src/jalview/io/FormatAdapter.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 \r
  24 /**\r
  25  * DOCUMENT ME!\r
  26  *\r
  27  * @author $author$\r
  28  * @version $Revision$\r
  29  */\r
  30 public class FormatAdapter extends AppletFormatAdapter\r
  31 {\r
  32 \r
  33     public String formatSequences(String format,\r
  34                                   SequenceI [] seqs,\r
  35                                   String [] omitHiddenColumns)\r
  36     {\r
  37       if(omitHiddenColumns!=null)\r
  38       {\r
  39         SequenceI [] tmp = new SequenceI[seqs.length];\r
  40         for(int i=0; i<seqs.length; i++)\r
  41         {\r
  42           tmp[i] = new Sequence(\r
  43               seqs[i].getName(), omitHiddenColumns[i],\r
  44               seqs[i].getStart(), seqs[i].getEnd());\r
  45           tmp[i].setDescription(seqs[i].getDescription());\r
  46         }\r
  47         seqs = tmp;\r
  48       }\r
  49 \r
  50       return formatSequences(format, seqs);\r
  51     }\r
  52 \r
  53 \r
  54     /**\r
  55      * DOCUMENT ME!\r
  56      *\r
  57      * @param format DOCUMENT ME!\r
  58      * @param seqs DOCUMENT ME!\r
  59      *\r
  60      * @return DOCUMENT ME!\r
  61      */\r
  62     public String formatSequences(String format,\r
  63                                   SequenceI [] seqs)\r
  64     {\r
  65 \r
  66         try\r
  67         {\r
  68             AlignFile afile = null;\r
  69 \r
  70             if (format.equalsIgnoreCase("FASTA"))\r
  71             {\r
  72                 afile = new FastaFile();\r
  73                 afile.addJVSuffix(\r
  74                     jalview.bin.Cache.getDefault("FASTA_JVSUFFIX", true));\r
  75             }\r
  76             else if (format.equalsIgnoreCase("MSF"))\r
  77             {\r
  78               afile = new MSFfile();\r
  79               afile.addJVSuffix(\r
  80                   jalview.bin.Cache.getDefault("MSF_JVSUFFIX", true));\r
  81             }\r
  82             else if (format.equalsIgnoreCase("PileUp"))\r
  83             {\r
  84                 afile = new PileUpfile();\r
  85                 afile.addJVSuffix(\r
  86                     jalview.bin.Cache.getDefault("PILEUP_JVSUFFIX", true));\r
  87             }\r
  88             else if (format.equalsIgnoreCase("CLUSTAL"))\r
  89             {\r
  90                 afile = new ClustalFile();\r
  91                 afile.addJVSuffix(\r
  92                     jalview.bin.Cache.getDefault("CLUSTAL_JVSUFFIX", true));\r
  93             }\r
  94             else if (format.equalsIgnoreCase("BLC"))\r
  95             {\r
  96                 afile = new BLCFile();\r
  97                 afile.addJVSuffix(\r
  98                     jalview.bin.Cache.getDefault("BLC_JVSUFFIX", true));\r
  99             }\r
 100             else if (format.equalsIgnoreCase("PIR"))\r
 101             {\r
 102                 afile = new PIRFile();\r
 103                 afile.addJVSuffix(\r
 104                     jalview.bin.Cache.getDefault("PIR_JVSUFFIX", true));\r
 105             }\r
 106             else if (format.equalsIgnoreCase("PFAM"))\r
 107             {\r
 108                 afile = new PfamFile();\r
 109                 afile.addJVSuffix(\r
 110                     jalview.bin.Cache.getDefault("PFAM_JVSUFFIX", true));\r
 111             }\r
 112 \r
 113             afile.setSeqs(seqs);\r
 114 \r
 115             return afile.print();\r
 116         }\r
 117         catch (Exception e)\r
 118         {\r
 119             System.err.println("Failed to write alignment as a '" + format +\r
 120                 "' file\n");\r
 121             e.printStackTrace();\r
 122         }\r
 123 \r
 124         return null;\r
 125     }\r
 126 }\r