src/jalview/gui/VamsasClient.java

   1 /**
   2  *
   3  */
   4 package jalview.gui;
   5
   6 import java.io.File;
   7 import java.io.FileOutputStream;
   8 import java.io.OutputStreamWriter;
   9 import java.io.PrintWriter;
  10 import java.util.Hashtable;
  11 import java.util.IdentityHashMap;
  12 import java.util.Vector;
  13 import java.util.jar.JarOutputStream;
  14
  15 import javax.swing.JInternalFrame;
  16
  17 import jalview.bin.Cache;
  18
  19 import org.vamsas.client.UserHandle;
  20 import org.vamsas.client.simpleclient.FileWatcher;
  21 import org.vamsas.client.simpleclient.VamsasArchive;
  22 import org.vamsas.client.simpleclient.VamsasFile;
  23 import org.vamsas.objects.core.VamsasDocument;
  24 import org.vamsas.test.simpleclient.ArchiveClient;
  25 import org.vamsas.test.simpleclient.ClientDoc;
  26
  27 /**
  28  * @author jimp
  29  *
  30  */
  31 public class VamsasClient extends ArchiveClient {
  32         Desktop us;
  33         // Cache.preferences for vamsas client session arena
  34         // preferences for check for default session at startup.
  35         // user and organisation stuff.
  36         public VamsasClient(Desktop jdesktop,
  37                         File sessionPath) {
  38                 super(System.getProperty("user.name"),System.getProperty("host.name"), "jalview","2.7",
  39                                 sessionPath);
  40                 us=jdesktop;
  41         }
  42         public void initial_update() {
  43                 Cache.log.info("Jalview loading the Vamsas Session.");
  44                 // load in the vamsas archive for the first time
  45                 ClientDoc cdoc = this.getUpdateable();
  46                 updateJalview(cdoc);
  47
  48         }
  49         /**
  50          * this will close all windows currently in Jalview.
  51          *
  52          */
  53         protected void closeWindows() {
  54                 JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
  55
  56         if (frames == null)
  57         {
  58             return;
  59         }
  60
  61         try
  62         {
  63             for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--) {
  64                 frames[i].dispose();
  65             }
  66         } catch (Exception e) {
  67                 Cache.log.error("Whilst closing windows",e);
  68         }
  69
  70         }
  71         public void get_update(VamsasArchive doc) {
  72                 // Close windows - load update.
  73                 Cache.log.info("Jalview updating from Vamsas Session.");
  74         }
  75         public void push_update() {
  76                 // collect all uncached alignments and put them into the vamsas dataset.
  77                 // store them.
  78                 Cache.log.info("Jalview updating the Vamsas Session.");
  79         }
  80         public void end_session() {
  81                 // stop any update/watcher thread.
  82                 Cache.log.info("Jalview disconnecting from the Vamsas Session.");
  83         }
  84         public void updateJalview(ClientDoc cdoc) {
  85
  86         }
  87         protected void _updateAlignFrame(ClientDoc cdoc, AlignFrame av) {
  88
  89         }
  90         /**
  91          * jalview object binding to VorbaIds
  92          */
  93         IdentityHashMap jv2vobj = null;
  94         Hashtable vobj2jv = null;
  95         public void updateVamsasDocument(ClientDoc doc) {
  96                 if (jv2vobj==null) {
  97                         jv2vobj = new IdentityHashMap();
  98                         vobj2jv = new Hashtable();
  99                 }
 100                 // wander through frames
 101                 JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
 102
 103         if (frames == null)
 104         {
 105             return;
 106         }
 107
 108         try
 109         {
 110                 // Mapping
 111                 // Alignframe.alignment (non-null dataset)==alignment
 112                 // alignframe .alignment (dataset==null) = VAMAS[]
 113                 // Tree.alignment = vamsas[].tree (vamsas[] given by dataset, alignment given by local ref]
 114
 115                 Vector shortNames = new Vector();
 116
 117                 //REVERSE ORDER
 118             for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
 119             {
 120                 if (frames[i] instanceof AlignFrame)
 121                 {
 122                         AlignFrame af = (AlignFrame) frames[i];
 123
 124                         // check if this frame has an associated alignment object ?
 125
 126                         // update alignment and root from frame.
 127
 128                 }
 129             }
 130         }
 131         catch (Exception e) {
 132                 Cache.log.error("Vamsas Document store exception",e);
 133         }
 134         }
 135         protected class VamsasClientWatcher extends Thread implements Runnable {
 136                 /* (non-Javadoc)
 137                  * @see java.lang.Thread#run()
 138                  */
 139                 VamsasClient client=null;
 140                 VamsasClientWatcher(VamsasClient client) {
 141                         this.client = client;
 142                 }
 143                 public void run() {
 144                         ClientDoc docio = client.watch(0);
 145
 146                 }
 147
 148         }
 149         /**
 150          * @param args
 151          */
 152         public static void main(String[] args) {
 153                 // TODO Auto-generated method stub
 154
 155         }
 156
 157 }