent(Graphics g)\r
 325   {\r
 326     font = new Font("Verdana",Font.PLAIN,fontSize);\r
 327     g.setFont(font);\r
 328 \r
 329     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(font);\r
 330 \r
 331     if(nameHash.size()==0)\r
 332       repaint();\r
 333 \r
 334 \r
 335     if( fitToWindow || (!fitToWindow && scrollPane.getHeight() > fm.getHeight() * nameHash.size()+offy ) )\r
 336      {\r
 337          draw(g,scrollPane.getWidth(),scrollPane.getHeight());\r
 338          setPreferredSize(null);\r
 339      }\r
 340     else\r
 341      {\r
 342          setPreferredSize(new Dimension(scrollPane.getWidth(), fm.getHeight() * nameHash.size()));\r
 343          draw( g,scrollPane.getWidth(), fm.getHeight() * nameHash.size());\r
 344      }\r
 345 \r
 346 \r
 347     if (threshold != 0)\r
 348     {\r
 349         g.setColor(Color.red);\r
 350         g.drawLine(threshold,0,threshold,getHeight());\r
 351     }\r
 352 \r
 353     scrollPane.revalidate();\r
 354   }\r
 355     public int getFontSize() {\r
 356         return fontSize;\r
 357     }\r
 358     public void setFontSize(int fontSize) {\r
 359         this.fontSize = fontSize;\r
 360         repaint();\r
 361     }\r
 362   public void draw(Graphics g, int width, int height) {\r
 363       g.setColor(Color.white);\r
 364       g.fillRect(0,0,width,height);\r
 365 \r
 366 \r
 367       labelLength = g.getFontMetrics(font).stringWidth(longestName)+ 20;//20 allows for scrollbar\r
 368 \r
 369       float wscale =(float)(width - labelLength -offx*2)/tree.getMaxHeight();\r
 370 \r
 371       SequenceNode top = tree.getTopNode();\r
 372 \r
 373       if (top.count == 0) {\r
 374           top.count = ((SequenceNode)top.left()).count + ((SequenceNode)top.right()).count ;\r
 375       }\r
 376       float chunk = (float)(height-offy*2)/top.count ;\r
 377 \r
 378       drawNode(g,tree.getTopNode(),chunk,wscale,width,offx,offy);\r
 379   }\r
 380 \r
 381   public void mouseReleased(MouseEvent e) { }\r
 382   public void mouseEntered(MouseEvent e) { }\r
 383   public void mouseExited(MouseEvent e) { }\r
 384   public void mouseClicked(MouseEvent e) {\r
 385   }\r
 386 \r
 387   public void mousePressed(MouseEvent e) {\r
 388       int x = e.getX();\r
 389       int y = e.getY();\r
 390 \r
 391       Object ob = findElement(x,y);\r
 392 \r
 393       if (ob instanceof SequenceI)\r
 394       {\r
 395           TreeSelectionChanged((Sequence)ob);\r
 396           repaint();\r
 397           return;\r
 398 \r
 399       } else if (ob instanceof SequenceNode) {\r
 400           SequenceNode tmpnode = (SequenceNode)ob;\r
 401           tree.swapNodes(tmpnode);\r
 402           tree.reCount(tree.getTopNode());\r
 403           tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
 404       } else {\r
 405           // Find threshold\r
 406 \r
 407           if (tree.getMaxHeight() != 0) {\r
 408               float fthreshold = (float)(x - offx)/(float)(getWidth()-labelLength - 2*offx);\r
 409               this.threshold = x;\r
 410               tree.getGroups().removeAllElements();\r
 411               tree.groupNodes(tree.getTopNode(),fthreshold);\r
 412               setColor(tree.getTopNode(),Color.black);\r
 413 \r
 414               av.sel.clear();\r
 415               av.alignment.deleteAllGroups();\r
 416 \r
 417               for (int i=0; i < tree.getGroups().size(); i++)\r
 418               {\r
 419 \r
 420                   Color col = new Color((int)(Math.random()*255),\r
 421                                         (int)(Math.random()*255),\r
 422                                         (int)(Math.random()*255));\r
 423                   setColor((SequenceNode)tree.getGroups().elementAt(i),col.brighter());\r
 424 \r
 425                   Vector l = tree.findLeaves((SequenceNode)tree.getGroups().elementAt(i),new Vector());\r
 426                   SequenceGroup sg = null;\r
 427                   for (int j = 0; j < l.size(); j++)\r
 428                   {\r
 429                     SequenceNode sn = (SequenceNode) l.elementAt(j);\r
 430                     if(sg==null)\r
 431                        sg  = new SequenceGroup("TreeGroup", av.getGlobalColourScheme(), true, true,false,0,av.alignment.getWidth());\r
 432 \r
 433                     sg.addSequence( (Sequence) sn.element());\r
 434                   }\r
 435 \r
 436                   if (av.getGlobalColourScheme() instanceof ConservationColourScheme)\r
 437                   {\r
 438                     ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme) av.getGlobalColourScheme();\r
 439                     Conservation c = new Conservation("Group",\r
 440                                                       ResidueProperties.propHash, 3,\r
 441                                                       sg.sequences, sg.getStartRes(),\r
 442                                                       sg.getEndRes());\r
 443 \r
 444                     c.calculate();\r
 445                     c.verdict(false, 100);\r
 446                     ccs = new ConservationColourScheme(c, ccs.cs);\r
 447 \r
 448                     sg.cs = ccs;\r
 449 \r
 450                   }\r
 451 \r
 452 \r
 453 \r
 454                   av.alignment.addGroup(sg);\r
 455 \r
 456               }\r
 457           }\r
 458       }\r
 459 \r
 460       PaintRefresher.Refresh(this);\r
 461       repaint();\r
 462 \r
 463   }\r
 464 \r
 465     public void setShowDistances(boolean state) {\r
 466         this.showDistances = state;\r
 467         repaint();\r
 468     }\r
 469 \r
 470     public void setShowBootstrap(boolean state) {\r
 471       this.showBootstrap = state;\r
 472       repaint();\r
 473     }\r
 474 \r
 475 }\r
 476 \r