src/jalview/io/FileFormatI.java

   1 package jalview.io;
   2
   3 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   4
   5 import java.io.IOException;
   6
   7 public interface FileFormatI
   8 {
   9
  10   AlignmentFileI getAlignmentFile(String inFile, DataSourceType sourceType)
  11           throws IOException;
  12
  13   AlignmentFileI getAlignmentFile(FileParse source) throws IOException;
  14
  15   AlignmentFileI getAlignmentFile(AlignmentI al);
  16
  17   AlignmentFileI getAlignmentFile();
  18
  19   boolean isComplexAlignFile();
  20
  21   /**
  22    * Returns a comma-separated list of file extensions associated with the
  23    * format
  24    *
  25    * @return
  26    */
  27   String getExtensions();
  28
  29   boolean isReadable();
  30
  31   boolean isWritable();
  32 }