src/jalview/io/EBIFetchClient.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import org.apache.axis.AxisFault;\r
  22 import org.apache.axis.client.*;\r
  23 import org.apache.axis.encoding.XMLType;\r
  24 import org.apache.axis.encoding.ser.JAFDataHandlerDeserializerFactory;\r
  25 import org.apache.axis.encoding.ser.JAFDataHandlerSerializerFactory;\r
  26 \r
  27 import java.io.*;\r
  28 \r
  29 import javax.activation.DataHandler;\r
  30 \r
  31 import javax.xml.namespace.QName;\r
  32 import javax.xml.rpc.ParameterMode;\r
  33 \r
  34 \r
  35 /**\r
  36  * DOCUMENT ME!\r
  37  *\r
  38  * @author $author$\r
  39  * @version $Revision$\r
  40  */\r
  41 public class EBIFetchClient\r
  42 {\r
  43     Call call;\r
  44     String format = "default";\r
  45     String style = "raw";\r
  46 \r
  47     /**\r
  48      * Creates a new EBIFetchClient object.\r
  49      */\r
  50     public EBIFetchClient()\r
  51     {\r
  52         try\r
  53         {\r
  54             call = (Call) new Service().createCall();\r
  55             call.setTargetEndpointAddress(new java.net.URL(\r
  56                     "http://www.ebi.ac.uk/ws/services/Dbfetch"));\r
  57         }\r
  58         catch (Exception ex)\r
  59         {\r
  60         }\r
  61     }\r
  62 \r
  63     /**\r
  64      * DOCUMENT ME!\r
  65      *\r
  66      * @return DOCUMENT ME!\r
  67      */\r
  68     public String[] getSupportedDBs()\r
  69     {\r
  70         try\r
  71         {\r
  72             call.setOperationName(new QName("urn:Dbfetch", "getSupportedDBs"));\r
  73             call.setReturnType(XMLType.SOAP_ARRAY);\r
  74 \r
  75             return (String[]) call.invoke(new Object[] {  });\r
  76         }\r
  77         catch (Exception ex)\r
  78         {\r
  79             return null;\r
  80         }\r
  81     }\r
  82 \r
  83     /**\r
  84      * DOCUMENT ME!\r
  85      *\r
  86      * @return DOCUMENT ME!\r
  87      */\r
  88     public String[] getSupportedFormats()\r
  89     {\r
  90         try\r
  91         {\r
  92             call.setOperationName(new QName("urn:Dbfetch", "getSupportedFormats"));\r
  93             call.setReturnType(XMLType.SOAP_ARRAY);\r
  94 \r
  95             return (String[]) call.invoke(new Object[] {  });\r
  96         }\r
  97         catch (Exception ex)\r
  98         {\r
  99             return null;\r
 100         }\r
 101     }\r
 102 \r
 103     /**\r
 104      * DOCUMENT ME!\r
 105      *\r
 106      * @return DOCUMENT ME!\r
 107      */\r
 108     public String[] getSupportedStyles()\r
 109     {\r
 110         try\r
 111         {\r
 112             call.setOperationName(new QName("urn:Dbfetch", "getSupportedStyles"));\r
 113             call.setReturnType(XMLType.SOAP_ARRAY);\r
 114 \r
 115             return (String[]) call.invoke(new Object[] {  });\r
 116         }\r
 117         catch (Exception ex)\r
 118         {\r
 119             return null;\r
 120         }\r
 121     }\r
 122 \r
 123     /**\r
 124      * DOCUMENT ME!\r
 125      *\r
 126      * @param ids DOCUMENT ME!\r
 127      * @param f DOCUMENT ME!\r
 128      * @param s DOCUMENT ME!\r
 129      *\r
 130      * @return DOCUMENT ME!\r
 131      */\r
 132     public String[] fetchData(String ids, String f, String s)\r
 133     {\r
 134         // ids should be of the form uniprot:25KD_SARPE;ADHR_DROPS;\r
 135         // max 50 ids can be added at one time\r
 136         try\r
 137         {\r
 138             call.setOperationName(new QName("urn:Dbfetch", "fetchData"));\r
 139             call.addParameter("query", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
 140             call.addParameter("format", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
 141             call.addParameter("style", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
 142             call.setReturnType(XMLType.SOAP_ARRAY);\r
 143 \r
 144             if (f != null)\r
 145             {\r
 146                 format = f;\r
 147             }\r
 148 \r
 149             if (s != null)\r
 150             {\r
 151                 style = s;\r
 152             }\r
 153 \r
 154             return (String[]) call.invoke(new Object[] { ids, format, style });\r
 155         }\r
 156         catch (Exception ex)\r
 157         {\r
 158             return null;\r
 159         }\r
 160     }\r
 161 \r
 162     /**\r
 163      * DOCUMENT ME!\r
 164      *\r
 165      * @param arg DOCUMENT ME!\r
 166      * @param f DOCUMENT ME!\r
 167      * @param s DOCUMENT ME!\r
 168      *\r
 169      * @return DOCUMENT ME!\r
 170      */\r
 171     public String fetchDataFile(String arg, String f, String s)\r
 172     {\r
 173         if (f != null)\r
 174         {\r
 175             format = f;\r
 176         }\r
 177 \r
 178         if (s != null)\r
 179         {\r
 180             style = s;\r
 181         }\r
 182 \r
 183         call.setOperationName(new QName("urn:Dbfetch", "fetchDataFile"));\r
 184         call.addParameter("query", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
 185         call.addParameter("format", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
 186         call.addParameter("style", XMLType.XSD_STRING, ParameterMode.IN);\r
 187 \r
 188         QName qnameAttachment = new QName("urn:Dbfetch", "DataHandler");\r
 189         call.registerTypeMapping(javax.activation.DataSource.class,\r
 190             qnameAttachment, JAFDataHandlerSerializerFactory.class,\r
 191             JAFDataHandlerDeserializerFactory.class);\r
 192 \r
 193         call.setReturnType(qnameAttachment);\r
 194 \r
 195         try\r
 196         {\r
 197             Object ret = call.invoke(new Object[] { arg, format, style });\r
 198 \r
 199             if (null == ret)\r
 200             {\r
 201                 System.err.println("Received null ");\r
 202                 throw new AxisFault("", "Received null", null, null);\r
 203             }\r
 204 \r
 205             if (ret instanceof String)\r
 206             {\r
 207                 System.err.println("Received problem response from server: " +\r
 208                     ret);\r
 209                 throw new AxisFault("", (String) ret, null, null);\r
 210             }\r
 211 \r
 212             if (!(ret instanceof DataHandler))\r
 213             {\r
 214                 //The wrong type of object that what was expected.\r
 215                 System.err.println("Received problem response from server:" +\r
 216                     ret.getClass().getName());\r
 217                 throw new AxisFault("",\r
 218                     "Received problem response from server:" +\r
 219                     ret.getClass().getName(), null, null);\r
 220             }\r
 221 \r
 222             //Still here, so far so good.\r
 223             DataHandler rdh = (DataHandler) ret;\r
 224 \r
 225             //From here we'll just treat the data resource as file.\r
 226             String receivedfileName = rdh.getName(); //Get the filename.\r
 227 \r
 228             if (receivedfileName == null)\r
 229             {\r
 230                 System.err.println("Could not get the file name.");\r
 231                 throw new AxisFault("", "Could not get the file name.", null,\r
 232                     null);\r
 233             }\r
 234 \r
 235             if (arg.equalsIgnoreCase("medline"))\r
 236             {\r
 237                 return receivedfileName;\r
 238             }\r
 239             else if (arg.equalsIgnoreCase("interpro"))\r
 240             {\r
 241                 return receivedfileName;\r
 242             }\r
 243             else\r
 244             {\r
 245                 System.err.println(receivedfileName);\r
 246             }\r
 247         }\r
 248         catch (Exception ex)\r
 249         {\r
 250             ex.printStackTrace();\r
 251         }\r
 252 \r
 253         return "ERROR";\r
 254     }\r
 255 }\r