src/jalview/gui/WsJobParameters.java

   1 package jalview.gui;
   2
   3 import java.awt.BorderLayout;
   4 import java.awt.Color;
   5 import java.awt.Component;
   6 import java.awt.Dimension;
   7 import java.awt.FlowLayout;
   8 import java.awt.Font;
   9 import java.awt.GridLayout;
  10 import java.awt.Rectangle;
  11 import java.awt.event.ActionEvent;
  12 import java.awt.event.ActionListener;
  13 import java.awt.event.ComponentEvent;
  14 import java.awt.event.ComponentListener;
  15 import java.awt.event.ContainerEvent;
  16 import java.awt.event.ContainerListener;
  17 import java.awt.event.ItemEvent;
  18 import java.awt.event.ItemListener;
  19 import java.awt.event.KeyEvent;
  20 import java.awt.event.KeyListener;
  21 import java.awt.event.MouseEvent;
  22 import java.awt.event.MouseListener;
  23 import java.awt.event.WindowEvent;
  24 import java.awt.event.WindowListener;
  25 import java.awt.event.WindowStateListener;
  26 import java.util.ArrayList;
  27 import java.util.EventObject;
  28 import java.util.HashSet;
  29 import java.util.Hashtable;
  30 import java.util.Iterator;
  31 import java.util.List;
  32 import java.util.Map;
  33 import java.util.Vector;
  34
  35 import javax.swing.JButton;
  36 import javax.swing.JCheckBox;
  37 import javax.swing.JComboBox;
  38 import javax.swing.JDialog;
  39 import javax.swing.JFrame;
  40 import javax.swing.JLabel;
  41 import javax.swing.JList;
  42 import javax.swing.JOptionPane;
  43 import javax.swing.JPanel;
  44 import javax.swing.JScrollPane;
  45 import javax.swing.JSlider;
  46 import javax.swing.JTable;
  47 import javax.swing.JTextArea;
  48 import javax.swing.JTextField;
  49 import javax.swing.ListSelectionModel;
  50 import javax.swing.SwingConstants;
  51 import javax.swing.SwingUtilities;
  52 import javax.swing.border.TitledBorder;
  53 import javax.swing.event.CellEditorListener;
  54 import javax.swing.event.ChangeEvent;
  55 import javax.swing.event.ChangeListener;
  56 import javax.swing.table.*;
  57
  58 import compbio.metadata.Argument;
  59 import compbio.metadata.Option;
  60 import compbio.metadata.Parameter;
  61 import compbio.metadata.Preset;
  62 import compbio.metadata.PresetManager;
  63 import compbio.metadata.RunnerConfig;
  64 import compbio.metadata.ValueConstrain;
  65 import compbio.metadata.WrongParameterException;
  66 import compbio.metadata.ValueConstrain.Type;
  67
  68 import jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer;
  69 import jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.Jws2Instance;
  70
  71 public class WsJobParameters extends JPanel implements ItemListener,
  72         ActionListener
  73 {
  74   private static final int PARAM_WIDTH = 340, PARAM_HEIGHT = 150,PARAM_CLOSEDHEIGHT=80;
  75
  76   private static final int OPTSET_HEIGHT = 30;
  77
  78   JPanel setDetails = new JPanel();
  79
  80   JPanel settingsPanel = new JPanel();
  81
  82   JPanel jobOptions = new JPanel();
  83
  84   JScrollPane jobOptionsPane = new JScrollPane();
  85
  86   JPanel jobParameters = new JPanel();
  87
  88   JPanel paramButtons = new JPanel();
  89
  90   JPanel paramPanel = new JPanel();
  91
  92   JLabel modified = new JLabel();
  93
  94   JButton startjob = new JButton();
  95
  96   JButton canceljob = new JButton();
  97
  98   JButton exportParams = new JButton();
  99
 100   JButton importParams = new JButton();
 101
 102   JButton resetParams = new JButton();
 103
 104   JButton addParam = new JButton();
 105
 106   JButton removeParam = new JButton();
 107
 108   JButton editParam = new JButton();
 109
 110   JComboBox setName = new JComboBox();
 111
 112   JTextArea setDescr = new JTextArea();
 113
 114   JScrollPane paramPane = new JScrollPane();
 115
 116   // JList paramList = new JList();
 117   JPanel paramList = new JPanel();
 118
 119   RunnerConfig serviceOptions;
 120
 121   List<Parameter> availableParameters;
 122
 123   private BorderLayout jparamLayout;
 124
 125   WsJobParameters(Jws2Instance service)
 126   {
 127     this(service, null);
 128   }
 129
 130   public WsJobParameters(Jws2Instance service, Preset p)
 131   {
 132     this(null, service, p, null);
 133   }
 134
 135   /**
 136    *
 137    * @param desktop
 138    *          - if null, create new JFrame outside of desktop
 139    * @param service
 140    * @param p
 141    */
 142   public WsJobParameters(JFrame parent, Jws2Instance service, Preset p,
 143           List<Argument> jobArgset)
 144   {
 145     super();
 146     jbInit();
 147     argSetModified(false);
 148     // populate parameter table
 149     initForService(service, p, jobArgset);
 150     // display in new JFrame attached to parent.
 151     validate();
 152   }
 153
 154   int response = -1;
 155
 156   JDialog frame = null;
 157
 158   public boolean showRunDialog()
 159   {
 160
 161     frame = new JDialog(Desktop.instance, true);
 162
 163     frame.setTitle("Edit parameters for " + service.getActionText());
 164     Rectangle deskr = Desktop.instance.getBounds();
 165     frame.setBounds(new Rectangle((int) (deskr.getCenterX() - 240),
 166             (int) (deskr.getCenterY() - 92), 380, 385));
 167     frame.setContentPane(this);
 168
 169     frame.setVisible(true);
 170
 171     if (response > 0)
 172     {
 173       return true;
 174     }
 175     return false;
 176   }
 177
 178   private void jbInit()
 179   {
 180     modified.setText("*");
 181     modified.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 182     modified.setForeground(Color.red);
 183     modified.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 184
 185     exportParams.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 186     exportParams.setText("Export");
 187     exportParams.setToolTipText("Export parameters to a file");
 188     exportParams.addActionListener(new ActionListener()
 189     {
 190       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 191       {
 192         exportParams_actionPerformed(e);
 193       }
 194     });
 195     importParams.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 196     importParams.setText("Import");
 197     importParams.setToolTipText("Import parameters from a file");
 198     importParams.addActionListener(new ActionListener()
 199     {
 200       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 201       {
 202         importParams_actionPerformed(e);
 203       }
 204     });
 205     resetParams.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 206     resetParams.setText("Defaults");
 207     resetParams.setToolTipText("Reset to defaults");
 208     resetParams.addActionListener(new ActionListener()
 209     {
 210       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 211       {
 212         resetParams_actionPerformed(e);
 213       }
 214     });
 215     addParam.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 216     addParam.setText("Add");
 217     addParam.setToolTipText("Add new parameter");
 218     addParam.addActionListener(new ActionListener()
 219     {
 220       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 221       {
 222         addParam_actionPerformed(e);
 223       }
 224     });
 225     removeParam.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 226     removeParam.setText("Remove");
 227     removeParam.setToolTipText("Remove selected parameter");
 228     removeParam.addActionListener(new ActionListener()
 229     {
 230       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 231       {
 232         removeParam_actionPerformed(e);
 233       }
 234     });
 235     editParam.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 236     editParam.setText("Edit");
 237     editParam.setToolTipText("Edit selected parameter");
 238     editParam.addActionListener(new ActionListener()
 239     {
 240       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 241       {
 242         editParam_actionPerformed(e);
 243       }
 244     });
 245     startjob.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 246     startjob.setText("Start");
 247     startjob.setToolTipText("Start Job");
 248     startjob.addActionListener(new ActionListener()
 249     {
 250       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 251       {
 252         startjob_actionPerformed(e);
 253       }
 254     });
 255     canceljob.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 256     canceljob.setText("Cancel");
 257     canceljob.setToolTipText("Cancel Job");
 258     canceljob.addActionListener(new ActionListener()
 259     {
 260       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 261       {
 262         canceljob_actionPerformed(e);
 263       }
 264     });
 265
 266     setDetails.setBorder(new TitledBorder("Details"));
 267     setDetails.setLayout(new BorderLayout());
 268     setDescr.setColumns(40);
 269     setDescr.setWrapStyleWord(true);
 270     setDescr.setLineWrap(true);
 271     setDescr.setBackground(getBackground());
 272     setDescr.setEditable(false);
 273     JScrollPane setDescrView = new JScrollPane();
 274     // setDescrView.setPreferredSize(new Dimension(350, 200));
 275     setDescrView.getViewport().setView(setDescr);
 276     setName.setEditable(true);
 277     setName.addItemListener(this);
 278     setName.getEditor().addActionListener(this);
 279     modified.setPreferredSize(new Dimension(15, 15));
 280     JPanel SetNamePanel = new JPanel();
 281     SetNamePanel.setLayout(new BorderLayout());
 282     SetNamePanel.add(setName, BorderLayout.WEST);
 283     SetNamePanel.add(modified, BorderLayout.EAST);
 284     setDetails.add(SetNamePanel, BorderLayout.NORTH);
 285     setDetails.add(setDescrView, BorderLayout.CENTER);
 286     // setDetails.setPreferredSize(new Dimension(360, 100));
 287     jobParameters.setBorder(new TitledBorder("Parameters"));
 288     jobParameters.setLayout(jparamLayout = new BorderLayout());
 289     paramPane.setPreferredSize(new Dimension(360, 300));
 290     paramPane.getVerticalScrollBar().setUnitIncrement(20);
 291     // paramPanel.setPreferredSize(new Dimension(360, 300));
 292     paramButtons.setLayout(new GridLayout(2, 3));
 293     paramButtons.add(addParam);
 294     paramButtons.add(editParam);
 295     paramButtons.add(removeParam);
 296     // TODO: relayout buttons nicely
 297     paramButtons.add(exportParams);
 298     paramButtons.add(importParams);
 299     paramButtons.add(resetParams);
 300     paramPane.getViewport().setView(paramList);
 301     jobParameters.add(paramPane, BorderLayout.NORTH);
 302     // jobParameters.add(paramButtons, BorderLayout.SOUTH);
 303     settingsPanel.setLayout(new BorderLayout());
 304     // settingsPanel.add(modified, BorderLayout.NORTH);
 305     JPanel jobOptionsPanel = new JPanel();
 306     jobOptionsPanel.setBorder(new TitledBorder("Options"));
 307     jobOptionsPane.getViewport().setView(jobOptions);
 308     jobOptionsPanel.add(jobOptionsPane);
 309     settingsPanel.add(jobOptionsPanel, BorderLayout.NORTH);
 310     settingsPanel.add(jobParameters, BorderLayout.SOUTH);
 311
 312     setLayout(new BorderLayout());
 313     // setPreferredSize(new Dimension(400, 600));
 314     // setSize(new Dimension(400, 600));
 315     add(setDetails, BorderLayout.NORTH);
 316     add(settingsPanel, BorderLayout.CENTER);
 317     JPanel dialogpanel = new JPanel();
 318     dialogpanel.add(startjob);
 319     dialogpanel.add(canceljob);
 320     add(dialogpanel, BorderLayout.SOUTH);
 321   }
 322
 323   protected void canceljob_actionPerformed(ActionEvent e)
 324   {
 325     response = 0;
 326     if (frame != null)
 327     {
 328       frame.setVisible(false);
 329     }
 330   }
 331
 332   protected void startjob_actionPerformed(ActionEvent e)
 333   {
 334     response = 1;
 335     if (frame != null)
 336     {
 337       frame.setVisible(false);
 338     }
 339   }
 340
 341   protected void editParam_actionPerformed(ActionEvent e)
 342   {
 343     // TODO Auto-generated method stub
 344
 345   }
 346
 347   protected void removeParam_actionPerformed(ActionEvent e)
 348   {
 349     // TODO Auto-generated method stub
 350
 351   }
 352
 353   protected void addParam_actionPerformed(ActionEvent e)
 354   {
 355     // TODO Auto-generated method stub
 356
 357   }
 358
 359   protected void resetParams_actionPerformed(ActionEvent e)
 360   {
 361     // TODO Auto-generated method stub
 362
 363   }
 364
 365   protected void importParams_actionPerformed(ActionEvent e)
 366   {
 367     // TODO Auto-generated method stub
 368
 369   }
 370
 371   protected void exportParams_actionPerformed(ActionEvent e)
 372   {
 373     // TODO Auto-generated method stub
 374
 375   }
 376
 377   Jws2Instance service;
 378
 379   void initForService(Jws2Instance service, Preset p,
 380           List<Argument> jobArgset)
 381   {
 382     this.service = service;
 383     serviceOptions = service.getRunnerConfig();
 384     // add any presets not already added.
 385     String curname = (p == null ? "" : p.getName());
 386     PresetManager prman = service.getPresets();
 387     if (prman != null)
 388     {
 389       List prList = service.getPresets().getPresets();
 390       if (prList != null)
 391       {
 392         for (Object pr : prList)
 393         {
 394           if (p == null || !curname.equals(((Preset) pr).getName()))
 395           {
 396             setName.addItem(((Preset) pr).getName());
 397           }
 398         }
 399       }
 400     }
 401     updateTable(p, jobArgset);
 402   }
 403
 404   @SuppressWarnings("unchecked")
 405   private void updateTable(Preset p, List<Argument> jobArgset)
 406   {
 407     availableParameters = new ArrayList<Parameter>();
 408     List<Parameter> setargs = new ArrayList<Parameter>();
 409     // populate table from default parameter set.
 410     List<Argument> args = serviceOptions.getArguments();
 411
 412     // split to params and required arguments
 413     {
 414       for (Argument arg : args)
 415       {
 416         Argument myarg = (Argument) arg;
 417         // Ideally, Argument would implement isRequired !
 418         if (myarg instanceof Parameter)
 419         {
 420           Parameter parm = (Parameter) myarg;
 421           if (true) // parm.isRequired())
 422           {
 423             addParameter(parm);
 424           }
 425           else
 426           {
 427             availableParameters.add(parm);
 428           }
 429         }
 430         else
 431         {
 432           if (myarg instanceof Option)
 433           {
 434             Option opt = (Option) myarg;
 435             addOption(opt);
 436             if (opt.isRequired())
 437             {
 438               selectOption(opt, opt.getDefaultValue());
 439             }
 440           }
 441           else
 442           {
 443             System.err.println("Ignoring unknown service argument type "
 444                     + arg.getClass().getName());
 445           }
 446         }
 447       }
 448       args = null; // no more args to process.
 449     }
 450     if (p != null)
 451     {
 452       if (lastParmSet == null)
 453       {
 454         // initialise setname
 455         setName.addItem(p.getName());
 456       }
 457       setDescr.setText(p.getDescription());
 458       // TODO - URL link
 459       try
 460       {
 461         args = p.getArguments(serviceOptions);
 462       } catch (Exception e)
 463       {
 464         e.printStackTrace();
 465       }
 466       // TODO: check if args should be unselected prior to resetting using the
 467       // preset
 468       setargs.clear();
 469     }
 470     else
 471     {
 472       if (lastParmSet == null)
 473       {
 474         // first call - so create a dummy name
 475         setName.addItem("Defaults *");
 476       }
 477     }
 478     if (jobArgset != null)
 479     {
 480       argSetModified(true);
 481       args = jobArgset;
 482     }
 483     // get setargs from current object
 484     if (args != null)
 485     {
 486       for (Argument arg : args)
 487       {
 488         if (arg instanceof Parameter)
 489         {
 490           setargs.add((Parameter) arg);
 491         }
 492         else
 493         {
 494           if (arg instanceof Option)
 495           {
 496             selectOption((Option) arg, arg.getDefaultValue());
 497           }
 498         }
 499
 500       }
 501     }
 502
 503     // mdl.setData(setargs);
 504     // jobOptions.setLayout(new GridLayout(optSet.size() / 2 + 1, 2));
 505     jobOptions.setPreferredSize(new Dimension(PARAM_WIDTH, optSet.size()
 506             * OPTSET_HEIGHT));
 507     jobOptions.setLayout(new GridLayout(optSet.size(), 1));
 508     refreshParamLayout();
 509     // paramPanel.setLayout(new GridLayout(paramSet.size(), 1));
 510     // paramList.va
 511     // paramPane.getViewport().validate();
 512     paramPane.validate();
 513     validate();
 514   }
 515
 516   private boolean isModified()
 517   {
 518     return modified.isVisible();
 519   }
 520
 521   private void argSetModified(boolean b)
 522   {
 523     modified.setVisible(b);
 524     /*
 525      * String setn = (String)setName.getSelectedItem(); if (setn==null) return;
 526      * int p = setName.getSelectedIndex(); if (b) { if (setn.length()<2 ||
 527      * setn.lastIndexOf(" *")!=setn.length()-2) { setn = setn+" *"; } } else {
 528      * if (setn.lastIndexOf(" *")==setn.length()-2) { setn =
 529      * setn.substring(0,setn.length()-2); } } // edit the list
 530      *
 531      * Object[] objects = new Object[setName.getItemCount()]; for (int
 532      * i=0;i<objects.length; i++) { objects[i] = setName.getItemAt(i); }
 533      * objects[p] = setn; setName.removeAllItems(); for (int
 534      * i=0;i<objects.length; i++) { setName.addItem(objects[i]); }
 535      * setName.setSelectedIndex(p);
 536      */
 537     validate();
 538   }
 539
 540   private void addParameter(Parameter parm)
 541   {
 542     ParamBox pb = paramSet.get(parm.getName());
 543     if (pb == null)
 544     {
 545       pb = new ParamBox(this, parm);
 546       paramSet.put(parm.getName(), pb);
 547       paramList.add(pb);
 548     }
 549   }
 550
 551   private void selectOption(Option opt, String string)
 552   {
 553     OptionBox cb = optSet.get(opt.getName());
 554     if (cb == null)
 555     {
 556       cb = addOption(opt);
 557     }
 558     if (string == null)
 559     {
 560       // no value specified.
 561       if (opt.isRequired())
 562       {
 563         // indicate option needs to be selected!
 564       }
 565       else
 566       {
 567         cb.enabled.setSelected(false);
 568       }
 569     }
 570     else
 571     {
 572       cb.enabled.setSelected(true);
 573
 574       if (opt.getPossibleValues().contains(string))
 575       {
 576         cb.val.setSelectedItem(string);
 577       }
 578       else
 579       {
 580         throw new Error("Invalid value " + string + " for option " + opt);
 581       }
 582
 583     }
 584   }
 585
 586   Map<String, ParamBox> paramSet = new Hashtable<String, ParamBox>();
 587
 588   public class ParamBox extends JPanel implements ChangeListener,
 589           ActionListener
 590   {
 591     JCheckBox showDesc = new JCheckBox();
 592
 593     JTextArea string = new JTextArea();
 594     JScrollPane descPanel = new JScrollPane();
 595
 596     JSlider slider = null;
 597
 598     JTextField valueField = null;
 599
 600     ValueConstrain validator = null;
 601     JPanel settingPanel = new JPanel();
 602     boolean integ = false;
 603
 604     boolean choice = false;
 605
 606     public ParamBox(final WsJobParameters pmlayout, Parameter parm)
 607     {
 608       setLayout(new FlowLayout(FlowLayout.LEFT));
 609       setBorder(new TitledBorder(parm.getName()));
 610       setPreferredSize(new Dimension(PARAM_WIDTH, PARAM_CLOSEDHEIGHT));
 611       string.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 612       string.setBackground(getBackground());
 613       // string.setSize(new Dimension(PARAM_WIDTH, 80));
 614       string.setEditable(false);
 615       showDesc.setText("Show Description");
 616       showDesc.setSelected(false);
 617       showDesc.setToolTipText(parm.getDescription());
 618       //showDesc.setLocation(2,2);
 619       descPanel.setPreferredSize(new Dimension(PARAM_WIDTH-20, 90));
 620       descPanel.getViewport().setView(string);
 621       //descPanel.setLocation(2,17);
 622       descPanel.setVisible(false);
 623       // string.setMinimumSize(new Dimension(140,80));
 624       // string.setMaximumSize(new Dimension(280,80));
 625       final ParamBox me=this;
 626       showDesc.addActionListener(new ActionListener() {
 627
 628         @Override
 629         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 630         {
 631           boolean show = showDesc.isSelected();
 632           descPanel.setVisible(show);
 633           me.setPreferredSize(new Dimension(PARAM_WIDTH, (show) ? PARAM_HEIGHT : PARAM_CLOSEDHEIGHT));
 634           me.validate();
 635           pmlayout.refreshParamLayout();
 636         }
 637       });
 638       string.setWrapStyleWord(true);
 639       string.setLineWrap(true);
 640       string.setColumns(32);
 641       string.setText(parm.getDescription());
 642       // name.setToolTipText(parm.getDescription());
 643       add(showDesc);
 644       validator = parm.getValidValue();
 645       parameter = parm;
 646       if (validator != null)
 647       {
 648         integ = validator.getType() == Type.Integer;
 649       }
 650       else
 651       {
 652         if (parameter.getPossibleValues() != null)
 653         {
 654           choice = true;
 655         }
 656       }
 657       updateControls(parm);
 658       add(descPanel); // , BorderLayout.NORTH);
 659       validate();
 660     }
 661
 662
 663     boolean adjusting = false;
 664
 665     Parameter parameter;
 666
 667     JComboBox choicebox;
 668     public int getBoxHeight()
 669     {
 670       return (showDesc.isSelected() ? PARAM_HEIGHT : PARAM_CLOSEDHEIGHT);
 671     }
 672     public void updateControls(Parameter parm)
 673     {
 674       adjusting = true;
 675       boolean init = valueField == null;
 676       float fVal = 0f;
 677       int iVal = 0;
 678       if (init)
 679       {
 680         if (choice)
 681         {
 682           choicebox = new JComboBox();
 683           choicebox.addActionListener(this);
 684           add(choicebox);
 685         }
 686         else
 687         {
 688           slider = new JSlider();
 689           slider.addChangeListener(this);
 690           valueField = new JTextField();
 691           valueField.addActionListener(this);
 692           valueField.setPreferredSize(new Dimension(80, 25));
 693           JPanel container = new JPanel();
 694           // container.setLayout(new FlowLayout());
 695           add(slider);// , BorderLayout.SOUTH);
 696           add(valueField);// ,BorderLayout.CENTER);
 697           // add(container, BorderLayout.EAST);
 698           // container.validate();
 699
 700         }
 701       }
 702
 703       if (parm != null)
 704       {
 705         if (choice)
 706         {
 707           List vals = parm.getPossibleValues();
 708           for (Object val : vals)
 709           {
 710             choicebox.addItem(val);
 711           }
 712           if (parm.getDefaultValue() != null)
 713           {
 714             choicebox.setSelectedItem(parm.getDefaultValue());
 715           }
 716         }
 717         else
 718         {
 719           valueField.setText(parm.getDefaultValue());
 720         }
 721       }
 722       updateSliderFromValueField();
 723       adjusting = false;
 724     }
 725
 726     public Parameter getParameter()
 727     {
 728       try
 729       {
 730         if (choice)
 731         {
 732           parameter.setDefaultValue((String) choicebox.getSelectedItem());
 733         }
 734         else
 735         {
 736           parameter.setDefaultValue(valueField.getText());
 737         }
 738       } catch (WrongParameterException e)
 739       {
 740         e.printStackTrace();
 741         return null;
 742       }
 743       return parameter;
 744     }
 745
 746     public Object updateSliderFromValueField()
 747     {
 748       int iVal;
 749       float fVal;
 750       if (validator != null)
 751       {
 752         if (integ)
 753         {
 754           iVal = 0;
 755           try
 756           {
 757             valueField.setText(valueField.getText().trim());
 758             iVal = Integer.valueOf(valueField.getText());
 759           } catch (Exception e)
 760           {
 761           }
 762           ;
 763           if (validator.getMin() != null && validator.getMax() != null)
 764           {
 765             slider.getModel().setRangeProperties(iVal, 1,
 766                     validator.getMin().intValue(),
 767                     validator.getMax().intValue(), true);
 768           }
 769           else
 770           {
 771             slider.setVisible(false);
 772           }
 773           return new int[]
 774           { iVal };
 775         }
 776         else
 777         {
 778           fVal = 0f;
 779           try
 780           {
 781             fVal = Float.valueOf(valueField.getText());
 782           } catch (Exception e)
 783           {
 784           }
 785           ;
 786           if (validator.getMin() != null && validator.getMax() != null)
 787           {
 788             slider.getModel().setRangeProperties((int) fVal * 1000, 1,
 789                     (int) validator.getMin().floatValue() * 1000,
 790                     (int) validator.getMax().floatValue() * 1000, true);
 791           }
 792           else
 793           {
 794             slider.setVisible(false);
 795           }
 796           return new float[]
 797           { fVal };
 798         }
 799       }
 800       else
 801       {
 802         if (!choice)
 803         {
 804           slider.setVisible(false);
 805           return new String[]
 806           { valueField.getText().trim() };
 807         }
 808         else
 809         {
 810           return new String[]
 811           { (String) choicebox.getSelectedItem() };
 812         }
 813       }
 814
 815     }
 816
 817     @Override
 818     public void stateChanged(ChangeEvent e)
 819     {
 820       if (!adjusting)
 821       {
 822         valueField.setText(""
 823                 + ((integ) ? ("" + (int) slider.getValue())
 824                         : ("" + (float) (slider.getValue() / 1000f))));
 825       }
 826     }
 827
 828     @Override
 829     public void actionPerformed(ActionEvent e)
 830     {
 831       if (choice)
 832       {
 833       }
 834       else if (!adjusting)
 835       {
 836         updateSliderFromValueField();
 837       }
 838       argSetModified(true);
 839     }
 840
 841   }
 842
 843   Map<String, OptionBox> optSet = new Hashtable<String, OptionBox>();
 844
 845   public class OptionBox extends JPanel implements ActionListener
 846   {
 847     JComboBox val = new JComboBox();
 848
 849     JCheckBox enabled = new JCheckBox();
 850
 851     Option option;
 852
 853     public OptionBox(Option opt)
 854     {
 855       option = opt;
 856       setLayout(new BorderLayout());
 857       enabled.setSelected(opt.isRequired());
 858       enabled.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 859       enabled.setText(opt.getName());
 860       enabled.setToolTipText(opt.getDescription());
 861       add(enabled, BorderLayout.NORTH);
 862       if (opt.getPossibleValues().size() > 1)
 863       {
 864         setLayout(new GridLayout(1, 2));
 865         for (Object str : opt.getPossibleValues())
 866         {
 867           val.addItem((String) str);
 868         }
 869         val.setSelectedItem((String) opt.getDefaultValue());
 870         val.addActionListener(this);
 871         add(val, BorderLayout.SOUTH);
 872       }
 873       // TODO: add actionListeners for popup (to open further info),
 874       // and to update list of parameters if an option is enabled
 875       // that takes a value.
 876     }
 877
 878     public Option getOptionIfEnabled()
 879     {
 880       if (!enabled.isSelected())
 881       {
 882         return null;
 883       }
 884       try
 885       {
 886         if (val.getSelectedItem() != null)
 887         {
 888           option.setDefaultValue((String) val.getSelectedItem());
 889         }
 890       } catch (WrongParameterException e)
 891       {
 892         e.printStackTrace();
 893         return null;
 894       }
 895       return option;
 896     }
 897
 898     @Override
 899     public void actionPerformed(ActionEvent e)
 900     {
 901       argSetModified(true);
 902       enabled.setSelected(true);
 903     }
 904   }
 905
 906   private OptionBox addOption(Option opt)
 907   {
 908     OptionBox cb = optSet.get(opt.getName());
 909     if (cb == null)
 910     {
 911       cb = new OptionBox(opt);
 912       optSet.put(opt.getName(), cb);
 913       jobOptions.add(cb);
 914     }
 915     return cb;
 916   }
 917
 918   protected void refreshParamLayout()
 919   {
 920     int s=100;
 921     for (ParamBox pbox : paramSet.values()){
 922       s+=pbox.getBoxHeight();
 923     }
 924     paramList.setPreferredSize(new Dimension(PARAM_WIDTH, s));
 925     paramList.setLayout(new FlowLayout());
 926     validate();
 927   }
 928
 929   /**
 930    * testing method - grab a service and parameter set and show the window
 931    *
 932    * @param args
 933    */
 934   public static void main(String[] args)
 935   {
 936     jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer disc = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer
 937             .getDiscoverer();
 938     int p = 0;
 939     if (args.length > 3)
 940     {
 941       Vector<String> services = new Vector<String>();
 942       services.addElement(args[p++]);
 943       Jws2Discoverer.setServiceUrls(services);
 944     }
 945     try
 946     {
 947       disc.run();
 948     } catch (Exception e)
 949     {
 950       System.err.println("Aborting. Problem discovering services.");
 951       e.printStackTrace();
 952       return;
 953     }
 954     Jws2Discoverer.Jws2Instance lastserv = null;
 955     for (Jws2Discoverer.Jws2Instance service : disc.getServices())
 956     {
 957       lastserv = service;
 958       if (p < args.length && service.serviceType.equalsIgnoreCase(args[p]))
 959       {
 960         break;
 961       }
 962     }
 963     if (lastserv != null)
 964     {
 965       List<Preset> prl = null;
 966       Preset pr = null;
 967       if (++p < args.length)
 968       {
 969         PresetManager prman = lastserv.getPresets();
 970         if (prman != null)
 971         {
 972           pr = prman.getPresetByName(args[p]);
 973           if (pr == null)
 974           {
 975             // just grab the last preset.
 976             prl = prman.getPresets();
 977           }
 978         }
 979       }
 980       Iterator<Preset> en = (prl == null) ? null : prl.iterator();
 981       while (true)
 982       {
 983         if (en != null)
 984         {
 985           if (!en.hasNext())
 986           {
 987             en = prl.iterator();
 988           }
 989           pr = en.next();
 990         }
 991         WsJobParameters pgui = new WsJobParameters(lastserv, pr);
 992         JFrame jf = new JFrame("Parameters for " + lastserv.getActionText());
 993         JPanel cont = new JPanel();
 994         jf.setPreferredSize(new Dimension(600, 800));
 995         cont.add(pgui);
 996         jf.add(cont);
 997         final Thread thr = Thread.currentThread();
 998         jf.addWindowListener(new WindowListener()
 999         {
1000
1001           @Override
1002           public void windowActivated(WindowEvent e)
1003           {
1004             // TODO Auto-generated method stub
1005
1006           }
1007
1008           @Override
1009           public void windowClosed(WindowEvent e)
1010           {
1011           }
1012
1013           @Override
1014           public void windowClosing(WindowEvent e)
1015           {
1016             thr.interrupt();
1017
1018           }
1019
1020           @Override
1021           public void windowDeactivated(WindowEvent e)
1022           {
1023             // TODO Auto-generated method stub
1024
1025           }
1026
1027           @Override
1028           public void windowDeiconified(WindowEvent e)
1029           {
1030             // TODO Auto-generated method stub
1031
1032           }
1033
1034           @Override
1035           public void windowIconified(WindowEvent e)
1036           {
1037             // TODO Auto-generated method stub
1038
1039           }
1040
1041           @Override
1042           public void windowOpened(WindowEvent e)
1043           {
1044             // TODO Auto-generated method stub
1045
1046           }
1047
1048         });
1049         jf.setVisible(true);
1050         boolean inter = false;
1051         while (!inter)
1052         {
1053           try
1054           {
1055             Thread.sleep(10000);
1056           } catch (Exception e)
1057           {
1058             inter = true;
1059           }
1060           ;
1061         }
1062         jf.dispose();
1063       }
1064     }
1065   }
1066
1067   public List<Argument> getJobParams()
1068   {
1069     List<Argument> argSet = new ArrayList<Argument>();
1070     // recover options and parameters from GUI
1071     for (OptionBox opts : optSet.values())
1072     {
1073       Option opt = opts.getOptionIfEnabled();
1074       if (opt != null)
1075       {
1076         argSet.add(opt);
1077       }
1078     }
1079     for (ParamBox parambox : paramSet.values())
1080     {
1081       Parameter parm = parambox.getParameter();
1082       if (parm != null)
1083       {
1084         argSet.add(parm);
1085       }
1086     }
1087
1088     return argSet;
1089   }
1090
1091   String lastParmSet = null;
1092
1093   Hashtable<String, Object[]> editedParams = new Hashtable<String, Object[]>();
1094
1095   @Override
1096   public void itemStateChanged(ItemEvent e)
1097   {
1098     if (e.getSource() == setName)
1099     {
1100       String setname = (String) setName.getSelectedItem();
1101       if (setname == null)
1102       {
1103         return;
1104       }
1105       // if modified - warn user - or at least save current edited set.
1106       if (lastParmSet != null)
1107       {
1108         // save current state
1109         Object[] pset;
1110         editedParams.put(lastParmSet, pset = new Object[3]);
1111         pset[0] = lastParmSet;
1112         pset[1] = setDescr.getText();
1113         pset[2] = getJobParams();
1114       }
1115       Object[] pset = editedParams.get(setname);
1116       if (pset != null)
1117       {
1118         setDescr.setText((String) pset[1]);
1119         updateTable(null, (List<Argument>) pset[2]);
1120         lastParmSet = setname;
1121         validate();
1122       }
1123       else
1124       {
1125         // must be a default preset from service
1126         Preset p = null;
1127         try
1128         {
1129           p = service.getPresets().getPresetByName(setname);
1130         } catch (Exception ex)
1131         {
1132           ex.printStackTrace();
1133         }
1134         if (p != null)
1135         {
1136           updateTable(p, null);
1137           validate();
1138           lastParmSet = setname;
1139         }
1140       }
1141
1142     }
1143   }
1144
1145   @Override
1146   public void actionPerformed(ActionEvent e)
1147   {
1148     if (e.getSource() == setName)
1149     {
1150       // rename any existing records we know about for this set.
1151       String newname = (String) setName.getSelectedItem();
1152       System.err.println("Command " + newname + " : "
1153               + e.getActionCommand());
1154     }
1155   }
1156 }