src/jalview/io/BLCFile.java

   1 /* Jalview - a java multiple alignment editor\r
   2  * Copyright (C) 1998  Michele Clamp\r
   3  *\r
   4  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   5  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   6  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   7  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   8  *\r
   9  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  10  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  11  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  12  * GNU General Public License for more details.\r
  13  *\r
  14  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  15  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  16  * Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA  02111-1307, USA.\r
  17  */\r
  18 package jalview.io;\r
  19 \r
  20 import jalview.datamodel.*;\r
  21 \r
  22 import java.io.*;\r
  23 import java.util.*;\r
  24 import java.net.*;\r
  25 import java.awt.Font;\r
  26 \r
  27 public class BLCFile extends AlignFile {\r
  28 \r
  29   Vector titles;\r
  30 \r
  31   public BLCFile()\r
  32   {}\r
  33 \r
  34   public BLCFile(String inStr) {\r
  35     super(inStr);\r
  36   }\r
  37 \r
  38   public void initData() {\r
  39     super.initData();\r
  40     titles = new Vector();\r
  41   }\r
  42 \r
  43   public BLCFile(String inFile, String type) throws IOException {\r
  44     super(inFile,type);\r
  45   }\r
  46 \r
  47 \r
  48   public void parse()\r
  49   {\r
  50     boolean idsFound=false;\r
  51     Vector ids = new Vector();\r
  52     StringBuffer seqstrings [];\r
  53     Vector starts = new Vector();\r
  54     Vector ends = new Vector();\r
  55 \r
  56    String line=null;\r
  57    try{\r
  58      do{\r
  59       line = nextLine();\r
  60 \r
  61       // seek end of ids\r
  62       if (line.indexOf("*") > -1)\r
  63       {\r
  64         idsFound=true;\r
  65         break;\r
  66       }\r
  67 \r
  68       if (line.indexOf(">") > -1)\r
  69       {\r
  70 \r
  71         if(line.indexOf(" ")>-1 )\r
  72         {\r
  73           //>54402046         0             1   137   137: immunog\r
  74           ids.addElement(line.substring(1, line.indexOf(" ")));\r
  75 \r
  76           // remove p Value\r
  77           line = line.substring(line.indexOf(" ") + 1);\r
  78           line = line.trim();\r
  79 \r
  80           line = line.substring(line.indexOf(" ") + 1);\r
  81           line = line.trim();\r
  82           starts.addElement(line.substring(0, line.indexOf(" ")));\r
  83           line = line.substring(line.indexOf(" ") + 1);\r
  84           line = line.trim();\r
  85           ends.addElement(line.substring(0, line.indexOf(" ")));\r
  86         }\r
  87         else\r
  88         {\r
  89           ids.addElement( line.substring(line.indexOf(">") + 1, line.indexOf("/")));\r
  90           line = line.substring(line.indexOf("/") + 1);\r
  91           starts.addElement(line.substring(0, line.indexOf("-")));\r
  92           ends.addElement(line.substring(line.indexOf("-")+1));\r
  93         }\r
  94       }\r
  95     }while(!idsFound);\r
  96 \r
  97     int starCol = line.indexOf("*");\r
  98     seqstrings = new StringBuffer[ids.size()];\r
  99     for(int i=0; i<ids.size(); i++)\r
 100     {\r
 101       if(seqstrings[i]==null)\r
 102         seqstrings[i] = new StringBuffer();\r
 103     }\r
 104 \r
 105     while ((line = nextLine()).indexOf("*")==-1)\r
 106     {\r
 107       for(int i=0; i<ids.size(); i++)\r
 108         seqstrings[i].append( line.charAt(i+starCol) );\r
 109     }\r
 110 \r
 111     for(int i=0; i<ids.size(); i++)\r
 112     {\r
 113       Sequence newSeq = new Sequence(ids.elementAt(i).toString(),\r
 114                                      seqstrings[i].toString(),\r
 115                                      Integer.parseInt(starts.elementAt(i).toString()),\r
 116                                      Integer.parseInt(ends.elementAt(i).toString()));\r
 117       seqs.addElement(newSeq);\r
 118     }\r
 119 \r
 120    }catch(Exception ex){ex.printStackTrace();}\r
 121   }\r
 122 \r
 123   public String print() {\r
 124     return print(getSeqsAsArray());\r
 125   }\r
 126   public static String print(SequenceI[] s) {\r
 127     StringBuffer out = new StringBuffer();\r
 128 \r
 129     int i=0;\r
 130     int max = -1;\r
 131     while (i < s.length && s[i] != null) {\r
 132       out.append(">" + s[i].getName() + "/" + s[i].getStart() + "-" + s[i].getEnd() + "\n");\r
 133       if (s[i].getSequence().length() > max) { max = s[i].getSequence().length();}\r
 134       i++;\r
 135     }\r
 136 \r
 137       out.append("* iteration 1\n");\r
 138       for (int j = 0; j < max; j++) {\r
 139         i=0;\r
 140         while (i < s.length && s[i] != null) {\r
 141           if(s[i].getSequence().length()>j )\r
 142             out.append(s[i].getSequence().substring(j,j+1));\r
 143           else\r
 144             out.append("-");\r
 145           i++;\r
 146         }\r
 147         out.append("\n");\r
 148       }\r
 149     out.append("*\n");\r
 150     return out.toString();\r
 151 \r
 152   }\r
 153 }\r