src/jalview/hmmer/HMMERParamStore.java

   1 package jalview.hmmer;
   2
   3
   4 import jalview.util.MessageManager;
   5 import jalview.ws.params.ArgumentI;
   6 import jalview.ws.params.ParamDatastoreI;
   7 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
   8 import jalview.ws.params.simple.BooleanOption;
   9 import jalview.ws.params.simple.IntegerParameter;
  10 import jalview.ws.params.simple.LogarithmicParameter;
  11
  12 import java.io.IOException;
  13 import java.util.ArrayList;
  14 import java.util.List;
  15
  16
  17 public class HMMERParamStore implements ParamDatastoreI
  18 {
  19
  20   String name;
  21
  22   List<WsParamSetI> presets = new ArrayList<>();
  23
  24   public HMMERParamStore(String name)
  25   {
  26     this.name = name;
  27   }
  28
  29   @Override
  30   public List<WsParamSetI> getPresets()
  31   {
  32     // TODO Auto-generated method stub
  33     return presets;
  34   }
  35
  36   @Override
  37   public WsParamSetI getPreset(String name)
  38   {
  39     // TODO Auto-generated method stub
  40     return null;
  41   }
  42
  43   @Override
  44   public List<ArgumentI> getServiceParameters()
  45   {
  46     List<ArgumentI> args = new ArrayList<>();
  47     if ("hmmsearch".equals(name))
  48     {
  49       args.add(new IntegerParameter(
  50               MessageManager.getString("label.number_of_results"),
  51               MessageManager
  52                       .getString("label.number_of_results_desc"),
  53               true, 100, 0, 100000));
  54       args.add(new BooleanOption(
  55               MessageManager.getString("label.auto_align_seqs"),
  56               MessageManager.getString("label.auto_align_seqs_desc"),
  57               false, false, true, null));
  58       args.add(new BooleanOption(
  59               MessageManager.getString("label.use_accessions"),
  60               MessageManager.getString("label.use_accessions_desc"),
  61               false, false, true, null));
  62       args.add(new BooleanOption(
  63               MessageManager.getString("label.trim_termini"),
  64               MessageManager.getString("label.trim_termini_desc"), false,
  65               false, true, null));
  66       args.add(new LogarithmicParameter(
  67               MessageManager.getString("label.seq_e_value"),
  68               MessageManager.getString("label.seq_e_value_desc"), false,
  69               0.001d, -63d, 9d, 4d));
  70       /*
  71       args.add(new DoubleParameter(
  72               MessageManager.getString("label.seq_score"),
  73               MessageManager.getString("label.seq_score_desc"), false,
  74               0d, 0d, 10000d));
  75          */
  76       args.add(new LogarithmicParameter(
  77               MessageManager.getString("label.dom_e_value_desc"),
  78               MessageManager.getString("label.dom_e_value_desc"), false,
  79               0.001d, -63d, 9d, 4d));
  80       /*
  81       args.add(new DoubleParameter(
  82               MessageManager.getString("label.dom_score"),
  83               MessageManager.getString("label.dom_score_desc"), false, 0d,
  84               0d,
  85               10000d));
  86               */
  87     }
  88     if ("hmmalign".equals(name))
  89     {
  90       args.add(new BooleanOption(
  91               MessageManager.getString("label.trim_termini"),
  92               MessageManager.getString(
  93                       "label.trim_termini = Trim Non-Matching Termini_desc"),
  94               false, false, true, null));
  95
  96     }
  97     if ("hmmbuild".equals(name))
  98     {
  99       args.add(new BooleanOption(
 100               MessageManager.getString("label.trim_termini"),
 101               MessageManager.getString(
 102                       "label.trim_termini = Trim Non-Matching Termini_desc"),
 103               false, false, true, null));
 104
 105     }
 106     return args;
 107   }
 108
 109   @Override
 110   public boolean presetExists(String name)
 111   {
 112     // TODO Auto-generated method stub
 113     return false;
 114   }
 115
 116   @Override
 117   public void deletePreset(String name)
 118   {
 119     // TODO Auto-generated method stub
 120
 121   }
 122
 123   @Override
 124   public void storePreset(String presetName, String text,
 125           List<ArgumentI> jobParams)
 126   {
 127     // TODO Auto-generated method stub
 128
 129   }
 130
 131   @Override
 132   public void updatePreset(String oldName, String presetName, String text,
 133           List<ArgumentI> jobParams)
 134   {
 135     // TODO Auto-generated method stub
 136
 137   }
 138
 139   @Override
 140   public WsParamSetI parseServiceParameterFile(String name,
 141           String description, String[] serviceURL, String parameters)
 142           throws IOException
 143   {
 144     // TODO Auto-generated method stub
 145     return null;
 146   }
 147
 148   @Override
 149   public String generateServiceParameterFile(WsParamSetI pset)
 150           throws IOException
 151   {
 152     // TODO Auto-generated method stub
 153     return null;
 154   }
 155
 156 }