src/jalview/io/FileLoader.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.io;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import javax.swing.*;\r
  25 \r
  26 import jalview.datamodel.*;\r
  27 import jalview.gui.*;\r
  28 \r
  29 public class FileLoader\r
  30     implements Runnable\r
  31 {\r
  32   String file;\r
  33   String protocol;\r
  34   String format;\r
  35   AlignViewport viewport;\r
  36   AlignFrame alignFrame;\r
  37 \r
  38   public void LoadFile(AlignViewport viewport, String file, String protocol,\r
  39                        String format)\r
  40   {\r
  41     this.viewport = viewport;\r
  42     LoadFile(file, protocol, format);\r
  43   }\r
  44 \r
  45   public void LoadFile(String file, String protocol, String format)\r
  46   {\r
  47     this.file = file;\r
  48     this.protocol = protocol;\r
  49     this.format = format;\r
  50 \r
  51     final Thread loader = new Thread(this);\r
  52 \r
  53     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
  54     {\r
  55       public void run()\r
  56       {\r
  57         loader.start();\r
  58       }\r
  59     });\r
  60   }\r
  61 \r
  62   public AlignFrame LoadFileWaitTillLoaded(String file, String protocol,\r
  63                                            String format)\r
  64   {\r
  65     this.file = file;\r
  66     this.protocol = protocol;\r
  67     this.format = format;\r
  68 \r
  69     Thread loader = new Thread(this);\r
  70     loader.start();\r
  71 \r
  72     while (loader.isAlive())\r
  73     {\r
  74       try\r
  75       {\r
  76         Thread.sleep(500);\r
  77       }\r
  78       catch (Exception ex)\r
  79       {}\r
  80     }\r
  81 \r
  82     return alignFrame;\r
  83   }\r
  84 \r
  85   public void updateRecentlyOpened()\r
  86   {\r
  87     Vector recent = new Vector();\r
  88 \r
  89     String type = protocol.equals(FormatAdapter.FILE)\r
  90         ? "RECENT_FILE" : "RECENT_URL";\r
  91 \r
  92     String historyItems = jalview.bin.Cache.getProperty(type);\r
  93 \r
  94     StringTokenizer st;\r
  95 \r
  96     if (historyItems != null)\r
  97     {\r
  98       st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");\r
  99 \r
 100       while (st.hasMoreTokens())\r
 101       {\r
 102         recent.addElement(st.nextElement().toString().trim());\r
 103       }\r
 104     }\r
 105 \r
 106     if (recent.contains(file))\r
 107     {\r
 108       recent.remove(file);\r
 109     }\r
 110 \r
 111     StringBuffer newHistory = new StringBuffer(file);\r
 112     for (int i = 0; i < recent.size() && i < 10; i++)\r
 113     {\r
 114       newHistory.append("\t");\r
 115       newHistory.append(recent.elementAt(i));\r
 116     }\r
 117 \r
 118     jalview.bin.Cache.setProperty(type, newHistory.toString());\r
 119 \r
 120     if (protocol.equals(FormatAdapter.FILE))\r
 121     {\r
 122       jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", format);\r
 123     }\r
 124   }\r
 125 \r
 126   public void run()\r
 127   {\r
 128     String title = protocol.equals(AppletFormatAdapter.PASTE)\r
 129         ? "Copied From Clipboard" : file;\r
 130 \r
 131     try\r
 132     {\r
 133       if (Desktop.instance != null)\r
 134       {\r
 135         Desktop.instance.startLoading(file);\r
 136       }\r
 137 \r
 138       Alignment al = null;\r
 139 \r
 140       if (format.equalsIgnoreCase("Jalview"))\r
 141       {\r
 142         alignFrame = new Jalview2XML().LoadJalviewAlign(file);\r
 143       }\r
 144       else\r
 145       {\r
 146         String error = AppletFormatAdapter.SUPPORTED_FORMATS;\r
 147 \r
 148         if (FormatAdapter.isValidFormat(format))\r
 149         {\r
 150           try\r
 151           {\r
 152             al = new FormatAdapter().readFile(file, protocol, format);\r
 153           }\r
 154           catch (java.io.IOException ex)\r
 155           {\r
 156             error = ex.getMessage();\r
 157           }\r
 158         }\r
 159 \r
 160         if ( (al != null) && (al.getHeight() > 0))\r
 161         {\r
 162           if (viewport != null)\r
 163           {\r
 164             for (int i = 0; i < al.getHeight(); i++)\r
 165             {\r
 166               viewport.getAlignment().addSequence(al.getSequenceAt(i));\r
 167             }\r
 168             viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
 169                                         viewport.getAlignment().getSequences());\r
 170 \r
 171           }\r
 172           else\r
 173           {\r
 174             alignFrame = new AlignFrame(al,\r
 175                                         AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,\r
 176                                         AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);\r
 177 \r
 178             alignFrame.statusBar.setText("Successfully loaded file " + title);\r
 179 \r
 180             if (!protocol.equals(AppletFormatAdapter.PASTE))\r
 181               alignFrame.setFileName(file, format);\r
 182 \r
 183             Desktop.addInternalFrame(alignFrame, title,\r
 184                                      AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,\r
 185                                      AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);\r
 186 \r
 187             try\r
 188             {\r
 189               alignFrame.setMaximum(jalview.bin.Cache.getDefault(\r
 190                   "SHOW_FULLSCREEN", false));\r
 191             }\r
 192             catch (java.beans.PropertyVetoException ex)\r
 193             {\r
 194             }\r
 195           }\r
 196         }\r
 197         else\r
 198         {\r
 199           if (Desktop.instance != null)\r
 200           {\r
 201             Desktop.instance.stopLoading();\r
 202           }\r
 203 \r
 204           final String errorMessage = "Couldn't load file " + title + "\n" +\r
 205               error;\r
 206 \r
 207           javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 208           {\r
 209             public void run()\r
 210             {\r
 211               JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 212                   errorMessage,\r
 213                   "Error loading file",\r
 214                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 215             }\r
 216           });\r
 217         }\r
 218       }\r
 219 \r
 220       updateRecentlyOpened();\r
 221 \r
 222     }\r
 223     catch (OutOfMemoryError er)\r
 224     {\r
 225 \r
 226       er.printStackTrace();\r
 227       alignFrame = null;\r
 228 \r
 229       javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 230       {\r
 231         public void run()\r
 232         {\r
 233           javax.swing.JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 234               "Out of memory loading file " + file + "!!"\r
 235               +\r
 236               "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
 237               , "Out of memory",\r
 238               javax.swing.JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 239         }\r
 240       });\r
 241     }\r
 242 \r
 243     System.gc();\r
 244     if (Desktop.instance != null)\r
 245     {\r
 246       Desktop.instance.stopLoading();\r
 247     }\r
 248 \r
 249   }\r
 250 \r
 251 }\r