src/jalview/io/AMSAFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26
  27 public class AMSAFile extends jalview.io.FastaFile
  28 {
  29
  30   AlignmentI al;
  31
  32   /**
  33    * Creates a new AMSAFile object for output.
  34    */
  35   public AMSAFile(AlignmentI al)
  36   {
  37     this.al = al;
  38   }
  39
  40   /**
  41    * DOCUMENT ME!
  42    *
  43    * @return DOCUMENT ME!
  44    */
  45   public String print(SequenceI[] sqs, boolean jvsuffix)
  46   {
  47     super.print(sqs, jvsuffix);
  48
  49     AlignmentAnnotation aa;
  50     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)
  51     {
  52
  53       for (int i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation().length; i++)
  54       {
  55         aa = al.getAlignmentAnnotation()[i];
  56
  57         if (aa.autoCalculated || !aa.visible)
  58         {
  59           continue;
  60         }
  61
  62         out.append(">#_" + aa.label);
  63         if (aa.description != null)
  64         {
  65           out.append(" " + aa.description);
  66         }
  67
  68         out.append(newline);
  69
  70         int nochunks = Math.min(aa.annotations.length, al.getWidth()) / len
  71                 + 1;
  72
  73         for (int j = 0; j < nochunks; j++)
  74         {
  75           int start = j * len;
  76           int end = start + len;
  77           if (end > aa.annotations.length)
  78           {
  79             end = aa.annotations.length;
  80           }
  81
  82           String ch;
  83           for (int k = start; k < end; k++)
  84           {
  85             if (aa.annotations[k] == null)
  86             {
  87               ch = " ";
  88             }
  89             else
  90             {
  91               ch = aa.annotations[k].displayCharacter;
  92             }
  93             if (ch.length() > 1)
  94             {
  95               this.warningMessage = "Truncated column annotation to first letter.";
  96               ch = ch.substring(0, 1);
  97             }
  98             out.append(ch);
  99
 100           }
 101           out.append(newline);
 102         }
 103       }
 104     }
 105     return out.toString();
 106   }
 107 }