src/jalview/io/EBIFetchClient.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import java.io.*;\r
  22 \r
  23 import org.apache.axis.client.*;\r
  24 import org.apache.axis.encoding.XMLType;\r
  25 \r
  26 import javax.xml.namespace.QName;\r
  27 import javax.xml.rpc.ParameterMode;\r
  28 \r
  29 \r
  30 /**\r
  31  * DOCUMENT ME!\r
  32  *\r
  33  * @author $author$\r
  34  * @version $Revision$\r
  35  */\r
  36 public class EBIFetchClient\r
  37 {\r
  38     Call call;\r
  39     String format = "default";\r
  40     String style = "raw";\r
  41 \r
  42     /**\r
  43      * Creates a new EBIFetchClient object.\r
  44      */\r
  45     public EBIFetchClient()\r
  46     {\r
  47         try\r
  48         {\r
  49             call = (Call) new Service().createCall();\r
  50             call.setTargetEndpointAddress(new java.net.URL(\r
  51                     "http://www.ebi.ac.uk/ws/services/Dbfetch"));\r
  52         }\r
  53         catch (Exception ex)\r
  54         {\r
  55         }\r
  56     }\r
  57 \r
  58     /**\r
  59      * DOCUMENT ME!\r
  60      *\r
  61      * @return DOCUMENT ME!\r
  62      */\r
  63     public String[] getSupportedDBs()\r
  64     {\r
  65         try\r
  66         {\r
  67             call.setOperationName(new QName("urn:Dbfetch", "getSupportedDBs"));\r
  68             call.setReturnType(XMLType.SOAP_ARRAY);\r
  69 \r
  70             return (String[]) call.invoke(new Object[] {  });\r
  71         }\r
  72         catch (Exception ex)\r
  73         {\r
  74             return null;\r
  75         }\r
  76     }\r
  77 \r
  78     /**\r
  79      * DOCUMENT ME!\r
  80      *\r
  81      * @return DOCUMENT ME!\r
  82      */\r
  83     public String[] getSupportedFormats()\r
  84     {\r
  85         try\r
  86         {\r
  87             call.setOperationName(new QName("urn:Dbfetch", "getSupportedFormats"));\r
  88             call.setReturnType(XMLType.SOAP_ARRAY);\r
  89 \r
  90             return (String[]) call.invoke(new Object[] {  });\r
  91         }\r
  92         catch (Exception ex)\r
  93         {\r
  94             return null;\r
  95         }\r
  96     }\r
  97 \r
  98     /**\r
  99      * DOCUMENT ME!\r
 100      *\r
 101      * @return DOCUMENT ME!\r
 102      */\r
 103     public String[] getSupportedStyles()\r
 104     {\r
 105         try\r
 106         {\r
 107             call.setOperationName(new QName("urn:Dbfetch", "getSupportedStyles"));\r
 108             call.setReturnType(XMLType.SOAP_ARRAY);\r
 109 \r
 110             return (String[]) call.invoke(new Object[] {  });\r
 111         }\r
 112         catch (Exception ex)\r
 113         {\r
 114             return null;\r
 115         }\r
 116     }\r
 117 \r
 118     public static void main (String [] args)\r
 119     {\r
 120       EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient();\r
 121       String[] result = ebi.fetchData("uniprot:25K89D_SARPE;G6PblobD_HUMAN",\r
 122                            "xml", null);\r
 123 \r
 124      try{\r
 125        java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(\r
 126       new java.io.FileWriter("out.xml"));\r
 127 \r
 128 \r
 129        for(int i=0; i<result.length; i++)\r
 130        {\r
 131          out.println(result[i]);\r
 132        }\r
 133        out.close();\r
 134      }catch(Exception ex){ex.printStackTrace();}\r
 135 \r
 136     }\r
 137 \r
 138 \r
 139     public File fetchDataAsFile(String ids, String f, String s)\r
 140     {\r
 141       String [] data = fetchData(ids, f, s);\r
 142       File outFile = null;\r
 143       try{\r
 144         outFile = File.createTempFile("jalview", ".xml");\r
 145         outFile.deleteOnExit();\r
 146         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileOutputStream(outFile));\r
 147         int index=0;\r
 148         while( index < data.length )\r
 149         {\r
 150           out.println(data[index]);\r
 151           index++;\r
 152         }\r
 153         out.close();\r
 154       }catch(Exception ex){}\r
 155       return outFile;\r
 156     }\r
 157 \r
 158     /**\r
 159      * DOCUMENT ME!\r
 160      *\r
 161      * @param ids DOCUMENT ME!\r
 162      * @param f DOCUMENT ME!\r
 163      * @param s DOCUMENT ME!\r
 164      *\r
 165      * @return DOCUMENT ME!\r
 166      */\r
 167     public String[] fetchData(String ids, String f, String s)\r
 168     {\r
 169         // ids should be of the form uniprot:25KD_SARPE;ADHR_DROPS;\r
 170         // max 50 ids can be added at one time\r
 171         try\r
 172         {\r
 173             call.setOperationName(new QName("urn:Dbfetch", "fetchData"));\r
 174             call.addParameter("query", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
 175             call.addParameter("format", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
 176             call.addParameter("style", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
 177             call.setReturnType(XMLType.SOAP_ARRAY);\r
 178 \r
 179             if (f != null)\r
 180             {\r
 181                 format = f;\r
 182             }\r
 183 \r
 184             if (s != null)\r
 185             {\r
 186                 style = s;\r
 187             }\r
 188 \r
 189             return (String[]) call.invoke(new Object[] { ids, format, style });\r
 190         }\r
 191         catch (Exception ex)\r
 192         {\r
 193             return null;\r
 194         }\r
 195     }\r
 196 }\r