src/jalview/io/AnnotationFile.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.io;\r
  21 \r
  22 import java.io.*;\r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 import java.util.*;\r
  25 import java.net.URL;\r
  26 import jalview.schemes.*;\r
  27 import jalview.analysis.Conservation;\r
  28 \r
  29 \r
  30 public class AnnotationFile\r
  31 {\r
  32   StringBuffer text = new StringBuffer(\r
  33         "JALVIEW_ANNOTATION\n"\r
  34         +"# Created: "\r
  35       +new java.util.Date()+"\n\n");\r
  36 \r
  37   public String printAnnotations(AlignmentAnnotation [] annotations,\r
  38                                 Vector groups)\r
  39   {\r
  40     if(annotations!=null)\r
  41     {\r
  42       AlignmentAnnotation row;\r
  43       String comma;\r
  44       SequenceI seqref = null;\r
  45 \r
  46       StringBuffer colours = new StringBuffer();\r
  47       StringBuffer graphLine = new StringBuffer();\r
  48 \r
  49       Hashtable graphGroup = new Hashtable();\r
  50 \r
  51       java.awt.Color color;\r
  52 \r
  53       for (int i = 0; i < annotations.length; i++)\r
  54       {\r
  55         row = annotations[i];\r
  56 \r
  57         if (!row.visible)\r
  58           continue;\r
  59 \r
  60         color = null;\r
  61 \r
  62         if (row.sequenceRef == null)\r
  63         {\r
  64           if (seqref != null)\r
  65             text.append("\nSEQUENCE_REF\tALIGNMENT\n");\r
  66 \r
  67           seqref = null;\r
  68         }\r
  69 \r
  70         else if (seqref == null || seqref != row.sequenceRef)\r
  71         {\r
  72           seqref = row.sequenceRef;\r
  73           text.append("\nSEQUENCE_REF\t" + seqref.getName() + "\n");\r
  74         }\r
  75 \r
  76         if (row.graph == AlignmentAnnotation.NO_GRAPH)\r
  77         {\r
  78           text.append("NO_GRAPH\t");\r
  79         }\r
  80         else\r
  81         {\r
  82           if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)\r
  83             text.append("BAR_GRAPH\t");\r
  84           else if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)\r
  85             text.append("LINE_GRAPH\t");\r
  86 \r
  87           if (row.getThreshold() != null)\r
  88             graphLine.append("GRAPHLINE\t"\r
  89                              + row.label + "\t"\r
  90                              + row.getThreshold().value + "\t"\r
  91                              + row.getThreshold().label + "\t"\r
  92                              + jalview.util.Format.getHexString(\r
  93                                  row.getThreshold().colour) + "\n"\r
  94                 );\r
  95 \r
  96           if (row.graphGroup > -1)\r
  97           {\r
  98             String key = String.valueOf(row.graphGroup);\r
  99             if (graphGroup.containsKey(key))\r
 100               graphGroup.put(key, graphGroup.get(key)\r
 101                              + "\t" + row.label);\r
 102             else\r
 103               graphGroup.put(key, row.label);\r
 104           }\r
 105         }\r
 106 \r
 107         text.append(row.label + "\t");\r
 108         if (row.description != null)\r
 109           text.append(row.description + "\t");\r
 110 \r
 111         for (int j = 0; j < row.annotations.length; j++)\r
 112         {\r
 113           if (seqref != null &&\r
 114               jalview.util.Comparison.isGap(seqref.getCharAt(j)))\r
 115             continue;\r
 116 \r
 117           if (row.annotations[j] != null)\r
 118           {\r
 119             comma = "";\r
 120             if (row.annotations[j].secondaryStructure != ' ')\r
 121             {\r
 122               text.append(comma + row.annotations[j].secondaryStructure);\r
 123               comma = ",";\r
 124             }\r
 125             if (row.annotations[j].displayCharacter.length() > 0\r
 126                 && !row.annotations[j].displayCharacter.equals(" "))\r
 127             {\r
 128               text.append(comma + row.annotations[j].displayCharacter);\r
 129               comma = ",";\r
 130             }\r
 131 \r
 132             if (row.annotations[j] != null)\r
 133             {\r
 134               color = row.annotations[j].colour;\r
 135               if (row.annotations[j].value != 0f)\r
 136                 text.append(comma + row.annotations[j].value);\r
 137             }\r
 138           }\r
 139           text.append("|");\r
 140         }\r
 141 \r
 142         text.append("\n");\r
 143 \r
 144         if (color != null && color != java.awt.Color.black)\r
 145         {\r
 146           colours.append("COLOUR\t"\r
 147                          + row.label + "\t"\r
 148                          + jalview.util.Format.getHexString(color) + "\n");\r
 149         }\r
 150 \r
 151       }\r
 152 \r
 153       text.append("\n");\r
 154 \r
 155       text.append(colours.toString());\r
 156       text.append(graphLine.toString());\r
 157       if (graphGroup.size() > 0)\r
 158       {\r
 159         text.append("COMBINE\t");\r
 160         Enumeration en = graphGroup.elements();\r
 161         while (en.hasMoreElements())\r
 162         {\r
 163           text.append(en.nextElement() + "\n");\r
 164         }\r
 165       }\r
 166     }\r
 167 \r
 168 \r
 169     if(groups!=null)\r
 170     {\r
 171       printGroups(groups);\r
 172     }\r
 173 \r
 174     return text.toString();\r
 175   }\r
 176 \r
 177 \r
 178   public void printGroups(Vector sequenceGroups)\r
 179   {\r
 180     SequenceGroup sg;\r
 181     for (int i = 0; i < sequenceGroups.size(); i++)\r
 182     {\r
 183       sg = (SequenceGroup) sequenceGroups.elementAt(i);\r
 184       text.append("SEQUENCE_GROUP\t"\r
 185                   + sg.getName() + "\t"\r
 186                   + (sg.getStartRes()+1) + "\t"\r
 187                   + (sg.getEndRes()+1)  + "\t" + "-1\t");\r
 188       for(int s=0; s<sg.getSize(); s++)\r
 189       {\r
 190         text.append(sg.getSequenceAt(s).getName()+"\t");\r
 191       }\r
 192 \r
 193       text.append("\nPROPERTIES\t"+sg.getName()+"\t");\r
 194 \r
 195       if(sg.getDescription()!=null)\r
 196         text.append("description="+sg.getDescription()+"\t");\r
 197       if(sg.cs!=null)\r
 198       {\r
 199         text.append("colour="+ColourSchemeProperty.getColourName(sg.cs)+"\t");\r
 200         if(sg.cs.getThreshold()!=0)\r
 201           text.append("pidThreshold="+sg.cs.getThreshold());\r
 202         if(sg.cs.conservationApplied())\r
 203           text.append("consThreshold="+sg.cs.getConservationInc()+"\t");\r
 204       }\r
 205       text.append("outlineColour="+\r
 206                   jalview.util.Format.getHexString(sg.getOutlineColour())+"\t");\r
 207 \r
 208       text.append("displayBoxes=" + sg.getDisplayBoxes() + "\t");\r
 209       text.append("displayText=" + sg.getDisplayText() + "\t");\r
 210       text.append("colourText=" + sg.getColourText() + "\t");\r
 211 \r
 212       if (sg.textColour != java.awt.Color.black)\r
 213         text.append("textCol1=" +\r
 214                     jalview.util.Format.getHexString(sg.textColour) + "\t");\r
 215       if (sg.textColour2 != java.awt.Color.white)\r
 216         text.append("textCol2=" +\r
 217                     jalview.util.Format.getHexString(sg.textColour2) + "\t");\r
 218       if(sg.thresholdTextColour!=0)\r
 219       text.append("textColThreshold="+sg.thresholdTextColour);\r
 220 \r
 221       text.append("\n\n");\r
 222 \r
 223     }\r
 224   }\r
 225 \r
 226 \r
 227   SequenceI refSeq = null;\r
 228   public boolean readAnnotationFile(AlignmentI al,\r
 229                                     String file,\r
 230                                     String protocol)\r
 231   {\r
 232     try\r
 233     {\r
 234       BufferedReader in = null;\r
 235       if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.FILE))\r
 236       {\r
 237         in = new BufferedReader(new FileReader(file));\r
 238       }\r
 239       else if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.URL))\r
 240       {\r
 241         URL url = new URL(file);\r
 242         in = new BufferedReader(new InputStreamReader(url.openStream()));\r
 243       }\r
 244      else if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.PASTE))\r
 245       {\r
 246         in = new BufferedReader(new StringReader(file));\r
 247       }\r
 248       else if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.CLASSLOADER))\r
 249       {\r
 250         java.io.InputStream is = getClass().getResourceAsStream("/" + file);\r
 251         if (is != null)\r
 252         {\r
 253           in = new BufferedReader(new java.io.InputStreamReader(is));\r
 254         }\r
 255     }\r
 256 \r
 257       String line, label, description, token;\r
 258       int graphStyle, index;\r
 259       int refSeqIndex = 1;\r
 260       int existingAnnotations = 0;\r
 261       if(al.getAlignmentAnnotation()!=null)\r
 262        existingAnnotations = al.getAlignmentAnnotation().length;\r
 263 \r
 264       int alWidth = al.getWidth();\r
 265 \r
 266       StringTokenizer st;\r
 267       Annotation[] annotations;\r
 268       AlignmentAnnotation annotation = null;\r
 269 \r
 270       // First confirm this is an Annotation file\r
 271       boolean jvAnnotationFile = false;\r
 272       while ( (line = in.readLine()) != null)\r
 273       {\r
 274         if (line.indexOf("#") == 0 )\r
 275           continue;\r
 276 \r
 277         if (line.indexOf("JALVIEW_ANNOTATION") > -1)\r
 278         {\r
 279           jvAnnotationFile = true;\r
 280           break;\r
 281         }\r
 282       }\r
 283 \r
 284       if(!jvAnnotationFile)\r
 285       {\r
 286         in.close();\r
 287         return false;\r
 288       }\r
 289 \r
 290       while ( (line = in.readLine()) != null)\r
 291       {\r
 292         if(line.indexOf("#")==0\r
 293            || line.indexOf("JALVIEW_ANNOTATION")>-1\r
 294            || line.length()==0)\r
 295           continue;\r
 296 \r
 297         st = new StringTokenizer(line, "\t");\r
 298         token = st.nextToken();\r
 299         if(token.equalsIgnoreCase("COLOUR"))\r
 300         {\r
 301           colourAnnotations(al, st.nextToken(), st.nextToken());\r
 302           continue;\r
 303         }\r
 304 \r
 305         else if(token.equalsIgnoreCase("COMBINE") )\r
 306         {\r
 307           combineAnnotations(al, st);\r
 308           continue;\r
 309         }\r
 310 \r
 311         else if (token.equalsIgnoreCase("GRAPHLINE"))\r
 312         {\r
 313           addLine(al, st);\r
 314           continue;\r
 315         }\r
 316 \r
 317 \r
 318         else if(token.equalsIgnoreCase("SEQUENCE_REF") )\r
 319         {\r
 320           refSeq = al.findName(st.nextToken());\r
 321           try{\r
 322             refSeqIndex = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
 323             if(refSeqIndex<1)\r
 324             {\r
 325               refSeqIndex = 1;\r
 326               System.out.println("WARNING: SEQUENCE_REF index must be > 0 in AnnotationFile");\r
 327             }\r
 328           }\r
 329           catch(Exception ex)\r
 330           {\r
 331             refSeqIndex = 1;\r
 332           }\r
 333 \r
 334           continue;\r
 335         }\r
 336 \r
 337         else if(token.equalsIgnoreCase("SEQUENCE_GROUP"))\r
 338         {\r
 339           addGroup(al, st);\r
 340           continue;\r
 341         }\r
 342 \r
 343         else if(token.equalsIgnoreCase("PROPERTIES"))\r
 344         {\r
 345           addProperties(al, st);\r
 346           continue;\r
 347         }\r
 348 \r
 349 \r
 350         graphStyle = AlignmentAnnotation.getGraphValueFromString(token);\r
 351         label = st.nextToken();\r
 352 \r
 353         if(st.countTokens()>1)\r
 354           description = st.nextToken();\r
 355         else\r
 356           description = null;\r
 357 \r
 358         line = st.nextToken();\r
 359 \r
 360         st = new StringTokenizer(line, "|", true);\r
 361         annotations = new Annotation[alWidth];\r
 362 \r
 363         index = 0;\r
 364         boolean emptyColumn = true;\r
 365 \r
 366 \r
 367         while (st.hasMoreElements() && index<alWidth)\r
 368         {\r
 369           token = st.nextToken().trim();\r
 370           if(token.equals("|"))\r
 371           {\r
 372             if(emptyColumn)\r
 373               index++;\r
 374 \r
 375             emptyColumn = true;\r
 376           }\r
 377           else\r
 378           {\r
 379             annotations[index++] = parseAnnotation(token);\r
 380             emptyColumn = false;\r
 381           }\r
 382         }\r
 383 \r
 384        annotation = new AlignmentAnnotation(label,\r
 385                                           description,\r
 386                                           annotations,\r
 387                                           0,\r
 388                                           0,\r
 389                                           graphStyle);\r
 390 \r
 391        if(refSeq!=null)\r
 392        {\r
 393          annotation.createSequenceMapping(refSeq, refSeqIndex, false);\r
 394          refSeq.addAlignmentAnnotation(annotation);\r
 395        }\r
 396 \r
 397        al.addAnnotation(annotation);\r
 398 \r
 399        al.setAnnotationIndex(annotation,  al.getAlignmentAnnotation().length - existingAnnotations-1);\r
 400       }\r
 401 \r
 402     }catch(Exception ex)\r
 403     {\r
 404       ex.printStackTrace();\r
 405       System.out.println("Problem reading annotation file: "+ex);\r
 406       return false;\r
 407     }\r
 408     return true;\r
 409   }\r
 410 \r
 411   Annotation parseAnnotation(String string)\r
 412   {\r
 413     String desc = null, displayChar="";\r
 414     char ss = ' '; // secondaryStructure\r
 415     float value = 0;\r
 416     boolean parsedValue = false;\r
 417     StringTokenizer st = new StringTokenizer(string, ",");\r
 418     String token;\r
 419     while(st.hasMoreTokens())\r
 420     {\r
 421       token = st.nextToken().trim();\r
 422       if(token.length()==0)\r
 423         continue;\r
 424 \r
 425       if(!parsedValue)\r
 426       {\r
 427         try{\r
 428           displayChar = token;\r
 429           value = new Float(token).floatValue();\r
 430           parsedValue = true;\r
 431           continue;\r
 432         }catch(NumberFormatException ex){}\r
 433       }\r
 434 \r
 435       if(token.equals("H") || token.equals("E"))\r
 436       {\r
 437         // Either this character represents a helix or sheet\r
 438         // or an integer which can be displayed\r
 439         ss = token.charAt(0);\r
 440         if(displayChar.equals(token.substring(0,1)))\r
 441           displayChar = "";\r
 442       }\r
 443       else if(desc==null)\r
 444         desc = token;\r
 445 \r
 446     }\r
 447 \r
 448     if(desc == null)\r
 449       desc = value+"";\r
 450 \r
 451     if(displayChar.length()>1 && desc.length()==1)\r
 452     {\r
 453       String tmp = displayChar;\r
 454       displayChar = desc;\r
 455       desc = tmp;\r
 456     }\r
 457 \r
 458     return new Annotation(displayChar, desc, ss, value);\r
 459   }\r
 460 \r
 461   void colourAnnotations(AlignmentI al, String label, String colour)\r
 462   {\r
 463     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(colour);\r
 464     Annotation[] annotations;\r
 465     for(int i=0; i<al.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
 466     {\r
 467       if(al.getAlignmentAnnotation()[i].label.equalsIgnoreCase(label))\r
 468       {\r
 469         annotations = al.getAlignmentAnnotation()[i].annotations;\r
 470         for(int j=0; j<annotations.length; j++)\r
 471         {\r
 472           if(annotations[j]!=null)\r
 473             annotations[j].colour = ucs.findColour('A');\r
 474         }\r
 475       }\r
 476     }\r
 477   }\r
 478 \r
 479   void combineAnnotations(AlignmentI al, StringTokenizer st)\r
 480   {\r
 481     int graphGroup = -1;\r
 482     String group = st.nextToken();\r
 483     //First make sure we are not overwriting the graphIndex\r
 484     for(int i=0; i<al.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
 485     {\r
 486       if(al.getAlignmentAnnotation()[i].label.equalsIgnoreCase(group))\r
 487       {\r
 488         graphGroup = al.getAlignmentAnnotation()[i].graphGroup +1;\r
 489         al.getAlignmentAnnotation()[i].graphGroup = graphGroup;\r
 490         break;\r
 491       }\r
 492     }\r
 493 \r
 494     //Now update groups\r
 495     while(st.hasMoreTokens())\r
 496     {\r
 497       group = st.nextToken();\r
 498       for(int i=0; i<al.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
 499       {\r
 500         if (al.getAlignmentAnnotation()[i].label.equalsIgnoreCase(group))\r
 501         {\r
 502           al.getAlignmentAnnotation()[i].graphGroup = graphGroup;\r
 503           break;\r
 504         }\r
 505       }\r
 506     }\r
 507   }\r
 508 \r
 509   void addLine(AlignmentI al, StringTokenizer st)\r
 510   {\r
 511     String group = st.nextToken();\r
 512     AlignmentAnnotation annotation = null;\r
 513 \r
 514     for (int i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
 515     {\r
 516       if (al.getAlignmentAnnotation()[i].label.equalsIgnoreCase(group))\r
 517       {\r
 518         annotation = al.getAlignmentAnnotation()[i];\r
 519         break;\r
 520       }\r
 521     }\r
 522 \r
 523     if(annotation==null)\r
 524       return;\r
 525     float value = new Float(st.nextToken()).floatValue();\r
 526     String label = st.hasMoreTokens() ?  st.nextToken() : null;\r
 527     java.awt.Color colour = null;\r
 528     if(st.hasMoreTokens())\r
 529     {\r
 530       UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(st.nextToken());\r
 531       colour = ucs.findColour('A');\r
 532     }\r
 533 \r
 534     annotation.setThreshold(new GraphLine(value, label, colour));\r
 535   }\r
 536 \r
 537   void addGroup(AlignmentI al, StringTokenizer st)\r
 538   {\r
 539     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 540     sg.setName(st.nextToken());\r
 541     sg.setStartRes(Integer.parseInt(st.nextToken())-1);\r
 542     sg.setEndRes(Integer.parseInt(st.nextToken())-1);\r
 543 \r
 544     String index = st.nextToken();\r
 545     if(index.equals("-1"))\r
 546     {\r
 547       while (st.hasMoreElements())\r
 548       {\r
 549         sg.addSequence(al.findName(st.nextToken()), false);\r
 550       }\r
 551     }\r
 552     else\r
 553     {\r
 554       StringTokenizer st2 = new StringTokenizer(index, ",");\r
 555 \r
 556       while (st2.hasMoreTokens())\r
 557       {\r
 558         String tmp = st2.nextToken();\r
 559         if (tmp.equals("*"))\r
 560         {\r
 561           for (int i = 0; i < al.getHeight(); i++)\r
 562           {\r
 563             sg.addSequence(al.getSequenceAt(i), false);\r
 564           }\r
 565         }\r
 566         else if (tmp.indexOf("-") >= 0)\r
 567         {\r
 568           StringTokenizer st3 = new StringTokenizer(tmp, "-");\r
 569 \r
 570           int start = (Integer.parseInt(st3.nextToken()));\r
 571           int end = (Integer.parseInt(st3.nextToken()));\r
 572 \r
 573           if (end > start)\r
 574             for (int i = start; i <= end; i++)\r
 575               sg.addSequence(al.getSequenceAt(i-1), false);\r
 576         }\r
 577         else\r
 578         {\r
 579           sg.addSequence(al.getSequenceAt(Integer.parseInt(tmp)-1 ), false);\r
 580         }\r
 581       }\r
 582     }\r
 583 \r
 584     if(refSeq!=null)\r
 585     {\r
 586       sg.setStartRes( refSeq.findIndex( sg.getStartRes()+1 )-1 );\r
 587       sg.setEndRes(   refSeq.findIndex( sg.getEndRes() +1) -1 );\r
 588     }\r
 589 \r
 590     if(sg.getSize()>0)\r
 591     {\r
 592       al.addGroup(sg);\r
 593     }\r
 594   }\r
 595 \r
 596   void addProperties(AlignmentI al, StringTokenizer st)\r
 597   {\r
 598 \r
 599     //So far we have only added groups to the annotationHash,\r
 600     //the idea is in the future properties can be added to\r
 601     //alignments, other annotations etc\r
 602     if(al.getGroups()==null)\r
 603       return;\r
 604     SequenceGroup sg = null;\r
 605 \r
 606     String name = st.nextToken();\r
 607 \r
 608     Vector groups = al.getGroups();\r
 609     for(int i=0; i<groups.size(); i++)\r
 610     {\r
 611       sg = (SequenceGroup)groups.elementAt(i);\r
 612       if(sg.getName().equals(name))\r
 613         break;\r
 614       else\r
 615         sg = null;\r
 616     }\r
 617 \r
 618     if(sg!=null)\r
 619     {\r
 620       String keyValue, key, value;\r
 621       while(st.hasMoreTokens())\r
 622       {\r
 623         keyValue = st.nextToken();\r
 624         key = keyValue.substring(0,keyValue.indexOf("="));\r
 625         value=keyValue.substring(keyValue.indexOf("=")+1);\r
 626 \r
 627         if(key.equalsIgnoreCase("description"))\r
 628           sg.setDescription(value);\r
 629         else if(key.equalsIgnoreCase("colour"))\r
 630           sg.cs = ColourSchemeProperty.getColour(al, value);\r
 631         else if (key.equalsIgnoreCase("pidThreshold"))\r
 632         {\r
 633           sg.cs.setThreshold(Integer.parseInt(value), true);\r
 634 \r
 635         }\r
 636         else if (key.equalsIgnoreCase("consThreshold"))\r
 637         {\r
 638           sg.cs.setConservationInc(Integer.parseInt(value));\r
 639           Conservation c = new Conservation("Group",\r
 640                     ResidueProperties.propHash, 3,\r
 641                     sg.getSequences(null),\r
 642                     sg.getStartRes(),\r
 643                     sg.getEndRes() + 1);\r
 644 \r
 645             c.calculate();\r
 646             c.verdict(false, 25);\r
 647 \r
 648             sg.cs.setConservation(c);\r
 649 \r
 650         }\r
 651         else if (key.equalsIgnoreCase("outlineColour"))\r
 652          {\r
 653            sg.setOutlineColour(new UserColourScheme(value).findColour('A'));\r
 654          }\r
 655         else if (key.equalsIgnoreCase("displayBoxes"))\r
 656          sg.setDisplayBoxes( Boolean.valueOf(value).booleanValue() );\r
 657         else if (key.equalsIgnoreCase("displayText"))\r
 658          sg.setDisplayText( Boolean.valueOf(value).booleanValue() );\r
 659         else if (key.equalsIgnoreCase("colourText"))\r
 660          sg.setColourText( Boolean.valueOf(value).booleanValue() );\r
 661         else if (key.equalsIgnoreCase("textCol1"))\r
 662          {\r
 663            sg.textColour = new UserColourScheme(value).findColour('A');\r
 664          }\r
 665         else if (key.equalsIgnoreCase("textCol2"))\r
 666         {\r
 667           sg.textColour2 = new UserColourScheme(value).findColour('A');\r
 668         }\r
 669         else if (key.equalsIgnoreCase("textColThreshold"))\r
 670          sg.thresholdTextColour = Integer.parseInt(value);\r
 671 \r
 672        sg.recalcConservation();\r
 673       }\r
 674     }\r
 675   }\r
 676 }\r