src/jalview/io/EBIFetchClient.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.io;\r
  21 \r
  22 import org.apache.axis.client.*;\r
  23 \r
  24 import java.io.*;\r
  25 \r
  26 import javax.activation.DataHandler;\r
  27 import org.apache.axis.AxisFault;\r
  28 import org.apache.axis.encoding.XMLType;\r
  29 import javax.xml.rpc.ParameterMode;\r
  30 import javax.xml.namespace.QName;\r
  31 import org.apache.axis.encoding.ser.JAFDataHandlerSerializerFactory;\r
  32 import org.apache.axis.encoding.ser.JAFDataHandlerDeserializerFactory;\r
  33 \r
  34 \r
  35 public class EBIFetchClient\r
  36 {\r
  37   Call call;\r
  38   String format = "default";\r
  39   String style = "raw";\r
  40 \r
  41   public EBIFetchClient()\r
  42   {\r
  43     try{\r
  44       call = (Call)new Service().createCall();\r
  45       call.setTargetEndpointAddress(new java.net.URL(\r
  46           "http://www.ebi.ac.uk/ws/services/Dbfetch"));\r
  47     }catch(Exception ex){}\r
  48   }\r
  49 \r
  50 \r
  51   public String []  getSupportedDBs()\r
  52   {\r
  53        try{\r
  54 \r
  55          call.setOperationName(new QName("urn:Dbfetch", "getSupportedDBs"));\r
  56          call.setReturnType(XMLType.SOAP_ARRAY);\r
  57          return (String[]) call.invoke(new Object[]{});\r
  58 \r
  59        }catch(Exception ex){return null;}\r
  60   }\r
  61 \r
  62   public String [] getSupportedFormats()\r
  63   {\r
  64       try{\r
  65         call.setOperationName(new QName("urn:Dbfetch", "getSupportedFormats"));\r
  66         call.setReturnType(XMLType.SOAP_ARRAY);\r
  67         return (String[]) call.invoke(new Object[] {});\r
  68 \r
  69       }catch(Exception ex){ return null; }\r
  70    }\r
  71 \r
  72    public String [] getSupportedStyles()\r
  73    {\r
  74         try{\r
  75           call.setOperationName(new QName("urn:Dbfetch", "getSupportedStyles"));\r
  76           call.setReturnType(XMLType.SOAP_ARRAY);\r
  77           return (String[]) call.invoke(new Object[] {});\r
  78 \r
  79          }catch(Exception ex){return null;}\r
  80     }\r
  81 \r
  82     public String [] fetchData(String ids, String f, String s)\r
  83     {\r
  84       // ids should be of the form uniprot:25KD_SARPE;ADHR_DROPS;\r
  85       // max 50 ids can be added at one time\r
  86       try{\r
  87         call.setOperationName(new QName("urn:Dbfetch", "fetchData"));\r
  88         call.addParameter("query", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
  89         call.addParameter("format", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
  90         call.addParameter("style", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
  91         call.setReturnType(XMLType.SOAP_ARRAY);\r
  92 \r
  93         if (f != null)\r
  94           format = f;\r
  95 \r
  96         if (s != null)\r
  97           style = s;\r
  98 \r
  99         return (String[]) call.invoke(new Object[] {ids, format, style});\r
 100 \r
 101       }catch(Exception ex){return null;}\r
 102 \r
 103     }\r
 104 \r
 105     public String fetchDataFile(String arg, String f, String s)\r
 106     {\r
 107 \r
 108       if (f != null)\r
 109         format = f;\r
 110 \r
 111       if (s != null)\r
 112         style = s;\r
 113 \r
 114 \r
 115       call.setOperationName(new QName("urn:Dbfetch", "fetchDataFile"));\r
 116       call.addParameter("query", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
 117       call.addParameter("format", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
 118       call.addParameter("style", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
 119 \r
 120       QName qnameAttachment = new QName("urn:Dbfetch", "DataHandler");\r
 121       call.registerTypeMapping(javax.activation.DataSource.class,\r
 122                                qnameAttachment,\r
 123                                JAFDataHandlerSerializerFactory.class,\r
 124                                JAFDataHandlerDeserializerFactory.class);\r
 125 \r
 126       call.setReturnType(qnameAttachment);\r
 127 \r
 128       try{\r
 129         Object ret = call.invoke(new Object[]\r
 130                                  {arg, format, style});\r
 131 \r
 132         if (null == ret)\r
 133         {\r
 134           System.err.println("Received null ");\r
 135           throw new AxisFault("", "Received null", null, null);\r
 136         }\r
 137         if (ret instanceof String)\r
 138         {\r
 139           System.err.println("Received problem response from server: " + ret);\r
 140           throw new AxisFault("", (String) ret, null, null);\r
 141         }\r
 142         if (! (ret instanceof DataHandler))\r
 143         {\r
 144           //The wrong type of object that what was expected.\r
 145           System.err.println("Received problem response from server:" +\r
 146                              ret.getClass().getName());\r
 147           throw new AxisFault("", "Received problem response from server:" +\r
 148                               ret.getClass().getName(), null, null);\r
 149 \r
 150         }\r
 151         //Still here, so far so good.\r
 152         DataHandler rdh = (DataHandler) ret;\r
 153 \r
 154         //From here we'll just treat the data resource as file.\r
 155         String receivedfileName = rdh.getName(); //Get the filename.\r
 156 \r
 157         if (receivedfileName == null)\r
 158         {\r
 159           System.err.println("Could not get the file name.");\r
 160           throw new AxisFault("", "Could not get the file name.", null, null);\r
 161         }\r
 162         if (arg.equalsIgnoreCase("medline"))\r
 163         {\r
 164           return receivedfileName;\r
 165         }\r
 166         else if (arg.equalsIgnoreCase("interpro"))\r
 167         {\r
 168           return receivedfileName;\r
 169         }\r
 170         else\r
 171           System.err.println(receivedfileName);\r
 172       }catch(Exception ex)\r
 173       {\r
 174         ex.printStackTrace();\r
 175       }\r
 176 \r
 177       return "ERROR";\r
 178     }\r
 179 \r
 180 \r
 181 }\r