src/jalview/io/ClustalFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.io;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 import jalview.datamodel.*;
  25 import jalview.util.*;
  26
  27 public class ClustalFile
  28     extends AlignFile
  29 {
  30
  31   public ClustalFile()
  32   {
  33   }
  34
  35   public ClustalFile(String inFile, String type)
  36       throws IOException
  37   {
  38     super(inFile, type);
  39   }
  40   public ClustalFile(FileParse source) throws IOException
  41   {
  42     super(source);
  43   }
  44   public void initData()
  45   {
  46     super.initData();
  47   }
  48
  49   public void parse()
  50       throws IOException
  51   {
  52     int i = 0;
  53     boolean flag = false;
  54
  55     Vector headers = new Vector();
  56     Hashtable seqhash = new Hashtable();
  57     StringBuffer tempseq;
  58     String line, id;
  59     StringTokenizer str;
  60
  61     try
  62     {
  63       while ( (line = nextLine()) != null)
  64       {
  65         if (line.indexOf(" ") != 0)
  66         {
  67           str = new StringTokenizer(line, " ");
  68
  69           if (str.hasMoreTokens())
  70           {
  71             id = str.nextToken();
  72
  73             if (id.equalsIgnoreCase("CLUSTAL"))
  74             {
  75               flag = true;
  76             }
  77             else
  78             {
  79               if (flag)
  80               {
  81                 if (seqhash.containsKey(id))
  82                 {
  83                   tempseq = (StringBuffer) seqhash.get(id);
  84                 }
  85                 else
  86                 {
  87                   tempseq = new StringBuffer();
  88                   seqhash.put(id, tempseq);
  89                 }
  90
  91                 if (! (headers.contains(id)))
  92                 {
  93                   headers.addElement(id);
  94                 }
  95
  96                 if (str.hasMoreTokens())
  97                 {
  98                   tempseq.append(str.nextToken());
  99                 }
 100               }
 101             }
 102           }
 103           else
 104           {
 105             flag = true;
 106           }
 107         }
 108       }
 109     }
 110     catch (IOException e)
 111     {
 112       System.err.println("Exception parsing clustal file " + e);
 113       e.printStackTrace();
 114     }
 115
 116     if (flag)
 117     {
 118       this.noSeqs = headers.size();
 119
 120       //Add sequences to the hash
 121       for (i = 0; i < headers.size(); i++)
 122       {
 123         if (seqhash.get(headers.elementAt(i)) != null)
 124         {
 125           if (maxLength < seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString()
 126               .length())
 127           {
 128             maxLength = seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString()
 129                 .length();
 130           }
 131
 132           Sequence newSeq = parseId(headers.elementAt(i).toString());
 133           newSeq.setSequence(seqhash.get(headers.elementAt(i).toString()).
 134                              toString());
 135
 136           seqs.addElement(newSeq);
 137         }
 138         else
 139         {
 140           System.err.println(
 141               "Clustal File Reader: Can't find sequence for " +
 142               headers.elementAt(i));
 143         }
 144       }
 145     }
 146   }
 147
 148   public String print()
 149   {
 150     return print(getSeqsAsArray());
 151   }
 152
 153   public String print(SequenceI[] s)
 154   {
 155     StringBuffer out = new StringBuffer("CLUSTAL\n\n");
 156
 157     int max = 0;
 158     int maxid = 0;
 159
 160     int i = 0;
 161
 162     while ( (i < s.length) && (s[i] != null))
 163     {
 164       String tmp = printId(s[i]);
 165
 166       if (s[i].getSequence().length > max)
 167       {
 168         max = s[i].getSequence().length;
 169       }
 170
 171       if (tmp.length() > maxid)
 172       {
 173         maxid = tmp.length();
 174       }
 175
 176       i++;
 177     }
 178
 179     if (maxid < 15)
 180     {
 181       maxid = 15;
 182     }
 183
 184     maxid++;
 185
 186     int len = 60;
 187     int nochunks = (max / len) + 1;
 188
 189     for (i = 0; i < nochunks; i++)
 190     {
 191       int j = 0;
 192
 193       while ( (j < s.length) && (s[j] != null))
 194       {
 195         out.append(new Format("%-" + maxid + "s").form(printId(s[j]) + " "));
 196
 197         int start = i * len;
 198         int end = start + len;
 199
 200         if ( (end < s[j].getSequence().length) &&
 201             (start < s[j].getSequence().length))
 202         {
 203           out.append(s[j].getSequenceAsString(start, end));
 204         }
 205         else
 206         {
 207           if (start < s[j].getSequence().length)
 208           {
 209             out.append(s[j].getSequenceAsString().substring(start));
 210           }
 211         }
 212
 213         out.append("\n");
 214         j++;
 215       }
 216
 217       out.append("\n");
 218     }
 219
 220     return out.toString();
 221   }
 222 }