src/jalview/gui/TreePanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.io.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.jbgui.*;\r
  28 \r
  29 import org.jibble.epsgraphics.*;\r
  30 \r
  31 import java.awt.*;\r
  32 import java.awt.event.*;\r
  33 import java.awt.image.*;\r
  34 \r
  35 import java.io.*;\r
  36 \r
  37 import java.util.*;\r
  38 \r
  39 import javax.imageio.*;\r
  40 \r
  41 import javax.swing.*;\r
  42 import java.beans.PropertyChangeEvent;\r
  43 \r
  44 \r
  45 /**\r
  46  * DOCUMENT ME!\r
  47  *\r
  48  * @author $author$\r
  49  * @version $Revision$\r
  50  */\r
  51 public class TreePanel extends GTreePanel\r
  52 {\r
  53     SequenceI[] seq;\r
  54     String type;\r
  55     String pwtype;\r
  56     int start;\r
  57     int end;\r
  58     TreeCanvas treeCanvas;\r
  59     NJTree tree;\r
  60 \r
  61     /**\r
  62      * Creates a new TreePanel object.\r
  63      *\r
  64      * @param av DOCUMENT ME!\r
  65      * @param seqVector DOCUMENT ME!\r
  66      * @param type DOCUMENT ME!\r
  67      * @param pwtype DOCUMENT ME!\r
  68      * @param s DOCUMENT ME!\r
  69      * @param e DOCUMENT ME!\r
  70      */\r
  71     public TreePanel(AlignViewport av, Vector seqVector, String type,\r
  72                      String pwtype, int s, int e)\r
  73     {\r
  74       super();\r
  75       initTreePanel(av, seqVector, type, pwtype, s, e, null);\r
  76 \r
  77       // We know this tree has distances. JBPNote TODO: prolly should add this as a userdefined default\r
  78       treeCanvas.setShowDistances(true);\r
  79     }\r
  80 \r
  81     /**\r
  82      * Creates a new TreePanel object.\r
  83      *\r
  84      * @param av DOCUMENT ME!\r
  85      * @param seqVector DOCUMENT ME!\r
  86      * @param newtree DOCUMENT ME!\r
  87      * @param type DOCUMENT ME!\r
  88      * @param pwtype DOCUMENT ME!\r
  89      */\r
  90     public TreePanel(AlignViewport av, Vector seqVector, NewickFile newtree,\r
  91                      String type, String pwtype)\r
  92     {\r
  93       super();\r
  94       initTreePanel(av, seqVector, type, pwtype, 0, seqVector.size(), newtree);\r
  95     }\r
  96 \r
  97 \r
  98     void initTreePanel(AlignViewport av, Vector seqVector, String type,\r
  99                        String pwtype, int s, int e, NewickFile newTree)\r
 100     {\r
 101 \r
 102       this.type = type;\r
 103       this.pwtype = pwtype;\r
 104 \r
 105       start = s;\r
 106       end = e;\r
 107 \r
 108       seq = new Sequence[seqVector.size()];\r
 109       seqVector.toArray(seq);\r
 110 \r
 111 \r
 112       treeCanvas = new TreeCanvas(av, scrollPane);\r
 113       scrollPane.setViewportView(treeCanvas);\r
 114 \r
 115       av.addPropertyChangeListener(new java.beans.PropertyChangeListener()\r
 116       {\r
 117         public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)\r
 118         {\r
 119           if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))\r
 120           {\r
 121             if(tree==null)\r
 122               System.out.println("tree is null");\r
 123             if(evt.getNewValue()==null)\r
 124               System.out.println("new value is null");\r
 125 \r
 126             tree.UpdatePlaceHolders( (Vector) evt.getNewValue());\r
 127 \r
 128             repaint();\r
 129           }\r
 130         }\r
 131       });\r
 132 \r
 133 \r
 134       TreeLoader tl = new TreeLoader(newTree);\r
 135       tl.start();\r
 136 \r
 137     }\r
 138 \r
 139     class TreeLoader extends Thread\r
 140     {\r
 141       NewickFile newtree;\r
 142 \r
 143       public TreeLoader(NewickFile newtree)\r
 144       {\r
 145         this.newtree = newtree;\r
 146       }\r
 147 \r
 148       public void run()\r
 149       {\r
 150         if(newtree!=null)\r
 151           tree = new NJTree(seq, newtree);\r
 152         else\r
 153           tree = new NJTree(seq, type, pwtype, start, end);\r
 154 \r
 155         tree.reCount(tree.getTopNode());\r
 156         tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
 157         treeCanvas.setTree(tree);\r
 158         if(newtree!=null)\r
 159         {\r
 160           treeCanvas.setShowBootstrap(newtree.HasBootstrap());\r
 161           treeCanvas.setShowDistances(newtree.HasDistances());\r
 162         }\r
 163 \r
 164         setViewStateFromTreeCanvas(treeCanvas);\r
 165 \r
 166         treeCanvas.repaint();\r
 167 \r
 168       }\r
 169     }\r
 170 \r
 171 \r
 172     /**\r
 173      * DOCUMENT ME!\r
 174      *\r
 175      * @return DOCUMENT ME!\r
 176      */\r
 177     public NJTree getTree()\r
 178     {\r
 179         return tree;\r
 180     }\r
 181 \r
 182     /**\r
 183      * DOCUMENT ME!\r
 184      *\r
 185      * @param tree DOCUMENT ME!\r
 186      */\r
 187     private void setViewStateFromTreeCanvas(TreeCanvas tree)\r
 188     {\r
 189         // update view menu state from treeCanvas render state\r
 190         distanceMenu.setSelected(tree.showDistances);\r
 191         bootstrapMenu.setSelected(tree.showBootstrap);\r
 192         placeholdersMenu.setSelected(tree.markPlaceholders);\r
 193     }\r
 194 \r
 195     /**\r
 196      * DOCUMENT ME!\r
 197      *\r
 198      * @param tree DOCUMENT ME!\r
 199      */\r
 200     private void setTreeCanvasFromViewState(TreeCanvas tree)\r
 201     {\r
 202         // update view menu state from treeCanvas render state\r
 203         tree.showDistances = distanceMenu.isSelected();\r
 204         tree.showBootstrap = bootstrapMenu.isSelected();\r
 205         tree.markPlaceholders = placeholdersMenu.isSelected();\r
 206     }\r
 207 \r
 208     /**\r
 209      * DOCUMENT ME!\r
 210      *\r
 211      * @param e DOCUMENT ME!\r
 212      */\r
 213     public void textbox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 214     {\r
 215         CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();\r
 216 \r
 217         StringBuffer buffer = new StringBuffer();\r
 218 \r
 219         if (type.equals("AV"))\r
 220         {\r
 221             buffer.append("Average distance tree using ");\r
 222         }\r
 223         else\r
 224         {\r
 225             buffer.append("Neighbour joining tree using ");\r
 226         }\r
 227 \r
 228         if (pwtype.equals("BL"))\r
 229         {\r
 230             buffer.append("BLOSUM62");\r
 231         }\r
 232         else\r
 233         {\r
 234             buffer.append("PID");\r
 235         }\r
 236 \r
 237         Desktop.addInternalFrame(cap, buffer.toString(), 500, 100);\r
 238 \r
 239         jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(tree.getTopNode());\r
 240         cap.setText(fout.print(false, true));\r
 241     }\r
 242 \r
 243     /**\r
 244      * DOCUMENT ME!\r
 245      *\r
 246      * @param e DOCUMENT ME!\r
 247      */\r
 248     public void saveAsNewick_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 249     {\r
 250         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 251                     "LAST_DIRECTORY"));\r
 252         chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 253         chooser.setDialogTitle("Save tree as newick file");\r
 254         chooser.setToolTipText("Save");\r
 255 \r
 256         int value = chooser.showSaveDialog(null);\r
 257 \r
 258         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 259         {\r
 260             String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
 261             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 262                 chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 263 \r
 264             try\r
 265             {\r
 266                 jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(tree.getTopNode());\r
 267                 String output = fout.print(false, true); // distances only\r
 268                 java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(new java.io.FileWriter(\r
 269                             choice));\r
 270                 out.println(output);\r
 271                 out.close();\r
 272             }\r
 273             catch (Exception ex)\r
 274             {\r
 275                 ex.printStackTrace();\r
 276             }\r
 277         }\r
 278     }\r
 279 \r
 280     /**\r
 281      * DOCUMENT ME!\r
 282      *\r
 283      * @param e DOCUMENT ME!\r
 284      */\r
 285     public void printMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 286     {\r
 287         //Putting in a thread avoids Swing painting problems\r
 288         treeCanvas.startPrinting();\r
 289     }\r
 290 \r
 291     /**\r
 292      * DOCUMENT ME!\r
 293      *\r
 294      * @param e DOCUMENT ME!\r
 295      */\r
 296     public void fitToWindow_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 297     {\r
 298         treeCanvas.fitToWindow = fitToWindow.isSelected();\r
 299         repaint();\r
 300     }\r
 301 \r
 302     /**\r
 303      * DOCUMENT ME!\r
 304      *\r
 305      * @param e DOCUMENT ME!\r
 306      */\r
 307     public void fontSize_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 308     {\r
 309         if (treeCanvas == null)\r
 310         {\r
 311             return;\r
 312         }\r
 313 \r
 314         String size = fontSize.getText().substring(fontSize.getText().indexOf("-") +\r
 315                 1);\r
 316 \r
 317         Object selection = JOptionPane.showInternalInputDialog(Desktop.desktop,\r
 318                 "Select font size", "Font size", JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,\r
 319                 null,\r
 320                 new String[]\r
 321                 {\r
 322                     "1", "2", "4", "6", "8", "10", "12", "14", "16", "18", "20"\r
 323                 }, "Font Size - " + size);\r
 324 \r
 325         if (selection != null)\r
 326         {\r
 327             fontSize.setText("Font Size - " + selection);\r
 328 \r
 329             int i = Integer.parseInt(selection.toString());\r
 330             treeCanvas.setFontSize(i);\r
 331         }\r
 332 \r
 333         scrollPane.setViewportView(treeCanvas);\r
 334     }\r
 335 \r
 336     /**\r
 337      * DOCUMENT ME!\r
 338      *\r
 339      * @param e DOCUMENT ME!\r
 340      */\r
 341     public void distanceMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 342     {\r
 343         treeCanvas.setShowDistances(distanceMenu.isSelected());\r
 344     }\r
 345 \r
 346     /**\r
 347      * DOCUMENT ME!\r
 348      *\r
 349      * @param e DOCUMENT ME!\r
 350      */\r
 351     public void bootstrapMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 352     {\r
 353         treeCanvas.setShowBootstrap(bootstrapMenu.isSelected());\r
 354     }\r
 355 \r
 356     /**\r
 357      * DOCUMENT ME!\r
 358      *\r
 359      * @param e DOCUMENT ME!\r
 360      */\r
 361     public void placeholdersMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 362     {\r
 363         treeCanvas.setMarkPlaceholders(placeholdersMenu.isSelected());\r
 364     }\r
 365 \r
 366     /**\r
 367      * DOCUMENT ME!\r
 368      *\r
 369      * @param e DOCUMENT ME!\r
 370      */\r
 371     public void epsTree_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 372     {\r
 373         int width = treeCanvas.getWidth();\r
 374         int height = treeCanvas.getHeight();\r
 375 \r
 376         try\r
 377         {\r
 378             jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 379                         "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "eps" },\r
 380                     new String[] { "Encapsulated Postscript" },\r
 381                     "Encapsulated Postscript");\r
 382             chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 383             chooser.setDialogTitle("Create EPS file from tree");\r
 384             chooser.setToolTipText("Save");\r
 385 \r
 386             int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 387 \r
 388             if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 389             {\r
 390                 return;\r
 391             }\r
 392 \r
 393             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 394                 chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 395 \r
 396             FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 397             EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Tree", out, 0, 0, width,\r
 398                     height);\r
 399 \r
 400             treeCanvas.draw(pg, width, height);\r
 401 \r
 402             pg.flush();\r
 403             pg.close();\r
 404         }\r
 405         catch (Exception ex)\r
 406         {\r
 407             ex.printStackTrace();\r
 408         }\r
 409     }\r
 410 \r
 411     /**\r
 412      * DOCUMENT ME!\r
 413      *\r
 414      * @param e DOCUMENT ME!\r
 415      */\r
 416     public void pngTree_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 417     {\r
 418         int width = treeCanvas.getWidth();\r
 419         int height = treeCanvas.getHeight();\r
 420 \r
 421         try\r
 422         {\r
 423             jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 424                         "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "png" },\r
 425                     new String[] { "Portable network graphics" },\r
 426                     "Portable network graphics");\r
 427 \r
 428             chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 429             chooser.setDialogTitle("Create PNG image from tree");\r
 430             chooser.setToolTipText("Save");\r
 431 \r
 432             int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 433 \r
 434             if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 435             {\r
 436                 return;\r
 437             }\r
 438 \r
 439             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 440                 chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 441 \r
 442             FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 443 \r
 444             BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height,\r
 445                     BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 446             Graphics png = bi.getGraphics();\r
 447 \r
 448             treeCanvas.draw(png, width, height);\r
 449 \r
 450             ImageIO.write(bi, "png", out);\r
 451             out.close();\r
 452         }\r
 453         catch (Exception ex)\r
 454         {\r
 455             ex.printStackTrace();\r
 456         }\r
 457     }\r
 458 }\r