src/jalview/io/FileLoader.java

   1 package jalview.io;\r
   2 \r
   3 import jalview.gui.AlignFrame;\r
   4 import jalview.gui.Jalview2XML;\r
   5 import javax.swing.JOptionPane;\r
   6 import jalview.datamodel.Alignment;\r
   7 import jalview.gui.Desktop;\r
   8 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
   9 \r
  10 public class FileLoader\r
  11 {\r
  12   public void LoadFile(String file, String protocol, String format)\r
  13   {\r
  14     LoadingThread loader = new LoadingThread(file, protocol, format);\r
  15     loader.start();\r
  16   }\r
  17 \r
  18   public AlignFrame LoadFileWaitTillLoaded(String file, String protocol,\r
  19                                                   String format)\r
  20   {\r
  21     LoadingThread loader = new LoadingThread(file, protocol, format);\r
  22     loader.start();\r
  23     while (loader.isAlive())\r
  24     {\r
  25       try\r
  26       {\r
  27         Thread.sleep(500);\r
  28       }\r
  29       catch (Exception ex)\r
  30       {}\r
  31     }\r
  32 \r
  33     return loader.af;\r
  34   }\r
  35 \r
  36 \r
  37   class LoadingThread\r
  38     extends Thread\r
  39 {\r
  40   String file;\r
  41   String protocol;\r
  42   String format;\r
  43   AlignFrame af;\r
  44 \r
  45   public LoadingThread(String file, String protocol, String format)\r
  46   {\r
  47     this.file = file;\r
  48     this.protocol = protocol;\r
  49     this.format = format;\r
  50   }\r
  51 \r
  52   public void run()\r
  53   {\r
  54     SequenceI[] sequences = null;\r
  55 \r
  56     if (format.equalsIgnoreCase("Jalview"))\r
  57     {\r
  58       af = Jalview2XML.LoadJalviewAlign(file);\r
  59     }\r
  60     else\r
  61     {\r
  62       if (FormatAdapter.formats.contains(format))\r
  63       {\r
  64         sequences = FormatAdapter.readFile(file, protocol, format);\r
  65       }\r
  66 \r
  67       if ( (sequences != null) && (sequences.length > 0))\r
  68       {\r
  69         af = new AlignFrame(new Alignment(sequences));\r
  70         af.currentFileFormat = format;\r
  71         af.statusBar.setText("Successfully loaded file " + file);\r
  72 \r
  73         Desktop.addInternalFrame(af, file, AlignFrame.NEW_WINDOW_WIDTH,\r
  74                            AlignFrame.NEW_WINDOW_HEIGHT);\r
  75 \r
  76 \r
  77         try\r
  78         {\r
  79           af.setMaximum(jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN", false));\r
  80         }\r
  81         catch (Exception ex)\r
  82         {\r
  83         }\r
  84       }\r
  85       else\r
  86       {\r
  87         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
  88                                               "Couldn't open file.\n" +\r
  89                                               "Formats currently supported are\n" +\r
  90                                               "Fasta, MSF, Clustal, BLC, PIR, MSP, and PFAM" // JBPNote - message should be generated through FormatAdapter!\r
  91                                               , "Error loading file",\r
  92                                               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
  93       }\r
  94     }\r
  95   }\r
  96 }\r
  97 \r
  98 }\r