src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.datamodel.Alignment;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  28 import jalview.util.MessageManager;
  29
  30 import java.io.File;
  31 import java.io.InputStream;
  32 import java.util.List;
  33
  34 /**
  35  * A low level class for alignment and feature IO with alignment formatting
  36  * methods used by both applet and application for generating flat alignment
  37  * files. It also holds the lists of magic format names that the applet and
  38  * application will allow the user to read or write files with.
  39  *
  40  * @author $author$
  41  * @version $Revision$
  42  */
  43 public class AppletFormatAdapter
  44 {
  45   private AlignViewportI viewport;
  46
  47   public static String FILE = "File";
  48
  49   public static String URL = "URL";
  50
  51   public static String PASTE = "Paste";
  52
  53   public static String CLASSLOADER = "ClassLoader";
  54
  55   /**
  56    * add jalview-derived non-secondary structure annotation from PDB structure
  57    */
  58   boolean annotFromStructure = false;
  59
  60   /**
  61    * add secondary structure from PDB data with built-in algorithms
  62    */
  63   boolean localSecondaryStruct = false;
  64
  65   /**
  66    * process PDB data with web services
  67    */
  68   boolean serviceSecondaryStruct = false;
  69
  70   private AlignFile alignFile = null;
  71
  72   String inFile;
  73
  74   /**
  75    * character used to write newlines
  76    */
  77   protected String newline = System.getProperty("line.separator");
  78
  79   /**
  80    * List of valid format strings used in the isValidFormat method
  81    */
  82   public static final String[] READABLE_FORMATS = new String[]
  83   { "BLC", "CLUSTAL", "FASTA", "MSF", "PileUp", "PIR", "PFAM", "STH",
  84       "PDB", "JnetFile", "RNAML", PhylipFile.FILE_DESC, JSONFile.FILE_DESC, IdentifyFile.GFF3File,
  85       "HTML" };
  86
  87   /**
  88    * List of readable format file extensions by application in order
  89    * corresponding to READABLE_FNAMES
  90    */
  91   public static final String[] READABLE_EXTENSIONS = new String[]
  92   { "fa, fasta, mfa, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc", "amsa",
  93       "sto,stk", "xml,rnaml", PhylipFile.FILE_EXT, JSONFile.FILE_EXT,
  94       ".gff2,gff3",
  95       "jar,jvp", HtmlFile.FILE_EXT };
  96
  97   /**
  98    * List of readable formats by application in order corresponding to
  99    * READABLE_EXTENSIONS
 100    */
 101   public static final String[] READABLE_FNAMES = new String[]
 102   { "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "AMSA", "Stockholm",
 103       "RNAML", PhylipFile.FILE_DESC, JSONFile.FILE_DESC, IdentifyFile.GFF3File, "Jalview",
 104       HtmlFile.FILE_DESC };
 105
 106   /**
 107    * List of valid format strings for use by callers of the formatSequences
 108    * method
 109    */
 110   public static final String[] WRITEABLE_FORMATS = new String[]
 111           { "BLC", "CLUSTAL", "FASTA", "MSF", "PileUp", "PIR", "PFAM", "AMSA",
 112     "STH", PhylipFile.FILE_DESC, JSONFile.FILE_DESC };
 113
 114   /**
 115    * List of extensions corresponding to file format types in WRITABLE_FNAMES
 116    * that are writable by the application.
 117    */
 118   public static final String[] WRITABLE_EXTENSIONS = new String[]
 119   { "fa, fasta, mfa, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc", "amsa",
 120       "sto,stk", PhylipFile.FILE_EXT, JSONFile.FILE_EXT, "jvp" };
 121
 122   /**
 123    * List of writable formats by the application. Order must correspond with the
 124    * WRITABLE_EXTENSIONS list of formats.
 125    */
 126   public static final String[] WRITABLE_FNAMES = new String[]
 127   { "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "AMSA", "STH",
 128       PhylipFile.FILE_DESC, JSONFile.FILE_DESC, "Jalview" };
 129
 130   public static String INVALID_CHARACTERS = "Contains invalid characters";
 131
 132   // TODO: make these messages dynamic
 133   public static String SUPPORTED_FORMATS = "Formats currently supported are\n"
 134           + prettyPrint(READABLE_FORMATS);
 135
 136   public AppletFormatAdapter()
 137   {
 138   }
 139
 140   public AppletFormatAdapter(AlignViewportI viewport)
 141   {
 142     this.viewport = viewport;
 143   }
 144
 145   /**
 146    *
 147    * @param els
 148    * @return grammatically correct(ish) list consisting of els elements.
 149    */
 150   public static String prettyPrint(String[] els)
 151   {
 152     StringBuffer list = new StringBuffer();
 153     for (int i = 0, iSize = els.length - 1; i < iSize; i++)
 154     {
 155       list.append(els[i]);
 156       list.append(", ");
 157     }
 158     list.append(" and " + els[els.length - 1] + ".");
 159     return list.toString();
 160   }
 161
 162
 163   public void setNewlineString(String nl)
 164   {
 165     newline = nl;
 166   }
 167
 168   public String getNewlineString()
 169   {
 170     return newline;
 171   }
 172
 173   /**
 174    * check that this format is valid for reading
 175    *
 176    * @param format
 177    *          a format string to be compared with READABLE_FORMATS
 178    * @return true if format is readable
 179    */
 180   public static final boolean isValidFormat(String format)
 181   {
 182     return isValidFormat(format, false);
 183   }
 184
 185   /**
 186    * validate format is valid for IO
 187    *
 188    * @param format
 189    *          a format string to be compared with either READABLE_FORMATS or
 190    *          WRITEABLE_FORMATS
 191    * @param forwriting
 192    *          when true, format is checked for containment in WRITEABLE_FORMATS
 193    * @return true if format is valid
 194    */
 195   public static final boolean isValidFormat(String format,
 196           boolean forwriting)
 197   {
 198     boolean valid = false;
 199     String[] format_list = (forwriting) ? WRITEABLE_FORMATS
 200             : READABLE_FORMATS;
 201     for (String element : format_list)
 202     {
 203       if (element.equalsIgnoreCase(format))
 204       {
 205         return true;
 206       }
 207     }
 208
 209     return valid;
 210   }
 211
 212   /**
 213    * Constructs the correct filetype parser for a characterised datasource
 214    *
 215    * @param inFile
 216    *          data/data location
 217    * @param type
 218    *          type of datasource
 219    * @param format
 220    *          File format of data provided by datasource
 221    *
 222    * @return DOCUMENT ME!
 223    */
 224   public Alignment readFile(String inFile, String type, String format)
 225           throws java.io.IOException
 226   {
 227     // TODO: generalise mapping between format string and io. class instances
 228     // using Constructor.invoke reflection
 229     this.inFile = inFile;
 230     try
 231     {
 232       Alignment al;
 233       if (format.equals("FASTA"))
 234       {
 235         alignFile = new FastaFile(inFile, type);
 236       }
 237       else if (format.equals("MSF"))
 238       {
 239         alignFile = new MSFfile(inFile, type);
 240       }
 241       else if (format.equals("PileUp"))
 242       {
 243         alignFile = new PileUpfile(inFile, type);
 244       }
 245       else if (format.equals("CLUSTAL"))
 246       {
 247         alignFile = new ClustalFile(inFile, type);
 248       }
 249       else if (format.equals("BLC"))
 250       {
 251         alignFile = new BLCFile(inFile, type);
 252       }
 253       else if (format.equals("PIR"))
 254       {
 255         alignFile = new PIRFile(inFile, type);
 256       }
 257       else if (format.equals("PFAM"))
 258       {
 259         alignFile = new PfamFile(inFile, type);
 260       }
 261       else if (format.equals("JnetFile"))
 262       {
 263         alignFile = new JPredFile(inFile, type);
 264         ((JPredFile) alignFile).removeNonSequences();
 265       }
 266       else if (format.equals("PDB"))
 267       {
 268         alignFile = new MCview.PDBfile(annotFromStructure,
 269                 localSecondaryStruct, serviceSecondaryStruct, inFile, type);
 270         // Uncomment to test Jmol data based PDB processing: JAL-1213
 271         // afile = new jalview.ext.jmol.PDBFileWithJmol(inFile, type);
 272       }
 273       else if (format.equals("STH"))
 274       {
 275         alignFile = new StockholmFile(inFile, type);
 276       }
 277       else if (format.equals("SimpleBLAST"))
 278       {
 279         alignFile = new SimpleBlastFile(inFile, type);
 280       }
 281       else if (format.equals(PhylipFile.FILE_DESC))
 282       {
 283         alignFile = new PhylipFile(inFile, type);
 284       }
 285       else if (format.equals(JSONFile.FILE_DESC))
 286       {
 287         alignFile = new JSONFile(inFile, type);
 288       }
 289       else if (format.equals(HtmlFile.FILE_DESC))
 290       {
 291         alignFile = new HtmlFile(inFile, type);
 292       }
 293       else if (format.equals("RNAML"))
 294       {
 295         alignFile = new RnamlFile(inFile, type);
 296       }
 297       else if (format.equals(IdentifyFile.GFF3File))
 298       {
 299         alignFile = new Gff3File(inFile, type);
 300       }
 301       // Standard boilerplate for creating alignment from parser
 302       alignFile.setViewport(viewport);
 303
 304       al = new Alignment(alignFile.getSeqsAsArray());
 305
 306       alignFile.addAnnotations(al);
 307
 308       alignFile.addGroups(al);
 309
 310       return al;
 311     } catch (Exception e)
 312     {
 313       e.printStackTrace();
 314       System.err.println("Failed to read alignment using the '" + format
 315               + "' reader.\n" + e);
 316
 317       if (e.getMessage() != null
 318               && e.getMessage().startsWith(INVALID_CHARACTERS))
 319       {
 320         throw new java.io.IOException(e.getMessage());
 321       }
 322
 323       // Finally test if the user has pasted just the sequence, no id
 324       if (type.equalsIgnoreCase("Paste"))
 325       {
 326         try
 327         {
 328           // Possible sequence is just residues with no label
 329           alignFile = new FastaFile(">UNKNOWN\n" + inFile, "Paste");
 330           Alignment al = new Alignment(alignFile.getSeqsAsArray());
 331
 332           alignFile.addSeqGroups(al);
 333           alignFile.addAnnotations(al);
 334           return al;
 335
 336         } catch (Exception ex)
 337         {
 338           if (ex.toString().startsWith(INVALID_CHARACTERS))
 339           {
 340             throw new java.io.IOException(e.getMessage());
 341           }
 342
 343           ex.printStackTrace();
 344         }
 345       }
 346
 347       // If we get to this stage, the format was not supported
 348       throw new java.io.IOException(SUPPORTED_FORMATS);
 349     }
 350   }
 351
 352   /**
 353    * Constructs the correct filetype parser for an already open datasource
 354    *
 355    * @param source
 356    *          an existing datasource
 357    * @param format
 358    *          File format of data that will be provided by datasource
 359    *
 360    * @return DOCUMENT ME!
 361    */
 362   public AlignmentI readFromFile(FileParse source, String format)
 363           throws java.io.IOException
 364   {
 365     // TODO: generalise mapping between format string and io. class instances
 366     // using Constructor.invoke reflection
 367     // This is exactly the same as the readFile method except we substitute
 368     // 'inFile, type' with 'source'
 369     this.inFile = source.getInFile();
 370     String type = source.type;
 371     try
 372     {
 373       Alignment al;
 374       if (format.equals("FASTA"))
 375       {
 376         alignFile = new FastaFile(source);
 377       }
 378       else if (format.equals("MSF"))
 379       {
 380         alignFile = new MSFfile(source);
 381       }
 382       else if (format.equals("PileUp"))
 383       {
 384         alignFile = new PileUpfile(source);
 385       }
 386       else if (format.equals("CLUSTAL"))
 387       {
 388         alignFile = new ClustalFile(source);
 389       }
 390       else if (format.equals("BLC"))
 391       {
 392         alignFile = new BLCFile(source);
 393       }
 394       else if (format.equals("PIR"))
 395       {
 396         alignFile = new PIRFile(source);
 397       }
 398       else if (format.equals("PFAM"))
 399       {
 400         alignFile = new PfamFile(source);
 401       }
 402       else if (format.equals("JnetFile"))
 403       {
 404         alignFile = new JPredFile(source);
 405         ((JPredFile) alignFile).removeNonSequences();
 406       }
 407       else if (format.equals("PDB"))
 408       {
 409         alignFile = new MCview.PDBfile(annotFromStructure,
 410                 localSecondaryStruct, serviceSecondaryStruct, source);
 411       }
 412       else if (format.equals("STH"))
 413       {
 414         alignFile = new StockholmFile(source);
 415       }
 416       else if (format.equals("RNAML"))
 417       {
 418         alignFile = new RnamlFile(source);
 419       }
 420       else if (format.equals("SimpleBLAST"))
 421       {
 422         alignFile = new SimpleBlastFile(source);
 423       }
 424       else if (format.equals(PhylipFile.FILE_DESC))
 425       {
 426         alignFile = new PhylipFile(source);
 427       }
 428       else if (format.equals(IdentifyFile.GFF3File))
 429       {
 430         alignFile = new Gff3File(inFile, type);
 431       }
 432       else if (format.equals(JSONFile.FILE_DESC))
 433       {
 434         alignFile = new JSONFile(source);
 435         al = new Alignment(alignFile.getSeqsAsArray());
 436         alignFile.addAnnotations(al);
 437         alignFile.addSeqGroups(al);
 438         return al;
 439       }
 440       else if (format.equals(HtmlFile.FILE_DESC))
 441       {
 442         alignFile = new HtmlFile(source);
 443       }
 444       al = new Alignment(alignFile.getSeqsAsArray());
 445       alignFile.addAnnotations(al);
 446
 447       return al;
 448     } catch (Exception e)
 449     {
 450       e.printStackTrace();
 451       System.err.println("Failed to read alignment using the '" + format
 452               + "' reader.\n" + e);
 453
 454       if (e.getMessage() != null
 455               && e.getMessage().startsWith(INVALID_CHARACTERS))
 456       {
 457         throw new java.io.IOException(e.getMessage());
 458       }
 459
 460       // Finally test if the user has pasted just the sequence, no id
 461       if (type.equalsIgnoreCase("Paste"))
 462       {
 463         try
 464         {
 465           // Possible sequence is just residues with no label
 466           alignFile = new FastaFile(">UNKNOWN\n" + inFile, "Paste");
 467           Alignment al = new Alignment(alignFile.getSeqsAsArray());
 468           alignFile.addAnnotations(al);
 469           alignFile.addSeqGroups(al);
 470           return al;
 471
 472         } catch (Exception ex)
 473         {
 474           if (ex.toString().startsWith(INVALID_CHARACTERS))
 475           {
 476             throw new java.io.IOException(e.getMessage());
 477           }
 478
 479           ex.printStackTrace();
 480         }
 481       }
 482
 483       // If we get to this stage, the format was not supported
 484       throw new java.io.IOException(SUPPORTED_FORMATS);
 485     }
 486   }
 487
 488
 489   /**
 490    * create an alignment flatfile from a Jalview alignment view
 491    * @param format
 492    * @param jvsuffix
 493    * @param av
 494    * @param selectedOnly
 495    * @return flatfile in a string
 496    */
 497   public String formatSequences(String format, boolean jvsuffix,
 498           AlignViewportI av, boolean selectedOnly)
 499   {
 500
 501     AlignmentView selvew = av.getAlignmentView(selectedOnly, false);
 502     AlignmentI aselview = selvew.getVisibleAlignment(av
 503             .getGapCharacter());
 504     List<AlignmentAnnotation> ala = (av
 505             .getVisibleAlignmentAnnotation(selectedOnly));
 506     if (ala != null)
 507     {
 508       for (AlignmentAnnotation aa : ala)
 509       {
 510         aselview.addAnnotation(aa);
 511       }
 512     }
 513
 514     return formatSequences(format, aselview, jvsuffix);
 515   }
 516
 517   /**
 518    * Construct an output class for an alignment in a particular filetype TODO:
 519    * allow caller to detect errors and warnings encountered when generating
 520    * output
 521    *
 522    * @param format
 523    *          string name of alignment format
 524    * @param alignment
 525    *          the alignment to be written out
 526    * @param jvsuffix
 527    *          passed to AlnFile class controls whether /START-END is added to
 528    *          sequence names
 529    *
 530    * @return alignment flat file contents
 531    */
 532   public String formatSequences(String format, AlignmentI alignment,
 533           boolean jvsuffix)
 534   {
 535     try
 536     {
 537       AlignFile afile = null;
 538       if (format.equalsIgnoreCase("FASTA"))
 539       {
 540         afile = new FastaFile();
 541       }
 542       else if (format.equalsIgnoreCase("MSF"))
 543       {
 544         afile = new MSFfile();
 545       }
 546       else if (format.equalsIgnoreCase("PileUp"))
 547       {
 548         afile = new PileUpfile();
 549       }
 550       else if (format.equalsIgnoreCase("CLUSTAL"))
 551       {
 552         afile = new ClustalFile();
 553       }
 554       else if (format.equalsIgnoreCase("BLC"))
 555       {
 556         afile = new BLCFile();
 557       }
 558       else if (format.equalsIgnoreCase("PIR"))
 559       {
 560         afile = new PIRFile();
 561       }
 562       else if (format.equalsIgnoreCase("PFAM"))
 563       {
 564         afile = new PfamFile();
 565       }
 566       else if (format.equalsIgnoreCase("STH"))
 567       {
 568         afile = new StockholmFile(alignment);
 569       }
 570       else if (format.equalsIgnoreCase("AMSA"))
 571       {
 572         afile = new AMSAFile(alignment);
 573       }
 574       else if (format.equalsIgnoreCase(PhylipFile.FILE_DESC))
 575       {
 576         afile = new PhylipFile();
 577       }
 578        else if (format.equalsIgnoreCase(JSONFile.FILE_DESC))
 579        {
 580         afile = new JSONFile();
 581         afile.setViewport(viewport);
 582         // Add groups to AlignFile
 583         afile.seqGroups = alignment.getGroups();
 584
 585         // Add non auto calculated annotation to AlignFile
 586         for (AlignmentAnnotation annot : alignment.getAlignmentAnnotation())
 587         {
 588           if (annot != null && !annot.autoCalculated)
 589           {
 590             if (annot.label.equals("PDB.CATempFactor"))
 591             {
 592               continue;
 593             }
 594             afile.annotations.add(annot);
 595           }
 596         }
 597        }
 598       else if (format.equalsIgnoreCase("RNAML"))
 599       {
 600         afile = new RnamlFile();
 601       }
 602
 603       else
 604       {
 605         throw new Exception(MessageManager.getString("error.implementation_error_unknown_file_format_string"));
 606       }
 607       afile.setNewlineString(newline);
 608       afile.addJVSuffix(jvsuffix);
 609
 610       afile.setSeqs(alignment.getSequencesArray());
 611
 612
 613       String afileresp = afile.print();
 614       if (afile.hasWarningMessage())
 615       {
 616         System.err.println("Warning raised when writing as " + format
 617                 + " : " + afile.getWarningMessage());
 618       }
 619       return afileresp;
 620     } catch (Exception e)
 621     {
 622       System.err.println("Failed to write alignment as a '" + format
 623               + "' file\n");
 624       e.printStackTrace();
 625     }
 626
 627     return null;
 628   }
 629
 630   public static String checkProtocol(String file)
 631   {
 632     String protocol = FILE;
 633     String ft = file.toLowerCase().trim();
 634     if (ft.indexOf("http:") == 0 || ft.indexOf("https:") == 0
 635             || ft.indexOf("file:") == 0)
 636     {
 637       protocol = URL;
 638     }
 639     return protocol;
 640   }
 641
 642   public static void main(String[] args)
 643   {
 644     int i = 0;
 645     while (i < args.length)
 646     {
 647       File f = new File(args[i]);
 648       if (f.exists())
 649       {
 650         try
 651         {
 652           System.out.println("Reading file: " + f);
 653           AppletFormatAdapter afa = new AppletFormatAdapter();
 654           Runtime r = Runtime.getRuntime();
 655           System.gc();
 656           long memf = -r.totalMemory() + r.freeMemory();
 657           long t1 = -System.currentTimeMillis();
 658           Alignment al = afa.readFile(args[i], FILE,
 659                   new IdentifyFile().Identify(args[i], FILE));
 660           t1 += System.currentTimeMillis();
 661           System.gc();
 662           memf += r.totalMemory() - r.freeMemory();
 663           if (al != null)
 664           {
 665             System.out.println("Alignment contains " + al.getHeight()
 666                     + " sequences and " + al.getWidth() + " columns.");
 667             try
 668             {
 669               System.out.println(new AppletFormatAdapter().formatSequences(
 670                       "FASTA", al, true));
 671             } catch (Exception e)
 672             {
 673               System.err
 674               .println("Couln't format the alignment for output as a FASTA file.");
 675               e.printStackTrace(System.err);
 676             }
 677           }
 678           else
 679           {
 680             System.out.println("Couldn't read alignment");
 681           }
 682           System.out.println("Read took " + (t1 / 1000.0) + " seconds.");
 683           System.out
 684           .println("Difference between free memory now and before is "
 685                   + (memf / (1024.0 * 1024.0) * 1.0) + " MB");
 686         } catch (Exception e)
 687         {
 688           System.err.println("Exception when dealing with " + i
 689                   + "'th argument: " + args[i] + "\n" + e);
 690         }
 691       }
 692       else
 693       {
 694         System.err.println("Ignoring argument '" + args[i] + "' (" + i
 695                 + "'th)- not a readable file.");
 696       }
 697       i++;
 698     }
 699   }
 700
 701   /**
 702    * try to discover how to access the given file as a valid datasource that
 703    * will be identified as the given type.
 704    *
 705    * @param file
 706    * @param format
 707    * @return protocol that yields the data parsable as the given type
 708    */
 709   public static String resolveProtocol(String file, String format)
 710   {
 711     return resolveProtocol(file, format, false);
 712   }
 713
 714   public static String resolveProtocol(String file, String format,
 715           boolean debug)
 716   {
 717     // TODO: test thoroughly!
 718     String protocol = null;
 719     if (debug)
 720     {
 721       System.out.println("resolving datasource started with:\n>>file\n"
 722               + file + ">>endfile");
 723     }
 724
 725     // This might throw a security exception in certain browsers
 726     // Netscape Communicator for instance.
 727     try
 728     {
 729       boolean rtn = false;
 730       InputStream is = System.getSecurityManager().getClass()
 731               .getResourceAsStream("/" + file);
 732       if (is != null)
 733       {
 734         rtn = true;
 735         is.close();
 736       }
 737       if (debug)
 738       {
 739         System.err.println("Resource '" + file + "' was "
 740                 + (rtn ? "" : "not") + " located by classloader.");
 741       }
 742       ;
 743       if (rtn)
 744       {
 745         protocol = AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;
 746       }
 747
 748     } catch (Exception ex)
 749     {
 750       System.err
 751       .println("Exception checking resources: " + file + " " + ex);
 752     }
 753
 754     if (file.indexOf("://") > -1)
 755     {
 756       protocol = AppletFormatAdapter.URL;
 757     }
 758     else
 759     {
 760       // skipping codebase prepend check.
 761       protocol = AppletFormatAdapter.FILE;
 762     }
 763     FileParse fp = null;
 764     try
 765     {
 766       if (debug)
 767       {
 768         System.out.println("Trying to get contents of resource as "
 769                 + protocol + ":");
 770       }
 771       fp = new FileParse(file, protocol);
 772       if (!fp.isValid())
 773       {
 774         fp = null;
 775       }
 776       else
 777       {
 778         if (debug)
 779         {
 780           System.out.println("Successful.");
 781         }
 782       }
 783     } catch (Exception e)
 784     {
 785       if (debug)
 786       {
 787         System.err.println("Exception when accessing content: " + e);
 788       }
 789       fp = null;
 790     }
 791     if (fp == null)
 792     {
 793       if (debug)
 794       {
 795         System.out.println("Accessing as paste.");
 796       }
 797       protocol = AppletFormatAdapter.PASTE;
 798       fp = null;
 799       try
 800       {
 801         fp = new FileParse(file, protocol);
 802         if (!fp.isValid())
 803         {
 804           fp = null;
 805         }
 806       } catch (Exception e)
 807       {
 808         System.err.println("Failed to access content as paste!");
 809         e.printStackTrace();
 810         fp = null;
 811       }
 812     }
 813     if (fp == null)
 814     {
 815       return null;
 816     }
 817     if (format == null || format.length() == 0)
 818     {
 819       return protocol;
 820     }
 821     else
 822     {
 823       try
 824       {
 825         String idformat = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file,
 826                 protocol);
 827         if (idformat == null)
 828         {
 829           if (debug)
 830           {
 831             System.out.println("Format not identified. Inaccessible file.");
 832           }
 833           return null;
 834         }
 835         if (debug)
 836         {
 837           System.out.println("Format identified as " + idformat
 838                   + "and expected as " + format);
 839         }
 840         if (idformat.equals(format))
 841         {
 842           if (debug)
 843           {
 844             System.out.println("Protocol identified as " + protocol);
 845           }
 846           return protocol;
 847         }
 848         else
 849         {
 850           if (debug)
 851           {
 852             System.out
 853             .println("File deemed not accessible via " + protocol);
 854           }
 855           fp.close();
 856           return null;
 857         }
 858       } catch (Exception e)
 859       {
 860         if (debug)
 861         {
 862           System.err.println("File deemed not accessible via " + protocol);
 863           e.printStackTrace();
 864         }
 865         ;
 866
 867       }
 868     }
 869     return null;
 870   }
 871
 872   public AlignFile getAlignFile()
 873   {
 874     return alignFile;
 875   }
 876
 877   public void setAlignFile(AlignFile alignFile)
 878   {
 879     this.alignFile = alignFile;
 880   }
 881 }