src/jalview/io/FastaFile.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 import java.io.*;\r
  26 \r
  27 import java.util.*;\r
  28 \r
  29 \r
  30 public class FastaFile extends AlignFile {\r
  31     public FastaFile() {\r
  32     }\r
  33 \r
  34     public FastaFile(String inStr) {\r
  35         super(inStr);\r
  36     }\r
  37 \r
  38     public FastaFile(String inFile, String type) throws IOException {\r
  39         super(inFile, type);\r
  40     }\r
  41 \r
  42     public void parse() throws IOException {\r
  43         String id = "";\r
  44         StringBuffer seq = new StringBuffer();\r
  45         int count = 0;\r
  46         boolean flag = false;\r
  47 \r
  48         int sstart = 0;\r
  49         int send = 0;\r
  50 \r
  51         String line;\r
  52 \r
  53         while ((line = nextLine()) != null) {\r
  54             if (line.length() > 0) {\r
  55                 // Do we have an id line?\r
  56                 if (line.substring(0, 1).equals(">")) {\r
  57                     if (count != 0) {\r
  58                         if (sstart != 0) {\r
  59                             seqs.addElement(new Sequence(id,\r
  60                                     seq.toString().toUpperCase(), sstart, send));\r
  61                         } else {\r
  62                             seqs.addElement(new Sequence(id,\r
  63                                     seq.toString().toUpperCase(), 1,\r
  64                                     seq.length()));\r
  65                         }\r
  66                     }\r
  67 \r
  68                     count++;\r
  69 \r
  70                     StringTokenizer str = new StringTokenizer(line, " ");\r
  71 \r
  72                     id = str.nextToken();\r
  73                     id = id.substring(1);\r
  74 \r
  75                     com.stevesoft.pat.Regex dbId = new com.stevesoft.pat.Regex(\r
  76                             "[A-Za-z-]+/[A-Za-z-]+\\|(\\w+)\\|(.+)");\r
  77 \r
  78                     if (dbId.search(id)) {\r
  79                         String dbid = dbId.stringMatched(1);\r
  80                         String idname = dbId.stringMatched(2);\r
  81 \r
  82                         if ((idname.length() > 0) &&\r
  83                                 (idname.indexOf("_") > -1)) {\r
  84                             id = idname; // just use friendly name // JBPNote: we may lose uniprot standardised ID here.\r
  85                         } else {\r
  86                             id = dbid; // use dbid to ensure sensible queries\r
  87                         }\r
  88                     }\r
  89 \r
  90                     if (id.indexOf("/") > 0) {\r
  91                         StringTokenizer st = new StringTokenizer(id, "/");\r
  92 \r
  93                         if (st.countTokens() == 2) {\r
  94                             id = st.nextToken();\r
  95 \r
  96                             String tmp = st.nextToken();\r
  97 \r
  98                             st = new StringTokenizer(tmp, "-");\r
  99 \r
 100                             if (st.countTokens() == 2) {\r
 101                                 sstart = Integer.valueOf(st.nextToken())\r
 102                                                 .intValue();\r
 103                                 send = Integer.valueOf(st.nextToken()).intValue();\r
 104                             }\r
 105                         }\r
 106                     }\r
 107 \r
 108                     seq = new StringBuffer();\r
 109                 } else {\r
 110                     seq = seq.append(line);\r
 111                 }\r
 112             }\r
 113         }\r
 114 \r
 115         if (count > 0) {\r
 116             if (!isValidProteinSequence(seq.toString().toUpperCase())) {\r
 117                 throw new IOException("Invalid protein sequence");\r
 118             }\r
 119 \r
 120             if (sstart != 0) {\r
 121                 seqs.addElement(new Sequence(id, seq.toString().toUpperCase(),\r
 122                         sstart, send));\r
 123             } else {\r
 124                 seqs.addElement(new Sequence(id, seq.toString().toUpperCase(),\r
 125                         1, seq.length()));\r
 126             }\r
 127         }\r
 128     }\r
 129 \r
 130     public static String print(SequenceI[] s) {\r
 131         return print(s, 72);\r
 132     }\r
 133 \r
 134     public static String print(SequenceI[] s, int len) {\r
 135         return print(s, len, true);\r
 136     }\r
 137 \r
 138     public static String print(SequenceI[] s, int len, boolean gaps) {\r
 139         return print(s, len, gaps, true);\r
 140     }\r
 141 \r
 142     public static String print(SequenceI[] s, int len, boolean gaps,\r
 143         boolean displayId) {\r
 144         StringBuffer out = new StringBuffer();\r
 145         int i = 0;\r
 146 \r
 147         while ((i < s.length) && (s[i] != null)) {\r
 148             String seq = "";\r
 149 \r
 150             if (gaps) {\r
 151                 seq = s[i].getSequence();\r
 152             } else {\r
 153                 seq = AlignSeq.extractGaps("-. ", s[i].getSequence());\r
 154             }\r
 155 \r
 156             // used to always put this here: + "/" + s[i].getStart() + "-" + s[i].getEnd() +\r
 157             out.append(">" +\r
 158                 ((displayId) ? s[i].getDisplayId() : s[i].getName()) + "\n");\r
 159 \r
 160             int nochunks = (seq.length() / len) + 1;\r
 161 \r
 162             for (int j = 0; j < nochunks; j++) {\r
 163                 int start = j * len;\r
 164                 int end = start + len;\r
 165 \r
 166                 if (end < seq.length()) {\r
 167                     out.append(seq.substring(start, end) + "\n");\r
 168                 } else if (start < seq.length()) {\r
 169                     out.append(seq.substring(start) + "\n");\r
 170                 }\r
 171             }\r
 172 \r
 173             i++;\r
 174         }\r
 175 \r
 176         return out.toString();\r
 177     }\r
 178 \r
 179     public String print() {\r
 180         return print(getSeqsAsArray());\r
 181     }\r
 182 }\r