src/jalview/io/FastaFile.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.io;\r
  21 \r
  22 import jalview.datamodel.*;\r
  23 import jalview.analysis.*;\r
  24 \r
  25 import java.io.*;\r
  26 import java.util.*;\r
  27 \r
  28 public class FastaFile extends AlignFile {\r
  29 \r
  30   public FastaFile()\r
  31   {}\r
  32 \r
  33   public FastaFile(String inStr) {\r
  34     super(inStr);\r
  35   }\r
  36 \r
  37   public FastaFile(String inFile, String type) throws IOException {\r
  38     super(inFile,type);\r
  39   }\r
  40 \r
  41   public void parse() throws IOException\r
  42   {\r
  43 \r
  44     String       id    = "";\r
  45     StringBuffer seq   = new StringBuffer();\r
  46     int          count = 0;\r
  47     boolean      flag  = false;\r
  48 \r
  49     int          sstart = 0;\r
  50     int          send   = 0;\r
  51 \r
  52     String line;\r
  53 \r
  54       while ((line = nextLine()) != null) {\r
  55 \r
  56         if (line.length() > 0) {\r
  57 \r
  58           // Do we have an id line?\r
  59 \r
  60           if (line.substring(0,1).equals(">")) {\r
  61 \r
  62             if (count != 0) {\r
  63               if (sstart != 0) {\r
  64                 seqs.addElement(new Sequence(id,seq.toString().toUpperCase(),sstart,send));\r
  65               } else {\r
  66                 seqs.addElement(new Sequence(id,seq.toString().toUpperCase(),1,seq.length()));\r
  67               }\r
  68             }\r
  69 \r
  70             count++;\r
  71 \r
  72             StringTokenizer str = new StringTokenizer(line," ");\r
  73 \r
  74             id = str.nextToken();\r
  75             id = id.substring(1);\r
  76             com.stevesoft.pat.Regex dbId = new com.stevesoft.pat.Regex("[A-Za-z-]+/[A-Za-z-]+\\|(\\w+)\\|(.+)");\r
  77             if (dbId.search(id))\r
  78                {\r
  79                  String dbid = dbId.stringMatched(1);\r
  80                  String idname = dbId.stringMatched(2);\r
  81                  if (idname.length()>0 && idname.indexOf("_") > -1)\r
  82                  {\r
  83                    id = idname; // just use friendly name // JBPNote: we may lose uniprot standardised ID here.\r
  84                  }\r
  85                  else\r
  86                  {\r
  87                    id = dbid; // use dbid to ensure sensible queries\r
  88                  }\r
  89 \r
  90                }\r
  91             if (id.indexOf("/") > 0 ) {\r
  92 \r
  93               StringTokenizer st = new StringTokenizer(id,"/");\r
  94               if (st.countTokens() == 2) {\r
  95                 id = st.nextToken();\r
  96                 String tmp = st.nextToken();\r
  97 \r
  98                 st = new StringTokenizer(tmp,"-");\r
  99 \r
 100                 if (st.countTokens() == 2) {\r
 101                   sstart = Integer.valueOf(st.nextToken()).intValue();\r
 102                   send   = Integer.valueOf(st.nextToken()).intValue();\r
 103                 }\r
 104               }\r
 105             }\r
 106 \r
 107             seq = new StringBuffer();\r
 108 \r
 109           } else {\r
 110             seq = seq.append(line);\r
 111           }\r
 112         }\r
 113       }\r
 114       if (count > 0) {\r
 115 \r
 116         if(!isValidProteinSequence(seq.toString().toUpperCase()))\r
 117           throw new IOException("Invalid protein sequence");\r
 118 \r
 119         if (sstart != 0) {\r
 120           seqs.addElement(new Sequence(id,seq.toString().toUpperCase(),sstart,send));\r
 121         } else {\r
 122           seqs.addElement(new Sequence(id,seq.toString().toUpperCase(),1,seq.length()));\r
 123         }\r
 124       }\r
 125 \r
 126   }\r
 127 \r
 128   public static String print(SequenceI[] s) {\r
 129     return print(s,72);\r
 130   }\r
 131   public static String print(SequenceI[] s, int len) {\r
 132     return print(s,len,true);\r
 133   }\r
 134 \r
 135   public static String print(SequenceI[] s, int len,boolean gaps) {\r
 136     return print(s,len,gaps,true);\r
 137   }\r
 138 \r
 139   public static String print(SequenceI[] s, int len,boolean gaps, boolean displayId) {\r
 140     StringBuffer out = new StringBuffer();\r
 141     int i = 0;\r
 142     while (i < s.length && s[i] != null) {\r
 143       String seq = "";\r
 144       if (gaps) {\r
 145         seq = s[i].getSequence();\r
 146       } else {\r
 147         seq = AlignSeq.extractGaps("-. ",s[i].getSequence());\r
 148       }\r
 149       // used to always put this here: + "/" + s[i].getStart() + "-" + s[i].getEnd() +\r
 150       out.append(">" + ((displayId) ? s[i].getDisplayId() : s[i].getName())+"\n");\r
 151 \r
 152       int nochunks = seq.length() / len + 1;\r
 153 \r
 154       for (int j = 0; j < nochunks; j++) {\r
 155         int start = j*len;\r
 156         int end = start + len;\r
 157 \r
 158         if (end < seq.length()) {\r
 159           out.append(seq.substring(start,end) + "\n");\r
 160         } else if (start < seq.length()) {\r
 161           out.append(seq.substring(start) + "\n");\r
 162         }\r
 163       }\r
 164       i++;\r
 165     }\r
 166     return out.toString();\r
 167   }\r
 168 \r
 169   public String print() {\r
 170     return print(getSeqsAsArray());\r
 171   }\r
 172 }\r
 173 \r
 174 \r
 175 \r