src/jalview/gui/TreePanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignmentSorter;
  24 import jalview.analysis.AverageDistanceTree;
  25 import jalview.analysis.NJTree;
  26 import jalview.analysis.TreeBuilder;
  27 import jalview.analysis.TreeModel;
  28 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
  29 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  30 import jalview.api.analysis.SimilarityParamsI;
  31 import jalview.bin.Cache;
  32 import jalview.commands.CommandI;
  33 import jalview.commands.OrderCommand;
  34 import jalview.datamodel.Alignment;
  35 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  36 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  37 import jalview.datamodel.BinaryNode;
  38 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  39 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  40 import jalview.datamodel.NodeTransformI;
  41 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  42 import jalview.datamodel.SequenceI;
  43 import jalview.datamodel.SequenceNode;
  44 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  45 import jalview.io.JalviewFileView;
  46 import jalview.io.NewickFile;
  47 import jalview.jbgui.GTreePanel;
  48 import jalview.util.ImageMaker;
  49 import jalview.util.MessageManager;
  50 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  51
  52 import java.awt.Font;
  53 import java.awt.Graphics;
  54 import java.awt.event.ActionEvent;
  55 import java.awt.event.ActionListener;
  56 import java.awt.image.BufferedImage;
  57 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  58 import java.io.FileOutputStream;
  59 import java.util.ArrayList;
  60 import java.util.List;
  61
  62 import javax.imageio.ImageIO;
  63 import javax.swing.ButtonGroup;
  64 import javax.swing.JMenuItem;
  65 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  66
  67 import org.jibble.epsgraphics.EpsGraphics2D;
  68
  69 /**
  70  * DOCUMENT ME!
  71  *
  72  * @author $author$
  73  * @version $Revision$
  74  */
  75 public class TreePanel extends GTreePanel
  76 {
  77   String treeType;
  78
  79   String scoreModelName; // if tree computed
  80
  81   String treeTitle; // if tree loaded
  82
  83   SimilarityParamsI similarityParams;
  84
  85   TreeCanvas treeCanvas;
  86
  87   TreeModel tree;
  88
  89   AlignViewport av;
  90
  91   /**
  92    * Creates a new TreePanel object.
  93    *
  94    * @param ap
  95    * @param type
  96    * @param modelName
  97    * @param options
  98    */
  99   public TreePanel(AlignmentPanel ap, String type, String modelName,
 100           SimilarityParamsI options)
 101   {
 102     super();
 103     this.similarityParams = options;
 104     initTreePanel(ap, type, modelName, null, null);
 105
 106     // We know this tree has distances. JBPNote TODO: prolly should add this as
 107     // a userdefined default
 108     // showDistances(true);
 109   }
 110
 111   public TreePanel(AlignmentPanel alignPanel, NewickFile newtree,
 112           String theTitle, AlignmentView inputData)
 113   {
 114     super();
 115     this.treeTitle = theTitle;
 116     initTreePanel(alignPanel, null, null, newtree, inputData);
 117   }
 118
 119   public AlignmentI getAlignment()
 120   {
 121     return treeCanvas.av.getAlignment();
 122   }
 123
 124   public AlignmentViewport getViewPort()
 125   {
 126     return treeCanvas.av;
 127   }
 128
 129   void initTreePanel(AlignmentPanel ap, String type, String modelName,
 130           NewickFile newTree, AlignmentView inputData)
 131   {
 132
 133     av = ap.av;
 134     this.treeType = type;
 135     this.scoreModelName = modelName;
 136
 137     treeCanvas = new TreeCanvas(this, ap, scrollPane);
 138     scrollPane.setViewportView(treeCanvas);
 139
 140     PaintRefresher.Register(this, ap.av.getSequenceSetId());
 141
 142     buildAssociatedViewMenu();
 143
 144     av.addPropertyChangeListener(new java.beans.PropertyChangeListener()
 145     {
 146       @Override
 147       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 148       {
 149         if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))
 150         {
 151           if (tree == null)
 152           {
 153             System.out.println("tree is null");
 154             // TODO: deal with case when a change event is received whilst a
 155             // tree is still being calculated - should save reference for
 156             // processing message later.
 157             return;
 158           }
 159           if (evt.getNewValue() == null)
 160           {
 161             System.out.println(
 162                     "new alignment sequences vector value is null");
 163           }
 164
 165           tree.updatePlaceHolders((List<SequenceI>) evt.getNewValue());
 166           treeCanvas.nameHash.clear(); // reset the mapping between canvas
 167           // rectangles and leafnodes
 168           repaint();
 169         }
 170       }
 171     });
 172
 173     TreeLoader tl = new TreeLoader(newTree, inputData);
 174     tl.start();
 175
 176   }
 177
 178   @Override
 179   public void viewMenu_menuSelected()
 180   {
 181     buildAssociatedViewMenu();
 182   }
 183
 184   void buildAssociatedViewMenu()
 185   {
 186     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher
 187             .getAssociatedPanels(av.getSequenceSetId());
 188     if (aps.length == 1 && treeCanvas.ap == aps[0])
 189     {
 190       associateLeavesMenu.setVisible(false);
 191       return;
 192     }
 193
 194     associateLeavesMenu.setVisible(true);
 195
 196     if ((viewMenu
 197             .getItem(viewMenu.getItemCount() - 2) instanceof JMenuItem))
 198     {
 199       viewMenu.insertSeparator(viewMenu.getItemCount() - 1);
 200     }
 201
 202     associateLeavesMenu.removeAll();
 203
 204     JRadioButtonMenuItem item;
 205     ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
 206     int i, iSize = aps.length;
 207     final TreePanel thisTreePanel = this;
 208     for (i = 0; i < iSize; i++)
 209     {
 210       final AlignmentPanel ap = aps[i];
 211       item = new JRadioButtonMenuItem(ap.av.viewName, ap == treeCanvas.ap);
 212       buttonGroup.add(item);
 213       item.addActionListener(new ActionListener()
 214       {
 215         @Override
 216         public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 217         {
 218           treeCanvas.applyToAllViews = false;
 219           treeCanvas.ap = ap;
 220           treeCanvas.av = ap.av;
 221           PaintRefresher.Register(thisTreePanel, ap.av.getSequenceSetId());
 222         }
 223       });
 224
 225       associateLeavesMenu.add(item);
 226     }
 227
 228     final JRadioButtonMenuItem itemf = new JRadioButtonMenuItem(
 229             MessageManager.getString("label.all_views"));
 230     buttonGroup.add(itemf);
 231     itemf.setSelected(treeCanvas.applyToAllViews);
 232     itemf.addActionListener(new ActionListener()
 233     {
 234       @Override
 235       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 236       {
 237         treeCanvas.applyToAllViews = itemf.isSelected();
 238       }
 239     });
 240     associateLeavesMenu.add(itemf);
 241
 242   }
 243
 244   class TreeLoader extends Thread
 245   {
 246     private NewickFile newtree;
 247
 248     private AlignmentView odata = null;
 249
 250     public TreeLoader(NewickFile newickFile, AlignmentView inputData)
 251     {
 252       this.newtree = newickFile;
 253       this.odata = inputData;
 254
 255       if (newickFile != null)
 256       {
 257         // Must be outside run(), as Jalview2XML tries to
 258         // update distance/bootstrap visibility at the same time
 259         showBootstrap(newickFile.HasBootstrap());
 260         showDistances(newickFile.HasDistances());
 261       }
 262     }
 263
 264     @Override
 265     public void run()
 266     {
 267
 268       if (newtree != null)
 269       {
 270         tree = new TreeModel(av.getAlignment().getSequencesArray(), odata,
 271                 newtree);
 272         if (tree.getOriginalData() == null)
 273         {
 274           originalSeqData.setVisible(false);
 275         }
 276       }
 277       else
 278       {
 279         ScoreModelI sm = ScoreModels.getInstance()
 280                 .getScoreModel(scoreModelName, treeCanvas.ap);
 281         TreeBuilder njtree = treeType.equals(TreeBuilder.NEIGHBOUR_JOINING)
 282                 ? new NJTree(av, sm, similarityParams)
 283                 : new AverageDistanceTree(av, sm, similarityParams);
 284         tree = new TreeModel(njtree);
 285         showDistances(true);
 286       }
 287
 288       tree.reCount(tree.getTopNode());
 289       tree.findHeight(tree.getTopNode());
 290       treeCanvas.setTree(tree);
 291       treeCanvas.repaint();
 292       av.setCurrentTree(tree);
 293       if (av.getSortByTree())
 294       {
 295         sortByTree_actionPerformed();
 296       }
 297     }
 298   }
 299
 300   public void showDistances(boolean b)
 301   {
 302     treeCanvas.setShowDistances(b);
 303     distanceMenu.setSelected(b);
 304   }
 305
 306   public void showBootstrap(boolean b)
 307   {
 308     treeCanvas.setShowBootstrap(b);
 309     bootstrapMenu.setSelected(b);
 310   }
 311
 312   public void showPlaceholders(boolean b)
 313   {
 314     placeholdersMenu.setState(b);
 315     treeCanvas.setMarkPlaceholders(b);
 316   }
 317
 318   /**
 319    * DOCUMENT ME!
 320    *
 321    * @return DOCUMENT ME!
 322    */
 323   public TreeModel getTree()
 324   {
 325     return tree;
 326   }
 327
 328   /**
 329    * DOCUMENT ME!
 330    *
 331    * @param e
 332    *          DOCUMENT ME!
 333    */
 334   @Override
 335   public void textbox_actionPerformed(ActionEvent e)
 336   {
 337     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 338
 339     String newTitle = getPanelTitle();
 340
 341     NewickFile fout = new NewickFile(tree.getTopNode());
 342     try
 343     {
 344       cap.setText(fout.print(tree.hasBootstrap(), tree.hasDistances(),
 345               tree.hasRootDistance()));
 346       Desktop.addInternalFrame(cap, newTitle, 500, 100);
 347     } catch (OutOfMemoryError oom)
 348     {
 349       new OOMWarning("generating newick tree file", oom);
 350       cap.dispose();
 351     }
 352
 353   }
 354
 355   /**
 356    * DOCUMENT ME!
 357    *
 358    * @param e
 359    *          DOCUMENT ME!
 360    */
 361   @Override
 362   public void saveAsNewick_actionPerformed(ActionEvent e)
 363   {
 364     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 365             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 366     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 367     chooser.setDialogTitle(
 368             MessageManager.getString("label.save_tree_as_newick"));
 369     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 370
 371     int value = chooser.showSaveDialog(null);
 372
 373     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 374     {
 375       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 376       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 377               chooser.getSelectedFile().getParent());
 378
 379       try
 380       {
 381         jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(
 382                 tree.getTopNode());
 383         String output = fout.print(tree.hasBootstrap(), tree.hasDistances(),
 384                 tree.hasRootDistance());
 385         java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(
 386                 new java.io.FileWriter(choice));
 387         out.println(output);
 388         out.close();
 389       } catch (Exception ex)
 390       {
 391         ex.printStackTrace();
 392       }
 393     }
 394   }
 395
 396   /**
 397    * DOCUMENT ME!
 398    *
 399    * @param e
 400    *          DOCUMENT ME!
 401    */
 402   @Override
 403   public void printMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 404   {
 405     // Putting in a thread avoids Swing painting problems
 406     treeCanvas.startPrinting();
 407   }
 408
 409   @Override
 410   public void originalSeqData_actionPerformed(ActionEvent e)
 411   {
 412     AlignmentView originalData = tree.getOriginalData();
 413     if (originalData == null)
 414     {
 415       jalview.bin.Cache.log.info(
 416               "Unexpected call to originalSeqData_actionPerformed - should have hidden this menu action.");
 417       return;
 418     }
 419     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to
 420     // warrant a new window to be created
 421     // create new alignmnt window with hidden regions (unhiding hidden regions
 422     // yields unaligned seqs)
 423     // or create a selection box around columns in alignment view
 424     // test Alignment(SeqCigar[])
 425     char gc = '-';
 426     try
 427     {
 428       // we try to get the associated view's gap character
 429       // but this may fail if the view was closed...
 430       gc = av.getGapCharacter();
 431
 432     } catch (Exception ex)
 433     {
 434     }
 435
 436     Object[] alAndColsel = originalData.getAlignmentAndHiddenColumns(gc);
 437
 438     if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 439     {
 440       // AlignmentOrder origorder = new AlignmentOrder(alAndColsel[0]);
 441
 442       AlignmentI al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 443       AlignmentI dataset = (av != null && av.getAlignment() != null)
 444               ? av.getAlignment().getDataset()
 445               : null;
 446       if (dataset != null)
 447       {
 448         al.setDataset(dataset);
 449       }
 450
 451       if (true)
 452       {
 453         // make a new frame!
 454         AlignFrame af = new AlignFrame(al, (HiddenColumns) alAndColsel[1],
 455                 AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 456
 457         // >>>This is a fix for the moment, until a better solution is
 458         // found!!<<<
 459         // af.getFeatureRenderer().transferSettings(alignFrame.getFeatureRenderer());
 460
 461         // af.addSortByOrderMenuItem(ServiceName + " Ordering",
 462         // msaorder);
 463
 464         Desktop.addInternalFrame(af, MessageManager.formatMessage(
 465                 "label.original_data_for_params", new Object[]
 466                 { this.title }), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 467                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 468       }
 469     }
 470   }
 471
 472   /**
 473    * DOCUMENT ME!
 474    *
 475    * @param e
 476    *          DOCUMENT ME!
 477    */
 478   @Override
 479   public void fitToWindow_actionPerformed(ActionEvent e)
 480   {
 481     treeCanvas.fitToWindow = fitToWindow.isSelected();
 482     repaint();
 483   }
 484
 485   /**
 486    * sort the associated alignment view by the current tree.
 487    *
 488    * @param e
 489    */
 490   @Override
 491   public void sortByTree_actionPerformed()
 492   {
 493
 494     if (treeCanvas.applyToAllViews)
 495     {
 496       final ArrayList<CommandI> commands = new ArrayList<>();
 497       for (AlignmentPanel ap : PaintRefresher
 498               .getAssociatedPanels(av.getSequenceSetId()))
 499       {
 500         commands.add(sortAlignmentIn(ap.av.getAlignPanel()));
 501       }
 502       av.getAlignPanel().alignFrame.addHistoryItem(new CommandI()
 503       {
 504
 505         @Override
 506         public void undoCommand(AlignmentI[] views)
 507         {
 508           for (CommandI tsort : commands)
 509           {
 510             tsort.undoCommand(views);
 511           }
 512         }
 513
 514         @Override
 515         public int getSize()
 516         {
 517           return commands.size();
 518         }
 519
 520         @Override
 521         public String getDescription()
 522         {
 523           return "Tree Sort (many views)";
 524         }
 525
 526         @Override
 527         public void doCommand(AlignmentI[] views)
 528         {
 529
 530           for (CommandI tsort : commands)
 531           {
 532             tsort.doCommand(views);
 533           }
 534         }
 535       });
 536       for (AlignmentPanel ap : PaintRefresher
 537               .getAssociatedPanels(av.getSequenceSetId()))
 538       {
 539         // ensure all the alignFrames refresh their GI after adding an undo item
 540         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();
 541       }
 542     }
 543     else
 544     {
 545       treeCanvas.ap.alignFrame
 546               .addHistoryItem(sortAlignmentIn(treeCanvas.ap));
 547     }
 548
 549   }
 550
 551   public CommandI sortAlignmentIn(AlignmentPanel ap)
 552   {
 553     // TODO: move to alignment view controller
 554     AlignmentViewport viewport = ap.av;
 555     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();
 556     AlignmentSorter.sortByTree(viewport.getAlignment(), tree);
 557     CommandI undo;
 558     undo = new OrderCommand("Tree Sort", oldOrder, viewport.getAlignment());
 559
 560     ap.paintAlignment(true, false);
 561     return undo;
 562   }
 563
 564   /**
 565    * DOCUMENT ME!
 566    *
 567    * @param e
 568    *          DOCUMENT ME!
 569    */
 570   @Override
 571   public void font_actionPerformed(ActionEvent e)
 572   {
 573     if (treeCanvas == null)
 574     {
 575       return;
 576     }
 577
 578     new FontChooser(this);
 579   }
 580
 581   public Font getTreeFont()
 582   {
 583     return treeCanvas.font;
 584   }
 585
 586   public void setTreeFont(Font f)
 587   {
 588     if (treeCanvas != null)
 589     {
 590       treeCanvas.setFont(f);
 591     }
 592   }
 593
 594   /**
 595    * DOCUMENT ME!
 596    *
 597    * @param e
 598    *          DOCUMENT ME!
 599    */
 600   @Override
 601   public void distanceMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 602   {
 603     treeCanvas.setShowDistances(distanceMenu.isSelected());
 604   }
 605
 606   /**
 607    * DOCUMENT ME!
 608    *
 609    * @param e
 610    *          DOCUMENT ME!
 611    */
 612   @Override
 613   public void bootstrapMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 614   {
 615     treeCanvas.setShowBootstrap(bootstrapMenu.isSelected());
 616   }
 617
 618   /**
 619    * DOCUMENT ME!
 620    *
 621    * @param e
 622    *          DOCUMENT ME!
 623    */
 624   @Override
 625   public void placeholdersMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 626   {
 627     treeCanvas.setMarkPlaceholders(placeholdersMenu.isSelected());
 628   }
 629
 630   /**
 631    * DOCUMENT ME!
 632    *
 633    * @param e
 634    *          DOCUMENT ME!
 635    */
 636   @Override
 637   public void epsTree_actionPerformed(ActionEvent e)
 638   {
 639     boolean accurateText = true;
 640
 641     String renderStyle = jalview.bin.Cache.getDefault("EPS_RENDERING",
 642             "Prompt each time");
 643
 644     // If we need to prompt, and if the GUI is visible then
 645     // Prompt for EPS rendering style
 646     if (renderStyle.equalsIgnoreCase("Prompt each time")
 647             && !(System.getProperty("java.awt.headless") != null && System
 648                     .getProperty("java.awt.headless").equals("true")))
 649     {
 650       EPSOptions eps = new EPSOptions();
 651       renderStyle = eps.getValue();
 652
 653       if (renderStyle == null || eps.cancelled)
 654       {
 655         return;
 656       }
 657
 658     }
 659
 660     if (renderStyle.equalsIgnoreCase("text"))
 661     {
 662       accurateText = false;
 663     }
 664
 665     int width = treeCanvas.getWidth();
 666     int height = treeCanvas.getHeight();
 667
 668     try
 669     {
 670       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 671               ImageMaker.EPS_EXTENSION, ImageMaker.EPS_EXTENSION);
 672       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 673       chooser.setDialogTitle(
 674               MessageManager.getString("label.create_eps_from_tree"));
 675       chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 676
 677       int value = chooser.showSaveDialog(this);
 678
 679       if (value != JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 680       {
 681         return;
 682       }
 683
 684       Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 685               chooser.getSelectedFile().getParent());
 686
 687       FileOutputStream out = new FileOutputStream(
 688               chooser.getSelectedFile());
 689       EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Tree", out, 0, 0, width,
 690               height);
 691
 692       pg.setAccurateTextMode(accurateText);
 693
 694       treeCanvas.draw(pg, width, height);
 695
 696       pg.flush();
 697       pg.close();
 698     } catch (Exception ex)
 699     {
 700       ex.printStackTrace();
 701     }
 702   }
 703
 704   /**
 705    * DOCUMENT ME!
 706    *
 707    * @param e
 708    *          DOCUMENT ME!
 709    */
 710   @Override
 711   public void pngTree_actionPerformed(ActionEvent e)
 712   {
 713     int width = treeCanvas.getWidth();
 714     int height = treeCanvas.getHeight();
 715
 716     try
 717     {
 718       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 719               ImageMaker.PNG_EXTENSION, ImageMaker.PNG_DESCRIPTION);
 720
 721       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 722       chooser.setDialogTitle(
 723               MessageManager.getString("label.create_png_from_tree"));
 724       chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 725
 726       int value = chooser.showSaveDialog(this);
 727
 728       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 729       {
 730         return;
 731       }
 732
 733       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 734               chooser.getSelectedFile().getParent());
 735
 736       FileOutputStream out = new FileOutputStream(
 737               chooser.getSelectedFile());
 738
 739       BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height,
 740               BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 741       Graphics png = bi.getGraphics();
 742
 743       treeCanvas.draw(png, width, height);
 744
 745       ImageIO.write(bi, "png", out);
 746       out.close();
 747     } catch (Exception ex)
 748     {
 749       ex.printStackTrace();
 750     }
 751   }
 752
 753   /**
 754    * change node labels to the annotation referred to by labelClass TODO:
 755    * promote to a datamodel modification that can be undone TODO: make argument
 756    * one case of a generic transformation function ie { undoStep = apply(Tree,
 757    * TransformFunction)};
 758    *
 759    * @param labelClass
 760    */
 761   public void changeNames(final String labelClass)
 762   {
 763     tree.applyToNodes(new NodeTransformI()
 764     {
 765
 766       @Override
 767       public void transform(BinaryNode node)
 768       {
 769         if (node instanceof SequenceNode
 770                 && !((SequenceNode) node).isPlaceholder()
 771                 && !((SequenceNode) node).isDummy())
 772         {
 773           String newname = null;
 774           SequenceI sq = (SequenceI) ((SequenceNode) node).element();
 775           if (sq != null)
 776           {
 777             // search dbrefs, features and annotation
 778             DBRefEntry[] refs = jalview.util.DBRefUtils
 779                     .selectRefs(sq.getDBRefs(), new String[]
 780                     { labelClass.toUpperCase() });
 781             if (refs != null)
 782             {
 783               for (int i = 0; i < refs.length; i++)
 784               {
 785                 if (newname == null)
 786                 {
 787                   newname = new String(refs[i].getAccessionId());
 788                 }
 789                 else
 790                 {
 791                   newname = newname + "; " + refs[i].getAccessionId();
 792                 }
 793               }
 794             }
 795             if (newname == null)
 796             {
 797               List<SequenceFeature> features = sq.getFeatures()
 798                       .getPositionalFeatures(labelClass);
 799               for (SequenceFeature feature : features)
 800               {
 801                 if (newname == null)
 802                 {
 803                   newname = feature.getDescription();
 804                 }
 805                 else
 806                 {
 807                   newname = newname + "; " + feature.getDescription();
 808                 }
 809               }
 810             }
 811           }
 812           if (newname != null)
 813           {
 814             // String oldname = ((SequenceNode) node).getName();
 815             // TODO : save oldname in the undo object for this modification.
 816             ((SequenceNode) node).setName(newname);
 817           }
 818         }
 819       }
 820     });
 821   }
 822
 823   /**
 824    * Formats a localised title for the tree panel, like
 825    * <p>
 826    * Neighbour Joining Using BLOSUM62
 827    * <p>
 828    * For a tree loaded from file, just uses the file name
 829    *
 830    * @return
 831    */
 832   public String getPanelTitle()
 833   {
 834     if (treeTitle != null)
 835     {
 836       return treeTitle;
 837     }
 838
 839     /*
 840      * i18n description of Neighbour Joining or Average Distance method
 841      */
 842     String treecalcnm = MessageManager
 843             .getString("label.tree_calc_" + treeType.toLowerCase());
 844
 845     /*
 846      * short score model name (long description can be too long)
 847      */
 848     String smn = scoreModelName;
 849
 850     /*
 851      * put them together as <method> Using <model>
 852      */
 853     final String ttl = MessageManager.formatMessage("label.treecalc_title",
 854             treecalcnm, smn);
 855     return ttl;
 856   }
 857 }