src/jalview/gui/UserDefinedColours.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.gui;\r
  21 \r
  22 import jalview.jbgui.GUserDefinedColours;\r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 import jalview.io.*;\r
  25 import javax.swing.*;\r
  26 import java.awt.*;\r
  27 import java.awt.event.*;\r
  28 import javax.swing.event.*;\r
  29 import jalview.schemes.*;\r
  30 import java.io.*;\r
  31 import java.util.*;\r
  32 \r
  33 \r
  34 public class UserDefinedColours extends GUserDefinedColours implements ChangeListener\r
  35 {\r
  36 \r
  37   AlignmentPanel ap;\r
  38   SequenceGroup seqGroup;\r
  39   JButton selectedButton;\r
  40   Vector oldColours = new Vector();\r
  41   ColourSchemeI oldColourScheme;\r
  42   JInternalFrame frame;\r
  43 \r
  44 \r
  45   public UserDefinedColours(AlignmentPanel ap, SequenceGroup sg)\r
  46   {\r
  47     super();\r
  48     frame = new JInternalFrame();\r
  49     frame.setContentPane(this);\r
  50     Desktop.addInternalFrame(frame, "User Defined Colours", 450,530, false );\r
  51     if(System.getProperty("os.name").startsWith("Mac"))\r
  52       frame.setSize(450,560);\r
  53 \r
  54     if(sg!=null)\r
  55         frame.setTitle( frame.getTitle()+ " ("+sg.getName()+")");\r
  56 \r
  57     colorChooser.getSelectionModel().addChangeListener(this);\r
  58 \r
  59     this.ap = ap;\r
  60     seqGroup = sg;\r
  61 \r
  62 \r
  63       if (seqGroup != null)\r
  64         oldColourScheme = seqGroup.cs;\r
  65       else\r
  66         oldColourScheme = ap.av.getGlobalColourScheme();\r
  67 \r
  68       for (int i = 0; i < 20; i++)\r
  69         makeButton(ResidueProperties.aa2Triplet.get(ResidueProperties.aa[i]) +\r
  70                    "", ResidueProperties.aa[i]);\r
  71 \r
  72       makeButton("B", "B");\r
  73       makeButton("Z", "Z");\r
  74       makeButton("X", "X");\r
  75       makeButton("Gap", "'.','-',' '");\r
  76 \r
  77       if(jalview.bin.Cache.getProperty("USER_DEFINED_COLOUR")!=null)\r
  78       {\r
  79         loadColours(jalview.bin.Cache.getProperty("USER_DEFINED_COLOUR"));\r
  80       }\r
  81   }\r
  82 \r
  83  public void stateChanged(ChangeEvent evt)\r
  84  {\r
  85    if(selectedButton!=null)\r
  86      selectedButton.setBackground( colorChooser.getColor() );\r
  87  }\r
  88 \r
  89   public void colourButtonPressed(MouseEvent e)\r
  90   {\r
  91      selectedButton = (JButton)e.getSource();\r
  92      colorChooser.setColor(selectedButton.getBackground());\r
  93   }\r
  94 \r
  95   void makeButton(String label, String aa)\r
  96   {\r
  97     final JButton button = new JButton();\r
  98     Color col = Color.white;\r
  99 \r
 100 \r
 101     try{\r
 102       col = oldColourScheme.findColour(aa, -1);\r
 103     }catch(Exception ex){}\r
 104 \r
 105     button.setBackground(  col );\r
 106     oldColours.addElement( col );\r
 107     button.setText( label );\r
 108     button.setForeground( col.darker().darker().darker() );\r
 109     button.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 1, 10));\r
 110     button.addMouseListener(new java.awt.event.MouseAdapter()\r
 111     {\r
 112       public void mouseClicked(MouseEvent e)\r
 113       {\r
 114         colourButtonPressed(e);\r
 115       }\r
 116     });\r
 117 \r
 118     buttonPanel.add(button, null);\r
 119   }\r
 120 \r
 121 \r
 122   protected void okButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 123   {\r
 124     applyButton_actionPerformed(null);\r
 125     try{\r
 126       frame.setClosed(true);\r
 127     }catch(Exception ex){}\r
 128   }\r
 129 \r
 130   protected void applyButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 131   {\r
 132     Color [] newColours = new Color[24];\r
 133     for(int i=0; i<24; i++)\r
 134     {\r
 135           JButton button = (JButton)buttonPanel.getComponent(i);\r
 136           newColours[i] = button.getBackground();\r
 137     }\r
 138 \r
 139     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(newColours);\r
 140     ucs.setThreshold(0);\r
 141 \r
 142     if(seqGroup!=null)\r
 143     {\r
 144       seqGroup.cs = ucs;\r
 145       ap.repaint();\r
 146     }\r
 147     else\r
 148       ap.alignFrame.changeColour(ucs);\r
 149 \r
 150   }\r
 151 \r
 152   protected void loadbutton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 153   {\r
 154     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(\r
 155       jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),\r
 156         new String[]{"jc"},\r
 157         new String[]{"Jalview User Colours"},\r
 158           "Jalview User Colours");\r
 159     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 160     chooser.setDialogTitle("Load colour scheme");\r
 161     chooser.setToolTipText("Load");\r
 162     int value = chooser.showOpenDialog(this);\r
 163     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 164     {\r
 165       File choice = chooser.getSelectedFile();\r
 166       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",  choice.getParent());\r
 167       jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOUR", choice.getPath());\r
 168       Color[] colors = loadColours(choice.getAbsolutePath());\r
 169       for (int i = 0; i < colors.length; i++)\r
 170       {\r
 171         JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(i);\r
 172         button.setBackground(colors[i]);\r
 173       }\r
 174 \r
 175     }\r
 176   }\r
 177 \r
 178   public static UserColourScheme loadDefaultColours()\r
 179   {\r
 180     if(jalview.bin.Cache.getProperty("USER_DEFINED_COLOUR")!=null)\r
 181       return loadDefaultColours(jalview.bin.Cache.getProperty("USER_DEFINED_COLOUR"));\r
 182     else\r
 183       return null;\r
 184   }\r
 185 \r
 186   public static UserColourScheme loadDefaultColours(String file)\r
 187   {\r
 188       UserColourScheme ucs = null;\r
 189       Color cols[] = loadColours(file);\r
 190       if(cols!=null)\r
 191       {\r
 192         ucs = new UserColourScheme(cols);\r
 193         ucs.setThreshold(0);\r
 194       }\r
 195       return ucs;\r
 196   }\r
 197 \r
 198   static Color [] loadColours(String file)\r
 199   {\r
 200     Color [] newColours=null;\r
 201     try\r
 202     {\r
 203       InputStreamReader in = new InputStreamReader(\r
 204           new FileInputStream(file), "UTF-8");\r
 205 \r
 206       jalview.binding.JalviewUserColours ucs = new jalview.binding.JalviewUserColours();\r
 207       ucs = (jalview.binding.JalviewUserColours)ucs.unmarshal(in);\r
 208 \r
 209       newColours = new Color[ucs.getColourCount()];\r
 210       for (int i = 0; i < 24; i++)\r
 211         newColours[i] = new Color(Integer.parseInt(ucs.getColour(i).getRGB(), 16));\r
 212 \r
 213     }\r
 214     catch (Exception ex)\r
 215     {System.out.println("Error loading UserColourFile "+file);}\r
 216 \r
 217     return newColours;\r
 218   }\r
 219 \r
 220   protected void savebutton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 221   {\r
 222     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(\r
 223     jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),\r
 224     new String[]{"jc"},\r
 225     new String[]{"Jalview User Colours"},\r
 226       "Jalview User Colours");\r
 227 \r
 228     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 229     chooser.setDialogTitle("Save colour scheme");\r
 230     chooser.setToolTipText("Save");\r
 231     int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 232     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 233     {\r
 234       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
 235       jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOUR", choice);\r
 236       jalview.binding.JalviewUserColours ucs = new jalview.binding.JalviewUserColours();\r
 237 \r
 238       try{\r
 239         PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(\r
 240                                      new FileOutputStream(choice), "UTF-8"));\r
 241         for(int i=0; i<24; i++)\r
 242         {\r
 243          JButton button = (JButton)buttonPanel.getComponent(i);\r
 244          jalview.binding.Colour col = new jalview.binding.Colour();\r
 245          col.setName(button.getText());\r
 246          col.setRGB( jalview.util.Format.getHexString( button.getBackground() ));\r
 247          ucs.addColour(col);\r
 248         }\r
 249 \r
 250         ucs.marshal(out);\r
 251         out.close();\r
 252       }\r
 253       catch(Exception ex)\r
 254       {ex.printStackTrace();}\r
 255     }\r
 256 \r
 257   }\r
 258 \r
 259   protected void cancelButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 260   {\r
 261 \r
 262     Color [] newColours = new Color[24];\r
 263     for(int i=0; i<24; i++)\r
 264     {\r
 265           newColours[i] = (Color)oldColours.elementAt(i);\r
 266           buttonPanel.getComponent(i).setBackground(newColours[i]);\r
 267     }\r
 268 \r
 269     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme( newColours );\r
 270 \r
 271     if (seqGroup != null)\r
 272       seqGroup.cs = ucs;\r
 273     else\r
 274       ap.av.setGlobalColourScheme(ucs);\r
 275 \r
 276     ap.repaint();\r
 277 \r
 278     try{\r
 279       frame.setClosed(true);\r
 280     }catch(Exception ex){}\r
 281   }\r
 282 \r
 283 \r
 284 }\r