src/jalview/io/AlignFile.java

   1 package jalview.io;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 \r
   5 import java.io.*;\r
   6 import java.util.*;\r
   7 \r
   8 public abstract class AlignFile extends FileParse {\r
   9   int noSeqs    = 0;\r
  10   int maxLength = 0;\r
  11 \r
  12   Vector    seqs;\r
  13   Vector    headers;\r
  14 \r
  15   long start;\r
  16   long end;\r
  17 \r
  18   public AlignFile()\r
  19   {}\r
  20 \r
  21   public AlignFile(String inStr) {\r
  22     initData();\r
  23 System.out.println("is this ever called??");\r
  24     try{\r
  25       parse();\r
  26     }catch(Exception ex){}\r
  27   }\r
  28 \r
  29 /**\r
  30  * Constructor which parses the data from a file of some specified type.\r
  31  * @param inFile Filename to read from.\r
  32  * @param type   What type of file to read from (File, URL)\r
  33  */\r
  34   public AlignFile(String inFile, String type) throws IOException {\r
  35     super(inFile,type);\r
  36 \r
  37     initData();\r
  38 \r
  39     parse();\r
  40 \r
  41   }\r
  42 \r
  43 /**\r
  44  * Return the seqs Vector\r
  45  */\r
  46   public Vector getSeqs() {\r
  47     return seqs;\r
  48   }\r
  49 \r
  50 /**\r
  51  * Return the Sequences in the seqs Vector as an array of Sequences\r
  52  */\r
  53   public SequenceI [] getSeqsAsArray() {\r
  54     SequenceI [] s = new SequenceI[seqs.size()];\r
  55     for (int i=0;i < seqs.size();i++) {\r
  56       s[i] = (SequenceI)seqs.elementAt(i);\r
  57     }\r
  58     return s;\r
  59   }\r
  60 \r
  61 \r
  62 /**\r
  63  * Initialise objects to store sequence data in.\r
  64  */\r
  65   protected void initData() {\r
  66     seqs    = new Vector();\r
  67     headers = new Vector();\r
  68   }\r
  69 \r
  70   protected void setSeqs(SequenceI [] s) {\r
  71     seqs = new Vector();\r
  72     for (int i=0; i<s.length; i++) {\r
  73       seqs.addElement(s[i]);\r
  74     }\r
  75   }\r
  76 \r
  77   // Checks whether sequence is valid aa characters\r
  78   protected boolean isValidProteinSequence(String sequence)\r
  79   {\r
  80     for (int i = 0; i < sequence.length(); i++)\r
  81       if (!jalview.schemes.ResidueProperties.aaHash.containsKey(String.valueOf(sequence.charAt(i))))\r
  82         return false;\r
  83 \r
  84     return true;\r
  85   }\r
  86 \r
  87 \r
  88 /**\r
  89  * This method must be implemented to parse the contents of the file.\r
  90  */\r
  91   public abstract void parse() throws IOException;\r
  92 \r
  93 \r
  94 /**\r
  95  * Print out in alignment file format the Sequences in the seqs Vector.\r
  96  */\r
  97   public abstract String print();\r
  98 }\r