src/jalview/gui/UserDefinedColours.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 import java.awt.*;
  25 import java.awt.event.*;
  26 import javax.swing.*;
  27 import javax.swing.event.*;
  28
  29 import jalview.datamodel.*;
  30 import jalview.io.*;
  31 import jalview.jbgui.*;
  32 import jalview.schemes.*;
  33
  34 /**
  35  * DOCUMENT ME!
  36  *
  37  * @author $author$
  38  * @version $Revision$
  39  */
  40 public class UserDefinedColours extends GUserDefinedColours implements
  41         ChangeListener
  42 {
  43   AlignmentPanel ap;
  44
  45   SequenceGroup seqGroup;
  46
  47   Vector selectedButtons;
  48
  49   ColourSchemeI oldColourScheme;
  50
  51   JInternalFrame frame;
  52
  53   AppJmol jmol;
  54
  55   Vector upperCaseButtons;
  56
  57   Vector lowerCaseButtons;
  58
  59   /**
  60    * Creates a new UserDefinedColours object.
  61    *
  62    * @param ap
  63    *                DOCUMENT ME!
  64    * @param sg
  65    *                DOCUMENT ME!
  66    */
  67   public UserDefinedColours(AlignmentPanel ap, SequenceGroup sg)
  68   {
  69     super();
  70
  71     lcaseColour.setEnabled(false);
  72
  73     this.ap = ap;
  74     seqGroup = sg;
  75
  76     if (seqGroup != null)
  77     {
  78       oldColourScheme = seqGroup.cs;
  79     }
  80     else
  81     {
  82       oldColourScheme = ap.av.getGlobalColourScheme();
  83     }
  84
  85     if (oldColourScheme instanceof UserColourScheme)
  86     {
  87       schemeName.setText(((UserColourScheme) oldColourScheme).getName());
  88       if (((UserColourScheme) oldColourScheme).getLowerCaseColours() != null)
  89       {
  90         caseSensitive.setSelected(true);
  91         lcaseColour.setEnabled(true);
  92         resetButtonPanel(true);
  93       }
  94       else
  95       {
  96         resetButtonPanel(false);
  97       }
  98     }
  99     else
 100     {
 101       resetButtonPanel(false);
 102     }
 103
 104     showFrame();
 105   }
 106
 107   public UserDefinedColours(AppJmol jmol, ColourSchemeI oldcs)
 108   {
 109     super();
 110     this.jmol = jmol;
 111
 112     colorChooser.getSelectionModel().addChangeListener(this);
 113
 114     oldColourScheme = oldcs;
 115
 116     if (oldColourScheme instanceof UserColourScheme)
 117     {
 118       schemeName.setText(((UserColourScheme) oldColourScheme).getName());
 119     }
 120
 121     resetButtonPanel(false);
 122
 123     showFrame();
 124
 125   }
 126
 127   void showFrame()
 128   {
 129     colorChooser.getSelectionModel().addChangeListener(this);
 130     frame = new JInternalFrame();
 131     frame.setContentPane(this);
 132     Desktop.addInternalFrame(frame, "User Defined Colours", 720, 370, true);
 133
 134     if (seqGroup != null)
 135     {
 136       frame.setTitle(frame.getTitle() + " (" + seqGroup.getName() + ")");
 137     }
 138
 139     if (new jalview.util.Platform().isAMac())
 140     {
 141       frame.setSize(760, 370);
 142     }
 143   }
 144
 145   void resetButtonPanel(boolean caseSensitive)
 146   {
 147     buttonPanel.removeAll();
 148
 149     if (upperCaseButtons == null)
 150     {
 151       upperCaseButtons = new Vector();
 152     }
 153
 154     JButton button;
 155     String label;
 156     for (int i = 0; i < 20; i++)
 157     {
 158       if (caseSensitive)
 159       {
 160         label = ResidueProperties.aa[i];
 161       }
 162       else
 163       {
 164         label = ResidueProperties.aa2Triplet.get(ResidueProperties.aa[i])
 165                 .toString();
 166       }
 167
 168       button = makeButton(label, ResidueProperties.aa[i], upperCaseButtons,
 169               i);
 170
 171       buttonPanel.add(button);
 172     }
 173
 174     buttonPanel.add(makeButton("B", "B", upperCaseButtons, 20));
 175     buttonPanel.add(makeButton("Z", "Z", upperCaseButtons, 21));
 176     buttonPanel.add(makeButton("X", "X", upperCaseButtons, 22));
 177     buttonPanel.add(makeButton("Gap", "-", upperCaseButtons, 23));
 178
 179     if (!caseSensitive)
 180     {
 181       gridLayout.setRows(6);
 182       gridLayout.setColumns(4);
 183     }
 184     else
 185     {
 186       gridLayout.setRows(7);
 187       int cols = 7;
 188       gridLayout.setColumns(cols + 1);
 189
 190       if (lowerCaseButtons == null)
 191       {
 192         lowerCaseButtons = new Vector();
 193       }
 194
 195       for (int i = 0; i < 20; i++)
 196       {
 197         int row = i / cols + 1;
 198         int index = (row * cols) + i;
 199         button = makeButton(ResidueProperties.aa[i].toLowerCase(),
 200                 ResidueProperties.aa[i].toLowerCase(), lowerCaseButtons, i);
 201
 202         buttonPanel.add(button, index);
 203       }
 204     }
 205
 206     if (caseSensitive)
 207     {
 208       buttonPanel.add(makeButton("b", "b", lowerCaseButtons, 20));
 209       buttonPanel.add(makeButton("z", "z", lowerCaseButtons, 21));
 210       buttonPanel.add(makeButton("x", "x", lowerCaseButtons, 22));
 211     }
 212
 213     buttonPanel.validate();
 214     validate();
 215   }
 216
 217   /**
 218    * DOCUMENT ME!
 219    *
 220    * @param evt
 221    *                DOCUMENT ME!
 222    */
 223   public void stateChanged(ChangeEvent evt)
 224   {
 225     if (selectedButtons != null)
 226     {
 227       JButton button = null;
 228       for (int i = 0; i < selectedButtons.size(); i++)
 229       {
 230         button = (JButton) selectedButtons.elementAt(i);
 231         button.setBackground(colorChooser.getColor());
 232         button.setForeground(button.getBackground().brighter().brighter()
 233                 .brighter());
 234       }
 235       if (button == lcaseColour)
 236       {
 237         for (int i = 0; i < lowerCaseButtons.size(); i++)
 238         {
 239           button = (JButton) lowerCaseButtons.elementAt(i);
 240           button.setBackground(colorChooser.getColor());
 241           button.setForeground(button.getBackground().brighter().brighter()
 242                   .brighter());
 243         }
 244       }
 245     }
 246   }
 247
 248   /**
 249    * DOCUMENT ME!
 250    *
 251    * @param e
 252    *                DOCUMENT ME!
 253    */
 254   public void colourButtonPressed(MouseEvent e)
 255   {
 256     if (selectedButtons == null)
 257     {
 258       selectedButtons = new Vector();
 259     }
 260
 261     JButton pressed = (JButton) e.getSource();
 262
 263     if (e.isShiftDown())
 264     {
 265       JButton start, end = (JButton) e.getSource();
 266       if (selectedButtons.size() > 0)
 267       {
 268         start = (JButton) selectedButtons
 269                 .elementAt(selectedButtons.size() - 1);
 270       }
 271       else
 272       {
 273         start = (JButton) e.getSource();
 274       }
 275
 276       int startIndex = 0, endIndex = 0;
 277       for (int b = 0; b < buttonPanel.getComponentCount(); b++)
 278       {
 279         if (buttonPanel.getComponent(b) == start)
 280         {
 281           startIndex = b;
 282         }
 283         if (buttonPanel.getComponent(b) == end)
 284         {
 285           endIndex = b;
 286         }
 287       }
 288
 289       if (startIndex > endIndex)
 290       {
 291         int temp = startIndex;
 292         startIndex = endIndex;
 293         endIndex = temp;
 294       }
 295
 296       for (int b = startIndex; b <= endIndex; b++)
 297       {
 298         JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(b);
 299         if (!selectedButtons.contains(button))
 300         {
 301           button
 302                   .setForeground(button.getBackground().brighter()
 303                           .brighter());
 304           selectedButtons.add(button);
 305         }
 306       }
 307     }
 308     else if (!e.isControlDown())
 309     {
 310       for (int b = 0; b < selectedButtons.size(); b++)
 311       {
 312         JButton button = (JButton) selectedButtons.elementAt(b);
 313         button.setForeground(button.getBackground().darker().darker());
 314       }
 315       selectedButtons.clear();
 316       pressed.setForeground(pressed.getBackground().brighter().brighter());
 317       selectedButtons.addElement(pressed);
 318
 319     }
 320     else if (e.isControlDown())
 321     {
 322       if (selectedButtons.contains(pressed))
 323       {
 324         pressed.setForeground(pressed.getBackground().darker().darker());
 325         selectedButtons.remove(pressed);
 326       }
 327       else
 328       {
 329         pressed
 330                 .setForeground(pressed.getBackground().brighter()
 331                         .brighter());
 332         selectedButtons.addElement(pressed);
 333       }
 334     }
 335
 336     if (selectedButtons.size() > 0)
 337     {
 338       colorChooser.setColor(((JButton) selectedButtons.elementAt(0))
 339               .getBackground());
 340     }
 341   }
 342
 343   /**
 344    * DOCUMENT ME!
 345    *
 346    * @param label
 347    *                DOCUMENT ME!
 348    * @param aa
 349    *                DOCUMENT ME!
 350    */
 351   JButton makeButton(String label, String aa, Vector caseSensitiveButtons,
 352           int buttonIndex)
 353   {
 354     final JButton button;
 355     Color col;
 356
 357     if (buttonIndex < caseSensitiveButtons.size())
 358     {
 359       button = (JButton) caseSensitiveButtons.elementAt(buttonIndex);
 360       col = button.getBackground();
 361     }
 362     else
 363     {
 364       button = new JButton();
 365       button.addMouseListener(new java.awt.event.MouseAdapter()
 366       {
 367         public void mouseClicked(MouseEvent e)
 368         {
 369           colourButtonPressed(e);
 370         }
 371       });
 372
 373       caseSensitiveButtons.addElement(button);
 374
 375       col = Color.white;
 376       if (oldColourScheme!=null)
 377       {
 378         try
 379         {
 380           col = oldColourScheme.findColour(aa.charAt(0), -1);
 381         } catch (Exception ex)
 382         {
 383         }
 384       }
 385     }
 386
 387     if (caseSensitive.isSelected())
 388     {
 389       button.setMargin(new java.awt.Insets(2, 2, 2, 2));
 390     }
 391     else
 392     {
 393       button.setMargin(new java.awt.Insets(2, 14, 2, 14));
 394     }
 395
 396     button.setBackground(col);
 397     button.setText(label);
 398     button.setForeground(col.darker().darker().darker());
 399     button.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.BOLD, 10));
 400
 401     return button;
 402   }
 403
 404   /**
 405    * DOCUMENT ME!
 406    *
 407    * @param e
 408    *                DOCUMENT ME!
 409    */
 410   protected void okButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 411   {
 412     applyButton_actionPerformed(null);
 413
 414     try
 415     {
 416       frame.setClosed(true);
 417     } catch (Exception ex)
 418     {
 419     }
 420   }
 421
 422   /**
 423    * DOCUMENT ME!
 424    *
 425    * @param e
 426    *                DOCUMENT ME!
 427    */
 428   protected void applyButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 429   {
 430     UserColourScheme ucs = getSchemeFromButtons();
 431     ucs.setName(schemeName.getText());
 432
 433     if (seqGroup != null)
 434     {
 435       seqGroup.cs = ucs;
 436       ap.paintAlignment(true);
 437     }
 438     else if (ap != null)
 439     {
 440       ap.alignFrame.changeColour(ucs);
 441     }
 442     else if (jmol != null)
 443     {
 444       jmol.setJalviewColourScheme(ucs);
 445     }
 446   }
 447
 448   UserColourScheme getSchemeFromButtons()
 449   {
 450
 451     Color[] newColours = new Color[24];
 452
 453     for (int i = 0; i < 24; i++)
 454     {
 455       JButton button = (JButton) upperCaseButtons.elementAt(i);
 456       newColours[i] = button.getBackground();
 457     }
 458
 459     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(newColours);
 460
 461     if (caseSensitive.isSelected())
 462     {
 463       newColours = new Color[23];
 464       for (int i = 0; i < 23; i++)
 465       {
 466         JButton button = (JButton) lowerCaseButtons.elementAt(i);
 467         newColours[i] = button.getBackground();
 468       }
 469       ucs.setLowerCaseColours(newColours);
 470     }
 471
 472     if (ap != null)
 473     {
 474       ucs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 475     }
 476
 477     return ucs;
 478   }
 479
 480   /**
 481    * DOCUMENT ME!
 482    *
 483    * @param e
 484    *                DOCUMENT ME!
 485    */
 486   protected void loadbutton_actionPerformed(ActionEvent e)
 487   {
 488     upperCaseButtons = new Vector();
 489     lowerCaseButtons = new Vector();
 490
 491     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache
 492             .getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
 493     { "jc" }, new String[]
 494     { "Jalview User Colours" }, "Jalview User Colours");
 495     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 496     chooser.setDialogTitle("Load colour scheme");
 497     chooser.setToolTipText("Load");
 498
 499     int value = chooser.showOpenDialog(this);
 500
 501     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 502     {
 503       File choice = chooser.getSelectedFile();
 504       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
 505       String defaultColours = jalview.bin.Cache.getDefault(
 506               "USER_DEFINED_COLOURS", choice.getPath());
 507       if (defaultColours.indexOf(choice.getPath()) == -1)
 508       {
 509         defaultColours = defaultColours.concat("|")
 510                 .concat(choice.getPath());
 511       }
 512
 513       jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS", defaultColours);
 514
 515       UserColourScheme ucs = loadColours(choice.getAbsolutePath());
 516       Color[] colors = ucs.getColours();
 517       schemeName.setText(ucs.getName());
 518
 519       if (ucs.getLowerCaseColours() != null)
 520       {
 521         caseSensitive.setSelected(true);
 522         lcaseColour.setEnabled(true);
 523         resetButtonPanel(true);
 524         for (int i = 0; i < lowerCaseButtons.size(); i++)
 525         {
 526           JButton button = (JButton) lowerCaseButtons.elementAt(i);
 527           button.setBackground(ucs.getLowerCaseColours()[i]);
 528         }
 529
 530       }
 531       else
 532       {
 533         caseSensitive.setSelected(false);
 534         lcaseColour.setEnabled(false);
 535         resetButtonPanel(false);
 536       }
 537
 538       for (int i = 0; i < upperCaseButtons.size(); i++)
 539       {
 540         JButton button = (JButton) upperCaseButtons.elementAt(i);
 541         button.setBackground(colors[i]);
 542       }
 543
 544     }
 545   }
 546
 547   /**
 548    * DOCUMENT ME!
 549    *
 550    * @return DOCUMENT ME!
 551    */
 552   public static UserColourScheme loadDefaultColours()
 553   {
 554     UserColourScheme ret = null;
 555
 556     String colours = jalview.bin.Cache.getProperty("USER_DEFINED_COLOURS");
 557     if (colours != null)
 558     {
 559       if (colours.indexOf("|") > -1)
 560       {
 561         colours = colours.substring(0, colours.indexOf("|"));
 562       }
 563
 564       ret = loadColours(colours);
 565     }
 566
 567     if (ret == null)
 568     {
 569       Color[] newColours = new Color[24];
 570       for (int i = 0; i < 24; i++)
 571       {
 572         newColours[i] = Color.white;
 573       }
 574       ret = new UserColourScheme(newColours);
 575     }
 576
 577     return ret;
 578   }
 579
 580   /**
 581    * DOCUMENT ME!
 582    *
 583    * @param file
 584    *                DOCUMENT ME!
 585    *
 586    * @return DOCUMENT ME!
 587    */
 588   static UserColourScheme loadColours(String file)
 589   {
 590     UserColourScheme ucs = null;
 591     Color[] newColours = null;
 592     try
 593     {
 594       InputStreamReader in = new InputStreamReader(
 595               new FileInputStream(file), "UTF-8");
 596
 597       jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours jucs = new jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours();
 598
 599       org.exolab.castor.xml.Unmarshaller unmar = new org.exolab.castor.xml.Unmarshaller(
 600               jucs);
 601       jucs = (jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours) unmar
 602               .unmarshal(in);
 603
 604       newColours = new Color[24];
 605
 606       Color[] lowerCase = null;
 607       boolean caseSensitive = false;
 608
 609       String name;
 610       int index;
 611       for (int i = 0; i < jucs.getColourCount(); i++)
 612       {
 613         name = jucs.getColour(i).getName();
 614         if (ResidueProperties.aa3Hash.containsKey(name))
 615         {
 616           index = ((Integer) ResidueProperties.aa3Hash.get(name))
 617                   .intValue();
 618         }
 619         else
 620         {
 621           index = ResidueProperties.aaIndex[name.charAt(0)];
 622         }
 623         if (index == -1)
 624         {
 625           continue;
 626         }
 627
 628         if (name.toLowerCase().equals(name))
 629         {
 630           if (lowerCase == null)
 631           {
 632             lowerCase = new Color[23];
 633           }
 634           caseSensitive = true;
 635           lowerCase[index] = new Color(Integer.parseInt(jucs.getColour(i)
 636                   .getRGB(), 16));
 637         }
 638         else
 639         {
 640           newColours[index] = new Color(Integer.parseInt(jucs.getColour(i)
 641                   .getRGB(), 16));
 642         }
 643       }
 644
 645       if (newColours != null)
 646       {
 647         ucs = new UserColourScheme(newColours);
 648         ucs.setName(jucs.getSchemeName());
 649         if (caseSensitive)
 650         {
 651           ucs.setLowerCaseColours(lowerCase);
 652         }
 653       }
 654
 655     } catch (Exception ex)
 656     {
 657       // Could be Archive Jalview format
 658       try
 659       {
 660         InputStreamReader in = new InputStreamReader(new FileInputStream(
 661                 file), "UTF-8");
 662
 663         jalview.binding.JalviewUserColours jucs = new jalview.binding.JalviewUserColours();
 664
 665         jucs = (jalview.binding.JalviewUserColours) jucs.unmarshal(in);
 666
 667         newColours = new Color[jucs.getColourCount()];
 668
 669         for (int i = 0; i < 24; i++)
 670         {
 671           newColours[i] = new Color(Integer.parseInt(jucs.getColour(i)
 672                   .getRGB(), 16));
 673         }
 674         if (newColours != null)
 675         {
 676           ucs = new UserColourScheme(newColours);
 677           ucs.setName(jucs.getSchemeName());
 678         }
 679       } catch (Exception ex2)
 680       {
 681         ex2.printStackTrace();
 682       }
 683
 684       if (newColours == null)
 685       {
 686         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);
 687       }
 688     }
 689
 690     return ucs;
 691   }
 692
 693   /**
 694    * DOCUMENT ME!
 695    *
 696    * @param e
 697    *                DOCUMENT ME!
 698    */
 699   protected void savebutton_actionPerformed(ActionEvent e)
 700   {
 701     if (schemeName.getText().trim().length() < 1)
 702     {
 703       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 704               "User colour scheme must have a name!",
 705               "No name for colour scheme", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 706       return;
 707     }
 708
 709     if (userColourSchemes != null
 710             && userColourSchemes.containsKey(schemeName.getText()))
 711     {
 712       int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
 713               "Colour scheme " + schemeName.getText() + " exists."
 714                       + "\nContinue saving colour scheme as "
 715                       + schemeName.getText() + "?",
 716               "Duplicate scheme name", JOptionPane.YES_NO_OPTION);
 717       if (reply != JOptionPane.YES_OPTION)
 718       {
 719         return;
 720       }
 721
 722       userColourSchemes.remove(schemeName.getText());
 723     }
 724     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache
 725             .getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
 726     { "jc" }, new String[]
 727     { "Jalview User Colours" }, "Jalview User Colours");
 728
 729     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 730     chooser.setDialogTitle("Save colour scheme");
 731     chooser.setToolTipText("Save");
 732
 733     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 734
 735     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 736     {
 737       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 738       String defaultColours = jalview.bin.Cache.getDefault(
 739               "USER_DEFINED_COLOURS", choice);
 740       if (defaultColours.indexOf(choice) == -1)
 741       {
 742         if (defaultColours.length() > 0)
 743         {
 744           defaultColours = defaultColours.concat("|");
 745         }
 746         defaultColours = defaultColours.concat(choice);
 747       }
 748
 749       userColourSchemes.put(schemeName.getText(), getSchemeFromButtons());
 750
 751       ap.alignFrame.updateUserColourMenu();
 752
 753       jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS", defaultColours);
 754
 755       jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours ucs = new jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours();
 756
 757       ucs.setSchemeName(schemeName.getText());
 758       try
 759       {
 760         PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 761                 new FileOutputStream(choice), "UTF-8"));
 762
 763         for (int i = 0; i < buttonPanel.getComponentCount(); i++)
 764         {
 765           JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(i);
 766           jalview.schemabinding.version2.Colour col = new jalview.schemabinding.version2.Colour();
 767           col.setName(button.getText());
 768           col.setRGB(jalview.util.Format.getHexString(button
 769                   .getBackground()));
 770           ucs.addColour(col);
 771         }
 772
 773         ucs.marshal(out);
 774         out.close();
 775       } catch (Exception ex)
 776       {
 777         ex.printStackTrace();
 778       }
 779     }
 780   }
 781
 782   /**
 783    * DOCUMENT ME!
 784    *
 785    * @param e
 786    *                DOCUMENT ME!
 787    */
 788   protected void cancelButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 789   {
 790     if (ap != null)
 791     {
 792       if (seqGroup != null)
 793       {
 794         seqGroup.cs = oldColourScheme;
 795       }
 796       else if (ap != null)
 797       {
 798         ap.av.setGlobalColourScheme(oldColourScheme);
 799       }
 800       ap.paintAlignment(true);
 801     }
 802
 803     if (jmol != null)
 804     {
 805       jmol.setJalviewColourScheme(oldColourScheme);
 806     }
 807
 808     try
 809     {
 810       frame.setClosed(true);
 811     } catch (Exception ex)
 812     {
 813     }
 814   }
 815
 816   static Hashtable userColourSchemes;
 817
 818   public static Hashtable getUserColourSchemes()
 819   {
 820     return userColourSchemes;
 821   }
 822
 823   public static void initUserColourSchemes(String files)
 824   {
 825     userColourSchemes = new Hashtable();
 826
 827     if (files == null || files.length() == 0)
 828     {
 829       return;
 830     }
 831
 832     // In case colours can't be loaded, we'll remove them
 833     // from the default list here.
 834     StringBuffer coloursFound = new StringBuffer();
 835     StringTokenizer st = new StringTokenizer(files, "|");
 836     while (st.hasMoreElements())
 837     {
 838       String file = st.nextToken();
 839       try
 840       {
 841         UserColourScheme ucs = loadColours(file);
 842         if (ucs != null)
 843         {
 844           if (coloursFound.length() > 0)
 845           {
 846             coloursFound.append("|");
 847           }
 848           coloursFound.append(file);
 849           userColourSchemes.put(ucs.getName(), ucs);
 850         }
 851       } catch (Exception ex)
 852       {
 853         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);
 854       }
 855     }
 856     if (!files.equals(coloursFound.toString()))
 857     {
 858       if (coloursFound.toString().length() > 1)
 859       {
 860         jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS", coloursFound
 861                 .toString());
 862       }
 863       else
 864       {
 865         jalview.bin.Cache.applicationProperties
 866                 .remove("USER_DEFINED_COLOURS");
 867       }
 868     }
 869   }
 870
 871   public static void removeColourFromDefaults(String target)
 872   {
 873     // The only way to find colours by name is to load them in
 874     // In case colours can't be loaded, we'll remove them
 875     // from the default list here.
 876
 877     userColourSchemes = new Hashtable();
 878
 879     StringBuffer coloursFound = new StringBuffer();
 880     StringTokenizer st = new StringTokenizer(jalview.bin.Cache
 881             .getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"), "|");
 882
 883     while (st.hasMoreElements())
 884     {
 885       String file = st.nextToken();
 886       try
 887       {
 888         UserColourScheme ucs = loadColours(file);
 889         if (ucs != null && !ucs.getName().equals(target))
 890         {
 891           if (coloursFound.length() > 0)
 892           {
 893             coloursFound.append("|");
 894           }
 895           coloursFound.append(file);
 896           userColourSchemes.put(ucs.getName(), ucs);
 897         }
 898       } catch (Exception ex)
 899       {
 900         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);
 901       }
 902     }
 903
 904     if (coloursFound.toString().length() > 1)
 905     {
 906       jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS", coloursFound
 907               .toString());
 908     }
 909     else
 910     {
 911       jalview.bin.Cache.applicationProperties
 912               .remove("USER_DEFINED_COLOURS");
 913     }
 914
 915   }
 916
 917   public void caseSensitive_actionPerformed(ActionEvent e)
 918   {
 919     resetButtonPanel(caseSensitive.isSelected());
 920     lcaseColour.setEnabled(caseSensitive.isSelected());
 921   }
 922
 923   public void lcaseColour_actionPerformed(ActionEvent e)
 924   {
 925     if (selectedButtons == null)
 926     {
 927       selectedButtons = new Vector();
 928     }
 929     else
 930     {
 931       selectedButtons.clear();
 932     }
 933     selectedButtons.add(lcaseColour);
 934   }
 935
 936 }