src/jalview/gui/UserDefinedColours.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)\r
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  *  \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.gui;\r
  19 \r
  20 import jalview.datamodel.SequenceGroup;\r
  21 import jalview.io.JalviewFileChooser;\r
  22 import jalview.jbgui.GUserDefinedColours;\r
  23 import jalview.schemes.ColourSchemeI;\r
  24 import jalview.schemes.ResidueProperties;\r
  25 import jalview.schemes.UserColourScheme;\r
  26 import jalview.util.MessageManager;\r
  27 \r
  28 import java.awt.Color;\r
  29 import java.awt.Font;\r
  30 import java.awt.event.ActionEvent;\r
  31 import java.awt.event.MouseEvent;\r
  32 import java.io.File;\r
  33 import java.io.FileInputStream;\r
  34 import java.io.FileOutputStream;\r
  35 import java.io.InputStreamReader;\r
  36 import java.io.OutputStreamWriter;\r
  37 import java.io.PrintWriter;\r
  38 import java.util.Hashtable;\r
  39 import java.util.StringTokenizer;\r
  40 import java.util.Vector;\r
  41 \r
  42 import javax.swing.JButton;\r
  43 import javax.swing.JInternalFrame;\r
  44 import javax.swing.JOptionPane;\r
  45 import javax.swing.event.ChangeEvent;\r
  46 import javax.swing.event.ChangeListener;\r
  47 \r
  48 /**\r
  49  * DOCUMENT ME!\r
  50  * \r
  51  * @author $author$\r
  52  * @version $Revision$\r
  53  */\r
  54 public class UserDefinedColours extends GUserDefinedColours implements\r
  55         ChangeListener\r
  56 {\r
  57   AlignmentPanel ap;\r
  58 \r
  59   SequenceGroup seqGroup;\r
  60 \r
  61   Vector selectedButtons;\r
  62 \r
  63   ColourSchemeI oldColourScheme;\r
  64 \r
  65   JInternalFrame frame;\r
  66 \r
  67   AppJmol jmol;\r
  68 \r
  69   Vector upperCaseButtons;\r
  70 \r
  71   Vector lowerCaseButtons;\r
  72 \r
  73   /**\r
  74    * Creates a new UserDefinedColours object.\r
  75    * \r
  76    * @param ap\r
  77    *          DOCUMENT ME!\r
  78    * @param sg\r
  79    *          DOCUMENT ME!\r
  80    */\r
  81   public UserDefinedColours(AlignmentPanel ap, SequenceGroup sg)\r
  82   {\r
  83     super();\r
  84 \r
  85     lcaseColour.setEnabled(false);\r
  86 \r
  87     this.ap = ap;\r
  88     seqGroup = sg;\r
  89 \r
  90     if (seqGroup != null)\r
  91     {\r
  92       oldColourScheme = seqGroup.cs;\r
  93     }\r
  94     else\r
  95     {\r
  96       oldColourScheme = ap.av.getGlobalColourScheme();\r
  97     }\r
  98 \r
  99     if (oldColourScheme instanceof UserColourScheme)\r
 100     {\r
 101       schemeName.setText(((UserColourScheme) oldColourScheme).getName());\r
 102       if (((UserColourScheme) oldColourScheme).getLowerCaseColours() != null)\r
 103       {\r
 104         caseSensitive.setSelected(true);\r
 105         lcaseColour.setEnabled(true);\r
 106         resetButtonPanel(true);\r
 107       }\r
 108       else\r
 109       {\r
 110         resetButtonPanel(false);\r
 111       }\r
 112     }\r
 113     else\r
 114     {\r
 115       resetButtonPanel(false);\r
 116     }\r
 117 \r
 118     showFrame();\r
 119   }\r
 120 \r
 121   public UserDefinedColours(AppJmol jmol, ColourSchemeI oldcs)\r
 122   {\r
 123     super();\r
 124     this.jmol = jmol;\r
 125 \r
 126     colorChooser.getSelectionModel().addChangeListener(this);\r
 127 \r
 128     oldColourScheme = oldcs;\r
 129 \r
 130     if (oldColourScheme instanceof UserColourScheme)\r
 131     {\r
 132       schemeName.setText(((UserColourScheme) oldColourScheme).getName());\r
 133     }\r
 134 \r
 135     resetButtonPanel(false);\r
 136 \r
 137     showFrame();\r
 138 \r
 139   }\r
 140 \r
 141   void showFrame()\r
 142   {\r
 143     colorChooser.getSelectionModel().addChangeListener(this);\r
 144     frame = new JInternalFrame();\r
 145     frame.setContentPane(this);\r
 146     Desktop.addInternalFrame(frame, MessageManager.getString("label.user_defined_colours"), 720, 370, true);\r
 147 \r
 148     if (seqGroup != null)\r
 149     {\r
 150       frame.setTitle(frame.getTitle() + " (" + seqGroup.getName() + ")");\r
 151     }\r
 152 \r
 153     if (new jalview.util.Platform().isAMac())\r
 154     {\r
 155       frame.setSize(760, 370);\r
 156     }\r
 157   }\r
 158 \r
 159   void resetButtonPanel(boolean caseSensitive)\r
 160   {\r
 161     buttonPanel.removeAll();\r
 162 \r
 163     if (upperCaseButtons == null)\r
 164     {\r
 165       upperCaseButtons = new Vector();\r
 166     }\r
 167 \r
 168     JButton button;\r
 169     String label;\r
 170     for (int i = 0; i < 20; i++)\r
 171     {\r
 172       if (caseSensitive)\r
 173       {\r
 174         label = ResidueProperties.aa[i];\r
 175       }\r
 176       else\r
 177       {\r
 178         label = ResidueProperties.aa2Triplet.get(ResidueProperties.aa[i])\r
 179                 .toString();\r
 180       }\r
 181 \r
 182       button = makeButton(label, ResidueProperties.aa[i], upperCaseButtons,\r
 183               i);\r
 184 \r
 185       buttonPanel.add(button);\r
 186     }\r
 187 \r
 188     buttonPanel.add(makeButton("B", "B", upperCaseButtons, 20));\r
 189     buttonPanel.add(makeButton("Z", "Z", upperCaseButtons, 21));\r
 190     buttonPanel.add(makeButton("X", "X", upperCaseButtons, 22));\r
 191     buttonPanel.add(makeButton("Gap", "-", upperCaseButtons, 23));\r
 192 \r
 193     if (!caseSensitive)\r
 194     {\r
 195       gridLayout.setRows(6);\r
 196       gridLayout.setColumns(4);\r
 197     }\r
 198     else\r
 199     {\r
 200       gridLayout.setRows(7);\r
 201       int cols = 7;\r
 202       gridLayout.setColumns(cols + 1);\r
 203 \r
 204       if (lowerCaseButtons == null)\r
 205       {\r
 206         lowerCaseButtons = new Vector();\r
 207       }\r
 208 \r
 209       for (int i = 0; i < 20; i++)\r
 210       {\r
 211         int row = i / cols + 1;\r
 212         int index = (row * cols) + i;\r
 213         button = makeButton(ResidueProperties.aa[i].toLowerCase(),\r
 214                 ResidueProperties.aa[i].toLowerCase(), lowerCaseButtons, i);\r
 215 \r
 216         buttonPanel.add(button, index);\r
 217       }\r
 218     }\r
 219 \r
 220     if (caseSensitive)\r
 221     {\r
 222       buttonPanel.add(makeButton("b", "b", lowerCaseButtons, 20));\r
 223       buttonPanel.add(makeButton("z", "z", lowerCaseButtons, 21));\r
 224       buttonPanel.add(makeButton("x", "x", lowerCaseButtons, 22));\r
 225     }\r
 226 \r
 227     buttonPanel.validate();\r
 228     validate();\r
 229   }\r
 230 \r
 231   /**\r
 232    * DOCUMENT ME!\r
 233    * \r
 234    * @param evt\r
 235    *          DOCUMENT ME!\r
 236    */\r
 237   public void stateChanged(ChangeEvent evt)\r
 238   {\r
 239     if (selectedButtons != null)\r
 240     {\r
 241       JButton button = null;\r
 242       for (int i = 0; i < selectedButtons.size(); i++)\r
 243       {\r
 244         button = (JButton) selectedButtons.elementAt(i);\r
 245         button.setBackground(colorChooser.getColor());\r
 246         button.setForeground(button.getBackground().brighter().brighter()\r
 247                 .brighter());\r
 248       }\r
 249       if (button == lcaseColour)\r
 250       {\r
 251         for (int i = 0; i < lowerCaseButtons.size(); i++)\r
 252         {\r
 253           button = (JButton) lowerCaseButtons.elementAt(i);\r
 254           button.setBackground(colorChooser.getColor());\r
 255           button.setForeground(button.getBackground().brighter().brighter()\r
 256                   .brighter());\r
 257         }\r
 258       }\r
 259     }\r
 260   }\r
 261 \r
 262   /**\r
 263    * DOCUMENT ME!\r
 264    * \r
 265    * @param e\r
 266    *          DOCUMENT ME!\r
 267    */\r
 268   public void colourButtonPressed(MouseEvent e)\r
 269   {\r
 270     if (selectedButtons == null)\r
 271     {\r
 272       selectedButtons = new Vector();\r
 273     }\r
 274 \r
 275     JButton pressed = (JButton) e.getSource();\r
 276 \r
 277     if (e.isShiftDown())\r
 278     {\r
 279       JButton start, end = (JButton) e.getSource();\r
 280       if (selectedButtons.size() > 0)\r
 281       {\r
 282         start = (JButton) selectedButtons\r
 283                 .elementAt(selectedButtons.size() - 1);\r
 284       }\r
 285       else\r
 286       {\r
 287         start = (JButton) e.getSource();\r
 288       }\r
 289 \r
 290       int startIndex = 0, endIndex = 0;\r
 291       for (int b = 0; b < buttonPanel.getComponentCount(); b++)\r
 292       {\r
 293         if (buttonPanel.getComponent(b) == start)\r
 294         {\r
 295           startIndex = b;\r
 296         }\r
 297         if (buttonPanel.getComponent(b) == end)\r
 298         {\r
 299           endIndex = b;\r
 300         }\r
 301       }\r
 302 \r
 303       if (startIndex > endIndex)\r
 304       {\r
 305         int temp = startIndex;\r
 306         startIndex = endIndex;\r
 307         endIndex = temp;\r
 308       }\r
 309 \r
 310       for (int b = startIndex; b <= endIndex; b++)\r
 311       {\r
 312         JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(b);\r
 313         if (!selectedButtons.contains(button))\r
 314         {\r
 315           button.setForeground(button.getBackground().brighter().brighter());\r
 316           selectedButtons.add(button);\r
 317         }\r
 318       }\r
 319     }\r
 320     else if (!e.isControlDown())\r
 321     {\r
 322       for (int b = 0; b < selectedButtons.size(); b++)\r
 323       {\r
 324         JButton button = (JButton) selectedButtons.elementAt(b);\r
 325         button.setForeground(button.getBackground().darker().darker());\r
 326       }\r
 327       selectedButtons.clear();\r
 328       pressed.setForeground(pressed.getBackground().brighter().brighter());\r
 329       selectedButtons.addElement(pressed);\r
 330 \r
 331     }\r
 332     else if (e.isControlDown())\r
 333     {\r
 334       if (selectedButtons.contains(pressed))\r
 335       {\r
 336         pressed.setForeground(pressed.getBackground().darker().darker());\r
 337         selectedButtons.remove(pressed);\r
 338       }\r
 339       else\r
 340       {\r
 341         pressed.setForeground(pressed.getBackground().brighter().brighter());\r
 342         selectedButtons.addElement(pressed);\r
 343       }\r
 344     }\r
 345 \r
 346     if (selectedButtons.size() > 0)\r
 347     {\r
 348       colorChooser.setColor(((JButton) selectedButtons.elementAt(0))\r
 349               .getBackground());\r
 350     }\r
 351   }\r
 352 \r
 353   /**\r
 354    * DOCUMENT ME!\r
 355    * \r
 356    * @param label\r
 357    *          DOCUMENT ME!\r
 358    * @param aa\r
 359    *          DOCUMENT ME!\r
 360    */\r
 361   JButton makeButton(String label, String aa, Vector caseSensitiveButtons,\r
 362           int buttonIndex)\r
 363   {\r
 364     final JButton button;\r
 365     Color col;\r
 366 \r
 367     if (buttonIndex < caseSensitiveButtons.size())\r
 368     {\r
 369       button = (JButton) caseSensitiveButtons.elementAt(buttonIndex);\r
 370       col = button.getBackground();\r
 371     }\r
 372     else\r
 373     {\r
 374       button = new JButton();\r
 375       button.addMouseListener(new java.awt.event.MouseAdapter()\r
 376       {\r
 377         public void mouseClicked(MouseEvent e)\r
 378         {\r
 379           colourButtonPressed(e);\r
 380         }\r
 381       });\r
 382 \r
 383       caseSensitiveButtons.addElement(button);\r
 384 \r
 385       col = Color.white;\r
 386       if (oldColourScheme != null)\r
 387       {\r
 388         try\r
 389         {\r
 390           col = oldColourScheme.findColour(aa.charAt(0), -1, null);\r
 391         } catch (Exception ex)\r
 392         {\r
 393         }\r
 394       }\r
 395     }\r
 396 \r
 397     if (caseSensitive.isSelected())\r
 398     {\r
 399       button.setMargin(new java.awt.Insets(2, 2, 2, 2));\r
 400     }\r
 401     else\r
 402     {\r
 403       button.setMargin(new java.awt.Insets(2, 14, 2, 14));\r
 404     }\r
 405 \r
 406     button.setBackground(col);\r
 407     button.setText(label);\r
 408     button.setForeground(col.darker().darker().darker());\r
 409     button.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.BOLD, 10));\r
 410 \r
 411     return button;\r
 412   }\r
 413 \r
 414   /**\r
 415    * DOCUMENT ME!\r
 416    * \r
 417    * @param e\r
 418    *          DOCUMENT ME!\r
 419    */\r
 420   protected void okButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 421   {\r
 422     applyButton_actionPerformed(null);\r
 423 \r
 424     try\r
 425     {\r
 426       frame.setClosed(true);\r
 427     } catch (Exception ex)\r
 428     {\r
 429     }\r
 430   }\r
 431 \r
 432   /**\r
 433    * DOCUMENT ME!\r
 434    * \r
 435    * @param e\r
 436    *          DOCUMENT ME!\r
 437    */\r
 438   protected void applyButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 439   {\r
 440     UserColourScheme ucs = getSchemeFromButtons();\r
 441     ucs.setName(schemeName.getText());\r
 442 \r
 443     if (seqGroup != null)\r
 444     {\r
 445       seqGroup.cs = ucs;\r
 446       ap.paintAlignment(true);\r
 447     }\r
 448     else if (ap != null)\r
 449     {\r
 450       ap.alignFrame.changeColour(ucs);\r
 451     }\r
 452     else if (jmol != null)\r
 453     {\r
 454       jmol.setJalviewColourScheme(ucs);\r
 455     }\r
 456   }\r
 457 \r
 458   UserColourScheme getSchemeFromButtons()\r
 459   {\r
 460 \r
 461     Color[] newColours = new Color[24];\r
 462 \r
 463     for (int i = 0; i < 24; i++)\r
 464     {\r
 465       JButton button = (JButton) upperCaseButtons.elementAt(i);\r
 466       newColours[i] = button.getBackground();\r
 467     }\r
 468 \r
 469     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(newColours);\r
 470 \r
 471     if (caseSensitive.isSelected())\r
 472     {\r
 473       newColours = new Color[23];\r
 474       for (int i = 0; i < 23; i++)\r
 475       {\r
 476         JButton button = (JButton) lowerCaseButtons.elementAt(i);\r
 477         newColours[i] = button.getBackground();\r
 478       }\r
 479       ucs.setLowerCaseColours(newColours);\r
 480     }\r
 481 \r
 482     if (ap != null)\r
 483     {\r
 484       ucs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 485     }\r
 486 \r
 487     return ucs;\r
 488   }\r
 489 \r
 490   /**\r
 491    * DOCUMENT ME!\r
 492    * \r
 493    * @param e\r
 494    *          DOCUMENT ME!\r
 495    */\r
 496   protected void loadbutton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 497   {\r
 498     upperCaseButtons = new Vector();\r
 499     lowerCaseButtons = new Vector();\r
 500 \r
 501     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(\r
 502             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
 503             { "jc" }, new String[]\r
 504             { "Jalview User Colours" }, "Jalview User Colours");\r
 505     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 506     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.load_colour_scheme"));\r
 507     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.load"));\r
 508 \r
 509     int value = chooser.showOpenDialog(this);\r
 510 \r
 511     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 512     {\r
 513       File choice = chooser.getSelectedFile();\r
 514       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());\r
 515       String defaultColours = jalview.bin.Cache.getDefault(\r
 516               "USER_DEFINED_COLOURS", choice.getPath());\r
 517       if (defaultColours.indexOf(choice.getPath()) == -1)\r
 518       {\r
 519         defaultColours = defaultColours.concat("|")\r
 520                 .concat(choice.getPath());\r
 521       }\r
 522 \r
 523       jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS", defaultColours);\r
 524 \r
 525       UserColourScheme ucs = loadColours(choice.getAbsolutePath());\r
 526       Color[] colors = ucs.getColours();\r
 527       schemeName.setText(ucs.getName());\r
 528 \r
 529       if (ucs.getLowerCaseColours() != null)\r
 530       {\r
 531         caseSensitive.setSelected(true);\r
 532         lcaseColour.setEnabled(true);\r
 533         resetButtonPanel(true);\r
 534         for (int i = 0; i < lowerCaseButtons.size(); i++)\r
 535         {\r
 536           JButton button = (JButton) lowerCaseButtons.elementAt(i);\r
 537           button.setBackground(ucs.getLowerCaseColours()[i]);\r
 538         }\r
 539 \r
 540       }\r
 541       else\r
 542       {\r
 543         caseSensitive.setSelected(false);\r
 544         lcaseColour.setEnabled(false);\r
 545         resetButtonPanel(false);\r
 546       }\r
 547 \r
 548       for (int i = 0; i < upperCaseButtons.size(); i++)\r
 549       {\r
 550         JButton button = (JButton) upperCaseButtons.elementAt(i);\r
 551         button.setBackground(colors[i]);\r
 552       }\r
 553 \r
 554     }\r
 555   }\r
 556 \r
 557   /**\r
 558    * DOCUMENT ME!\r
 559    * \r
 560    * @return DOCUMENT ME!\r
 561    */\r
 562   public static UserColourScheme loadDefaultColours()\r
 563   {\r
 564     UserColourScheme ret = null;\r
 565 \r
 566     String colours = jalview.bin.Cache.getProperty("USER_DEFINED_COLOURS");\r
 567     if (colours != null)\r
 568     {\r
 569       if (colours.indexOf("|") > -1)\r
 570       {\r
 571         colours = colours.substring(0, colours.indexOf("|"));\r
 572       }\r
 573 \r
 574       ret = loadColours(colours);\r
 575     }\r
 576 \r
 577     if (ret == null)\r
 578     {\r
 579       Color[] newColours = new Color[24];\r
 580       for (int i = 0; i < 24; i++)\r
 581       {\r
 582         newColours[i] = Color.white;\r
 583       }\r
 584       ret = new UserColourScheme(newColours);\r
 585     }\r
 586 \r
 587     return ret;\r
 588   }\r
 589 \r
 590   /**\r
 591    * DOCUMENT ME!\r
 592    * \r
 593    * @param file\r
 594    *          DOCUMENT ME!\r
 595    * \r
 596    * @return DOCUMENT ME!\r
 597    */\r
 598   static UserColourScheme loadColours(String file)\r
 599   {\r
 600     UserColourScheme ucs = null;\r
 601     Color[] newColours = null;\r
 602     try\r
 603     {\r
 604       InputStreamReader in = new InputStreamReader(\r
 605               new FileInputStream(file), "UTF-8");\r
 606 \r
 607       jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours jucs = new jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours();\r
 608 \r
 609       org.exolab.castor.xml.Unmarshaller unmar = new org.exolab.castor.xml.Unmarshaller(\r
 610               jucs);\r
 611       jucs = (jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours) unmar\r
 612               .unmarshal(in);\r
 613 \r
 614       newColours = new Color[24];\r
 615 \r
 616       Color[] lowerCase = null;\r
 617       boolean caseSensitive = false;\r
 618 \r
 619       String name;\r
 620       int index;\r
 621       for (int i = 0; i < jucs.getColourCount(); i++)\r
 622       {\r
 623         name = jucs.getColour(i).getName();\r
 624         if (ResidueProperties.aa3Hash.containsKey(name))\r
 625         {\r
 626           index = ((Integer) ResidueProperties.aa3Hash.get(name))\r
 627                   .intValue();\r
 628         }\r
 629         else\r
 630         {\r
 631           index = ResidueProperties.aaIndex[name.charAt(0)];\r
 632         }\r
 633         if (index == -1)\r
 634         {\r
 635           continue;\r
 636         }\r
 637 \r
 638         if (name.toLowerCase().equals(name))\r
 639         {\r
 640           if (lowerCase == null)\r
 641           {\r
 642             lowerCase = new Color[23];\r
 643           }\r
 644           caseSensitive = true;\r
 645           lowerCase[index] = new Color(Integer.parseInt(jucs.getColour(i)\r
 646                   .getRGB(), 16));\r
 647         }\r
 648         else\r
 649         {\r
 650           newColours[index] = new Color(Integer.parseInt(jucs.getColour(i)\r
 651                   .getRGB(), 16));\r
 652         }\r
 653       }\r
 654 \r
 655       if (newColours != null)\r
 656       {\r
 657         ucs = new UserColourScheme(newColours);\r
 658         ucs.setName(jucs.getSchemeName());\r
 659         if (caseSensitive)\r
 660         {\r
 661           ucs.setLowerCaseColours(lowerCase);\r
 662         }\r
 663       }\r
 664 \r
 665     } catch (Exception ex)\r
 666     {\r
 667       // Could be Archive Jalview format\r
 668       try\r
 669       {\r
 670         InputStreamReader in = new InputStreamReader(new FileInputStream(\r
 671                 file), "UTF-8");\r
 672 \r
 673         jalview.binding.JalviewUserColours jucs = new jalview.binding.JalviewUserColours();\r
 674 \r
 675         jucs = (jalview.binding.JalviewUserColours) jucs.unmarshal(in);\r
 676 \r
 677         newColours = new Color[jucs.getColourCount()];\r
 678 \r
 679         for (int i = 0; i < 24; i++)\r
 680         {\r
 681           newColours[i] = new Color(Integer.parseInt(jucs.getColour(i)\r
 682                   .getRGB(), 16));\r
 683         }\r
 684         if (newColours != null)\r
 685         {\r
 686           ucs = new UserColourScheme(newColours);\r
 687           ucs.setName(jucs.getSchemeName());\r
 688         }\r
 689       } catch (Exception ex2)\r
 690       {\r
 691         ex2.printStackTrace();\r
 692       }\r
 693 \r
 694       if (newColours == null)\r
 695       {\r
 696         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);\r
 697       }\r
 698     }\r
 699 \r
 700     return ucs;\r
 701   }\r
 702 \r
 703   /**\r
 704    * DOCUMENT ME!\r
 705    * \r
 706    * @param e\r
 707    *          DOCUMENT ME!\r
 708    */\r
 709   protected void savebutton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 710   {\r
 711     if (schemeName.getText().trim().length() < 1)\r
 712     {\r
 713       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 714               MessageManager.getString("label.user_colour_scheme_must_have_name"),\r
 715               MessageManager.getString("label.no_name_colour_scheme"), JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 716       return;\r
 717     }\r
 718 \r
 719     if (userColourSchemes != null\r
 720             && userColourSchemes.containsKey(schemeName.getText()))\r
 721     {\r
 722       int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(\r
 723               Desktop.desktop,\r
 724               MessageManager.formatMessage("label.colour_scheme_exists_overwrite", new String[]{schemeName.getText(),schemeName.getText()}),\r
 725               MessageManager.getString("label.duplicate_scheme_name"), JOptionPane.YES_NO_OPTION);\r
 726       if (reply != JOptionPane.YES_OPTION)\r
 727       {\r
 728         return;\r
 729       }\r
 730 \r
 731       userColourSchemes.remove(schemeName.getText());\r
 732     }\r
 733     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(\r
 734             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
 735             { "jc" }, new String[]\r
 736             { "Jalview User Colours" }, "Jalview User Colours");\r
 737 \r
 738     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 739     chooser.setDialogTitle("Save colour scheme");\r
 740     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));\r
 741 \r
 742     int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 743 \r
 744     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 745     {\r
 746       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
 747       String defaultColours = jalview.bin.Cache.getDefault(\r
 748               "USER_DEFINED_COLOURS", choice);\r
 749       if (defaultColours.indexOf(choice) == -1)\r
 750       {\r
 751         if (defaultColours.length() > 0)\r
 752         {\r
 753           defaultColours = defaultColours.concat("|");\r
 754         }\r
 755         defaultColours = defaultColours.concat(choice);\r
 756       }\r
 757 \r
 758       userColourSchemes.put(schemeName.getText(), getSchemeFromButtons());\r
 759 \r
 760       ap.alignFrame.updateUserColourMenu();\r
 761 \r
 762       jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS", defaultColours);\r
 763 \r
 764       jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours ucs = new jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours();\r
 765 \r
 766       ucs.setSchemeName(schemeName.getText());\r
 767       try\r
 768       {\r
 769         PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(\r
 770                 new FileOutputStream(choice), "UTF-8"));\r
 771 \r
 772         for (int i = 0; i < buttonPanel.getComponentCount(); i++)\r
 773         {\r
 774           JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(i);\r
 775           jalview.schemabinding.version2.Colour col = new jalview.schemabinding.version2.Colour();\r
 776           col.setName(button.getText());\r
 777           col.setRGB(jalview.util.Format.getHexString(button\r
 778                   .getBackground()));\r
 779           ucs.addColour(col);\r
 780         }\r
 781 \r
 782         ucs.marshal(out);\r
 783         out.close();\r
 784       } catch (Exception ex)\r
 785       {\r
 786         ex.printStackTrace();\r
 787       }\r
 788     }\r
 789   }\r
 790 \r
 791   /**\r
 792    * DOCUMENT ME!\r
 793    * \r
 794    * @param e\r
 795    *          DOCUMENT ME!\r
 796    */\r
 797   protected void cancelButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 798   {\r
 799     if (ap != null)\r
 800     {\r
 801       if (seqGroup != null)\r
 802       {\r
 803         seqGroup.cs = oldColourScheme;\r
 804       }\r
 805       else if (ap != null)\r
 806       {\r
 807         ap.av.setGlobalColourScheme(oldColourScheme);\r
 808       }\r
 809       ap.paintAlignment(true);\r
 810     }\r
 811 \r
 812     if (jmol != null)\r
 813     {\r
 814       jmol.setJalviewColourScheme(oldColourScheme);\r
 815     }\r
 816 \r
 817     try\r
 818     {\r
 819       frame.setClosed(true);\r
 820     } catch (Exception ex)\r
 821     {\r
 822     }\r
 823   }\r
 824 \r
 825   static Hashtable userColourSchemes;\r
 826 \r
 827   public static Hashtable getUserColourSchemes()\r
 828   {\r
 829     return userColourSchemes;\r
 830   }\r
 831 \r
 832   public static void initUserColourSchemes(String files)\r
 833   {\r
 834     userColourSchemes = new Hashtable();\r
 835 \r
 836     if (files == null || files.length() == 0)\r
 837     {\r
 838       return;\r
 839     }\r
 840 \r
 841     // In case colours can't be loaded, we'll remove them\r
 842     // from the default list here.\r
 843     StringBuffer coloursFound = new StringBuffer();\r
 844     StringTokenizer st = new StringTokenizer(files, "|");\r
 845     while (st.hasMoreElements())\r
 846     {\r
 847       String file = st.nextToken();\r
 848       try\r
 849       {\r
 850         UserColourScheme ucs = loadColours(file);\r
 851         if (ucs != null)\r
 852         {\r
 853           if (coloursFound.length() > 0)\r
 854           {\r
 855             coloursFound.append("|");\r
 856           }\r
 857           coloursFound.append(file);\r
 858           userColourSchemes.put(ucs.getName(), ucs);\r
 859         }\r
 860       } catch (Exception ex)\r
 861       {\r
 862         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);\r
 863       }\r
 864     }\r
 865     if (!files.equals(coloursFound.toString()))\r
 866     {\r
 867       if (coloursFound.toString().length() > 1)\r
 868       {\r
 869         jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS",\r
 870                 coloursFound.toString());\r
 871       }\r
 872       else\r
 873       {\r
 874         jalview.bin.Cache.applicationProperties\r
 875                 .remove("USER_DEFINED_COLOURS");\r
 876       }\r
 877     }\r
 878   }\r
 879 \r
 880   public static void removeColourFromDefaults(String target)\r
 881   {\r
 882     // The only way to find colours by name is to load them in\r
 883     // In case colours can't be loaded, we'll remove them\r
 884     // from the default list here.\r
 885 \r
 886     userColourSchemes = new Hashtable();\r
 887 \r
 888     StringBuffer coloursFound = new StringBuffer();\r
 889     StringTokenizer st = new StringTokenizer(\r
 890             jalview.bin.Cache.getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"), "|");\r
 891 \r
 892     while (st.hasMoreElements())\r
 893     {\r
 894       String file = st.nextToken();\r
 895       try\r
 896       {\r
 897         UserColourScheme ucs = loadColours(file);\r
 898         if (ucs != null && !ucs.getName().equals(target))\r
 899         {\r
 900           if (coloursFound.length() > 0)\r
 901           {\r
 902             coloursFound.append("|");\r
 903           }\r
 904           coloursFound.append(file);\r
 905           userColourSchemes.put(ucs.getName(), ucs);\r
 906         }\r
 907       } catch (Exception ex)\r
 908       {\r
 909         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);\r
 910       }\r
 911     }\r
 912 \r
 913     if (coloursFound.toString().length() > 1)\r
 914     {\r
 915       jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS",\r
 916               coloursFound.toString());\r
 917     }\r
 918     else\r
 919     {\r
 920       jalview.bin.Cache.applicationProperties\r
 921               .remove("USER_DEFINED_COLOURS");\r
 922     }\r
 923 \r
 924   }\r
 925 \r
 926   public void caseSensitive_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 927   {\r
 928     resetButtonPanel(caseSensitive.isSelected());\r
 929     lcaseColour.setEnabled(caseSensitive.isSelected());\r
 930   }\r
 931 \r
 932   public void lcaseColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 933   {\r
 934     if (selectedButtons == null)\r
 935     {\r
 936       selectedButtons = new Vector();\r
 937     }\r
 938     else\r
 939     {\r
 940       selectedButtons.clear();\r
 941     }\r
 942     selectedButtons.add(lcaseColour);\r
 943   }\r
 944 \r
 945 }\r