src/jalview/gui/TreePanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.io.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.jbgui.*;\r
  28 \r
  29 import org.jibble.epsgraphics.*;\r
  30 \r
  31 import java.awt.*;\r
  32 import java.awt.event.*;\r
  33 import java.awt.image.*;\r
  34 \r
  35 import java.io.*;\r
  36 \r
  37 import java.util.*;\r
  38 \r
  39 import javax.imageio.*;\r
  40 \r
  41 import javax.swing.*;\r
  42 \r
  43 \r
  44 /**\r
  45  * DOCUMENT ME!\r
  46  *\r
  47  * @author $author$\r
  48  * @version $Revision$\r
  49  */\r
  50 public class TreePanel extends GTreePanel\r
  51 {\r
  52     SequenceI[] seq;\r
  53     String type;\r
  54     String pwtype;\r
  55     int start;\r
  56     int end;\r
  57     TreeCanvas treeCanvas;\r
  58     NJTree tree;\r
  59 \r
  60     /**\r
  61      * Creates a new TreePanel object.\r
  62      *\r
  63      * @param av DOCUMENT ME!\r
  64      * @param seqVector DOCUMENT ME!\r
  65      * @param type DOCUMENT ME!\r
  66      * @param pwtype DOCUMENT ME!\r
  67      * @param s DOCUMENT ME!\r
  68      * @param e DOCUMENT ME!\r
  69      */\r
  70     public TreePanel(AlignViewport av, Vector seqVector, String type,\r
  71                      String pwtype, int s, int e)\r
  72     {\r
  73       super();\r
  74       initTreePanel(av, seqVector, type, pwtype, s, e, null);\r
  75 \r
  76       // We know this tree has distances. JBPNote TODO: prolly should add this as a userdefined default\r
  77       treeCanvas.setShowDistances(true);\r
  78     }\r
  79 \r
  80     /**\r
  81      * Creates a new TreePanel object.\r
  82      *\r
  83      * @param av DOCUMENT ME!\r
  84      * @param seqVector DOCUMENT ME!\r
  85      * @param newtree DOCUMENT ME!\r
  86      * @param type DOCUMENT ME!\r
  87      * @param pwtype DOCUMENT ME!\r
  88      */\r
  89     public TreePanel(AlignViewport av, Vector seqVector, NewickFile newtree,\r
  90                      String type, String pwtype)\r
  91     {\r
  92       super();\r
  93       initTreePanel(av, seqVector, type, pwtype, 0, seqVector.size(), newtree);\r
  94     }\r
  95 \r
  96 \r
  97     void initTreePanel(AlignViewport av, Vector seqVector, String type,\r
  98                        String pwtype, int s, int e, NewickFile newTree)\r
  99     {\r
 100 \r
 101       this.type = type;\r
 102       this.pwtype = pwtype;\r
 103 \r
 104       start = s;\r
 105       end = e;\r
 106 \r
 107       seq = new Sequence[seqVector.size()];\r
 108       seqVector.toArray(seq);\r
 109 \r
 110 \r
 111       treeCanvas = new TreeCanvas(av, scrollPane);\r
 112       scrollPane.setViewportView(treeCanvas);\r
 113 \r
 114       TreeLoader tl = new TreeLoader(newTree);\r
 115       tl.start();\r
 116 \r
 117     }\r
 118 \r
 119     class TreeLoader extends Thread\r
 120     {\r
 121       NewickFile newtree;\r
 122 \r
 123       public TreeLoader(NewickFile newtree)\r
 124       {\r
 125         this.newtree = newtree;\r
 126       }\r
 127 \r
 128       public void run()\r
 129       {\r
 130         NJTree tree;\r
 131         if(newtree!=null)\r
 132           tree = new NJTree(seq, newtree);\r
 133         else\r
 134           tree = new NJTree(seq, type, pwtype, start, end);\r
 135 \r
 136         tree.reCount(tree.getTopNode());\r
 137         tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
 138         treeCanvas.setTree(tree);\r
 139         if(newtree!=null)\r
 140         {\r
 141           treeCanvas.setShowBootstrap(newtree.HasBootstrap());\r
 142           treeCanvas.setShowDistances(newtree.HasDistances());\r
 143         }\r
 144 \r
 145         setViewStateFromTreeCanvas(treeCanvas);\r
 146 \r
 147         treeCanvas.repaint();\r
 148 \r
 149       }\r
 150     }\r
 151 \r
 152 \r
 153     /**\r
 154      * DOCUMENT ME!\r
 155      *\r
 156      * @return DOCUMENT ME!\r
 157      */\r
 158     public NJTree getTree()\r
 159     {\r
 160         return tree;\r
 161     }\r
 162 \r
 163     /**\r
 164      * DOCUMENT ME!\r
 165      *\r
 166      * @param tree DOCUMENT ME!\r
 167      */\r
 168     private void setViewStateFromTreeCanvas(TreeCanvas tree)\r
 169     {\r
 170         // update view menu state from treeCanvas render state\r
 171         distanceMenu.setSelected(tree.showDistances);\r
 172         bootstrapMenu.setSelected(tree.showBootstrap);\r
 173         placeholdersMenu.setSelected(tree.markPlaceholders);\r
 174     }\r
 175 \r
 176     /**\r
 177      * DOCUMENT ME!\r
 178      *\r
 179      * @param tree DOCUMENT ME!\r
 180      */\r
 181     private void setTreeCanvasFromViewState(TreeCanvas tree)\r
 182     {\r
 183         // update view menu state from treeCanvas render state\r
 184         tree.showDistances = distanceMenu.isSelected();\r
 185         tree.showBootstrap = bootstrapMenu.isSelected();\r
 186         tree.markPlaceholders = placeholdersMenu.isSelected();\r
 187     }\r
 188 \r
 189     /**\r
 190      * DOCUMENT ME!\r
 191      *\r
 192      * @param e DOCUMENT ME!\r
 193      */\r
 194     public void textbox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 195     {\r
 196         CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();\r
 197 \r
 198         StringBuffer buffer = new StringBuffer();\r
 199 \r
 200         if (type.equals("AV"))\r
 201         {\r
 202             buffer.append("Average distance tree using ");\r
 203         }\r
 204         else\r
 205         {\r
 206             buffer.append("Neighbour joining tree using ");\r
 207         }\r
 208 \r
 209         if (pwtype.equals("BL"))\r
 210         {\r
 211             buffer.append("BLOSUM62");\r
 212         }\r
 213         else\r
 214         {\r
 215             buffer.append("PID");\r
 216         }\r
 217 \r
 218         Desktop.addInternalFrame(cap, buffer.toString(), 500, 100);\r
 219 \r
 220         jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(tree.getTopNode());\r
 221         cap.setText(fout.print(false, true));\r
 222     }\r
 223 \r
 224     /**\r
 225      * DOCUMENT ME!\r
 226      *\r
 227      * @param e DOCUMENT ME!\r
 228      */\r
 229     public void saveAsNewick_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 230     {\r
 231         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 232                     "LAST_DIRECTORY"));\r
 233         chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 234         chooser.setDialogTitle("Save tree as newick file");\r
 235         chooser.setToolTipText("Save");\r
 236 \r
 237         int value = chooser.showSaveDialog(null);\r
 238 \r
 239         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 240         {\r
 241             String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
 242             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 243                 chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 244 \r
 245             try\r
 246             {\r
 247                 jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(tree.getTopNode());\r
 248                 String output = fout.print(false, true); // distances only\r
 249                 java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(new java.io.FileWriter(\r
 250                             choice));\r
 251                 out.println(output);\r
 252                 out.close();\r
 253             }\r
 254             catch (Exception ex)\r
 255             {\r
 256                 ex.printStackTrace();\r
 257             }\r
 258         }\r
 259     }\r
 260 \r
 261     /**\r
 262      * DOCUMENT ME!\r
 263      *\r
 264      * @param e DOCUMENT ME!\r
 265      */\r
 266     public void printMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 267     {\r
 268         //Putting in a thread avoids Swing painting problems\r
 269         treeCanvas.startPrinting();\r
 270     }\r
 271 \r
 272     /**\r
 273      * DOCUMENT ME!\r
 274      *\r
 275      * @param e DOCUMENT ME!\r
 276      */\r
 277     public void fitToWindow_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 278     {\r
 279         treeCanvas.fitToWindow = fitToWindow.isSelected();\r
 280         repaint();\r
 281     }\r
 282 \r
 283     /**\r
 284      * DOCUMENT ME!\r
 285      *\r
 286      * @param e DOCUMENT ME!\r
 287      */\r
 288     public void fontSize_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 289     {\r
 290         if (treeCanvas == null)\r
 291         {\r
 292             return;\r
 293         }\r
 294 \r
 295         String size = fontSize.getText().substring(fontSize.getText().indexOf("-") +\r
 296                 1);\r
 297 \r
 298         Object selection = JOptionPane.showInternalInputDialog(Desktop.desktop,\r
 299                 "Select font size", "Font size", JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,\r
 300                 null,\r
 301                 new String[]\r
 302                 {\r
 303                     "1", "2", "4", "6", "8", "10", "12", "14", "16", "18", "20"\r
 304                 }, "Font Size - " + size);\r
 305 \r
 306         if (selection != null)\r
 307         {\r
 308             fontSize.setText("Font Size - " + selection);\r
 309 \r
 310             int i = Integer.parseInt(selection.toString());\r
 311             treeCanvas.setFontSize(i);\r
 312         }\r
 313 \r
 314         scrollPane.setViewportView(treeCanvas);\r
 315     }\r
 316 \r
 317     /**\r
 318      * DOCUMENT ME!\r
 319      *\r
 320      * @param e DOCUMENT ME!\r
 321      */\r
 322     public void distanceMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 323     {\r
 324         treeCanvas.setShowDistances(distanceMenu.isSelected());\r
 325     }\r
 326 \r
 327     /**\r
 328      * DOCUMENT ME!\r
 329      *\r
 330      * @param e DOCUMENT ME!\r
 331      */\r
 332     public void bootstrapMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 333     {\r
 334         treeCanvas.setShowBootstrap(bootstrapMenu.isSelected());\r
 335     }\r
 336 \r
 337     /**\r
 338      * DOCUMENT ME!\r
 339      *\r
 340      * @param e DOCUMENT ME!\r
 341      */\r
 342     public void placeholdersMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 343     {\r
 344         treeCanvas.setMarkPlaceholders(placeholdersMenu.isSelected());\r
 345     }\r
 346 \r
 347     /**\r
 348      * DOCUMENT ME!\r
 349      *\r
 350      * @param e DOCUMENT ME!\r
 351      */\r
 352     public void epsTree_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 353     {\r
 354         int width = treeCanvas.getWidth();\r
 355         int height = treeCanvas.getHeight();\r
 356 \r
 357         try\r
 358         {\r
 359             jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 360                         "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "eps" },\r
 361                     new String[] { "Encapsulated Postscript" },\r
 362                     "Encapsulated Postscript");\r
 363             chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 364             chooser.setDialogTitle("Create EPS file from tree");\r
 365             chooser.setToolTipText("Save");\r
 366 \r
 367             int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 368 \r
 369             if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 370             {\r
 371                 return;\r
 372             }\r
 373 \r
 374             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 375                 chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 376 \r
 377             FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 378             EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Tree", out, 0, 0, width,\r
 379                     height);\r
 380 \r
 381             treeCanvas.draw(pg, width, height);\r
 382 \r
 383             pg.flush();\r
 384             pg.close();\r
 385         }\r
 386         catch (Exception ex)\r
 387         {\r
 388             ex.printStackTrace();\r
 389         }\r
 390     }\r
 391 \r
 392     /**\r
 393      * DOCUMENT ME!\r
 394      *\r
 395      * @param e DOCUMENT ME!\r
 396      */\r
 397     public void pngTree_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 398     {\r
 399         int width = treeCanvas.getWidth();\r
 400         int height = treeCanvas.getHeight();\r
 401 \r
 402         try\r
 403         {\r
 404             jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 405                         "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "png" },\r
 406                     new String[] { "Portable network graphics" },\r
 407                     "Portable network graphics");\r
 408 \r
 409             chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 410             chooser.setDialogTitle("Create PNG image from tree");\r
 411             chooser.setToolTipText("Save");\r
 412 \r
 413             int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 414 \r
 415             if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 416             {\r
 417                 return;\r
 418             }\r
 419 \r
 420             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 421                 chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 422 \r
 423             FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 424 \r
 425             BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height,\r
 426                     BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 427             Graphics png = bi.getGraphics();\r
 428 \r
 429             treeCanvas.draw(png, width, height);\r
 430 \r
 431             ImageIO.write(bi, "png", out);\r
 432             out.close();\r
 433         }\r
 434         catch (Exception ex)\r
 435         {\r
 436             ex.printStackTrace();\r
 437         }\r
 438     }\r
 439 }\r