src/jalview/gui/UserDefinedColours.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.io.*;\r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 import javax.swing.event.*;\r
  28 \r
  29 import jalview.datamodel.*;\r
  30 import jalview.io.*;\r
  31 import jalview.jbgui.*;\r
  32 import jalview.schemes.*;\r
  33 \r
  34 /**\r
  35  * DOCUMENT ME!\r
  36  *\r
  37  * @author $author$\r
  38  * @version $Revision$\r
  39  */\r
  40 public class UserDefinedColours\r
  41     extends GUserDefinedColours implements ChangeListener\r
  42 {\r
  43   AlignmentPanel ap;\r
  44   SequenceGroup seqGroup;\r
  45   Vector selectedButtons;\r
  46   ColourSchemeI oldColourScheme;\r
  47   JInternalFrame frame;\r
  48   AppJmol jmol;\r
  49   Vector upperCaseButtons;\r
  50   Vector lowerCaseButtons;\r
  51 \r
  52   /**\r
  53    * Creates a new UserDefinedColours object.\r
  54    *\r
  55    * @param ap DOCUMENT ME!\r
  56    * @param sg DOCUMENT ME!\r
  57    */\r
  58   public UserDefinedColours(AlignmentPanel ap, SequenceGroup sg)\r
  59   {\r
  60     super();\r
  61 \r
  62     lcaseColour.setEnabled(false);\r
  63 \r
  64     this.ap = ap;\r
  65     seqGroup = sg;\r
  66 \r
  67     if (seqGroup != null)\r
  68     {\r
  69       oldColourScheme = seqGroup.cs;\r
  70     }\r
  71     else\r
  72     {\r
  73       oldColourScheme = ap.av.getGlobalColourScheme();\r
  74     }\r
  75 \r
  76     if (oldColourScheme instanceof UserColourScheme)\r
  77     {\r
  78       schemeName.setText( ( (UserColourScheme) oldColourScheme).getName());\r
  79       if ( ( (UserColourScheme) oldColourScheme).getLowerCaseColours() != null)\r
  80       {\r
  81         caseSensitive.setSelected(true);\r
  82         lcaseColour.setEnabled(true);\r
  83         resetButtonPanel(true);\r
  84       }\r
  85       else\r
  86       {\r
  87         resetButtonPanel(false);\r
  88       }\r
  89     }\r
  90     else\r
  91     {\r
  92       resetButtonPanel(false);\r
  93     }\r
  94 \r
  95     showFrame();\r
  96   }\r
  97 \r
  98   public UserDefinedColours(AppJmol jmol, ColourSchemeI oldcs)\r
  99   {\r
 100     super();\r
 101     this.jmol = jmol;\r
 102 \r
 103     colorChooser.getSelectionModel().addChangeListener(this);\r
 104 \r
 105     oldColourScheme = oldcs;\r
 106 \r
 107     if (oldColourScheme instanceof UserColourScheme)\r
 108     {\r
 109       schemeName.setText( ( (UserColourScheme) oldColourScheme).getName());\r
 110     }\r
 111 \r
 112     resetButtonPanel(false);\r
 113 \r
 114     showFrame();\r
 115 \r
 116   }\r
 117 \r
 118   void showFrame()\r
 119   {\r
 120     colorChooser.getSelectionModel().addChangeListener(this);\r
 121     frame = new JInternalFrame();\r
 122     frame.setContentPane(this);\r
 123     Desktop.addInternalFrame(frame, "User Defined Colours", 720, 370, true);\r
 124 \r
 125     if (seqGroup != null)\r
 126     {\r
 127       frame.setTitle(frame.getTitle() + " (" + seqGroup.getName() + ")");\r
 128     }\r
 129 \r
 130     if (System.getProperty("os.name").startsWith("Mac"))\r
 131     {\r
 132       frame.setSize(760, 370);\r
 133     }\r
 134   }\r
 135 \r
 136   void resetButtonPanel(boolean caseSensitive)\r
 137   {\r
 138     buttonPanel.removeAll();\r
 139 \r
 140     if (upperCaseButtons == null)\r
 141     {\r
 142       upperCaseButtons = new Vector();\r
 143     }\r
 144 \r
 145     JButton button;\r
 146     String label;\r
 147     for (int i = 0; i < 20; i++)\r
 148     {\r
 149       if (caseSensitive)\r
 150       {\r
 151         label = ResidueProperties.aa[i];\r
 152       }\r
 153       else\r
 154       {\r
 155         label = ResidueProperties.aa2Triplet.get\r
 156             (ResidueProperties.aa[i]).toString();\r
 157       }\r
 158 \r
 159       button = makeButton(label,\r
 160                           ResidueProperties.aa[i],\r
 161                           upperCaseButtons, i);\r
 162 \r
 163       buttonPanel.add(button);\r
 164     }\r
 165 \r
 166     buttonPanel.add(makeButton("B", "B", upperCaseButtons, 20));\r
 167     buttonPanel.add(makeButton("Z", "Z", upperCaseButtons, 21));\r
 168     buttonPanel.add(makeButton("X", "X", upperCaseButtons, 22));\r
 169     buttonPanel.add(makeButton("Gap", "-", upperCaseButtons, 23));\r
 170 \r
 171     if (!caseSensitive)\r
 172     {\r
 173       gridLayout.setRows(6);\r
 174       gridLayout.setColumns(4);\r
 175     }\r
 176     else\r
 177     {\r
 178       gridLayout.setRows(7);\r
 179       int cols = 7;\r
 180       gridLayout.setColumns(cols + 1);\r
 181 \r
 182       if (lowerCaseButtons == null)\r
 183       {\r
 184         lowerCaseButtons = new Vector();\r
 185       }\r
 186 \r
 187       for (int i = 0; i < 20; i++)\r
 188       {\r
 189         int row = i / cols + 1;\r
 190         int index = (row * cols) + i;\r
 191         button = makeButton(\r
 192             ResidueProperties.aa[i].toLowerCase(),\r
 193             ResidueProperties.aa[i].toLowerCase(),\r
 194             lowerCaseButtons,\r
 195             i);\r
 196 \r
 197         buttonPanel.add(button, index);\r
 198       }\r
 199     }\r
 200 \r
 201     if (caseSensitive)\r
 202     {\r
 203       buttonPanel.add(makeButton("b", "b", lowerCaseButtons, 20));\r
 204       buttonPanel.add(makeButton("z", "z", lowerCaseButtons, 21));\r
 205       buttonPanel.add(makeButton("x", "x", lowerCaseButtons, 22));\r
 206     }\r
 207 \r
 208     buttonPanel.validate();\r
 209     validate();\r
 210   }\r
 211 \r
 212   /**\r
 213    * DOCUMENT ME!\r
 214    *\r
 215    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 216    */\r
 217   public void stateChanged(ChangeEvent evt)\r
 218   {\r
 219     if (selectedButtons != null)\r
 220     {\r
 221       JButton button = null;\r
 222       for (int i = 0; i < selectedButtons.size(); i++)\r
 223       {\r
 224         button = (JButton) selectedButtons.elementAt(i);\r
 225         button.setBackground(colorChooser.getColor());\r
 226         button.setForeground(button.getBackground().brighter().brighter().\r
 227                              brighter());\r
 228       }\r
 229       if (button == lcaseColour)\r
 230       {\r
 231         for (int i = 0; i < lowerCaseButtons.size(); i++)\r
 232         {\r
 233           button = (JButton) lowerCaseButtons.elementAt(i);\r
 234           button.setBackground(colorChooser.getColor());\r
 235           button.setForeground(button.getBackground().brighter().brighter().\r
 236                                brighter());\r
 237         }\r
 238       }\r
 239     }\r
 240   }\r
 241 \r
 242   /**\r
 243    * DOCUMENT ME!\r
 244    *\r
 245    * @param e DOCUMENT ME!\r
 246    */\r
 247   public void colourButtonPressed(MouseEvent e)\r
 248   {\r
 249     if (selectedButtons == null)\r
 250     {\r
 251       selectedButtons = new Vector();\r
 252     }\r
 253 \r
 254     JButton pressed = (JButton) e.getSource();\r
 255 \r
 256     if (e.isShiftDown())\r
 257     {\r
 258       JButton start, end = (JButton) e.getSource();\r
 259       if (selectedButtons.size() > 0)\r
 260       {\r
 261         start = (JButton) selectedButtons.elementAt(selectedButtons.size() - 1);\r
 262       }\r
 263       else\r
 264       {\r
 265         start = (JButton) e.getSource();\r
 266       }\r
 267 \r
 268       int startIndex = 0, endIndex = 0;\r
 269       for (int b = 0; b < buttonPanel.getComponentCount(); b++)\r
 270       {\r
 271         if (buttonPanel.getComponent(b) == start)\r
 272         {\r
 273           startIndex = b;\r
 274         }\r
 275         if (buttonPanel.getComponent(b) == end)\r
 276         {\r
 277           endIndex = b;\r
 278         }\r
 279       }\r
 280 \r
 281       if (startIndex > endIndex)\r
 282       {\r
 283         int temp = startIndex;\r
 284         startIndex = endIndex;\r
 285         endIndex = temp;\r
 286       }\r
 287 \r
 288       for (int b = startIndex; b <= endIndex; b++)\r
 289       {\r
 290         JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(b);\r
 291         if (!selectedButtons.contains(button))\r
 292         {\r
 293           button.setForeground(button.getBackground().brighter().brighter());\r
 294           selectedButtons.add(button);\r
 295         }\r
 296       }\r
 297     }\r
 298     else if (!e.isControlDown())\r
 299     {\r
 300       for (int b = 0; b < selectedButtons.size(); b++)\r
 301       {\r
 302         JButton button = (JButton) selectedButtons.elementAt(b);\r
 303         button.setForeground(button.getBackground().darker().darker());\r
 304       }\r
 305       selectedButtons.clear();\r
 306       pressed.setForeground(pressed.getBackground().brighter().brighter());\r
 307       selectedButtons.addElement(pressed);\r
 308 \r
 309     }\r
 310     else if (e.isControlDown())\r
 311     {\r
 312       if (selectedButtons.contains(pressed))\r
 313       {\r
 314         pressed.setForeground(pressed.getBackground().darker().darker());\r
 315         selectedButtons.remove(pressed);\r
 316       }\r
 317       else\r
 318       {\r
 319         pressed.setForeground(pressed.getBackground().brighter().brighter());\r
 320         selectedButtons.addElement(pressed);\r
 321       }\r
 322     }\r
 323 \r
 324     if (selectedButtons.size() > 0)\r
 325     {\r
 326       colorChooser.setColor( ( (JButton) selectedButtons.elementAt(0)).\r
 327                             getBackground());\r
 328     }\r
 329   }\r
 330 \r
 331   /**\r
 332    * DOCUMENT ME!\r
 333    *\r
 334    * @param label DOCUMENT ME!\r
 335    * @param aa DOCUMENT ME!\r
 336    */\r
 337   JButton makeButton(String label,\r
 338                      String aa,\r
 339                      Vector caseSensitiveButtons,\r
 340                      int buttonIndex)\r
 341   {\r
 342     final JButton button;\r
 343     Color col;\r
 344 \r
 345     if (buttonIndex < caseSensitiveButtons.size())\r
 346     {\r
 347       button = (JButton) caseSensitiveButtons.elementAt(buttonIndex);\r
 348       col = button.getBackground();\r
 349     }\r
 350     else\r
 351     {\r
 352       button = new JButton();\r
 353       button.addMouseListener(new java.awt.event.MouseAdapter()\r
 354       {\r
 355         public void mouseClicked(MouseEvent e)\r
 356         {\r
 357           colourButtonPressed(e);\r
 358         }\r
 359       });\r
 360 \r
 361       caseSensitiveButtons.addElement(button);\r
 362 \r
 363       col = Color.white;\r
 364 \r
 365       try\r
 366       {\r
 367         col = oldColourScheme.findColour(aa.charAt(0), -1);\r
 368       }\r
 369       catch (Exception ex)\r
 370       {}\r
 371     }\r
 372 \r
 373     if (caseSensitive.isSelected())\r
 374     {\r
 375       button.setMargin(new java.awt.Insets(2, 2, 2, 2));\r
 376     }\r
 377     else\r
 378     {\r
 379       button.setMargin(new java.awt.Insets(2, 14, 2, 14));\r
 380     }\r
 381 \r
 382     button.setBackground(col);\r
 383     button.setText(label);\r
 384     button.setForeground(col.darker().darker().darker());\r
 385     button.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.BOLD, 10));\r
 386 \r
 387     return button;\r
 388   }\r
 389 \r
 390   /**\r
 391    * DOCUMENT ME!\r
 392    *\r
 393    * @param e DOCUMENT ME!\r
 394    */\r
 395   protected void okButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 396   {\r
 397     applyButton_actionPerformed(null);\r
 398 \r
 399     try\r
 400     {\r
 401       frame.setClosed(true);\r
 402     }\r
 403     catch (Exception ex)\r
 404     {\r
 405     }\r
 406   }\r
 407 \r
 408   /**\r
 409    * DOCUMENT ME!\r
 410    *\r
 411    * @param e DOCUMENT ME!\r
 412    */\r
 413   protected void applyButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 414   {\r
 415     UserColourScheme ucs = getSchemeFromButtons();\r
 416     ucs.setName(schemeName.getText());\r
 417 \r
 418     if (seqGroup != null)\r
 419     {\r
 420       seqGroup.cs = ucs;\r
 421       ap.paintAlignment(true);\r
 422     }\r
 423     else if (ap != null)\r
 424     {\r
 425       ap.alignFrame.changeColour(ucs);\r
 426     }\r
 427     else if (jmol != null)\r
 428     {\r
 429       jmol.setJalviewColourScheme(ucs);\r
 430     }\r
 431   }\r
 432 \r
 433   UserColourScheme getSchemeFromButtons()\r
 434   {\r
 435 \r
 436     Color[] newColours = new Color[24];\r
 437 \r
 438     for (int i = 0; i < 24; i++)\r
 439     {\r
 440       JButton button = (JButton) upperCaseButtons.elementAt(i);\r
 441       newColours[i] = button.getBackground();\r
 442     }\r
 443 \r
 444     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(newColours);\r
 445 \r
 446     if (caseSensitive.isSelected())\r
 447     {\r
 448       newColours = new Color[23];\r
 449       for (int i = 0; i < 23; i++)\r
 450       {\r
 451         JButton button = (JButton) lowerCaseButtons.elementAt(i);\r
 452         newColours[i] = button.getBackground();\r
 453       }\r
 454       ucs.setLowerCaseColours(newColours);\r
 455     }\r
 456 \r
 457     if (ap != null)\r
 458     {\r
 459       ucs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 460     }\r
 461 \r
 462     return ucs;\r
 463   }\r
 464 \r
 465   /**\r
 466    * DOCUMENT ME!\r
 467    *\r
 468    * @param e DOCUMENT ME!\r
 469    */\r
 470   protected void loadbutton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 471   {\r
 472     upperCaseButtons = new Vector();\r
 473     lowerCaseButtons = new Vector();\r
 474 \r
 475     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
 476         getProperty(\r
 477             "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
 478         {"jc"},\r
 479         new String[]\r
 480         {"Jalview User Colours"}, "Jalview User Colours");\r
 481     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 482     chooser.setDialogTitle("Load colour scheme");\r
 483     chooser.setToolTipText("Load");\r
 484 \r
 485     int value = chooser.showOpenDialog(this);\r
 486 \r
 487     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 488     {\r
 489       File choice = chooser.getSelectedFile();\r
 490       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());\r
 491       String defaultColours = jalview.bin.Cache.getDefault(\r
 492           "USER_DEFINED_COLOURS",\r
 493           choice.getPath());\r
 494       if (defaultColours.indexOf(choice.getPath()) == -1)\r
 495       {\r
 496         defaultColours = defaultColours.concat("|").concat(choice.getPath());\r
 497       }\r
 498 \r
 499       jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS", defaultColours);\r
 500 \r
 501       UserColourScheme ucs = loadColours(choice.getAbsolutePath());\r
 502       Color[] colors = ucs.getColours();\r
 503       schemeName.setText(ucs.getName());\r
 504 \r
 505       if (ucs.getLowerCaseColours() != null)\r
 506       {\r
 507         caseSensitive.setSelected(true);\r
 508         lcaseColour.setEnabled(true);\r
 509         resetButtonPanel(true);\r
 510         for (int i = 0; i < lowerCaseButtons.size(); i++)\r
 511         {\r
 512           JButton button = (JButton) lowerCaseButtons.elementAt(i);\r
 513           button.setBackground(ucs.getLowerCaseColours()[i]);\r
 514         }\r
 515 \r
 516       }\r
 517       else\r
 518       {\r
 519         caseSensitive.setSelected(false);\r
 520         lcaseColour.setEnabled(false);\r
 521         resetButtonPanel(false);\r
 522       }\r
 523 \r
 524       for (int i = 0; i < upperCaseButtons.size(); i++)\r
 525       {\r
 526         JButton button = (JButton) upperCaseButtons.elementAt(i);\r
 527         button.setBackground(colors[i]);\r
 528       }\r
 529 \r
 530     }\r
 531   }\r
 532 \r
 533   /**\r
 534    * DOCUMENT ME!\r
 535    *\r
 536    * @return DOCUMENT ME!\r
 537    */\r
 538   public static UserColourScheme loadDefaultColours()\r
 539   {\r
 540     UserColourScheme ret = null;\r
 541 \r
 542     String colours = jalview.bin.Cache.getProperty("USER_DEFINED_COLOURS");\r
 543     if (colours != null)\r
 544     {\r
 545       if (colours.indexOf("|") > -1)\r
 546       {\r
 547         colours = colours.substring(0, colours.indexOf("|"));\r
 548       }\r
 549 \r
 550       ret = loadColours(colours);\r
 551     }\r
 552 \r
 553     if (ret == null)\r
 554     {\r
 555       Color[] newColours = new Color[24];\r
 556       for (int i = 0; i < 24; i++)\r
 557       {\r
 558         newColours[i] = Color.white;\r
 559       }\r
 560       ret = new UserColourScheme(newColours);\r
 561     }\r
 562 \r
 563     return ret;\r
 564   }\r
 565 \r
 566   /**\r
 567    * DOCUMENT ME!\r
 568    *\r
 569    * @param file DOCUMENT ME!\r
 570    *\r
 571    * @return DOCUMENT ME!\r
 572    */\r
 573   static UserColourScheme loadColours(String file)\r
 574   {\r
 575     UserColourScheme ucs = null;\r
 576     Color[] newColours = null;\r
 577     try\r
 578     {\r
 579       InputStreamReader in = new InputStreamReader(new FileInputStream(\r
 580           file), "UTF-8");\r
 581 \r
 582       jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours jucs\r
 583           = new jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours();\r
 584 \r
 585       org.exolab.castor.xml.Unmarshaller unmar\r
 586           = new org.exolab.castor.xml.Unmarshaller(jucs);\r
 587       jucs = (jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours) unmar.\r
 588           unmarshal(in);\r
 589 \r
 590       newColours = new Color[24];\r
 591 \r
 592       Color[] lowerCase = null;\r
 593       boolean caseSensitive = false;\r
 594 \r
 595       String name;\r
 596       int index;\r
 597       for (int i = 0; i < jucs.getColourCount(); i++)\r
 598       {\r
 599         name = jucs.getColour(i).getName();\r
 600         if (ResidueProperties.aa3Hash.containsKey(name))\r
 601         {\r
 602           index = ( (Integer) ResidueProperties.aa3Hash.get(name)).intValue();\r
 603         }\r
 604         else\r
 605         {\r
 606           index = ResidueProperties.aaIndex[name.charAt(0)];\r
 607         }\r
 608         if (index == -1)\r
 609         {\r
 610           continue;\r
 611         }\r
 612 \r
 613         if (name.toLowerCase().equals(name))\r
 614         {\r
 615           if (lowerCase == null)\r
 616           {\r
 617             lowerCase = new Color[23];\r
 618           }\r
 619           caseSensitive = true;\r
 620           lowerCase[index] = new Color(Integer.parseInt(\r
 621               jucs.getColour(i).getRGB(), 16));\r
 622         }\r
 623         else\r
 624         {\r
 625           newColours[index] = new Color(Integer.parseInt(\r
 626               jucs.getColour(i).getRGB(), 16));\r
 627         }\r
 628       }\r
 629 \r
 630       if (newColours != null)\r
 631       {\r
 632         ucs = new UserColourScheme(newColours);\r
 633         ucs.setName(jucs.getSchemeName());\r
 634         if (caseSensitive)\r
 635         {\r
 636           ucs.setLowerCaseColours(lowerCase);\r
 637         }\r
 638       }\r
 639 \r
 640     }\r
 641     catch (Exception ex)\r
 642     {\r
 643       //Could be Archive Jalview format\r
 644       try\r
 645       {\r
 646         InputStreamReader in = new InputStreamReader(new FileInputStream(\r
 647             file), "UTF-8");\r
 648 \r
 649         jalview.binding.JalviewUserColours jucs\r
 650             = new jalview.binding.JalviewUserColours();\r
 651 \r
 652         jucs = (jalview.binding.JalviewUserColours) jucs.unmarshal(in);\r
 653 \r
 654         newColours = new Color[jucs.getColourCount()];\r
 655 \r
 656         for (int i = 0; i < 24; i++)\r
 657         {\r
 658           newColours[i] = new Color(Integer.parseInt(\r
 659               jucs.getColour(i).getRGB(), 16));\r
 660         }\r
 661         if (newColours != null)\r
 662         {\r
 663           ucs = new UserColourScheme(newColours);\r
 664           ucs.setName(jucs.getSchemeName());\r
 665         }\r
 666       }\r
 667       catch (Exception ex2)\r
 668       {\r
 669         ex2.printStackTrace();\r
 670       }\r
 671 \r
 672       if (newColours == null)\r
 673       {\r
 674         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);\r
 675       }\r
 676     }\r
 677 \r
 678     return ucs;\r
 679   }\r
 680 \r
 681   /**\r
 682    * DOCUMENT ME!\r
 683    *\r
 684    * @param e DOCUMENT ME!\r
 685    */\r
 686   protected void savebutton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 687   {\r
 688     if (schemeName.getText().trim().length() < 1)\r
 689     {\r
 690       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 691                                             "User colour scheme must have a name!",\r
 692                                             "No name for colour scheme",\r
 693                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 694       return;\r
 695     }\r
 696 \r
 697     if (userColourSchemes != null &&\r
 698         userColourSchemes.containsKey(schemeName.getText()))\r
 699     {\r
 700       int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,\r
 701           "Colour scheme " + schemeName.getText() + " exists."\r
 702           + "\nContinue saving colour scheme as " + schemeName.getText() + "?",\r
 703           "Duplicate scheme name", JOptionPane.YES_NO_OPTION);\r
 704       if (reply != JOptionPane.YES_OPTION)\r
 705       {\r
 706         return;\r
 707       }\r
 708 \r
 709       userColourSchemes.remove(schemeName.getText());\r
 710     }\r
 711     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
 712         getProperty(\r
 713             "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
 714         {"jc"},\r
 715         new String[]\r
 716         {"Jalview User Colours"}, "Jalview User Colours");\r
 717 \r
 718     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 719     chooser.setDialogTitle("Save colour scheme");\r
 720     chooser.setToolTipText("Save");\r
 721 \r
 722     int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 723 \r
 724     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 725     {\r
 726       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
 727       String defaultColours = jalview.bin.Cache.getDefault(\r
 728           "USER_DEFINED_COLOURS", choice);\r
 729       if (defaultColours.indexOf(choice) == -1)\r
 730       {\r
 731         if (defaultColours.length() > 0)\r
 732         {\r
 733           defaultColours = defaultColours.concat("|");\r
 734         }\r
 735         defaultColours = defaultColours.concat(choice);\r
 736       }\r
 737 \r
 738       userColourSchemes.put(schemeName.getText(), getSchemeFromButtons());\r
 739 \r
 740       ap.alignFrame.updateUserColourMenu();\r
 741 \r
 742       jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS", defaultColours);\r
 743 \r
 744       jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours ucs\r
 745           = new jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours();\r
 746 \r
 747       ucs.setSchemeName(schemeName.getText());\r
 748       try\r
 749       {\r
 750         PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(\r
 751             new FileOutputStream(choice), "UTF-8"));\r
 752 \r
 753         for (int i = 0; i < buttonPanel.getComponentCount(); i++)\r
 754         {\r
 755           JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(i);\r
 756           jalview.schemabinding.version2.Colour col\r
 757               = new jalview.schemabinding.version2.Colour();\r
 758           col.setName(button.getText());\r
 759           col.setRGB(jalview.util.Format.getHexString(\r
 760               button.getBackground()));\r
 761           ucs.addColour(col);\r
 762         }\r
 763 \r
 764         ucs.marshal(out);\r
 765         out.close();\r
 766       }\r
 767       catch (Exception ex)\r
 768       {\r
 769         ex.printStackTrace();\r
 770       }\r
 771     }\r
 772   }\r
 773 \r
 774   /**\r
 775    * DOCUMENT ME!\r
 776    *\r
 777    * @param e DOCUMENT ME!\r
 778    */\r
 779   protected void cancelButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 780   {\r
 781     if (ap != null)\r
 782     {\r
 783       if (seqGroup != null)\r
 784       {\r
 785         seqGroup.cs = oldColourScheme;\r
 786       }\r
 787       else if (ap != null)\r
 788       {\r
 789         ap.av.setGlobalColourScheme(oldColourScheme);\r
 790       }\r
 791       ap.paintAlignment(true);\r
 792     }\r
 793 \r
 794     if (jmol != null)\r
 795     {\r
 796       jmol.setJalviewColourScheme(oldColourScheme);\r
 797     }\r
 798 \r
 799     try\r
 800     {\r
 801       frame.setClosed(true);\r
 802     }\r
 803     catch (Exception ex)\r
 804     {\r
 805     }\r
 806   }\r
 807 \r
 808   static Hashtable userColourSchemes;\r
 809 \r
 810   public static Hashtable getUserColourSchemes()\r
 811   {\r
 812     return userColourSchemes;\r
 813   }\r
 814 \r
 815   public static void initUserColourSchemes(String files)\r
 816   {\r
 817     userColourSchemes = new Hashtable();\r
 818 \r
 819     if (files == null || files.length() == 0)\r
 820     {\r
 821       return;\r
 822     }\r
 823 \r
 824     // In case colours can't be loaded, we'll remove them\r
 825     // from the default list here.\r
 826     StringBuffer coloursFound = new StringBuffer();\r
 827     StringTokenizer st = new StringTokenizer(files, "|");\r
 828     while (st.hasMoreElements())\r
 829     {\r
 830       String file = st.nextToken();\r
 831       try\r
 832       {\r
 833         UserColourScheme ucs = loadColours(file);\r
 834         if (ucs != null)\r
 835         {\r
 836           if (coloursFound.length() > 0)\r
 837           {\r
 838             coloursFound.append("|");\r
 839           }\r
 840           coloursFound.append(file);\r
 841           userColourSchemes.put(ucs.getName(), ucs);\r
 842         }\r
 843       }\r
 844       catch (Exception ex)\r
 845       {\r
 846         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);\r
 847       }\r
 848     }\r
 849     if (!files.equals(coloursFound.toString()))\r
 850     {\r
 851       if (coloursFound.toString().length() > 1)\r
 852       {\r
 853         jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS",\r
 854                                       coloursFound.toString());\r
 855       }\r
 856       else\r
 857       {\r
 858         jalview.bin.Cache.applicationProperties.remove("USER_DEFINED_COLOURS");\r
 859       }\r
 860     }\r
 861   }\r
 862 \r
 863   public static void removeColourFromDefaults(String target)\r
 864   {\r
 865     // The only way to find colours by name is to load them in\r
 866     // In case colours can't be loaded, we'll remove them\r
 867     // from the default list here.\r
 868 \r
 869     userColourSchemes = new Hashtable();\r
 870 \r
 871     StringBuffer coloursFound = new StringBuffer();\r
 872     StringTokenizer st = new StringTokenizer(\r
 873         jalview.bin.Cache.getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"), "|");\r
 874 \r
 875     while (st.hasMoreElements())\r
 876     {\r
 877       String file = st.nextToken();\r
 878       try\r
 879       {\r
 880         UserColourScheme ucs = loadColours(file);\r
 881         if (ucs != null && !ucs.getName().equals(target))\r
 882         {\r
 883           if (coloursFound.length() > 0)\r
 884           {\r
 885             coloursFound.append("|");\r
 886           }\r
 887           coloursFound.append(file);\r
 888           userColourSchemes.put(ucs.getName(), ucs);\r
 889         }\r
 890       }\r
 891       catch (Exception ex)\r
 892       {\r
 893         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);\r
 894       }\r
 895     }\r
 896 \r
 897     if (coloursFound.toString().length() > 1)\r
 898     {\r
 899       jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS",\r
 900                                     coloursFound.toString());\r
 901     }\r
 902     else\r
 903     {\r
 904       jalview.bin.Cache.applicationProperties.remove("USER_DEFINED_COLOURS");\r
 905     }\r
 906 \r
 907   }\r
 908 \r
 909   public void caseSensitive_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 910   {\r
 911     resetButtonPanel(caseSensitive.isSelected());\r
 912     lcaseColour.setEnabled(caseSensitive.isSelected());\r
 913   }\r
 914 \r
 915   public void lcaseColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 916   {\r
 917     if (selectedButtons == null)\r
 918     {\r
 919       selectedButtons = new Vector();\r
 920     }\r
 921     else\r
 922     {\r
 923       selectedButtons.clear();\r
 924     }\r
 925     selectedButtons.add(lcaseColour);\r
 926   }\r
 927 \r
 928 }\r