src/jalview/io/FormatAdapter.java

   1 package jalview.io;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import java.util.*;\r
   5 \r
   6 public class FormatAdapter {\r
   7 \r
   8   public static String get(String format,Vector seqs) {\r
   9 \r
  10     SequenceI [] s = new SequenceI[seqs.size()];\r
  11 \r
  12     for (int i=0;i<seqs.size(); i++)\r
  13       s[i] = (SequenceI)seqs.elementAt(i);\r
  14 \r
  15 \r
  16     if (FormatProperties.contains(format))\r
  17     {\r
  18       AlignFile afile = FormatFactory.get(format);\r
  19       afile.setSeqs(s);\r
  20       return afile.print();\r
  21     }\r
  22     else\r
  23        return null;\r
  24   }\r
  25 \r
  26   public static SequenceI[] read(String format,String inStr) {\r
  27     if (FormatProperties.contains(format)) {\r
  28       AlignFile afile = FormatFactory.get(format,inStr);\r
  29       return afile.getSeqsAsArray();\r
  30     } else {\r
  31     // Should throw exception\r
  32       return null;\r
  33     }\r
  34   }\r
  35 \r
  36 \r
  37   public static SequenceI[] read(String inFile, String type, String format) {\r
  38       try {\r
  39         AlignFile afile = FormatFactory.get(format,inFile,type);\r
  40         return afile.getSeqsAsArray();\r
  41       } catch (Exception e) {    }\r
  42 \r
  43     return null;\r
  44   }\r
  45 \r
  46 }\r